청구법인이 「법인세법」제72조 제4항에서 정한 신고기한 내에 법인세 신고를 하지 아니하였다 하여 결손금 소급공제 신청을 거부한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2020.8.18. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1962.3.29. 설립되어 체육시설업을 주업으로 하는 조세특례제한법제5조 제1항에 따른 중소기업으로, 2010사업연도부터 2018사업연도까지 청구법인을 연결모법인, 청구법인이 지분의 OOO%를 보유한 AAA 주식회사(이하 “AAA(주)”이라 한다)를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2019사업연도에 AAA(주) 지분을 매각하여 연결자법인이 존재하지 않게 됨에 따라 2020.3.31. 개별납세방식으로 법인세를 신고하였는데, AAA(주) 지분매각에 따른 처분손실 약 OOO원을 포함한 세무상 결손금 OOO원에 대하여 법인세법제72조를 적용하여 2018사업연도에 기납부한 세액의 결손금소급공제에 의한 환급을 신청하였으나, 처분청은 2020.8.18. “직전 사업연도에 연결납세방식을 적용하여 법인세법제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고한 내국법인이 당해 사업연도에 개별납세방식으로 변경하여 같은 법 제60조에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고한 경우, 같은 법 제72조는 적용되지 않는 것”으로 보아 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 이 건 소급공제에 대한 요건을 충족하는바, 이 건 청구는 인용되어야 한다. (가) 청구법인은 결손금이 발생한 중소기업으로 직전 사업연도에 납부한 법인세액이 있으므로 법인세법제72조 규정에 따른 환급이 적용되어야 한다. 1) 법인세법제72조에서는 ① 중소기업에 해당하는 내국법인이, ② 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우, ③ 직전 사업연도의 법인세액을 한도로 결손금에 상당하는 법인세액의 환급을 신청할 수 있도록 하고 있다. 이와 관련하여 국세청에서는 소급공제 요건은 결손금이 발생한 사업연도를 기준으로 이를 적용하는 것으로 해석하고 있는데(서면법인-1732, 2017.11.30), 청구법인의 경우 결손금이 발생한 당해 사업연도인 2019사업연도에 중소기업에 해당하고, 결손금이 발생하였으며, 직전 사업연도인 2018사업연도에 법인세액이 발생하였으므로, 소급공제 요건을 충족한다. 따라서 청구법인의 경우 2018사업연도의 법인세액을 한도로 소급공제 규정에 따른 환급이 적용되어야 한다. 2) 특히 법인세법에서는 연결법인의 과세표준을 계산할 때 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 결손금에 포함하도록 하고 있고 (법인세법제76조의 13 제1항 제1호), 반대로 연결납세방식의 적용이 취소되거나 배제되는 경우 연결사업연도의 결손금으로 각 연결법인에 귀속될 금액으로서 공제되지 아니한 금액은 해당 연결법인의 결손금으로 보도록 하고 있으며(법인세법제76조의9 제4항), 연결납세방식을 적용하다가 적용하지 아니하게 된 법인의 최초 사업연도 중간예납세액과 관련하여 연결법인별 산출세액을 직전 사업연도에 대한 법인세로서 확정된 산출세액으로 보도록 하고(법인세법제63조의2 제4항) 있다. 이러한 점들을 고려해 보면 법인세법상 연결납세방식의 소득이나 결손금, 산출세액과 개별납세방식의 소득과 결손금, 산출세액을 구별하여 다르게 취급한다기 보다는 연결법인별로 같은 법인의 소득, 결손금, 산출세액으로 봐서 세무처리를 하라는 것이 연결납세방식에서의 결손금이나 산출세액의 이월에 대한 입법취지라고 할 것이다. 그럼에도 불구하고 단순히 소득이 발생한 사업연도에 연결납세방식으로 신고를 함에 따라 법인세법제60조에 따른 신고기한 내에 신고를 하지 않았다는 이유만으로 결손금소급공제를 배제하는 것은 연결납세방식에 대한 법인세법상의 입법취지에도 부합하지 않는 의견이라 할 것이다. (나) 청구법인은 법정 신고기한 내에 법인세 과세표준과 세액을 적법하게 신고하였다. 1) 법인세법제72조 제4항에서는 소급공제에 따른 환급은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용하도록 하고 있다. 이와 관련하여 청구법인은 2019사업연도에는 법인세법제60조에 따른 신고기한 내에 신고를 하였으나, 2018사업연도에는 연결납세방식으로 법인세법제76조의17에 따라 법인세를 신고·납부하였으므로, 처분청에서는 제60조에 따른 신고가 없었다고 주장하는 것으로 이해된다. 2) 그러나 처분청의 이러한 주장은 다음과 같은 점에서 타당하지 않다. 가) 대법원 판례에 의하면 원칙적으로 조세법규는 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결). 그렇다면 법인세법제60조에 따라 신고한 경우에 대해서만 적용하도록 하는 동 규정은 개별납세방식을 적용하는 중소기업 또는 사업연도 종료일로부터 3개월 내 신고한 중소기업에 한하여 동 규정을 적용하겠다는 것이 아니라 세법 규정을 준수하여 법정기한 내에 성실한 신고의무를 이행한 중소기업에 한하여 소급공제 혜택을 부여하기 위한데 그 목적이 있다고 보는 것이 합리적일 것이다. 이러한 취지에서 처분청에서도 소급공제 적용대상 법인을 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 법인세를 법정 신고기한 내에 각각 신고한 경우에 한하여 적용하는 것으로 안내하고 있기도 하다(OOO 발간 ‘2020 법인세 신고안내’ 참조). 청구법인은 2019사업연도에는 개별납세방식 적용에 따라 법인세법제60조에 따른 신고기한 내에 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하였고, 2018사업연도에는 연결납세방식 적용에 따라 법인세법제76조의17에 따른 신고기한 내에 법인세 과세표준과 세액을 신고하여 전기와 당기 모두 법정기한 내 적법하게 신고의무를 이행하였는바, 직전 사업연도에 법인세법제60조에 따라 신고가 없었다는 이유로 청구법인의 이 건 환급신청을 거부하는 것은 부당하다. 나) 특기할 사항으로 청구법인은 2018사업연도에 자회사인 AAA(주)과 연결납세방식으로 법인세를 신고·납부하였으나, 청구법인의 소득금액으로 약 OOO원을 신고하였고, 동 소득에서 AAA(주)의 결손금 약 OOO원과 연결 이월결손금 약 OOO원을 공제한 이후의 소득에 대하여 청구법인의 연결법인별 산출세액 약 OOO원을 신고·납부한 바 있다. 즉 청구법인이 2018사업연도에 연결납세방식으로 신고한 소득은 연결자법인인 AAA(주)에서 발생한 소득이 아니라 청구법인에서 발생한 소득으로 이 건 환급신청은 청구법인의 사업에서 발생한 소득에 대하여 청구법인의 사업에서 발생한 결손금을 공제해달라는 신청인데, 이를 단순히 신고형식이 다르다는 이유만으로 거부하는 것은 부당하다. (2) 중소기업 결손금 소급공제의 입법취지 및 조세평등주의에 비추어도 이 건 처분은 부당하다. (가) 입법취지와 조세정책적 취지를 고려하여도 소급공제 규정이 적용되어야 한다. 1) 법인세법제72조 소급공제 규정은 중소기업의 지원을 강화하기 위하여 1997년 최초로 도입된 규정이다. 동 규정 도입 이전에는 중소기업과 중소기업 외 기업은 모두 결손금 이월공제 규정을 통해서만 법인세법상 기간과세에 따른 문제점을 보완해왔는데, 1997년에 중소기업에만 적용되는 동 규정을 신설한 것은 즉각적인 세액환급을 통하여 중소기업의 자금난을 해소하는 등 특별히 중소기업에 대한 조세지원을 강화하기 위한 조세정책적인 목적이 있는 것이다(헌재 2004.9.23. 선고 2003헌바24 결정, 대법원 2000.10.27. 선고 2000다25590 판결). 유권해석(서면법인-1732, 2017.11.30.)은 직전 사업연도에 중소기업에 해당하지 않았다 하더라도 결손금이 발생한 사업연도를 기준으로 중소기업에 해당하는 경우에는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정의 적용대상이 되고, 해산등기를 한 법인의 해산등기일부터 잔여재산가액 확정일까지 발생한 결손금에 대하여도 결손금 소급공제를 폭넓게 인정하고 있는데(서면2팀-44, 2004.1.19.), 이는 이러한 중소기업 지원의 입법 취지를 반영한 것으로 보인다. 2) 청구법인은 결손금이 발생한 2019사업연도를 기준으로 중소기업에 해당할 뿐만 아니라, 직전 사업연도인 2018사업연도에도 개별기준 뿐 아니라 연결기준으로도 중소기업에 해당하는바, 단지 직전 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 법인세법제60조가 아닌 법인세법제76조의17에 따른 기한 내에 신고하였다고 하여 이를 배제하는 것은 중소기업 지원이라는 소급공제 규정의 입법취지 및 조세정책목적에 반하는 것이라 할 것이다. (나) 청구법인은 사업의 정리 과정에서 부득이하게 매각 시차와 기간 과세로 인하여 불합리하게 세금을 부담하였는바, 이를 해소할 제도적 수단이 있음에도 불구하고 과도한 세금부담을 지우는 것은 부당하다. 1) 청구법인은 1962년 설립 이후 50년 이상 사업활동을 영위해 왔으나, 최근 10여년에 걸친 사업부진으로 인하여 부득이하게 2018년과 2019년에 걸쳐 사업용 자산을 정리하게 되었다. 이 과정에서 2018사업연도의 사업용 부동산의 매각에서는 거액의 이익이, 2019사업연도의 AAA(주) 주식의 매각에서는 거액의 손실이 발생하였다. 만약 청구법인이 동일한 사업연도에 사업용 부동산과 AAA(주) 주식을 매각하였거나 전 과세기간을 통틀어 과세소득을 계산할 수 있었다면 부동산 처분이익과 주식매각 손실이 상계되어 청구법인의 세부담은 크게 줄어들 수 있었을 것임에도 불구하고, 청구법인은 세법상의 기간과세로 인하여 불합리한 세금을 부담하는 결과가 되었다. 2) 법인세법에서는 세제지원 차원에서 중소기업에 한하여 이러한 불합리한 점을 보완하고자 소급공제 제도를 두고 있는 것으로 이해되는바, 이와 같이 청구법인과 같은 불합리한 상황을 해결하기 위한 제도적 수단이 있음에도 불구하고 단순히 신고의 형식이 다르다는 이유만으로 이를 인정하지 않고 청구법인에 과도한 세금부담을 지우는 것은 납득하기 어렵다. (3) 처분청에서는 법인세법제76조의20에서 법인세법제72조의 적용을 언급하고 있지 않으므로, 이 건에 있어서 청구법인에게 결손금소급공제가 적용되어서는 안된다는 의견이다. (가) 그러나 청구법인은 결손금소급공제를 신청하는 시점에 연결납세방식으로 신고하는 법인이 아니었고, 법인세법제60조에 따라 개별납세방식으로 법정신고기한 내에 적법하게 신고를 하였다. 법인세법제60조에 따라 신고를 하는 법인은 법인세법제72조의 적용이 배제되지 않는바, 처분청의 주장은 청구법인이 법인세법제76조의17에 따라 연결납세방식으로 신고를 하는 경우에는 적용될지 모르겠지만 청구법인과 같이 법인세법제60조에 따라 신고를 한 경우에는 적용되지 않는 주장이다. (나) 처분청에서는 직전 사업연도에는 중소기업이 아니어도, 결손금이 발생한 사업연도에 중소기업인 경우에는 결손금 소급공제가 적용되는 것으로 일관되게 해석해 오고 있는바(서면 법인-1732, 2017.11.30, 법인세과-624, 2009.5.28), 이는 중소기업에 대한 자금지원이라는 결손금 소급공제의 입법취지 및 정책목적을 고려한 것으로 이해된다. 그런데 청구법인은 결손금이 발생한 사업연도에 중소기업이었고, 법인세법제60조에 따라 개별납세방식으로 법인세 신고를 하면서 법인세법제72조에 따라 결손금 소급공제를 신청한 것인바, 직전 사업연도에 청구법인이 연결납세방식으로 신고했다고 하여 이 건 결손금소급공제 적용을 거부한 처분은 부당하다. (4) 위 예규와 같이 처분청에서는 결손금 소급공제 규정의 입법취지 및 목적을 고려하여 직전 사업연도에는 중소기업이 아니더라도 결손금이 발생하는 시점에 중소기업에 해당하면 결손금 소급공제를 적용하는 것으로 일관되게 해석해 오고 있다. 즉 처분청 입장에 따르면 중소기업이 아닌 때에 발생한 이익에 대해서도 결손금이 중소기업인 때에 발생하기만 한다면 결손금과 상계하여 법인세를 환급해 주는 결과가 된다. 그런데 청구법인의 경우 직전 사업연도에 연결납세방식으로 신고를 하기는 했으나 중소기업에 해당하는바, 결국 청구법인은 중소기업일 때 발생한 이익에 대하여 중소기업일 때 발생한 결손금을 소급공제하여 달라는 신청을 한 것이다. 중소기업이 아닌 때 발생한 이익도 결손금이 중소기업일 때 발생하기만 하면 소급공제를 해 주는데, 중소기업일 때 발생한 이익을 중소기업일 때 발생한 결손금과 소급공제를 해주지 않는 것은 경제적 실질의 측면에서도 불합리하고 과세형평성 측면에서도 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 대법원과 OOO는 결손금 소급공제 적용요건을 엄격하게 해석하는바, 법인세법제72조 제4항의 문언에 따라 결손금 발생 사업연도 및 직전 사업연도 모두 같은 법 제60조에 따른 신고기한 내 각 법인세를 신고한 경우에 한하여 소급공제가 허용된다. (가) 법인세법제72조 제4항은 결손금 소급공제 제도의 ‘절차적 요건’으로 결손금 발생 사업연도 및 직전 사업연도 ‘모두’ 같은 법 제60조에 따른 신고기한 내 각 법인세를 신고한 경우에 한하여 소급공제를 허용하고 있다. 1) 이에 대해 청구법인은 위 절차적 요건은 각 사업연도에 법정기한 내 신고의무를 이행한 경우에 한해 결손금 소급공제를 부여하는 취지의 것으로, 청구법인은 결손금이 발생한 2019사업연도에는 ‘개별납세방식에 따라 법인세법제60조’에 따른 신고기한 내에 법인세 신고를 마쳤고, 2018사업연도에는 ‘연결납세방식에 따라 법인세법제76조의17’에 따른 신고기한 내에 법인세 신고를 마쳤는바, 양 사업연도 모두 각 사업연도별 납세방식에 따른 법정기한 내에 적법하게 신고하였으므로, 이 건 결손금 소급공제 신청은 절차적 요건을 준수한 것이라 주장한다. 2) 그러나 법인세법상 결손급 소급공제 제도의 절차적 요건은 아래와 같이 엄격히 해석되어야 하고, 임의로 확장해석 또는 유추해석할 수 없다. 가) 과세편의상 사업연도 단위로 구분하여 법인세를 과세하고 있으나, 법인 존속기간 중 소득은 사업연도 단위의 소득금액 및 결손금 차가감액의 합산이므로 특정 사업연도에 발생한 결손금은 그 이전 또는 이후 일정기간 내 사업연도 소득금액에서 공제하는 것이 타당하다. 법인세법은 결손금에 대하여 종래 차후 사업연도 소득에서 공제하는 ‘이월공제방법’만 허용하다가, 1996.12.30. 법률 제5192호 개정으로 중소기업에 한하여 직전 사업연도 소득에 과세된 법인세액을 한도로 1997.1.1. 이후 최초 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 소급공제에 의한 환급을 받을 수 있는 규정을 신설함으로써 ‘소급공제 제도’를 도입하였다. 나) 법인세법상 결손금 소급공제 제도를 중소기업에 한해 적용하도록 한 것은, 특별히 중소기업에 대해 조세지원을 강화하기 위한 ‘조세정책적인 목적’ 즉 “즉각적인 세액환급을 통하여 중소기업의 자금난을 해소하고, 그와 동시에 모험 중소기업에 대한 투자장려의 의미”를 추구하기 위해서이다(OOO). 이에 따라 대법원은 “결손금 소급공제에 의한 환급은 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도이므로, 위 규정에 따라 환급을 받기 위해서는 이월결손금의 발생 등 실체적 요건과 과세표준확정신고기한 내에 환급신청을 해야 하는 등 절차적 요건이 충족되어야 할 것(대법원 2003.7.25. 선고 2001두10721 판결)”이라는 점을 강조하고 있다. 그리고 OOO는 결손금 소급공제 제도는 전 과세기간의 과세표준 및 세액을 재계산하고 기납부된 세액을 환급하여야 하므로 조세행정을 복잡하게 하고 국가세입을 불안정하게 하는 등의 문제점이 있기 때문에 그 법인세 근거규정을 신설하면서 적용대상 및 실체적·절차적 적용요건을 엄격하게 규정하고 그 부칙에서도 소급 적용되지 않도록 규정하는 등 결손금 소급공제에 의한 환급을 제한적·예외적으로 인정하는 취지로 입법되었음을 강조하고 있다(OOO). 또한 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합”(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결)하는바, 과세표준을 감소시켜 명백히 특혜규정에 해당하는 결손금 소급공제 제도의 적용요건은 엄격하게 해석되어야 한다. 다) 종합하면 대법원과 OOO는 법인세법상 결손금 소급공제 제도의 입법취지·조세정책적 목적·문제점 등을 고려하여 그 적용요건의 해석 및 적용 여부를 엄격하게 판단하도록 하고 있다. 따라서 법인세법제72조 제4항에서 그 절차적 요건에 관하여 결손금 발생연도 및 직전연도 모두 같은 법 제60조의 법정기한(사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월) 내 법인세 신고를 요구하고 있는 것은 문언 그대로 엄격하게 해석하는 것이 타당하다. 청구법인은 2018사업연도에 연결납세방식에 따라 법인세법제76조의17의 법정기한(연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 내 법인세를 신고한 것도 법정기한 내의 신고인 점에서 동일하므로 법인세법제72조 제4항의 절차적 요건을 준수한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 명백히 제60조의 신고기한을 도과하였으므로 청구법인의 결손금 소급공제에 따른 환급 신청은 그 절차적 요건을 결한 것이다. (나) 한편 청구법인은 ‘OOO의 2020 법인세 신고안내’ 책자에서 결손금 발생 사업연도 및 직전 사업연도에 법인세를 법정 신고기한 내 각 신고하는 경우 소급공제를 허용하는 것으로 안내하고 있다고 주장한다. 그러나 위 법인세 신고안내 책자는 단순히 법인세법에서 규정하는 어떠한 법정 신고기한 내 신고하면 충분하다고 안내하는 것이 아니라, 아래와 같이 ‘법인세법제72조 제4항을 근거규정으로 명시’하여 당해 규정에서 정하는 법인세법제60조의 신고기한 내 신고할 것을 요구하는 것인바, 청구법인의 위 주장은 타당하지 않다. OOO (2) 연결납세방식 포기 후 발생한 결손금을 바탕으로 한 직전 사업연도 연결세액에 대한 소급공제 신청은 이를 허용하는 근거규정이 존재하지 아니하므로 조세법률주의에 따라 인정될 수 없다. (가) 연결납세방식 법인의 각 연결사업연도 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도의 소득에서 연결이월결손금, 연결비과세소득 및 연결소득공제액을 차례로 뺀 금액으로 한다(법인세법제76조의13 제1항). ‘연결이월결손금’의 경우, 법인이 연결집단에 새로 가입하는 경우 해당법인의 이월결손금은 연결집단에 승계되어 사용될 수 있고(법인세법제76조의13 제3항), 연결집단이 승인취소 또는 포기로 인하여 해체되는 경우 연결집단의 이월결손금은 각 연결법인에 배분되어 해체 후 각 법인이 사용될 수 있도록 하고 있고 또한 각 경우에 대한 공제한도가 규정되어 있다(법인세법제76조의9 제4항·5항, 법인세법제76조의10 제2항). (나) 반면 연결납세방식 법인에 대한 ‘결손금 소급공제’의 경우, 위 연결결손금 규정과 같이 연결집단 가입 또는 해체시 소급공제의 적용 및 공제한도에 관한 규정을 두고 있지 않다. 즉 입법자는 결손금 소급공제의 혜택을 누리기 위하여 법인이 조세회피의사를 가지고 연결집단을 설정 또는 해제하는 것을 방지하기 위한 취지로 연결집단의 가입 또는 해체시 결손금 소급공제를 인정하지 아니하는 것이다.

① 법인세법은 ‘연결납세방식을 선택하여 연결집단이 유지되는 동안’ 결손금 소급공제 제도의 적용을 배제하고 있다(법인세법제76의20에서 준용 제외). 그리고 그 외 별도로 허용하는 규정이 존재하지 아니하는 이상, ② ‘중소기업인 법인이 새로이 중소기업 요건을 충족하는 연결집단에 편입’되는 경우 해당 연결집단에 결손금이 발생하더라도 해당 법인에 소급공제가 적용될 수 없고, ③ ‘중소기업인 연결집단이 해체’된 직후 사업연도에 각 법인에 발생하는 결손금을 바탕으로 직전 사업연도 연결집단의 납부세액에서 소급공제하는 것 또한 허용되지 않는다. 결국 청구법인이 연결납세방식 포기 후 발생한 결손금을 이유로 직전 사업연도의 납부세액에 대하여 소급공제 환급을 신청하는 것은, 세법상 근거규정이 없는바 조세법률주의에 따라 허용될 수 없다. (3) 또한 법인세법제76조의20은 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여 각 사업연도의 법인세를 준용하면서 아래와 같이 규정하고 있으나, 연결납세법인의 경우 법인세법제72조의 중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급은 그 적용을 배제하고 있다. OOO 연결납세제도는 모회사와 자회사가 완전지배·종속 관계에 있는 경우 경제적 실질에 따라 해당 모회사와 자회사를 하나의 과세 단위로 보아 소득을 통산하여 과세하는 제도로, 연결납세의 실질적인 세부담은 결손금 통산 등의 사유로 개별납세방식에서의 세부담 보다 감소하기 때문에 결손금의 원칙적인 공제방법인 이월공제방법만 허용하고 예외적·특례적인 공제방법인 소급공제방법은 허용하지 않는 것이므로, 비록 개별납세방식으로 전환한 사업연도에 결손금이 발생하였다 하더라도 직전 사업연도에 연결납세방식으로 법인세를 신고한 경우에는 결손금 소급공제를 적용하지 않는 것이다. (4) 청구법인은 연결납세방식을 택하여 2018사업연도 AAA(주)의 결손금 및 연결이월결손금으로 공제 효익을 누렸는바, 과도한 세금을 부담하였다고 볼 수 없다. (가) 청구법인은 2018사업연도에 사업용 부동산 매각으로 거액의 이익이, 2019사업연도에는 AAA(주) 주식 매각으로 거액의 손실이 각 발생하였고, 만약 동일 사업연도에 위 매각거래가 모두 이루어졌거나 전 과세기간을 통틀어 과세소득을 계산할 수 있다면 위 매각거래로 인한 이익과 손실이 상계되어 청구법인의 세부담이 크게 감소되었을 것임에도, 결국 청구법인은 기간과세로 인하여 과도한 세금을 부담하게 되었다고 주장한다. (나) 그러나 청구법인에 대한 과세는 청구법인이 스스로 연결납세방식을 선택하고 또 이를 포기함에 따라 이루어진 결과일 뿐이고, 이러한 과정에서 과세혜택을 받은 점은 제외하고 불리한 점만 들어 세금이 과도하다고 주장하는 것은 타당하지 않다. 1) 연결납세방식은 법률적으로 독립되어 있지만 지배회사와 종속회사가 결합되어 있는 경우 경제적 실질에 따라 이를 하나의 과세단위로 보고 각 법인의 소득금액과 결손금을 합산하여 법인세를 납부하는 제도로서, 그 적용은 법인의 선택에 맡겨져 있다(법인세법제76조의8). 2) 이에 따라 청구법인은 AAA(주)을 종속회사로 하여 연결납세방식을 신청하여 승인을 받았고, 이에 따라 2018사업연도의 경우 청구법인은 약 OOO원의 소득이 발생하였으나, AAA(주)의 당해연도 결손금 약 OOO 원 및 연결이월결손금 약 OOO원을 공제하여 연결과세표준을 약 OOO원으로 대폭 낮출 수 있었다. 이때 연결이월결손금은 청구법인에서 약 OOO원, AAA(주)에서 약 OOO원이 각 발생하였는바, 청구법인은 AAA(주)의 연결결손금을 통해 상당한 세액 감소 효과를 누리게 되었음이 확인된다. 3) 청구법인은 연결납세방식을 택하지 않았다면 2019사업연도 결손금을 가지고서 소급공제하여 2018사업연도 법인세액 일부를 환급받을 수 있었을 것이다. 그러나 청구법인은 대신 스스로 연결납세방식을 선택하여 2018사업연도 법인세 신고·납부 당시 종속회사인 AAA(주)의 당해연도 결손금 및 이월결손금을 통하여 소득금액 및 과세표준을 대폭 감액시킬 수 있었다. 그리고 청구법인의 2019사업연도 발생한 결손금은 이월결손금 제도를 통하여 차후 사업연도 소득 공제에 사용될 수 있다. 따라서 결손금 소급공제가 불가능한 사정만 부각하여 처분청의 이 건 거부처분으로 인하여 과도한 세금이 부과되었다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

청구법인이 법 인세법제72조 제4항에서 정한 신고기한 내에 법인세 신고를 하지 아니하였다 하여 결손금 소급공제 신청을 거부한 처분의 당부

• 나. 관련 법률 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의 2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.

⑤ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하는 경우 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제4조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다.

⑦ 제1항에도 불구하고 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률제4조에 따라 감사인(監査人)에 의한 감사를 받아야 하는 내국법인이 해당 사업연도의 감사가 종결되지 아니하여 결산이 확정되지 아니하였다는 사유로 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고기한의 연장을 신청한 경우에는 그 신고기한을 1개월의 범위에서 연장할 수 있다.

⑧ 제7항에 따라 신고기한이 연장된 내국법인이 세액을 납부할 때에는 기한 연장일수에 금융회사 등의 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액을 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 기한 연장일수는 제1항에 따른 신고기한의 다음 날부터 신고 및 납부가 이루어진 날(연장기한까지 신고납부가 이루어진 경우만 해당한다) 또는 연장된 날까지의 일수로 한다.

⑨ 기업회계와 세무회계의 정확한 조정 또는 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 내국법인의 경우 세무조정계산서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 대통령령으로 정하는 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다. 제63조의2【중간예납세액의 계산】④ 제76조의9, 제76조의10 및 제76조의12에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 법인이 연결납세방식을 적용하지 아니하는 최초의 사업연도에 제1항 제1호에 따라 중간예납세액을 납부하는 경우에는 직전 연결사업연도의 제76조의15 제4항에 따른 연결법인별 산출세액을 제1항 제1호에 따른 계산식의 직전 사업연도에 대한 법인세로서 확정된 산출세액으로 본다. 제72조【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급】① 중소기업에 해당하는 내국법인은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액”이라 한다)을 한도로 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다.

1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)

2. 직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 해당 사업연도의 결손금 상당액을 차감한 금액에 직전 사업연도의 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액

② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 국세기본법제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다. 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 “완전모법인”(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 “완전자법인”(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

④ 연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다 제76조의9【연결납세방식의 취소】④ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의13 제1항 제1호의 금액 중 각 연결법인에 귀속하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 해당 연결법인의 제13조 제1항 제1호의 결손금으로 본다. 제76조의10【연결납세방식의 포기】① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다. 제76조의13【연결과세표준】① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제3항제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

1. 각 연결사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

2. 이 법과 조세특례제한법에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

3. 이 법과 조세특례제한법에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

② 제1항 제1호에서 “연결사업연도의 결손금”이란 제76조의14 제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득이 0보다 적은 경우 해당 금액으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금과 제76조의14 제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 해당 연결사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 처분손실을 말한다.

③ 제1항 제1호에 따라 결손금을 공제하는 경우 다음 각 호의 결손금은 해당 각 호의 금액을 한도로 공제한다.

1. 연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금: 각 연결사업연도의 소득 중 해당 연결법인에 귀속되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득금액(이하 이 조에서 “연결소득 개별귀속액”이라 한다) 제76조의17【연결과세표준 등의 신고】① 연결모법인은 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률제4조에 따라 감사인에 의한 감사를 받아야 하는 연결모법인 또는 연결자법인이 해당 사업연도의 감사가 종결되지 아니하여 결산이 확정되지 아니하였다는 사유로 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고기한의 연장을 신청한 경우에는 그 신고기한을 1개월의 범위에서 연장할 수 있다.

② 제1항에 따라 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 연결소득금액 조정명세서

2. 각 연결법인의 제60조 제2항 제1호부터 제3호까지의 서류

3. 연결법인 간 출자 현황 및 거래명세 등 대통령령으로 정하는 서류

③ 제1항에 따른 신고를 할 때 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하면 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다.

④ 연결모법인의 과세표준 등의 신고에 관하여는 제60조 제3항, 제6항, 제8항 및 제9항을 준용한다.

⑤ 연결모법인은 제119조 제1항에도 불구하고 제1항에 따른 신고기한까지 제119조 제1항에 따른 주식등변동상황명세서(연결자법인의 주식등의 변동사항을 포함한다)를 제출할 수 있다. 제76조의20【연결법인세액의 결정·경정 및 징수】각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다. 제76조의22【연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용】각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이 법 및 조세특례제한법의 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용한다. 이 경우 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.4.30. 청구법인을 모법인으로, AAA(주)을 자법인으로 하여 2018연결사업연도에 대한 법인세 신고(아래 ＜표1＞ 참조)를 하였다. ＜표1＞ 2018연결사업연도 법인세 신고 내용 OOO (나) 청구법인은 2020.3.31. 2019사업연도에 대한 법인세 신고와 함께 ‘소급공제 법인세액 환급신청서(아래 ＜표2＞ 참조)’를 제출하였다. ＜표2＞ 소급공제 법인세액 환급신청 내역 OOO (다) 청구법인이 제출한 2018연결사업연도 및 2019사업연도 법인세 신고서에 첨부된 ‘중소기업 등 기준검토표’ 상 청구법인은 중소기업 요건을 모두 충족하는 것으로 나타나고, 청구법인이 중소기업에 해당함에 대한 처분청의 이견은 없는 것으로 나타난다. (라) OOO이 발간한 ‘2020 법인세 신고안내’ 책자(415p)에서는, “중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급은, 조세특례제한법 시행령제2조의 규정에 의한 중소기업으로서, 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 법정신고기한 내에 각각 신고한 경우에만 적용한다(법법§72①, ④)”고 안내하고 있다. (마) 처분청은 2020.8.10. 청구법인에게 “법인세법제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고한 내국법인이 당해 사업연도에 개별납세방식으로 변경하여 같은 법 제60조에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우, 같은 법 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급)는 해당 내국법인에게 적용되지 않으므로 귀 법인의 소급공제 법인세액 환급신청을 거부”한다는 내용의 ‘소급공제 법인세액 환급신청 거부통지’를 하였다. (바) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법제76조의20의 주요 개정내용은 아래와 같다. OOO (2) 법인세법 제72조에서는 중소기업에 해당하는 내국법인이 각 사업연도에 결손금이 발생하는 경우 직전 사업연도의 법인세액을 한도로 환급신청을 할 수 있고, 이 경우 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세 신고를 한 경우에 적용하는 것으로 규정하였다. 또한 법인세법제76조의8에서는 완전모법인과 완전자법인은 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고·납부할 수 있고, 연결법인의 납세지는 연결모법인의 납세지로 하는 것으로 규정하였으며, 제76조의9 제4항에서는 연결납세방식이 취소된 경우 연결사업연도의 결손금으로 각 연결법인에 귀속될 금액으로서 공제되지 아니한 금액은 해당 연결법인의 결손금으로 보도록 규정하였고, 제76조의10에서는 연결납세방식을 적용하여 법인세 신고를 한 연결법인은 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없는 것으로 규정하였으며, 제76조의13에서는 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 각 연결사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금 포함), 각 연결법인의 비과세소득 및 소득공제액의 합계액을 공제한 금액으로 한다고 하면서, 연결사업연도의 결손금이란 제76조의14 제1항에 따른 각 연결사업연도의 소득이 0보다 적은 경우 해당 금액으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금을 말하는 것으로 규정하였고, 제76조의17에서는 연결모법인은 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 해당 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하고, 연결과세표준 신고를 할 때 각 연결법인은 개별납세방식에 따라 법인세 신고시 법인이 제출하여야 하는 서류에 해당하는 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서, 세무조정계산서, 세무조정계산서 부속서류 및 기업회계기준에 따라 작성한 현금흐름표 등 법인세법제60조 제2항 제1호 내지 제3호가 정하고 있는 모든 서류를 제출하지 아니한 경우에는 법인세법에 따른 신고로 보지 아니한다고 규정하였으며, 제76조의22에서는 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용하고, 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있다. (3) 청구법인과 처분청은 2021.8.24. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 다음과 같이 진술하였다. (가) 청구법인의 대리인은 “청구법인이 소급공제 요건인 법정신고기한내 법인세 신고를 이행하였고, 법인세법상 연결납세방식으로 법정신고기한내 신고를 하는 경우에는 개별납세방식에 따른 법인세 무신고에 해당하지 아니하며, 직전 사업연도 법인세 신고방식에서 연결납세방식을 제외하고 반드시 개별납세방식에 의하여야 한다는 명문의 규정이 없는 한 청구인이 직전사업연도 법인세 신고방식을 연결납세방식을 선택하였다고 하여 법인세 신고관련 의무를 미이행하였다고 볼 수는 없고, 조세심판원 선결정례(조심 2016서3490, 2016.12.29.)에서도 ‘법인이 연결법인세 신고방식을 선택한 경우에도 법인세법상 효과(권리 및 의무)는 각자의 연결법인에게 귀속된다’고 하였던바, 청구법인이 연결납세방식으로 신고를 하든, 개별납세방식으로 신고를 하든 상관없이 법인세법상의 신고의무 이행의 효과는 각 법인에게 귀속되는 것이므로, 직전 사업연도에 연결납세방식으로 납부한 세액도 청구법인의 세액에 해당하고, 청구법인이 법정신고기한 내에 신고·납부한 세액이 분명하다면 당연히 청구법인의 결손금을 소급공제할 수 있는 것으로 보아야 한다”고 진술하였다. 1) 이에 더하여 “법인세법상 연결납세방식을 선택한 경우에도 개별납세방식의 법인세 신고를 면제해 준다는 명문의 규정이 없음에도 개별납세방식의 법인세 신고를 이중으로 강제하고 있지 아니한바, 연결납세방식을 적용하여 법인세 신고를 한 경우는 제60조에 따른 개별납세방식으로 신고한 경우로 갈음되는 것으로 해석하여야 한다. 그와 같이 해석하지 아니하면 연결법인은 각각 법인세법제60조에 따른 개별방식으로 법인세 신고를 별도로 하여야 하고 그러하지 않은 경우에는 무신고에 해당할 것임에도, 연결납세방식으로 법인세법제76조의17에 따른 신고를 하는 경우 법인세법제60조에 따른 신고가 면제되고 무신고가산세도 부과되지 않고 있다. 결국 법인세법제76조의17에 따른 신고를 한 경우 법인세법제60조에 따른 신고로 보는 것이 타당하다”고 진술하였다. 2) 그리고 “법인세법제72조는 ‘제60조에 따른 신고기한 내’에 법인세 신고를 하도록 하고 있는데, 동 규정은 명문으로 신고기한 내의 신고만을 요구하고 있고, 개별납세방식의 신고를 강제하고 있지 않는 것으로 보인다. 즉 법인세법은 법인세 신고와 관련하여 연결납세방식을 제외하고 반드시 개별납세방식에 의하여야 한다는 명문의 규정이 없다는 것으로, 만일 개별납세방식을 강제하는 방식의 입법이었다고 한다면 ‘제60조에 따라 신고’ 또는 ‘제60조에 규정하고 있는 신고방식에 따른 신고를 신고기한 내 신고’와 같은 방식으로 입법하는 것이 적절해 보인다. 또한 법인세법제72조의 결손금 소급공제 규정이 개별납세방식을 규정한 제2장에 존재하는 한 법정신고기한내 신고를 하여야 함을 의미하는 입법을 할 때 입법기술상 같은 법인세법제2장 내에 있는 ‘제60조에 따른 신고기한’이라고 용어를 선택하는 것은 너무나 일반적이고도 자연스러운 선택일 것으로 보인다. 위와 같이 해석할 수밖에 없는 또 다른 이유는, 법인세법제60조에서 성실신고확인서를 제출하는 경우의 신고기한은 4개월이어서, ‘제60조에 따른 신고기한’이 아닌 ‘3월 31일까지’ 또는 ‘4월 30일까지’와 같은 물리적인 기간개념으로 입법할 수도 없다 할 것이다. 따라서 ‘제60조에 따른 신고기한’의 의미는 신고방식을 강제하는 것일 수 없는 법정신고기한 준수의 의미로 해석하는 것이 타당하며, 이러한 취지로 국세청도 ‘제60조에 따른 신고기한내 신고’의 의미를 ‘법정신고기한 내’로 안내하는 것으로 보인다”고 진술하였다. (나) 처분청은 “조세우대조치인 결손금 소급공제는 그 적용요건을 엄격하게 해석하여야 하는바, 법인세법제72조 제4항에서 결손금 발생 사업연도 및 직전 사업연도 모두 같은 법 ‘제60조에 따른 신고기한 내’에 법인세 신고를 각각 한 경우에만 소급공제를 적용하여야 하는데, 청구법인은 2018사업연도에는 법인세법제60조가 아닌 제76조의17에 따른 신고를 하였으므로 결손금 소급공제 대상이 아니라 할 것이고, 만약 연결법인이 법인세 신고를 법정신고기한인 4개월 이내보다 빠른 3월 31일에 했 다 하더라 도 법인세법제60조에 따른 것이 아니므로 소급공제를 적용할 수 없는 것”이라고 진술하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 청구법인이 중소기업 결손금 소급공제 요건을 충족하였는지에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법 제72조에서는 결손금 소급공제 요건으로 ① 중소기업에 해당하는 내국법인일 것, ② 결손금이 발생할 것, ③ 직전 사업연도 법인세액을 한도로 할 것, ④ 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도 및 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세 신고를 한 경우로 규정하고 있다. 청구법인의 경우 ① 2018사업연도에는 연결모법인인 청구법인 뿐만 아니라 연결자법인을 합한 연결기준으로도 중소기업에 해당하고, 2019사업연도 역시 중소기업에 해당하는 점, ② 2019사업연도에 결손금 OOO원이 발생한 점, ③ 직전 사업연도인 2018사업연도에 OOO원의 법인세를 납부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 이견이 없다. (나) 다만 위 (가)의 네 번째 요건인 ‘제60조에 따른 신고기한 내에 법인세 신고’에 대하여, 청구법인은 “법정신고기한을 준수” 또는 “연결납세방식을 적용하여 법인세 신고를 한 경우 제60조에 따른 개별납세방식으로 신고한 경우로 갈음”된다는 것으로 해석하여야 한다고 주장하고, 처분청은 “제60조에 따른 신고”로 해석하여야 한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. 1) 처분청은 법인세법제72조 제4항의 ‘제60조에 따른 신고기한 내에 법인세를 신고한 경우’는 법인세 신고방식을 특정하여 개별납세방식으로 신고한 경우에만 중소기업 결손금 소급공제 대상에 해당한다는 의견이나, 법인세법제76조의17 제2항 제2호에서는 연결납세방식의 법인세 신고내용은 개별납세방식의 법인세 신고내용을 포함하고 있고, 청구법인의 경우에도 2018사업연도 연결법인세 신고시 전체 연결법인세신고서 이외에 법인세법제60조에 따른 신고와 동일하게 소득금액, 과세표준, 산출세액 등이 나타나는 연결법인별 법인세 신고서를 제출한 점, 법인세법상 연결납세방식을 선택한 경우 개별납세방식의 법인세 신고를 면제해 준다는 명문의 규정이 없음에도 개별납세방식의 법인세 신고를 강제하고 있지 아니하고, 개별납세방식의 법인세 신고를 하지 않더라도 이를 무신고로 보고 있지 아니한 점, 법인세법제76조의13 제2항에서는 “연결사업연도의 결손금으로 공제받기 위해서는 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금”이어야 하는 것으로 규정하고 있는데, 연결납세방식 하에서는 법인세법제60조에 따른 신고는 하지 않고, 제76조의17에 따른 연결과세표준 신고만을 하도록 규정하고 있으므로 제76조의17의 연결과세표준 신고가 제60조의 신고를 갈음하는 것으로 해석하지 않는다면 법인세법제76조의13 제2항에 따라 연결납세방식하의 결손금은 공제를 받지 못하게 되는 점, 법인세법제76조의13 제1항 제1호에서는 “연결법인의 과세표준을 계산할 때 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 결손금에 포함”하도록 하고 있고, 법인세법제76조의9 제4항에서는 “연결납세방식의 적용이 취소되거나 배제되는 경우 연결사업연도의 결손금으로 각 연결법인에 귀속될 금액으로서 공제되지 아니한 금액은 해당 연결법인의 결손금으로 본다”고 규정하였는데, 공제대상이 되는 결손금은 결손금이 발생한 사업연도에 대한 신고가 있어야 하는 것이므로 개별납세방식에서 하였던 신고를 연결납세방식의 신고로, 연결납세방식에서 하였던 신고를 개별납세방식의 신고로 보아야 위 규정들이 적용될 수 있는 점 등을 종합할 때 법인세법제76조의17에 따라 연결납세방식을 적용한 법인세 신고를 한 경우 법인세법제60조에 따른 개별납세방식으로 신고를 한 경우에 갈음되는 것으로 해석하는 것이 타당해 보이고, 청구법인 역시 법인세법제76조의17에 따라 법인세 신고를 적절하게 하였음이 확인된다. 2) 또한 법인세법제72조 제4항이 ‘제60조의 방식에 따라 신고’ 또는 ‘제60조에 따른 신고를 하여야’ 등과 같이 규정되었다면 처분청 의견과 같이 해당 규정이 개별납세방식에 따른 신고를 강제하는 규정임이 명확하다 할 것이나, 현행 규정은 “제60조에 따른 신고기한 내에 법인세를 신고한 경우”로만 정하고 있어 현행 규정이 법인세 신고방식까지 특정하고 있다고 해석하는 것은 다소 무리가 있어 보이므로, 해당 규정은 청구법인이 주장하는 바와 같이 ‘법정신고기한 내에 신고한 경우’의 의미로 해석하는 것이 중소기업 결손금 소급공제 제도의 도입취지에 맞는 합목적적 해석으로 판단된다. (다) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결)으로, 중소기업 결손금 소급공제 규정은 중소기업의 자금난을 해소하는 등 중소기업에 대한 조세지원을 강화하기 위한 것OOO인바, 위 (가)에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 2019사업연도 뿐 아니라 2018사업연도에도 중소기업에 해당하고, 소급공제 받고자 하는 소득금액 및 직전 사업연도의 법인세 납부액도 청구법인의 것인 점, 위 (나)에서 살펴본 바와 같이 연결납세방식을 적용하여 법인세법제76조의17에 따른 법인세 신고를 한 경우 제60조에 따른 개별납세방식으로 신고한 경우로 갈음되는 것으로 해석하는 것이 합리적이고, 법인세법제72조 제4항 에서 규정한 “제60조에 따른 신고기한 내에 법인세를 신고한 경우”를 ‘법정신고기한 내에 신고한 경우’로 해석하는 것이 합목적적 해석에 충실한 것으로 보이는 점 등을 종합할 때 청구법인은 2019사업연도 결손금 소급공제 요건을 모두 충족하였다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.