조세심판원 심판청구 국세기본

부과처분의 절차상하자가 있어 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2021-부-4851 선고일 2022.05.04

처분청이 청구법인에게 20xx사업연도 법인세 신고내역에 대한 ‘사후검증’을 위하여 소명자료 제출을 요청한 것을 국세기본법상 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기 어렵고, 소득금액변동통지는 소득처분의 내용 중 법인의 원천징수의무 이행과 관련된 사항을 기재하여 원천징수의무자에게 통지하는 것으로써 과세관청이 세금을 징수하기 위하여 세액 등 세금의 납부와 관련된 사항을 법정의 서류(납세고지서)로 납세자에게 알리는 납세고지에 해당한다고 볼 수 없었으므로(대법원 2021.4.29. 선고 2020두52689 판결* 같은 뜻) 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1996.6.5. 설립되어 교량공사 등에 사용되는 RPF BEAM과 공장, 대형창고, 주차장 등에 사용되는 건축 자재인 강구조물(TU합성보, TU DECK)을 생산하는 법인으로 OOO에 본점을 두고 OOO에 생산 공장과 OOO에 부설연구소 등을 두고 있다. 청구법인의 대표이사인 AAA은 2018.8.2. 토목공사에 적용되는 ‘토압을 이용한 RPF빔 제작대 및 이를 이용하여 제작된 RPF빔’ 특허(OOO호, 이하 “쟁점특허권”이라 한다)를 개인 명의로 등록한 후 2018.12.21. 청구법인에게 OOO원에 양도하였고, 청구법인의 공사관리부장이면서 대표이사 AAA의 조카인 BBB도 2018.12.10. TU합성보에 대한 디자인(OOO, 이하 “쟁점디자인권”이라 한다)을 개인 명의로 등록한 후 2019.12.3. 청구법인에게 OOO원에 양도하였다.
  • 나. 처분청은 2020.7.21.부터 2020.10.3.까지 쟁점특허권 및 쟁점디자인권의 양도거래의 적정성을 검토한 결과 쟁점특허권과 쟁점디자인권의 귀속자가 청구법인의 대표이사 AAA과 공사관리부장 BBB이 아닌 청구법인이라고 보아 2018~2019사업연도 법인세를 경정하고 2020.11.9. 청구법인에게 2018년․2019년 귀속 소득금액변동통지(AAA 상여처분 OOO원, BBB 상여처분 OOO원)를 하였으나 청구법인이 원천세를 무신고하자 2021.2.15. 청구법인에게 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원과 2019년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.4. 이의신청을 거쳐 2021.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 당초 쟁점디자인권에 대해서만 세무조사를 진행하였으나 적법한 절차를 거치지 아니하고 쟁점특허권에 대한 세무조사를 추가하였고, 소득금액변동통지에 앞서 과세예고통지를 하여야 함에도 불구하고 이를 생략하여 청구법인이 과세전적부심사를 청구할 수 없었으므로 처분청의 소득금액변동통지 처분은 위법하다. (가) 처분청의 2020.7.6.자 발송공문(이하 “공문①”이라 한다)과 2020.8.5.자 공문(이하 “공문②”라 한다)을 보면 처분청은 당초 청구법인의 2019년도 법인세 신고시 청구법인의 쟁점디자인권 취득이 적정한지 여부를 조사할 목적으로 해명자료 제출을 요구하였다. 그러나 청구법인이 공문②에 대한 소명자료를 작성하며 문의하는 과정에서 처분청은 2018사업연도에 법인세 신고서에 포함된 쟁점특허권 관련 해명자료도 기발송된 공문①과 공문②에 준하여 작성할 것을 추가로 요청하였다. 쟁점특허권은 2019사업연도가 아닌 2018사업연도에 청구법인이 취득하였음에도 불구하고 처분청은 공문①․②에 기재되지 않은 2018사업연도 조사를 구두로 요청한 것이다. 이는 조사대상 사업연도와 대상자의 범위를 공문에 의하지 아니하고 임의로 확대하여 조사한 것으로 결국국세기본법제81조의4 제3항에 따른 세무조사권의 남용에 해당할 뿐만아니라 같은 법 제81조의9의 세무조사의 범위 확대시에는 사유와 범위를 문서로 통지하여야 한다는 규정도 위반한 위법한 처분이다. (나) 또한 처분청은 쟁점특허권과 쟁점디자인권에 대한 청구법인의 소명자료를 검토한 후 소득금액변동통지서를 발송하기에 앞서 과세전적부심사 등 권리구제를 위한 제반 절차를 청구법인에게 안내하지 않았으므로 국세기본법제81조의15 제2항을 위반하였다. 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인에 대하여 원천징수하는 소득세에 대한 납세고지의 성격을 가지는 것으로서, 그 납세고지하려는 소득세액이 1백만 원 이상인 경우에는 구 국세기본법 시행령제63조의14 제2항 제3호에 따라 원칙적으로 과세전적부심사의 대상에 해당한다고 할 것이므로 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 소득금액변동통지를 할 수 있는 예외사유가 인정된다는 등의 특별한 사정이 없는 한 소득금액변동통지에 앞서 필수적으로 과세예고 통지를 하여야 할 것이다(OOO 판결).

(2) 청구법인의 대표이사 AAA은 경영자이면서 동시에 엔지니어로써 청구법인 직원들의 교량공사와 관련한 애로사항 해소를 위하여 쟁점특허를 고안하여 출원하였고, 청구법인의 공사관리부장 BBB도 청구법인의 애로사항 해소를 위하여 자신의 고유업무와 무관한 디자인권을 출원한 후 청구법인의 이사회를 거쳐 양도한 것이므로 이를 청구법인의 소유로 보아 과세한 처분은 위법하다. (가) AAA은 대표이사 본연의 업무가 아니지만 현장에서 고생하고 있는 직원들의 애로사항을 해결할 방안을 고민하던 중 연약 지반에서도 시공이 가능하고 환경오염도 감소시킬 수 있고 공사비도 절감할 수 있는 방법으로 흙의 무게를 이용한 방안을 생각하게 되었으며 그 아이디어가 발전하여 2017년에 ‘토압을 이용한 RPF빔 제작대 및 이를 이용하여 제작된 RPF빔’이라는 특허를 개인 명의로 출원한 것이다. AAA과 청구법인은 별개이고 청구법인이 AAA 개인의 것이 아니듯 쟁점특허권과 같은 AAA의 발명품 또한 청구법인에게 무조건 귀속되는 것은 아니다. (나) 청구법인의 공사관리부장 BBB은 OOO 전산학과를 졸업하고 청구법인 입사 전 ‘OOO’이라는 전산프로그램 개발업체에서 시스템 및 공장운영을 위한 그래픽시안 등을 담당하였고 관련 자격증도 보유하고 있다. BBB은 청구법인에서 교량관련 영업과 계약 및 원자재 발주 등을 주업무로 하고 있어 쟁점디자인은 BBB의 고유업무와 관련이 없는 것이다. BBB은 청구법인 직원들의 애로사항을 파악하여 쟁점디자인권을 고안하여 출원하게 된 것이다. (다) 처분청은 쟁점특허권과 쟁점디자인권을 AAA과 BBB이 고안한 것이 아니라고 판단하여 과세하였으나, ① 청구법인이 의뢰한 변리사의 의견서와 심판례 등을 보면 교량 관련 기술들은 특허를 출원하는데에 있어 연구, 실험, 검증 등이 필수적이지 않은 점, ② 특허권 및 디자인권 출원에 있어 기술의 안전성, 효율성, 내구성 등을 실험하거나 검증한 자료가 반드시 필요하지 않다는 전문가의 의견이 있는 점, ③ 그 기술 중 일부를 개선하고 그 개선점이 기존의 기술과 공법에 비하여 진일보한 것이라면 특허에 해당한다고 보아야 한다는 특허법해석이 있고 청구법인이 의뢰한 변리사의 의견서도 동일 한 점, ④ 쟁점특허권이 AAA으로부터 청구법인에게 양도되기에 앞서 사용되었다고 하나 양도일 3일전(2018.12.18.)에 청구법인 공사에 쟁점특허권 관련 공법이 사용된 점, ⑤ 쟁점특허권은 단순 계산만으로도 고안이 가능하고 청구법인의 연구소 직원들은 본래 고유업무를 수행한 것으로 쟁점특허권과 개발과 무관한 점, ⑥ BBB은 청구법인에서 15년간 시공 및 시공관리자로 근무하였고 토목사업부에서도 근무하여 쟁점디자인권을 출원할 능력을 갖추고 있는 점, ⑦ 쟁점디자인권과 관련하여 제출된 연구노트는 BBB이 TU사업부의 문제점을 듣고 개인적 관심사를 기재한 것으로 간단하게 핵심만 정리한 것으로 완성된 결과 값만을 옮겨 적은 것이 아닌 점, ⑧ 제3의 기관인 특허법인 OOO의 의견에 따르면 쟁점특허권과 쟁점디자인권이 청구법인에 의하여 발명되었다고 볼 이유가 없고 기존공법을 개선하였다고 하여도 진일보한 특허로 볼 수 있다는 의견을 제시한 점, ⑨ 청구법인이 쟁점특허권을 양수하기로 하였으므로 감정평가비용을 청구법인이 부담한 점 등을 고려할 때 쟁점특허권과 쟁점디자인권은 AAA과 BBB의 소유로 보는 것이 합리적이므로 이를 청구법인의 소유로 보아 과세한 처분은 위법하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 임의로 조사대상과 범위를 확대한 것이 아니라 신고내용 확인 절차에 따라 적법한 절차를 진행하여 위법사실을 확인하고 소득금액변동통지를 한 것이고, 과세예고통지는 납부고지하려는 세액이 OOO원 이상인 경우에 적용되나 청구법인의 경우 법인세 경정에 따라 이월결손금에서 과세표준이 차감되어 별도의 고지세액이 없었으므로 과세예고통지대상으로 볼 수 없다. (가) 청구법인은 처분청이 수차례 공문을 보내어 조사를 실시하였고 조사대상의 사업연도와 대상자의 범위를 문서에 의하지 않고 구두로 확대하였다고 주장하나, 소득금액변동통지는 청구법인의 ‘2019사업연도 무형자산 계상 적정 여부 및 법인자금 유출 여부’에 대한 ‘신고내용 확인’에 따른 결과로 세무조사와는 차이가 있다. <세무조사와 신고내용 확인절차의 차이> 세무조사(통합조사)는 사업장을 방문하거나, 해당 납세자의 신고내용 ‘전반’에 대해서 질문권을 행사하고, 장부 등의 자료제출을 요구하는 것인 반면, 신고내용 확인은 신고내용 중 해당 항목에 대한 확인절차로 ‘부분’적인 질문권과 자료제출을 요구함 세무조사시 조사범위를 확대하는 경우 일련의 절차를 거치도록 하는 것은 당초 조사귀속 외에 확대 되는 귀속의 신고내용 전반에 대한 질문조사와 자료제출 등 납세자의 권익이 침해되는 정도가 별도의 세무조사와 같이 크기 때문에 국세기본법 제81조의9 등에 따라 사유와 절차를 엄격히 규정하고 있는 것이나, 이 건에서와 같이 2019사업연도에 대한 소명요구 후 제출된 자료를 검토 하여 확인된 사항에 따라 별도의 소명 요구없이 2018사업연도를 경정하는 것은 명백히 그 성질이 다르다 할 것이며 국세기본법 등의 법령에서 규정하고 있는 통지 의무도 없다. (나) 청구법인의 경우 쟁점특허권과 쟁점디자인권 관련 법인세 경정시 이월결손금에서 과세표준이 차감되어 별도의 고지세액이 없었으므로 당연히 과세예고 통지대상에도 해당되지 않는다. 또한, 청구법인은 소득금액변동통지서를 수령한 후 원천세를 고지 하기에 앞서 2021.1.5. 원천세 과세예고통지서를 수령하여 과세전적부심사를 신청할 수 있었다. 이 와 같이 이 건은 과세전적부심사 대상에 해당하지도 않고, 설령 해당한다 하더라도, 2021.1.5. 수령한 원천세 과세예고통지에 따라 과세전적부심사를 신청할 수 있었으므로 납세자권익이 침해되지 않았다.

(2) 쟁점특허권과 쟁점디자인권을 청구법인의 대표이사 AAA과 공사관리부장 BBB이 고안한 것이라고 주장하나 특허권이나 디자인권이 개인 명의로 출원되었다고하여 그 실질적인 귀속자가 그 개인이라고 볼 수는 없는 점, 쟁점특허권과 관련한 별도의 테스트를 진행하지 아니하였고 제작된 시제품도 없는 점, 청구법인이 이미 OOO과 쟁점특허권과 관련한 연구를 계속 진행하여 오고 있었던 점, 쟁점특허권이 청구법인에 양도되기 이전에 청구법인 수주 공사에 쟁점특허권의 기술 공법이 사용된 점, 쟁점특허권 출원을 위하여 물적․인적자원이 필수적이고 청구법인이 이러한 자원을 보유하고 있었던 점, BBB이 쟁점디자인권을 출원할 전문성이 부족해 보이는 점, 쟁점디자인권 관련 증빙자료인 연구노트가 최종적인 결과물만 기재하고 있어 신빙성이 낮아 보이는 점 등을 고려할 때 청구주장을 받아들이기 어렵고 청구법인 소유로 보는 것이 합리적이다. 또한, AAA 등은 법인에 고용된 지위에 있는 자들로 설령 쟁점특허권과 쟁점디자인권의 개발과정에서 아이디어를 내는 등의 일부 기여를 하였다 하더라도 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 보는 것이 타당하므로 그 결과물은 당연히 법인에 귀속되는 것이다. (가) 쟁점특허권은 청구법인이 1995년 이전부터 OOO과 쟁점특허권 관련 기술을 오랜기간 합작으로 개발하여 개선․보완하여 온 것으로 보이고 대형건축물에 사용되는 구조물과 관련한 쟁점특허권은 고도의 전문성과 안정성을 필요로 하는 것으로 보이나 별도의 테스트를 거치거나 시제품을 제작하지 아니하고 AAA 홀로 진행하였다고 보기 어려운 점 등을 감안할 때 물적․인적자원이 완비된 연구소를 갖춘 청구법인이 고안하였다고 보는 것이 보다 합리적이다. 또한 쟁점특허권 출원 계기와 관련한 2020.8.24. 소명에서는 현장관계자와 업무회의 과정에서 현장의 어려움을 파악하여 착안하였다고 주장하였으나, 2020.9.25. 소명자료에서는 회사업무와 무관하게 건축공학과 대학동기 및 선후배 등 전문가집단 모임에서 논의하는 과정에서 특허를 출원하게 되었다고 변경하여 청구주장을 신뢰하기 어렵고, 더욱이 청구법인이 쟁점특허권을 AAA으로부터 양도받은 시점보다 앞서 청구법인의 OOO 공사에 쟁점특허권 관련 공법이 사용되고 있는 사실이 나타난다. (나) 쟁점디자인권의 출원자인 BBB은 전산학과를 졸업하였으나 건축토목공학 지식이 필수적인 건축강구조물(TU보)을 고안할 전문성이 있었다고 보기 어렵고, 쟁점디자인권과 관련하여 유일하게 제출된 증빙자료인 연구노트도 완성된 결과물의 도안을 숫자만 변경하여 그대로 그려놓은 것으로 보여 직접 연구를 통하여 작성한 노트라고 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 부과처분의 절차상하자가 있어 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

② 쟁점특허권 등의 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
  • 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
  • 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
  • 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 (4) 특허법 제33조 ① 발명을 한 자 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청직원 및 특허심판원직원은 상속 또는 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 대표이사인 AAA은 2018.8.2. 쟁점특허권을 개인 명의로 등록한 후 2018.12.21. 청구법인에게 OOO원에 양도하였고, 청구법인의 공사관리부장이자 대표이사 AAA의 조카인 BBB도 2018.12.10. 쟁점디자인권을 개인 명의로 등록한 후 2019.12.3.에 청구법인에게 OOO원에 양도하였으나, 처분청은 쟁점특허권과 쟁점디자인권이 청구법인 소유라고 보아 2018~2019사업연도 법인세를 경정(이월결손금에서 과세표준을 차감하여 별도의 고지세액이 없음)하고 2020.11.9. 청구법인에게 2018년․2019년 귀속 소득금액변동통지를 하였다. (나) 처분청이 청구법인에게 보낸 최초 소명자료 요청인 공문①의 발송날짜는 2020.7.6.이고 청구법인의 2019사업연도 법인세 신고결과 검토에 따라 2019사업연도 무형자산 계상액 부적정을 이유로 소명 및 증빙자료 제출을 요청하였고, 공문② 발송날짜는 2020.8.5.이고 공문①에 따라 제출된 자료의 추가 보완을 요청하였다. 소득금액변동통지서 수령일은 2020.10.14.이고 소득금액변동통지에 앞서 과세예고통지를 하지 않았으며, 원천세 과세예고 통지서 수령일은 2021.1.5.이다. (다) 청구법인이 제출한 쟁점특허권(토압을 이용한 RPF 빔 제작대 및 RPF 빔)의 성격 및 특징을 살펴보면 아래와 같다.

1. 토목구조물 중 교량용 BEAM은 <사진1>과 같이 하천, 도로 등의 상부를 교차하여 통과하여 차량 또는 철도가 다니는 교량의 슬래브(상판)를 받치고 지지하는 토목구조물을 말한다. <사진1> OOO지하철 OOO선 OOO 구간 교량 구조물 OOO

2. 쟁점특허권은 다른 공법의 BEAM과 달리 현장에서 BEAM에 프리플랙션(PRE-FLEXION: 미리 하중)을 도입하여 향후 교량에서 발생되는 응력에 저항할 수 있도록 하는 공정이다. 굴착기로 깊이 1~2m 정도로 넓게 땅을 파서 저면에 PC강선을 고정할 철판 및 이를 지지하는 철강빔(H빔)을 깔고 그 위에 흙을 덮어서 PC강선이 철판위에 덮여진 흙의 무게로 인발저항을 갖도록 하는 공법으로 그 과정이 간단하고 주변환경을 더럽히거나 시간을 단축하는 장점이 있다. <그림1> RPF BEAM 현장 제작 개요도 OOO

3. 쟁점특허권은 위 <그림1>의 현장제작 개요도에서 (b)프리플렉션을 도입하여 강재거더를 구부릴 때에 적용된다. <사진2> 쟁점특허권 적용사례 사진 OOO (라) 청구법인의 공사관리부장 BBB이 출원한 쟁점디자인권(건축용조립식 빔)의 성격 및 특징을 살펴보면 아래와 같다. 1) 건축구조물 중 ‘합성보’는 일반 건축물의 각층 바닥을 받치고 지지하는 건축구조물을 지칭한다. <사진3> 합성보 구조물 개요도 OOO 이러한 보에는 다양한 공법(‘RC보’, ‘H-형강보’, ‘TU보’)등이 있는데 ‘TU보’도 이러한 합성보 중 하나의 공법으로써 국내 빌딩 및 오피스텔에 설계 반영되고 있다. <그림2> RC보, H-형강보, TU보 구조 OOO

2. 쟁점디자인권을 적용할 경우 <그림3>의 ③번에서와 같이 원가절감을 할 수 있고, 시공의 편리함을 얻을 수 있을 뿐만아니라 기존에 물류창고와 같이 하중이 많은 건축물에서 발생한 제약을 해소시킬 수 있는 장점이 있다. <그림3> 쟁점디자인권 특징 OOO (마) 쟁점특허권과 쟁점디자인권의 출원관련 비용은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점특허권 및 디자인권 출원관련 비용 OOO (바) 쟁점특허권 출원 및 양도, 청구법인의 쟁점특허권 최초 적용 개요는 <표2>와 같다. <표2> 쟁점특허권 출원 및 양도 개요 OOO (사) 청구법인의 ‘자중토압 반력대기자재 제작 업무협조전’은 <사진4>와 같다. <사진4> 쟁점특허권 관련 기자재 제작 협조전 OOO (아) 쟁점디자인권과 관련하여 BBB이 작성하였다고 주장하는 연구노트와 완성된 실제 도면은 <그림4>와 같다. <그림4> OOO (자) 처분청이 제출한 쟁점특허권 관련 청구법인 부설연구소의 작업일지는 아래와 같다. <2017년 작업일지> OOO <2018년 작업일지> OOO <2019년 작업일지> OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 세무조사 범위를 임의로 확대하고 소득금액변동통지에 앞서 과세예고통지도 하지 않았다는 이유로 국세기본법에 규정된 적법한 절차를 위반하였다고 주장하나, 처분청이 청구법인에게 2018사업연도 법인세 신고내역에 대한 ‘사후검증’을 위하여 소명자료 제출을 요청한 것을 국세기본법상 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기 어렵고(조심 2018부3291, 2018.12.5.), 소득금액변동통지는 소득처분의 내용 중 법인의 원천징수의무 이행과 관련된 사항을 기재하여 원천징수의무자에게 통지하는 것으로써 과세관청이 세금을 징수하기 위하여 세액 등 세금의 납부와 관련된 사항을 법정의 서류(납세고지서)로 납세자에게 알리는 납세고지에 해당한다고 볼 수 없으므로(OOO 판결) 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점특허권과 쟁점디자인권은 교량과 대형건축물 등 대규모 공사에 적용되는 공사공법으로 매우 높은 안전성과 전문성이 요구되어 설계 및 제작과정에서 시제품 제작 및 검증과정이 필수적인 것으로 보이는 바, 청구법인의 대표이사와 공사관리부장이 시제품 제작과 별도의 검증 과정없이 이를 단독으로 고안하였다기보다는 쟁점특허권과 쟁점디자인권이 적용되는 공사를 주업으로 하고 인적․물적자원이 구비된 부설연구소를 갖춘 청구법인이 고안하였다고 보는 것이 합리적인 점, 청구법인이 쟁점특허권을 대표이사 AAA으로부터 양도받기 전에 OOO 공사에 쟁점특허권 관련 공법을 적용한 것으로 보이는 점, 전산학을 전공한 청구법인의 공사관리부장 BBB(청구법인 대표이사의 조카)이 건축․토목관련 기술이 필요한 쟁점디자인권을 어떤 경위로 고안하였는지 불분명하고 유일하게 제출된 증빙인 연구노트도 최종결과만 기재되어 있어 그 진위를 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권과 쟁점디자인권을 청구법인의 소유로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)