조합원입주권 취득 후 3년이 경과한 시점에 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제3항을 적용할 수 없고, 쟁점신축주택이 완성된 쟁점신축주택의 사용승인일로부터 2년이 경과한 후 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제4항의 요건도 충족하지 못하므로 1세대1주택 비과세 특례를 적용 받을 수 없다고 보아야 함
조합원입주권 취득 후 3년이 경과한 시점에 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제3항을 적용할 수 없고, 쟁점신축주택이 완성된 쟁점신축주택의 사용승인일로부터 2년이 경과한 후 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제4항의 요건도 충족하지 못하므로 1세대1주택 비과세 특례를 적용 받을 수 없다고 보아야 함
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) (주위적 청구) 1세대1주택 비과세 판정은 양도일 현재를 기준으로 하는 것이고, 청구인의 경우 양도일 현재 “쟁점양도주택과 쟁점조합원입주권”이 아니라 “쟁점양도주택과 쟁점신축주택”을 소유한 쟁점규정①의 일시적인 1세대2주택자이며, 대법원 2011.9.8. 선고 2009두6537 판결에 의하면 조합원입주권을 취득하여 조합원입주권이 주택으로 변환된 대체주택인 경우 그 분양대금 잔금 지급을 완료한 날에 소유권을 취득한 것으로 보고 있으므로 쟁점신축주택의 취득일은 분양대금 지급 완료일인바, 쟁점양도주택을 쟁점신축주택 분양대금 지급 완료일부터 3년 이내에 양도한 청구인은 쟁점규정①의 일시적인 1세대2주택의 비과세 특례를 적용받아야 한다. (가) 이 건은 쟁점양도주택 양도일 현재(소득세법 시행령 제154조 제1항 에 의하면 1세대1주택 비과세에 해당하는지 여부는 양도일 현재로 판정) 일시적 2주택을 소유한 경우로서 쟁점양도주택의 양도에 대하여 소득세법 시행령 제155조 제1항 을 적용할 수 있는지 여부가 문제된다(처분청은 “조합원입주권을 매수하여 주택을 취득한 경우” 쟁점규정①을 적용할 수 없다고 보고 있다). (나) 처분청이 과세근거로 본 소득세법 제89조 제2항 의 법문을 보면, 본문에서 “1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있고, 그 단서에서 예외적으로 소득세법 시행령 제156조의2 규정에 해당하면 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 즉, 본문은 양도일 현재 “주택 + 조합원입주권” 상태인 경우 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 비과세 규정을 적용하지 않는 것이고, 단서 규정은 양도일 현재 “주택 + 조합원입주권” 상태이더라도 거주이전과 같이 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하면 그러하지 아니하다는 것이다. 또한 법률인 “ 소득세법 제89조 제2항 ”에서 위임받아 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우를 규정한 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 을 살펴보면, 제목에서 “주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례”라고 규정하여 비과세 요건이 적용되는 범위를 정하고 있고, 본문에서도 비과세대상이 되는 자를 “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우”라고 규정하여 소득세법 시행령 제156조의2 의 적용 대상은 양도일 현재 조합원입주권과 주택을 소유한 경우에 대한 비과세 특례 규정임을 알 수 있다. (다) 대법원 2010.3.3.자 2010두542 판결(서울고등법원 2009.11.26. 선고 2009누20290 판결, 수원지방법원 2009.6.17. 선고 2008구합9851 판결)에 의하면 소득세법 제89조 제2항 의 입법취지에 대하여 “종래에는 재개발 또는 재건축으로 인한 조합원입주권은 주택으로 취급되지 않았기 때문에 1세대가 보유한 주택의 수를 계산함에 있어 조합원입주권의 수는 고려되지 않았으나, 2005.12.31. 법률 제7837호로 소득세법 제89조 제2항 이 신설되어 2006.1.1.부터 시행됨으로써 조합원입주권도 주택으로 간주되게 되어 1세대가 주택과 조합원입주권을 같이 보유하다가 주택을 양도하는 경우에는 조합원입주권을 주택으로 보아 1세대1주택의 비과세 특례규정을 적용하지 않게 되었다”라고 밝히고 있다. 아울러 근거법령을 구체화한 법령서식(소득세법 시행규칙 별지 제83호의4)에서도 “조합원입주권 소유자 1세대1주택 특례적용신고서”리고 명칭하여 소득세법 시행령 제156조의2 적용대상은 양도일 현재 조합원입주권과 주택을 소유한 경우에 대한 비과세 특례 규정임을 알 수 있다. (라) 처분청은 양도일 현재 1세대가 주택과 조합원입주권을 같이 보유하다가(주택 + 조합원입주권) 주택을 양도하는 경우를 규정한 소득세법 제89조 제2항 및 같은 법 시행령 제156조의2 규정을 적용함에 있어, “조합원입주권을 취득하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택”까지 조합원입주권의 범위에 포함하여 확대해석하여 부과처분한 잘못이 있다. 즉, 처분청의 부과처분의 근거가 된 쟁점규정②는 양도일 현재 조합원입주권과 주택을 소유한 경우에 대한 비과세 특례 규정으로, 양도일 현재 쟁점양도주택과 쟁점신축주택을 소유한 이 건의 사실관계에는 적용되지 않는 법령이다. (마) 따라서 이 건의 경우 청구인은 양도일 현재 쟁점양도주택과 쟁점신축주택을 소유한 경우로서 쟁점규정①을 적용받을 수 있다.
(2) (예비적 청구) 가사, 처분청 의견대로 청구인이 1세대1주택 비과세 적용을 받지 못한다고 하더라도, 청구인이 양도한 쟁점양도주택은 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 의 중과제외주택에 해당하고, 소득세법 시행령 제159조의3 의 1세대1주택으로 보는 주택에 해당하므로 표2의 장기보유특별공제율 적용 대상이다. (가) 중과세율 적용 대상인지 여부 청구인은 대체주택으로 일반분양아파트가 아닌 재건축아파트를 취득한 차이가 있을 뿐 거주이전을 위해 대체주택을 취득한 경위는 동일한바, 가사 처분청의 비과세 부인 논리를 수용하여 조합원입주권을 취득한 자에 해당함을 들어 1세대 1주택 비과세 적용을 받지 못한다고 하더라도, 대체주택인 쟁점신축주택을 사실상 취득한 날이 되는 분양대금 지급 완료일로부터 3년 이내에 쟁점양도주택을 양도한 청구인에게 투기로 인한 중과세율까지 적용하는 것은 주택에 대한 중과세율을 정한 입법취지를 고려하면 청구인에게 너무나 가혹하다. 주택에 관한 중과세율은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것이라는 입법취지(대법원 2009.12.24. 선고 2009두13788 판결)를 감안하여 이 건을 보면, 청구인은 거주이전을 위하여 대체주택에 해당하는 조합원입주권 매수계약을 체결(2016.6.29.)하였고, 매수계약 후 3개월이 지난 다음 분양대금 지급을 완료(2016.9.29.)하고 곧바로 2016.10.21. 전입한 실수요자로서, 법에서 정한 3년 이내에 쟁점양도주택을 양도(2019.9.20.)한 실수요 목적의 일시적인 1세대2주택자이다. 즉, 청구인은 거주이전을 위한 대체주택을 취득하는 과정에서 조합원입주권을 승계취득하는 외형적인 절차를 거친 것에 불과하며(대법원 2009.12.24. 선고 2009두13788 판결, 대체주택 취득과정에서 부득이 3주택이 된 경우 중과대상으로 볼 수 없음), 그 실질은 대체주택을 취득하기 위한 과정이며, 조합원입주권으로 투기이익을 얻고자 함이 아니다. 관련 법령을 살펴보면, 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에서 양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하지 않는 주택으로 “1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택으로서 다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우”를 규정하고 있다. 즉, 대체주택 취득일로부터 3년 이내에 양도하는 주택은 중과제외 주택에 해당한다. 대법원 2011.9.8. 선고 2009두6537 판결에 의하면, 이 건의 경우 조합원입주권을 취득하여 입주권이 주택으로 변환된 주택으로서 분양대금을 완료한 날에 사실상 소유권을 취득한 것으로 보아야 하므로, 쟁점신축주택 분양대금 지급 완료일로부터 기산하면 쟁점신축주택 취득일로부터 3년 이내에 양도하는 쟁점양도주택은 중과제외 주택에 해당한다. 즉, 분양대금 지급완료일인 2016.9.29.부터 3년 이내인 2019.9.20. 양도한 쟁점양도주택은 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택으로서 다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우에 해당한다. 따라서 쟁점양도주택에 대한 양도소득세율은 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따라 일반세율을 적용해야 한다. (나) 장기보유특별공제 적용에 대하여 소득세법 제95조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하고, 소득세법 시행령 제159조의3 에서 “대통령령으로 정하는 1세대1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조‧제155조의2‧제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다”고 규정하고 있는바, 처분청 의견대로 쟁점양도주택이 제156조의2 적용 대상이 아니라고 하더라도 쟁점양도주택은 소득세법 시행령 제159조의3 에서 규정한 제155조 제1항에 따라 1세대1주택으로 보는 경우에 해당한다. 즉, 장기보유특별공제를 규정한 소득세법 제95조 및 같은 법 시행령 제159조의3은 비과세를 규정한 소득세법 제89조 와는 별도의 규정으로 양도일 현재 1세대1주택으로 보는 경우에 해당하면 표2의 장기보유특별공제율이 적용된다. 따라서 처분청 주장처럼 쟁점양도주택의 양도가 소득세법 시행령 제156조의2 규정에 해당하지 않아 1세대1주택 특례를 적용받지 못한다고 하더라도, 쟁점양도주택에 대한 장기보유특별공제는 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제159조의3 규정에 따라 표2에서 규정한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.
(1) (주위적 청구) 이 건 부과처분의 근거 법령은 쟁점규정②이다. (가) 청구인 주장의 핵심은 처분청의 과세 근거인 쟁점규정②의 조문 제목에서 먼저 “주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례”라고 규정하고 있고, 본문에서도 비과세 대상이 되는 자를 “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로서 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우”라고 규정하여 쟁점규정②의 적용대상은 양도일 현재 조합원입주권과 주택을 소유한 경우이어야 한다는 것이다. 그러나 청구인의 주장은 해당 조문의 입법 취지와도 전혀 부합하지 않는 자의적인 해석인바, 쟁점규정②는 2006.1.1. 신설된 조항으로서 그 신설 취지는 “1세대가 일시적으로 1주택과 1입주권 또는 2주택을 소유하더라도 실수요 목적으로 주택 또는 입주권을 취득한 경우에는 주택 양도시 양도세 비과세를 허용하여 1세대1주택자의 주거생활 안정을 지원”하고자 함에 있다. 즉, 종전주택을 입주권 취득 후 1년 경과하여 양도시 재건축주택 완공 후 1년 이내에 종전주택을 양도하는 경우에도 쟁점규정②에 따라 양도소득세를 비과세하겠다는 것으로서 이는 단지 양도일 현재 조합원입주권 상태가 아니라고 하더라도 동 규정이 조합원입주권 특례규정과 관련된 당해 조항임을 알 수 있다. (나) 만약 청구인의 주장과 같이 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득한 후 재건축 기간을 거쳐 완공 후 입주권이 재건축주택으로 변경되고 이때부터 취득시기를 기산하여 중복 보유기간 3년을 따지게 된다면 쟁점규정②의 요건은 유명무실하게 되는 결과를 초래할 것이며, 실질적으로 1세대 2주택의 상태를 장기간 유지하는 경우에도 양도소득세가 비과세되는 결과를 초래하여 1세대1주택에 대한 비과세제도의 취지에 부합하지 않고 법체계에도 맞지 않게 된다. (다) 법령상 1주택자가 조합원입주권을 취득한 경우에 대한 1세대1주택 특례는 아래와 같이 쟁점규정②에만 별도로 규정되어 있을 뿐이다.
1. 쟁점규정② 제3항은 대체취득의 경우에 대한 것으로, 종전주택 취득 후 1년이 경과하여 조합원입주권을 취득하고 조합원입주권 취득일부터 3년 이내 종전주택 양도하는 경우 조합원입주권을 대체주택으로 보아 종전주택을 비과세하는 것이다.
2. 쟁점규정② 제4항은 실수요 목적인 경우에 대한 것으로, 입주권을 취득하고 3년 경과 후 종전주택 양도시 비과세가 적용되지 않으나 재개발․재건축 주택 완성되기 전 또는 완성 후 2년 이내 종전주택을 양도하고, 신축주택 완성일로부터 2년 이내 신축주택으로 전원 이사하여 1년 이상 계속 거주하는 요건을 모두 충족하고 종전주택 양도시 비과세하는 것이다. (라) 청구인의 경우, 2016.7.20.(조합원입주권 취득 잔금 청산일) 조합원입주권 취득 후 3년이 경과한 2019.9.20. 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제3항을 적용할 수 없고, 쟁점신축주택이 완성된 2016.8.18.(쟁점신축주택의 사용승인일)로부터 2년이 경과한 후 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제4항의 요건도 충족하지 못하므로 1세대1주택 비과세 특례를 적용 받을 수 없다. (마) 쟁점신축주택의 취득시기를 분양대금 지급 완료일로 보아야 한다는 청구인 주장의 경우, 위에서 본 바와 같이 이 건 부과처분의 근거 법령은 쟁점규정②인바, 쟁점규정② 제3항은 쟁점조합원입주권을 취득하고 3년 이내 쟁점양도주택을 양도하여야 하는 것으로, 쟁점규정② 제4항은 쟁점신축주택 완성 후 2년 이내 쟁점양도주택을 양도하여야 하는 것으로 법령상 명확히 규정하고 있으므로 쟁점신축주택의 취득시기를 언제로 볼 것인지 여부는 쟁점규정②와 관련이 없다. 즉, “분양대금 지급 완료일”을 신축주택의 취득시기로 보아야 한다는 주장은 쟁점규정② 비과세 특례규정의 요건과는 무관하다.
(2) (예비적 청구) 청구인은 조정대상지역 내 2주택자로 다주택 중과세율 적용 대상이고, 장기보유특별공제 적용 배제 대상이다. (가) 다주택 중과세율 적용 대상 여부
1. 국심 2006서1741(2006.7.7.)에 의하면 재건축주택조합원이 취득하는 아파트는 “자기가 건설한 건축물”에 해당하여 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 규정이 적용되고, 동 규정에 의하여 사용승인일을 취득시기로 보는 것이며, 국세청 서면4팀-1828(2005.10.6.)에 의하면 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원으로부터 그 조합원의 입주자로 선정된 지위를 승계‧취득한 경우 재건축된 주택의 취득시기는 당해 재건축아파트의 사용승인서 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 된다.
2. 다주택자가 조정대상지역의 주택을 2018.4.1. 이후 양도하는 경우 양도소득세를 중과(1세대 2주택자는 세율 10%, 1세대 3주택 이상인 자는 20% 가산 및 장기보유특별공제 배제)하는 제도로 개정되었고, 그 적용범위로 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 중과세 대상에서 제외하는 주택을 제1호 내지 제11호에서 열거하고 있는바, 본 건의 경우 제8호 “1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택(다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우에 한함)” 규정이 적용된다.
3. 쟁점신축주택의 사용승인일은 2016.8.18.이고 쟁점신축주택의 분양대금 지급 완료일은 2016.9.29.인바, 청구인은 쟁점조합원입주권을 원조합원으로부터 2016.7.20. 승계취득한 것으로서, 승계취득한 재건축아파트의 취득시기를 분양대금 지급완료일로 보아야 한다고 주장하나, 잔금청산일을 취득시기로 보는 것은 취득시기를 판정하는 일반적인 경우에 해당하는 것이고, 관련 법령인 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 제1항 제4호에 의하면 “자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다”고 규정하고 있으며, 조세심판원 결정 및 국세청 예규도 동일한 입장이다.
4. 이 건의 경우 쟁점신축주택은 “자기가 건설한 건축물”에 해당하므로 그 취득시기를 판정함에 있어서는 관련 법령 및 국세청 예규, 조세심판원 결정 등에 따라 사용승인일로 봄이 타당한바, 청구인은 쟁점신축주택을 2016.8.18. 취득하였고 그로부터 3년이 경과한 2019.9.20. 쟁점양도주택을 양도하였으므로 다주택 중과배제 대상에서 제외하는 주택의 양도에 해당하지 아니한다. (나) 장기보유특별공제 적용 배제 여부
1. 청구인은 쟁점양도주택에 대한 장기보유특별공제는 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제159조의3에 따라 표2에서 규정한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 주장이다.
2. 그러나 위에서 본 바와 같이 쟁점양도주택은 1세대1주택 특례 적용 대상이 아닐뿐더러 청구인은 양도일 현재 조정대상지역 내 2주택자로서 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 에서 열거하고 있는 중과세 대상에서 제외하는 주택에도 해당하지 아니하므로 소득세법 시행령 제159조의3 규정에 따라 표2에서 규정한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장은 이유없다.
① 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득한 후 재건축기간을 거쳐 완공 후 입주권이 재건축주택으로 변경된 경우 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 및 제4항이 아닌 제155조 제1항을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점양도주택 양도가 1세대2주택 중과세율 적용 대상인지 여부
③ 쟁점양도주택 양도가 장기보유특별공제 배제 대상인지 여부
(1) 청구인은 2002.5.24. OOO를 취득하였고, OOO가 2008년 쟁점양도주택으로 재건축되었으며, 청구인은 쟁점양도주택을 2019.9.20. 양도하였다.
(2) AAA은 2016.7.20. 쟁점조합원입주권을 원조합원으로부터 승계취득하였고, 이후 쟁점신축주택이 2016.8.18. 사용승인되었으며, AAA은 2016.9.29. 쟁점신축주택 분양대금(잔금) 지급을 완료하고 2017.9.25. 쟁점신축주택에 대하여 자신의 명의로 소유권보존등기를 경료하였다.
5. 주택과 조합원입주권 보유세대에 대한 양도소득세 비과세 요건 신설
(1) 일시적 1세대2주택(1주택+1입주권)에 대한 양도세 비과세 요건 (소득세법 시행령 제156조의2 제3항, 제4항)
○ 1세대가 일시적으로 1주택과 1입주권또는 2주택을 소유하더라도 실수요 목적으로 주택 또는 입주권을 취득한 경우에는
• 주택 양도시 양도세 비과세를 허용하여 1세대 1주택자의 주거생활 안정을 지원
- 나. 개정내용 종 전 개 정 <신 설>
① 1세대 2주택자의 주택 중 1주택이 입주권으로 전환된 경우 주택 양도시 양도세 비과세 배제
② 1세대 1주택자가 입주권을 취득한 후 주택을 양도하는 경우에는 다음 요건 충족시 양도세 비과세
○ 입주권 취득 후 1년 이내 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 종전 주택을 양도하는 경우 ※ 현행 이사로 인한 일시적 1세대 2주택 비과세와 동일한 기준을 적용
○ 종전 주택을 입주권 취득 후 1년 경과하여 양도시 아래 요건 (㉠+㉡+㉢)을 충족하는 경우 양도세 비과세 적용 ㉠ 종전 주택이 1세대 1주택 비과세 요건 갖출 것 ㉡ 재건축주택 완공전 또는 완공후 1년이내에 종전주택 양도 ㉢ 재건축주택 완공후 1년이내 재건축주택으로 세대전원이 이사하고 1년 이상 거주
- 다. 적용시기 및 적용례 ◦ 2006.1.1. 이후 재개발. 재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용 ◦ 2005년말 이전에 재개발. 재건축사업의 관리처분계획이 인가된 입주권은 2006.1.1. 이후 취득한 분부터 적용
(3) 쟁점규정②는 2005.12.31. 소득세법 및 소득세법 시행령 개정시 신설된 규정으로, 쟁점규정② 신설 당시 2006년 개정세법 해설의 내용은 다음과 같다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 양도일 현재 쟁점양도주택과 쟁점신축주택을 소유한 쟁점규정①의 일시적인 1세대2주택자이고, 조합원입주권을 취득하여 조합원입주권이 주택으로 변환된 대체주택인 쟁점신축주택의 취득일은 분양대금 지급 완료일이므로, 쟁점양도주택을 쟁점신축주택 분양대금 지급 완료일부터 3년 이내에 양도한 청구인은 쟁점규정①의 일시적인 1세대2주택의 비과세 특례를 적용받아야 한다고 주장하나 다음과 같은 이유로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (가) 쟁점규정②는 2005.12.31. 소득세법 및 소득세법 시행령 개정시 신설된 규정으로, 그 취지는 1세대가 일시적으로 “1주택과 1입주권” 또는 “2주택”을 소유하더라도 실수요 목적으로 주택 또는 입주권을 취득한 경우에는 주택 양도시 양도세 비과세를 허용하여 1세대1주택자의 주거생활 안정을 지원”하고자 하는 것인바, 이는 1세대 1주택자가 조합원입주권을 취득한 후 주택을 양도하는 경우 일정 요건을 충족하는 경우에만 양도소득세를 비과세하겠다는 취지라 할 것이다. 즉, 쟁점규정②에 의하면 “입주권 취득 후 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도”하는 경우에 대하여도 규정하고 있고, 이는 쟁점규정②가 “1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득한 후 재건축기간을 거쳐 완공 후 입주권이 재건축주택으로 변경된 경우”에 대하여도 규율하고 있음을 전제로 하는 것인바, 종전주택을 입주권 취득 후 1년이 경과하여 양도시 재건축주택 완공 후 1년 이내에 종전주택을 양도하는 경우에도 쟁점규정②에 따라 양도소득세를 비과세하겠다는 것으로, 이는 단지 양도일 현재 조합원입주권 상태가 아니라고 하더라도 쟁점규정②에 따라 비과세 여부를 판단하겠다는 것이며, 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 일시적 1세대 2주택에 대한 양도소득세 비과세규정인 쟁점규정①의 적용이 배제된다는 취지로 보아야 한다. (나) 만약 청구인 주장과 같이 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득한 후 재건축 기간을 거쳐 완공 후 입주권이 재건축주택으로 변경되고 이때부터 취득시기를 기산하여 중복 보유기간 3년을 따지게 된다면 쟁점규정②를 별도로 규정하고 있는 법령 체계와 맞지 아니하다. (다) 청구인의 경우, 2016.7.20. 조합원입주권 취득 후 3년이 경과한 2019.9.20. 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제3항을 적용할 수 없고, 쟁점신축주택이 완성된 2016.8.18.(쟁점신축주택의 사용승인일)로부터 2년이 경과한 후 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점규정② 제4항의 요건도 충족하지 못하므로 1세대1주택 비과세 특례를 적용 받을 수 없다고 보아야 한다.
(5) 다음으로, 쟁점②‧③에 대하여 살피건대, 청구인은 설령 청구인이 1세대1주택 비과세 적용을 받지 못한다고 하더라도 쟁점양도주택은 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 의 중과제외주택에 해당하고, 소득세법 시행령 제159조의3 의 1세대1주택으로 보는 주택에 해당하므로 표2의 장기보유특별공제율 적용 대상이라고 주장하나, 재건축주택조합원이 취득하는 아파트는 “자기가 건설한 건축물”에 해당하여 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정이 적용되고 동 규정에 의하여 사용승인일을 취득시기로 보는 것이므로 쟁점신축주택의 취득시기는 사용승인일로 봄이 타당한바(국심 2006서1741, 2006.7.7., 같은 뜻임), 청구인은 쟁점신축주택을 2016.8.18. 취득하였고 그로부터 3년이 경과한 2019.9.20. 쟁점양도주택을 양도하였으므로 쟁점양도주택의 양도는 다주택 중과 대상에서 제외하는 주택의 양도에 해당하지 아니한다고 할 것이다. 따라서, 쟁점양도주택의 양도가 중과제외 및 장기보유특별공제율 적용 대상이라는 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정 전) 제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정 전) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년이상인 경우
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.
3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우
4. 거주자가 해당 주택을 임대하기 위하여 법 제168조 제1항에 따른 등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 한 경우. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제43조 를 위반하여 임대의무기간 중에 해당 주택을 양도하는 경우와 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하는 경우는 제외한다.
5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우
⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. 제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ① 삭제 <2017. 2. 3.>
② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.
③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.
④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것
2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당하는 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액 제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.
5. 〜 10. (생략) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]
결정내용은 붙임과 같습니다.