청구인이 쟁점부동산을 1년 이내 단기 양도한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2005.5.23. OOO 및 OOO 그리고 지상의 주택 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고 2013.6.20. 수용을 원인으로 OOO시장에게 양도하였으며, 2013.7.18. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 2020.12.8. OOO시장에게 손실보상금 OOO원(이자 포함)을 지급하고 토지 등 소유자로서의 지위를 취득하여 2020.12.24. aaa 및 bbb에게 쟁점부동산에 관한 토지 등 소유자의 지위 및 조합원입주권을 OOO원에 양도하고 2021.3.2. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2021.6.14.부터 2021.7.3.까지 양도소득세 실지조사를 실시한 결과 청구인이 OOO시장에게 손실보상금 등을 반환한 날(2020.12.8.)에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하여 2020.12.24. 이를 양도하였으므로 자산의 보유 기간이 1년 미만인 단기양도거래에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(50%)을 적용하여 2021.8.9. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.10.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 이 건 양도소득세 부과처분은 구 도시재정비 촉진을 위한 특별법(이하 “도시재정비법”이라 한다) 제11조 제4항 및 소득세법 제104조 제1항 제3호 (중과세율)의 목적과 입법 취지에 정면으로 반하는 것으로서 위법하다. 구 도시재정비법 제11조 제4항 의 취지는 재정비촉진계획에 따라 기반시설(공원, 학교 등) 설치를 위해 재정비촉진계획에 따라 기반시설(공원, 학교 등) 설치를 위해 특정 토지 등의 협의취득 또는 수용이 필요한 경우 해당 토지 소유자들이 추후 보상금과 이자를 반환하면 도시 및 주거환경정비법에서 정한 주택재개발사업, 도시환경정비사업의 조합원 자격을 가질 수 있도록 혜택을 주어, 기반시설 설치에 대한 저항을 감소시키고 협의에 적극적으로 응하도록 유도하여 기반시설 설치 등 사업의 원활한 진행을 도모하려는 데 있다 할 것이다(OOO, 같은 뜻임). 또한, 소득세법 제104조 제1항 제3호 는 토지, 건물 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리 등은 보유기간이 1년 미만인 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는 한편, 같은 법 제95조는 3년 이상 보유한 자산에 대해서 그 보유기간에 따라 양도소득금액에서 장기보유특별공제액을 공제하도록 규정하고 있다. 이는 단기 시세차익만을 노린 부동산 투기를 방지하기 위하여 단기보유 자산에 대한 중과세를 적용하되, 장기보유 자산에 대해서는 물가상승에 의한 가격상승분을 고려하여 양도소득금액에서 공제함 으로써 건전한 부동산 투자와 소유를 촉진하고자 하는 취지이다. 이와 관련하여 대법원은 소득세법 제104조 제1항 제10호 에서 미등기 양도자산에 대하여 양도소득세를 중과하는 취지는 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써 양도소득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔금 등의 지급 없이 전매하는 부동산 투기 등을 억제하려는 데에 있다 할 것이므로 애당초 그 자산의 취득에 있어서 양도자에게 자산의 미등기 양도를 통한 조세회피 목적이나 전매취득 등 투기 목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정되는 경우에는 양도소득세가 중과되는 미등기자산에서 제외된다고 할 것이다(OOO, 같은 뜻임). 그런데 도시재정비법 제11조 제4항 에 따라 보상금 및 이자를 반환하고 토지 등 소유자로 간주되는 자에 대하여 기존 토지의 보유기간을 전혀 고려하지 않은 채 장기보유특별공제를 인정하지 아니하고 오히려 고율의 양도소득세를 적용하는 것은 위와 같은 도시재정비법 및 소득세법 취지에 정면으로 배치된다. 도시재정비법 제11조 제4항 에 따르면 재정비촉진구역 내의 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자에 대하여, 재정비촉진구역 내 다른 부동산 소유자들과 비교할 때 협의취득 또는 수용 등으로 인해 조합원 자격이나 개발이익 등을 얻지 못하게 되는 불이익을 보완․해소하기 위하여 보상금을 반환하는 것을 조건으로 재정비촉진구역 내 다른 부동산 소유자들과 동일한 법적 지위를 인정하도록 의제하고 있다. 재정비촉진구역 내 토지 또는 건축물을 소유하고 있던 토지 등 소유자가 해당 부동산을 제3자에게 양도하는 경우 당초 부동산의 취득 시점을 기준으로 취득가액, 보유기간 등을 계산하여 관련 양도소득세 납세의무를 부담하는 것에는 이견이 없다. 그렇다면, 재정비촉진구역 내 토지 또는 건축물에 관한 보상을 받았다가 그 보상금액을 반환함으로써 토지 등 소유자의 지위를 회복한 자의 경우에도 소득세법 등에 특별한 규정이 없는 한 당초 부동산 취득시점을 기준으로 산정한 양도소득세를 부담하는 것이 도시재정비법 제11조 제4항 의 입법취지에 부합한다. 참고로 2013.1.1.부터 소득세법 제96조 제2항 에 따르면 도시 및 주거환경정비법 상 재건축․재개발 정비사업조합의 조합원입주권에 대해서는 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 인정하고 있다. 그리고, 과세관청은 소득세법이 위와 같이 명문으로 규정하기 이전부터 이미 해석상 조합원입주권에 대해 기존 토지 또는 건물의 취득일을 기준으로 양도소득세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 왔다. 과세관청은 구 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권을 양도하는 경우, 당해 입주권의 장기보유특별공제는 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의한 부동산의 보유기간에 따라 기존 부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것이며, 소득세법 제104조 에서 규정하는 양도소득세 세율 적용 시 보유기간 계산은 기존주택과 그 부수토지의 취득일부터 양도일까지의 기간으로 하도록 규정하여 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 및 세율 적용 시 기존주택의 취득일을 기준으로 할 것을 해석상 인정(인터넷방문상담4팀-2261, 2005.11.18., 같은 뜻임)하여 왔고, 이러한 해석이 2013.1.1. 소득세법 개정에 따라 명문화되었다. 이는 조합원입주권에 대한 세율 및 장기보유특별공제 적용에 관한 법률 해석에 있어서, 기존 주택을 장기보유하다가 정비사업으로 인해 조합원입주권을 취득한 경우, 이를 양도하는 것을 두고 단기 시세차익을 노린 부동산 투기에 해당한다고 볼 수 없고, 나아가 건전한 부동산 투자 및 소유를 촉진하기 위해 물가상승에 의한 가격상승분을 고려하여 양도소득금액에서 공제할 필요가 있다는 점이 반영된 것으로 볼 수 있다. 그렇다면, 기반시설 설치를 위해 재정비촉진구역 내 토지 또는 건물을 제공하고 지급받은 보상금을 반환한 토지 등 소유자가 ‘부동산 소유자로서의 법적 지위’를 양도하는 경우에도 기존 부동산의 취득일과 보유기간을 기준으로 양도소득세를 산정하는 것이 도시재정비법 제11조 제4항 그리고 부동산 투자와 소유를 촉진하고자 하는 소득세법 제94조 및 제104조의 입법취지에 부합한다. 도시재정비법은 토지 또는 건축물의 등기 명의나 수용의 효력과 별개로 보상금을 반환한 자를 소유자로 의제하고 있으므로 청구인은 보상금을 반환한 날 이후부터 별도의 등기가 없더라도 쟁점부동산의 소유권을 가지고 있었던 것으로 보아야 한다. 도시재정비법 제11조 제4항 에 따르면 “시장 등이 재정비촉진계획에 의하여 기반시설을 설치하게 되는 경우 시장 등으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 건설교통부령이 정하는 이자를 더한 금액을 시장 등에게 반환하는 경우에는 당해 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지 등 소유자로 보도록 규정”하고 있는바, 이는 토지 또는 건축물 등에 관한 보상금을 반환한 자는 해당 토지 또는 건축물의 소유자로 보는 것임을 알 수 있다. 즉, 소유자로 본다는 문언은 협의취득이나 수용으로 인하여 과거에 토지 또는 건축물의 소유권명의가 이미 이전․변경되었고, 협의취득이나 수용의 효력이 계속 유지되고 있음에도 이와 무관하게 해당 토지 등에 과한 적법한 등기를 마친 소유자로서의 지위나 법적 상태를 인정한다는 의미이다. 따라서, 청구인은 2005.4.21.부터 보상금을 반환한 날까지는 쟁점부동산에 관한 등기명의를 가진 상태에서 쟁점부동산을 소유하였고, 보상금을 반환함에 따라 그 날부터는 별도의 등기 없이 쟁점부동산의 소유권을 보유한 것으로 보아야 한다. 다시 말해, 도시재정비법 제11조 제4항 의 토지 등 소유자 의제․간주 규정은 새로운 자산의 취득이 아니라 기존 자산에 관한 권리의 회복을 정한 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 OOO시장에게 손실보상금 등을 반환한 날(2020.12.8.)이 취득시기이다. 자산의 양도로 발생하는 소득에 대하여 부과하는 양도소득세에 있어 “양도”란 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하고, 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 않으며(소득세법 제88조), 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용과 같이 소유자의 의사에 기하지 아니한 강제수용도 이와 같은 양도에 포함되는 것(OOO, 같은 뜻임)이다. 이 건 양도소득세 부과처분은 OOO시장이 정비구역의 전부를 수용하여 주택을 건설하여 토지 등 소유자에게 우선 공급하는 도시재정비촉진사업에 해당하고, 그 정비구역에 포함된 토지 및 건물은 사업시행자에게 소유권이 유상으로 이전되는 것이므로, 소득세법 제88조 에서 규정한 양도에 해당한다. 따라서 청구인이 손실보상금 등을 OOO시장에게 반환한 결과 부동산을 취득할 수 있는 권리가 보장되어 있다는 사정은 위와 같은 수용을 “자산이 유상으로 사실상 이전된 경우”에 해당하지 않는다고 볼 수 없는 것(OOO 판결, 같은 뜻임)이다. 이와 다른 전제에서 하는 청구주장은 엄격해석의 원칙에 반하는 것으로서 이유 없다. 구 소득세법(2020.12.29. 법률 제17477호로 일부 개정되기 전의 것) 제98조는 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.”고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 “법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다”고 하면서, 각 호에서 취득시기 및 양도시기에 대하여 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보지 아니하는 경우를 별도로 규정하고 있다. 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석․적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것(OOO, 같은 뜻임)이므로, 법률의 규정에 의한 소유권이전이 있는 경우에도 법률행위에 의한 소유권이전이 있는 경우와 마찬가지로 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것이다(OOO, 같은 뜻임). 따라서, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용의 경우에도 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 보아야 할 것인바, 이 건은 대금청산 이전에 소유권이전등기 접수일자(2013.6.20.)가 쟁점부동산의 양도시기에 해당하고, 부동산을 취득할 수 있는 권리의 취득시기는 OOO시장에게 손실보상금 등을 반환한 날(2020.12.8.)이다. 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것으로서, 그 매매계약이 해제되었다면 매매계약의 효력은 상실되어 자산의 양도가 이루어지지 아니한 것이 되므로, 양도소득세의 과세요건인 자산의 양도가 있다고 할 수 없다 할 것(OOO, 같은 뜻임)이나, 유효한 매매계약을 토대로 자산의 양도가 이루어진 후 환매약정에 따른 환매가 이루어지더라도 이는 원칙적으로 새로운 매매계약에 해당하므로 소득세의 과세요건을 이미 충족한 당초 매매계약에 따른 자산의 양도에 영향을 미칠 수 없는 것(OOO, 같은 뜻임)이다. 이러한 법리에 따라 살펴보면, 쟁점부동산은 2013.6.20. OOO시장에게 쟁점부동산의 양도가 이루어진 후 관련 규정에 따라 손실보상금을 OOO시장에게 반환함으로써 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지 등 소유자가 되어 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하였다고 하더라도, 이는 원칙적으로 새로운 매매계약에 해당하므로 소득세의 과세요건을 이미 충족한 당초 공공용지의 협의 취득을 원인으로 한 자산에 양도에 영향을 미칠 수 없다. 청구주장과 같이 청구인이 양도한 자산이 쟁점부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도가 아니라 쟁점부동산의 양도로 보아 취득시기를 2005.5.23.으로 적용하기 위해서는 당초 OOO시장이 2013.6.12. 공공용지의 협의취득을 원인으로 2013.6.20. 쟁점부동산의 소유권을 취득한 것이 무효나 해제 또는 취소 등의 사유에 의하여 청구인 명의로 환원등기가 이루어져야 되나, 그러한 사실이 없고 더 나아가 현재까지도 쟁점부동산의 소유권자는 OOO시장인 사실이 쟁점부동산(주택제외)의 등기부등본에 의하여 확인되므로, OOO시장이 ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 하여 쟁점부동산의 소유권을 취득한 것은 여전히 유효하다. 이 건 규정(도시재정비법 제11조 제4항)에 따라 청구인이 손실보상금 등을 OOO구청장에게 반환한 결과 쟁점부동산과는 구별되는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지 등 소유자로 보도록 정하고 있고, 청구인이 손실보상금 등을 반환한 대가로 쟁점부동산과 구별되는 별도의 부동산을 취득하였다. 한편, 청구인이 손실보상금 등을 OOO시장에게 반환한 것의 성질은 위에서 설시한 바와 같이민법규정에 따른 무효, 취소 또는 해제에 따른 원물반환에 해당하지도 않는다. 청구인과 aaa 등이 체결한 “토지등소유자의 지위 양도계약서” 중1. 자격대상 권리내역에도 양도인은 쟁점부동산과 구별되는 토지 등 소유자의 지위와 조합원입주권을 양도하는 것으로 기재되어 있다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점부동산을 취득하여 1년 이내 단기 양도한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(50%)을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

• 가. 도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (중략)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. (중략)

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 법인세법 제2조 제12호 에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 상속세 및 증여세법 제35조 에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 40

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)(중략)

양도소득 과세표준의 100분의 70(중략)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.(중략)

⑧ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 민법 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

9. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식 등을 양도함으로써 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식 등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.(중략) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

12. 법 제95조 제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택

(3) 도시재정비 촉진을 위한 촉진법 제11조【기반시설 설치비용의 분담 등】④ 시·도지사 또는 시장·군수·구청장이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치하게 되는 경우에 시·도지사 또는 시장·군수·구청장으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 국토교통부령으로 정하는 이자를 더한 금액을 시·도지사 또는 시장·군수·구청장에게 반환하는 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 보며, 이 경우 해당 재정비촉진구역 사업시행자가 기반시설의 설치에 필요한 부지를 제공한 것으로 본다. 또한 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 보상금액을 반환하지 아니한 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역에서 매각되는 토지 또는 건축물에 대하여 우선 매수를 청구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산은 2013.6.20. 수용을 원인으로 OOO시장에 소유권이전된 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청의 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청 양도소득세 조사종결보고서(2021년 7월)의 주요 내용은 아래와 같다. (나) 처분청이 제출한 세액결의서를 살펴보면 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 ‘부동산 취득할 수 있는 권리’의 단기양도로 보아 이 건 양도소득세를 경정결의한 것으로 나타난다(양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원). (다) OOO구청장은 2020.12.8. OOO시장 및 OOO 도시환경정비사업 조합장에게 시민공원 주변 재정비촉진사업 보상금 반환금액 OOO원(보상금 OOO원, 이자 OOO원으로 구성됨, 당초 보상금 수령자: 청구인)을 통지하면서, 사업시행자(조합)는 도시재정비촉진을 위한 촉진법 제11조에 따라 보상금 반환자가 토지 등 소유자가 될 수 있도록 관련 절차를 이행할 것을 요청한 것으로 나타난다. (라) 청구인이 제출한 ‘토지 등 소유자의 지위 양도계약서’(2020.11.27. 작성)의 주요 내용은 아래와 같다. (마) 쟁점부동산 가운데 OOO 토지 및 건물에 대한 등기사항전부증명서(2021.10.13. 발급)에 따르면 청구인은 2005.5.23. 해당 부동산(토지 및 건물)을 매매로 취득하여 2013.6.20. 수용을 원인으로 OOO시장에게 양도한 것으로 나타난다. (바) 처분청은 이 건 세무조사 결과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 단기양도로 보아 2021.7.23. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 예상고지세액으로 과세예고통지하였다. (사) 청구인이 제출한 OOO 고시내역OOO에 따르면 OOO시장은 2007.5.23. OOO 일원(OOO)을 도시재정비법제5조 제1항의 규정에 의하여 재정비촉진지구로 지정하고 같은 법 제5조 제4항 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 의하여 이를 고시하며, 토지이용규제기본법 제8조 및 같은 법 시행령 제7조의 규정에 의하여 지형도면을 고시한 것으로 나타난다. (아) 2013년 귀속 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 살펴보면 청구인은 2013.7.18. 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 기타필요경비 OOO원으로 하여 양도소득금액 OOO원, 납부할세액 OOO원을 신고한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인이 이 건 토지 등 소유자로서의 지위 및 조합원입주권의 취득시기는 쟁점부동산 취득일인 2005.5.23.이라 주장하나, 소득세법 제98조 에 따르면 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점부동산이 2013.6.20. 공공목적으로 협의수용됨에 따라 보상금 OOO원을 수령하였으므로 쟁점부동산은 이미 매매대금이 청산되어 양도거래가 이루어진 것으로 보이는 점, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일을 양도(취득)시기로 규정하고 있고 쟁점부동산 가운데 OOO 토지 및 건물의 등기사항전부증명서 상 소유권이전등기일이 2013.6.20.이므로 청구인은 적어도 2013.6.20. OOO시장에게 쟁점부동산을 양도한 것으로 보이는 점, 청구인은 위와 같이 2013.6.20. OOO시장에게 쟁점부동산을 양도하였으나, OOO구청장의 공문내용 등을 살펴보면, 청구인은 2020.12.8. 보상금 및 이자를 지급하고 쟁점부동산과 관련하여 토지 등 소유자의 지위를 취득한 것으로 나타나고, 2020.12.24. aaa 외 1인에 이를 양도하였으므로 쟁점부동산의 양도시기(2013.6.20.), 쟁점부동산 관련 토지 등 소유자 지위의 취득시기(2020.12.8.) 및 양도시기(2020.12.24.) 그리고 각 양도자산의 종류(쟁점부동산, 토지 등 소유자 지위 및 조합원입주권)로 미루어 볼 때 청구인은 2013.6.20. 쟁점부동산을 양도하고 2020.12.8. 토지 등 소유자로서의 지위 및 조합원입주권을 취득하여 2020.12.24. 이를 제3자에게 양도한 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 건 토지 등 소유자의 지위 및 조합원입주권의 취득시기를 쟁점부동산의 당초 취득일(2005.5.23.)로 보아 단기양도에 따른 중과세율(50%)을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.