청구법인은 2017년에 「조세특례제한법」제12조의2 감면요건을 새로이 충족하였으므로 그 후 최초로 소득이 발생한 사업연도인 2019사업연도부터 3년간 100% 감면을 새로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO, OOO 및 OOO, 기타 관련 제품 등의 생산 및 판매를 주된 사업목적으로 하는 법인으로, 1989년 10월 OOO으로 설립되어 1996.7.20. 법인전환한 후 2007.1.1. 현재 상호로 상호를 변경하였다. 청구법인은 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(이하 “연구개발특구법”이라 한다) 제9조 제1항, 같은 법 시행령 제12조의3 제2항 및 같은 법 시행규칙 제2조의2 제3항에 따라 2014년 9월 첨단기술기업 지정서(유효기간: 2014.10.21.∼2016.10.20.)를 발급받았고, 연구개발특구로 지정된 OOO 공장(이하 “OOO”이라 한다)을 신축하여 2015.1.12. 입주하였으며, 2017년 9월 다시 첨단기술기업 지정서(유효기간: 2017.9.7.∼2019.9.6.)를 발급받았다. 이에 따라 청구법인은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의2 제2항을 적용하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 감면받았다.
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.3.25.부터 2021.5.14.까지 청구법인의 2017·2019사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여, 청구법인의 첨단기술기업 지정 유효기간이 2019.9.6. 만료되어 2019사업연도에는 첨단기술기업에 해당되지 아니함에도 2019사업연도 법인세를 감면받았다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2021.6.4. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2014년의 첨단기술에 추가하여 2017년에 새로운 첨단기술을 바탕으로 조특법 제12조의2의 감면 요건을 충족하였으므로, 2017년 이후 최초로 소득이 발생하는 사업연도와 그 다음 두 개 사업연도의 법인세는 100% 감면이 되어야 한다. 따라서, 청구법인은 2017년 이후 2019년에 최초로 소득이 발생하였으므로, 2019사업연도에 100% 감면 규정을 적용하여야 한다. (가) 조특법 제12조의2 제1항은 ‘연구개발특구법에 따라 2018.12.31.까지 지정을 받은 기업은 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 법인세의 100%에 상당하는 세액을 감면’하도록 규정하고 있다. 청구법인은 2017년도에도 첨단기술기업 지정을 받았으므로, 그로부터 최초로 소득이 발생한 2019사업연도에는 법인세의 100%에 상당하는 세액을 감면하여야 하는 것이 문리해석상 타당하다. 같은 조 제2항의 ‘최초로’라는 문구가 수식하는 것은 오로지 ‘소득 발생’에 관한 부분일 뿐이고, 청구법인과 같은 첨단기술기업이 새로운 첨단기술을 개발하였다면 입법취지를 고려할 경우 당해 조항의 적용이 배제될 이유가 없다. (나) 청구법인은 2014.8.29. ‘OOO’에 관한 첨단기술·제품을 OOO장관으로부터 확인받았으나, 그 후에도 꾸준한 투자를 통하여 2018.12.21. ‘OOO’을 선박 OOO 감소 핵심기술로 인정받게 되었다. 2014년 최초 첨단기술기업 지정신청서를 제출할 당시에 청구법인은 특허번호 OOO호 외 60개의 특허를 보유하고 있었으나, 그간 끊임없는 첨단기술 개발을 통하여 2017년 첨단기술기업 지정신청서를 제출하는 시점에는 무려 96개의 관련특허를 보유하였다. 따라서 2017년 시점을 기준으로 보아 최초 소득 발생연도인 2019년의 100% 세액감면이 인정되어야 한다. (다) 가사 이를 달리 보더라도, 적어도 2017년에 새롭게 지정된 OOO와 관련한 매출은 100% 감면이 이뤄져야 한다. 이를 달리 해석하면 새로운 첨단기술을 개발하더라도 상응하는 감면혜택을 받지 못하는 결과가 도출되기에 조특법 규정의 취지에도 맞지 않고, 이를 연구개발특구 입주 후에 한 차례만 관련 특례를 인정하여야 한다고 해석할 만한 근거규정도 없으며, 오히려 조문상으로는 조특법 제12조의2에 규정한 요건을 충족할 경우 당해 조항이 적용되도록 규정되어 있으므로 청구법인이 2017년도에 지정을 받는 것에 대하여 해당 조문의 새로운 적용을 배제할 만한 사유는 없다. 나아가 처분청 의견에 따른다면, 결국 청구법인과 같은 경우 2015년 한 차례 약간의 소득이 발생하여 OOO원이 조금 넘는 세액을 감면받은 후 연구특구 내에서 첨단기술의 개발에 지속적으로 투자해 왔음에도 이후 소득이 발생하지 않았기에 관련한 특례를 전혀 적용할 수 없다는 것인데, 이는 2015년에 첨단기술기업의 지정신청을 하지 않고 2017년에만 신청을 했다면 훨씬 많은 감면을 받을 수 있었을 것이기에 이보다도 불리한 결과가 되는 결론으로 납득하기 어렵다. (2) 위 청구주장이 인정되지 않더라도 청구법인은 2015년에 조특법 제12조의2의 감면 요건을 충족하였으므로 2015년을 기준으로 5번째 사업연도인 2019사업연도는 50% 감면을 적용하여야 한다. (가) 2017년에 새로 첨단기술로 지정받은 것에 대하여 고려할 수 없다 하더라도, 2015년을 기준으로 하여 조세심판원의 수많은 선결정례 등을 고려할 때 2019년에 ‘50%’의 감면비율을 적용하여야 한다. 청구법인의 경우 1차 지정을 기준으로 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일은 2015.1.1.로, ‘개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도’라 함은 2015년, 2016년 및 2017년을 의미하고, ‘그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도’라 함은 2017년의 다음 2년 이내를 의미하므로 2018년과 2019년을 의미하는 것이 명확한바 법문에서 규정한 대로 2019년에는 50% 감면이 적용되어야 한다. (나) 조세심판원에서는 처분청의 동일 문구의 예규를 부인하고 세액감면을 인정해야 한다고 수차례 결정한 바 있다. 1) 처분청은 OOO연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법제9조에 따라 감면기간 중에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료되어 첨단기술기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은 법의 세액감면을 적용받을 수 없다는 취지의 회신(OOO, 2011.1.14.)에 따라 청구주장을 인정할 수 없다는 의견이다. 그러나, ① 위 예규는 현재 조문과는 달리 OOO연구개발특구와 관련한 감면 규정이었을 때의 회신이고, ② 위 예규에 관하여 처분청 공무원이 기속되는 것은 별론으로 하더라도 청구법인은 그 해석에 기속되지 않고 법규명령에 따라 감면 여부가 결정된다는 것이 조세심판원의 확립된 입장이다. 2) 특히 위 예규와 동일한 내용의 예규에 관하여 조세심판원은 수차례 이러한 부과처분이 위법하다고 반복하여 결정하였다. 가) 조심 OOO(2016.10.24.) 결정에서, 처분청은 이 건과 거의 동일한 문구의 ‘국세청 예규’를 근거로 과세하는 것이 타당하다는 의견이었으나, ‘유효기간이 만료’된 경우에는 당해 종료된 사업연도까지 세액감면을 적용하여야 한다고 결정하여 처분청 예규와 달리 세액감면을 인정하였다. 즉, 동일한 내용의 국세청 예규가 있었음에도 세액감면을 인정해야 한다고 판단하였다. 나) 조심 2008서4180(2009.6.23.) 및 조심 2012서5377(2013.5.16.) 결정에서는 벤처기업 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 아니한 점 등을 고려하여 유효기간 만료년도의 세액이 감면되어야 한다고 결정하였고, 창업벤처기업 세액감면과 관련한 조심 2018서2607(2018.12.27.) 결정에서도 비록 유효기간이 만료되었다고 하더라도 당해 연도의 감면을 인정하여야 한다고 결정하였다. 다) 조세심판원은 동일한 사실관계의 지방세특례제한법에서도 유효기간 만료를 이유로 당해 연도의 취득세 감면을 배제할 수 없다는 취지로 결정(조심 2020지541, 2020.12.22.)한 바 있다. (다) 이 조문의 입법취지를 보더라도 감면은 인정되어야 한다. 1) 연구개발특구법은 세제지원 등에 관한 특례 등을 규정하고 있는 법률(연구개발특구법 제14조 제1항)로, 조특법을 준용하는 등 두 법 간의 연계성을 충분히 고려하여 입법된 것이다. 연구개발특구법 시행령 제12조의4 제3항 은 “첨단기술기업 지정의 유효기간은 첨단기술기업으로 지정받은 날부터 2년으로 한다”고 규정하고 있는데, 이는 애초에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 2년이라는 점을 인지하면서, 조특법 제12조의2 제2항에서는 그와 관련한 사업에서 최초로 소득이 발생한 사업연도부터 “3년(100%) + 2년(50%)”라는 형식으로 입법을 하였던 것으로서, 첨단기술기업 지정이 만료되더라도 세액감면을 받을 수 있다는 점을 전제로 하여 입법되었다는 점을 알 수 있다. 또한, 상호 간의 법령을 서로 비교하며 입법하면서도 조특법에 첨단기술기업의 지정이 유지되어야만 감면된다는 내용도 규정하지 않았던바, 이와 같다면 입법자는 유효기간 만료와 무관하게 조세감면이 이뤄지는 것을 염두에 두고 있었던 것으로 이해할 수 있다. 2) 나아가 창업벤처기업 관련 조문이 개정될 때에 ‘유효기간의 만료’라는 배제사유를 기재하였음에도 이 건 법령은 개정되지 않았다. 만일 벤처기업에 관한 법령을 개정할 때에 연구개발특구와 관련한 감면도 개정할 의도가 있었다면 동시에 본 조항도 개정하였을 것이라는 점을 고려하더라도, 처분청 의견과 같이 유효기간 만료라는 새로운 요건을 추가하여 해석하는 것은 불가능하다 할 것이다. (라) 조세심판원 선결정례에 비추어 처분청 의견을 인정할 수 없으나, 가사 처분청 의견과 같이 이 건에서 실질적 측면을 고려하였다고 가정하더라도 청구법인에게는 여전히 세액감면이 인정되어야 한다. 1) 처분청은 위 조세심판원 선결정례는 다른 사정들도 고려되어 결정된 것이라는 의견이나, 조세심판원 선결정례 내용을 보면 명확하게 유효기간의 만료와는 무관하게 세액 감면을 적용받을 수 있다는 취지일 뿐으로, 조세심판원의 많은 선결정례에서도 처분청 의견과 같은 취지의 결정을 내린 바 없다. 2) 뿐만 아니라 처분청은 조세심판원 선결정례들이 ‘실질적으로’ 벤처기업과 유사한 성격을 그대로 유지하였으므로 세액감면을 인정한 것이라는 의견이나, 조세심판원은 이를 명확하게 요건으로 삼은 바 없고 더 나아가 청구법인도 계속하여 첨단기술에 관한 투자를 해 온 사실이 확인된다. 청구법인의 경우 첨단기술기업 유효기간이 2019년 만료된 후에도 계속하여 첨단기술기업에 관한 투자를 지속하여 왔다. 청구법인은 2018.12.21. 새로운 첨단기술·제품 확인서를 받았을 뿐만 아니라 2019년 3월 OOO 수상, 2019년 11월 OOO 설정, OOO에 선정되었을 뿐 아니라, 2019년 12월 OOO에 선정되었다. 2020년에도 청구법인은 계속하여 연구개발에 매진하여 2020년 5월에는 OOO 전문기업으로 선정되었고, 2020년 11월OOO 제조혁신 대상을 수상하였으며, 2020년 12월 무역의 날 기념 OOO을 수상을 할 정도로 첨단기술기업을 유지하고자 계속하여 노력해 왔다. 또한, 청구법인은 오히려 2019년 당시 OOO원의 영업이익을 창출하였는데 당해 연도 연구개발비로 약 OOO원을 지출하여 전년도(약 OOO원) 대비 두 배에 달하는 투자를 하였음에도, 그간의 성과에 따라 2019년에 매출액이 급증하였기 때문에 매출액 대비 연구개발비의 상대적 비중만 줄어들었던 것일 뿐이고, 실제 청구법인은 과거보다도 훨씬 많은 연구개발비를 투자해 왔다. 따라서, 조세심판원의 선결정례에 따라 유효기간과 무관하게 세액감면이 인정되어야 할 것이나, 청구법인이 계속하여 첨단기술에 관한 끊임없는 노력과 투자를 해 왔다는 점 역시 충분히 입증된다 할 것이므로 처분청 의견은 타당하지 않다. (마) 처분청의 ‘확인적 규정’이라는 의견도 조세심판원의 선결정례에 반하는 의견이다. 1) 유효기간 만료일에 세액감면이 배제되도록 조특법 제6조가 개 정된 바 있는데 처분청은 이를 확인적 규정으로 보았고, 이 건 조항을 해석함에 있어서도 그와 같은 규정이 있는 것과 동일하게 해석하여야 한다는 의견이나, 세액감면 배제 규정이 없던 당시 조세심판원은 처분청 의견과 달리 유효기간이 만료된 사업연도의 세액감면을 인정하는 것으로 결정해 왔다는 점에서 이를 확인적 규정이라 할 수 없다. 2) 뿐만 아니라, 조세심판원은 ‘유효기간의 만료일’에 관한 개정이 없었던 지방세특례제한법에서 처분청 의견을 배척(조심 2019지2529, 2020.7.1.)한 바 있다. 이 결정에서 ‘유효기간이 만료된 경우에는 소득세 또는 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나 창업벤처중소기업에 대한 취득세 등의 감면을 규정한 지방세특례제한법에는 위와 같은 규정이 없는 점’을 설시한 후 ‘유효기간이 만료된 경우에는 소득세 또는 법인세 감면을 적용하지 아니한다는 규정이 신설되기 전에 우리 원은 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 경우에도 법인세 등을 감면받을 수 있다고 결정’하였으므로 세액감면이 인정되어야 한다고 결정하였다. 이는 처분청 의견과 반대되는 조세심판원 선결정례라 할 것인바 이에 반하는 처분청 의견을 받아들일 수 없다. (3) 위 (1)과 (2)의 주장이 인정되지 않더라도 적어도 실제 첨단기술기업 지정서의 유효기간 내에 발생한 청구법인의 매출에 대해서는 50% 감면을 적용하여야 한다. 처분청은 청구법인이 첨단기술기업으로 지정되어 있는 기간에 대한 매출까지도 감면을 적용하지 않아야 한다는 의견이나, 이는 실질적 측면을 보아야 한다는 처분청 의견에도 부합하지 않는다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 2014년에 첨단기술기업으로 최초 지정받았으나 당해연도 감면대상소득이 연구개발특구 외 지역에서 발생하여 감면요건을 충족하지 못하다가 2015년 연구개발특구 내로 사업장을 이전하면서 2015사업연도부터 최초로 감면을 적용받은 것은 처분청과 청구법인 간 이견이 없는 사실이다. (가) 조특법 제12조의2 제2항에서는 ‘해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있다. 이는 첨단기술기업이 감면을 받을 수 있게 된 날로부터 최대 5년이 지날 때까지 감면대상사업에서 소득이 발생하지 않는다면 그 지난날이 속하는 과세연도부터 감면기간이 진행되고 소득발생 여부와 상관없이 감면기간 5년이 경과하면 감면은 종료된다는 의미로, 첨단기술기업의 다른 사정에 의해 해당 감면기간은 정지 혹은 중단되지 않고 진행되는 것이고, 청구법인의 주장과 같이 감면기간 중 새로운 기술을 취득하였다고 하여 그 감면기간이 새로 시작하거나 결손이 발생한 사업연도는 감면기간 계산에서 제외된다거나 하는 등의 내용은 해당 조항 어디에도 규정되어 있지 아니하다. 청구법인은 감면대상이 되는 새로운 첨단기술을 취득할 때마다 감면요건이 재충족되어 감면이 새로 시작되는 것으로 해당 조문을 잘못 이해하고 있으나, ‘해당 감면대상 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도’라 함은 조특법 시행령 제11조의2 제1항 제4호에 따른 ‘첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업’에서 최초로 소득이 발생한 과세연도를 의미하는 것이지 해당 첨단기술을 이용한 최초 소득발생을 의미하는 것은 아니다. 즉 청구법인의 경우 2014.8.29. ‘OOO’라는 첨단기술을 확인받음으로써 이와 관련된 ‘조선’산업에서 최초로 소득이 발생하고 연구개발특구에 입주(2015.1.12.)함으로써 2015사업연도부터 이 건 감면을 받을 수 있었던 것이고, 2017.9.7. 취득한 새로운 기술로 인해 첨단기술기업 재지정을 받은 것은 당초 감면을 계속 적용받을 수 있는 조건일 뿐이지 2017사업연도에 새로운 기술을 이용한 소득이 최초로 발생하였으니 새로운 감면이 다시 시작되는 것으로 보아 100%의 감면이 적용되어야 한다는 주장은 옳지 않다. (나) 청구법인은 조특법 제12조의2의 ‘최초로’라는 문구가 조세감면을 단 한번만 인정한다는 문구가 아니고, 이 건에서 당해 문구는 ‘지정을 받은 2017년 및 그 이후연도에’ 소득이 없을 경우에도 5년 동안은 이를 유예하여 감면을 받을 수 있도록 혜택을 더 주겠다는 문구로 해석된다고 주장한다. 1) 그러나 ‘조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것(대법원 2003.1.24 선고 2002두9537 외 다수)으로, 청구법인은 그 전후의 의미가 명백하게 ‘감면요건을 충족한 이후 최초로 발생한 감면대상소득’을 의미하는 ‘최초로’라는 문구를 청구법인에 유리하게 해석하며 20년이 지난 후에도 재차 당해 요건을 충족한다면 조특법상 감면혜택을 받을 수 있다고 주장하는데 이는 해당 법조항의 특정 문구를 지나치게 확장‧유추해석한 것으로 조세공평의 원칙에 부합하지 않는 주장이다. 2) 또한 청구법인은 2015사업연도와 2019사업연도의 법인세를 신고하면서, ‘최초로’ 감면소득이 발생한 것의 의미를 명확하게 이해하여 2015사업연도 법인세는 100% 감면신청을 하였고 4년 후인 2019사업연도에는 50% 감면신청을 하였는데 이 건 심판청구에 이르러 이와 다른 주장을 하는 것은 옳지 않다. (다) 청구법인은 차라리 2015년에 첨단기술기업의 지정신청을 하지 않고 2017년에만 신청을 했다면 훨씬 많은 감면을 받을 수 있는 것인데 이보다도 불리한 결과가 되는 결론은 납득하기 어렵다고 주장하나, 청구법인이 사업을 영위하는 과정에서 미래의 불확실성과 어떠한 판단에 따라 추후 이보다 불리한 결과가 초래되는 것은 청구법인이 사업을 영위하는 과정에서 일어난 여러 선택의 결과인 것이지 처분청의 행정처분으로 인한 것이 아니므로 본 심판청구에서 다툴만한 쟁점은 아니다. (2) 조특법 제12조의2 제2항에 의하면 세액감면이 적용되는 기간은 “해당 감면대상사업에서 소득이 발생한 과세연도의 개시일”부터 5년으로 되어 있다. 즉, 과세연도 중 감면대상 사업으로 지정되었다면 지정된 날이 속하는 사업연도 개시일부터 세액감면이 적용된다. 따라서 감면대상사업으로 지정된 경우 그 효력은 ‘과세연도 개시일’부터 부여되는 것으로 해석해야 하고, 감면대상 사업 지정이 만료된 경우 만료의 효력 역시 ‘과세연도 개시일’로 해석하는 것이 타당하다. (가) 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 외 다수)하는 것으로, 청구법인은 조특법 어디에서도 찾을 수 없는 첨단기술기업 지정일을 ‘감면 개시일’로 해석하면서 만료일까지 감면적용 대상이라고 법문을 확장·유추 해석하고 있다. 조특법 제12조의2 제1항 각 호를 보면 세액감면을 받을 수 있는 법인은 매년 말까지 첨단기술기업 등으로 지정을 받은 기업을 대상으로 하고 있으므로, 위 요건은 매년 말 기준으로 판정하여야 한다. 따라서 매년 말 기준 첨단기술기업에 해당하지 않을 경우 세액감면을 배제하는 취지로 해석함이 문언적 해석에 부합하며, 이는 같은 사업연도 중 첨단기술기업 지정이 해제되더라도 다시 지정을 받게 되면 그 사업연도 전체의 세액을 감면받을 수 있다는 국세청 예규(법규법인 2011-0013, 2011.1.14.)를 보더라도 더욱 그러하다. 조특법 제12조의2 규정은 과세연도 단위를 기준으로 감면을 적용하고 있고, 지정된 사업연도 전체를 세액감면 대상기간으로 보고 있으므로 지정이 만료된 사업연도 전체를 세액감면 대상이 아닌 것으로 보는 것이 ‘첨단기술기업 지정의 유효기간 만료일까지 법인세 감면이 되어야 한다’는 청구주장과 비교할 때 보다 법문대로 해석한 것으로 합목적적 해석이라 할 수 있다. (나) 청구법인은 처분청 의견과 같이 감면요건 충족의 효력이나 미충족의 효력을 ‘사업연도 개시일’로부터 기산하여 계산할 경우, 첨단기설기업 인증서 유효기간 일수 대비 지정감면 기간이 대폭 축소되어 감면 혜택이 줄어든다고 주장하나, 아래 ＜표1>과 같이 감면 가능 매출 일수가 축소되는 효과는 나타나지 않는다. <표1> 감면과세기간 내 감면대상 일수 비교 OOO 청구법인 주장을 수용하면, 아래 ＜그림＞과 같이 유효기간 내 소득인 OOO원만 감면을 적용받게 되어 오히려 OOO원이 감면되지 않는 문제가 발생하므로 법문대로 해석하여 과세연도의 개시일부터 감면을 적용하여야 한다고 해당 법인은 주장할 것이다. 또한 종전의 일관된 국세청 예규와 상반되는 결과가 되어, 어느 기간에 소득이 발생하느냐에 따라 납세 효과가 완전히 달라지는 불합리한 결과가 초래되므로 국세청 예규에 따라 과세연도 전체를 기준(지정·만료 효력 모두 과세연도 개시일)으로 일관되게 감면 적용 여부를 판단하는 것이 모두에게 공평한 합리적인 기준이 된다 할 것이다. ＜그림＞ 처분청 제시 사례 OOO (다) 청구법인은 조특법상 유효기간이 있는 감면 조항 중 취소 또는 유효기간 만료시 해당 사유가 속하는 과세연도의 감면을 적용하지 아니하고자 하는 경우에는 조특법 제6조 제2항 단서와 같이 감면배제에 대한 명시적 규정이 있어야 한다고 주장하나, 해당 단서 조항은 2017년 개정세법에서 신설된 조항으로 종래 과세관청은 벤처기업 확인서 유효기간을 존속요건으로 보아 유효기간이 만료한 경우 만료일이 속하는 과세연도에는 세액감면을 적용하지 아니하였고(법인세과-16, 2012.1.5., 법인세과-1026, 2009.9.18. 외 다수), 다만 재발급 시에는 재발급일이 속하는 과세연도부터 잔존 감면기간 동안 다시 세액감면을 적용한 반면, 재결청에서는 벤처기업 확인서 유효기간을 개시요건으로 보고 있었으므로 이에 해석의 다툼이 있어 2017년 세법 개정 시 벤처기업확인서 유효기간을 존속요건으로 보는 과세관청의 해석을 수용하여 유효기간 만료를 감면기간 종료사유로 입법·명문화한 것으로, 어떠한 규정이 기존에 없던 권리나 의무 혹은 법률관계를 새롭게 만드는 창설적 규정이 아닌 이미 있는 것을 확인해주는 확인적 규정에 불과하다. 이는 감면배제 조항을 신설함으로써 세액 감면요건을 더욱 합리화하고, 유효기간 만료를 해당연도 감면 종료 사유로 명확히 하려는 취지이지, 청구법인의 주장처럼 감면배제 조항이 없으면 지정기간 만료일까지 감면을 적용할 수 있다는 의미로 해석할 수 있는 근거가 되는 것은 아니다. 특히, 조특법 제12조의2는 연구개발특구 입주와 첨단기술기업 지정을 동시에 만족하는 경우에 감면을 적용받을 수 있으므로 첨단기술기업 지정 만료는 해당 감면요건 미충족으로 감면이 배제되는 경우라 할 것이다. 또한, 조세법률에 있어서 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건 등을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속하는 것이므로 입법 취지도 해석의 자료로 사용할 수 있다(대법원 2001.5.29. 선고 99두7265 판결). (라) 청구법인은 이 건 심판청구시 조세심판원 선결정례(조심 2018서2607, 2018.12.27. 등)를 인용하며 벤처기업 확인서 유효기간 만료는 감면 요건인 벤처기업 확인의 취소사유에 해당하지 않는 점 등으로 유효기간 만료일이 속하는 과세연도의 세액감면을 배제할 수 없다고 주장하나, 이는 결정 내용을 오인하여 해석한 것이다. 1) 청구법인이 인용한 조심 2018서2607(2018.12.27.) 사례는 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법상 벤처기업 확인서의 유효기간 만료는 취소사유에 해당하지 아니하고 또한 벤처기업 확인이 취소된 것이 아니라 관리 소홀로 그 확인(갱신)을 누락한 것으로 나타나며 다시 벤처기업으로 확인받은 사실로 볼 때 법인 실체가 그 사이에 변경된 것으로는 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되었다는 이유만으로 세액감면을 부인하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다’고 결정하였다. 위 심판례에서는 벤처기업 확인서의 유효기간은 만료되었지만 해당 기업이 다시 벤처기업으로 확인받은 사실을 볼 때 법인 실체가 그 사이에 변경되지 않아 벤처기업의 요건을 갖추고 있었으므로 당해연도에 일반기업에 해당하는 것(벤처기업 확인 취소)으로 보아 세액감면을 배제할 수 없다는 취지의 결정이다(아래 ＜표2＞ 참조). ＜표2＞ 조세심판원 결정례와 이 건 사실관계 비교 OOO 그러나 청구법인의 경우에는 위 선결정례의 사실관계와는 달리, 첨단기술기업 지정 유효기간 만료일인 2019.9.6. 이후 추가로 지정 신청을 하였으나 지정 요건을 충족하지 못해 해당연도에 첨단기술기업 요건에 해당하지 아니하여 재지정을 받지 못한 경우로, 감면 요건인 첨단기술기업 지정 요건을 충족하지 못하였기에 유효기간 만료 사업연도에 감면이 배제된 것이므로 상기 사례와 사실관계가 다르다. 2) 청구법인의 첨단기술기업 지정 만료일 이후인 2019.9.7.은 연구개발특구법 시행령 제12조의3 제1항 제2호 에 따라 지정 취소일이기도 하여, 사실상 청구법인은 첨단기술기업에 해당하지도 않는다. 따라서 청구법인이 인용하고 있는 심판례는 만료 사실이 절차적 문제일 뿐이지 감면 요건을 갖추지 못함에 따라 발생된 실체적 문제가 아닌 점을 전제로 하여 판단한 사례로, 해당 심판례를 청구법인의 경우(유효기간 만료와 더불어 지정요건을 미충족하여 첨단기술기업에 해당하지 않는 실체적인 문제가 발생)와 동일시하여 적용하기는 어렵다. (마) 위와 같이 조특법 제12조2 제2항에서 세액감면 적용기간을 감면대상사업소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 5년으로 한 것은 첨단기술기업 지정 효력을 과세연도 개시일부터 부여한 것으로, 그와 반대의 경우인 유효기간 만료 효력도 동일하게 과세연도 개시일부터 부여하는 것이 법 논리 또는 체계 해석상 타당하며 그와 같이 해석하는 것이 과도한 감면 혜택을 막아 조특법상 취지인 공평과세를 실현할 수 있는 점, 또한 해당 규정은 과세연도를 기준으로 감면적용을 하는 점에서 첨단기술기업 지정 유효기간 만료 시에는 만료일이 속하는 과세연도 전체를 감면 배제하여야 하고, 유사 조특법 조항에서 보이는 감면배제 조항의 신설 취지를 고려했을 때 해당 조항이 명시적으로 규정되어 있지 않은 것이 곧 감면을 적용할 수 있다는 것을 의미하는 바는 아니며, 청구법인이 인용한 조특법 제6조와 관련한 심판례에서는 단순히 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되었다는 이유만으로 벤처기업에 해당되지 않는다고 단정할 수 없다고 판시한 것으로, 이 건의 사실관계(유효기간 만료 이후 지정 요건 미충족하여 첨단기술기업에 해당하지 않아 추가 재지정 받지 못함)와 다른 점 등에 비추어 볼 때 당초 과세처분은 적법하다 할 것이다. (바) 청구법인은 연구개발특구법 시행령에서 조특법이 규정하는 연구개발비 항목을 준용한 것을 두고 두 법 사이의 연관성을 들어 첨단기술기업 지정의 유효기간이 2년인 것을 알고도 조특법에서 5년을 감면기간으로 설정한 것은 유효기간의 만료와 무관하게 감면을 인정해주기 위한 것이라고 주장하고 있다. 1) 그러나 이는 2005.1.27. 연구개발특구법 제정 당시 입법상 편의를 위해 연구개발비에 대한 정의와 자세한 항목이 규정되어 있던 조특법을 준용한 것일 뿐, 어느 한 조항을 준용하였다고 하여 첨단기술기업 지정의 유효기간이 2년에 불과함에도 감면기간을 5년으로 설정한 것은 유효기간의 만료와 상관없이 감면을 인정해주기 위한 것이라고 주장하는 것은 아무런 근거 없는 지나친 확대해석에 불과하다. 첨단기술기업 지정의 유효기간이 어떤 이유로 2년에 불과하게 되었는지는 알 수 없으나, 이 건 감면의 감면기간이 5년인 것은 조특법 제정 당시 5년 단위의 한시법이었던 탓에 개별지원제도의 일몰기한도 5년으로 설정되어 있었기 때문에 다른 감면과의 형평성 차원에서 5년의 감면기간을 둔 것이지 첨단기술기업에만 다른 특혜를 주기 위함이 아니다. 2) 또한 첨단기술기업의 지정이 지속되어야 감면된다는 규정을 입법하지 않았으므로 유효기간의 만료와 감면은 무관하다고 주장하나, 조특법 제12조의2 제1항에서 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업’으로 ‘첨단기술기업’을 명시하고 있으므로 유효기간의 만료와 관련된 별도의 규정을 두는 것은 중복 입법이므로 불필요한 것으로, 현재 규정만으로도 유효기간이 만료되어 연구개발특구법에서 규정하는 ‘첨단기술기업’이 아니게 된 청구법인은 감면대상이 아닌 것이다. (3) 청구법인은 청구법인이 해당 규정에 따라 실제 첨단기술기업으로 지정되어 있는 동안 발생한 매출에 대해서까지 조세감면을 적용하지 않는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 조특법 제12조의2에서 세액감면 적용기간을 과세연도 개시일부터 5년으로 정한 것은 ① 연구개발특구 입주, ② 첨단기술기업 지정, ③ 감면대상소득의 발생이라는 세 가지 감면요건이 모두 충족되는 시점에 대한 논란의 여지를 없애기 위해 과세연도 개시일부터 3년(그 다음 2년) 이내 끝나는 과세연도로 규정한 것으로, 조특법 제12조의2 제1항 각 호를 보면 세액감면을 받을 수 있는 법인은 매년 말까지 첨단기술기업 등으로 지정을 받은 기업을 대상으로 하고 있으므로 해당 요건은 매년 말 기준으로 판정하여야 하며, 매년 말 기준 첨단기술기업에 해당하지 않을 경우 해당 과세연도 전체를 세액감면 배제하는 취지로 해석함이 문언적 해석에 부합하고, 이는 ‘첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료되어 첨단기술기업에 해당하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 같은 법의 세액감면을 적용받을 수 없고, 다만 해당 기업이 잔존감면기간 중에 첨단기술기업으로 다시 지정받은 경우에는 그 재지정일이 속하는 사업연도부터 잔존감면기간동안 동 감면을 적용받을 수 있는 것’이다는 국세청 예규(법규법인2011-0013, 2011.1.14.)의 취지를 보더라도 그러하다. 따라서, 당해 규정이 과세연도 단위를 기준으로 하여 조세감면을 적용하도록 규정한 것이기에 과세연도 종료일 현재 감면요건을 미충족한 경우 해당 과세연도는 감면대상 사업연도가 될 수 없다.

① 청구법인은 2017년에 조세특례제한법제12조의2 감면 요건을 새로이 충족하였으므로 그 후 최초로 소득이 발생한 사업연도인 2019사업연도부터 3년간 100% 감면을 새로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인은 2015년에 조세특례제한법제12조의2 감면 요건을 이미 충족하였으므로 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료되었다 하더라도 2019사업연도에 대하여는 50% 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 청구법인은 2015년에 조세특례제한법제12조의2 감면 요건을 이미 충족하였으므로 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료되기 전인 2019.9.6.까지는 50% 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 ‘첨단기술·제품 확인서’에 따르면, 청구법인은 산업발전법제5조 및 첨단기술 및 제품의 범위고시에 따라 OOO장관으로부터 2014.8.29. OOO(OOO)로 첨단기술·제품 확인서(확인번호: OOO)를 받았고, 2018.12.21. OOO로 첨단기술·제품 확인서(확인번호: OOO)를 받은 사실이 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 ‘첨단기술기업 지정서’에 따르면, 아래 <표3>과 같이 연구개발특구법 제9조 제1항 등에 따라 2014.10.21. 및 2017.9.7. 첨단기술기업으로 각 지정받은 사실이 나타난다. <표3> 청구법인의 첨단기술기업 지정현황 OOO (다) 청구법인은 OOO 소재 공장에 위치하였으나, 2014.12.24. 연구개발특구로 지정된 OOO 일대에 OOO을 신축하여 2015.1.12. 소유권 보존등기를 한 후 같은 날 OOO으로 사업장을 이전하여 사업자등록증상 소재지를 정정하였다. (라) 청구법인은 2차 첨단기술기업 지정서의 유효기간이 2019.9.6. 만료된 후 첨단기술기업 지정신청을 다시 하였으나, 첨단기술기업 지정 요건 중 하나인 연간 총매출액 대비 일정비율 이상 연구개발비 사용 조건을 충족하지 못하여 첨단기술기업으로 재지정 받지 못하였다. (마) 청구법인은 2014년 첨단기술기업으로 처음 지정받았으나, 당해연도 감면대상사업소득이 연구개발특구 외 지역에서 발생하여 특구 내로 사업장 이전되어 감면요건이 충족된 2015사업연도에 최초로 감면을 적용받았고, 2016·2017사업연도는 결손으로, 2018사업연도는 소득금액 OOO원으로 하여 감면 신청을 하지 않았으며, 2019사업연도에는 첨단기술기업 2차 지정 유효기간이 만료되었음에도 감면기간(5년) 최종연도인 2019사업연도까지는 법인세가 감면되는 것으로 판단하여 2019사업연도 전체 기간 동안 발생한 소득에 대한 법인세의 50%인 OOO원을 감면받았다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2015년에 취득한 첨단기술에 추가하여 2017년의 새로운 첨단기술을 바탕으로 하여 조특법 제12조의2의 감면 요건을 다시 충족하였으므로, 2017년 이후 최초로 소득이 발생하는 사업연도와 그 다음 두 개 사업연도의 법인세는 100% 감면되어야 한다고 주장하나, 해당 조문의 ‘감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도’라 함은 해당 첨단기술을 이용하여 최초 소득이 발생하는 것을 뜻하는 것이 아닌 조특법 시행령 제11조의2 제1항 제4호에 따른 ‘첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업’에서 최초로 소득이 발생한 과세연도를 의미하는 것으로 해석하는 것이 타당한 점, 청구법인의 경우 2014.8.29. ‘OOO’라는 첨단기술을 확인받음으로써 이와 관련된 ‘조선산업’에서 2015사업연도에 최초로 소득이 발생하고 다른 감면 요건을 충족하여 2015사업연도부터 이 건 감면 적용대상이 되었던 점, 청구법인은 2017.9.7. 취득한 새로운 ‘OOO’로 첨단기술기업 지정을 다시 받았으나 이 기술의 관련 사업 역시 ‘조선산업’과 관련된 것이어서 앞서 감면받았던 감면대상사업과 다른 감면대상사업에 해당한다 하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2014.10.21. 첨단기술기업으로 지정된 후 2015.1.12. 연구개발특구에 입주하여 조특법 제12조의2 감면요건을 충족하였고, 조특법 제12조의2에는 연구개발특구법에 따라 지정을 받은 첨단기술기업의 지정 유효기간이 만료된 경우에 법인세의 감면을 적용하지 않도록 하는 감면배제 규정이 없는바 법령에 근거 없이 5년의 감면기간을 축소하거나 박탈하는 것은 부당하다고 주장하나, 조특법 제12조의2에서는 연구개발특구법에 따라 2018.12.31.까지 지정을 받은 첨단기술기업은 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 법인세의 100%에 상당하는 세액을 감면하고 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있어, 첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019.9.6. 만료된 청구법인의 경우 2019사업연도 종료일 현재에는 조특법 제12조의2에서 규정한 감면요건을 충족하고 있지 아니하므로 2019사업연도에 대한 세액감면을 적용하지 않는 것이 타당한바 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 2019사업연도 전체 기간에 대하여 감면을 적용하는 것은 어렵다 하더라도 실제 첨단기술기업 지정 유효기간이 만료하기 전인 2019.9.9.까지 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 조특법 제12조의2 제1항에서는 첨단기술기업 등으로 지정을 받은 기업에 대하여 감면을 적용하는 것으로 규정하고 있는바 각 과세연도 말에 첨단기술기업에 해당하지 아니한 경우 해당 과세연도 전체에 대하여 감면을 배제하는 것으로 해석하는 것이 타당해 보이는 점, 조특법 제12조의2 제2항에서는 감면요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도와 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도라고 규정하여 과세연도 단위를 기준으로 하여 조세감면을 적용하도록 규정하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2018년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우 에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일 부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정된 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2018년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 2018년 12월 31일 이전에 창업한 창업중소기업으로서 대통령령으로 정하는 청년창업기업에 대해서는 해당 사업에서 발생한 소득에 대하여 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일 제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】① 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)에서 생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제9조 제1항에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제9조의3 제2항에 따라 2018년 12월 31일까지 등록한 연구소기업

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 일부개정된 것) 제11조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】① 법 제12조의2 제1항에서 “생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

1. 생명공학육성법제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)

2. 정보통신산업 진흥법제2조 제2호에 따른 정보통신산업

3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률제2조 제1항제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

4. 산업발전법제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업 (4) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “연구개발특구”(이하 “특구”라 한다)란 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따른 지역을 말한다.

3. “첨단기술기업”이란 특구에 입주한 기업 가운데 정보통신기술, 생명공학기술, 나노기술 등 기술 집약도가 높고 기술혁신 속도가 빠른 기술 분야의 제품을 생산·판매하는 기업으로서 제9조에 따라 지정을 받은 기업을 말한다. 제9조【첨단기술기업의 지정 등】① 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 첨단기술기업으로 지정할 수 있다.

1. 대통령령으로 정하는 기술분야의 국내외 특허권(특허법제100조에 따른 전용실시권을 포함한다)을 보유할 것

2. 제1호에 따른 특허권을 활용하여 제품을 생산·판매할 것

4. 연간 총매출액에서 연구개발비 및 제2호에 따른 생산·판매의 매출액이 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것

② 제1항에 따른 첨단기술기업의 지정절차와 그 밖에 첨단기술기업의 지정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제9조의2【첨단기술기업의 지정 취소】① 과학기술정보통신부장관은 첨단기술기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 지정을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 지정을 받은 경우

2. 제9조 제1항에 따른 지정요건을 갖추지 못하게 된 경우

3. 휴업·부도·폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업 활동을 하지 아니한 경우

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 첨단기술기업의 지정을 취소하려면 청문을 하여야 한다. (5) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령 제12조의3 【첨단기술기업의 지정요건】② 법 제9조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 기준을 말한다. 이 경우 제1호 및 제2호에 적용하는 연간 총매출액은 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 4분기의 매출액을 합한 것으로 하되, 기업 창업 후 2분기 이상이 지나고 1년이 지나지 아니한 기업에 대해서는 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 분기 매출액을 모두 합한 것으로 한다.

1. 연구개발비(조세특례제한법 시행령별표 6에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 및 같은 표에 따른 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설의 취득비용을 말한다. 이하 같다)가 연간 총매출액에서 차지하는 비율이 다음 각 목의 구분에 따른 비율 이상일 것. 다만, 연구·시험용 시설의 취득비용의 상한은 다음 각 목의 구분에 따른 비율의 60퍼센트로 한다. 제12조의4【첨단기술기업의 지정절차 등】① 법 제9조 제1항에 따라 첨단기술기업으로 지정받으려는 기업은 첨단기술기업 지정신청서에 법 제9조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추었음을 증명하는 서류를 첨부하여 과학기술정보통신부장관에게 제출하여야 한다.

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 첨단기술기업의 지정 신청을 받은 경우 해당 기업이 법 제9조 제1항 각 호의 모든 요건을 갖추었다고 인정될 때에는 첨단기술기업으로 지정하고, 첨단기술기업 지정서를 내주어야 한다.

③ 제2항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간은 첨단기술기업으로 지정받은 날부터 2년으로 한다. (6) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행규칙 제2조의3 【첨단기술기업의 재지정 신청】영 제12조의4 제3항에 따라 첨단기술기업 지정의 유효기간이 끝나는 기업으로서 다시 지정을 받으려는 기업은 영 제12조의4 제1항에 따라 다시 지정 신청을 하여야 한다. (7) 산업발전법 제5조 【첨단기술 및 첨단제품의 선정】① 산업통상자원부장관은 중·장기 산업발전전망에 따라 산업구조의 고도화를 촉진하기 위하여 첨단기술 및 첨단제품의 범위를 정하여 고시하여야 한다.