[요지] (쟁점①) 쟁점매매계약서 상 취득가액을 배제하고 환산취득가액(쟁점①․②토지)을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 (쟁점②) 쟁점도급계약서상 공급가액을 실지거래가액(취득가액)으로 본 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 없다고 판단됨 (쟁점③) 청구인이 임차인에게 지급한 원을 필요경비(명도비용)로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 철거비용 원을 이 건 부동산 양도소득세 산정 시 필요경비에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2020.12.1. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 건물철거비용 OOO원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) EEE의 양도소득세 신고서에 첨부된 취득 당시 매매계약서 가운데 AAA과의 매매계약서(쟁점매매계약서)를 청구인의 쟁점①토지의 취득 당시 매매계약서로 볼 수 없다. EEE의 양도소득세 신고서에 첨부된 쟁점매매계약서를 살펴보면, 먼저 계약당사자가 매도인 AAA, 매수인 ㈜AAA로 되어 있고, 계약일은 2003.1.6., 잔금일이 ‘판결문 접수 시’라 기재되어 있는바, 이는 AAA로부터 소유권을 이전한 날인 2005.10.12.보다 2년 정도 이전에 작성된 것으로서 거래당사자인 매수인도 3명(EEE, 청구인, GGG)이 아님을 알 수 있다. 청구인이 BBB으로부터 같은 일자에 취득한 쟁점②토지와 비교해보면 아래 ＜표3＞과 같이 1㎡당 금액에 많은 차이가 있다. EEE의 양도소득세 신고서에 첨부된 취득 당시의 매매계약서 가운데 BBB과의 매매계약서상 매매금액은 실지거래가액으로 볼 수 없다. ＜표3＞ 1㎡당 금액 비교표 (단위:㎡, 천원) OOO 청구인이 2006.12.5. CCC 외 1인으로부터 취득한 ‘쟁점부동산’내의 토지면적(75.05㎡) 및 단위당 금액(1㎡당)과 위에서 언급한 AAA, BBB과의 거래내용을 비교해보면, 처분청이 실지거래가액으로 보는 금액은 같은 일자(2005.10.12.) 내지 다음연도(2006.12.5.)에 취득한 ‘쟁점부동산’ 내의 토지임에도 불구하고 그 금액에 현격한 차이가 있어 이는 객관적·합리적인 실지거래가액으로 보기 어렵다.
(2) 청구인이 쟁점건물을 취득(신축)하고 취득세를 신고할 당시 첨부된 ‘건설공사표준도급계약서’(쟁점도급계약서)상 공급가액은 실지거래가액으로 볼 수 없다. 취득세 신고 시 첨부된 도급금액을 평당 신축비로 환산한 금액과 국토교통부에서 고시하는 표준건축비를 비교하면 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 평당 건축비 비교표 OOO OOO HHH가 작성한 계약서와 견적서는 단순히 취득세 신고를 위하여 관행상 첨부한 신고서로 인테리어 부분만을 시공한 HHH가 이를 형식상 작성한 것에 불과하므로 취득세 신고 시 첨부한 계약서는 전체 건축공사비의 일부에 불과하다. 위 도급계약서상 공급가액 OOO원과 건물 준공 시 납부한 취득세에 대한 지방세과세표준액 OOO원을 비교해 보면 약 2배 가량 차이가 나고 청구인이 제출한 도급계약서가 있음에도 불구하고 해당 구청에서는 ‘지방세과세표준액’을 취득세의 과세표준으로 산정한 것을 보면 일반적으로 ‘지방세과세표준액’이 ‘최소한의 건축비’라는 의미이다.
(3) 설령 쟁점건물에 대한 취득세 신고 시 첨부된 ‘건설공사표준도급계약서’(쟁점도급계약서)상 공급가액을 실지거래가액으로 본다면, 철거비용과 명도비는 필요경비로 인정하여야 한다. 쟁점건물의 연면적은 349.56㎡(약106평)으로서 청구인은 이를 신축하기 위하여 기존에 있던 건물인 주택 2층 1개동과 상가 5층 1개동을 철거하였고 이 과정에서 철거비용으로 OOO원을 지급하였다. 처분청은 이러한 철거비용 가운데 수표로 지급한 OOO원은 철거비용으로 인정하였으나 현금지급분(OOO원)은 철거비용으로 인정하지 않았으나, 철거업자인 III의 공사대금 수령확인서와 견적서에 그 내용이 구체적으로 확인되므로 공사대금을 현금으로 주었다는 사실만으로 이를 부인하는 것은 받아들이기 어렵다. 또한, 청구인은 쟁점부동산을 양도하면서 ‘OOO 세입자 JJJ’를 퇴거시키기 위해 명도비용으로 OOO원을 지급하고 세입자를 퇴거시켰으나, 이에 대한 금융증빙을 찾을 수 없어 청구인은 처분청에서 JJJ를 참고인으로 조사해 줄 것을 요청하였으나 이루어지지는 않았다. 그러나, 청구인은 이후에 명도비용(OOO원)에 대한 금융증빙(거래내역확인증)을 찾았기에 이를 추가로 제출하는바, 이러한 명도 비용은 양도소득의 필요경비에 해당한다.
(1) 청구인은 쟁점매매계약서 상 계약당사자가 매도인 AAA, 매수인 ㈜AAA로 되어 있고, 계약일이 2003.1.6., 잔금일이 ‘판결문 접수 시’라고 기재되어 있는바, 이는 청구인이 AAA로부터 쟁점①토지의 소유권을 이전한 날(2005.10.12.) 보다 2년 정도 이전에 작성된 것으로서 거래당사자인 매수인도 3명(EEE, 청구인, GGG)이 아니고, 동일자 BBB으로부터 취득한 쟁점②토지 면적과 비교할 때 아래 ＜표5＞와 같이 토지 면적당 취득가액의 현격한 차이로 객관적이고 합리적인 실지거래가액으로 보기 힘들다고 주장한다. ＜표5＞ 쟁점토지의 금액 비교표(㎡당) (단위: ㎡, 천원) OOO AAA과의 매매계약서를 살펴보면 매수인이 “㈜AAA 대표이사 KKK”으로 기재되어 있으나 이는 청구인이 공동지분권자를 대신하여 주도적으로 매매계약을 체결하였기 때문이고, EEE이 매도인을 대신하여 청구인에게 매매대금 OOO 원을 지급하였다고 진술한 점으로 보아 실제 매매계약서로 판단함이 타당하다. EEE은 지인의 소개로 청구인을 소개받아 쟁점부동산을 빌라를 신축할 목적으로 2005.10.12. 취득하면서 매도인에게 지급할 매매대금 OOO 원을 거래를 주도한 공동취득자인 청구인에게 지급하고 청구인이 매도인에게 지급하였으며, 법무사에게 계약서 작성을 위임하였으며 사정상 등기가 당초보다 지연되었다고 진술하였다. 쟁점부동산을 중개한 LLL(OOO공인중개사 소장)은 당초 매매계약은 2003년 체결되었으나 토지 지분분할이 원활하게 이루어지지 않아 2005년 지분별 필지분할 후 계약사항을 완료하였고, AAA의 건물은 지하철 2호선으로부터 노폭 25m 지상도로와 바로 인접한 4층짜리 병원건물(본인이 운영)이고 BBB과 CCC 외 1인의 주택은 3m 노폭의 진출입 골목에 접한 주택(가정집)이라서 실제 가격의 현저한 차이가 있다고 진술하였다. 처분청은 AAA로부터 쟁점①토지와 관련하여 2005.10.12. 작성된 부동산 매매계약서에 대해 그 사실관계를 확인하려 하였으나 AAA이 2009년 사망함에 따라 확인이 불가능하였고, AAA에 대하여 금융계좌 거래내역과 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서를 대사하여 검토한 바, 매매계약서 상 지급기일 및 소유권이전등기일과 연결되어 입금된 것으로 보이는 내역을 발견할 수 없었으며 수령한 매매대금을 본인 계좌에 입금하지 않은 것으로 확인되었다. 쟁점부동산 매매와 관련하여 EEE과 LLL의 진술에서 보듯이 AAA과의 매매계약서를 청구인의 취득 시 매매계약서로 볼 수 없다는 청구주장은 설득력이 없고, 청구인이 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 한 쟁점매매계약서를 부인할 수 없다. EEE의 양도소득세신고서에 첨부된 취득 시 매매계약서 중 BBB과의 매매계약서를 청구인의 취득 시 매매계약서로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점②토지 관련 쟁점매매계약서에 대하여 사실관계를 확인하기 위해 질문서를 주소지에 발송하였으나 반송되어 유선으로 연락이 되었으나 질의서 수령을 거부하는 의사를 표하며 일방 적으로 전화를 끊는 등 협조가 이루어지지 않았다. 이에 따라 처분청은 BBB의 OOO 예금계좌(OOO)를 조회한바, 매매계약일과 소유권이전등기일 사이에 아래 ＜표6＞과 같이 입금거래내역이 확인되었다. ＜표6＞ BBB에 대한 입금거래 내역 (단위: 천원) OOO 위 ＜표6＞의 금융계좌 입금내역과 양도소득세 신고 시 제출한 BBB과의 매매계약서를 비교하여 보면, 매매계약일인 2003.1.20. 입금된 OOO원은 계약금으로, 2003.3.25. 및 2003.5.14. 입금된 OOO원은 중도금으로, 소유권이전등기일(2005.10.12.)에 입금된 OOO원은 잔금으로 각각 판단되고, BBB의 이자․배당소득자료를 조회한 결과 2003년부터 2005년까지 OOO 예금계좌(OOO) 한 개만을 사용하였고, BBB에 대한 금융조회 검토내용과 같이 계약일(2003.1.20.)부터 소유권이전등기일(2005.10.12.)까지 매도대금으로 입금된 것으로 보이는 금액이 OOO원으로 나타나는바, EEE이 양도소득세 신고 시 제출한 쟁점매매계약서 상 매매대금(OOO원)과 유사한 것으로 보아 이는 쟁점②토지에 대한 매매대금으로 판단되므로 쟁점매매계약서를 청구인의 취득 시 계약서로 볼 수 없다는 청구주장은 설득력이 없고, 청구인이 객관적이고 구체적인 자료를 제시하지 못하는 한 쟁점매매계약서를 부인하기 어렵다.
(2) 청구인의 쟁점부동산 상의 신축건물에 대한 취득세 신고 시 첨부된 ‘건설공사표준도급계약서’상 공급가액은 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장하면서 철거비용과 명도비용을 필요경비로 인정하여 달라고 청구하였다. 청구인은 아래 ＜표7＞과 같이 평당 건축비 비교표를 제시하며 위 도급계약서상 공급가액 OOO원과 건물 준공 시 납부한 취득세에 대한 지방세 과세표준액 OOO원을 비교해 보면 약 2배 가량 차이가 나고, 청구인이 제출한 도급계약서가 있음에도 불구하고 해당구청에서는 ‘지방세과세표준액’을 취득세 과세표준으로 잡은 것을 보면 일반적으로 ‘지방세과세표준액’이 최소한의 건축비라고 주장한다. ＜표7＞ 평당 건축비 비교표 OOO 청구인과 GGG이 쟁점건물 취득세를 신고하면서 제출한 공사·설계·감리계약서 및 전기·수도요금 영수증을 볼 때, 그 내용이 구체적이고 건축물대장·임차인 신고내용 등과 정확히 일치하고 있어 실지 공사비용으로 판단된다. 임차인이 부담한 설계·감리비를 제외한 실 공사금액이 아래 ＜표8＞과 같이 OOO원으로 나타나므로 처분청은 이를 쟁점건물의 취득가액으로 결정하였다. ＜표8＞ 쟁점건물 공사비용 (단위: 천원) OOO 청구인이 취득세 신고할 당시 제출한 HHH와 공사계약을 인테리어 공사라고 주장하나, 인테리어 공사의 경우 임차인 JJJ가 직접 부담하여 공사하고 세금계산서 수취한 것으로 파악되고, 청구인이 금융증빙을 제시하지 못하였으므로 청구주장은 수긍하기 어렵다. 청구인은 쟁점건물의 건축(신축)공사와 관련하여 객관적이고 구체적인 지출자료나 금융거래 등 증빙자료를 제시하지 않은 점 등에 비추어 검인계약서인 쟁점도급계약서 상의 공사금액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.
(3) 청구인은 쟁점건물의 연면적은 349,56㎡로 이를 신축하기 위하여 기존에 있던 건물인 주택 2층 1개동과 상가 5층 1개동을 철거하였고, 이 과정에서 철거비용 OOO 원을 지급하였는바, 처분청은 이 가운데 이의신청결정시 금융거래내역으로 입증된 금액(OOO 원)은 양도소득의 필요경비로 산입하여 경정감결정하였으나, 청구인은 나머지 금액(OOO 원)에 대해서도 필요경비로 산입하여야 한다고 주장하나, 이는 현금지급분으로서 관련 금융거래 등 객관적인 증빙을 제출하지 않았으므로 받아들이기 어렵다. 청구인은 양도시점에 ‘OOO 세입자 JJJ’를 퇴거시키면서 명도비용으로 OOO 원의 퇴거비용이 지출하였고, 청구인은 명도비용 OOO 원에 대한 증빙서류로 거래내역확인증을 제출하며 명도비용을 필요경비로 인정해 줄 것을 요청하였으나, 이러한 거래내역확인증은 청구인이 2017.2.17. JJJ에게 계좌이체한 것으로서 청구인이 세입자인 OOO JJJ에게 명도비의 명목으로 지급하였다고 주장하며 심판청구를 제기하면서 추가로 제출하였다. OOO의 임대인인 청구인이 운영하는 OOO는 2012.6.10. 개업하여 2017.2.1. 폐업한 것으로 확인되며 부가가치세 신고(임대차 현황신고)는 2016년 제2기 과세기간으로 종료된 것으로 나타난다. OOO는 2012.6.1. 개업하여 2018.3.15. 폐업한 것으로 확인되며 부가가치세 신고도 2018년 제1기 과세기간으로 종료된 것으로 나타난다. ＜표9＞ OOO 수입금액 현황 (단위: 백만 원) OOO 국세청통합정보시스템 상 OOO(JJJ)의 사업자기본사항을 조회하면 OOO와의 임대차계약은 2012.2.22.∼2018.4.30, 전세보증금 OOO 원, 월임차료 OOO 원으로 확인되고, OOO는 쟁점부동산 소재지인 사업장에서 임대차 종료기한까지 사업한 것으로 나타나므로 청구인이 별도의 명도비용을 지급할 특별한 사유가 없다고 판단되는바, 명도비용이라는 주장은 신뢰하기 어렵다.
3. 심리 및 판단
① EEE의 양도소득세에 첨부된 쟁점매매계약서 상의 취득가액을 근거로 쟁점①․②토지의 취득가액을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
② 쟁점건물에 대한 취득세 신고 시 첨부된 건설공사 표준도급계약서(쟁점도급계약서) 상 공급가액이 실거래가액에 해당하는지 여부
③ 현금지급 철거비용(OOO 원) 및 명도비용(OOO 원)이 양도소득의 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자 산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.(중략)
⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우
2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.(중략)
④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. (중략)
⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.
(2) 소득세법 시행령 제163조【양도소득의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.
2. 거주자가 부동산 취득 시 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 “실제거래가격”이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 “감정평가업자”라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (중략)
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.(중략)
(3) 소득세법 시행규칙 제79조【양도소득의 필요경비 계산 등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. 하천법ㆍ댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용
2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용
3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비
4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액
5. 사방사업에 소요된 비용
6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용
(1) 청구인이 쟁점①·②토지 및 쟁점건물을 양도하면서 환산취득가액을 산정하여 양도소득세를 신고한 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구인이 제출한 증빙 및 처분청의 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청의 양도소득세 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (나) 쟁점매매계약서를 살펴보면 쟁점①토지 관련 매매계약서상 매도인은 AAA, 매수인은 ㈜AAA 대표이사 KKK(청구인), 매매대금 OOO 원(OOO), 계약일은 2003.3.16., 잔금일은 ‘판결문 접수 시’로, 쟁점②토지 관련 매매계약서상 매도인은 BBB, 매수인은 EEE, KKK(청구인), GGG, 매매대금 OOO 원(OOO), 계약일 2003.1.20., 잔금일 ‘2005.10.6.’로 각각 기재되어 있다. (다) 청구인이 쟁점건물을 신축할 당시에 철거업자 III에게 기존건물의 철거비용 OOO 원을 지급한 것에 대한 증빙은 아래와 같고, 청구인은 OOO 예금계좌에서 2005.11.1. OOO 원, 2005.12.9. OOO 원을 대체출금하였다. OOO (라) 처분청이 제출한 공인중개사무소 소장 LLL의 진술서(2020년 9월)의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (마) 청구인이 제출한 거래내역확인증(OOO 발급, 취급자 MMM)에 따르면, 청구인은 2017.2.17. JJJ(OOO)에게 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. (바) 쟁점도급계약서(검인계약서)의 주요내용은 아래와 같다. OOO (사) 쟁점건물에 대한 취득세 신고내역은 아래와 같다. OOO (아) OOO III가 2020.12.3. 작성한 사실확인서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (자) EEE의 사실확인서(2020.10.5.)의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점매매계약서 상 취득가액은 실지거래가액으로 보기 어려우므로 쟁점①․②토지에 대한 양도소득세 산정 시 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 과세처분취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합하는 것(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임)이고, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없는 것(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임)인바, 조사종결보고서에 따르면 EEE이 쟁점③토지의 양도에 대한 양도소득세를 신고하면서 쟁점매매계약서를 첨부․제출하였고, 쟁점매매계약서 내용을 살펴보면 쟁점①․②토지의 양도거래 주요내용(매매대금, 거래당사자, 계약일 및 계약금, 잔금일 및 잔금) 등이 모두 기재되어 있고, 쟁점①토지의 경우 실소유주와 매매계약상 현황이 일치하지 않으나 사실확인서를 통해 공동투자에 대한 정황(사실관계)이 나타나는 점, 청구인은 쟁점①․②토지에 대하여 매매계약서나 매매대금과 관련한 예금계좌 거래내역을 제출하지 않았으나, 쟁점②토지의 양도거래와 관련하여 처분청이 매도인 BBB의 금융거래내역을 조회한 결과 계약일부터 소유권이전등기일까지의 입금액이 OOO원으로 확인되는 등 쟁점매매계약서상 쟁점②토지 매매대금(OOO원)과 거의 유사한 점 등에 비추어 쟁점매매계약서 상 취득가액을 배제하고 환산취득가액(쟁점①․②토지)을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 취득세 신고 시 첨부한 쟁점도급계약서 상 공급가액은 국토교통부에서 고시한 표준건축비에도 미치지 못하므로 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인이 처분청의 조사 당시 제시한 쟁점건물의 건설공사 도급계약서(공급대가 OOO원)는 일반적인 도급계약서 양식이 아니고 시공자인 NNN의 인적사항이 없으며, 관련 예금계좌 거래내역 등 금융증빙이 제출되지 아니한 점, 처분청이 과세근거로 제시한 쟁점도급계약서는 청구인이 취득세 신고과정에서 건축공사와 관련된 전기․수도요금을 포함하여 제출한 검인계약서로서 표준건축비보다 낮다고 하여 청구인이 이를 부인할만한 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 실제 건축공사비로 인정할 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점도급계약서상 공급가액을 실지거래가액(취득가액)으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(5) 끝으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 건물에 대한 철거비용(OOO 원) 및 세입자(OOO JJJ)에게 지급한 명도비용(OOO 원)을 필요경비에 해당한다고 주장하나, 이 건 명도비용 OOO 원은 임차인 OOO JJJ의 임대차보증금과 동일하여 임대차보증금의 반환과 구분되지 않는 점, 청구인이 임차인 JJJ에게 거액의 명도비용을 지급하면서 임차인과 별도 약정서나 확약서를 작성하지 아니한 상태에서 단지 제출된 금융증빙만 가지고 그 용도(명도비용)가 입증되었다고 보기 어려운 점, 처분청의 사업자기본사항 조회내용에 따르면 임차인 JJJ의 임대차계약기간은 2012.2.22.∼2018.4.30.이고, 2018.3.15. 폐업하는 등 JJJ는 거의 당초 약정된 임대차 종료기간까지 사업을 영위한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 임차인에게 지급한 OOO 원을 이 건 양도소득세 산정 시 필요경비(명도비용)로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다만, 철거비용(OOO 원) 가운데 일부 금액(OOO 원)에 대해서는 청구인이 비록 그에 대한 금융증빙을 제출하지 못하였으나, 견적서 및 공사대금수령 확인서를 통하여 전체 철거비용(OOO 원) 규모가 확인되고, 청구인이 이러한 철거 공사비 중 일부(OOO 원)를 현금으로 지급하였다는 청구주장은 타당하다고 보이는 점, 구 건물의 철거비용은 소득세법 제97조 제1항 제1호 및 제2호에 규정된 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하는 점 등에 비추어 철거비용 OOO 원 가운데 청구인 지분 해당액(OOO 원)을 이 건 부동산 양도소득세 산정 시 필요경비에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.