조세심판원 심판청구 법인세

쟁점특허권의 실질적 소유자가 청구법인의 대표이사가 아닌 청구법인이라고 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-부-4975 선고일 2022.06.15

쟁점특허권의 시제품 제작과 관련하여 주식회사 유안산전 대표인 AAA에게 xxx원을 지출하였다고 주장하나 이를 확인할 수 있는 세금계산서나 금융내역 등이 확인되지 않는 점 등에 비추어 쟁점특허권을 청구법인이 단독으로 개발하였다고 보아 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1993년 11월 설립되어 선박용 금속볼트와 너트 제조를 주업종으로 하는 법인으로 2018.11.23. 청구법인의 대표이사인 AAA이 소유한 ‘OOO’ 특허권(특허번호 OOO, 2017.6.7. 등록, 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원에 양수하였다고 신고하였다가, 2020.9.4. 쟁점특허권을 청구법인 대표이사 AAA과 청구법인이 공동으로 개발(기여도 각각 50%)하였다고 수정신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인의 2019사업연도 법인세 신고내용을 확인한 결과 쟁점특허권을 청구법인과 대표이사 AAA이 공동으로 개발하지 아니하고 청구법인이 단독으로 개발한 것이라고 보아 2021.5.12. 청구법인에게 2018~2019사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다. 2021.5.21. 청구법인은 쟁점특허권은 청구법인 대표이사 AAA이 독자적으로 고안한 것이 맞고 공동개발하였다는 수정신고(2020.9.4.)는 착오로 인한 오류라는 이유로 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 청구하였으나, 처분청은 2021.6.8. 청구법인의 경정청구를 거부처분 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표이사 AAA은 1982년부터 40여년간 볼트제조업에 종사하였고 고속도로 휴게소에서 호두과자를 제조하는 과정을 유심히 관찰하다가 호두과자 금형이 회전하면서 계속적으로 투입되는 점에 착안하여 쟁점특허권을 고안하여 2017.6.7. AAA 명의로 등록하게 되었다.

(2) 쟁점특허권 고안을 위하여 AAA이 작성․제출한 연구노트는 ‘연구개발 설비의 도안’과 특허청으로부터 인정받은 ‘설계도안’의 근원이 되고 있음에도 단지 연구노트 분량이 부족하여 이를 인정할 수 없다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(3) AAA은 2016년 9월경 쟁점특허권과 관련한 시제품 제작을 위하여 개인적으로 OOO 소재 주식회사 AAA의 대표인 BBB에게 의뢰하였고 2016년 11월 경 BBB은 의뢰받은 설비제품을 완성하여 전달하였다. 이에 따라 AAA은 BBB에게 설비제품 완성대가 OOO원을 자신의 예금계좌에서 직접 지급하였다. AAA은 시제품 제작 뿐만아니라 특허 등록비용(특허청 관납료․수수료 납부․특허사무소 수수료 비용) 전액도 개인적으로 부담하고 세금계산서도 발급받았다.

(4) 청구법인은 부설연구소를 갖추고 있으나 동 연구소에서 작성하는 ‘연구개발 목표관리계획서’를 살펴보면 쟁점특허권은 청구법인에서 고안하지 않은 사실이 확인된다. 청구법인의 부설연구소는 ‘OOO(등록번호 OOO)’와 ‘OOO(등록번호 OOO)’를 이미 특허로 출원한 바 있어 만일 쟁점특허권이 청구법인 소유라고 하면 쟁점특허권만 그 소유권을 주장하지 않을 이유가 없다. 처분청은 이에 대하여 명확한 반박증거도 제시하지 못하고 있다.

(5) 청구법인이 쟁점특허권을 AAA과 공동개발하였다고 수정신고한 이유는 처분청이 세무조사 당시 “AAA이 대표이사이다 보니 쟁점특허권 취득과정에서 청구법인으로부터 조금이라도 도움을 받지 않았느냐”라는 질문을 받았기 때문에 실제 사실과 다르지만 부득이하게 기여도를 50대50으로 하여 수정신고를 하게 된 것이다. 이에 청구법인은 당초 처분청의 과세처분에 대한 불복과 함께 수정신고 경정청구에 대한 처분청의 거부처분에 대하여도 불복을 제기하게 된 것이다.

(6) 쟁점특허권 등록을 위한 특허대리인이 쟁점특허권과 유사한 특허의 대리인과 동일하다는 사실만으로 쟁점특허권의 소유자가 AAA이라는 사실을 부인하는 처분청의 의견은 추정에 근거하고 있어 과세근거로써 타당하지 않다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점특허권을 고안하게 된 계기가 AAA이 고속도로 휴게소의 호두과자 제조과정을 통해 아이디어를 얻었다고 주장하나, 쟁점특허권과 87.7%가 유사한 특허권(이하 “유사특허권”이라 한다)이 2년여 전에 이미 등록되어 있었고 유사특허권의 등록대리인이 쟁점특허권도 대리한 점에 비추어 이는 단순한 우연의 일치라고 단정하기는 어렵다.

(2) 쟁점특허권 고안을 위하여 AAA이 작성하였다는 연구노트를 살펴보면 1년에 1번 정도 작성한 업무일지 정도에 불과하고 쟁점특허권과 관련된 사항은 5페이지 정도의 조립도 스케치만 존재하므로 이를 근거로 AAA이 쟁점특허권을 직접 고안하였다고 보기는 어렵고 오히려 쟁점특허권이 개발된 사후에 노트에 옮겨 적은 것으로 보는 것이 타당하다.

(3) 청구법인의 대표이사 AAA도 쟁점특허권 개발과정에서 청구법인의 인적․물적자원을 이용한 것을 조사과정에서 인정하였고 쟁점특허권 개발의 기여율을 50대50으로 하여 2020.9.4. 수정신고하였으므로 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

(4) 쟁점특허권의 시제품 제작과 관련한 비용을 살펴보면 청구법인은 AAA이 주식회사 AAA 대표 BBB에게 시제품 제작을 의뢰하였다고 주장하며 관련 증빙을 제출하였으나, 단지 AAA의 개인통장에서 OOO원이 출금된 내역(입금자 미확인)과 BBB이 OOO원을 받았다는 자필영수증만 있고 통상적인 세금계산서나 OOO원 입금을 확인할 수 있는 BBB의 통장내역은 확인되지 않는다. 더욱이 쟁점특허권 출원 등록 비용은 당초 청구법인을 공급받는 자로 하여 발급되었다가 다시 AAA으로 수정하여 발급받은 사실이 있는 점에 비추어 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵다.

(5) 쟁점특허권은 단조용 볼트 소재의 공급장치에 대한 특허로서 관련 장치에 대한 시제품 개발을 위해 부수적으로 자재 및 설계도 등이 존재하여야 할 것으로 보인다는 처분청의 질문에 청구법인은 청구법인의 고철 등을 이용하여 BBB이 제작하였다고 답변하였으나 이에 대한 증빙자료는 제출하지 못하고 있다.

(6) AAA과 청구법인간 쟁점특허권 양도계약일은 2018.11.23.로 확인되나, 쟁점특허권의 가치평가일은 2018.12.14.로 확인되어 가치평가를 양도계약서 작성일 이후에 하였다는 것으로 보아 정상적인 양도거래라고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점특허권의 실질적 소유자가 청구법인의 대표이사가 아닌 청구법인이라고 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
  • 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 당초 쟁점특허권을 청구법인의 대표이사 AAA으로부터 양수받은 것으로 회계처리하여 2018~2019사업연도 법인세를 신고하였으나, 2020.9.4. 쟁점특허권을 AAA과 공동(50대50)으로 개발하였다고 수정 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점특허권을 전부 개발한 것으로 보아 2021.5.12. 청구법인의 2018~2019사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였고, 2021.5.21. 청구법인은 앞선 수정신고가 착오에 기인한 오류라며 쟁점특허권을 AAA이 단독으로 개발하였다고 경정청구하였고 처분청은 2021.6.8. 청구법인의 경정청구를 거부처분 하였다. (나) 쟁점특허권의 시제품 제작과 관련한 증빙자료를 살펴보면 AAA의 OOO 계좌의 OOO원 출금내역(입금자 미확인)이 확인되나 시제품을 제작하였다는 주식회사AAA 대표 BBB의 금융거래내역에서는 이러한 사실이 확인되지 않고 다만 BBB이 자필로 작성한 OOO원 수령확인서(2016.12.7.)가 제출되었다. (다) 쟁점특허권과 관련하여 청구법인이 제출한 연구노트는 <그림1>과 같고 업무관련 내용과 특허권 관련 내용이 함께 기록된 것으로 보인다. <사진1> 쟁점특허권 관련 연구노트 OOO (라) 쟁점특허권의 출원등록비용과 관련한 세금계산서는 당초 청구법인을 공급받는 자로 하여 발급되었으나, 이후 청구법인 대표이사 AAA을 공급받는 자로 하여 수정 발급된 사실이 <사진2>, <사진3>과 같이 나타난다. <사진2> 당초세금계산서 OOO <사진3> 수정세금계산서 OOO (마) 쟁점특허권과 유사특허권의 등록대리인(CCC, DDD, EEE)은 <사진4>과 같이 동일한 것으로 보인다. <사진4> 쟁점특허권과 유사특허권 관련 자료 OOO (바) 쟁점특허권의 양도계약서 작성일자(2018.11.23.)는 <사진5>와 같고, 감정평가의뢰일자(2018.12.6.)는 <사진6>과 같이 나타난다. <사진5> 쟁점특허권 양도계약서(일부발췌) OOO <사진6> 감정평가 의뢰서 OOO (사) 청구법인은 부설연구소를 갖추고 있고 부설연구소 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인 부설연구소 현황 OOO (아) 청구법인 소유의 등록 특허현황은 <표2>와 같다 <표2> 청구법인 특허현황 OOO (자) 주식회사 AAA 대표이사 BBB은 AAA으로부터 ‘소재가열공급장치’ 제작의뢰를 받아 제작하였고 이에 필요한 자재를 청구법인으로부터 직접 조달하였다는 확인서를 제출하였고, 청구법인의 부설연구소소장인 FFF은 쟁점특허권을 부설연구소에서 연구개발한 사실이 없다는 확인서를 제출하였으며, 쟁점특허권의 감정평가를 수행한 OOO감정평가법인 OOO지사도 쟁점특허권이 AAA 개인이 고안하여 청구법인에게 양도하기 위하여 감정평가를 의뢰받은 것으로 알고 있다는 확인서를 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 AAA이 단독으로 쟁점특허권을 고안하여 등록한 특허권이므로 이를 청구법인이 개발한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점특허권 출원등록 비용에 대한 세금계산서가 당초 청구법인을 공급받는 자로 하여 발급되었다가 청구법인 대표이사를 공급받는 자로 하여 수정발급 된 점, AAA이 쟁점특허권을 고안하였다는 증빙으로 제출된 연구노트를 살펴보면 단순 조립도 스케치 정도만 확인되고 기록된 내용도 적어 쟁점특허권 고안을 위한 연구노트라고 신뢰하기 어려운 점, 쟁점특허권의 시제품 제작과 관련하여 주식회사 AAA 대표인 BBB에게 OOO을 지출하였다고 주장하나 이를 확인할 수 있는 세금계산서나 금융내역 등이 확인되지 않는 점 등에 비추어 쟁점특허권을 청구법인이 단독으로 개발하였다고 보아 법인세를 부과하고 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)