쟁점입주권의 양도는 실질상 주택양도이므로, 보유기간 전체에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1997.3.14. 취득한 OOO 소재 OOO를 2018.10.5. 재건축 관리처분계획인가로 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 변경된 후인 2020.3.12. OOO원에 양도하고, 전체 보유기간(1997.3.14.～2020.3.12.)에 대하여 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 관리처분계획인가일 이전까지(1997.3.14.∼2018.10.5.)만 장기보유특별공제(80%)가 적용될 수 있다며, 2020.10.16. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.12.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 비록 형식상으로는 관리처분계획인가로 주택(아파트)이 입주권으로 변경되지만, 양도당시 주택이 철거되지 않아 실질상 주택상태로 양도하였을 뿐만 아니라, 현실적으로 전체양도차익 중 관리처분인가일 이전까지의 양도차익만을 정확하게 계산할 수도 없으므로, 사실상 주택이 양도된 것으로 보아 전체보유기간에 대해 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 ｢소득세법｣ 제95조 제2항 에 따르면, 조합원입주권이 양도되는 경우 장기보유특별공제의 적용은 관리처분계획인가일까지 발생한 양도차익으로 한정되는바, 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점입주권의 양도는 실질상 주택양도이므로, 보유기간 전체에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) 제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2) 소득세법 시행령 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조에 따라 양도차익을 산정함에 있어 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)] × [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가 전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세근거 등의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 이 사건 아파트를 1997.3.14. 취득하여, 2020.3.11. OOO원에 양도하고 1세대1주택에 해당하는 고가주택의 양도로 보아, 취득가액은 환산가액인 OOO원으로 하고, 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다. (나) 처분청은 2018.10.5. 관리처분인가로 입주권으로 전환(권리가액은 감정가액의 108.71%인 OOO원)되었음을 확인하고, 양도차익을 관리처분인가 전․후로 구분하되, 장기보유특별공제는 관리처분인가 전의 양도차익에 대하여만 적용하여 이 건 처분을 하였는데, 그 결과는 아래 <표>와 같다.

(2) 청구인은 형식상 입주권의 양도였다 하더라도, 실질과세원칙에 따라 주택의 양도로 보아야 한다고 주장하는바, 그 주요내용을 정리하면 아래와 같다.

(3) 양도소득세 계산 시 장기보유특별공제는 당초 부동산(토지ㆍ건물)에만 적용하여 오다가, 2012년말 ｢소득세법｣을 개정하여 조합원입주권까지 그 적용범위가 확대되었는데, “2012간추린 개정세법(204쪽)”은 개정이유를 아래와 같이 설명하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점입주권은 실질상 주택으로 양도된 것이므로 아파트로 취득한 날부터 입주권으로 양도한 날까지 보유기간 전체의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하나, ｢소득세법｣ 제95조 제2항 은 장기보유특별공제의 대상을 부동산(토지․건물)과 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 조합원입주권으로 제한하면서, 조합원입주권의 경우 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 관리처분계획인가 전의 토지․건물분 양도차익으로 한정하고 있는 점, 관리처분계획인가일 이후에는 부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되므로 별도의 규정이 없는 한 원칙적으로 이를 부동산과 동일한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 재건축 관리처분계획 인가 후에 발생한 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구인의 위 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.