쟁점건물은 부동산임대업에 공하던 건물로서 쟁점토지의 공급시기인 잔금청산 및 소유권이전일 이전에 임차인이 모두 퇴거한 후 철거에 의해 멸실되었는바, 청구인은 이때 부동산임대업을 사실상 폐업한 것으로 볼 수 있고, 쟁점건물은 양도 당시 더 이상 과세사업에 사용될 수 없는 멸실된 재화이므로 일반적인 재화의 공급으로 볼 수 없음
쟁점건물은 부동산임대업에 공하던 건물로서 쟁점토지의 공급시기인 잔금청산 및 소유권이전일 이전에 임차인이 모두 퇴거한 후 철거에 의해 멸실되었는바, 청구인은 이때 부동산임대업을 사실상 폐업한 것으로 볼 수 있고, 쟁점건물은 양도 당시 더 이상 과세사업에 사용될 수 없는 멸실된 재화이므로 일반적인 재화의 공급으로 볼 수 없음
[주 문] OOO서장이 2021.1.7. 청구인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 쟁점거래는 쟁점건물을 철거한 후 쟁점토지의 소유권만을 이전해 주는 조건의 매매계약으로 실제 청구인이 쟁점건물을 철거한 이후에 잔금을 지급받고 쟁점토지의 소유권이 이전되었으며 계약서 상 양도가액에도 쟁점토지의 가액으로만 표기되어 있다. 따라서 청구인과 양수인은 쟁점건물이 곧 철거될 것이기에 건물가액을 “OOO”원으로 인식하고 있었다. (가) 처분청에서도 당초 양도소득세 다툼에서는 매매계약서에는 쟁점토지만 표기되어 있고 소유권 이전도 쟁점토지만 이루어졌으므로 일관되게 쟁점토지만의 양도로 보아야 한다며 쟁점건물의 원가를 인정해 주지 않았다. 하지만 이의신청 과정에서 청구인이 양도가액에는 비록 소득의 정산개념의 성격이지만 쟁점건물의 가치가 녹아 있다는 해명 끝에 인용을 받게 되자 이제는 부가가치세를 과세해야 한다는 주장을 하고 있다. (나) 동일한 매매계약서의 해석을 놓고서 조사청에서는 쟁점건물이 함께 양도되지 않고 쟁점토지만 양도되었다고 보아 양도소득세를 추가 부담해야 한다고 주장하다가, 이제 처분청에서는 이의신청이 인용처분을 받게 되자 양도가액에는 쟁점건물의 가액이 포함되어 있으므로 부가가치세를 부담해야 한다고 한다. (다) 양수인에게 인도된 적도, 양수인이 이용한 적도 없는, 양도인이 멸실한 쟁점건물에 대해 실질적으로 공급이 이루어 진 것으로 추정해 기준시가로 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 계산한 것은 법리 해석을 잘못한 처분이다. (2) 양도소득금액 계산 시 쟁점건물의 취득가액을 인정받았다고 하여 반드시 부가가치세가 과세되는 것은 아니다. (가) 청구인이 취득원가에 포함된 쟁점건물의 가액에 대해 부가가치세를 신고하지 않은 것은 계약 당시에 존재하였던 쟁점건물을부가가치세법에서 규정하고 있는 재화의 인도시점(잔금지급일, 소유권이전일, 사용가능일 중 빠른 날)과 폐업일 이전에 양도인 명의로 멸실 및 철거하고 쟁점토지만 양수인에게 소유권이 이전된 쟁점 거래는부가가치세법에서 규정하고 있는 재화의 공급 요건을 충족하지 않는다고 판단해서였다. 만약에 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄하여 소유권을 이전받은 후 양수인이 쟁점건물을 철거한 경우라면 쟁점토지와 쟁점건물의 가액 구분의 적정 여부와 부가가치세 과세여부에 대해서 다툴 수 있을 것이다. (나) 쟁점토지에 대한 양도소득세를 계산할 때에 취득원가에 쟁점건물의 가액을 포함한 이유는 비록 최종적으로 쟁점토지만 소유권 이전이 되었지만 양도가액에 쟁점건물의 가치가 녹아 있기 때문에 소득의 정산차원에서 반영하였다. 즉 양도가액을 받은 대가로 희생된 청구인의 자산은 소유권이 이전된 쟁점토지와 멸실 처리된 쟁점건물이기에 양도차익을 계산할 때에는 취득원가에 포함해야 소득의 정산이 적정하게 이루어지게 되기 때문이다. 만약에 쟁점건물의 가치를 취득원가로 반영하지 않게 되면 적정한 소득금액 계산이 이루어지지 않게 되어 과도한 소득세를 부담하게 된다. (다) 대법원에서도소득세법상 양도소득세는 양도자가 얻는 소득인 “양도차익”을 과세대상으로 하는 것이지 양도의 대상이 되는 “자산”자체를 과세대상으로 하는 것은 아니라고 할 것이므로소득세법이 양도시기로 정하고 있는 대금청산일 현재 자산자체가 현존하고 있어야만 하는 것은 아니라고 판결하여 청구인이 멸실된 쟁점건물을 취득원가에 포함하여 쟁점토지의 양도차익을 계산한 사실에 정당함을 뒷받침해주고 있다.
(3) 건물의 소유권 이전과 관련하여민법제186조는 부동산물권변동의 효력은 등기를 하여야 그 효력이 발생하는 것으로 규정하고 있다. 소유권 이전등기에 있어 등기원인이라고 함은 등기를 하는 것 자체에 관한 합의가 아니라 등기하는 것을 정당하게 하는 실체법상의 원인을 뜻하는 것(대법원 1999.2.26. 선고 98다50999 판결 등)으로서 실체법상의 원인, 즉 소유권이전에 대한 합의가 필요하다. 결국 법률상, 계약상 소유권 이전의 합의 및 등기가 존재하지 아니하는 이상 쟁점건물에 대한 소유권이 이전되었다고 보기는 어려우며, 당사자 간의 합치된 의사는 쟁점토지에 대한 소유권을 이전하는 것에 있으므로 쟁점토지의 소유권 변동만이 발생한 것으로 보아야 할 것이다. (4)부가가치세법의 어디를 보아도 양도소득금액을 계산할 때 원가를 인정받은 경우에 과세대상 거래로 본다는 규정은 없다.소득세법상의 양도의 개념과부가가치세법상의 공급의 개념이 반드시 일치하지는 않는다. 양도소득은 직접세로서 소득의 정산 개념이 있는 반면에 부가가치세는 간접세로서 상대방으로부터 징수하여 납부하는 거래의 성격, 즉 재화가 상대방에게 이전되어야 과세가 가능하다. (가) 대법원에서는소득세법상의 “양도”와부가가치세법상의 “공급”에 대해 두 세목 간에 본질적인 차이가 존재한다고 판결하였다. 즉소득세법상 “양도소득세”는 양도자가 얻는 소득인 양도차익을 과세대상으로 하는 것이지 양도의 대상이 되는 자산 자체를 과세대상으로 하는 것은 아니므로 양도시기인 대금 청산일 현재 자산자체가 현존하고 있어야만 하는 것은 아니다. 반면부가가치세법상 재화의 공급에 해당되기 위해서는 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도되는 재화를 사용, 소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위가 전제되어야 하는 것이라고 판결하였다. (나) 청구인의 경우 쟁점건물을 양수인에게 이전해 주지 않았고 청구인이 소유한 상태에서 철거를 하였으며, 양수인 또한 쟁점건물을 사용·수익한 사실이 없어 대법원 판례에서 정하고 있는 공급의 전제조건을 충족하지 못하므로부가가치세법상의 재화의 공급에 해당되지 않는다. (다) 공익사업이나 재개발사업의 경우 건물의 멸실에 대한 대가를 건물 공급에 대한 대가가 아니라 건물 철거에 대한 손실보상금 성격으로 보아 부가가치세를 비과세하는 경우와 같은 이치이다. 청구인 또한 철거될 쟁점건물의 감정을 받은 것은 쟁점건물의 철거로 인한 손실에 대해 정당한 보상을 받아야 했기 때문이다. (라) 양수인은 쟁점토지의 위에 바로 건물을 신축하고 있어 철거주체가 누가되든지 간에 쟁점건물은 즉시 철거될 예정이었고, 이 같은 사실은 양수인 또한 쟁점건물의 사용가치 취득을 목적으로 대가를 지급하지 않았음을 반증하고 있다. 단지 쟁점토지를 취득하기 위한 방법으로서 철거 건물에 대한 손실을 보전해준 것이다.
(5) 쟁점토지와 쟁점건물이 일괄양도되었다고 처분청은 주장하지만,부가가치세법제29조와 같은 법 시행령 제64조에서 일괄양도는 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우로 규정하고 있다. 일괄양도가 되기 위해서는 토지와 건물이 함께 등기부등본상의 접수일 또는 잔금지급일까지 양수인에게 공급되어야 하지만 쟁점거래의 경우 잔금지급일과 소유권이전일이 도래하기 전에 쟁점건물을 철거되고 쟁점토지만 소유권이 이전되었다. (가) 쟁점거래의 경우 매매계약서에 “현 시설 상태에 있는 건물은 매도자가 멸실하고 매수인에게 양도한다”라고 되어 있어 쟁점건물의 소유권은 여전히 청구인에게 남아있음을 알 수 있으며, 쟁점건물을 철거하고 난 이후에야 중도금과 잔금을 받을 수 있고, 만에 하나 계약조건대로 이행이 되지 않으면 청구인은 계약금인 OOO원 상당액의 위약금을 부담해야 하며, 동 거래는 성사되지 않았을 것이다. (나) 이처럼 이미 쟁점건물은 철거되어 존재하지 않는데 존재하지도 않는 쟁점건물을 기준시가로 안분계산하여 실제 공급한 것으로 보아 과세하는 것은 법리에 맞지 않은 처분이다.
(6) 처분청에서 양도가액에 쟁점토지와 쟁점건물이 포함되어 있는 것으로 보아 기준시가로 안분계산한 쟁점건물의 가액인 OOO원은 쟁점건물의 감정평가액인 OOO원에 비해 지나치게 높아 합리적인 가액으로 보는데 무리가 있다. (가) 통상 건물은 시간이 경과할수록 가치가 하락하는 점을 감안하면 처분청에서 쟁점건물의 양도시기로 본 2019년 제2기 직전기에 감정평가한 쟁점건물의 가액보다 약 2배 가량이 많은 기준시가 가액은 2018년 재무제표 상 쟁점건물의 장부가액인 OOO원 및 감정평가액인 OOO원에 비해 공정하고 합리적인 가액으로 볼 수 없다. (나) 설사 처분청에서 주장하듯이 양도가액에 쟁점건물과 쟁점토지의 가액이 포함되어 있다고 하더라도 청구인은 2018년 기준시점으로 감정한 쟁점건물의 가액 이상을 양수인으로부터 지급받을 수도 없으며, 일반적으로 감정평가액이 기준시가보다 시장가치에 근접한 가액인 점을 고려하여 이건 거래의 계약일인 2018.12.27. 보다 불과 열흘정도 뒤인 2019.1.7.에 감정평가한 쟁점건물의 감정가액이 존재하므로 동 금액을 쟁점건물의 시가로 보아 부가가치세를 계산해야 한다. (7) 쟁점거래는 사실상 임대사업의 폐업시기인 임차인의 퇴거 완료일(2019.5.3.) 이후에 청구인이 쟁점건물을 철거(2019.8.12.)하고 쟁점토지만을 소유권 이전해준 거래로서, 폐업일 이후 자가공급한 것으로 보아부가가치세법제29조 제11항 및 같은 법 시행령 제66조 제2항에 의거 폐업시 잔존재화로 과세해야할 대상이지 실질 공급한 것으로 간주하여 양도가액에 건물과 토지의 가액이 불분명한 경우에 적용하는 기준시가로 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 계산한 것은 부적정하다고 판단된다. (가) 쟁점건물에서 사업을 영위해 오던 임차인들은 매매계약이 체결된 이후 쟁점건물의 철거를 위해서 2019년 5월에 다른 곳으로 사업장을 이전하여 사실상 임대업을 영위하지 않았다. 이 같은 사실은 임차인의 사업자등록증을 통해서 확인되고 있다. (나) 부가가치세법 시행령제28조 제9항에서는 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 보는 것이라고 규정하고 있지만, 쟁점거래의 경우 폐업일 이전에 작성된 매매계약서 상에 쟁점건물은 양도자인 청구인이 철거하는 것으로 합의가 되어 있고 양도물건에는 쟁점토지만 기재되어 있으므로 처분청이 임차인들이 모두 퇴거한 이후에 청구인 명의로 멸실한 쟁점건물을 양수인에게 실질공급된 것으로 보아 부가가치세를 적용한 것은 무리가 있다.
(2) 청구인은 과세관청의 결정 세목(양도소득세, 부가가치세)에 따라 상반된 주장을 하고 있습니다. (가) 청구인은 현재 양수인의 필요에 따라 상당한 가치를 지닌 쟁점건물을 철거하고 양도함에도 쟁점토지만을 양도하는 매매계약이라고 주장하고 있으나, 2019.10.30. 양도소득세 신고 당시에는 양도가액에 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 포함되어 있으므로, 쟁점건물의 취득가액 및 철거증축비용을 양도소득세 필요경비로 산입하여 신고한 사실이 있으나 청구인의 주장대로 쟁점건물의 가액이 OOO원인 경우에는 구 건물취득가액은 필요경비로 산입할 수 없는 것으로 판단된다. (나) 처분청은 이때 쟁점토지만을 거래한 것으로 보고 쟁점건물의 취득가액과 증축비용은 필요경비 불산입하여 양도소득세 경정·고지한 사실이 있으나, 2020.6.23. 이의신청 시 쟁점건물을 포함하여 양도하였다는 청구인의 주장을 관철시켜 인용된 바가 있음에도, 쟁점건물의 양도에 따른 부가가치세 과세처분에 불복하고, 거래당시 쟁점토지만을 양도하였기에 처분을 취소하여 달라는 상반된 주장을 하고 있다. 이는 각 세목에 대하여 처분청의 결정 때마다 임의적이고 상반된 주장에 해당한다.
(3) 청구인이 쟁점건물을 멸실하여 양도할 이유가 없습니다. (가) 최초 부동산계약 당시 쟁점건물을 포함하여 계약하였다가, 변경계약시 쟁점건물을 멸실하는 조건으로 변경계약하면서 철거비용을 양수인이 청구인에게 지급한 점과 변경계약 전 쟁점건물에 대한 감정평가금액도 OOO원에 달하는 상당한 가치를 지닌 점 등을 미루어 판단하건대, 부동산매매계약시 쟁점건물에 대하여 대가를 받지 않고 쟁점토지만을 양도할 특별한 사정과 이유가 없기에 부가가치세법 시행령제64조의 규정에 따라 부동산 거래금액을 토지공시지가와 건물시가표준액 비율로 안분계산한 쟁점건물의 공급가액에 대하여 부가가치세 과세함이 타당하다. (나) 청구인은 계약변경으로 쟁점건물의 철거비용인 OOO원을 양도가액에 추가하였다고 주장하였는데 이로 미루어보아 쟁점건물의 철거는 양수인의 의지에 따른 것으로 양도가액에는 쟁점건물의 가액이 포함된 것으로 판단된다.
(4) 쟁점토지와 쟁점건물은 가액구분이 불분명한 일괄양도에 해당합니다. (가) 이 건 쟁점부동산과 동산은 하나의 감정기관이 평가하였고 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니하는 등 평가방법이 부적정하여 시가로 볼 수 없어, 각 자산별 감정가액을 공급가액으로 인정할 수 없다. (나) 또한 감정가액은 둘이상의 감정기관 평가액의 평균액이 아니며, 2018년 재무제표 상 장부가액은 양도 당시의 상황과는 차이가 있는 등 객관성이 없고 부적정하기에 기준시가에 따라 안분계산 하여 각 자산별 양도가액을 산정한 것은 적법한 것으로 판단된다.
(5) 청구인은 처분청의 상반된 주장에 대한 예측가능성의 침해라고 주장하나, 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정하려는 양도소득세 이의신청 인용은 곧 쟁점건물의 양도에 해당하는 것이므로 청구인은부가가치세법상 과세대상이 됨을 인지하고 있어야 한다.
(6) 또한 부가가치세를 거래상대방으로부터 징수하지 않았다고 주장하나부가가치세법상 재화의 공급에 해당할 경우 거래징수 여부와 관계없이 거래금액 또는 영수금액의 110분의 100이 부가가치세 과세표준이 되는 것이며, 이 경우 기준시가로 안분계산한 건물분의 가액이 과세표준이다.
① (주위적 청구) 철거된 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 감정평가액을 쟁점부동산의 공급가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 제29조(과세대상) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제7조(폐업일의 기준) ① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.
3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조 제1항에 따른 폐업신고서의 접수일 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. (단서생략)
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산) ② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제1항·제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.
공급가액 = 해당 재화의 취득가액 × (1 - 5 × 경과된 과세기간의 수) 100
(3) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (4) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2009.11.30. OOO 토지 966㎡와 지상의 건물 1,812.04㎡(2010.2.4. 2,255.42㎡로 증축), 2009.11.26. OOO 토지 588㎡를 각 취득하여 부동산임대업에 사용하다 2018.12.27. 아래 OOO과 같이 양수인에게 쟁점토지를 OOO원에 매각하는 매매계약을 체결하였다. (나) 이후 청구인과 양수인은 2019.6.19. 아래 OOO와 같이 쟁점건물을 청구인이 철거하고 매매대금을 OOO원으로 수정하는 등 매매계약을 변경하였다. (다) 쟁점건물의 건축물대장 등에 따르면 쟁점건물은 2004.10.20. 신축된 후, 2010.2.24. 일부 시설이 증축되었으며, 2019.5.3. 쟁점건물의 임차인들(OOO, OOO)이 퇴거한 후, 2019.8.12. 멸실(건축허가과-14016)된 것으로 나타난다. (라) 청구인은 2019.8.16. 쟁점토지를 양수인에게 소유권이전하였으며, 2019.10.30. 양도소득세를 신고하는 과정에서 쟁점건물의 취득가액인 OOO원과 자본적지출액 OOO원 합계 OOO원을 필요경비로 계상하였다. (마) 쟁점토지의 양도에 따른 계약금, 중도금, 잔금 수수 등과 관련한 일자별 주요 거래내용을 요약하면 아래 OOO과 같다. (바) 조사청은 청구인이 양도소득세 신고시 계상한 필요경비가 양도자산에 대응되지 않는 것으로 보아 필요경비를 부인하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2020.5.6. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 이에 불복한 청구인이 2020.6.23. 제기한 이의신청이 2020.7.23. 인용됨에 따라 위 양도소득세는 취소되었다. (사) 이후 조사청은 2020.8.28. 청구인이 쟁점건물과 쟁점토지를 함께 양도하였음을 전제로 쟁점건물의 양도에 대한 부가가치세 신고를 누락하였다고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 산출된 OOO원을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 2021.1.7. 청구인에게 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. (아) 청구인은 감정평가법인인 대일감정원에 쟁점건물과 쟁점토지의 감정을 의뢰하였고, 그 결과 아래 OOO와 같이 2018.11.20.을 평가기준일로 하여 쟁점건물과 쟁점토지를 감정평가하였다. (자) 국세청 전산시스템에 따르면 청구인의 2018년 귀속 종합소득세 신고시 제출된 대차대조표 상 쟁점건물의 가액은 OOO원이고, 부가가치세 신고시 쟁점건물의 철거공사비는 매입세액을 불공제한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 쟁점건물의 취득가액과 자본적지출액을 필요경비로 신고하였다는 점 등을 들어 쟁점건물과 쟁점토지를 함께 양도하였음을 전제로 쟁점건물의 양도가액이 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분·계산하여 산출된 OOO원이라는 의견이나, 2019.6.19. 청구인과 양수인간에 체결한 부동산매매계약서에 의하면 양도대상이 쟁점토지만이고, 쟁점토지의 소유권을 이전하기 전에 쟁점건물을 청구인의 책임하에 멸실하도록 약정하였으며, 처분청도 동 계약서의 존재사실에 대하여 달리 다툼이 없는 점,부가가치세법제9조 및 제15조에서는 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것이며, 재화의 공급시기는 재화가 인도 및 이용가능하게 되거나 재화의 공급이 확정되는 때라고 규정하고 있는데, 쟁점건물은 부동산임대업에 공하던 건물로서 쟁점토지의 공급시기인 잔금청산 및 소유권이전일(2019.8.16.) 이전에 임차인이 모두 퇴거(2019.5.3.)한 후 철거에 의해 멸실(2019.8.12.)되었는바, 청구인은 이때 부동산임대업을 사실상 폐업한 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점건물은 쟁점토지의 양도 당시 더 이상 과세사업에 사용될 수 없는 멸실된 재화이므로 일반적인 재화의 공급으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점건물에 대하여 폐업시 잔존재화로 보아 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 2019.8.16. 쟁점토지의 양도에 대하여 토지와 건물을 동시에 양도하였다고 보고 양도가액(OOO원) 중 토지가액 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 과세표준을 산출하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.