3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점차액부분에 대하여 대손세액공제를 적용할 수 있는지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제45조(대손세액의 공제특례) ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 “대손금액”이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10
② 제1항은 사업자가 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에만 적용한다.
③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정(更正)하여야 한다.
④ 제3항에 따라 매입세액에서 대손세액에 해당하는 금액을 뺀(관할 세무서장이 결정 또는 경정한 경우를 포함한다) 해당 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액에 해당하는 금액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 더한다.
⑤ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 대손세액 공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535로 개정된 것) 제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 경우
2. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우. 이 경우 대손되어 회수할 수 없는 금액은 출자전환하는 시점의 출자전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 시가와의 차액으로 한다.
② 법 제45조에 따른 대손세액 공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 제1항의 사유로 확정되는 대손세액(법 제57조에 따른 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준에 대하여 부가가치세액을 납부한 경우 해당 대손세액을 포함한다)으로 한다.
③ 법 제45조 제1항 본문에 따라 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할 세무서장은 대손세액 공제사실을 공급받는 자의 관할 세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제45조 제3항 본문에 따라 공급받은 자가 관련 대손세액에 해당하는 금액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 같은 항 단서에 따라 결정하거나 경정하여야 한다.
④ 법 제45조 제1항에 따라 대손세액 공제를 받으려 하거나 법 제45조 제4항에 따라 대손세액을 매입세액에 더하려는 사업자는 제91조 제1항에 따른 부가가치세 확정신고서에 기획재정부령으로 정하는 대손세액 공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 부 칙 <대통령령 제29535호, 2019.2.12.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제96조의2의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. (3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535로 개정되기 전의 것) 제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 사유를 말한다.
(1) 이 사건 회생계획, 이 사건 거래처들의 총 채권액 및 출자전환채권액 내역, 쟁점대손세액의 상세내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 국내 조선사 및 해외플랜트 회사에 산업용 밸브를 판매해오다, 조선경기 침체 장기화에 따른 매출액의 감소 및 이란에서의 미회수 매출채권 발생 등으로 인하여 유동성이 악화됨에 따라 2018.12.11. OOO법원에 회생절차 개시를 신청하였고, 2019.1.23. OOO법원으로부터 회생절차 개시결정을 받음과 동시에 대표이사 BBB를 법률상 관리인으로 선임하였다. (나) 이 사건 회생계획에 따르면 청구법인이 2019.8.12. 기준 변제할 총 채권액은 OOO원(아래 <표1> 참조)인데, 회생채권(상거래채권)의 원금 및 이자에 대해서 10%는 현금변제하고 나머지 90%는 출자전환하되 출자전환된 주식의 200주를 1주로 병합한다(아래 <표2> 참조)고 되어 있다. <표1> 청구법인의 총 채무 등 OOO <표2> 이 사건 회생계획의 주요내용 OOO (다) 이 사건 회생계획에 따르면 이 사건 거래처들은 청구법인에 대하여 합계 OOO원의 매출채권이 있었고, 이 중 OOO원이 출자전환되었으며, 출자전환된 채권의 병합으로 합계 OOO원의 자본금을 보유하게 되었다(아래 <표3> 참조). <표3> 이 사건 거래처들의 총 채권액 및 출자전환채권액 등 OOO (라) 이 사건 거래처들은 신고 또는 경정청구를 통하여 2019년 제2기 부가가치매출세액에서 합계 OOO원의 대손세액을 공제받았고, 처분청은 이 사건 거래처들의 관할 세무서장들로부터 이 사건 거래처들이 쟁점대손세액을 공제받았다는 내용의 과세자료를 통보받은 후 이 사건 제1ㆍ2처분(이 사건 제2처분은 ㈜CCC의 대손세액공제에 관한 것이고, 이 사건 제1처분은 그 외 나머지 이 사건 거래처들의 대손세액공제에 관한 것임)을 하였다. <표4> 이 사건 거래처들이 공제받은 대손세액 내역 OOO (마) 한편, 기획재정부 보도자료에 따르면 개정시행령 제87조 제1항 제2호는 대손세액공제 사유 법령화를 통한 법적안정성 제고를 위하여 기존 예규를 법령화하는 차원에서 신설된 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구법인은 이 건에 개정시행령 제87조 제1항 제2호를 적용할 수 없고 이 사건 잔존주식이 있으므로 쟁점차액부분만이 회수불능으로 확정되었다고 볼 수 없다고 주장하나, 개정시행령 부칙 제2조가 ‘이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는 것은 일반적 적용례를 의미하는 것이고 대손세액의 경우 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감하는 것임을 고려해보면 대손사유가 발생한 과세기간에 시행중인 법령이 적용된다고 봄이 타당하며, 이 사건 회생계획 상 회생채권의 출자전환과 동시에 해당 주식을 일부소각하기로 한 이상 이는 소각된 주식에 대응하는 채권에 대해서는 청구법인에 대하여 그 채무를 면제해주기로 합의한 것으로 볼 수 있을 뿐만 아니라 이 사건 거래처들이 청구법인에 대한 매출채권을 회수하지도 못한 상황에서 거래징수하지 못한 부가가치세까지 부담하도록 하는 것은 과도한 점 등을 종합하면 쟁점차액부분이 대손사유에 해당하지 않는다는 전제 하에 이 사건 처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.