출자주주가 과세이연을 받은 이상, 취득세무조정은 필요한 세무조정에 해당되는 것으로 판단되며, 자산조정계정은 과세이연의 사후관리의 일환으로 보아 사후관리규정에서 적용한 주식의 양도순서를 준용함이 합리적인바, 청구법인이 선택한 기타주식이 양도된 것으로 보아 자산조정계정을 환입하는 것이 타당하다고 판단됨
출자주주가 과세이연을 받은 이상, 취득세무조정은 필요한 세무조정에 해당되는 것으로 판단되며, 자산조정계정은 과세이연의 사후관리의 일환으로 보아 사후관리규정에서 적용한 주식의 양도순서를 준용함이 합리적인바, 청구법인이 선택한 기타주식이 양도된 것으로 보아 자산조정계정을 환입하는 것이 타당하다고 판단됨
. OOO세무서장이 2020.8.25. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) ｢법인세법｣상 주식처분순서는 평균법이지만, 이 건 세무조정은 엄밀히 보아, 주식의 처분순서를 정하는 것이 아니라 세무상 인식한 자산조정계정의 환입방법에 관한 것으로, 주식처분순서와 반드시 동일하게 볼 것은 아니며, 기획재정부 유권해석 외에 관련 사후관리규정에서도 자산조정계정의 환입에 대해 납세자선택에 따라 주식이 양도된 것으로 보도록 규정하고 있다.
(2) 법인이 보유한 주식의 처분순서는 평균법이 적용되고, 설령 주식양도가 아니라 자산조정계정의 환입문제로 접근하더라도, 주식양도와 그 본질이 동일할 뿐만 아니라, 관련규정에서도 자법인주식이 처분된 사업연도에 그 처분된 비율만큼의 자산조정계정을 익금에 산입하라고 규정하고 있으므로, 주식처분 순서를 납세자인 청구법인이 임의로 선택할 수 있는 것은 아니다.
(3) 청구법인이 주장근거로 제시한 사후관리규정은 사후관리요건 위반(보유주식 중 1/2 이상 처분) 여부를 판단함에 있어 고려되어야 할 사항으로, 이를 확대 해석하여 지주회사가 임의로 선택한 특정주식이 먼저 처분된 것으로 보아 자산조정계정을 환입하겠다는 것은 세법상 엄격해석의 원칙을 위배한 것이다.
(2) 청구법인은 당초 2019사업연도에 대한 법인세신고 시 출자주식과 기타주식이 각 보유비율에 따라 양도된 것으로 보아, 양도세무조정(자산조정계정 익금산입)을 하였으나, 기획재정부 유권해석과 사후관리규정 등에 근거하여, 기타주식이 먼저 양도된 것으로 보면 2019사업연도에 익금 산입할 자산조정계정은 없다는 주장이다.
(3) 이 건과 관련한 기획재정부의 질의회신(기획재정부 법인세제과-17, 2021.1.11.) 내용은 다음과 같다.
(4) 구조조정 등(합병ㆍ교환ㆍ현물출자 등)으로 취득한 주식의 사후관리와 관련하여 그 주식의 1/2 이상이 처분될 경우 사후관리위반으로 보고 있는데, 1/2 이상이 처분되었는지 여부를 판정하기 위한 규정(｢법인세법 시행령｣ 제80조의2)에 대하여, 기획재정부가 발간한 “2018간추린 개정세법(80쪽)”은 “납세자가 선택한 주식을 처분한 것으로 의제하여 주식보유의무의 부담을 완화하기 위함”으로 설명하고 있다.
(5) 쟁점규정의 제3항은 현물출자로 지주회사가 설립되어 출자주주가 출자주식의 양도차익에 대해 과세이연을 받는 경우 지주회사는 취득세무조정을 하여야 한다고 규정하고 있는데, 2019.12.31. 관련규정이 개정되어 지주회사의 취득세무조정과 관련한 내용은 삭제되었다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016사업연도에 취득세무조정이 없었던 이상 2019사업연도에 양도세무조정이 반드시 필요한 것은 아니라는 주장이나, 쟁점규정 제1항 및 제2항에서 출자주주에 대해 과세이연을 받을 수 있다고 규정하여 과세이연은 납세자(출자주주)의 선택에 맡기고 있으나, 제3항에서는 출자주주가 과세이연을 받은 경우 지주회사는 취득세무조정을 하여야 한다고 명문으로 규정하고 있는바, 취득세무조정은 출자주주가 과세이연을 받은 이상, 필요한 세무조정에 해당하는 것으로 판단된다. 다음으로 취득세무조정을 전제로, 양도세무조정 시 환입되어야 할 자산조정계정에 대하여 살피건대, 처분청은 ｢법인세법｣상 주식평가 및 처분순서는 평균법을 따르므로, 쟁점처분으로 양도된 주식에는 출자주식이 그 보유비율만큼 포함되어 함께 양도된 것으로 보아 자산조정계정을 환입하여야 한다는 의견이나, 자산조정계정은 쟁점주식을 세무상 평가하기 위한 것으로, 출자주주가 과세이연을 받음에 따라 이행할 의무가 발생하게 되므로, 일반적인 주식의 평가방법이나 처분순서를 준용하기 보다는 과세이연 사후관리의 일환으로 보아, 사후관리규정에서 적용하는 주식의 양도순서를 준용함이 보다 합리적인 점, 주식의 현물출자에 의한 지주회사 설립 시, 출자주주에게 과세이연을 적용하는 것은 일반적인 조세법규에 대한 특례성격(자산조정계정 설정)으로, 그 이후의 환입방법(자산조정계정 상계) 또한 일반적인 조세법규보다는 과세이연과 관련된 특례성격인 사후관리규정을 준용함이 타당한 점, 처분청은 구 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제35조의2 제9항 후단에 근거하여 처분된 주식의 비율에 따라 자산조정계정을 안분하여야 한다는 의견이나, 이 규정은 출자주식이 처분되었음을 전제로, 그 처분된 주식과 관련된 자산조정계정을 안분하여 환입하는 방법인 반면, 이 사건은 출자주식 자체가 처분된 것으로 볼지 아니면 기타주식이 처분된 것으로 볼지 여부를 다투는 것이어서 직접적으로 적용될 수 있는 규정은 아닌 점, 현물출자로 인한 출자주식의 양도차익에 대한 과세이연을 직접적으로 받는 주체는 지주회사가 아닌 출자주주임에도, 지주회사에게 취득세무조정을 강제하는 것은 지주회사에게 불합리한 부담을 주는 결과가 되는바, 그 부담을 완화할 명분이 충분하고, 이를 감안하여 기획재정부도 일반적인 주식의 처분순서가 아닌 사후관리로서의 주식처분순서를 준용하여 납세자가 선택한 주식이 먼저 처분된 것으로 해석(기획재정부 법인세제과-17, 2021.1.11.)한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 2019년에 출자주식이 아닌 기타주식을 양도한 것으로 볼 수 있음에도, 처분청이 2019사업연도에 양도세무조정은 없는 것으로 하여 법인세를 경정하여 환급해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2019.12.31. 개정되기 전의 것) 제38조의2(주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 지주회사(｢금융지주회사법｣에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. (각 호 생략)
② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(｢법인세법｣ 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2021년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. (이하 생략)
③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. (후단 생략)
4. 지주회사 또는 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 처분하는 경우
⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항 제3호·제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. (2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 개정되기 전의 것) 제35조의3(지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례) ⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2 제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸하는 것으로 한다.
⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 법 제38조의2 제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제6항의 자산조정계정의 잔액을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.
⑬ 법 제38조의2 제5항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제38조의2 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 제4항에 따른 주주 등이 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 제35조의2(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례) ⑨ 완전모회사는 법 제38조 제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자법인의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자법인의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자법인의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액
4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액
1. 개별법(채권의 경우에 한한다)
제80조의2(적격합병의 요건 등) ① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.