쟁점물건을 재건축입주권으로 보아 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1999.3.2. 취득한 OOO 104.63㎡(이하 “쟁점물건”이라 한다)를 2019.11.29. OOO원에 양도하고 1세대 1주택 비과세 적용 및 OOO원 초과분의 양도차익에 대해 취득일로부터 양도일까지 전체 보유기간에 대한 장기보유특별공제로 OOO원을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2020.8.24.～2020.9.1. 기간 동안 청구인에 대한 2019년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점물건이 관리처분계획인가일인 2017.11.17.을 기준으로 기존 부동산 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분되고 관리처분계획인가일 이후 부분의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 배제됨에도 청구인이 공제대상으로 신고하였다 하여 이를 배제하여, 2020.10.19. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.12.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점물건을 1999.3.2. 취득하였는데, 쟁점물건이 소재한 OOO 주택재건축사업(이하 “쟁점재건축사업”이라 한다)은 재건축조합이 결성된 이후 다양한 이해관계에 따라 장기간 소송 등을 겪었으며 OOO으로부터 2017.11.17. 관리처분계획이 인가(OOO 고시 제2017-145, 2017.11.17.)되었다. 청구인은 쟁점물건의 보유기간 중 계속되는 소송 등과 주민들과의 다툼에 지쳐 이를 양도하기로 하고 2019.7.31. 양도계약을 체결하여 잔금일인 2019.11.29. 양도서류를 교부하고 퇴거하였다. (가) 쟁점재건축사업의 관리처분계획인가일인 2017.11.17. 이후에도 조합과 조합원들 사이에 쟁송 등이 끝나지 않았고, 청구인은 조합 측과 분양신청 등 재건축사업에 관련된 어떠한 계약도 체결한 사실이 없어 입주자로 선정되지도 않았으며, 조합원의 지위도 갖지 못한 상태에서 2019.11.29. 이를 일반주택으로 양도하였다. (나) 이후 쟁점물건의 매수자OOO가 2020.6.30. 조합에 쟁점물건을 제공하고 신탁등기OOO를 하면서 비로소 재건축입주권을 취득하게 된 것을 보아도 청구주장이 사실임을 명확히 알 수 있다. 그러므로 쟁점물건이 주택에서 입주권으로 전환된 시기는 조합으로부터 분양청구권 및 입주자(분양대상자)로 선정된 지위가 부여된 2020.6.30.로 보아야 하며, 이는 명백히 청구인의 양도일 이후 7개월 이상 경과한 시점이다. (다) 그럼에도 처분청은 관리처분계획인가일 이후 쟁점물건을 입주권으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 이 건 양도소득세를 추가로 고지하였다. 소득세법 시행령제166조 제1항에서는 ‘… 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존 건물과 그 부수 토지를 제공하고 취득한 입주권…’으로 명시하였는바, 재건축조합의 조합원이 보유한 부동산을 조합에 제공하고 입주권을 취득하는 것을 전제로 적용이 가능한 것인데, 청구인은 합의 조합원도 아니고 쟁점물건을 조합에 제공하지도 아니하여 입주권을 취득한 사실도 전혀 없으므로 해당 조항을 적용할 여지가 전혀 없다. 또한 같은 조항에서 조합원의 양도 차익은 청산금을 납부하거나 지급받은 경우로 각각 구분하여 계산하도록 규정하고 있는데, 청구인은 위와 같은 이유로 당연히 청산금을 납부하거나 지급받지도 아니하여 해당 조항에 따른 양도차익이나 장기보유특별공제액을 전혀 계산할 수 없는 사정을 보면 쟁점물건을 입주권으로 간주하여 적용할 수도 없다는 점을 보다 명확히 알 수 있다. (라) 청구인이 쟁점물건을 보유한 기간 중 쟁점물건을 조합에 제공하고 입주권을 취득한 사실이 전혀 없음에도 쟁점재건축사업의 관리처분계획이 인가되었다는 이유만으로 청구인에게 입주권이 부여되었다고 오인하여 장기보유특별공제를 배제한 처분은 사실관계와 법리해석을 오해한 것으로 마땅히 이 건 과세처분은 취소되어야 한다. (마) 재건축추진위원회가 개최하는 설명회에 한두 차례 참석하였으나 출석부에 체크만 했던 것으로 기억하고, 처분청이 증거서류로 제시한 분양신청서는 본인의 자필이 아니고, 분양신청서를 작성한 사실도 없다. 이렇게 중요한 서류를 작성함에 있어 자필로 작성하여 서명하거나 인감을 첨부하지 않고 지장을 찍었다는 것은 이해가 되지 않는다. (2) 쟁점물건에 대한 장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당하다고 할지라도 처분청이 관리처분계획인가일 현재 시가로 적용한 가액은 OOO과도 가격차이가 너무 커 평가액 적용에 심각한 오류가 있는 것이므로 적정한 평가액으로 다시 산정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 해당 조합과 조합원들 사이에 쟁송 및 조합측과 분양신청 등 재건축사업에 관련된 어떠한 계약도 체결한 사실이 없어 입주자로 선정되지 않았고 조합원의 지위도 갖지 못한 상태에서 양도하였다고 주장하나 이는 사실과 다르다. (가) 쟁점재건축사업은 2017년 OOO으로부터 관리처분계획을 인가받은 재건축 사업으로 쟁점물건은 당해 재개발 사업구역 내 위치하고 있고, 청구인도 2017년 관리처분계획인가시 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하였고 사업구역 내 토지 및 건축물소유자 OOO명이 분양신청을 하였음이 관리처분계획인가서에 의하여 확인되며, 쟁점재건축사업 조합에 문의한 바, 동 조합은 ‘청구인도 분양신청서를 제출하였고, 분양신청을 하지 않아 현금청산 및 관련 소송 진행 중인 내역은 없다’고 답변하였다. (나) 또한 청구인이 주장하는 쟁송은 상가 소유자들이 조합 및 OOO을 상대로 재건축조합 설립인가를 무효로 해달라며 소송(대법원 2019.3.14. 선고 2018두56787)을 제기한 건으로 대법원에서 최종 패소하였으며 청구인은 상가 소유자도 아니다. (다) 청구인은 신탁등기 시점을 조합으로부터 분양청구권 및 입주자로 선정된 지위가 부여된 날로서 입주권으로 전환된 시기로 보아야하고, 청산금이 없는 경우 양도차익이나 장기보유특별공제액을 전혀 계산할 수 없어 쟁점물건을 입주권으로 간주하여 적용할 수 없다고 주장하나, 개별 재건축사업의 진행속도 및 특성에 따라 신탁등기 일정은 변동될 수 있고 신탁등기 날짜를 입주권으로 전환된 시기로 보는 것이 아니라 재건축 사업과 관련하여 사업구역 내 부동산의 법률적 성격이 ‘조합원입주권’으로 전환되는 시점은 소득세법제89조 제2항에 따라 도시 및 주거환경 정비법제74조에 따른 관리처분 계획인가일을 말한다. (라) 또한 청구인이 양도한 쟁점물건 계약서의 특약사항에 ‘본 물건은 단지내 1주택자 매물로서 조합원 지위를 승계해 주는 조건이다’ 라고 기재되어 있음을 확인할 수 있으며, 청산금이 없는 경우 청산금을 OOO원으로 하여 양도차익을 산정하는 것이다. (마) 조합원 입주권의 장기보유특별공제의 경우 소득세법제95조에 따르면 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분 계획인가 전으로 한정한다고 규정하고 있고, 심판례(조심 2016서162, 2016.6.14.) 및 법령 해석(부동산납세과-137, 2014.3.13.) 등에서도 같은 의미로 해석하고 있다. 따라서 쟁점물건의 양도를 조합원입주권의 양도로 취득일로부터 관리처분계획인가일까지의 기간동안 장기보유특별공제를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점재건축조합의 관리처분계획인가 당시 조합원 소유 부동산의 권리가액에 대한 회신 공문에서 청구인 소유의 쟁점물건의 권리가액은 OOO원으로 확인되고, 소득세법 시행령제166조 제4항에 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액’은 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격에 의하도록 규정하고 있으므로 재건축조합이 동일조건의 기존 아파트에 대하여 적용한 평가액은 관리처분계획에 의하여 정하여진 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액’에 해당하므로 이를 근거로 쟁점물건을 평가한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점물건을 재건축입주권으로 보아 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

② (예비적 청구) 쟁점물건의 평가액 산정에 오류가 있다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조【비과세 양도 소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 제2항에 따른 조합원 입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거 환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행 계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만,도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도 차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모 주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

제1항 제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차적으로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다. (3) 도시 및 주거환경정비법 제74조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 등에게 신고하여야 한다.

5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)

② 정비사업에서 제1항 제3호ㆍ제5호 및 제8호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 1.감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등 중 다음 각 목의 구분에 따른 감정평가법인등이 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 산정할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인의 양도소득세 신고내용은 아래 <표1>과 같고, 처분청의 경정내역은 <표2>와 같다. <표1> 청구인의 양도소득세 신고내용 <표2> 처분청의 경정내역 (나) 청구인과 매수인OOO 간 체결된 2019.7.31.자 아파트 매매계약서는 OOO에서 작성된 것으로 매매대금은 OOO이고, 특약사항에는 단지내 1주택자 매물로서 조합원지위를 승계해 주는 조건으로, 신축아파트 전용 84㎡ 신청하였다는 내용이 각 기재되어 있다. (다) 쟁점재건축사업은 2003.9.22. 조합설립 인가, 2015.12.4. 사업시행인가OOO 제2015-159호, 2015.12.4.)가 된 후 OOO으로부터 2017.11.17. 관리처분계획이 인가OOO를 받았는바, 관리처분 공고문의 주요내용은 아래와 같다. (라) 쟁점재건축조합에 쟁점물건의 감정(권리)가액 확인을 2020.4.8. 요청하였고, 쟁점재건축조합은 2020.4.20. 평가시점을 사업시행계획인가일(2015.12.4.), 가액을 OOO원으로 회신하였다. (마) 2016.5.24.자 분양신청서에는 분양희망의견란에 1순위 84㎡형, 2순위 97㎡형, 3순위 59㎡형으로 되어 있고, 신청인 성명란에는 청구인 수기로 기재된 청구인 이름과 지장이 날인되어 있다.

(2) 청구인은 입주자로 선정되지도 않았고, 조합원의 지위가 아닌 상태에서 쟁점물건을 2019.11.29. 양도하였으므로 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 주장이고, 처분청이 제시하는 지장이 날인된 분양신청서를 청구인이 직접 작성하거나 지장을 날인한 사실이 없다고 주장한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 조합원의 지위도 갖지 못한 상태에서 2019.11.29. 이를 일반주택으로 양도하였으므로 쟁점물건의 관리처분계획인가일 이후 양도일까지의 보유기간에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제액은 기존건물과 그 부수토지의 관리처분계획인가일까지의 양도차익에 대하여 해당 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 공제율을 곱하여 계산한 금액을 적용하는 것으로 소득세법제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항에서 규정하고 있는데, 청구인이 매수인과 2019.7.31. 체결한 쟁점물건 매매계약서의 특약사항에 ‘본 물건은 단지내 1주택자 매물로서 조합원지위를 승계해 주는 조건이고, 신축아파트 전용 84㎡ 신청하였다’라고 기재되어 있는 점, 처분청이 쟁점재건축조합으로부터 청구인이 제출하였다는 분양신청서를 제시하고 있고, 조합원 지위승계 명세를 제시하고 있는 반면, 청구인은 쟁점물건이 조합원 입주권의 양도가 아니라는 증빙자료를 제시하지 아니하고 있는 점 등에 비추어 위와 같은 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 관리처분계획인가일 현재 시가로 적용한 가액은 OOO도 가격차이가 너무 커서 평가액 적용에 심각한 오류가 있다고 주장하나, 소득세법 시행령제166조 제1항 및 제4항에서 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 기존건물과 그 부수토지의 평가액을 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격으로 평가하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 위와 같은 청구인의 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.