쟁점건물의 대부분은 청구법인의 과세사업(부동산임대업 및 주차장운영업)을 위해 사용되고, 쟁점건물 11층의 1/2 부분만이 청구법인의 과세 및 면세사업(금융업)에 함께 사용되므로, 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 실지귀속이 구분되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
쟁점건물의 대부분은 청구법인의 과세사업(부동산임대업 및 주차장운영업)을 위해 사용되고, 쟁점건물 11층의 1/2 부분만이 청구법인의 과세 및 면세사업(금융업)에 함께 사용되므로, 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 실지귀속이 구분되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2020.3.24. 및 2020.6.10. 청구법인에게 한 부가가치세 2014년 제2기분 OOO원 및 2015년 제1기분 OOO원의 경정거부 처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점건물은 임대차계약에 근거하여 임대면적(과세)과 자가사용면적(과·면세겸영)이 명확하게 구분되므로, 쟁점매입세액의 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보아야 한다. (가) 청구법인은 아래 <표1>과 같이 쟁점건물 11층의 1/2 면적만을 사용하고 있고, 쟁점건물의 나머지 부분은 과세사업인 부동산 임대업 및 주차장 운영업에 사용하고 있다. OOO (나) 구체적으로, 청구법인은 OOO, OOO, OOO 등 입점 업체들(이하 “쟁점임차인들”이라 한다)과 각각 계약기간을 달리하여 쟁점건물 각 부분에 대한 부동산 임대차 계약을 체결하여 임대를 주고 있고, 구내식당 위탁운영업체인 주식회사 OOO와 건물관리용역업체인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게는 별도 계약을 통해 해당 사업을 위한 공간을 제공하고 있다. 주차장 운영업의 경우, 소수의 외부인에게 월 정기주차로 주차장 공간을 임대하는 것 외에 쟁점건물 임차인에게는 별도 계약 없이 임차 면적에 비례하여 주차 공간을 제공하고 있다. 쟁점건물의 임대료 및 관리비는 주변시세, 건물 연식, 주차료 등 제반사항을 감안하여 산정하고 있다. (다) 쟁점건물의 과세 및 면세사업 사용 면적은 아래 <표2>와 같고, 이는 임대차 계약에 따른 면적과 그에 따른 서비스면적(주차장 공간)의 연면적을 토대로 작성되었다. 11층 1/2 면적(578.47㎡, 전체 건물 연면적의 1.57%)은 청구법인이 자신의 업무를 대행시키기 위하여 OOO에서 사용하는 것으로 보아 임대차 계약에서 제외된 면적으로, 동 면적 중 과세업무 및 면세업무의 대행에 실제 사용되는 면적을 구분할 수 없는 바, 해당면적은 안분계산이 필요한 과·면세 공통사용 면적으로 볼 수 있으나, 청구법인의 경우 총공급가액에서 면세공급가액이 대부분을 차지하므로 공통사용면적을 전부 면세사용면적으로 보아 경정청구를 하였다. OOO (2) 쟁점매입세액은 쟁점건물의 수선·유지·관리를 위해 필수적으로 소요되는 비용에서 발생되고, 해당 비용은 사용면적에 따라 계산되므로 과세사업과 면세사업에 대응되는 쟁점매입세액은 사용면적 비율로 안분해야 한다. (가) 쟁점매입세액은 ① 건물관리용역비, ② 건물유지관리비, ③ 공과금에서 발생되는 바, 이는 모두 청구법인이 쟁점건물의 수선·유지·관리를 위해 지출하는 금액이다.
① 건물관리용역비 청구법인은 쟁점건물의 유지 및 관리를 위해 OOO와 쟁점건물 전체 연면적(37,015.87㎡)을 대상으로 건물종합관리 용역계약을 체결하고 용역비를 지급하고 있다. OOO는 청구법인에게 쟁점건물에 대한 시설관리 및 미화, 보안 용역을 제공함에 있어서 임차면적(과세사용면적)과 자가사용면적(과·면세 공통사용면적) 간에 차등을 두지 않고 동일한 용역을 제공하고 있다.
② 건물유지관리비 청구법인은 OOO와 건물종합관리 용역계약을 체결하고 건물관리용역비를 지급하는 것과 별개로, OOO가 쟁점건물을 종합관리하는 과정에서 발생하는 별도의 비용에 대하여 부담하고 있다. 구체적으로, 각종 시설의 운전․보수․보전에 소요되는 부속품 자재 또는 물품 공급 비용, 외부기관에 의뢰하여 쟁점건물 보수 계약을 체결하는 경우 해당 비용, 관계법령에 따른 법적 검사와 정기점검․안전점검 등에 소요되는 비용, 시설 관련 소모품 및 공구 비용 등이 있다.
③ 도시가스, 전기요금 등 공과금 청구법인은 쟁점건물(중앙 냉난방 방식으로 운영)에서 발생하는 도시가스비, 전기요금 등 공과금을 일괄하여 지급한 뒤, 쟁점임차인들로부터 임차 면적 및 사용량에 따라 공과금을 지급받고 있다. 다만, 일부 영업 특성상 필요에 의해 개별 냉난방시설을 설치한 임차인들의 경우에는 계량기를 통해 측정한 사용량 기준으로 해당 추가 비용에 대해 청구법인에게 지급을 하고 있다. (나) 청구법인이 OOO 등 입점업체와 체결한 임대차계약에 따르면 관리비는 임대면적에 따라 책정하는 바, 그에 대응하는 위탁관리용역 관련 매입세액 등 쟁점매입세액 역시 과세 및 면세 사용면적비율로 안분하는 것이 타당하다. 청구법인은 임대차 계약 체결시 관리비를 약정함에 있어 “관리비는 전용 및 공용사용 부분에 대한 전기, 수도, 냉난방, 청소, 위생, 경비, 소모품, 수선, 각종검사 및 유지비용, 기타 인건비 등을 포함한다”고 규정하였다. 이에 따라 임대차계약서상 임차인에게 청구하는 관리비는 전용 및 공용사용 부분 등 임대면적에 비례하여 계산되는바, 임대면적이 증가할수록 임대료뿐만 아니라 관리비도 증가하게 된다. (다) 쟁점매입세액을 공급가액 비율로 안분하여 불공제되는 매입세액을 계산하는 것은 실제 과세사업에 사용되는 면적 비율로 계산된 금액에 비해 불공제되는 금액이 과다하게 계산되어 합리적이지 않다. 청구법인은 쟁점건물과 관련하여 임차인으로부터 수취하는 임대료 및 관리비, 주차비 등을 매출세액으로 신고·납부하고 있다. 쟁점매입세액의 경우 청구법인이 신고하는 매출세액에 필수적으로 수반되는 비용으로 건물의 연면적에 비례하여 발생하는 비용임에도 불구하고, 공급가액 비율로 안분하여 매입세액을 계산할 경우 과세사업과 관련하여 실제 지출한 매입세액의 대부분을 공제받지 못하게 되는 비합리적인 결과가 초래되며(과세 및 면세 공급가액 비율은 1:9 정도임), 이는 국세기본법상 실질과세의 원칙에도 위배된다.
(1) 쟁점매입세액은 과․면세 매출이 모두 발생하는 쟁점건물 전체에서 발생하므로, 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 총공급가액 기준으로 관련 매입세액을 안분계산해야 한다. (가) 쟁점건물에서 발생하는 매입은 건물 용역비와 시설관리비, 전기요금 등의 공과금, 비품사용료, 승강기 등의 유지관리비이다. 그 중 가장 큰 비중을 차지하는 OOO와의 종합관리용역계약서를 살펴보면, 쟁점건물 전체 면적에 대한 관리․보전․보수․청소․보안 등의 용역을 제공하고, 각 용역마다 월정액으로 청구법인에게 청구하고 있으며, 각 용역별 청구가액과 건물 전체면적에 투입되는 전체 인원 및 시설과 일반 행정용역에 해당되는 인력의 시간당 인건비가 일부 기재되어 있음을 확인하였다. 어느 면적에 몇 명의 인원이 투입되는지는 시간당 계산되는 인건비 특성상 구분하기 어렵고, 이러한 이유로 청구법인 또한 용역업체와 쟁점건물 전체를 대상으로 계약을 한 것으로 보이며 이는 쟁점매입세액의 실지귀속이 불분명하다는 것을 방증한다. (나) 행정 및 시설, 미화, 보안용역은 과·면세 매출이 모두 발생하는 쟁점건물 전체를 위해 공급되는 용역으로 구분된 임대면적의 공실여부에 따라 용역비가 달리 계산되어 있지 않고, 각 층별 면적에 따라 전담인원이 특정되거나, 면적당으로 용역비가 계산되지 않는다. (다) 쟁점매입세액 중 전기요금, 수도요금, 도시가스비, 비품구입비 및 승강기 유지관리비용과 각종 검사비용 등은 사용량과 용역횟수에 따라 금액이 달라지는 것으로 각 면적별로 측정된 계량값 및 층별 지출내역이 없는 상황에서 청구법인이 일괄하여 납부한 공통매입세액을 단순히 면적비율로 안분하는 것은 합리적인 방법이라 볼 수 없다.
(2) 쟁점건물의 19층 강당, 지하 6층 창고, 지하 1층 문서고, 휴게공간, 관리사무소, 창고(방재실), 미화대기실 등 과․면세 공유면적이 존재하고, 각 임차인에게 서비스면적으로 제공되고 있다고 주장하는 지하주차장도 실지면적이 구분되어 운영되고 있지 않는 등 일부 구분된 과․면세 면적과 공유면적이 혼재되어 있기 때문에 쟁점매입세액을 청구법인의 주장처럼 과․면세 면적으로 구분한다고 하더라도 면적을 구분할 수 없는 공유면적에 해당되는 매입세액은 과․면세 공급가액비율로 안분되어야 하는 공통매입세액이며, 한 건물에서 발생하는 동일한 매입세액의 실지귀속 구분방법이 복수가 될 수는 없다. 청구법인은 과세매출인 임대료와 관리비를 임대면적에 비례하여 받기 때문에 쟁점매입세액도 면적으로 실지귀속이 구분될 수 있다고 주장하나, 실지귀속 여부는 전기요금 등의 사용량 및 소모품 지출내역과 같은 객관적인 자료를 근거로 구분되는 것으로 청구법인은 쟁점매입세액 중 과세사업에 사용하는 부분에 투입된 비용을 별도로 산출해 낼 수 있는 객관적인 자료를 제시하지 않았다.
(1) 부가가치세법(법률 제12851호, 2014.12.23., 일부개정) 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(대통령령 제26071호, 2015.2.3., 일부개정) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 (기획재정부령 제470호, 2015.3.6., 일부개정) 제54조(공통매입세액 안분 계산) ① 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업등(이하 “면세사업등”이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다.
(1) 청구법인에 대한 기초 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO의 완전자회사로서 예금자보호법제36조의3(정리금융회사의 설립 등)에 의해 1999.12.27. 설립되었고, 사장․감사․이사(2인)로 구성된 페이퍼컴퍼니 형태로 운영되고 있다. (나) 청구법인은 2009년 이전에 OOO의 형태로 운영되어오던 것이 ‘공공기관 선진화 추진계획 2차OOO’에 따라 페이퍼컴퍼니 형태로 전환되었고, 현재까지 OOO와의 ‘업무대행계약서(2013.12.27.)’에 의해 청구법인의 주요업무를 OOO에서 포괄적으로 대행하고 있다. (다) 청구법인의 주업은 부가가치세법제26조 및 같은 법 시행령 제40조에서 면세용역으로 규정한 금융․보험업이고, 이 외에 청구법인 소유의 쟁점건물에서 OOO 등 입주사를 대상으로 과세용역인 부동산 임대업 및 주차장 운영업을 영위하면서, 해당 과세용역에서 발생하는 임대료, 관리비 및 주차비 등 매출세액을 신고․납부하고 있으며, 쟁점건물에서 발생한 쟁점매입세액은 과세․면세 공급가액 비율로 안분하여 신고하였다.
(2) 청구법인의 부동산임대 매출 관련 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 쟁점건물의 주요 임차인과 체결한 임대차계약서 중 주요내용은 다음과 같고, 월 관리비는 임차면적을 기준으로 평당 OOO원으로 책정된 사실이 확인된다. OOO
(3) 쟁점매입세액 관련 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점건물 관련 쟁점매입세액의 매입세금계산서 주요내역은 아래 <표3>과 같다. OOO (나) 청구법인은 쟁점건물의 유지 및 관리를 위해 아래와 같이 OOO와 건물종합관리 용역계약을 체결하고 있다. OOO (다) 쟁점건물은 중앙 냉난방 방식으로 운영되고 있고, 쟁점건물에서 발생하는 건물유지관리비 및 공과금은 청구법인이 일괄하여 부담한 후 임차인들로부터 관리비 명목으로 임차 면적에 따라 매월 정액OOO으로 지급받고 있으며, 일부 영업 특성상 필요에 의해 개별적으로 계량기를 설치한 임차인OOO의 경우에는 계량기를 통해 사용량을 측정하고 아래 <표4>와 같이 청구법인이 해당 비용을 월 관리비와는 별도로 추가 청구하고 있는 것으로 확인된다. OOO
(4) 청구법인은 당초 과․면세 사업에서 발생되는 공급가액 비율로 쟁점매입세액을 안분하였다가, 과․면세 사업에 사용하는 면적에 따라 실지 귀속이 구분되는 것으로 보아 경정청구를 하였는바, 과세기간별 매입세액 공제 비율 및 금액은 아래 <표5>와 같다. OOO
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매입세액 관련 비용이 과․면세 매출이 모두 발생하는 쟁점건물 전체에서 발생하므로, 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 공급가액을 기준으로 관련 매입세액을 안분계산하여야 한다는 의견이나, 쟁점매입세액은 쟁점건물의 수선․유지․관리를 위해 지출하는 비용에서 발생되는바, 쟁점건물(지하 6층〜지상 19층) 지상 2층부터 18층까지의 전체 면적이 사무실 용도로 사용됨에 따라 쟁점매입세액 관련 비용은 대체로 쟁점건물의 면적에 비례하여 발생되는 것으로 보이는 점, 쟁점건물의 대부분은 청구법인의 과세사업(부동산임대업 및 주차장운영업)을 위해 사용되고, 쟁점건물 11층의 1/2 부분만이 청구법인의 과세 및 면세사업(금융업)에 함께 사용되므로, 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 실지귀속이 구분되는 것으로 보이는 점, 특히 청구법인은 페이퍼컴퍼니 형태로 운영됨에 따라 청구법인의 주요업무를 OOO에서 포괄적으로 대행하므로 사실상 쟁점건물 11층의 1/2 부분을 제외한 부분은 쟁점임차인들이 전부 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점매입세액 관련 비용은 청구법인이 일괄하여 부담한 후 쟁점임차인들로부터 관리비 명목으로 지급받는데, 쟁점임차인들과 체결한 임대차계약서에 따르면 관리비는 임대면적에 따라 평당 OOO원 정도로 책정되는 점, 쟁점건물은 중앙 냉난방 방식으로 운영되고 있고, 쟁점임차인들 중 영업특성상 개별적으로 계량기를 설치한 임차인에 대해서는 관련 비용을 별도로 청구하고 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.