조세심판원 심판청구 법인세

대표이사 개인 명의로 등록된 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-부-5422 선고일 2021.12.14

대표이사가 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권의 실제 소유권이 청구법인에 있는 것으로 보아 쟁점특허권의 매입거래를 부인하고 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2008.10.1. OOO에서 파열판 등의 제조업을 영위하는 법인으로 대표이사인 AAA(이하 “대표이사”라 한다)으로부터 2019.3.18. ‘파열디스크 제조장치’와 ‘파열디스크 제조방법’에 관한 특허권 2건(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 매입하였다.
  • 나. 청구법인은 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하고, 쟁점특허권에 대한 감가상각비 OOO원을 손금산입하여 법인세 과세표준을 신고하였고, 대표이사에게 쟁점특허권에 대한 양도대금을 지급하면서 기타소득으로 원천세 OOO원을 원천징수하여 신고·납부하였다.
  • 다. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 법인세 신고와 쟁점특허권에 대한 자료를 검토한 결과, 쟁점특허권의 실질 소유자인 청구법인이 대표이사와의 거래를 가장하여 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2021.4.8. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하는 한편, 대표이사에게 쟁점금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.15. 이의신청을 거쳐 2021.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점특허권은 청구법인의 대표이사가 실제 발명하고 출원·등록한 것이 분명함에도 이를 청구법인 소유의 특허권으로 보아 법인세 등을 과세한 처분은 부당하다. (가) 쟁점특허권의 출원인이며 청구법인의 대표이사인 AAA은 청구법인을 설립하기 이전에 AAA㈜의 생산부 과장, BBB 대표, CCC의 파열디스크 사업부 팀장으로 근무하였고, 2000년 대형 생산시스템을 구축하여 기존 수입에 의존했던 초미압 파열디스크 등 각종 파열디스크 제품의 국산화를 성공시킨 장본인이다. (나) 또한 대표이사는 25년 가까운 기간 동안 파열디스크 기술 분야의 사업을 직접 영위하면서 습득한 기술지식과 해당 사업기간 중 확인된 고객의 요구를 고려하여 파열디스크의 제조시간을 절감시켜 생산성을 향상시킬 수 있도록 기술 개선아이디어를 고민하였고, 이러한 아이디어를 기반으로 2005년 이후 파열디스크와 관련된 총 8건의 지적재권권(특허권 등)을 획득한 바 있다. (다) 쟁점특허권은 기존의 파열디스크 성형장치에 홈 레이저 기술을 도입(성형장치와 홈 레이저 기술의 일체화)하여 Scored Type 파열디스크의 품질 안정화를 달성하고, 시간효율을 높임으로써 생산성을 높일 수 있음(작업시간의 혁신성)에 착안하여 2018년 초까지 아이디어의 적용 가능성에 대해 변리사 등 전문가와의 협의과정을 거쳐 특허출원을 진행하게 된 것이다. (라) 2018.7.24. 특허법인 DDD과 특허출원을 계약한 후 2018.7.27. 기술미팅 시 대표이사가 작성한 연구노트를 바탕으로 파열디스크 제품의 품질을 안정화시키고 제조시간을 절감시켜 생산성을 향상하기 위한 기술 아이디어를 특허법인 소속 변리사 및 종사 직원에게 설명하였으며, 담당 변리사는 미팅 시 접수된 설명을 바탕으로 선행기술 조사를 수행하여 특허성이 있다는 결론에 이르렀다. (마) 2018.7.27.부터 2018.9.17.까지 기술미팅시 제안된 파열디스크에 구성을 추가하는 아이디어를 바탕으로 담당 변리사가 특허출원 명세서 초안을 작성하였고, 대표이사가 최종적으로 확정한 후 2018.9.18. 특허출원서를 제출하였다. (바) 특허청은특허법제29조 제3항 및 제4항에 따라 2019.2.12.까지 출원된 자료를 대상으로 동일한 발명 존재여부를 검토한 후, 동일한 발명이 존재하지 않는 것으로 판단하여 2019.2.13. 특허결정서를 발급하였고, 2019.2.15. 등록수수료 등을 납부함과 동시에 최종적으로 특허로 등록되었다. (사) 쟁점특허권의 취득과 관련한 비용은 지적재산권 취득용역비 OOO원, 특허출원수수료 OOO원(OOO원 × 2건), 우선심사신청료 OOO원(OOO원 × 2건), 등록수수료 OOO원(OOO원 × 2건) 총 OOO원이 소요되었으며, 현금영수증 등으로 출원인인 대표이사의 개인비용으로 지출하였다. (아) 청구법인의 기술연구소에는 약 7~8명이 연구개발 업무를 담당하고 있었으나, 당시 정부의 R&D 사업(정부 지원금 OOO원)인 폭발화염소염 배기장치 개발업무, 청구법인의 새로운 사업분야인 전기자동차 배터리용 안전장치 초도양산품 안정화를 위한 EEE(현재의 EEE)의 개발의뢰 업무, 완성차 업체인 재규어와의 기술협력 등 정부관련 연구과제와 수많은 고객사의 연구개발 과제로 인해 기술연구소의 업무 부하가 매우 높은 시기여서 인적·물적으로 쟁점특허권의 개발에 기여 할 수 있는 여지는 전혀 없었다.

1. 청구법인 기술연구소의 2018년 사업계획서(목표추진보고서)를 보면 연초에 세운 목표치에 비해 달성치가 매우 낮는 추진항목이 많다는 것(전체적으로 약 53%의 진도비)을 보여주고 있으며, 이는 기술연구소의 신규 연구개발에 대한 인적·물적 여력이 없었다는 것을 보여주고 있다.

2. 더구나 처분청도 인정하는 바와 같이 청구법인은 쟁점특허권 개발과 관련하여 지불한 비용이 전혀 없었고, 청구법인 기술연구소의 개발항목이 대부분 개별제품 개발이 주된 것으로 쟁점특허권과 같이 제조공정 자체를 개선하는 특허와는 차이가 많으며 쟁점특허권과 관련된 연구과제는 없는 것을 알 수 있다.

3. 대표이사는 경영자의 관점과 생산의 효율화 관점에서 기술의 개선안에 대한 고민을 많이 하였고, 쟁점특허권은 기존 보유한 장치에 추가 구성요소를 도입함으로써 최소한의 비용으로 생산성을 향상시킬 수 있는 방안에 대한 고민의 결과이다. (자) 대표이사는 쟁점특허권 이외에 개인사업자에서 청구법인으로의 법인전환할 당시에도 회사의 이익창출을 위해 특허권에 대한 기술료 등 일체의 금전적인 거래 없이 특허기술 5건을 법인으로 이전하였고, 해당 특허기술 5건 전부는 현재까지도 청구법인의 제품 생산 전반에 걸쳐 필수적으로 적용되고 있으며, 2018년 개인적으로 출원한 이 사건의 쟁점특허권의 경우, 경영자를 떠나 한 개인으로서의 지속적인 연구 성과와 그 가치에 대한 정당한 보상 차원에서 쟁점특허권의 양도·양수 절차를 밟아 진행한 사항이다. (차) 따라서 위에서 보는 바와 같이 쟁점특허권은 출원인인 대표이사가 실제 발명하고 출원·등록한 것이 분명하므로 이를 청구법인이 발명한 특허권으로 보아 법인세를 과세하고 대표이사에게 상여로 소득금액변동통지를 한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 객관적인 근거 없이 청구법인이 자체적으로 발명하였을 것이라는 추정을 근거로 과세한 것이므로, 이는 조세법의 기본원칙인 근거과세원칙에 반하는 위법한 처분이다. (가) 처분청은 쟁점특허권의 개발과정에서 청구법인의 비용이 지출되지 않은 것은 당시 청구법인이 관련 제품을 사용하고 있었고 청구법인이 2016.11.7. 출원 신청한 유사 특허(레이저빔을 이용한 파열디스크의 제조방법)가 있는 등 제반 자료와 정보가 있었기 때문에 가능한 것이라는 의견이나, 아래와 같은 사실관계에서 나타나듯이 부당하다.

1. “레이저빔을 이용한 파열디스크의 제조방법”에 관한 특허는 쟁점특허권의 출원일보다 앞선 2016.11.7. 특허출원하였으나, 2018.2.27. 특허청으로부터특허법제62조 및 제63조에 따라 의견제출 통지를 받고 2018.4.25. 보정서 제출하였음에도 2018.9.7. “그 출원 전에 이 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 사람이 쉽게 발명할 수 있는 것”이라는 사유로특허법제29조 제2항 및 제62조에 따라 특허거절결정을 통보받았다.

2. 이후 2018.10.4. 특허거절결정에 대한 심판청구를 제기하였고, 2020.8.27. 심리종결일까지 매우 어려운 과정을 거쳐 2020.9.3. 최종적으로 특허거절결정에 대한 취소결정을 받아 2020.9.9. 특허결정서를 받았으며, 2020.9.23. 등록수수료 등을 납부함과 동시에 최종적으로 특허로 등록되었다. 이는 쟁점특허권의 등록일인 2019.2.15.보다 약 1년 7개월 이상 늦은 것이다.

3. 더구나 쟁점특허권의 특허결정서에 나타난 바와 같이 특허청이특허법제29조 제3항·제4항에 따라 처분청이 제시한 유사 특허(출원일 2016.11.29., 등록일 2020.9.23.)를 포함하여 쟁점특허권의 특허결정일인 2019.2.12.까지 출원된 자료를 대상으로 동일한 발명 존재여부를 검토한 후 동일한 발명이 존재하지 않는다고 판단하여 2019.2.15. 쟁점특허권을 최종등록한 점, 특허명세서 보완을 위한 의견서 제출요구도 없이 바로 등록된 점 등을 비추어 보면 기존에 출원된 유사 특허를 활용하여 쟁점특허권을 발명하였다는 처분청의 의견은 사실에 부합하지 않는다. (나) 또한 처분청은 대표이사가 제출한 연구노트가 쟁점특허권과 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지 확인하기 부족하다는 의견이나, 아래와 같은 사항으로 볼 때 처분청의 의견에 동의하기 어렵다.

1. 대표이사는 청구법인을 설립하기 전에 파열디스크 관련 분야에서 오랫동안 근무하였고 기존 수입에 의존하던 파열디스크의 국산화를 성공시킨 장본인으로서 쟁점특허권을 발명하기 이전에도 다수의 특허권을 획득한 이 분야의 전문가이다.

2. 쟁점특허권는 25년 가까운 기간 동안 파열디스크 기술 분야의 사업을 직접 운영하였고 위와 같은 기술적 지식을 보유한 대표이사가 파열디스크의 제조시간을 절감시켜 생산성을 향상시키기 위한 고민의 결과로 탄생한 것이다.

3. 대표이사가 직접 작성한 도면들(업무노트)을 보면, 쟁점특허권 발명 당시 대표이사가 혼자서 특허 공보에 게시된 도면과 거의 유사할 정도로 구체적인 도면을 그려냈다는 사실을 알 수 있다.

4. 즉 쟁점특허권은 대표이사가 본인의 아이디어를 스스로 도면으로 구현해낸 것이지 그 외에 외부의 시설이나 비용을 사용하여 개발한 것이 아니다. (다) 처분청은 쟁점특허권이 단순한 구상만으로는 개발이 불가능하고 기술의 실현가능성, 효율성을 검증하기 위해서는 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요된다는 의견이나, 이는 특허권 발명과 관련하여 수용되는 일반적인 사실과 다르다.

1. 이른바 실험의 과학이라고 하는 화학발명의 경우 예측가능성 또는 실현가능성이 현저히 부족하여 실험 데이터가 제시된 실험예가 있어야만 완성된 발명으로 보고 있으나(대법원 2001.11.30. 선고, 2001후65 판결 등 참조), 기계제작 기술이나 제조방법 등은 현재도 적용되는 고전기술도 많고 기술발전의 속도가 더딘 특성상 기술개선 아이디어 및 도면만으로도 특허출원이 가능한 분야로 발명을 하는 데 수년간의 연구, 실험, 검증이 필요하지는 않다.

2. 특허출원 업무를 담당했던 변리사의 사실의견서에 나타난 바와 같이 대부분의 중소기업의 특허는 아이디어 상에서 진행하는 건이 상당히 많다는 점에서 단순히 특허를 진행함에 있어서 실험 및 시제품 제작이 반드시 필요하다는 처분청의 의견은 일반적이지 않으며, 특히 이 사건 쟁점특허권과 같은 경우는 시제품의 제작 없이 진행할 수 있는 특허에 해당한다. (라) 따라서 처분청이 객관적인 근거 없이 쟁점특허권을 청구법인이 자체적으로 발명하였을 것이라는 추정을 근거로 과세한 것은 조세법의 기본원칙인 근거과세원칙에 반하는 위법한 처분이므로 청구법인에게 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(3) 처분청은 쟁점특허권이 청구법인의 대표이사 지위에서 청구법인을 위하여 연구 개발한 것으로 이는 대표이사 본연의 업무를 수행하는 차원에서 행한 것으로 대표이사 개인의 것이 아닌 청구법인의 특허권으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점특허권은 대표이사의 직무내용과는 무관하여 직무발명이라고 볼 수는 없으므로 쟁점특허권이 직무발명에 해당함을 전제로 한 일련의 과세처분은 위법하다(조심 2019중2524, 2020.9.25. 참조). (가) 청구법인은 2008.9.25. 설립되어 파열디스크의 제작 판매업을 주요사업으로 영위하고 있고, 쟁점특허권은 파열디스크의 제작분야에 관한 것으로 일응 업무관련성이 있다고 할 수 있는데, 대표이사는 대내적으로 회사의 업무를 집행하고 대외적으로 회사를 대표하는 권한을 가지고 있기는 하나, 다음과 같이 대표이사 직무는 경영 및 영업에 한정되어 있으므로 직무와 발명의 내용이 서로 관련성이 있다고 볼 수 없기 때문에 쟁점특허권은 전체적으로 업무발명에 해당할 수는 있다 하더라도 직무발명이라고 볼 수 없다. 1)발명진흥법제2조에서 규정하고 있는 직무발명 요건인 “직무해당성”은 직무내용으로 보아 객관적으로 발명이 기대될 정도로 “직무내용”이 “발명내용”과 밀접한 관련성이 있는 것을 의미한다. 2)특허법제33조는 종업원의 발명에 관하여 발명을 한 자연인에게 특허를 받을 수 있는 권리를 인정하는 발명자주의를 취하고 있고, 발명자주의 원칙에도 불구하고발명진흥법에서 직무발명제도를 도입한 취지는 종업원의 발명이 내용, 개발 경위에 있어서 직무와 객관적으로 밀접한 관계가 있는 경우에는 발명의 완성과정에 급여, 자금, 시설, 인프라 등의 사용자의 기여가 있을 것이 필연적이기 때문에 그 경우 사용자의 실시권을 보장하기 위함이다.

3. 위와 같은 이유로발명진흥법은 “발명을 하게 된 행위가 종업원의 현재 또는 과거의 직무에 속할 경우” 발명완성과정에서 사용자측의 공헌도를 일일이 따지지 않고 직무발명을 인정하고 있다.

4. 따라서, 직무발명의 직무해당성 요건은 단순히 종업원이 발명을 착안하는데 종사하던 직무가 도움을 주었다는 정도로는 부족하고, 직무내용만 보더라도 사용자의 기여로 발명이 완성되었다는 것이 예상될 정도로 직무가 발명내용과 밀접한 관련이 있어야 한다. (나) 대법원도 “직무해당성”의 의미를 종업원이 담당하는 직무내용과 책임 범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우(대법원 1991.12.27. 선고 91후1113 판결 참조)라고 판시하여 발명을 시도하여 완성하려고 노력하는 것이 사용자와의 관계에서 의무로 여겨지거나 기대되는 경우로 해석(이른바 예정설·기대설)하고 있다.

1. 예를 들어, 아래 <표1>과 같이 종업원의 직무내용 자체가 특정 연구 내지 발명인 경우거나 종업원이 사용자로부터 구체적인 지시를 받아 발명을 완성하는 경우(아래 ①·②유형)는 당연히 해당 종업원에게는 발명을 수행하는 것이 기대되는 경우라고 보아야 하고, 회계·총무·인사부서 등 경영부문의 종업원에게 발명이 기대되지 않는다고 보는 것(아래 ⑤유형)에도 이견이 없다.

2. 다수 선례에서도 기술담당이사, 연구담당임원의 직위에 있거나 기술개발을 위해 영입된 경우는(위 ①·②유형) 직무발명을 인정하였으나, 법인의 대표이사처럼 경영만 전담하는 이사의 경우(위 ⑤유형)에는 회사 업무와 유사한 범위의 발명을 하더라도 원칙적으로 직무발명을 인정하지 않고 있다.

3. 다만 ③·④유형의 경우는 구체적인 사안마다 직무해당성에 대한 판단이 달라질 수 있는데, ③·④ 유형에 대하여 법원은 다수 선례에서 종업원이 직무를 수행 중에 기술적 문제에 대한 아이디어를 얻을 수 있었다고 하더라도 “발명내용”과 “직무내용”이 구체적으로 일치하지 않는 경우에는 직무해당성을 부정하고 있다.

4. 즉 법원은 “발명이 예정되거나 기대되는 직무”란 직무 수행 과정에서 기술적 사항을 지득하게 되거나 기술이 가진 문제점을 인식하게 되는 정도로는 부족하고, 개발담당 임원, 연구담당 임원에 필적할 정도로 발명내용과 밀접한 관련이 있는 것으로 해석하고 있다. (다) 청구법인의 대표이사 직무는 경영 총괄 및 제조물량 수주 등 “영업”에 한정되어 있어 객관적으로 보아 발명이 기대될 정도로 “발명내용”과 밀접한 관련성이 없다.

1. 청구법인의 대표이사는 영업(제조물량 수주), 생산 관리, 회계 및 재무, 인사 등 한 기업의 경영만을 전담하고 있으며(위 ⑤유형), 연구개발을 전담·총괄하는 임원(AAA 공장장 겸 부사장)을 별도로 두고 있으므로, 청구법인의 대표이사가 경영전담 임원인 이상, 회사가 수행하는 제품 제조업무와 관련된 쟁점특허권를 발명하였더라도 원칙적으로 해당 발명을 직무발명이라고 볼 수 없다.

2. 위와 같이 대표이사의 직무인 영업활동의 내용은 발명의 내용과 직·간접적인 연관성이 없으므로 대표이사의 쟁점특허권은 대표이사의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명이라고 볼 수 없다. (라) 따라서, 처분청의 이 건 처분은 처분의 기초사실이 된 직무발명 여부(대표이사 본연의 업무를 수행하는 차원에서 행한 것)에 대한 객관적인 근거 또는 구체적인 자료 없이 포괄적으로 대표이사가 직무발명을 한 것을 전제로 쟁점특허권의 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 법인세 등을 과세한 것은 위법한 처분이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점특허권의 출원인인 대표이사는 청구법인에 고용된 지위에 있는 자로 본연의 업무를 수행한 것이다. (가) 쟁점특허권은 청구법인이 기존에 판매 중인 제작 방법 및 제품을 개선하는 과정에서 청구법인의 인적, 물적 자원을 활용하여 개발한 것으로, 대표이사 등이 아이디어를 내는 등의 일부 기여를 하였다 하더라도, 이러한 활동은 청구법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 하므로 그 결과물은 당연히 청구법인에 귀속되어야 하는 것이다. (나) 대표이사는 경영자의 관점과 생산의 효율화 관점에서 기술의 개선에 대한 고민을 많이 하였고, 쟁점특허권은 기존에 보유한 장치에 추가 구성요소를 도입함으로써 최소한의 비용으로 생산성을 향상시킬 수 있는 방안에 대한 고민의 결과라고 발명 이유를 밝히고 있어 생산관리 차원에서 쟁점특허권을 개발한 것으로 볼 수 있다. (다) 또한법인세법제67조에 따르면, 법인의 익금이 사외에 유출된 경우 그 귀속자에 따라, 상여, 배당, 기타사외유출, 기타로 처분하고, 그 귀속자가 종업원(대표자 포함)인 경우 상여로 처분하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 사업내용과 관련하여 청구법인의 종사자가 아이디어를 내는 등 기술개발, 매출증대 등에 기여를 한 부분이 있다면 기여한 부분에 대해서는 상여로 처분되는 것이 세법상으로 타당하다.

(2) 쟁점특허권이 개인 명의로 등록되었다는 이유로 그 실질적인 귀속자가 개인이라고 단정할 수 없다. (가) 거래의 실질을 판단하는 기준은 형식상의 기록이나 명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단해야 할 것으로 특허청은 특허의 출원인이 진정한 발명자인지에 대한 심사를 하지 않고(OOO지방법원 2011.7.22. 선고 2011노302 판결), 출원 신청한 발명은 선행 특허와 중복되지 않는 한 어렵지 않게 등록결정을 받을 수 있는 점에서 출원인이 대표이사라는 사실만으로 발명의 권리가 전적으로 출원자인 대표이사에게 귀속된다고 볼 수 없다. (나) 즉특허법상에서 특허를 등록하는 것은 기술의 이용가능성과 기존 기술에 비한 진보성, 선행 특허와의 차별성 등을 판단하는 것인데 반해 세법에서 말하는 실질은 거래 당시의 정황, 관계, 사회통념, 구체적인 증빙 등을 고려하여 종합적으로 판단하는 것으로써 단지 개인 명의로 특허가 등록되었다는 사실만으로는 실질적인 귀속자가 개인임을 단정할 수 없다고 할 것이다. (3) 별도의 테스트나 시제품이 필요 없으며, 이에 따라 비용의 지출이 없다는 주장에 대하여, (가) 특허는 발명자에게 주어지는 것으로 발명자에 해당하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금, 설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원, 위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시, 부가, 보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언, 지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실제적으로 기여하기에 이르러야 하는 것이나, 청구법인은 연구관련 메모 5매와 변리사 미팅 메모 2매 외에 제시하고 있는 것이 없다. (나) 변리사 미팅 메모는 쟁점특허권의 출원을 위한 과정이므로 연구개발 과정에서 작성되었다고 볼 수 없고, 이에 실제 연구개발을 하였음을 확인할 수 있는 자료는 연구관련 메모 5매이다.

1. 연구메모 5매의 내용을 살펴보면, 쟁점특허권은 2건이나 연구 내용이 구분되어 있지 않고, 5매 중 3매에서는 문제점 분석과 해결방안에 대한 검토 내용으로 실제 어떻게, 어떤 방법으로 연구개발 활동을 하였는지에 대한 내용은 확인되지 않는다.

2. 특별한 연구활동에 대한 내용이 없이 레이저 시험 타각 결과가 양호한 것으로 기재되어 있는데, 이를 통해 실제 실험이 있었음을 알 수 있고, 실험을 하였다면 소요된 비용이 발생하였을 것이나 대표이사는 이에 대한 증빙을 제출하지 못하였다.

3. 이는 청구법인의 물적, 인적 자원을 이용하여 실험을 한 것으로 소요된 비용이 발생하지 않았기 때문이다. (다) 또한 쟁점특허권의 개발과정에서 비용이 발생하지 않은 점은 청구법인이 관련 제품을 생산하고 있음에 따라 쟁점특허권의 아이디어를 구체화 하는데 필요한 제반 자료와 정보가 있었고, 배경지식이 되는 아래 <표2>의 유사특허가 있었기 때문이다. 청구법인은 배경지식으로 사용된 유사특허인 ‘레이저빔을 이용한 파열디스크의 제조방법’의 출원일은 2016.11.29.이나, 최종 특허등록일이 2020.9.15.인 점을 들어 처분청의 주장이 부당하다고 하였으나, 보통 특허에 대한 출원은 그 기술이 사용이 가능하여 완성단계에 이르러서 하는 것으로 출원 시점에 해당 기술의 개발이 완료된 것으로 볼 수 있고, 출원일 이후 2년의 시간이 경과함에 따라 기술의 보완이 더욱 이루어졌을 것이므로 쟁점특허권의 개발에 유사특허가 활용된 것으로 봄이 타당하다. (4) 근거과세원칙에 반하는 위법한 처분이라는 주장에 대하여, (가) 쟁점특허권의 개발은 출원인인 대표이사가 청구법인에 고용된 지위에 있는 자로 대표이사 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 하므로, 그 결과물은 당연히 청구법인에 귀속되어야 하는 것이고, 이에 따라 자가 창설한 무형자산에 대하여서는 실제 지출된 비용이 그 취득원가이므로, 청구법인에서 인식한 쟁점금액은 임의평가증에 해당하므로 이에 대하여 부인을 한 것이다. (나) 신고내용확인의 업무 특성상 입증이 제한적일 수밖에 없으며, 대법원 판례(대법원 2008.5.29. 선고 2006두13831 판결)에서도 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 납세자가 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정에 대해 입증책임이 있다고 판시한 바와 같이 입증책임이 전환되었다고 볼 수 있다.

(5) 쟁점특허권의 출원비용을 개인이 부담하였으므로 개인에 귀속하여야 한다는 주장에 대하여 (가) 청구법인은 쟁점특허권의 등록까지의 비용을 개인이 부담하였으므로, 쟁점특허권이 개인의 소유라고 주장하나, 상대적으로 고액인 기술평가 비용은 청구법인이 부담하고, 매입세액 공제까지 받았다. (나) 청구법인의 주장과 같이 쟁점특허권이 OOO원 상당의 가치가 있고, 해당 무형자산을 청구법인이 그 가격에 사야 된다고 주장해야 되는 특수관계가 없는 제3자간의 거래인 상황이라면, 해당가치(가격)를 주장하는 개인이 감정비용을 지급하여야 할 것으로 보이나, 오히려 양수하는 청구법인이 감정가격을 지급하고 양수한 것으로 볼 때, 특허출원과 관련한 비용을 개인이 부담하였다고 하여 개인의 특허라고 보기에는 상당한 어려움이 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 대표이사 개인 명의로 등록된 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다.

3. “실시”란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.

  • 가. 물건의 발명인 경우: 그 물건을 생산·사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위
  • 나. 방법의 발명인 경우: 그 방법을 사용하는 행위
  • 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우: 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용·양도·대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다. 제37조(특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등) ① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다.

② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다.

③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다. 제42조(특허출원) ① 특허를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 특허출원서를 특허청장에게 제출하여야 한다.

1. 특허출원인의 성명 및 주소(법인인 경우에는 그 명칭 및 영업소의 소재지)

2. 특허출원인의 대리인이 있는 경우에는 그 대리인의 성명 및 주소나 영업소의 소재지[대리인이 특허법인·특허법인(유한)인 경우에는 그 명칭, 사무소의 소재지 및 지정된 변리사의 성명]

4. 발명자의 성명 및 주소

② 제1항에 따른 특허출원서에는 발명의 설명·청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부하여야 한다.

(4) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란특허법·실용신안법또는디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이중소기업기본법제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정

② 제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만,고등교육법제3조에 따른 국·공립학교(이하 “국·공립학교”라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 “전담조직”이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국·공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다.

③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다. 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산시스템에 따르면 청구법인은 파열판 등의 제조업을 영위하는 법인으로 대표이사는 BBB이며, 2017∼2019사업연도 중 청구법인의 주주 내역은 아래 <표3>과 같다.

(2) 특허정보검색서비스(www.kipris.or.kr)를 통해 확인되는 대표이사와 청구법인이 출원한 특허권 및 등록사항과 쟁점특허권의 상세내역은 아래 <표4·5·6>과 같다.

(3) 쟁점특허권에 대한 가치평가는 2019.3.18. 특허법인 BBB에서 이루어졌으며, 쟁점특허권의 평가관련 서류를 보면 특허법인은 수익접근법(로얄티공제법)으로 평가대상 기술의 현재가치에 IP유효성을 곱하여 이루어진바, 쟁점특허권의 현재가치인 OOO원에 IP유효성인 85%를 곱하여 쟁점특허권의 가치(기준시점 2019년 3월)를 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인의 회계처리내역 등에 의하면 쟁점특허권의 등록 및 양도와 관련한 흐름은 아래 <표7>과 같고, 청구법인은 쟁점특허권을 OOO원에 취득하여 아래 <표8>과 같이 기타소득으로 원천세 OOO원을 원천징수·납부하였으며, 대표이사의 가지급금과 상계처리한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 대표이사가 쟁점특허권을 청구법인과 무관하게 연구·발명하고 특허출원하여 취득한 것으로서 대표이사 개인소유의 재산권이라고 주장하며, 다음의 증빙자료를 제출하였다. (가) 대표이사는 파열판의 국산화를 성공시킨 인물로 대표이사의 주요경력과 쟁점특허권의 출원 경위, 쟁점특허권과 기존 출원된 특허와의 차이점, 쟁점특허권의 개발과 관련한 연구노트 사본은 아래 <표9·10·11·12>와 같다. (나) 쟁점특허권의 등록을 대리한 변리사는 아래 <표13>과 같이 쟁점특허권의 발명자는 대표이사로, 대표이사로부터 자료를 전달받고, 협의하여 특허출원을 하였다고 확인하였으며, 아래 <표14>의 쟁점특허권과 관련하여 특허법인 담당자와 대표이사가 의견을 공유하며 검토한 업무노트(미팅일지)와 도면작업 화면 등을 제출하였다.

(6) 처분청은 청구법인이 대표이사가 발명하지 아니한 쟁점특허권을 대표이사 명의로 등록한 후, 청구법인에게 권리이전을 하는 형식을 빌려 청구법인 자산을 부당하게 유출한 것이라는 의견이다. (가) 청구법인의 조직 및 인력현황과 기업부설연구소 연구개발인력 등록현황은 아래 <표15·16>과 같다. (나) 쟁점특허권의 평가와 컨설팅 수수료 지급과 관련하여 청구법인이 2019.2.15. 특허법인 BBB으로부터 세금계산서(공급가액 OOO원)를 수취한 것으로 나타난다. (7) 청구법인의 대표이사는 2018.7.24. 특허법인 BBB과 지식재산권 획득에 관한 계약서를 체결하고, 2018.8.16. 수수료 OOO원을 지급한 것으로 나타나고, 대표이사의 사업내역은 아래 <표17>과 같다. (8) 청구법인 기업부설연구소의 2018년 사업계획서(목표추진보고서)에 기재된 목표 및 추진계획 등을 보면 개별제품 개발이 주된 것으로 보이며, 쟁점특허권과 관련된 연구과제는 없는 것으로 나타난다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권의 소유권이 대표이사에게 있으므로, 처분청이 쟁점특허권의 실질적인 소유권자를 청구법인으로 보아 쟁점특허권의 취득거래를 부인한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인내 기업부설연구소를 설립·운영하면서 청구법인 명의로 계속하여 특허 출원 및 등록을 하던 중 쟁점특허권을 대표이사 명의로 등록한 점, 쟁점특허권의 개발에 다양한 실험이 필요하고 상당한 설비 및 비용 등이 소요될 것으로 보임에도 대표이사가 쟁점특허권의 개발과 관련한 지출증빙 등을 제시하지 못하는 점, 대표이사가 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권의 실제 소유권이 청구법인에 있는 것으로 보아 쟁점특허권의 매입거래를 부인하고 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)