쟁점토지를 고유목적사업(경작)에 사용하였고, 비사업용토지 기간요건도 충족되지 않으므로 법인세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2013.1.21. 설립되어 농업경영, 부동산 매매업 등을 영위하는 법인으로, 2018년 중 OOO 답 2,000㎡와 같은 리 74-6 답 2,232㎡(당초 3,058㎡ 중 826㎡는 2016년과 2017년에 매각, OOO 답 2,000㎡와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하였다.
• 나. 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고시 총 수입금액을 OOO으로 하고, 총 매출원가를 OOO으로 하여 법인세 OOO을 신고하였으나, 쟁점토지 양도 관련 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고는 하지 아니하였다.
• 다. 처분청은 OOO지방국세청장의 2020년도 정기종합감사 처분지시 처리과정에서 쟁점토지의 양도가 비사업용토지의 양도에 해당한다고 판단하였고, 이에 따라 2020.9.23. 청구법인에게 2018사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 정관 제2조에 “본 회사는 생산성 향상을 위한 기업적 농업경영과 영농대행사업을 주사업으로 하고, 다음 각 호의 사업을 부대사업으로 한다.”고 명시되어 있고,농지법제6조 제1항에서는 “농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.”라고 명시되어 있어 농지의 구입에 대해 농업인이나 농업법인이 아니면 할 수 없도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 다음에 기술한 내용과 같이 청구법인이 농업경영 목적으로 취득하였고, 농업회사법인의 고유목적에 사용한 사실이 명백하다. 청구법인은 2016.4.28. OOO이 발행하는 농지취득자격증명을 발급받아 청구법인 명의로 농지를 취득한 사실이 있고, 쟁점토지 중 일부토지 양도 경위는 청구법인을 설립한 청구법인 대표이사 OOO의 아버지 OOO이 다육식물 재배하는 농장경영을 목표로 농장을 짓기 위해 동분서주하다가 불의의 사고로 사망하자, 어쩔 수 없이 큰 딸인 OOO이 청구법인을 인수받아 운영하던 중 아버지 OOO의 청구법인 토지매입 관련 채무상환의 필요성이 있어 쟁점토지 중 일부토지를 여러사람에게 분할하여 양도하게 되었다. 청구법인은 쟁점토지에서 생산한 쌀을 직원들에게 구매하도록 하여 판매OOO한 사실이 있고, 마을이장의 딸인 OOO으로부터 쌀 수매대금으로 OOO을 수령한 사실이 있으며, 2016.9.21. OOO과 OOO이 OOO 외 2필지 전 9,272㎡를 구입하여 기업영농을 하면서 농사를 지은 사실도 있고OOO, 청구법인의 이사이면서 OOO의 동생인 OOO도 OOO 토지 1,618㎡를 소유자인 OOO으로부터 빌려 기업영농을 하고 있는 사실이 OOO이 2019.10.24. 발행한 농지원부에서도 확인되는바, 이러한 영농은 추후 다육식물재배 자동화시스템비닐하우스가 완공되면 아버지 OOO이 운영하려고 했던 OOO 사업장과 합쳐서 운영하려고 하였던 것이다. 또한, OOO이 작성한 자경농지확인서와 인근 주민이 작성한 인우보증서에도 청구법인이 쟁점토지를 자경한 사실이 확인되고, 2018년 당시 청구법인이 농업자재를 매입한 영수증도 있는바, 다만, 청구법인의 사업장 주소가 OOO로 되어있지 않아 전 소유자인 OOO을 통해서만 벼모종, 농약, 비료 등을 살 수 있었고, 수매도 OOO 명의로 하였기 때문에 형식적으로는 전 지주가 농사를 지은 것으로 볼 수도 있었을 것이며, 직불금은 청구법인의 대표이사인 OOO의 동의없이 OOO이 지급받은 것으로 보인다. 쟁점토지의 전 소유자 OOO이 작성한 진술서에는 토지를 팔았어도 면사무소에 토지양도신고를 하지 않아 직불금이 그냥 전 소유자인 자신에게 입금되었고, 농촌의 토지매매 시 관습에 의해 계약연도인 2016년 농사까지는 자신이 짓기로 하였는데, 2016년 4월에 모심기가 끝났고, 농사자재를 이미 계약해 놓는 등 농촌 관례에 따라 2016년 쌀농사는 자신이 짓기로 약정되어 있어 어쩔 수 없었고, 2016.10.16. 추수가 끝난 이후부터는 청구법인이 직접 농사를 지은 사실이 있다고 되어 있다. 법인세법제55조의2 제2항에 따라 비사업용토지 요건이 성립하려면, 기간기준(일정한 기간 비사업용 토지로 유지할 것)과 종류기준(비사업용 토지의 종류에 해당할 것)을 충족할 것을 요구하는데, 청구법인의 경우 농업을 주업으로 하는 법인으로 쟁점토지가 답에 해당되므로 종류기준에는 해당하지 아니하고, 청구법인이 사업용 토지로 인정받기 위한 기간기준을 보면 양도일 직전 5년 중 3년 이상 업무에 사용하는 경우(비사업용이 아닌 경우), 양도일 직전 3년 중 2년 이상 업무에 사용하는 경우(비사업용이 아닌 경우), 토지의 소유기간 중 60% 이상에 해당하는 기간 동안 업무에 사용한 경우(비사업용이 아닌 경우) 등으로 이는 계속 사용을 요건으로 하지 아니하는데, 쟁점토지는 전 소유자 OOO이 경작한 2016.4.28.부터 2016.10.15.까지 171일을 제외하더라도 아래 <표1>과 같이 전체 보유기간 중 60%이상을 청구법인이 경작한 사실이 있으므로 비사업용토지의 기간기준에도 해당하지 아니한다. <표1> 쟁점토지 자경(직접경작 비율) 더욱이,농지법그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 법인세법 시행령제92조의5 제3항 각 호에 규정하는 농지는 과세대상에서 제외한다고 규정하고 있고,농지법제6조 제1항에서 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다고 규정하고 있으며, 청구법인은 2016.3.17. OOO으로부터 농지법 시행령제7조에 의거 정당하게 농지취득자격증명원을 발급받아 농지를 취득하였는바, 청구법인이농지법에 따라 쟁점토지를 취득하였고, 총 보유기간의 60% 이상 기간동안 영농에 이용한 사실이 있으므로, 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지를 매입 후 고유목적사업인 농업에 사용하였다고 주장을 하고 있으나, 청구법인의 정관에는 농업뿐만 아니라 부동산 매매, 임대 및 전대업이 추가되어 있고, 2016∼2018사업연도 법인세 신고서에는 농업과 관련한 매출이 반영된 사실이 없으며, 토지 매매시 유형자산 및 유형자산매매손익 계정이 아닌 재고자산 및 상품매출원가, 매출 계정으로 회계처리 한 점으로 보아 농업이 아닌 부동산매매업을 영위한 것으로 보인다. 청구법인이 제시한 농지원부가 쟁점토지와 관련되어 있다는 사실을 확인할 수 없고, 대표이사가 제출한 농지원부와 대표이사의 동생인 OOO가 제출한 다육식물관련 서류 역시 각종 혜택을 위한 신청으로 쟁점토지에서 농업을 하였다는 것과는 무관하며, 농지취득자격증명은 최초 매입 시 필요한 증명일 뿐 쟁점토지를 양도한 시점에 농지로 사용하였다는 입증이 될 수 없고, 매년 갱신하는 증명원이 아니므로 2018년도에 경작을 하였다는 것을 증명하기에는 부족하다. 청구법인이 제출한 자경농지 확인서 중 OOO이 작성한 확인서는 청구법인이 쟁점토지에서 자경을 하였다는 사실을 확인하고 있으나, 과세전적부심 담당공무원의 전화 통화시 이장으로 역임한 사실이 확인되지 아니하였고, 통화를 중단하여 추가로 확인이 불가하였으며, 다른 확인서에서는 청구법인의 사용허가를 받아 본인이 직접 자경하였다는 사실을 확인하고 있고, 2부 확인서의 글자체도 다른 점으로 보아 신빙성이 부족하며, 제출된 인우보증서에 기재된 연락처로 연락을 하였으나, 통화가 되지 않아 이 부분에 대하여도 확인이 불가하다. 쟁점토지 전 소유자인 OOO은 유선통화에서 본인은 농업경영체의 농업인으로서 청구법인에게 쟁점토지 양도한 후 2016〜2018년 사이에 청구법인과 구두로 약정하여 농지위탁경영을 하였으며, 쟁점토지를 포함한 약 4,000평과 OOO의 약 6,000평을 경작하는 농업인이고, 청구법인에게 쟁점토지 농사 경작시 비용청구를 하였고, 가을 추수 후에 쌀은 포대에 담아 인근 영농조합법인으로 보냈으며, 쟁점토지의 쌀 직불보조금은 본인이 경작자로서 신청하여 수령하였다고 답하였으나, 이후 추가로 제출한 서면답변서에서는 2017년부터 청구법인이 직접 경작을 하였다고 기술하는 등 당초 유선통화상의 답변과 해당 서면답변간의 차이가 있어 OOO의 진술내용에 신빙성이 있다고 보기 어렵다. 또한, 청구법인이 제출한 쌀 구매확인서상 확인되는 금액 OOO과 2020.8.10. 법인세 수정신고서에 매출누락으로 반영한 OOO이 상이하고, 쌀 대금을 지급받은 것의 증빙이 누락되어 확인이 불가하며, 청구법인이 2016년부터 자경을 하여 판매수익이 발생하였다면 정미, 포대작업, 판매내역 등의 일련의 과정들이 있어야 하지만 구체적인 증빙이 없고, 농자재구매영수증의 경우에도 간이영수증으로 적격 증빙으로 보기 어려우며, 추가로 제출한 농사를 짓는 사진의 경우 사진을 촬영한 시점을 알 수가 없어 실제 경작의 증빙으로 받아들이기 어렵다. 마지막으로, 청구법인은법인세법제55조의2 규정에 따라 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하고 있으나, 신고서와 제출된 서류를 검토하였을 때 농업이 아닌 부동산매매업이 주된 사업이라고 판단할 수 있고, 양도일 직전 3년 중 2년 이상 농업에 사용하였다는 것도 확인할 수 없으므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 것은 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업(경작)에 사용하였고, 비사업용토지 기간요건도 충족되지 않으므로 법인세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제55조의2 [토지 등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.
• 나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[지방자치법제3조 제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제6조 제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (2) 법인세법 시행령 제92조의5 [농지의 범위 등] ①법 제55조의2 제2항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. 1.농지법제6조 제2항 제2호ㆍ제6호ㆍ제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지 2.농지법제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지 3.농지법제6조 제2항 제10호 라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 6.농지법그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지

④ 법 제55조의2 제2항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제55조의2 제2항 제1호 나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 3년을 말한다. (3) 농지법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

• 가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.
• 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

2. "농업인"이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

3. "농업법인"이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따라 설립된 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따라 설립되고 업무집행권을 가진 자 중 3분의 1 이상이 농업인인 농업회사법인을 말한다.

4. "농업경영"이란 농업인이나 농업법인이 자기의 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것을 말한다.

5. "자경(自耕)"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업(農作業)의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

6. "위탁경영"이란 농지 소유자가 타인에게 일정한 보수를 지급하기로 약정하고 농작업의 전부 또는 일부를 위탁하여 행하는 농업경영을 말한다. 제6조 [농지 소유 제한]

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우 2.초ㆍ중등교육법및고등교육법에 따른 학교, 농림축산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지ㆍ종묘생산지 또는 과수 인공수분용 꽃가루 생산지로 쓰기 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

3. 주말ㆍ체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 이하 같다)을 하려고 농지를 소유하는 경우

4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

5. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 하던 자가 이농(離農)한 후에도 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유하는 경우

6. 제13조 제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(자산유동화에 관한 법률 제3조 에 따른 유동화전문회사 등이 제13조제1항 제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)

7. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

8. 제34조 제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우 9.한국농어촌공사 및 농지관리기금법제24조 제2항에 따른 농지의 개발사업지구에 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 1천500제곱미터 미만의 농지나농어촌정비법제98조 제3항에 따른 농지를 취득하여 소유하는 경우 9의2. 제28조에 따른 농업진흥지역 밖의 농지 중 최상단부부터 최하단부까지의 평균경사율이 15퍼센트 이상인 농지로서 대통령령으로 정하는 농지를 소유하는 경우

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가.한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따라 한국농어촌공사가 농지를 취득하여 소유하는 경우

• 나. 농어촌정비법 제16조 ㆍ제25조ㆍ제43조ㆍ제82조 또는 제100조에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우 다.공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 따라 매립농지를 취득하여 소유하는 경우
• 라. 토지수용으로 농지를 취득하여 소유하는 경우
• 마. 농림축산식품부장관과 협의를 마치고공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우 바.공공토지의 비축에 관한 법률제2조 제1호 가목에 해당하는 토지 중 같은 법 제7조 제1항에 따른 공공토지비축심의위원회가 비축이 필요하다고 인정하는 토지로서국토의 계획 및 이용에 관한 법률제36조에 따른 계획관리지역과 자연녹지지역 안의 농지를 한국토지주택공사가 취득하여 소유하는 경우. 이 경우 그 취득한 농지를 전용하기 전까지는 한국농어촌공사에 지체 없이 위탁하여 임대하거나 무상사용하게 하여야 한다.

③ 제23조 제1항 제2호부터 제6호까지의 규정에 따라 농지를 임대하거나 사용대(使用貸)하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 그 기간 중에는 농지를 계속 소유할 수 있다. 제23조 [농지의 임대차 또는 사용대차] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 농지를 임대하거나 사용대(使用貸)할 수 없다.

1. 제6조 제2항 제1호ㆍ제4호부터 제9호까지ㆍ제9호의2 및 제10호의 규정에 해당하는 농지를 임대하거나 사용대하는 경우

2. 제17조에 따른 농지이용증진사업 시행계획에 따라 농지를 임대하거나 사용대하는 경우

3. 질병, 징집, 취학, 선거에 따른 공직취임, 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 인하여 일시적으로 농업경영에 종사하지 아니하게 된 자가 소유하고 있는 농지를 임대하거나 사용대하는 경우

4. 60세 이상이 되어 더 이상 농업경영에 종사하지 아니하게 된 자로서 대통령령으로 정하는 자가 소유하고 있는 농지 중에서 자기의 농업경영에 이용한 기간이 5년이 넘은 농지를 임대하거나 사용대하는 경우

5. 제6조 제1항에 따라 소유하고 있는 농지를 주말ㆍ체험영농을 하려는 자에게 임대하거나 사용대하는 경우, 또는 주말ㆍ체험영농을 하려는 자에게 임대하는 것을 업(業)으로 하는 자에게 임대하거나 사용대하는 경우

6. 제6조 제1항에 따라 개인이 소유하고 있는 농지를 한국농어촌공사나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자에게 위탁하여 임대하거나 사용대하는 경우

7. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 농지를 한국농어촌공사나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자에게 위탁하여 임대하거나 사용대하는 경우

• 가. 상속으로 농지를 취득한 자로서 농업경영을 하지 아니하는 자가 제7조 제1항에서 규정한 소유 상한을 초과하여 소유하고 있는 농지
• 나. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 한 후 이농한 자가 제7조 제2항에서 규정한 소유 상한을 초과하여 소유하고 있는 농지

8. 자경 농지를 농림축산식품부장관이 정하는 이모작을 위하여 8개월 이내로 임대하거나 사용대하는 경우

② 제1항에도 불구하고 농지를 임차하거나 사용대차한 임차인 또는 사용대차인이 그 농지를 정당한 사유 없이 농업경영에 사용하지 아니할 때에는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 임대차 또는 사용대차의 종료를 명할 수 있다. 제24조 [임대차ㆍ사용대차 계약 방법과 확인] ① 임대차계약(농업경영을 하려는 자에게 임대하는 경우만을 말한다. 이하 이 절에서 같다)과 사용대차계약(농업경영을 하려는 자에게 사용대하는 경우만을 말한다)은 서면계약을 원칙으로 한다.

② 제1항에 따른 임대차계약은 그 등기가 없는 경우에도 임차인이 농지소재지를 관할하는 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장의 확인을 받고, 해당 농지를 인도(引渡)받은 경우에는 그 다음 날부터 제삼자에 대하여 효력이 생긴다.

③ 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장은 농지임대차계약 확인대장을 갖추어 두고, 임대차계약증서를 소지한 임대인 또는 임차인의 확인 신청이 있는 때에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 임대차계약을 확인한 후 대장에 그 내용을 기록하여야 한다. (4) 농지법 시행령 제3조 [농업인의 범위] 법 제2조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

2. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

3. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금(家禽: 집에서 기르는 날짐승) 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

4. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구법인은 2013.1.21. OOO을 본점사업장으로 하고, 농업/영농법인(2014.6.13. 부동산업/부동산매매업을 부업종으로 추가)을 주업종(정관에는 기업적 농업경영과 영농대행사업으로 기재)으로 하여 설립되었으며, 설립 당시에는 대표이사가 OOO이었으나, OOO의 사망으로 2016.10.12. OOO의 자녀이자 사내이사인 OOO이 대표이사에 취임한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 쟁점토지의 취득 및 일부토지 지분의 분할양도 등 토지거래내역은 아래 <표2> 및 <표3>과 같은바, 청구법인은 쟁점토지를 2016.4.28. 전 소유자 OOO으로부터 취득하여 2016.9.19.부터 2018.12.28.까지 OOO 외 7인에게 총 8회에 걸쳐 분할양도한 것으로 나타나고, 총 취득가액은 OOO, 총 양도가액은 OOO에 OOO의 양도차익이 발생한 것으로 나타난다. <표2> 쟁점토지 중 OOO 토지 취득 및 양도내역 <표3> 쟁점토지 중 OOO 토지 취득 및 양도내역

(3) 처분청 검토담당자가 OOO지방국세청장의 정기종합감사 지적에 따라 2020년 6월 작성한 과세자료 검토서에 의하면, 청구법인이 자경기간이 2018년 1년으로 기재된 자경농지확인서와, 농지사용확인서 1부, 쌀 구매 확인서 4부, 농약구매 간이영수증 사본 등을 제출하였으나, 자경농지확인서 작성자인 OOO이 주민번호 끝자리를 기재하지 아니하였고, 동 작성필체가 농지사용확인서상 OOO의 글씨체와 상이하여 신빙성이 있다고 보기 어렵고, 농지사용확인서의 내용은 청구법인이 OOO에게 자가로 사용하라고 하였다는 사실과 OOO 외 3인이 작성한 쌀구매확인서상 쌀 구매 내용이 상충되며, OOO 외 3인이 작성한 쌀 구매확인서의 경우 확인서 외에 쌀 구매 관련 입증자료 등이 없고, 농약구매영수증은 적격증빙이 아닌 간이영수증으로 신빙성이 없으므로 청구법인이 쟁점토지를 자경한 것으로 보기 어렵다고 보았고, 주 업종의 경우 청구법인이 작물재배업 수입금액을 신고한 적이 없고 계속해서 부동산매매업의 수입금액만 신고한 사실에서 부동산매매업이 주업종에 해당하므로 쟁점토지의 양도차익을 비사업용토지의 양도와 관련된 것으로 판단한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인이 쟁점토지 취득 후 실제 자경을 하였다고 주장하면서 제출한 주요 증빙서류는 다음과 같다. (가) 2016.3.17. OOO이 발급한 농지취득자격증명서에는 쟁점토지가 취득농지이고, 신청인이 청구법인이며, 취득목적은 농업경영으로 되어 있다. (나) 경작현장 사진에는 농지에서 이양기로 모내기하는 모습이 촬영되어 있다(촬영일시와 지번 등 사진현황에 대한 설명은 미기재). (다) 전소유자 OOO이 2020.11.14. 작성한 확인서에서 2016년에는 본인이 농사를 지었고, 2017년부터는 청구법인에서 짓기로 하였으나, OOO 아버지의 사망으로 OOO에게 2년 동안 농사짓는 법을 가르쳐 주며 본인의 이름으로 비료와 농약을 구입하였으나, 실제로는 청구법인 대표이사인 OOO이 농사를 지은 것이라고 기재되어 있다. (라) 인근 주민 OOO이 2020년 4월 작성한 농지사용확인서와 자경농지 확인서에는 청구법인이 본인에게 사용하라고 하여 자가로 사용했음을 확인한다고 기술하고 있고, OOO 외 5인이 작성한 인우보증서(내용없이 연락처와 주소, 생년월일 기재)도 제출하였다. (마) 청구법인이 법인 직원이라고 주장하는 OOO 외 3인이 작성한 쌀구매확인서에는 2018년 11월 경 청구법인으로부터 쌀을 구매하였다고 기술되어 있다. (바) 청구법인은 2018년 중 공급자인 OOO로부터 농약 등을 구입하였다는 증빙으로 농약구매영수증 2매을 제시하였다.

(5) 처분청 담당자가 쟁점토지의 전 소유자인 OOO과 2020.9.17.(목) 오전(9시 58분)에 유선으로 통화한 내역에 의하면, OOO은 OOO의 농업인(농업경영체)으로서 청구법인에게 쟁점토지 양도한 후 2016년∼2018년 사이 청구법인과 구두약정하여 농지위탁경영을 하였고, 청구법인은 쟁점토지를 포함OOO한 약 4,000평과 OOO의 약 6,000평을 경작하는 농업인이며, 청구법인에게 쟁점토지 경작과 관련된 비용을 매년 청구하였고, 가을 추수 후에 거둔 쌀은 포대에 담아 인근 영농조합법인으로 보냈으며, 쟁점토지의 쌀 직불 보조금은 본인이 경작자로서 신청하여 수령하였다고 통화한 것으로 나타난다.

(6) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 처분청 담당자가 OOO의 항공사진 간편출력 메뉴를 이용하여 쟁점토지의 항공사진 2부(촬영일자 2016.5.8., 2018.5.26.)를 출력한 결과, 쟁점토지와 인근 토지가 농지로 사용되고 있음을 확인하였다고 하고 있다.

(7) 국세통합전산망 조회자료에 나타난 청구법인의 2016∼2018사업연도 법인세 신고내역(손익계산서의 매출액)과 부동산실거래가액 조회내역에 의하면 2016∼2018사업연도 중 상품매출이 발생하였으나, 모두 토지의 양도와 관련된 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 실제 영농에 사용(자경)하였고, 총 보유기간의 60% 이상을 사업용으로 사용하였으므로 처분청이 이 건 법인세를 부과한 것이 부당하다고 주장하나, 청구법인이 설립 이후 농업관련 수입금액을 신고한 내역이 확인되지 아니하고, 청구법인의 주업종이 농업/영농법인으로 되어 있으나 법인세 신고사항을 보면 토지 등 재고자산 양도 관련 수입금액이 대부분이고 농업수입은 없는 것으로 나타나 부동산매매업이 주업종인 것으로 보이므로 쟁점토지의 양도는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지의 양도로 보이는 점, 청구법인이 제시한 OOO과 인우보증인들의 확인서는 사인간에 임의 작성 가능한 것으로 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, 2018년도 쌀직불금 신청 및 수령자가 전 소유자인 OOO인 사실에서 청구법인이 쟁점토지를 직접 경작하였다기 보다 OOO을 통해 위탁경영하였다고 보이는 점, 그 밖에 청구법인이 쟁점토지를 농업경영 등 고유목적사업에 사용하였다고 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에서 처분청이 쟁점토지의 양도를 비사업용토지의 양도로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.