조세심판원 심판청구 양도소득세

겸용주택인 쟁점건물의 양도차익에 대하여 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여야 하는지 여부

사건번호 조심-2021-서-0793 선고일 2021.04.28

임대차계약서에도 옥상에 보관됨 짐을 옮기라는 내용이 기재되어 있을 만큼 임차인이 쟁점건물 대부분을 사업용으로 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 임차인이 쟁점건물의 대부분을 상가면적으로 사용한 것으로 보아 쟁점건물의 양도차익에 대하여 실지 사용내역에 따라 장기보유특별공제율을 각각 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2017.9.18. OOO 외 1필지 대지 39.8057㎡(청구인 지분면적) 및 그 지상 3층 상가(근린생활시설) 176.63㎡(옥탑 5.36㎡ 포함, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 OOO원에 OOO에게 일괄양도하고, 2017.11.30. 처분청에 양도소득세를 신고하면서 아래 OOO과 같이 청구인이 쟁점건물에 거주하기 이전에 쟁점건물을 임차하여 거주 및 OOO이라는 상호로 이삿짐운반업, 이삿짐보관업을 영위한 OOO(이하 “임차인”이라 한다)이 쟁점건물을 임차하여 사용한 기간(2005.7.6.∼2014.3.30., 약 8년 9개월) 동안 아래 쟁점건물의 평면도 상 A.침실과 B.교회를 주택면적으로 사용하고, D.주방(이하 각각 “A.침실, B.교회, D.주방”이라 한다)을 상가면적으로 사용하여 주택면적이 상가면적보다 큰 것으로 보아 쟁점건물 전체를 주택으로 하고, 청구인이 쟁점건물에 거주한 기간(2014.3.31.∼2017.9.19., 약 3년 6개월) 동안 A.침실을 주택면적으로, B.교회를 상가면적으로 사용하고, D.주방과 계단 및 화장실을 공용면적으로 보아 주택면적과 상가면적의 비율로 안분하여 쟁점건물의 주택면적과 상가면적을 각각 산정하였으며, 상가면적이 주택면적보다 큰 것으로 보아 주택면적은 1세대 1주택 고가주택으로, 상가면적은 일반 상가의 양도로 하여 세액을 계산하면서 주택면적에 대하여 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 80%(보유기간 10년 이상)를 적용하고, 상가면적에 대하여는 일반자산에 대한 장기보유특별공제율 30%(보유기간 10년 이상)를 적용하여 2017.11.30. 처분청에 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. OOO OOO
  • 나. 이후 청구인은 아래 OOO와 같이 청구인의 거주기간 동안 D.주방을 공용면적이 아닌 주택면적으로 사용하였다 하여 주택면적을 재산정하였고, 그 결과 주택면적이 상가면적보다 커지므로 쟁점건물 전체를 주택으로 보아야 하는바, 임차인의 거주기간과 청구인의 거주기간을 합하면 보유기간이 10년 이상으로서 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 하고, 당초 양도소득세 신고 시 쟁점건물의 환산취득가액을 계산하는 과정에서 옥탑 면적을 누락하고, 부수토지의 토지 등급 및 가액을 잘못 적용하여 쟁점건물의 취득가액을 과소계상하였다는 사유로 2019.12.16. 처분청에 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. OOO
  • 다. 처분청은 2020.6.25.∼2020.7.22. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 D.주방을 주택면적으로 사용하여 주택면적이 상가면적보다 크므로 쟁점건물 전체를 주택으로 보아야 하고, 쟁점건물의 취득가액이 과소계상되었다는 청구주장은 인정하였으나, 임차인이 임차기간 동안 A.침실과 B.교회 면적의 각 30%, 50%만을 주택면적으로 사용하고, D.주방 전부를 상가면적으로 사용한 사실을 확인하였는바, 상가면적이 주택면적보다 크므로 쟁점건물 전체를 주택으로 볼 수는 없다고 보아 OOO과 같이 A.침실의 주택면적에 대하여 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 80%를, 상가면적에 대하여 일반자산에 대한 장기보유특별공제율 30%를 적용하고, B.교회의 주택면적에 대하여 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 64%(임차인이 주택으로 사용한 기간 8년 9개월 적용)를, 상가면적에 대하여 일반자산에 대한 장기보유특별공제율 30%를 적용하였으며, D.주방에 대하여는 일반자산에 대한 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2020.10.15. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. OOO
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) A.침실, B.교회 전부는 임차인이 주거전용으로 사용한 주택면적이다. (가)소득세법제88조 제7호는 “주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다.”라고 규정하고 있고, 사실상 주거용으로 사용하였는지 여부는 임대차목적물의 공부상의 표시만을 기준으로 할 것이 아니라 그 실질용도에 따라서 정하여야 하며, 건물이 임대차의 목적이 되어 주거용과 비주거용으로 겸용되는 경우에는 구체적인 경우에 따라 그 임대차의 목적, 건물의 구조와 형태 및 임차인의 목적물의 이용관계, 그리고 임차인이 그 곳에서 일상생활을 영위하였는지 여부 등을 아울러 고려하여 합목적적으로 결정하여야 할 것인바, 임차인은 배우자 소유의 주택인 OOO에 거주하면서 1991년 5월경부터 D.주방만을 임차하여 임차인의 사업장으로 사용하였는데, 임차인이 거주했던 위 주택이 2005년 6월경 재건축 관리처분되어 건축조합에 신탁 등기됨에 따라 임차인은 2005년 4월경 A.침실과 B.교회를 추가로 임차하고, 2005년 7월경 쟁점건물에 전입한 점에 비추어 임차인 부부가 쟁점건물에 실제 거주할 목적으로 A.침실과 B.교회를 추가로 임차하였다는 것을 유추할 수 있으며, 임차인 부부가 A.침실과 B.교회에서 약 8년 9개월 동안 실제 거주하면서 계속하여 주민등록을 두고 있었고, 이에 대해 청구인이 계약상·법률상 이의를 제기하지 아니하였던 점을 고려할 때 처음부터 청구인과 임차인 간에 임차인의 거주목적에 따른 추가 임차라는 의사의 합치가 있었다고 보아야 한다. (나) 또한 청구인은 임차인 부부가 쟁점건물에 거주하기 전인 1983년경부터 1991년 초까지 약 8년여 간 쟁점건물을 3부분으로 구분·구획하여 다른 임차인들에게 주거용으로 임대한 이력이 있었던바, 임차인이 적은 비용으로 A.침실과 B.교회를 수선하여 주거용으로 사용하기에 용이하였을 뿐만 아니라, 임차인의 배우자가 소유한 주택의 재건축이 완료된 후에도 상당기간 동안 해당 주택을 전세로 임대하였고, 임차인이 옥상을 성토하여 취식할 목적으로 각종 채소 등을 재배한 점에 비추어 쟁점건물이 임차인 부부가 일상을 영위하는 유일한 장소였음을 미루어 짐작할 수 있다. 이와 같이 A.침실과 B.교회는 임차인의 배우자 소유의 주택이 재건축으로 멸실되지 않았다면 추가로 임차할 필요가 없었던 면적으로서 임차인 부부가 청구인의 승낙을 전제로 주거를 목적으로 추가로 임차한 것이 분명하고, 실제 임차인 부부가 일상을 영위한 사실이 확인되는바, A.침실과 B.교회는 주택면적에 해당한다.

(2) 처분청이 객관적인 근거 없이 A.침실과 B.교회에 대한 임차인의 주택사용비율을 임의적으로 단정한 것은 세무공무원의 재량의 한계를 일탈한 위법한 처분이다. (가) 조사사무처리규정(국세청훈령 제2379호, 2020.7.10.) 제32조 제1항은 “조사공무원은 세무조사를 수행함에 있어 객관적인 사실에 근거하여 적법·공정하게 과세하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “조사공무원은 조사과정에서 납세자와 이견이 있거나 단독적으로 판단하기 곤란한 사실판단 사항에 대해서는 과세사실판단자문 신청서에 의해 지방국세청 또는 세무서 납세자보호담당관에게 과세사실판단자문을 신청할 수 있다.”라고 규정하고 있는바, 처분청이 A.침실과 B.교회에 대한 임차인의 주택사용비율을 각각 30%, 50%로 단정한 것에 대하여 객관적이고 합리적인 판단의 근거를 제시하여야 할 것인데, 이에 대한 객관적이고 합리적인 판단의 근거를 제시하지도 않을 뿐만 아니라 청구인이 납득할 만한 설명도 없이 단지 임차인이 이삿짐운반업, 이삿짐보관업을 영위하였다는 사정에 기인한 막연한 추정만으로 A.침실과 B.교회의 주택사용비율을 단정한 것은 과세관청의 재량의 한계를 일탈한 위법한 처분이다. (나) 또한 처분청과 임차인의 문답 시 임차인이 A.침실과 B.교회의 일부를 일시적으로 본인의 사업을 위하여 사용하였다는 취지로 진술하였다 하더라도 임차인의 진술은 임차인이 청구인과 처분청에 각각 작성하여 제출한 확인서 상 주택면적 관련 내용이 상이하여 이를 신뢰할 수 없고, 설령 임차인이 처분청에 제출한 확인서 등의 주택면적에 대한 내용이 사실이라 하더라도 처분청은 임차인이 A.침실의 30%, B.교회의 50%만을 주택면적으로 사용하였다는 것에 대하여 객관적 근거에 의하여 입증하여야 한다. (다)국세기본법제19조는 “세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 당해 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.”라고 규정하고 있는바, 세무공무원의 재량은 자유재량이 아닌 기속재량으로 보아야 하고, 그 재량의 한계를 일탈한 세무공무원의 처분은 위법한 처분으로서 마땅히 취소되어야 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 A.침실, B.교회 면적 전부를 임차인이 주택면적으로 사용하였다고 주장하나, 쟁점건물은 공부상 근린생활시설이고, 재산세 부과내역 상 주택으로 부과된 바도 없으며, 청구인과 임차인이 작성한 쟁점건물의 임대차계약서에도 용도가 사무실로 기재되어 있다. 또한 임차인은 1991년부터 2014년까지 쟁점건물을 실제로 사무실로 임차하였고, 임차인의 사정에 의하여 2005년부터 2014년까지 쟁점건물의 약 30% 정도의 면적에서 거주하였으나, 대부분 이삿짐센터 사무실, 이삿짐 보관장소 등 사업용으로 사용하였다고 진술하였는바, 임차인이 사용한 주택면적이 쟁점건물 면적의 3분의 2 이상이라는 청구주장을 받아들일 수 없다. 처분청은 쟁점건물의 양수인이자 당초부터 쟁점건물의 1, 2층의 소유자인 OOO의 직원에게 임차인의 임차 당시와 청구인의 거주 당시 쟁점건물 사용현황에 대한 질의공문을 발송하고, 2020.7.21. 통화를 하여 답변을 청취하였는바, 임차인이 쟁점건물을 임차한 당시 이사차량이 자주 1층에 주차되어 있었고, 임차인이 OOO 소유의 지하1층에 보관짐을 자주 두어 직원이 임차인에게 짐을 빼라는 요청을 하기 위해 수차례 쟁점건물을 방문하였을 때에도 쟁점건물이 보관짐으로 꽉 차 있을 정도로 짐이 많았다고 진술하였다. 또한 청구인과 임차인이 작성한 2010.3.30.자 쟁점건물의 임대차계약서에도 2010년 12월까지 옥상에 보관됨 짐을 옮기라는 내용이 기재되어 있을 만큼 임차인의 보관짐이 많았다는 것인데, 이는 임차인이 쟁점건물의 3분의 2 이상을 주택면적으로 사용하였다는 청구주장과 상반된다. 이와 같이 임차인은 이사짐센터를 운영하면서 2005년부터 쟁점건물의 일부만을 주택면적으로 사용하였고, 쟁점건물의 대부분을 사업용으로 사용한 사실이 명백히 확인된다. 한편 청구인은 임차인 부부가 주거목적으로 2005년부터 A.침실과 B.교회를 추가 임차하여 사용하였다고 주장하나, 임차인은 1991년에 이미 쟁점건물 전체를 임차하여 사용하였다고 진술하였고, 국세청 전산망 상 임차인의 사업자등록 기록에도 임차면적이 쟁점건물의 전체면적인 176㎡로 기록되어 있어 청구인의 주장을 신뢰할 수 없다.

(2) 청구인은 처분청이 객관적인 근거 없이 A.침실과 B.교회에 대한 임차인 부부의 주택사용비율을 임의적으로 단정한 것은 세무공무원의 재량의 한계를 일탈한 위법한 처분이라고 주장하나, 처분청은 2020.7.10. 임차인에게 직접 확인서를 제출받아 청구인의 세무대리인에게 제시하였는데, 2020.7.15. 청구인이 임차인으로부터 “처분청에 제출한 확인서는 기억이 확실하지 않아 잘못 진술하였다.”는 내용의 확인서를 받아 다시 처분청에 제출하여 처분청은 2020.7.22. 임차인을 다시 만나 쟁점건물의 실제 사용현황에 대한 문답을 실시하였는바, 임차인은 A.침실의 30%, B.교회의 50%만을 주택면적으로 사용하였다고 진술하였다. 이후 청구인은 임차인을 찾아가 다시 확인서를 써달라고 요청하였으나, 임차인은 처분청과의 문답 시 진술한 내용이 사실이라며 청구인의 요청을 거부하였다고 진술하였다. 이와 같이 처분청이 OOO 직원과 임차인을 통하여 확인한 사실관계는 명백하다 할 것이고, 이를 신뢰할 수 없다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 겸용주택인 쟁점건물의 양도차익에 대하여 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여야 하는지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점건물의 건물내역은 철근콘크리트조 슬래브지붕 3층의 점포 및 사무실 면적 171.27㎡와 옥탑 5.36㎡ 합계 176.63㎡이고, 청구인이 1978.12.28. 매매를 원인으로 1978.12.30. 취득하여 2017.7.18. 매매를 원인으로 OOO에 소유권을 이전한 것으로 나타난다. 한편 쟁점건물의 부동산매매계약서에 따르면, 청구인과 OOO는 2017.7.18. 쟁점건물과 그 부속토지에 대하여 매매대금을 OOO원으로 하여 부동산매매계약을 체결한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 임차인이 쟁점주택의 대부분을 주택면적으로 사용하였다는 증빙으로 임차인의 확인서, 임차인의 주민등록등본, 쟁점건물의 항공사진을 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다. (가) 임차인이 작성한 ‘주거용 건물 사용 확인서’에 따르면, 임차인은 2017년 11월에 아래와 같이 “쟁점주택에 2005.7.6.∼2014.4.3. 약 8년 9개월 동안 전가족(본인, 배우자, 자녀 2명)이 입주하여 거주하였고, A.침실과 B.교회는 주택으로, D.주방은 이삿짐센터 사무실로 사용하였음을 확인합니다.”라는 내용의 확인서를 작성한 것으로 나타난다. OOO (나) 임차인이 2020.7.15. 작성한 확인서에 따르면, 임차인은 임차인이 쟁점건물의 대부분을 사업용으로 사용하였다는 취지로 처분청에 제출한 확인서에 대하여 아래와 같이 “본인의 기억이 확실하지 않아 잘못 진술하였다.”는 내용의 확인서를 작성한 것으로 나타난다. OOO (다) 임차인의 주민등록등본에 의하면, 임차인 부부는 2005.7.6. 쟁점건물에, 2014.4.3. OOO에 각각 전입신고를 한 것으로 나타난다. (라) 쟁점건물의 항공사진에 따르면, 아래와 같이 쟁점건물의 옥상에 식물을 재배하는 화단이 조성되어 있는 것으로 나타나는바, 청구인은 임차인이 옥상을 성토하여 취식할 목적으로 각종 채소 등을 재배한 것으로서 임차인 부부가 쟁점건물에 거주하면서 일상을 영위하였다고 주장하고 있다. OOO

(3) 처분청은 임차인이 쟁점주택의 일부만을 주택면적으로 사용하였다는 증빙으로 임차인의 확인서 및 문답서, 쟁점건물의 부동산임대차계약서를 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다. (가) 임차인이 작성한 확인서에 의하면, 임차인은 2020.7.10. “침실 중 일부만 주택용으로 사용하였고, 나머지 교회와 주방, 옥탑 부분은 사업장으로 사용하였으며, 본인 거주 시 싱크대, 세탁기, 냉장고도 없이 침실의 일부에 침대만 놓고 부부가 살았습니다.”라는 내용의 확인서를 처분청에 제출한 것으로 나타난다. (나) 임차인이 2020.7.22. 자필로 작성한 문답서에 의하면, 임차인은 A.침실의 30%, B.교회의 50%를 주택으로 사용하였고, D.주방은 사업용으로 사용하였다고 진술한 것으로 나타난다. 문답서의 주요내용은 아래와 같다. OOO (다) 청구인과 임차인이 2010.3.30. 작성한 부동산임대차계약서의 특약사항에는 “옥상에 보관된 이삿짐은 2010년 12월 말까지 옮기기로 약속함”이라는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 임차인이 쟁점건물의 대부분을 주택으로 사용하였으므로 쟁점건물 전체를 주택으로 보아야 하고, 이에 따른 주택면적의 보유기간이 10년 이상이므로 쟁점건물의 양도차익에 대하여 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 않는다는 사실을 입증하지 못하는 한 처분청이 확정한 임차인의 주택사용비율에 대하여도 경험칙상 과세요건이 추정되는 사실을 입증한 것으로 보아야 할 것(조심 2011중4827, 2011.12.27. 같은 뜻임)인바, 쟁점건물의 공부상 용도는 점포 및 사무실로서 실제 주거용으로 사용되었다는 점을 입증하지 못하는 이상 공부상 용도대로 사용된 것으로 보아야 할 것인데, 청구인은 당초의 진술내용을 번복한 임차인의 확인서, 임차인의 주민등록등본, 쟁점건물의 항공사진 등 임차인이 쟁점건물에 실지 거주하였다는 것에 대한 증빙만을 제시할 뿐, 임차인이 A.침실과 B.교회 전부를 주택면적으로 사용하여 주택면적이 상가면적보다 크다는 사실을 입증할 만한 증빙을 제시하지 못한 반면, 처분청은 임차인에 대한 조사를 통하여 임차인이 A.침실의 30%, B.교회의 50%만을 주택면적으로 사용하였고, D.주방 전부를 임차임의 사업용 면적(상가면적)으로 사용하였다는 사실을 확인한 점, 임차인은 당초 청구인에게 쟁점건물의 3분의 2 이상을 주택면적으로 사용하였다는 내용의 확인서를 제출하였다가 처분청의 조사 시 이를 번복하여 쟁점건물의 대부분을 상가면적으로 사용하였다고 진술하였는바, 청구인은 임차인에게 임차인이 당초 청구인에게 제출한 확인서의 내용대로 확인서를 다시 써달라고 요구하였으나, 임차인이 처분청에 진술한 내용이 사실이라며 청구인의 요구를 거부한 점, 쟁점건물의 양수인이자 쟁점건물의 1·2층 소유자인 OOO의 직원은 처분청과의 질의회신 시 임차인이 쟁점건물에 많은 이삿짐을 보관하고 있었고, 쟁점건물의 대부분을 사업용으로 사용하였다고 답변하였으며, 청구인과 임차인이 작성한 2010.3.30.자 임대차계약서에도 2010년 12월까지 옥상에 보관된 짐을 옮기라는 내용이 기재되어 있을 만큼 임차인이 쟁점건물 대부분을 사업용으로 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 임차인이 쟁점건물의 대부분을 상가면적으로 사용한 것으로 보아 쟁점건물의 양도차익에 대하여 위 <표3>과 같이 쟁점건물의 실지 사용내역에 따라 장기보유특별공제율을 각각 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)