조세심판원 심판청구 법인세

쟁점보상금 중 처분청이 산정한 시가를 초과한 금액에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-부-3676 선고일 2022.11.21

쟁점보상금 중 위와 같이 계산한 보상금을 초과하여 지급된 직무발명보상금에 대하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 손금불산입하는 등 하여 고지한 이 건 법인세 부과처분 등은 달리 잘못이 없음

주 문

OOO청장 및 OOO서장이 청구법인에게 한 OOO 2015∼2019사업연도 귀속 법인세 OOO원의 부과처분 등은 청구법인 주식회사 AAA가 청구인 BBB에게 특허 실시보상금으로 지급한 금액 중 OOO원에 대하여 조세특례제한법제10조의 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인 주식회사 AAA(이하 “청구법인”이라 한다)는 1998.7.21. 설립되어 OOO에서 창호공사업 등을 영위하는 법인사업자로, 2015∼2019사업연도 중 청구인 BBB(2009.3.31.∼2017.1.9. 대표이사로 재직, 이하 “청구인”이라 하고, 청구법인과 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)에게 OOO과 같이 특허 실시보상금 합계 OOO원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 지급하고 경상연구개발비로 손금에 산입하는 한편, 쟁점보상금 중 2017∼2019년에 지급한 금액에 대하여 소득세법제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(산업재산권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품으로, 이하 “산업재산권등 양도대가”라 한다)으로 분류하여 원천징수납부하였으며, 쟁점보상금에 대하여 조세특례제한법제10조의 연구‧인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였다가 2021.8.27. 위 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여 OOO와 같이 2015∼2019사업연도 귀속 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 직무발명보상금 형식으로 청구인에게 쟁점보상금을 과다하게 지급하여 법인세를 부당하게 감소시켰다고 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여,

(1) 쟁점보상금 중 ‘직무발명보 상규정 표준모델’(특허청)에 따라 산정한 시가를 초과하는 OOO의 금액을 손금불산입하는 등으로2021.3.22. 및 2021.6.9. 청구법인에게 OOO와 같이 2015∼2019사업연도 귀속 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하는 한편, 해당 금액을 귀속자인 BBB에 대한 상여(2017년∼2019년분은 배당)로 소득금액변동통지하였다.

(2) 쟁점보상금 중 2017∼2019년에 청구인에게 지급되어 소득세법제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(산업재산권 등 양도대가)으로 원천징수‧신고된 금액(이하 “쟁점2보상금”이라 한다)을 같은 항 제22호의2에 따른 기타소득(직무발명보상금)으로 소득의 구분을 변경하고 의제필요경비 공제를 부인하여 2021.6.9. 청구인에게 종합소득세 2017년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 경정‧고지하였다.

(3) 쟁점보상금에 대한 심판청구가 진행되고 있다는 사유로 쟁점보상금에 대한 연구‧인력개발비 세액공제를 구하는 경정청구를 2021.10.28. 거부하였다.

  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2015∼2019사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2017‧2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 부과처분에 대하여는 2021.6.15., 2015∼2019사업연도 법인세 환급 경정청구 거부처분에 대하여는 2021.11.23. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 쟁점①(쟁점보상금에 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금 부인한 처분의 당부) (가) 쟁점보상금 지급에는 경제적 합리성이 있다.

1. 청구법인은 1998년 창호 공사에 관한 지식과 경험을 가진 청구인, CCC 등에 의해 설립되어 전문건설업(금속구조물 창호공사업) 등록을 하고 OOO 지역을 중심으로 창호 사업을 영위해 온 법인으로, 영세 중소기업으로서 관공서 매출요건인 특허 등 지적재산권 보유 요건을 충족하기 위하여 직무발명보상제도를 도입하기로 하고, 2011.3.4.년 직무발명보상규정과 보상세칙(이하 “쟁점규정”이라 한다)을 제정하여 적용하고 있다. 청구법인이 쟁점규정을 제정한 이후 청구인은 OOO건의 직무발명(이하 “쟁점특허등”이라 한다)을 하였고, 청구법인은 청구인의 직무발명을 승계하여 특허로 출원하고 그 특허를 제품에 적용함에 따라 2019년 매출이 2011년 매출의 11배가 될 만큼 크게 성장하였으며, 직무발명으로 획득한 특허 등으로 발생한 매출이 전체(전부 관공서 매출)의 90% 이상을 차지하고 있는바, 청구법인의 매출 증가는 전적으로 직무발명보상제도를 통하여 청구인에게 직무발명을 독려하고 정당한 보상을 지급하였기 때문이라 할 수 있다.

2. 청구인은 1981년 2월 OOO를 졸업하고 약 40여년간 건축 실무에 종사하고 있고, 1980년 8월 OOO 자격을, 1984년 12월 OOO 자격을 각 취득하였으며, 현재 설계‧시공 분야에서 OOO, 건설사업관리 분야에서 OOO, 품질관리 분야에서 OOO이라는 최고 등급을 보유하고 있는 등 끝임 없이 전문지식을 쌓기 위해 노력하고 발명 아이디어를 고안해왔다. 이에 청구인은 청구법인에 재직 중 쟁점특허 등을, 청구법인 퇴사 이후 타사 재직 중 OOO건의 직무발명을 하였고, 그 중 OOO건은 해외에서 특허 출원을 준비하고 있고, 청구인이 본인 명의로 출원‧등록한 특허도 OOO건에 이른다.

3. 청구인의 직무발명은 청구법인의 매출증진에 결정적인 기여를 하였다. 청구인은 2010.4.23. 창틀용 골재 디자인을 출원한 것을 시작으로, 2017년초 청구법인에서 퇴사하기 전까지 디자인, 특허, 실용신안 등 총 OOO건의 직무발명(쟁점특허 등)을 하였고, 그 중 OOO건이 특허로 출원‧등록되고 OOO건이 디자인으로, OOO건이 실용신안으로 출원‧등록되어 청구법인의 주요 각 제품모델에 적게는 1건부터 많게는 6건이 적용되었는데, 쟁점특허등이 적용된 제품이 우수발명품, 조달우수제품, 신제품인증(NEP) 지정 등을 받은 사실이 있다. 특히 조달우수제품은 중소기업이 생산하고 특허, 실용신안, 디자인 등록 등에 의하여 우수성이 인정된 제품에 대하여 지정되는 것으로, 공공기관으로 하여금 조달물품의 15%를 조달우수제품에서 우선 구매하도록 하는데, 청구법인은 쟁점특허등이 적용된 제품(OOO)이 조달우수제품으로 지정됨에 따라 약 3년간 공공기관에 제품을 우선 납품할 수 있었고, 해당 제품의 매출액이 청구법인의 2011∼2019사업연도 동안 발생한 쟁점특허등 적용으로 발생한 매출액 중에서 가장 큰 비중을 차지하고 있다. 위와 같이 정부, 공공기관이 청구법인의 제품을 구매하기로 결정하게 한 핵심적인 요인이 바로 쟁점특허등에 의한 기술력이었다는 점에서 쟁점특허등으로 발생한 매출의 5∼15%(매출 1건당 20% 한도, 쟁점특허등 건당 약 5.1%)를 대가로 지급한 것은 그 제반 경위에 비추어 볼 때 합리적이다.

4. 직무발명으로 얻은 매출액의 일정율을 직무발명의 대가로 지급하는 것은 특허 등 지적재산권의 특성에 따른 것으로 경제적 합리성을 무시한 비상적인 행위라 할 수 없다. 직무발명보상금 중에 사용자가 직무발명을 제품에 적용하여 수익을 얻는 경우에 지급하는 실시보상금은 직무발명으로 실제 매출이 발생한 때에 발생한 매출액의 일부를 지급하는 방식이 널리 사용되고 있고, 이에 청구법인도 매출액에 연동하여 직무발명보상금을 지급한 것인바, 이와 같이 직무발명보상금을 지급한 데 객관성 및 경제적 합리성이 인정된다. 특히 과세관청은 ‘매출액의 10%에 해당하는 금액을 특수관계자에게 지급한 것이 적정하다는 전제 하에 이를 의제필요경비 인정되는 기타소득(소득세법 제21조 제1항 제7호)에 해당한다’고 유권해석(국세청 법규소득 2009-331, 2009.10.30.)한 바도 있는바, 청구법인이 쟁점특허등에 대한 실시보상금으로 매출액의 일정율을 지급한 것은 경제적 합리성이 인정된다 할 것이다.

5. 쟁점보상금은 발명진흥법상 정당한 보상으로, 발명진흥법상 정당한 행위로 인정되는 것을 법인세법상 부당행위계산 부인대상으로 하는 것은 부당하다. (나) 쟁점보상금은 시가 범위 내에서 지급되었다.

1. 처분청은 청구인의 직무발명에 대한 정당한 보상의 금액(법인세법 제52조 의 시가)을 ‘사용자가 얻을 이익[특허 등을 적용한 제품의 매출액 × 독점적 지위에 따른 이익률(이하 “독점적 이익률”이라 한다) × 실시료율]에 발명자 공헌도와 발명자 기여율을 곱하여 계산(이하 “쟁점산식”이라 한다)한 금액’으로 산정하여야 한다고 전제하고, 쟁점특허 등 적용 매출액에 독점적 이익률 50%, 실시료율 20%, 발명자 공헌도 50%, 발명자 기여율 100%를 곱하여 계산한 금액(쟁점특허등 적용 매출액 기준 5%)을 초과하는 금액을 손금불산입하였다. 쟁점산식은 종래 법원과 특허청이 발명진흥법에서 ‘보상규정이 없는 경우, 적정 보상액은 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 정하라’고 한 규정에 근거하여 적정 보상액을 결정하기 위하여 사용해 온 것으로 특허청이 제정한 ‘직무발명보 상규정 표준모델’에 보상금액을 정하는 방법으로 예시되어 있다.

2. 그러나 발명진흥법은 2006.9.4. 사용자와 임직원이 자율적으로 정한 금액을 직무발명에 대한 정당한 보상으로 인정하는 근거를 마련하였고, 그에 따라 쟁점규정 제정 당시의 구 발명진흥법은 ⅰ) 계약이나 근무규정에서 보상에 대하여 정하고 있고, ⅱ) 그 내용이 종업원 등과의 협의, 보상기준의 게시 및 의견청취의 상황 등을 고려하여 합리적이라고 인정되면 정당한 보상으로 간주하도록 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점규정에 따라 청구인에게 쟁점보상금을 지급하였고, 쟁점보상금이 발명진흥법에 따라 사용자와 임직원이 자율적으로 결정한 보상규정에 따른 금액에 해당하는 이상 발명진흥법상 ‘정당한 보상’으로 인정된다 할 것이며, 발명진흥법의 취지상 법인세법상 시가에 해당하지 않는다고 부인할 수는 없다.

3. 청구법인은 직무발명으로 사용자가 얻은 이익과 그 발명의 완성에 사용자와 발명자가 공헌한 정도를 고려하여 보상률을 산정하였고, 그 보상률은 시가 범위 내에 있다. 청구법인이 쟁점규정에 따라 적용한 쟁점보상금 산정방식에는 실질적으로 독점적 이익률, 실시료율, 발명자 공헌도, 발명자 기여율 등이 모두 고려되어 있고, 독점적 이익률, 발명자 공헌도, 발명자 기여율은 모두 100%를 적용할 수 있으므로, 결국 쟁점산식의 “실시료율” 20%가 시가가 되는바, 청구법인의 보상률 18%는 시가 범위 내에 있다.

4. 독점적 이익률(100%)의 경우, 청구법인은 OOO 지역의 유일한 OOO 창호 제조사로서 특허 등 지적재산권에 의하여 시장을 독점하고 있고, 쟁점특허등이 없으면 조달청 납품이 불가능한 현실을 고려할 때 독점적 이익률은 100%로 봄이 타당하다.

5. 발명자 공헌도(100%) 및 발명자 기여율(100%)의 경우, 청구인은 청구법인의 지원 없이 단독으로 발명을 완성하였으므로 발명자 공헌도나 발명자 기여율은 각각 100%라 할 것이다.

6. 청구법인이 쟁점규정에 따라 산정한 보상률 약 18%가 시가 범위에 있다는 사실은 산업 평균 실시료율이 최고 25%, 평균값(1개 특허당)이 5%의 범위에 있다는 점에서도 확인된다.

(2) 쟁점②(쟁점보상금에 대하여 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여 달라는 청구주장의 당부) (가) 조세특례제한법에서는 직무발명보상금을 연구‧인력개발비 세액공제가 적용되는 연구‧인력개발비로 규정하고 있는데, 처분청은 쟁점보상금을 직무발명보상금으로 전제하고 있으면서도, 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 시가를 초과하였다고 보아 ‘손금불산입한 부분’은 물론 시가 범위내로서 ‘손금으로 인정한 부분’에 대해서도 위 세액공제를 적용하지 아니하였다. (나) 조세특례제한법제10조 제1항 제3호는 내국법인이 각 과세연도에 일반 연구‧인력개발비가 있는 경우 이를 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제8조 제1항 및 [별표6]에 따르면 “해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액(1. 라.)”, 즉 직무발명보상금을 연구‧인력개발비 세액공제 대상 비용으로 규정하고 있다. 청구법인은 연구‧인력개발비 세액공제를 신청하지는 아니하였으나, 조세특례제한법제10조 제1항 제3호 및 제3항에서 세액공제 신청을 하도록 규정한 것은 ‘납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것’인바(대법원 2002.1.22. 선고 2000두3115 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 연구‧인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였다 하더라도 직무발명보상금으로 인정되는 부분에 대하여는 세액공제를 적용하여야 하는 것이다. (다) 청구법인은 연구‧인력개발비 세액공제를 주장하면서 해당 부분에 대한 경정청구를 거치지는 아니하였으나, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유, 즉 경정청구사유도 함께 주장하여 다툴 수 있는 것인바(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결, 같은 뜻임), 직무발명보상금에 대한 연구‧인력개발비 세액공제의 적용은 별도로 경정청구를 거치지 않고도 부과처분의 취소를 구하는 이 사건에서 함께 주장하여 다툴 수 있는 것이다(다만 청구법인은 이 건 심판청구를 제기한 이후 2021.8.27. 별도로 관련 경정청구를 제기하였음).

(3) 쟁점③(청구인 퇴사 후 청구인에게 지급된 쟁점2보상금이 산업재산권 등 양도대가에 해당한다는 청구주장의 당부) (가) 청구법인은 청구인이 청구법인에서 퇴사한 후에 지급한 쟁점2보상금과 관련하여 의제필요경비가 적용되는 기타소득(산업재산권 등 양도대가)으로 원천징수 신고‧납부하였으나, 처분청은 이를 의제필요경비 공제가 인정되지 않는 기타소득(직무발명보상금)으로 보아 이 건 처분을 하였다. (나) 직무발명보상금은 본질적으로 직무발명에 대한 권리를 양도한 대가, 즉 산업재산권 등의 양도대가이다. 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리는 원칙적으로 발명자인 임직원에게 귀속되고, 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 사용자 등에 승계하거나 전용실시권을 설정한 경우 임직원은 정당한 보상을 받을 권리를 가지게 되는 것인바, ‘직무발명보상금은 권리의 승계(이전)에 대한 대가’라는 점에서 특허를 받을 권리를 양도한 대가로서 인정되는 법정채권에 해당한다 할 것이다(서울고등법원 2009.8.20. 선고 2008나119134 판결, 대법원 2011.7.28. 선고 2009다75178 상고기각 판결로 확정). (다) 소득세법은 직무발명제도의 활성화를 위하여 1979.12.28. 법률 제3175호로 직무발명보상금을 비과세하는 기타소득으로 분류하였다가 2016.12.20. 법률 제14389호로 재직 중 지급받는 직무발명보상금은 ‘근로소득’으로, 퇴직 후 지급받는 직무발명보상금은 ‘기타소득’으로 규정하면서 비과세 한도를 근로소득과 기타소득을 합하여 ‘연간 300만원’(2019.2.12. 연간 500만원으로 상향 개정)으로 축소하였다. 판례는 ① 법령에 납세자에게 유리한 규정이 있을 때 납세자가 그 규정에 근거하여 유리한 선택을 하였다면 과세관청이 이와 달리 판단할 수 없고, ② 심지어 납세자가 법인세 신고한 이후에 더 유리한 조항이 있는 것을 알고 이를 변경 선택하였다면 이러한 변경을 인정하여야 한다고 하므로(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등, 같은 뜻임), 납세자가 직무발명보상금으로 분류할 때의 세 부담과 산업재산권 등의 양도대가로 분류할 때의 세 부담을 비교하여 보다 유리한 쪽으로 선택할 수 있다 할 것이므로 청구법인이 당초 쟁점2보상금을 그 본질에 따라 산업재산권등의 양도대가로 분류하여 신고한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점①(쟁점보상금에 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금 부인한 처분의 당부) (가) 쟁점보상금 지급은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 행위로 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로서, 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. 1) 발명진흥법 제15조 에 따르면, 종업원이 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 갖고(제1항), 사용자 등이 보상규정에 따라 종업원 등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 보며(제6항 본문), 다만, 그 경우라도 보상액이 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하지 않은 경우에는 정당한 보상에 해당하지 않는다. 이와 같이 발명진흥법이 보상 규정에 따라 직무발명을 한 종업원에게 지급하도록 규정하고 있는 ‘정당한’ 직무발명보상금의 액수는, 직무발명에 의하여 사용자가 얻을 이익과 발명의 완성에 사용자가 공헌한 정도 및 발명의 완성에 종업원이 공헌한 정도를 고려하여 산정되어야 하는 것이므로 이러한 기준에 따르지 않은 과다한 보상은 법인세법제52조에서 규정하는 부당행위계산 부인 대상에 해당하게 된다.

2. 처분청은 쟁점산식에 따라 직무발명보상금을 산정하였고, 일반적으로 특허청 및 법원에서 정하는 산식에 의하여 산정된 직무발명보상금은 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 거래에도 적용될 수 있는 것으로서 ‘시가’에 해당한다고 볼 수 있는바, 법인이 특수관계인에게 ‘시가’보다 많은 직무발명보상금을 지급하는 것은 법인세법 시행령제88조 제1항 제7호에서 정한 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율‧요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’로서 부당행위계산 부인 대상에 해당한다[부산고등법원(창원) 2020.1.22. 선고 2019누11159 판결, 같은 뜻임].

3. 청구법인은 특수관계인인 청구인에게 직무발명보상금으로 2011년부터 2019년까지 약 OOO원을 지급하였고, 이는 같은 기간 청구법인의 영업이익보다 4배 더 많은 금액이다.

4. 법원이 인정하고 있는 정당한 직무발명보상금의 지급범위는 직무발명을 실시한 매출액(사용자의 매출액)의 1% 미만에 불과하나, 청구법인이 청구인에게 지급한 쟁점보상금은 쟁점특허등 적용 매출액의 13∼18%로 그 차이가 상당한데, 이는 독점적 이익률 및 발명자 공헌도를 잘못 산정하여 직무발명보상금이 과다하게 산정되었기 때문이다.

5. 또한 청구법인은 조달청에 금속제창을 납품하는 중소기업으로, 청구법인과 동종 업종의 업체들의 개발비를 비교하여 보면, 청구법인의 개발비는 OOO원으로 다른 업체 평균 OOO원에 비하여 2배 가까이 많고, 영업이익은 OOO원으로 다른 업체 평균 OOO원에 비하여 7배 이상 낮은 것으로 확인된다. 이는 청구법인이 동종 업종의 업체보다 과도한 직무발명보상금을 지급하였기 때문으로, 사실상 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 직무발명보상금의 형식을 취한 것에 불과하다 할 것이다.

6. 쟁점규정은 청구인에게 보상금을 지급하기 위한 요식행위에 불과하다. 대주주가 직무발명심의위원회 위원으로 회사의 보 상규정 제정이나 보상금 산정을 위한 직무발명심의위원회 결정에 영향을 미칠 수 있는 지위에 있고, 회사가 대주주 외 다른 종업원에게 회사의 직무발명보상규정을 적용하여 직무발명보상금을 지급하였다거나 다른 종업원이 회사에 대하여 직무발명보상금 청구권을 가지고 있다는 사실을 인정할 수 없다면, 회사가 대주주에게 지급한 직무발명보상금 중 시가를 초과한 부분은 부당행위계산 부인 대상으로 보아 이를 손금불산입하고 대주주에 대한 상여로 소득처분한 것이 위법하다고 볼 수 없는 것으로서[부산고등법원(창원) 2020.1.22. 선고 2019누11159 판결, 같은 뜻임], 청구법인의 직무발명보상금 제도(쟁점규정)는 청구인이 도입하였고, 청구인은 사실상 청구법인의 최대주주로서 직무발명심의위원회 결정에 영향을 미칠 수 있는 지위에 있었으며, 쟁점규정을 최초 제안한 사람 역시 청구인인 이상 청구인이 주도하여 쟁점규정을 도입한 것으로 볼 수 있다. 또한 청구법인의 쟁점보상금 지급절차는 지급대상이 청구인으로 한정되어 있는 상황에서 쟁점규정의 직무발명보상금 결정 절차(외부 자문위원을 포함한 심의위원회 심의 등)를 준수하지 아니한 채 형식적으로 이루어진 것으로 보이고, 임직원 중 유일하게 청구인만이 발명에 관한 직무를 부여받고 수행한 것으로 나타나는 바, 쟁점규정은 청구인에게 보상금을 지급하기 위한 요식행위에 불과하다고 볼 수 있다.

7. 청구법인이 적용한 보상기준은 직무발명보상금의 일반적인 산정기준에 어긋나고 직무발명의 가치를 고려하지 않아 경제적인 합리성이 결여된 임의적인 것이다. 청구법인은 쟁점규정 중 “제품 수익의 50% 또는 매출의 5% 중 큰 금액을 지급하되, 쟁점특허등이 적용된 제품이 우수발명품으로 선정된 경우 매출의 10%, 우수조달제품 또는 신기술인증(NEP, NET)을 받은 경우 매출의 15%를 지급”한다는 규정에 근거하여 쟁점보상금을 지급하였으나, 위 지급기준에 따르면 쟁점규정에서 직무발명보상금 지급기준으로 규정하고 있는 발명자의 기여도, 직무발명으로 회사가 얻는 이익, 회사와 발명자가 공헌한 정도 등을 고려할 수 없게 되고, 청구법인은 위 지급기준만을 적용하여 청구인에게 쟁점보상금을 지급하였을 뿐 사용자가 얻을 이익액 등 다른 요소들에 대하여 전혀 고려하지 아니하였다. 또한 직무발명보상금을 결정함에 있어서 그 발명에 의하여 사용자가 얻을 이익액과 그 발명의 완성에 사용자 및 종업원이 공헌한 정도를 고려하여야 하는데, 사용자는 직무발명을 승계하지 않더라도 그 특허권에 대하여 무상의 통상실시권을 가지므로 ‘사용자가 얻을 이익’이란 통상실시권을 넘어 직무발명을 독점적‧배타적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻을 이익을 의미한다 할 것이다(대법원 2011.7.28. 선고2009다75178 판결, 대법원 2017.1.25. 선고 2014다220347 판결, 같은 뜻임). 따라서 직무발명을 직접 실시함으로서 얻은 이익 전부가 사용자가 얻을 이익이 되는 것이 아니라, 매출액 중에 사용자의 인지도, 시장에서의 지위, 명성, 직무발명 외의 품질이나 기능 등에 의해 발생한 부분, 사용자가 무상의 통상실시권을 누릴 수 있음에 따른 이익 부분을 제외한 나머지 부분이 사용자가 얻을 이익에 해당하게 되고, 해당 이익이 사용자가 직무발명을 독점적‧배타적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻을 이익이 된다 할 것이다. ※ 매출액의 구성 = 특허와 무관한 회사의 기술, 노하우, 영업력 반영으로 인한 부분(제외) + 무상의 통상실시권으로 실현가능하였던 부분(제외) + 독점적 실시권으로 실현한 부분(“사용자의 이익”)

8. 청구법인은 쟁점산식에 의하여 보상금을 산정하더라도 독점적 이익률 및 발명자 공헌도를 100%로 보아야 한다고 주장하나, 독점적 이익률은 시장의 규모와 동향, 사용자의 실시 여부, 경쟁제품 및 대체기술의 존부, 광고나 판매전략 등 외적 요인, 직무발명의 가치 등의 요소를 고려하여 산정되는 것이고, 특히 경쟁회사들이 문제된 특허 발명과 다른 독자적인 방법으로 제품을 생산하고 있는 경우 등에는 그 독점적 이익률을 제한적으로 평가할 수 있는데, 쟁점특허등에 의한 매출액에는 조달시장 규모의 확대, 청구법인 사업장의 지리적 위치 및 영업력, 경영방식 등이 어느 정도 기여한 바가 있고, 창호 제품은 창호의 성능을 향상하는 다양한 특허 등이 적용된 제품이 경쟁하는 시장이 형성되어 있으며, 청구법인의 조달시장에서의 점유율은 2009년 대비 2019년에 3.09% 증가된 사실에 비추어 볼 때 독점적 이익률이 100%라 할 수 없다. 또한 발명자 공헌도는 발명자가 회사에 재직하면서 회사의 각종 자재 및 시설들을 이용하여 특허발명의 완성에 이르게 되었는지, 회사가 오랜 기간 누적하여 온 기술이 특허 발명의 완성에 상당한 영향을 미친 것으로 볼 수 있는지, 특허 발명의 출원 및 등록에 관하여 회사의 상당한 비용과 노력이 투입되었는지, 사용자의 특허 제품의 사업화 의지 등이 고려되어야 하고, 이와 관련하여 특허청은 ‘개정 직무발명보상제도 해설 및 편람’에서 발명자 공헌도 산정은 통상의 경우 사용자 85%, 종업원 10%로 하는 것이 일반적이고, 5%를 더하여 평가할 수 있다고 해설하고 있다. 청구법인은 쟁점특허등 발명 이전에도 창호제품을 제작하여 왔으므로 그 과정에서 쌓인 노하우 및 축적된 기술이 청구인의 직무발명에 상당부분 기여하였을 것이라 보이는 점, 청구법인이 보유한 창호 제품 제작 관련 기자재 등 인적‧물적 자원이 청구인의 직무발명에 동원되었을 것으로 추정할 수 있는 점, 직무발명에 의한 제품을 사업화하는 과정에서 기술의 실현가능성, 효율성 등을 검증하는 절차가 필요하고 청구법인은 위 과정에서 시제품 제작비용, 품질테스트 및 인증 비용 등으로 합계 약 OOO원 상당을 지출하였으며, 쟁점규정에 회사는 직무발명에 대한 출원 및 권리유지에 소요되는 비용을 부담하도록 규정되어 있어 청구법인이 제품의 사업화 과정에 상당 부분 기여하였을 것으로 보이는 점, 기존 판례에 따르면 독점적 이익률과 발명자 공헌도를 100%로 산정한 사례 없이 최대 50%까지 인정된 경우만을 확인할 수 있는 점 등에 비추어 쟁점특허에 대한 발명자 공헌도를 100%로 인정할 수 없다. 결국 쟁점보상금은 직무발명으로 인한 청구법인의 ‘사용자가 얻을 이익액’이 아니라 직무발명이 실시된 청구법인의 매출액만을 기초로 산정된 것으로서 경제적 합리성이 결여되었다 할 것이다.

(2) 쟁점②(쟁점보상금에 대하여 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여달라는 청구주장의 당부) 조세특례제한법 제10조 에 따른 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받으려는 납세자는 세액공제를 신청하여야 하나, 청구법인은 연구‧인력개발비 세액공제를 신청하거나 경정청구를 제기한 바도 없이 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여 달라고 주장하고 있는바, 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여 달라는 부분은 청구대상에 해당하지 아니한다.

(3) 쟁점③(청구인 퇴사 후 청구인에게 지급된 쟁점2보상금이 산업재산권 등 양도대가에 해당한다는 청구주장의 당부) 청구법인은 쟁점2보상금이 소득세법제21조 제1항 제7호의 ‘산업재산권에 관한 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받은 금품’으로서 필요경비 공제 가능한 기타소득에 해당한다고 주장하나, 2016.12.20. 소득세법개정으로 종업원이 퇴직 전 지급받는 직무발명보상금은 근로소득에, 퇴직 후 지급받는 직무발명보상금은 기타소득에 해당하는 것으로 규정되었고, 청구법인은 특허권 양도계약서를 작성한 바 없이 직무발명보상제도에 따라 직무발명보상금으로 쟁점2보상금을 지급하였을 뿐이고, 쟁점특허권 등을 회사의 산업재산권으로 계상하지 아니하였는바, 쟁점2보상금은 소득세법제21조 제1항 제22호의2에 따라 종업원이 퇴직 후 지급받는 직무발명보상금에 해당할 뿐 소득세법 시행령제87조에서 열거한 필요경비 공제가 가능한 기타소득에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점보상금 중 처분청이 산정한 시가를 초과한 금액(OOO원)에 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

② 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여 달라는 청구주장의 당부

③ 쟁점2보상금이 산업재산권 등 양도대가에 해당한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지2> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들 및 처분청이 제출한 증빙자료에 나타나는 청구법인의 설립 현황, 사업현황 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 1998.7.21. 설립되어 OOO에서 창호공사업 등을 영위하는 법인사업자로, OOO 등 창호 제품을 생산하여 교육청, 학교 등 관공서에 납품(시공 포함)하고 있다. (나) 청구인은 건축분야 특급기술인으로, 1980년 8월 OOO, 1984년 12월 OOO 국가기술자격을 취득하고 1981년부터 1998년까지 건축사사무소 등에 근무하였으며, 청구법인의 설립 직후인 1999.2.10.부터 2017.1.9.까지 청구법인의 대표이사로 재임하였다(이후 2017.1.10. CCC가 대표이사로 취임하여 재임 중임). (다) 청구법인은 2014.3.25. 기업부설연구소 설립을 인정받았고, 기업부설연구소의 ‘2017년 기술개발 전략목표’ 등 자료에 의하면 OOO를 위한 연구활동을 한 것으로 보이며, 2018∼2020년 중 연구‧인력개발비 세액공제 내역에 따르면 기업부설연구소 소속 연구전담요원(OOO명: OOO, DDD)의 인건비를 경상연구개발비로, 기타 비용을 복리후생비로 하여 연구‧인력개발비 세액공제를 받은 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 매출액 및 당기순이익 등은 OOO과 같다. (마) 2011년 쟁점법인 발행주식에 대한 보유지분율은 청구인이 49%, CCC가 45%, EEE가 6%인 것으로 나타나고, 2020.7.15. CCC에 대하여 주주권 확인의 소(OOO)를 제기하여 2021.4.1. 승소(2021.4.21. 확정)된 것으로 나타나는바, 청구인은 사실상 CCC 명의로 되어 있는 주식을 포함하여 청구법인의 과점주주(94%=49%+45%)인 것으로 나타난다.

(2) 등록특허공보 등에 나타나는 쟁점특허권의 내용은 아래와 같다. (가) 청구인은 쟁점법인에 재직하는 동안(1998.7.27.∼2017.1.10.) 창호의 제조 관련 다수의 발명, 고안을 하였고, 청구법인은 쟁점규정에 따라 쟁점특허등을 모두 승계(양수)하여 청구법인 명의로 특허 등을 출원‧등록하였다. (나) 쟁점특허등의 심사과정에서 특허에 대한 의견 제출 통지를 받은 이력이 확인되고, 주요내용은 OOO과 같다. (다) OOO 조회결과에 의하면 쟁점특허등에 대한 기존 유사특허 및 유사도는 아래와 같이 확인된다.

1. 쟁점특허등 중에서 OOO개가 청구법인의 OOO개 제품 모델에 사용되어 정부, 공공기관 등에 납품되었고, 해당 제품 중에서 OOO개 모델이 우수조달제품으로 선정되었고, 그 중 OOO개 모델이 우수발명품 및 신제품(NEP) 인증제품으로 지정된 것으로 나타난다.

2. 연도별 쟁점특허등이 적용된 제품의 매출액은 OOO과 같다.

3. 조달정보개방포털 사이트(처분청의 특정품목조달내역조회 결과)에 의하면, 청구법인의 2009년 대비 2019년의 조달시장에서 점유율 증가는 3.09%인 것으로 나타난다.

(3) 쟁점규정 내용 및 쟁점보상금 지급내역은 아래와 같다. (가) 청구법인은 쟁점규정상의 절차에 따라 청구인에게 OOO와 같이 직무발명보상금을 지급하고 경상연구개발비로 계상하는 한편, 2015∼2016년 지급한 직무발명보상금에 대해서는 구 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것을 말함) 제12조에 따라 비과세 기타소득(직무발명보상금)으로 분류하여 별도의 원천징수를 하지 않았고, 2017년∼2019년 직무발명보상금에 대해서는 소득세법 제21조 제1항 제7호 “산업재산권 등 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품”으로 분류하여, 같은 법 시행령 제87조 제1의2호에 따라 지급 받은 금액의 80%(70%, 60%)를 필요경비로 공제하여 기타소득 원천징수하였다. (나) 쟁점규정(2011.3.4. 직무발명보 상규정 제정) 도입 경과 및 그 내용은 아래와 같다.

1. 청구법인의 임시주주총회 의사록 등에 의하면 청구법인은 2011.3.4. 직무발명보 상규정 도입 건으로 임시주주총회를 개최하였고, 당시 대표이사 청구인과 CCC 2명이 주주총회에 참석하였으며, 당시 지분율은 청구인 49%, CCC 45%인 것으로 나타난다.

2. 쟁점규정에 따르면 회사는 발명자에게 지급할 보상액을 결정함에 있어서는 “1. 직무발명의 경위와 내용, 2. 발명자의 회사에 대한 기여도, 3. 양도, 실시‧처분 수익 등 직무발명에 의하여 회사가 얻을 이익, 4. 직무발명의 완성에 회사와 발명자가 공헌한 정도” 등을 고려하여야 한다고 규정하고 있고, 쟁점규정의 직무발명보상금 산정세칙에서 실시보상금 산정기준을 세부적으로 규정하면서 ① 각 특허당 매출의 5%를 지급, ② 우수발명품 등의 경우 10∼15%로 증액 보상, ③ 다수 특허 등이 적용된 경우 제품당 매출의 20%를 한도로 보상하는 것을 주요내용으로 한다.

3. 청구법인의 직무발명보상금 지급절차를 살펴보면, 청구법인은 OOO와 같이 발명자의 신청에 의해 직무발명심의위원회의 심의에 따라 직무발명보상금을 지급하고, 예를 들면 2017.3.22. 개최된 직무발명심의위원회에서는 위원장을 CCC, 사용자위원을 DDD(사용자위원 2명)로 하고, 종업원위원 2명이 출석하여 청구인이 발명한 OOO을 청구법인이 직무발명으로 승계(통상실시권을 보유)하고, 직무발명보상금 산정기준에 의거 보상금을 지급하기로 결정한 것으로 나타난다(회사에 소속되지 않은 전문가인 자문위원은 포함되지 않은 것으로 나타남). (다) 청구인을 제외한 다른 종업원 등이 쟁점규정에 따른 직무발명보상금을 지급받은 내역은 확인되지 아니한다.

(4) 처분청이 쟁점보상금의 시가를 산정한 내역은 다음과 같다. (가) 특허청 발간 ‘기업 직무발명 보 상규정 표준모델(2012년)’에 따르면 발명진흥법제15조에 따른 정당한 보상액 산정방법과 관련하여 아래 <표16>과 같이 이원화된 보상규정체계를 갖고 있고, 실시․처분보상금의 산정은 일반적으로 “보상금 = 회사가 얻을 이익액 × 이익 창출에 대한 발명의 기여율 × 발명자의 기여율”로 정하여진다고 되어 있으며, 발명진흥법제15조 제6항은 “사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다. <표16> 이원화된 보 상규정 체계 ■ 계약 또는 근무규정에서 보상에 대하여 정한 경우 (제15조 제2항) ⇨ 그 정한 바에 따른 보상이 합리적 절차에 의한 것으로 인정 되는 경우, 법률상의 정당한 보상으로 간주 * 소제기시, 법원은 우선 보 상규정 및 보상절차의 합리성 여부를 먼저 판단하고, 합리적인 것으로 인정되면 사용자등이 지급한 보상을 인정 ■ 계약 또는 근무규정에서 보상에 대하여 정한 바가 없거나, 그 정한 바에 따른 보상이 불합리한 경우 (제15조 제3항) ⇨ 사용자등이 얻을 이익 및 발명의 완성에 대한 양 당사자의 공헌도를 고려 하여 정한 보상이 정당한 보상(법원이 정당한 보상액을 결정) (나) ‘개정직무발명보상제도 해설 및 편람(통계청)’의 정당한 보상금산정방식은 아래와 같다.

1. 발명자 기여율 산정 방식에 대하여 발명자인 종업원 등의 공헌도를 판단하는 요소로는 ① 종업원 등의 직무내용, ② 직무발명이 이루어진 경위, ③ 직무발명이 차지하는 의의, ④ 사용자 등의 사업화 경위 등을 들 수 있고, 사용자 등의 공헌도를 판단하는 요소로는 ① 사용자 등의 사업화 경위, ② 직무발명이 권리화에 이른 경위, ③ 직무발명이 사업화에 이른 경위, ④ 직무발명의 완성 이후 발명자에 대한 처우 등을 들 수 있고, ‘발명자 보상률 산정에 관한 일반적 기준 예시’로 아래와 같이 사용자 등의 공헌도를 85%, 종업원 등의 공헌도를 10%를 기준으로 하여 각 5% 가량 높이 평가할 수 있다고 해설하고 있다.

2. 산업별 적정 실시료율의 경우, 산업별 분석을 통해 적정 실시료율 목표값을 산출하고 이를 다시 국제적 지표를 통하여 검토·보완한 결과, 산업별 적정 실시료율은 아래 <표17>과 같이 예시될 수 있으며, 각 산업에 속한 기업체에서 직무발명 보상관련 실시료율을 정하는 데 유의미한 참고가 될 수 있을 것이라고 해설하였다. <표17> 산업별 적정 실시료율 예시 구 분 적정 실시료율 독일 보상지침의 경우 농림수산업 1∼4% 전기‧전자산업 3∼10% 5∼50%(전자 제외) 기계‧기구산업 5∼20% 10∼33% 금속산업 3∼6% 자동차‧부품산업 2∼7% (생략)

3. 처분청 제출 판례 분석자료에 따르면 판례에서 인정된 독점적 이익률과 발명자 공헌도 등은 OOO와 같다. (다) 처분청은 쟁점보상금의 시가를 ‘기업 직무발명 보 상규정 표준모델’의 일반적인 실시보상금 산정방식[회사매출액×독점적 이익률(50%)×실시료율(20%)×발명자 공헌도(50%)×발명자 기여율(100%)]에 따라 산정하여 OOO와 같이 쟁점특허등이 적용된 제품 매출액의 5%로 산정한 후 OOO과 같이 시가를 초과하는 금액을 부당행위계산 부인대상으로 하였다.

(5) 청구법인의 쟁점보상금에 대한 연구‧인력개발비 세액공제 경정청구 관련 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인은 쟁점보상금 전부가 직무발명보상금으로서 손금 산입되더라도(이 건 법인세 등 부과처분은 연구‧인력개발비 세액공제와 관계없이 전부 취소), 쟁점보상금에 대한 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받지 못하였으므로 쟁점보상금 전액에 대하여 조세특례제한법제10조에 따른 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하며 2021.8.27. OOO과 같이 2015∼2019사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다. (나) 청구법인은 쟁점보상금 중 시가를 초과하는 부분이 손금 부인되더라도, 쟁점보상금 중 처분청이 손금 인정한 직무발명보상금(시가 상당액 OOO원)에 대해서는 연구‧인력개발비 세액공제가 적용되어야 한다고 주장한다. (다) 처분청은 2021.10.28. 이 건 심판청구에 대한 우리 원 결정시까지 처리를 보류한다는 내용의 경정청구 거부처분을 하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점규정의 직무발명보상금 산정기준세칙에 의해 산정‧지급된 쟁점보상금이 정당한 직무발명보상금에 해당한다고 주장하나, 이는 아래와 같이 정당한 직무발명보상금에 해당한다고 보기 어렵고, 정당한 직무발명보상금에 해당한다 하더라도 특수관계인에 대하여 “시가”를 초과하여 지급한 직무발명보상금으로서 손금에 산입하기 어렵다고 판단된다.

1. 소득세법은 종업원 등이 발명진흥법 제2조 제2호 에 따른 직무발명으로 사용자 등으로부터 받는 보상금을 ‘직무발명보상금’으로 규정하고 있고, 발명진흥법 제15조 는 종업원 등이 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가지고, 사용자 등은 보상규정을 작성하여 이에 따라 직무발명보상금을 지급하도록 규정하고 있으며, 특허청 발간 ‘기업 직무발명 보 상규정 표준모델(2012년)’에 따르면 발명진흥법제15조에 따른 정당한 보상액 산정방법과 관련하여 계약 또는 근무규정에서 보상에 대하여 정한 경우 그 정한 바에 따른 보상이 합리적 절차에 의한 것으로 인정되는 경우 법률상의 정당한 보상으로 간주하나, 계약 또는 근무규정에서 보상에 대하여 정한 바가 없거나 그 정한 바에 따른 보상이 불합리한 경우 사용자 등이 얻을 이익 및 발명의 완성에 대한 양 당사자의 공헌도를 고려하여 정당한 보상을 정하도록 하고 있다. 청구법인은 직무발명보상금 산정기준을 정한 쟁점규정을 수립‧시행하고 있으나, 발명진흥법 및 쟁점규정에서 직무발명보상금을 지급함에 있어 직무발명에 의하여 회사가 얻을 이익, 발명자가 공헌한 정도 등을 고려한 정당한 보상을 하도록 규정하고 있음에도 위 규정의 직무발명보상금 산정기준세칙에서는 특허 등이 적용된 제품 매출의 5∼15%를 일괄적으로 발명자에게 지급하도록 하고 있고, 그 결과 특수관계인인 청구인에게 직무발명보상금으로 2011년부터 2019년까지 같은 기간 영업이익의 4배 이상에 달하는 약 OOO원을 지급하게 된 것으로 나타나며, 청구인 외 다른 임직원에게 직무발명보상금이 지급된 사실이 전혀 없는 점 등에 비추어, 쟁점보상금은 직무발명에 의하여 회사가 얻을 이익, 발명자 공헌도, 매출액 발생 및 증대에 청구법인의 인적‧물적 투자, 연구비, 기자재 및 설비, 마케팅, 홍보 등 다른 사용자의 공헌도가 고려되지 아니한 것으로서 과도한 금액으로 보이는 점, 그렇다면 사용자 등이 얻을 이익 및 발명의 완성에 대한 양 당사자의 공헌도를 고려하여 정당한 보상을 산정하여야 할 것인데, 처분청이 발명진흥법, 개정직무발명보상제도 해설 및 편람, 기업 직무발명 보 상규정 표준모델 등에 따라 쟁점산식을 적용하고, 산식의 독점적 이익률을 50%, 실시료율을 20%, 발명자 공헌도를 50%로 적용하여 정당한 보상을 산정한 것은 위 정당한 보상 산정기준상 청구법인에게 가장 유리한 요율을 적용한 것으로서 청구인에게 불이익한 것으로 보이지 않는 점, 설령 쟁점보상금이 발명진흥법 및 쟁점규정에 따른 정당한 보상이라 할지라도, 이는 특수관계인인 청구인에게 한정하여 지급한 것으로서 직무발명에 의하여 회사가 얻을 이익, 발명자 공헌도 등을 고려할 때 처분청에서 계산한 보상금을 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정당적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 시가 상당의 보상금으로 인정할 수 있다 할 것인 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점보상금 중 위와 같이 계산한 보상금을 초과하여 지급된 직무발명보상금에 대하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 손금불산입하는 등 하여 고지한 이건 법인세 부과처분 등은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보상금 전액에 대한 연구‧인력개발비 세액공제를 인정해 달라고 주장하나, 조세특례제한법제10조 및 같은 법 시행령 제8조 제1항, [별표6]에 의하면 ‘해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 연구‧인력개발비로 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 쟁점보상금 중 시가 상당액만이 직무발명보상금으로 손금 인정되고 나머지 시가를 초과하는 부분은 직무발명보상금으로 인정되지 아니한다 할 것인바, 쟁점보상금 중 손금 인정된 직무발명보상금에 대하여는 위조세특례제한법제10조에 따른 연구‧인력개발비 세액공제를 허용해야 할 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점보상금 중 손금 인정된 직무발명보상금의 시가 상당액에 대한 연구‧인력개발비 세액공제를 허용하지 아니하고 쟁점보상금 전액에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구인들은 청구인 퇴사 후 지급된 쟁점2보상금이 산업재산권 양도대가에 해당한다고 주장하나, 쟁점2보상금은 퇴직자에 대하여 지급한 직무발명보상금으로서 소득세법제21조 제1항 제22호의2에서 규정한 기타소득(직무발명보상금)에 해당하고, 임직원의 재직 여부에 따라 직무발명보상금의 성질이 산업재산권 등 양도대가로 변경된다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점2보상금을 직무발명보상금에 해당한다고 보아 이 건 소득금액변동통지 등을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지2> 관련 법령

(1) 발명진흥법(2013.7.30. 법률 제11960호로 개정되고, 2021.4.21. 법률 제17527호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 제11조(직무발명보상제도의 실시와 지원시책) ① 정부는 종업원등의 직무발명을 장려하기 위하여 직무발명보상제도 등의 실시에 관한 지원시책을 수립ㆍ시행하여야 한다.

② 제1항에 따른 지원시책에는 다음 각 호의 내용이 포함되어야 한다.

1. 표준이 되는 보상규정의 작성 및 보급

2. 보상과 관련된 분쟁을 예방 및 해결하기 위한 합리적인 절차규정의 작성 및 보급

3. 직무발명보상제도의 실시ㆍ운영에 관한 상담 등의 지원

③ 정부는 직무발명에 대한 보상을 실시하는 사용자등에 대하여는 제3장과 제4장에 따른 발명의 권리화와 사업화를 촉진하기 위한 조치를 먼저 하여야 한다. 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다.

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  • 어. 발명진흥법 제2조 제2호 에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금(이하 “직무발명보상금”이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 금액 (2016.12.20. 신설) 1) 발명진흥법 제2조 제2호 에 따른 종업원등(이하 이 조, 제20조 및 제21조에서 “종업원등”이라 한다)이 같은 호에 따른 사용자등으로부터 받는 보상금 (2016.12.20. 신설)

2. (생략)

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  • 라. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금으로서 대통령령으로 정하는 금액 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금 제37조(기타소득의 필요경비 계산) ① (생략)

② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다.

1. 제1항이 적용되는 경우

2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우 <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다. 제12조(직무발명보상금에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 지급한 직무발명보상금에 대해서는 제12조 제3호 어목, 같은 조 제5호 라목, 제20조 제1항 제5호 및 제21조 제1항 제22호의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되고, 2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제17조의3(비과세되는 직무발명보상금의 범위) 법 제12조 제3호 어목1)ㆍ2) 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 연 300만원 이하의 금액을 말한다. [본조신설 2017. 2. 3.] 제87조(기타소득의 필요경비계산) 법 제37조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 100분의 80에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.

  • 가. (생략)
  • 나. 법 제21조 제1항 제7호ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득 <부칙> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다. (4) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되고, 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제17조의3(비과세되는 직무발명보상금의 범위) 법 제12조 제3호 어목1)ㆍ2) 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 연 300만원 이하의 금액을 말한다. 제87조(기타소득의 필요경비계산) 법 제37조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1. (생략) 1의2. 법 제21조 제1항 제7호·제9호·제15호 및 제19호의 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다. (이하 생략) <부칙> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제87조 제1호 및 제1호의2, 제165조 제4항, 제167조의3, 제167조의4, 제167조의9, 제167조의10, 제167조의11 및 제168조의3의 개정규정: 2018년 4월 1일 (5) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제17조의3(비과세되는 직무발명보상금의 범위) 법 제12조 제3호 어목 1)·2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 연 500만원 이하의 금액을 말한다. 제87조(기타소득의 필요경비계산) 법 제37조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1. (생략) 1의2. 법 제21조 제1항 제7호·제8호의2·제9호·제15호 및 제19호의 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.

(6) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (7) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)

(8) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것, 이후 법률 개정사항은 별도로 기재하지 않음) 제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

  • 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
  • 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (9) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되고 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. (각 호 생략) [별표6] 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용 1.연구개발

  • 라. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)