수도권과밀억제권역 안에 본점사업장을 둔 기업이 수도권과밀억제권역 외에 지점사업장을 설치하여 증설투자한 경우 중소기업투자세액공제 적용 여부

[주 문] OOO세무서장이 2020.7.22. 청구법인에게 한 법인세 2018사업연도분 OOO원 및 2019사업연도분 OOO원의 환급 (OOO원은 조세특례제한법 제5조 에 따른 중소기업투자 세액공제의 이월공제)을 구하는 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2009.6.22. OOO에 본점을 설립하여 해외화물운송업을 영위하다가, 2017년 4월∼2018년 7월 기간 중 OOO와 화물선(선박명이 ‘OOO’이고 이하 “쟁점선박”이라 한다)의 신조계약을 체결한 후 합계 OOO원을 투자하고 쟁점선박을 인수하였으며, 2018.6.28. OOO에 지점을 설치하면서 국내화물 운송업의 업종을 추가하였다.
• 나. 청구법인은 2017∼2019사업연도 법인세 신고시 위 쟁점선박의 투자금액에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제5조에 따른 중소기업투자세액공제를 신청하지 아니하였다가, 2020.7.8. 아래 <표> 기재와 같이 각 사업연도별로 해당 공제를 적용하여 2018ㆍ2019사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급 (나머지 OOO원은 이월공제의 대상이고, 2017사업연도에는 기납부세액이 없어 환급세액이 없다)을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.22. 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역 내에 소재하여서 쟁점선박의 투자금액이 중소기업투자세액공제의 대상이 아니라는 이유로 거부하였다. OOO
• 다. 청구법인은 이 에 불복하여 2020.9.22. 이의신청을 거쳐 2020.11.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 중소기업투자세액공제의 배제기준에 포함된 ‘수도권과밀억제 권역에 있는 사업장’은 ‘사업용 고정자산이 실제로 사용되는 장소’를 기준으로 판정하여야 하고 쟁점선박이 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 사용되므로 그 투자금액은 중소기업투자세액 공제의 대상이다. 조특법 제130조의 취지는 수도권과밀억제권역 안에 산업시설 등의 집중을 억제하고 기업의 지방이전을 유도함과 더불어 지방산업의 경영여건 향상을 지원하는 것이고, 그 배제대상은 수도권과밀억제 권역 안의 ‘사업자’가 아니라 ‘사업장’이라 할 것(그 사업장에서 사용하기 위해 취득하는 사업용 고정자산)이며, 조세심판원은 2011.7.26. 사업용 고정자산인 선박의 경우 통상 수도권과밀억제 권역이 아닌 해외운송 또는 지방항구에서 사용되어서 수도권과밀억제 권역 내 산업시설의 집중 등을 유발하지 않는다는 이유로 그 투자금액에 조특법 제130조를 적용하여 조세감면을 배제할 경우 그 입법취지에 부합하지 않는다는 내용의 결정을 하였으며OOO, 이러한 취지는 중소기업투자세액공제에도 적용된다 할 것인바, ① 청구법인은 2017.4.1. 화주와 장기간(20년) 동안 단일항로의 국내에서 화물을 운송하는 계약을 체결하고 해당 계약의 내용대로 쟁점선박을 취득하고 OOO에 지점을 설치하여 해당 지점에서 쟁점선박을 운용하고 있는 점, ② 청구법인의 지점은 실제로 임직원이 상주하면서 쟁점선박을 이용한 화물운송 용역을 제공하고 있는 점, ③ 쟁점선박은 수도권과밀억제권역 안으로 물리적인 이동이 제약되어 있고 실제로 그 안에서 사용된 사실이 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점선박은 수도권과밀억제권역 외의 지역인 전라북도 군산시에 소재한 청구법인의 지점에서 사용되므로 그 투자금액에 대하여 중소기업투자세액공제를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 중소기업투자세액공제의 배제 기준에 포함된 ‘수도권과밀억제 권역에 있는 사업장’은 ‘법인의 본점이 소재한 지역’을 기준으로 판정하여야 하고 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역 내에 소재하므로 쟁점선박의 취득가액은 중소기업투자세액공제의 대상에서 배제된다. 중소기업투자세액공제의 적용시 수도권과밀억제권역에 있는 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 해당하는지 여부는 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 판단하는 것OOO이고, 해상화물운송업에 사용되는 선박의 경우 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 임시투자세액의 공제율을 적용하는 것이며OOO 이러한 법리는 중소기업투자세액공제에도 적용되는 것인바, 설령 쟁점선박이 수도권과밀억제권역 외의 단일 화주의 화물운송을 위해 단일 항로로 운행되더라도 청구법인의 본점은 수도권과밀억제권역 내인 OOO에 소재하므로 앞서 제시한 법리에 따라 쟁점선박의 투자금액은 중소기업투자세액공제의 적용대상에서 배제되는 것으로 보아야 한다(청구법인이 제시한 심판결정례는 위 기획재정부 예규가 시행되기 전인 2008년 이전 사례에 대한 것이므로 이 건에 적용되는 것으로 보기 어렵다).

• 가. 쟁점 수도권과밀억제권역 안에 본점사업장을 두고 화물운송을 영위하는 기업이 수도권과밀억제권역 외에 지점사업장을 설치하여 인근 선박항의 단일항로에서 사용하기 위하여 쟁점선박을 증설투자한 경우 중소기업투자세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정되기 전의 것) 제5조(중소기업 등 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 항, 제2항, 제4항, 제8조의3 제3항, 제25조 및 제118조 제1항 제22호에서 "중견기업"이라 한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중견기업이 수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호 의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역 내에 투자하는 경우에는 100분의 1, 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 100분의 2)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

1. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 "사업용 자산"이라 한다)

④ 제1항 및 제3항에도 불구하고 중소기업 및 중견기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2021년 12월 31일까지 투자하는 경우에는 해당 투자금액에 다음 각 호의 구분에 따른 공제율을 곱한 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역(이하 "위기지역"이라 한다)에서 투자(위기지역으로 지정 또는 선포된 기간이 속하는 과세연도에 투자하는 경우로 한정한다)하는 경우: 100분의 10(중견기업의 경우에는 100분의 5)

• 가. 고용정책 기본법 제32조 제1항 에 따라 지원할 수 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역
• 나. 고용정책 기본법 제32조의2 제2항 에 따라 선포된 고용재난지역
• 다. 국가균형발전 특별법 제17조 제2항 에 따라 지정된 산업위기대응특별지역

⑤ 제1항 또는 제4항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항 또는 제4항을 적용받을 수 있다. 제130조(수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제) ① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제 권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년이후중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제25조 제1항 제5호(라목, 바목 및 아목은 제외하며, 1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우만 해당한다)·제6호(다목은 제외한다) 및 제25조의5를 적용하지 아니한다. (단서 생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31444호로 일부 개정되기 전의 것) 제124조(수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등) ① 법 제130조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 증설투자"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 공장인 사업장의 경우: 사업용고정 자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 해당 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장 외의 사업장인 경우: 사업용고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업용고정 자산의 수량 또는 해당 사업장의 연면적이 증가되는 투자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2017년 4월∼2018년 7월 기간 중 OOO와 그 신조계약을 체결한 후 합계 OOO원을 투자하고 쟁점선박을 인수하면서 2018.10.28. OOO시장에게 청구법인 본점 명의로 취득세OOO를 납부한 것에 대해서는 청구법인과 처분청 간의 이견이 없다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구법인이 2017.4.5. OOO에 소재하는 화주OOO와 체결한 연안운송계약서에 의하면, 계약기간은 선박의 ‘최초 투입일로부터 20년’으로, 선적ㆍ하적항은 각각 ‘OOO항 또는 OOO항’ 및 ‘OOO항’으로 각각 나타나고, 이외에 실적재중량, 선박자체하역기 설치 등의 특수조건 및 대선(화주의 사전승인 없이 쟁점선박을 타인에게 대여하는 것) 금지조항을 둔 것으로 나타난다. (나) 처분청은 다음의 사실관계 및 쟁점선박의 건조계약이 본점 명의로 이루진 사실을 이유로 청구법인의 본점이 쟁점선박의 실질적인 운영ㆍ귀속자인 것으로 보았다.

• 다 음 -

1. 청구법인은 2018.7.2. OOO에 지점의 사업자등록을 하였고, 2018.6.28. 청구법인의 본점과 임대인(선박ㆍ항공중개업을 영위하는 OOO 주식회사) 간에 체결된 임대차계약서를 보면 청구법인이 임대인에게 매월 OOO원의 임차료를 지급하는 것으로 나타나고, 처분청은 그 임차료가 임차 면적에 비해 과소하다고 보아 그 계약당사자 간의 세금계산서 수수 내역을 확인하여 본바, 청구법인 본점이 2018년 하반기부터 위 임대인으로부터 반기별로 80회 공급가액 합계 OOO원 상당의 용역(강취료, 대리점수수료 등)을 공급받고 있음(청구법인의 지점과 위 임대인간의 거래는 없었다)을 확인하였다.

2. 청구법인이 제출한 지점의 월별 원천징수이행상황신고서 및 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인의 지점에는 그 개설된 2018년 7월부터 2∼4명의 상시근로자 및 300명 정도의 일용근로자가 근무한 것으로 나타나고, 해당 상시근로자 중 2명은 OOO에, 나머지는 다른 지역OOO에, 일용근로자 중 무작위로 확인한 5명은 모두 OOO에 각각 주소지를 둔 것으로 나타난다.

3. 국세청 전산자료에 의하면 청구법인의 지점은 2018년 제2기∼ 2020년 제1기의 각 과세기간별로 중 위 화물운송계약 상의 화주와 공급가액 OOO원의 화물운송용역을 공급(매출) 하였으나, 매입과 관련한 거래내역은 없는 것으로 나타난다. (다) 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인의 본점은 그 지점의 사업자 등록일인 2018.7.2.이 속한 2018년 제2기부터 위 화물운송계약 상의 화주와 매 부가가치세 과세기간별로 OOO원 정도의 운송용역(관련한 세금계산서의 품목란에 쟁점선박의 명칭과 동일한 ‘OOO 운임ㆍ화물료ㆍ유가차액보전액’ 등 기재)을 공급하는 것으로 나타나고, 처분청은 청구법인의 본점이 그 지점의 사업과 관련한 유류비 등의 매입거래를 대신하고 있는 것으로 보았다.

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구법인은 단일 화주OOO와 2018년 8월부터 20년 동안 해당 화주의 유연탄만을 독점적ㆍ배타적으로 운송하는 계약을 체결하고, 쟁점선박에 대하여 위 화주가 원하는 특성에 맞추어 자체하역기를 부착하는 등의 주문제작을 하여 OOO원 상당의 추가 원가가 투입되었다고 주장하면서, 2017.4.1. 체결된 선박건조계약서의 영문본 및 선박하역기 사진을 제출하였다. (나) 청구법인은 OOO 소재의 지점에서 상시근로자 4명(하역을 위해 고용한 300명 정도의 일용근로자 제외)이 쟁점선박의 운항계획관리, 유류보급, 화물적하의 서류ㆍ선원ㆍ하역 작업의 관리 및 운임 청구를 수행하고 있고, 이처럼 소수의 인원이 상주할 수 있는 것은 선박관리회사로 하여금 쟁점선박의 선원 및 쟁점선박의 선체를 관리하도록 위탁하였기 때문이라고 주장하면서, 청구법인 지점의 업무분장표, 선박관리계약서(선원관리) 및 조직도를 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역 내인 OOO에 소재하면서 쟁점선박을 실질적으로 운영하는 주체에 해당한다는 이유로 조특법 제130조에 따라 쟁점선박의 투자금액에 대한 중소기업투자세액공제의 적용이 배재된다는 의견이나, 아래와 같은 이유로 해당 조항에 따른 배제기준은 사업용 고정자산인 쟁점선박이 실제로 사용되는 장소를 기준으로 판정하는 것이 타당하므로 처분청에서 쟁점선박의 투자금액에 대한 중소기업투자 세액공제의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (가) 조특법 제130조에 따른 ‘수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제’는 수도권과밀억제권역 안에 산업시설 등의 집중을 억제하고 기업의 지방이전을 유도함과 더불어 지방산업의 경영여건 향상을 지원하는데 그 입법취지가 있다 할 것이고, 수도권과밀억제 권역 안의 투자에 대한 조세감면배제대상에 대하여 수도권과밀억제 권역 안에 소재하는 ‘사업자’가 아닌 당해 ‘사업장’에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로 규정하고 있어 해당 고정자산의 수도권과밀억제권역 내 사용을 감면배제사유로 들고 있는 것으로 볼 수 있는바OOO, 청구법인이 해상화물운송업을 영위하는 중소기업으로서 사업용 고정자산인 쟁점선박을 수도권과밀억제권역 외의 단일항로OOO에서 사용하기 위해 취득한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간의 이견이 없어 보이고, 그렇다면 쟁점선박의 증설투자가 수도권과밀억제권역 내 사업시설의 집중 등을 유발하지 아니한다 할 것인데도, 단지 청구법인의 본점 소재지가 수도권과밀억제권역 내에 있다 하여 조특법 제130조 제1항을 적용하여 조세감면을 배제할 경우 앞서 제시한 해당 조항의 입법취지 및 기업의 설비투자를 촉진하고자 하는 같은 법 제5조에 따른 중소기업투자세액공제의 취지에 부합하지 아니한다 할 것이다. (나) 2017.4.5. 청구법인과 화주OOO 간에 체결된 연안운송계약서에 의하면, 쟁점선박은 그 최초 투입일부터 20년 동안 앞서 제시한 단일항로에서 화주의 화물운송에 독점적으로 사용되므로 기계장치 등과 다르게 청구법인의 본점이 소재한 수도권과밀억제 권역 안으로 이동되어 사용될 것을 상정하기 어렵고, 설령 처분청 의견처럼 청구법인의 본점이 위 화주 또는 지점의 임대인과 거래하고 쟁점선박 유류비 등의 매입비용을 부담한 내역이 있다 하여 쟁점선박이 수도권과밀억제권역 외 지역의 단일항로에서 사용되는 이상, 쟁점선박의 투자에 대하여 수도권과밀억제권역 내의 투자를 억제하는 취지의 조특법 제130조를 적용하기는 어렵다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.