매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인신청 거부처분이 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2020.8.28. 청구법인에게 한 거래사실확인신청 거부통지는, 청구법인이 제시한 OOO와의 공동사업계약서, 송객서비스 분배 정산서와 송객서비스 대금송금내역, 예금거래내역 조회서 등을 기초로 거래사실 여부를 재조사하여 거래사실확인 결과를 재통지한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로 부터 일정액의 수수료를 지급받고 OOO에 여행객들을 유치하 는 송객서비스업을 영위하는 법인으로, 2019.11.13.부터 2020.11.13.까지 1년간 OOO(이하 “공급거래처”라 한다)로부터 OOO 단체관광객들을 알선받기로 하는 공동사업계약(청구법인이 주관회사이고 공급거래처가 협력회사로 되어 있는 사업계약으로 이하 “하청계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 공급거래처는 위 하청계약에 따라 2019.12.24.부터 2020.1.21.까지 총 공급가액 OOO 상당의 매출세금계산서를 발행·교부하였으나, 2020년 1월에 이루어진 일부 송금거래(공급대가 기준 1OOO, 이하 “쟁점거래”라 한다)와 관련하여서는 세금계산서를 발행·교부하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점거래와 관련된 매입자발행세금계산서 발행을 위하여 2020.8.12. 처분청에 거래사실확인신청서를 제출하였고, 처분청은 공급거래처 관할 관서인 OOO세무서장의 공문회신 내용을 토대로 2020.8.28. 청구법인에게 거래사실확인 불가통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.21. 심판청구를 제기하였
• 다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
• 가. 청구법인 주장 부가가치세법제34조의2의 매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례 규정은 2016.12.20. 법률 제14387호로 신설된 규정으로, 당초 “사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.”고 규정하였는데, 이는 공급자가 세금계산서를 발행하지 않을 경우 공급받는 자는 매입세액공제를 받을 수 없어 본인의 의지와 무관하게 일방적으로 불이익을 당할 수밖에 없는 현실을 구제하고 세금계산서 질서를 정상화 시키고자 한 것이었고, 이후 2017.12.19. 법률 제15223호로 동 조항을 일부 개정하면서 수정세금계산서 미발행에 따른 납세자의 부담을 완화하기 위하여 공급자의 부도ㆍ폐업 등으로 공급받은 자에게 수정세금계산서 등을 발급할 수 없는 경우에도 공급받은 자가 직접 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있도록 매입자발행세금계산서 적용범위를 확대한 바 있다. 위 조항에서는 공급받은 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다고 하였는데, 여기서 거래사실에 대한 확인권자는 공급받는 자의 관할세무서장임을 알 수 있고, 또한 공급자의 부도·폐업 등으로 인하여 수정세금계산서 등을 발급 받을 수 없는 경우에도 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있도록 규정하고 있으므로, 수정세금계산서 이외의 당초의 세금계산서를 공급자의 부도·폐업 등 사유로 발급받지 못한 경우에도 당연히 동 조항이 적용되는 것이며, 관련 법령 어디에도 이와 다른 취지의 부도·폐업 등을 거래사실 확인 불가사유로 규정하고 있지는 아니하고, 다만, 부가가치세법 시행령제71조의2 제8항과 같은 법 시행규칙 제52조의2 제2항에서는 공급자의 부도, 폐문, 부재 등은 거래사실 확인기간의 연장사유로만 열거하고 있을 뿐이다. 국세기본법제15조에 의하면 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실해야 하고, 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다고 규정하고 있는바, 처분청 담당공무원이 이 건 거래사실확인업무를 수행함에 있어 관련 법령의 규정 및 취지에 따라 직무를 신의에 따라 성실하게 수행하였어야 함에도, 청구법인이 제출한 거래 증빙자료(계약서, 정산내용, 금융자료 등)에 대하여 단지 공급자의 연락두절 등을 이유로 직무를 이행하지 않는 것은 명백하게 신의칙을 위반한 것이다. 공급자가 세금계산서 발행을 회피하는 것은 천재지변에 준하는 사유나 위중한 질병상태가 아닌 한 대부분의 경우 발행의사가 없기 때문이라 할 것인데, 이 경우 고의적으로 부가가치세 납부를 회피하고자 하는 경우와 부도 등 사업상 위기로 인한 자금경색으로 발행을 회피하는 경우로 구분할 수 있을 것이고, 이러한 상황에서 대부분의 공급자는 연락두절, 무단 폐업 상태가 될 것이며, 정상적으로 사업을 수행하는 사업자는 극히 일부에 불과할 것이고, 따라서 공급자의 연락두절, 무단폐업 등을 이유로 확인권자가 거래사실을 확인하지 않는다면, 매입자발행세금계산서 신청을 규정한부가가치세법제34조의2 규정이 형해화 될 것이므로 이러한 점에서도 이 건 확인불가 통지는 신의칙 위반의 정도가 심각하여 위법하다. 또한, 국세를 부과함에 있어서는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질내용에 따라 적용하여야 하는데(국세기본법제14조), 여기에 납세의무자의 연락두절, 폐업 등은 장애 사유가 되지 아니하는바, 결국 이 건에 있어 처분청의 확인불가 통지 처분으로 인하여 청구법인에게는 심각한 경제적 손실을 입힌 것은 물론, 공급자에게는 실질과세에 따라 부가가치세 과세하여야 하는 직무를 포기하는 결과를 초래하게 되었으므로, 이는 공급자 관할 세무서장의 공급자에 대한 과세권 포기를 정당화시킴과 동시에 공급자의 탈세에 협조하는 것에 다름 아니므로, 이 점에서도 처분청의 신의칙 위반 행위가 중대한 위법행위에 해당된다. 처분청은 청구법인과 공급거래처에 대한 세무조사에서 2020년 1월분을 포함한 모든 용역거래분이 가공으로 판명되었으므로 거래사실확인 불가통지가 정당하다고 하나, 처분청의 세무조사는 이 건 거래사실확인신청 이후에 이루어진 것으로 불가통지가 세무조사 결과에 따른 것이 아니어서 세무조사에 따른 처분(해당 부과처분에 대하여는 청구법인이 2021.1.31. 심판청구를 제기하였다)으로 이 건 불가통지의 하자가 치유되었다고 볼 수 없고, 처분청이나 공급거래처 관할 세무서장이 청구법인이 거래사실확인신청시 제시한 제반증빙과 금융자료에 대하여 사실관계를 제대로 확인하지 아니하고 단순히 연락두절과 폐업을 사유로 확인불가 통지를 하였으므로 이는 부당하다. 마지막으로, 조세심판 선결정례(조심 2015부4738, 2016.1.29.)에서는 거래처 사업자의 폐업 및 사망을 이유로 관련 증빙자료를 살펴보지 않고 거래사실 확인 불가 통지한 처분은 위법하다고 판단한 사실도 있는바, 동 심판례의 취지에 비추어 보아도 이 건 확인불가 통지처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 거래사실확인에 대한 확인권자는 청구법인의 관할 관서인 처분청이 아닌 공급자의 관할 관서인 OOO세무서장이다. 부가가치세법 시행령제71조의2 제2항, 제4항 및 제5항에서 신청인 관할 세무서장은 거래사실 신청을 받아 신청내용에 대해 보정할 사항이 있으면 보정요구 후 거래사실신청서가 제출된 날부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다고 하고 있고, 제8항에서 공급자 관할 세무서장은 거래사실여부 확인 후 신청인 관할 세무서장에게 확인결과를 통지해야 하고, 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장은 즉시 신청인에게 확인결과를 통지해야 한다고 하고 있는바, 청구법인은부가가치세법제34조의2에 따른 거래사실에 대한 확인권자가 신청인 관할 세무서장이라 주장하나, 같은 법 시행령 제71조의2 제7항에서 따르면 확인의 주체는 공급자 관할 세무서장이고, 또한 신청인 관할세무서장의 업무는 “부가가치세사무처리규정” 제88조에 따라 신청서 및 구비 서류를 확인하여 송부하는 것으로 제90조에서는 공급자 관할세무서의 처리결과를 통지하도록 규정하고 있다. 이 건에 있어 처분청 조사과에서 2020.5.12.부터 2020.10.18.까지 청구법인에 대하여 실시한 거래질서 관련 조사에서 2019.4.1.～2020.6.30. 과세기간의 부가가치세 신고분에 대하여 공급거래처와의 거래를 포함한 거의 모든 거래처와의 매출·매입 거래가 실물거래 없는 가공거래로 확정된 사실이 있고, 또한 공급거래처 관할 관서인 OOO세무서 조사과에서 2020.8.27.부터 2020.10.11.까지 공급거래처의 2019.7.1.～2020.6.30. 과세기간의 부가가치세 신고분에 대한 거래질서 관련 조사에서도 공급거래처의 매출에 대하여 전액 가공거래로 확정된 사실이 있는바, 위와 같이 쟁점거래가 속한 동일 과세기간에 공급거래처와 수수한 세금계산서 뿐만 아니라 그 외 거래처와의 매출·매입 거래에 대하여도 전부 실물거래가 없는 가공거래로 확정된 사실이 있으므로, 쟁점거래가 실물거래와 관련하여 이루어진 것이라고 보기 어려워 매입자발행세금계산서 발행 대상이 아니라고 봄이 타당하다.

• 가. 쟁 점 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인신청 거부처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제34조의2 [매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례] ① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 "사업자"라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도ㆍ폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제71조의2 [매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등] ② 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부 받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다. (3) 국세기본법 제14조 [실질과세]

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한

• 다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같
• 다. 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 심리자료에 나타난 이 사건 주요 경위 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 공급거래처가 세금계산서를 발 행·교부하지 아니하자, 2020.8.12. 처분청에부가가치세법제34조 의2 제1항에 따른 매입자발행세금계산서 OOO 발행을 위한 거래사실확인신청서를 제출하였다. (나) 처분청은 청구법인이 2020.8.12. 제출한 거래사실확인신청서와 거래사실 증빙서류(공동사업계약서, 이체거래확인서 및 매출정산서)를 첨부하여 공급거래처 관할 관서인 OOO세무서장에게 공문으로 송부하 였다. (다) OOO세무서장은 2020.8.13. 아래 <표1>과 같이 공급거래처가 2020.4.28.자 직권 폐업된 법인으로 청구법인과의 실제 거래사실을 확인할 수 없다는 검토결과를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2020.8.28. 청구법인에게 거래사실확인 불가 통지를 하였다. <표1> OOO세무서장의 검토결과 내역

(2) 청구법인이 제시한 공급거래처와의 하청계약서(2019.4.9. 작성) 의하면, 계약기간은 2019.11.13.부터 2020.11.13.까지 1년이고, 용역내용은 공급거래처가 유치한 관광 및 쇼핑 목적의 내한 OOO 관광객에게 청구법인의 책임과 비용으로 관광과 쇼핑을 안내 후 알선하는 것이며, 대금정산은 OOO으로부터 약정된 송객 수수료를 받아 공급거래처에게 시장 B2B기준 수수료율에 따라 수수료를 지급하는 것으로 되어 있다.

(3) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인과 공급거래처의 하청계약 관련 송금 및 세금계산서 수수 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 하청계약 관련 송금 및 세금계산서 수수 내역(’19.11.21.∼ ’20.1.31. 기간) (4) OOO세무서 부가가치세 조사담당자가 2020년 10월 공급거래처에 대한 세무조사 후 작성한 조사종결보고서에 의하면, 공급거래처의 대표이사는 OOO로 관광사업등록증상의 대표자이면서 거짓세금계산서 수수혐의의 실행위자이고, 현재 행방불명으로 연락이 불가하며, 청구법인에게 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 OOO의, 2020년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 OOO의 가공세금계산서를 발행·교부한 사실이 있다고 조사한 것으로 나타나고, 처분청의 청구법인에 대한 조사에서도 공급거래처와의 위 거래분을 가공거래로 확정한 것으로 나타난다(2020년 10월 처분청 조사담당자 작성 부가가치세 조사종결보고서).

(5) 청구법인은 쟁점거래가 실제 하청계약에 따라 공급거래처에게 수수료를 송금하고 이루어진 것이라고 주장하며, 그 증빙으로 공동사업계약서, 송객서비스 분배 정산서와 송객서비스 대금송금내역, 예금거래내역 조회서 등을 제시하였는바, 공동사업계약서에는 계약기간이 2019.11.13.부터 2020.11.13.까지로 되어 있고, 협력사업은 공급거래처가 유치한 관광 및 쇼핑목적의 내한 OOO관광객에게 청구법인의 책임과 비용으로 관광과 쇼핑을 안내하고 알선하는 것으로 되어 있으며, 송객서비스 분배 정산서에는 청구법인과 공급거래처의 정산요율별 정산금액이 기재되어 있고, 송객서비스 대금송금내역에는 청구법인이 2019.11.14.부터 2020.1.23.까지 자신의 OOO 계좌(1400126)에서 공급거래처의 OOO 계좌(226096802)로 총 OOO을 송금한 것으로 나타난다. (6) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 공급거래처에 세금계산서 발행을 독촉하고자 공급거래처의 대표자에게 전화를 시도하였으나 이미 OOO으로 출국한 상태였고, 전화통화가 되지 않아 대표자를 경찰에 고소하였고, 대표자는 소재불명을 사유로 2020.6.23. OOO지방검찰청으로부터 기소중지 처분을 받은 상태라고 주장하며 검찰의 불기소사건기록 및 불기소결정서를 제시하였는바, 여기에는 청구법인의 대표자 OOO이 공급거래처의 대표자 OOO를 사기죄로 고소한데 대하여 피의자의 소재불명을 이유로 기소중지(불기소처분)를 한 것으로 나타난다. (7) 청구법인이 2021.1.31. 조세심판원에 접수한 조세심판청구이유서에 의하면, 처분청이 청구법인과 공급거래처의 2019년 제2기 및 2020년 제1기 매입계금계산서거래OOO에 대하여 가공으로 판단하여 부가가치세를 부과한데 대하여 실제 거래가 있었음을 이유로 부과처분의 취소를 요구한 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인에 대한 거래질서 관련 조사에서 공급거래처와의 송객용역거래가 가공거래로 확인되었고, 공급거래처가 폐업하였다거나 공급거래처 대표자의 전출선이 불명확하여 거래사실확인이 불가하다는 공급거래처 관할 세무서장의 의견을 토대로 이 건 거래사실확인 불가 통지를 하였으나, 공급거래처가 폐업하였다거나 그 대표자가 연락이 두절되었다 하더라도 청구법인이 거래관련 객관적인 증빙자료를 제출하였다면, 그 증빙자료를 확인하여 실제거래가 있었는지 여부를 판단하여야 할 것인데, 청구법인이 제출한 증빙자료는 공급거래처와의 공동사업계약서와 송객서비스 분배정산서, 송객서비스 대금송금내역, 예금거래내역 조회서 등으로 공동사업계약 에 따른 쟁점거래 관련 내역이 구체적으로 나타나고 있음에도 공급거래처 관할 세무서의 사실 확인조사가 부족하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 제출한 증빙자료 등을 재조사하 여 거래사실확인 결과를 재통지함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.