[요지] 쟁점공연장 및 쟁점3개상가의 양도는 법인세법 시행령 제63조 제1항에 따라 손익을 인식해야 하는 예약매출에 해당하는 것으로 보이고, 쟁점공연장 등의 양도일을 기준으로 평가된 시가로 계산한 부당하게 분여된 이익을 작업진행률에 따라 각 사업연도별로 안분하여 익금에 산입하는 것이 권리의무 확정주의에 반하는 것으로 보이지 않는 점, 쟁점매입세금계산서와 관련하여 청구법인이 쟁점분양대행용역에 대한 대가로 볼 수 있는 금액을 에덴디앤씨에게 지급한 사실이 없어 쟁점매입세금계산서를 선발행세금계산서로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점공연장 및 쟁점3개상가를 특수관계자에게 저가로 양도한 것으로 보고 부당행위계산의 부인을 적용하고, 쟁점세금계산서를 실제 거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[참조결정] 조심2021부4595
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유] 1.처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 부당행위계산의 부인에 따른 익금산입은 2019사업연도 귀속으로 경정해야 한다. (가) 처분청은 쟁점공연장 및 쟁점OOO개상가를 쟁점법인에 저가로 분양한 것에 대한 부당행위계산의 부인에 따른 수입금액을 그 양도일(쟁점공연장 2019.3.29., 상가 OOO개 호실 2019.9.11.)이 속하는 2019사업연도에 확정하고, 이 금액을 청구법인과 쟁점법인이 쟁점공연장을 건축판매하는 내용의 계약(이하 “쟁점공연장매매계약”이라 한다)을 체결한 2015.7.27. 및 쟁점OOO개상가의 매도계약을 체결한 2017.7.4.에 각각 확정된 것으로 보고 2015〜2019사업연도 기간 동안 작업진행률을 적용하여 수입금액을 계산한 후 각 사업연도의 익금에 산입하였다. (나) 법인세법 시행령제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제3항에 따르면 장기도급공사 및 예약매출의 수입금액을 “당기매출(수입금액)=계약금액×작업진행률-직전사업연도까지 매출계상액”으로 산정하여 인식하도록 규정하고 있고, 계약금액은 해당 사업연도에 확정된 수입금액을 의미함은 법인세법 시행령 제69조 제3항의 규정과 대법원 판례(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결) 및 국세청 유권해석(국세청 서면2팀-1939, 2004.9.17.)을 통해서 확인할 수 있다. (다) 따라서 위 쟁점공연장과 쟁점OOO개상가의 수입금액은 그 양도일인 2019년에 확정되었으므로 2019사업연도부터 그 “확정수입금액×작업진행률-직전사업연도까지 매출계상액”을 각 사업연도 익금에 산입해야 하는바, 따라서 쟁점시설은 2018년 준공되고 2019년 양도되었기 때문에 부당행위계산의 부인에 따라 익금에 산입하는 금액은 2019사업연도에 귀속분으로 처리해야 한다. (라) 한편, 처분청은 국세청 유권해석(국세청 서면2팀-1939, 2004.9.17.)을 부당행위계산의 부인에 따른 소득금액 계산에는 적용할 수 없다는 입장이나, 도급공사 및 예약매출의 경우 작업진행률을 적용하여 익금산입액을 계산할 때 계약금액은 해당 과세기간에 확정된 수입금액을 의미하고, 부당행위계산의 부인에 따라 그 수입금액이 변경된 경우 수입금액이 변경된 사업연도부터 새롭게 작업진행률에 따라 수입금액을 계산하는 것이 합리적임에도 이를 부인할 세법상 근거는 없고, 청구법인이 2019사업연도 결손법인으로 조세를 회피할 수 있다는 것도 국세청 유권해석을 배제할 이유는 아니다. 그리고 예약매출의 수입금액이 계약일 이후 변경되고 이에 따라 변경전 각 사업연도 수입금액을 다시 산정한다면, 납세자는 당초에는 예측하지 못한 불이익이 발생하므로, 권리의무확정주의를 규정한 법인세법 제40조 제1항 등의 취지에 따라 이 건의 부당행위계산의 부인에 따른 변동된 익금 산입액은 2019사업연도 귀속분으로 처리해야 한다. (마) 추가로 처분청은 양도일을 기준으로 한 감정평가액을 쟁점공연장의 시가로 보았으나, 쟁점OOO개상가의 경우에는 거래계약을 체결한 2017.7.4.의 매매사례가액을 적용하여 시가를 산정하였는데, 이는 위의 두 부동산에 대하여 부당행위계산의 부인을 적용할 때 시가의 기준을 달리 정한 것으로 둘 중 하나는 잘못된 것이므로 최소한 하나는 취소되어야 한다.
(2) 쟁점세금계산서는 부가가치세법에 따라 적법하게 발급ㆍ수취한 세금계산서이다. (가) 처분청은 쟁점분양대행계약에서 계약서상 계약자와 계약금을 입금한 자가 다르다거나, 계약금 등 분양대금이 시공사인 주식회사 OOO(이하 “EEE”라 한다) 명의의 은행계좌로 입금되었으므로, 청구법인의 은행대환대출 요건을 충족하기 위하여 사실과 다른 세금계산서인 쟁점세금계산서를 수수하였다는 의견이다. (나) 그러나 부동산매매시장에서는 우선 가계약을 체결하거나 계약이 취소되는 일이 잦아서, 계약금 등 1차대금을 입금한 명의자와 최종분양계약자의 명의가 다른 경우가 자주 발생한다. 보통 부동산개발사업에서 분양받는 사람들은 생소한 시행사와 신탁회사 대신 지명도가 있는 시공사 명의의 계좌로 분양대금을 입금하려는 요구를 많이 하고 있어 관행적으로 시공사 명의의 계좌로 분양대금을 입금받고 있는데, 이 건의 경우에도 시공사인 EEE 명의의 은행계좌로 먼저 분양대금을 입금받고, 분양계약이 확정되면 이를 다시 신탁계좌로 이체하였을 뿐이어서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로 볼 수 없다. 또한, 청구법인은 쟁점시설의 분양률을 제고하기 위해서 분양대행사를 선정하여 미분양재고를 줄이고, 이를 통해 은행권 대출을 받는 등 자금조달에도 유리하여, 실제 DDD로부터 분양대행용역을 공급받고 쟁점세금계산서를 수수하였다. (다) 처분청은 실제로 DDD가 분양대행용역을 제공하였는지를 판단하는 것이 우선임에도 이와 관련한 사실관계를 확인하고도 무시하거나 배제하였는데, 이는 처분청이 명백한 입증없이 쟁점세금계산서가 사실과 다른 것이라고 하는 것은 분양시장의 현황과 분양대금 입금관행과 분양대행행위에 관한 사실관계를 무시하거나 오인한 자의적이고 부당한 판단에 해당한다. (라) 쟁점세금계산서의 수취 명세를 통해 볼 수 있듯이 쟁점세금계산서는 선발행세금계산서로 부가가치세법 제17조 제1항에 따른 적법하게 발급ㆍ수취한 세금계산서이고, 계약해지에 따라 발급ㆍ수취한 수정세금계산서도 적법한 세금계산서이다. 쟁점세금계산서를 발행한 DDD 대표 FFF의 2021.1.29. 진술서와 2021.2.25. 심문조서에서 분양대행용역을 수행한 사실을 확인할 수 있으나 쟁점분양대행계약의 내용에 따라 분양대행용역이 이루어지지 않아 계약이 해지되었을 뿐이다. 그리고 조사청이 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률 및 조세범 처벌법 위반한 혐의로 OOO에 당시 청구법인의 대표이사 GGG을 고발하였으나, 부산지방검찰청은 2021.10.12. 분양대행사실을 인정하고 청구법인과 GGG을 모두 무혐의 처분하였다.
(1) 쟁점공연장 및 쟁점OOO개상가의 양도가액은 양도일을 기준으로 하여 작업진행률에 따라 손익을 인식하는 것이 타당하다. (가) 대법원(2010.5.13. 선고 2007두14978 판결 등)은 저가양도로 인한 부당행위계산의 부인을 할 때 매매계약체결시기와 양도시기가 다른 경우, 그 양도행위가 부당행위계산의 부인대상이 되는지는 그 대금을 확정 짓는 거래당시를 기준으로 판단하는 반면, 그 양도가액은 양도시기를 기준으로 산정하고 있고, 양자의 기준시기를 달리 본다고 하여 불합리한 것이 아니라는 입장으로, 여러 서적이나 판례평석에서도 시가는 부당행위계산의 부인규정을 적용하기 위한 수단적 개념으로 그 적용여부를 판단할 때의 시가 산정시점과 그 적용결과에 따른 소득금액을 조정할 때의 시가 산정의 시점이 다를 수 있으며 전자는 거래행위를 한 때, 후자는 실제 자산을 처분하거나 취득한 때를 기준으로 판단해야 한다고 해석하고 있다. (나) 조사청은 쟁점공연장 양도일(2019.3.29.) 직전인 2019.3.11. 기준으로 주식회사 OOO이 감정평가한 쟁점공연장의 감정가액 OOO원을 쟁점공연장의 시가로 보았고, 쟁점OOO개상가와 같은 층ㆍ등급으로 제3자에게 판매한 다른 상가의 1㎡당 분양가액을 쟁점OOO개상가의 시가로 보았는데, 이에 대하여 청구법인도 별다른 주장을 하지 않았다. (다) 양도가액은 양도당시 시가를 기준으로 해야 하고, 법인이 상가 등을 신축분양함에 있어 그 목적물의 완공일 이전에 분양계약이 이루어진 부분은 “예약매출”로 보아 손익을 인식해야 하므로(법인세법 집행기준 49-69-6), 작업진행률에 따라 손익을 귀속해야 하는바, 청구법인도 위와 같은 기준에 따라 당초 법인세 신고를 할 때 작업진행률에 따라 수익을 인식하였음에도 부당행위계산의 부인에 따라 익금산입하는 금액은 2019사업연도에 일괄로 인식해야한다는 주장을 하고 있으며, 이는 2019사업연도에는 청구법인이 결손이 발생하여 부당행위계산의 부인에 따라 익금산입하여도 법인세 부담을 회피할 수 있기 때문에 위와 같은 주장을 하는 것이다. (라) 또한 청구법인이 근거로 제시한 국세청 유권해석(국세청 서면2팀-1939, 2004.9.17.)은 계약변경 등으로 도급금액이 증감될 때 손익의 귀속시기에 대한 것으로 부당행위계산의 부인에 따른 익금산입액에 대한 이 건에 적용할 수 없는 유권해석이다.
(2) 쟁점분양대행계약은 허위계약으로 이에 따라 발급ㆍ수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 청구법인은 OOO과 관련하여 자산유동화 방식으로 OOO원을 대출받고, 이후 대출 잔액이 OOO원 남은 상태에서 2018년 4월경 추가로 OOO원을 추가 조달하기 위해 OOO원의 대환대출(이하 “쟁점대환대출”이라 한다)을 받을 때 쟁점대환대출 조건인 판매시설 분양률 70%를 충족시키기 위해 쟁점분양대행계약을 체결하였고, 그 결과 청구법인은 쟁점대환대출을 받을 수 있었다. (나) 청구법인은 쟁점대환대출조건을 충족하기 위해 관계회사 및 DDD와 같이 금융거래내역을 조작하였다. 쟁점분양대행계약은 ‘DDD가 쟁점OOO개상가의 계약금 OOO원을 시행사(청구법인)에 지급함과 동시에 효력이 발생’하는 매입형 분양대행계약이나, 실제 쟁점분양대행계약을 체결하고 DDD가 청구법인에게 직접 지급한 금액은 없고, 청구법인은 별도로 OOO원 상당의 금액을 시공사이자 특수관계에 있는 법인인 EEE에게 지급하였다. 이후 EEE는 위 OOO원을 허위 계약자 OOO명의 명의로 받은 계약금인 것처럼 금융거래내역을 조작하여 쟁점시설에 대한 신탁회사인 주식회사 OOO(이하 “HHH”이라 한다)의 신탁계좌에 입금하였는데, DDD가 EEE에 이체한 위 분양보증금은 그 원천이 청구법인으로부터 지급받은 분양대행수수료와 자금투자자 등으로부터 차입한 금액으로 허위 계약자 OOO명은 자신의 금액으로 DDD에 계약금을 지급한 사실이 없고, 청구법인도 위 허위 계약자 OOO명에게 쟁점OOO개상가에 대한 계약금을 수령한 것에 대하여 세금계산서 등을 발급한 사실도 없다. 청구법인은 2019년 3월 쟁점OOO개상가에 대한 허위 계약자 OOO명과의 분양계약을 전부해지하고, 계약금은 허위 계약자 OOO명에게 반환한다는 합의서를 작성하였으나, 실제 계약금 반환 없이 DDD에 대한 채무와 상계하는 방식으로 자체 정산을 하였을 뿐이다. (다) DDD가 청구법인에 분양대행수수료를 청구하면서 첨부한 서류상 계약자들 중 실제 계약금을 납부한 사람은 없고, 이들 중에는 DDD의 직원, 직원의 가족 및 DDD 관련 사업소득자 등이 다수 포함되어 있을 뿐만 아니라 최종계약까지 진행한 사람도 없었고, 이 계약자들 중 실제 계약할 의사가 있는 것으로 볼 만한 계약서나 공증서 등도 제출된바 없다. (라) 쟁점OOO개상가 중 OOO개 호실의 경우, 최초 분양계약이 있었던 것으로 되어 있는 날부터 수일 내에 다른 제3자로 수분양자의 명의가 변경되었는데, 이는 최초 분양계약자가 분양권을 전매한 것이 아니라 청구법인과 새로운 분양계약을 체결한 것이고, 수분양자가 변경된 OOO개 호실 중 OOO개 호실의 경우 변경전 첫 분양계약서도 제출하지 못했다. 또한, OOO개 호실이던 쟁점OOO개상가은 OOO개 호실로 분할되어 분양되었으나 분할분양할 때도 첫 분양계약이 해지되거나 분양권이 전매되지 않고 새로운 수분양자들과 분양계약을 체결하는 방식으로 분양된 것으로 나타나서, DDD가 쟁점OOO개상가에 대한 분양대행용역을 청구법인에게 공급했다고 보기 어렵다. (마) 또한, 청구법인과 DDD는 쟁점OOO개상가 외에 오피스에 대해서도 분양대행계약을 체결하였으나, 후에 오피스에 대한 분양대행계약이 청구법인 사정으로 해지되자 청구법인은 위약금을 지급하였는데, 이 건 쟁점분양대행계약을 해지한 귀책사유가 청구법인에게 있음에도 청구법인은 이와 관련한 위약금을 부담하지 않았다. (바) 쟁점OOO개상가에 대한 최초 분양계약은 2019년 3월에 모두 해지되었는데 이 계약해지에 대한 합의서는 DDD에서 일괄 작성하였고, 청구법인은 그 귀책에 따라 위약금을 부담하거나 계약금을 최초 계약한 OOO명에게 지급하지도 않은 채, DDD가 반환받는 변칙적인 내용으로 합의서를 작성하였다. 이는 쟁점대환대출 상환이 어렵게 되자, 2019년 4월 담보대출을 받기 위해 쟁점시설 중 미분양된 부분을 담보로 제공하기 위해 당초 허위로 작성된 분양계약을 일괄해지한 과정에서 발생한 것으로 보이고, 실제 청구법인은 쟁점OOO개상가 외에 쟁점시설의 다른 부분에 대한 분양계약해지에 대해서는 계약금을 몰취하고 이후 몰취당한 계약자들이 소송을 제기한 것에 비추어 보더라도, 쟁점OOO개상가의 계약해지 과정은 쟁점분양대행계약이 허위임을 나타내는 것이라고 판단된다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 쟁점공연장 및 쟁점OOO개상가를 특수관계자에게 저가에 양도한 것으로 보고 부당행위계산의 부인을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부
② DDD가 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서가 용역을 공급하지 않고 발급한 사실과 다른 세금계산서인지 여부
(1) 청구법인의 주주 및 대표이사 등의 현황은 다음과 같다. (가) 청구법인의 주주현황은 OOO와 같다. (나) 청구법인의 대표이사 재직현황은 OOO과 같다. (다) 청구법인의 법인세 신고현황은 OOO와 같다.
(2) 쟁점①의 쟁점공연장과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2015.7.27. 주식회사 AAA와 쟁점공연장을 건설하여 양도하는 내용의 매매계약(이하 “쟁점공연장매매계약”이라 한다)을 체결하고 그 계약서를 OOO와 같이 작성하였다. (나) 쟁점시설은 2018.11.29. 준공되었다. (다) 청구법인은 주식회사 AAA가 쟁점법인에 흡수합병된 후 쟁점공연장의 소유권을 쟁점법인이 취득(2019.3.29.)한 2019년 3월에 쟁점공연장매매계약의 당사자를 주식회사 AAA에서 쟁점법인으로 변경하는 계약을 체결하였다. (라) 쟁점공연장매매계약을 체결할 당시, 청구법인의 대표이사는 III이었고, 쟁점법인은 청구법인 지분 OOO%와 주식회사 AAA의 지분 OOO%를 소유한 상태였다. 쟁점법인의 대표이사 JJJ은 2015년 당시 청구법인의 대표이사였던 III의 동생이고, 쟁점공연장매매계약을 체결(2015.7.27.)하기 직전인 2015.6.15.까지 및 2018.1.29.부터 쟁점법인에 흡수합병될 때까지 주식회사 AAA의 사내이사를 역임하였다. (마) 쟁점공연장에 대하여 OOO와 같이 감정평가를 한 사실이 확인된다. (바) 청구법인은 2017.6.30. 쟁점시설 중 KKK을 OOO과 같이 OOO원에 분양하였다. (사) 주식회사 OOO이 2019.3.11. 작성한 쟁점공연장에 대한 감정평가서에는 쟁점시설 전체 공사원가를 면적비율로 안분할 경우 쟁점공연장의 공사원가는 OOO원(무대특장시설에 대한 비용 제외)으로 기재되어 있으나, 주식회사 OOO은 재조달원가를 통한 감정가액 OOO원을 감정평가액으로 결정하였다. (아) 조사청이 쟁점공연장에 대하여 부당행위계산의 부인을 적용하여 사업연도별 익금산입한 금액은 OOO과 같다.
(3) 쟁점①의 쟁점3개상가와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2017.7.4. 쟁점시설 중 상가 OOO개 호실을 분양하였으나, 해당 상가는 2018년부터 2019년까지 쟁점법인에게 전매되었으며, 조사청은 청구법인이 2017.7.4. 분양을 할 당시 실제로는 쟁점법인에 분양하였다고 보고, 이 중 쟁점OOO개상가에 대하여 특수관계자에게 저가로 양도한 것으로 판단하여 이 건 과세처분을 하였다. (나) 청구법인이 2017.7.4. 분양한 쟁점시설 상가 중 쟁점법인이 최종 전매로 취득한 상가는 OOO과 같다. (다) 쟁점3개상가의 분양과 관련하여 청구법인 대표이사 LLL이 서명하여 2021.2.17. 조사청에 제출한 확인서의 내용은 OOO와 같다. (라) 조사청이 쟁점OOO개상가 분양에 대하여 부당행위계산의 부인을 적용하여 사업연도별 익금산입한 금액은 OOO와 같다.
(4) 쟁점②와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점세금계산서를 발급한 DDD는 2017년 5월 부동산 분양대행업을 사업목적으로 설립된 법인이고, 청구법인은 쟁점시설 개발사업과 관련하여 2018년 1월에 쟁점OOO개상가에 대한 계약금 OOO원을 분양보증금으로 DDD로부터 지급받았고, 계약기간 만료 후 미분양 호실에 대해 분양보증금을 환불받는 판매시설 매입형 분양계약인 쟁점분양대행계약을 아래와 같이 체결하였다. (나) DDD는 2018년 3월과 4월 중 쟁점OOO개상가를 MMM 등에게 분양한 것을 이유로 청구법인에게 분양대행 수수료를 청구하면서 쟁점매입세금계산서를 발급하였다. (다) 청구법인은 DDD는 2019년 2월 분양대행계약을 해지하고 합의서를 작성하였고, 이후 DDD는 OOO과 같이 2019년 3월 계약해제를 사유로 공급가액 OOO원의 쟁점수정세금계산서를 청구법인에게 발급하였다. (라) 청구법인은 쟁점시설에 대한 개발사업 자금을 조달하기 위하여 2015.6.23. OOO원을 한도로 하는 대출약정을 체결하였고, 2018년 4월 위 대출약정에 따른 대출금 상환 및 추가 자금조달을 위하여 OOO원을 한도로 하는 새로운 대출약정을 체결하였는데, 새로이 체결한 대출약정서의 제15조에는 아래와 같이 주식회사 OOO이 ‘쟁점시설의 상가 중 OOO%에 대한 중도금대출 1〜3회차 기표 완료’내역에 대한 분양실사보고서를 제출한 경우에 대출을 받을 수 있도록 기재되어 있다. (마) 위 2018년 4월경 새로이 체결된 대출약정에 따라 주식회사 OOO이 2018년 4월 작성한 쟁점시설의 분양실사보고서에는 아래와 같이 2018.4.27. 실사기준일 현재 분양대금 기준 분양률이 OOO%인 것으로 나타난다. (바) DDD가 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청이 부가가치세를 부과한 처분에 불복하여 우리 원에 제기한 심판청구OOO 결정서에 따르면, 쟁점상가에 대한 계약금은 OOO과 같이 수분양자들이 아닌 쟁점상가에 대한 시공사인 EEE가 수분양자들 명의로 신탁회사 계좌로 입금하였고, EEE가 송금한 자금원천은 청구법인에 대한 투자자금이거나 청구법인이 수령한 분양대행수수료인 것으로 나타난다. (사) 쟁점세금계산서 수수와 관련한 청구법인의 전 대표 GGG에 대한 OOO의 불기소이유통지서(2021.10.14.)의 주요내용은 아래와 같고, 조사청은 위 불기소결정에 불복하여 2021년 11월경 OOO에 항고하였고 현재 절차가 진행 중인 것으로 나타난다. (아) 처분청은 DDD가 실제 거래없이 쟁점세금계산서를 발행하는 등 관련 조세를 탈루한 것으로 보고, 2021.5.3. EEE에게 2018ㆍ2019사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2018년 제1기부터 2019년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, DDD는 이에 불복하여 2021.7.1. 우리 원에 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 DDD의 청구를 기각하는 결정OOO을 하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 다음과 같이 살펴본다. (가) 우선 쟁점①에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인은 쟁점공연장 및 쟁점OOO개상가를 양도한 것이 부당행위계산의 부인대상에 해당하더라도, 권리의무확정주의 원칙에 따라 부당행위계산의 부인에 따라 익금에 산입되는 금액은 양도일에 확정되는바 양도일이 속하는 2019사업연도에 부당행위계산의 부인에 따라 시가와 거래금액의 차액 전부를 익금산입해야 하고, 부당행위계산의 부인을 할 때 시가산정의 기준일을 쟁점공연장의 경우 양도일로 하고 쟁점OOO개상가의 경우 계약체결일을 기준일로 하여 다른 기준을 적용하였으므로 둘 중의 하나는 취소 또는 경정해야 한다고 주장한다.
2. 그러나, ① 쟁점공연장 및 쟁점3개상가의 양도는 예약매출로서 법인세법 시행령제63조 제1항에 따라 손익을 인식해야 하므로 각 사업연도별로 공사진행에 따라 쟁점법인에게 부당하게 분여된 이익으로 확정된 기성된 부분의 가액을 부당행위계산의 부인규정에 따라 청구법인의 익금에 산입해야 하는데, 비록 부당하게 분여된 이익산정의 기준이 되는 시가는 양도일이 속한 2019사업연도에 정해지지만, 권리의무확정주의는 소득발생의 전제인 권리․의무가 확정되는 시기에 그 소득을 귀속시키도록 하는 원칙으로 미실현소득이 실현될 것을 전제로 장래의 소득을 산정하여 과세하는 것도 허용되므로(대법원 2004.11.25. 선고 2003두14802 판결 등 참조) 각 사업연도에 귀속될 소득을 세법에 따라 합리적인 방식으로 산정하면 충분할 것인바, 쟁점공연장 등의 양도일을 기준으로 평가된 시가로 계산한 부당하게 분여된 이익을 작업진행률에 따라 각 사업연도별로 안분하여 익금에 산입하는 것이 권리의무확정주의에 반하는 것으로 보이지 않는 점, ② 부당행위계산의 부인에 따른 익금산입액은 양도일 기준으로 산정되어야 하는바(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결 참조), 주식회사 OOO이 2019.3.11. 기준으로 쟁점공연장의 가액을 평가한 감정평가액은 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 쟁점공연장 양도일(2019.3.29.)의 시가로 보는 금액으로 보이는 점, ③ 조사청이 쟁점OOO개상가 시가를 산정할 때 매매사례로 본 다른 비교대상 상가는 쟁점OOO개상가의 분양계약일 전․후(2017년 5월～2017년 10월)에 분양계약을 체결한 층과 등급이 같은 상가이고, 별다른 사정이 없는 한 분양상가의 분양계약상 분양가액은 양도일 기준 양도가액이며, 쟁점시설 상가에 대한 분양가액의 변동이 발생할 별다른 사정도 없었으므로, 다른 비교대상 상가의 분양계약에 따른 분양가액을 쟁점OOO개상가의 시가로 보고 부당행위계산의 부인을 적용한 것이 잘못된 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 쟁점공연장 및 쟁점OOO개상가를 특수관계자에게 저가로 양도한 것으로 보고 부당행위계산의 부인을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대해서 살펴보면, 청구법인은 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법제17조에 따라 선발행된 세금계산서이고 쟁점수정세금계산서는 계약해지로 인하여 발급된 것으로 쟁점세금계산서는 정상발급된 것이라고 주장하나, 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항은 같은 법 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 그 재화 또는 용역의 대가를 받은 경우 이때 발급된 세금계산서를 정당하게 발급된 선발행세금계산서로 인정하고 있는데, 쟁점매입세금계산서와 관련하여 청구법인이 쟁점분양대행용역에 대한 대가로 볼 수 있는 금액을 DDD에게 지급한 사실이 없어 쟁점매입세금계산서를 선발행세금계산서로 보기 어려운 점, 쟁점OOO개상가를 최초 분양한 것으로 청구법인이 주장하는 거래의 계약금을 수분양자들이 아닌 시공사인 EEE가 신탁회사에 입금한 것으로 보이는 점, 우리 원이 쟁점세금계산서와 관련하여, 청구법인의 거래상대방인 DDD가 제기한 심판청구사건에서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로 보고 기각결정OOO한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 실제 거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우
2. 재화 또는 용역의 공급시기가 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내(공급받는 자가 제59조 제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 도래하는 경우 제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(3) 법인세법 시행령 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날
3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.
1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우
2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우 제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 상속세 및 증여세법 시행령 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.
(4) 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.
2. 건물 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액
3. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유(共有)로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래 상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액