쟁점사업장 임대차계약서에 임대차 조건을 명시하면서 쟁점사업장에 대한 임차료는 임대차 목적물에 부수되는 모든 비용을 쟁점법인이 부담하는 것으로 명시하고 있는 점, 청구법인이 부담하여야 할 세금과공과 및 은행 대출금 이자 등을 임차료를 대신하여 쟁점법인이 부담하였다면, 이는 소유권을 유지하기 위한 운영비용 등을 쟁점법인으로부터 지원받았다고 볼 수 있으므로 그 실질이 임대용역 공급에 따른 임차료의 지급으로 보는 것이 합리적인 점 등에서 쟁점금액은 쟁점사업장의 임차인인 쟁점법인이 임차료로 지급한 금액으로 봄이 합리적이라 판단되므로, 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 파악한 이 사건 경위는 다음과 같다. 청구법인은 OOO에 소재하는 화물운송회사들의 권익향상을 위하여화물자동차운수사업법제48조에 의거하여 1997.8.8. 설립된 비영리 사단법인(이 건 부가가치세 부과처분과 관련하여 처분청이 부가가치세 과세사업자로 직권등록)으로, 2020년 기준 청구법인에 가입하여 의결권을 가진 OOO(이하 “회원사들”이라 한다)는 총 343개인바, 청구법인의 회원사들은 OOO내 무분별한 화물자동차의 주차로 인하여 빈번하게 발생하고 있는 민원 등을 해소하고자 OOO와의 협의 끝에 2005년 9월경 그린벨트 내에서 한시적으로 화물자동차 공동차고지 설치를 허용하는 법률인개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법에 의거 공동차고지를 만들기로 하였고, 이에 2004년 8월경 회원사들을 대상으로 한 화물자동차 공동차고지 2차 수요조사를 거쳐 총 회원사들 중 쟁점회원사들이 지분에 참여하게 되었으며, 2004년 12월경 공동차고지 추진위원회를 구성한 후, 참여 회원사 각 지분별로 출자한 금액으로 2015.7.22. 쟁점사업장을 준공하게 되었다(통상 화물자동차 차고지는 전국적으로 공영주차장으로 운영되고 있으나, OOO에서만 유일하게 특별법에 의거 사단법인 소유의 민간소유 주차장을 운영하고 있음). 쟁점회원사들은 공동차고지 추진위원회를 출범시킨 후, 공동차고지 설치를 진행함에 있어 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령별표1 제9호 머목 나호에화물자동차운수사업법제33조의 규정에 따라 협회가 도시계획시설로 설치하는 경우에 한하는 것으로 되어 있어 쟁점사업장을 청구법인 명의로 등록하였고, 쟁점사업장 준공 후 쟁점회원사들은 투입자금 등에 대한 관리 등의 목적으로 공동차고지 추진위원회를 대체하는 출자법인인 쟁점법인(AAA 주식회사)을 설립(2015.9.16.)하여 쟁점사업장의 설립일 이후 발생하는 세금과공과 및 은행대출에 대한 금융비용 등의 소요경비를 출자법인이 부담하는 것으로 공동차고지 추진위원회에서 의결하였으며, 청구법인과 쟁점회원사들 간에 쟁점사업장의 소유권은 쟁점회원사들의 자산임을 확인하는 등의 사실확인서를 작성하게 되었
(2) 이 건 부가가치세 경정청구 거부처분은 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 쟁점사업장(차고지)은 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령별표1 제9호 머목 나호 및화물자동차운수사업법제33조 규정에 의거 협회가 도시계획시설로 설치하는 경우에 한하여 설치되는 것으로 되어 있어 쟁점사업장을 청구법인 명의로 등록을 하였을 뿐 실제로는 쟁점사업장 건립을 추진하고 실행에 옮긴 OOO(이후 쟁점법인으로 변경)가 실질적 소유주이다. 이는 청구법인 이사장이 작성한 사실확인서를 보면 알 수 있는데, 소유권은 모두 별첨 출자회원(쟁점회원사들)의 자산임을 확인한다고 기술되어 있고, 또한 자산취득을 위한 부지매입대금 및 공사 관련 부담금 및 제세공과금도 쟁점법인이 부담한다고 되어 있는바, 이를 보더라도 쟁점사업장(차고지)의 실제 소유주가 쟁점법인임을 알 수 있으므로 실제 소유주로부터 임대사용료를 받는다는 것은 실질과세 원칙에도 위반되고, 실제 쟁점사업장의 설치 및 자금조달, 은행차입, 시설규모, 시공사 선정 등은 쟁점법인의 전신인 공동차고지 추진위원회에서 모든 결정권을 가지고 추진·시공한 바 있다. (나) 쟁점사업장에 대한 운영 형식을 살펴보면, 쟁점법인이 모든 시설을 관리하고 있는바, 개별적으로 출자한 쟁점회원사들은 쟁점법인의 이사회 의결에 따라 출자지분만큼 주차장을 무료로 이용하고 있고, 초과 사용분에 대하여는 임대료를 추가 징수하고 있으며, 출자에 참여하지 않은 개별 회원사들이 쟁점사업장을 이용시에는 차량 대당 가격을 정하여 주차요금을 징수하고 있고, 당해 주차요금은 쟁점사업장의 실질적 소유자로 볼 수 있는 쟁점법인의 수입금액으로 계상되어 과세당국에 신고 되고 있으며, 쟁점사업장에 부수되는 비용 또한(제세 공과금 지급이자 등) 쟁점법인에서 비용처리하고 신고하였고, 처분청 의 서면조사에서도 이를 쟁점법인의 정상적 비용으로 인정한 바 있다. (다) 처분청이 과세근거로 삼고 있는 부동산 임대차계약서의 내용은 2015년도에 쟁점법인이 사업자등록을 할 당시 쟁점사업장이 쟁점법인 소유의 부동산이 아니고, 등기사항전부증명서상 청구법인의 소유로 되어 있어 임대차계약서를 작성하여 첨부할 것을 처분청이 요구하여 작성·제출한 계약서인바, 이는 사업자등록증 발급시 작성된 임대차 계약서로서 이를 근거로 과세권을 유지한다는 것은 부당하다. (라) 쟁점사업장의 조성을 위한 설계, 자금조달 및 유지에 관하여는 쟁점법인(당초 공동차고지 추진위원회)에서 모든 책임을 지고 시공을 하였는바, 2018년도 쟁점법인의 정기총회 회의록을 살펴보면 “사무실 운영 건, 쟁점사업장에 발생되는 제비용, 잔여부지의 처리 건, 공동차고지 부지 이동(매각)건” 등 쟁점사업장의 운영뿐만 아니라 부지의 매각 관련 등을 모두 쟁점법인이 의결하였고, 준공 후 쟁점사업장에 입주하는 회원사 또는 비회원사의 입주조건, 임대료 계상, 수입금액 신고 등 일체의 행위를 쟁점법인에서 하였으며, 그 관리에 부수되는 직원의 인건비 및 공과금 등을 청구법인이 아닌 쟁점법인이 관리하는 등 쟁점법인이 실질적으로 쟁점사업장에 대한 소유권을 행사하였다. (마) 쟁점사업장의 조성과 관련하여 청구법인과 쟁점법인 간에 작성한 확약서 및 각서 이행약정서에 의하면, 쟁점사업장을 조성하면서 인가시부터 사업준공까지 청구법인이 한 노고의 뜻으로 쟁점법인이 청구법인에게 쟁점사업장의 부지 중 OOO을 기부하기로 하였으나, 동 지분을 청구법인이 쟁점법인에 환원하기로 하고, 쟁점법인이 2020년 6월 그에 상응하는 금액으로 특별회비 OOO원을 청구법인에 납부하였으며, 이에 대한 회계처리 방법으로 쟁점사업장이 쟁점법인 명의로 이관될 때 까지 동 금액을 대여금으로 처리 후, 명의이전시 대여금을 소멸시킨다고 하였고, 동 확약내용에 따라 청구법인의 이사장 및 이사들에게 민·형사상 어떠한 불이익이 있을 경우에 쟁점법인이 모든 책임을 지고 해결한다고 한 기술된 사실을 보더라도 쟁점사업장은 쟁점법인이 실질적 소유주라 할 것이다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
제11조 [용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제12조 [용역공급의 특례] ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인 (이하 "특수관계인"이라 한다) 에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급한는 것은 용역의 공급으로 본
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 청구법인의 현황 및 쟁점사업장 소유권 내역 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 1997.8.8. OOO 소재 화물차 운송회사들의 권익향상을 위하여화물자동차운수사업법제48조에 의거 설립 인가된 비영리 사단법인으로, 2020년 기준 청구법인에 가입하여 의결권을 가진 운송회사는 총 343개이고, 대표이사는 aaa(OOO)이며, 당초 설립 이후 비영리법인으로 수익사업이 없었다가 2016.1.1.자로 수익사업인 부동산임대업이 추가되었다(처분청이 2019.11.28. 수익사업인 비주거용건물임대업을 추가하여 직권 정정하였다). (나) 쟁점사업장의 등기사항전부증명서에 의하면, 소재지는 OOO 외 일원으로 차고지인 토지 면적은 OOO, 부대시설인 건축물 면적은 OOO이고, 2015.7.1.자로 청구법인 명의로 소유권이전 등기된 후, 현재까지 청 구법인이 소유하고 있는 것으로 나타나며, 2015.7.1.자로 OOO 이 채권최고액 OOO원 상당의 근저당권을 설정한 것으로 나타난다.
(2) 청구법인은 쟁점금액이 쟁점사업장의 임대와는 무관하고, 쟁점사업장의 실제 소유자인 쟁점법인이 쟁점사업장의 조성공사와 관련하여 납부한 세금과공과, 금융기관 대출금에 대한 이자 등이라고 주장하며 그 증빙으로 준공식 관련 팜플렛 사본, 관련법령 및 사실확인서, 출자회사명과 회원사별 지분율 현황 사본 및 지분참여확인서, 각서 및 공증서 사본, 확약서 및 이행약정서 사본, 정기총회 회의록 사본, 사업자등록신청서 및 첨부 임대차계약서 사본 등을 제시하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다. (가) 준공식 관련 팜플렛에 나타난 주요 추진경과 내용에 의하면, 2004년 12월 공동차고지 추진위원회를 구성하였고, 2008년 8월 24개의 쟁점회원사들이 2차 수요조사에 참여 하였으며, 2011년 6월 OOO의 심의를 거 쳐 같은 해 8월 OOO로부터 도시계획시설사업 시행 자 지정 및 실시계획인가를 얻었고, 2012년 9월 쟁점사업장 공사 착공을 하였으며, 2015년 7월 쟁점사업장 준공을 한 것으로 나 타난다. (나) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령(2005.9.8.)별표1 제9호 머목 나호에 의하면화물자동차 운수사업법제33조의 규정에 따라 협회가 도시계획시설로 설치하는 경우에 한하여 차고지 및 그 부대시설을 설치할 수 있는 것으로 되어 있고, 청구법인과 쟁점법인 간에 2019.12.12. 작성한 사실확인서에는 소유권이 별첨 출자회원사(쟁점회원사들)의 자산임을 확인하며, 청구법인에서 쟁점사업장의 소유로 발생하는 모든 비용을 쟁점법인이 부담하기로 한 것을 확인한다고 한 것으로 나타난다. (다) 청구법인 이사장이 작성한 쟁점회원사들 중 BBB(주)에 대한 지분참여 확인서 등에 의하면, OOO의 회원사로 참여하여 차고지 부지를 신청한 업체로서 “OOO”에 따른 인ㆍ허가를 득한 후, 부지매입대금과 공사와 관련된 부담금 납부, 등기비용, 취ㆍ등록세 및 제경비도 납부하고 아래와 같이 지분참여 되었음을 확인한다고 되어 있고, 다만 청구법인의 승인 없이 개별로는 임의 매각, 증여, 양도, 설정, 가처분 등 어떠한 행위도 할 수 없다고 작성되어 있다. (라) 쟁점회원사들 중 하나인 BBB(주)의 대표이사 bbb이 2014.5.28. 작성한 각서와 인증서(OOO) 사본 등에 의하면, “상기 회사는 차고지 부지를 신청한 업체로서 부지매입 대금을 납부하였고, OOO 조성공사비용은 운송사업협회(청구법인)에서 OOO 부지를 OOO에 담보로 제공하고, 일금 OOO원을 차입하여 공사비로 사용하는데 동의하며, 대출금 발생 후 매월 납부하여야 할 OOO 이자납부 부분에 대하여 OOO 공동차고지 부지 대출 신청한 업체는 연체시 발생할 수 있는 연체금에 따른 이자 금리에 대하여 전적인 책임을 지겠습니다.”라고 작성되어 있고, 2014.5.28. 법무법인 태화를 통해 공증받은 것으로 확인된다. (마) 청구법인 이사장 bbb와 쟁점법인 대표이사 ccc가 2020년 6월 작성한 확약서에는 쟁점사업장을 조성하면서 인가시부터 사업준공까지 많은 노력을 다한 청구법인에게 쟁점회원사들이 노고의 뜻으로 쟁점사업장의 부지 중 OOO을 기부하기로 하였으나, 동 지분을 청구법인이 쟁점법인에 환원하기로 하고, 쟁점법인이 그에 상응하는 금액으로 특별회비 OOO원을 청구법인에 납부하기로 확약하며, 쟁점법인의 재산권이 청구법인으로 되어 있어 실질적인 소유주인 쟁점법인의 24개 쟁점회원사들이 이에 대한 회계처리를 할 수 없어 청구법인에 대여금으로 처리하고, 향후 재산권이 쟁점법인(쟁점회원사들)으로 이관시에 대여금 회계처리를 소멸하도록 한다고 기재되어 있다. (바) 쟁점법인 대표이사 ccc가 2020.6.22. 작성한 각서에는 위 확약내용에 따라 청구법인의 이사장 및 이사들에게 민·형사상 어떠한 불이익이 있을 경우에 쟁점법인이 모든 책임을 지고 해결한다고 한 기술되어 있고, 공동차고지 추진위원회 ddd이 2015년 3월 작성한 이행약정서에는 쟁점사업장 조성사업과 관련하여 쟁점사업장에 참여한 쟁점회원사들은 납입한 투자 금액 및 OOO 부채 등 재산권 전부를 포함하여 쟁점사업장 투자부분에 대하여 청구법인에 어떠한 책임도 전가하지 않고 전적으로 부지 조성에 참여한 회원사가 각자 분유 지분율에 따라 책임지기로 결정한 바 있다고 기술되어 있다. (사) 2018.3.26. 작성된 쟁점법인의 정기총회 회의록을 살펴보면 “사무실 운영 건, 쟁점사업장에 발생되는 제비용, 잔여부지의 처리 건, 공동차고지 부지 이동(매각) 건” 등 쟁점사업장의 운영과 부지 매각 관련 사항에 대해 의결한 것으로 나타난다. (아) 쟁점법인이 2015.10.5. 처분청에 제출한 사업자등록신청서에 첨부된 쟁점사업장 임대차계약서에 의하면, 임대차계약의 범위는 청구법인 명의로 조성한 쟁점사업장에 대한 쟁점법인의 관리업무이고, 임대차 조건은 쟁점사업장에 대한 임차료는 임대차 목적물에 부수되는 모든 비용을 쟁점법인 이 부담하는 것으로 하며(청구법인 명의의 차입금 OOO원에 대한 이자 포함), 임대차 기간은 계약체결일부터 쟁점사업장이 쟁점법인에게 이전 완료되는 날까지이고, 책임과 관련하여 쟁점법인이 쟁점사업장을 사용 수익하면서 발생되는 모든 피해 부분에 대하여는 쟁점법인이 민·형사상의 책임을 진다고 되어 있다.
(3) 처분청은 2021.4.9. 청구법인의 대리인에게 준공식 팜플렛에서 확인되는 공동차고지 사업비 OOO원에 대하여 쟁점회원사별 부담금 내역 관련 증빙서류를 요청하였는바, 청구법인은 쟁점회원사들의 부담금 합계금액과 차입금 내역, 선납금(대출이자) 등이 기재된 준공 전 쟁점회원사들별 부담금 내역서를 제출하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업장을 청구법인 명의로 등록을 하였을 뿐 실제로는 쟁점법인이 실질적 소유주이고, 쟁점금액은 쟁점회원사들 이 부담한 것으로 지분참여 확인서 내용에 의하더라도 그 실질이 임대료가 아니라는 주장이나, 쟁점사업장 임대차계약서에 임대차 조건을 명시하면서 쟁점사업장에 대한 임차료는 임대차 목적물에 부수되는 모든 비용을 쟁점법인 이 부담하는 것(청구법인 명의의 차입금 OOO원에 대한 이자 포함)으로 명시하고 있는 점, 청구법인이 부담하여야 할 세금과공과 및 은행 대출금 이자 등을 임차료를 대신하여 쟁점법인이 부담하였다면, 이는 소유권을 유지하기 위한 운영비용 등을 쟁점법인으로부터 지원 받았다고 볼 수 있으므로 그 실질이 임대용역 공급에 따른 임차료의 지급으로 보는 것이 합리적인 점, 청구법인이 쟁점회원사들의 출자지분을 초과하는 부분에 대하여는 일정 금액의 임대료를 쟁점법인에게 납부하게 하고, 비출자 회원인 회원사들에게는 사무실 및 주차장 사용면적에 대하여 일 정요율을 정하여 임차료 형식으로 쟁점법인이 징수하여 온 사실을 인정하고 있어 쟁점금액 또한 쟁점법인이 소유하고 있는 쟁점사업장에 대한 임차료로 보는 것이 경험칙에 비추어 타당한 점, 청구법인의 이사장이 작성한 사실확인서에 쟁점사업장의 소유권이 출자자인 쟁점회원사들의 자산임을 확인한다고 되어 있으나, 처분청의 쟁점법인에 대한 서면조사시 대표이사가 비용으로 계상하였던 세금과공과, 이자비용, 임차비용 등 쟁점금액이 실제 청구법인에게 임차료 명목으로 지급한 경비라고 소명한 점 등에서 쟁점금액은 쟁점사업장의 임차인인 쟁점법인이 임차료로 지급한 금액으로 봄이 합리적이라 판단되므로, 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.