조세심판원 심판청구 양도소득세

과세예고통지를 지연하여 과세전적부심사를 받지 못하였으므로 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2021-부-3060 선고일 2021.10.27

국세기본법제81조의15 제2항 제3호는 “과세예고통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간 만료일까지 3개월 이하”인 경우 과세전적부심사 청구 관련 규정을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있는데, 〇〇세무서장이 〇〇국세청장으로부터 부족징수한 법인세 등에 대한 처분지시를 받고 1개월 내에 위 과세예고통지를 한 사실을 보면 부당하게 과세예고통지를 지연하였다거나 하는 사정도 나타나지 않으므로 청구주장은 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)는 1986.1.20. 개업하여 OOO에서 선박부식방지기 제조업을 영위하고 있는 법인이며, 대표이사인 BBB와 그의 특수관계인들이 그 발행주식의 100%를 보유하고 있다.
  • 나. AAA는 2015.12.8. 청구인 CCC(BBB의 누나, 이하 “CCC”라 한다)로부터 자기주식 OOO주, 청구인 DDD(BBB의 아들, 이하 “DDD”라 한다) 및 EEE(BBB의 딸, 이하 “EEE”라 하고, AAA, CCC, DDD, EEE을 합하여 “청구인들”이라 한다)으로부터 자기주식 각 OOO주(이하 매매대상 주식 합계 OOO주를 “쟁점주식”이라 한다)를 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 따라 2015.6.30.을 기준으로 1주당 OOO원으로 평가하여 OOO원에 취득(이하 “쟁점주식매매거래”라 한다)한 것으로 신고하였다가 쟁점주식의 양도일인 2015.12.8.을 기준으로 1주당 가액을 OOO원으로 재평가하고 증액된 쟁점주식의 평가액과 그 매입가액과의 차액 OOO 을 익금산입하여 2016.11.3. 2015년 귀속 법인세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였고, CCC와 DDD 및 EEE(이하 “CCC등”이라 한다) 역시 쟁점주식매매거래 후 1주당 OOO원으로 하여 2016.2.29. 쟁점주식에 관한 2015년 귀속 양도소득세 및 2015년 4분기 증권거래세를 각 신고ㆍ납부하였다가 2016.11.5. 1주당 가액을 양도일(2015.12.8.) 기준으로 OOO원으로 재평가하여 양도소득세 및 증권거래세를 수정신고ㆍ납부하였다.
  • 다. OOO서장은 2018.3.26.부터 2018.9.30.까지 AAA의 2013∼2017사업연도에 대한 법인통합조사(이하 “이 사건 AAA조사”라 한다)를 실시한 결과, AAA가 합계 OOO원의 매출액(이하 “이 사건 매출누락금액”이라 한다)을 신고누락하였다고 보아 2018.11.7. 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였는데, 2020.12.23. OOO청장(감사관)으로부터 이 사건 매출누락금액으로 쟁점주식의 1주당 평가액이 증액되었음에도 청구인들에 대한 법인세와 양도소득세 및 증권거래세를 경정ㆍ고지하지 않았다는 감사지적을 받고 이 사건 매출누락금액을 반영하여 쟁점주식의 1주당 평가액을 OOO원으로 재산정한 후, AAA에 대해서 쟁점주식의 저가취득에 따른 차액을 익금산입하고, CCC등에 대해서 쟁점주식의 양도가액을 증액경정하여 2021.1.6. 및 2021.1.8. 청구인들에게 법인세 등에 관한 과세예고통지를 하였다.
  • 라. 청구인들은 2021.2.1. 이에 대한 과세전적부심사를 청구하였으나, OOO서장은 2021.3.11. 이를 불채택 및 각하하고 2021.2.17.부터 2021.3.23. 사이에 AAA에 대한 2015사업연도 법인세 OOO원과 DDD에 대한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2015년 4분기 증권거래세 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편 관련 자료를 통보하였으며, 이에 따라 OOO서장 및 OOO서장은 2021.2.16.부터 2021.3.24. 사이에 CCC 및 EEE에게 아래 <표1>의 처분(이하 “이 사건 처분”이라 한다)을 하였다.
  • 마. 청구인들은 이에 불복하여 2021.5.7. 심판청구를 제기하였다 <표1> 청구인들의 신고 및 처분청들의 이 사건 처분 고지내역 OOO

2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) OOO서장은 이 사건 AAA조사를 통해 이미 쟁점주식의 1주당 평가액이 증가한 사실을 알고 있었고, 그렇지 않다고 하더라도 적어도 OOO국세청으로부터 이 사건 처분에 관한 시정명령을 받았던 2020년 9월경에는 위와 같은 사실을 알 수 있었을 것인바, 그럼에도 명확한 사유 없이 이 사건 법인세 및 증권거래세에 관하여 과세예고통지를 지연시키다가 부과제척기간의 만료일까지 3개월도 남지 않은 2021.1.5.에서야 통지함으로써 청구인들에게 과세전적부심사를 받을 기회조차 주지 아니하였는데, 이는 청구인들의 절차적 권리를 침해한 것으로 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과처분은 중대한 절차적 하자가 존재하는 부당한 처분이다.

(2) 청구인들은 쟁점주식매매거래에 관하여 법인세 등을 신고ㆍ납부하였다가 OOO서장이 쟁점주식의 평가기준일과 양도시점이 상이하다고 지적함에 따라 쟁점주식의 1주당 평가액을 재계산하여 이에 따라 법인세 등을 수정신고ㆍ납부하였으며, OOO서장은 이에 대하여 어떠한 문제도 제기하지 않았고, 뿐만 아니라 OOO서장은 이 사건 AAA조사를 통하여 이 사건 매출누락금액을 확정하고도 쟁점주식매매거래에 관한 법인세 등을 경정ㆍ고지하지 않았는바, 쟁점주식매매거래일로부터 6년이 지나서야 OOO국세청장의 감사지적에 따라 쟁점주식의 1주당 평가액을 재계산하여 이 사건 법인세와 양도소득세 및 증권거래세를 과세한 처분은 동일 과세연도에 대한 재조사에 따른 처분이므로 국세기본법제81조의4 제2항을 위반한 위법한 처분이다.

(3) 대법원은 납세의무자에게 세법상 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 감면할 수 있다는 입장인바, 청구인들은 OOO서장이 산정한 이 사건 매출누락금액이 과다하다고 보아 심판청구를 제기하였고, 조세심판원의 재조사결정에 따라 OOO서장이 이 사건 매출누락금액을 일부 감액하였으나 이에 대해서도 심판청구를 준비 중에 있으므로 이 사건 양도소득세 및 증권거래세를 과소신고한데 대하여 청구인들을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 있고, 따라서 이 사건 양도소득세 및 증권거래세에 관한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청들 의견

(1) OOO서장은 2021.1.6. 및 2021.1.8. 청구인들에게 이 사건 처분들에 관한 과세예고통지를 하였고, 다만 국세심사위원회는 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과처분의 경우 부과제척기간의 만료일(각 2021.3.31., 2021.2.28.)까지 3개월 이하의 기간이 남았다는 이유로 국세기본법제81조의15 제3항 제3호 및 같은 조 제5항 제3호에 따라 각하(심사제외)한 것이므로 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과처분에 어떠한 절차상 하자가 있다고 할 수 없다. (2) 상속세 및 증여세법 기본통칙 63-56…10에서는 법인에 대한 법인세 경정으로 주식평가액에 변동이 생긴 때에는 상속세 및 증여세법제76조 제4항에 따라 상속세 및 증여세의 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있는바, 이 사건 매출누락금액을 반영하여 쟁점주식의 1주당 가액을 증액평가하고 이에 따라 이 사건 처분을 경정ㆍ고지한 것이 국세기본법제81조의4 제2항에 위반된다고 볼 수 없다.

(3) 국세기본법제57조는 심판청구가 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 않는다고 규정하고 있는바, 이 사건 매출누락금액에 대한 심판청구가 진행되고 있다는 것이 이 사건 양도소득세 및 증권거래세 부과처분에 관한 가산세 감면의 정당한 사유가 될 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 과세예고통지를 지연하여 과세전적부심사를 받지 못하였으므로 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

② 이 사건 처분이 국세기본법상 재조사금지원칙을 위반한 위법한 것이라는 청구주장의 당부

③ 가산세 면제의 정당한 사유가 있다는 청구구장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

  • 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
  • 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 국세징수법 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정

2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

3. 청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니한 경우: 심사하지 아니한다는 결정

⑨ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날

(3) 소득세법 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑧ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 거주자의 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였을 때에는 이를 그 거주자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 알려야 한다.

(4) 증권거래세법 제3조(납세의무자) 증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체(對替)로 매매결제하는 경우에는 주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률 제2조 제6호 에 따른 전자등록기관(이하 “전자등록기관”이라 한다) 또는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제294조 에 따라 설립된 한국예탁결제원

  • 가. 증권시장에서 양도되는 주권
  • 나. 증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

2. 제1호 외에 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자(이하 “금융투자업자”라 한다)를 통하여 주권등을 양도하는 경우에는 해당 금융투자업자

3. 제1호 및 제2호 외의 방법으로 주권등을 양도하는 경우에는 그 주권등의 양도자. 다만, 국내사업장을 가지고 있지 아니한 비거주자 또는 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 주권등을 금융투자업자를 통하지 아니하고 양도하는 경우에는 그 주권등의 양수인을 증권거래세 납세의무자로 한다. 제10조(신고·납부 및 환급) ① 증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 구분에 따라 과세표준과 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제3조 제1호 및 제2호의 경우에는 매월분의 과세표준과 세액을 다음 달 10일까지 신고할 것

2. 제3조 제3호의 경우에는 매 분기분의 과세표준과 세액을 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 신고할 것

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) AAA의 등기사항일부증명서 및 주식등변동상황명세서, 이 사건 AAA조사 내용, OOO국세청 감사관의 OOO서장에 대한 감사지적내용 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) AAA 발행주식은 대표이사 BBB 및 그 특수관계인들이 100% 보유하고 있고, 주요 임원내역은 아래 <표2>과 같다. <표2> AAA의 주요 임원내역 OOO (나) AAA는 2003.5.2. OOO주(액면가액 OOO원)을 유상증자하였고, FFF(BBB의 배우자) OOO주, DDD OOO주, EEE OOO주를 각 취득하였다. (다) AAA와 CCC등은 2015.12.8. 쟁점주식매매거래를 한 후, 쟁점주식의 1주당 가액을 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조 제1항에 따라 OOO원으로 산정(평가기준일을 2015.6.30.로 적용함)하고, 이를 근거로 CCC등은 2016.2.29. 쟁점주식에 관한 양도소득세 및 증권거래세를 신고ㆍ납부하였다. <표3> AAA의 주주변동내역 OOO (라) OOO청장(감사관)은 2016.10.17.부터 2016.11.3.까지 OOO서장에 대한 정기종합감사를 실시한 결과 청구인들이 쟁점주식을 양도시점(2015.12.28.)이 아닌 2015.6.30. 기준으로 평가하여 그 가액을 과소산정하여 법인세 등을 과소납부하였다는 감사지적을 하였고, 이에 따라 OOO서장이 청구인들에게 해명자료 제출안내문을 발송하자, AAA는 2016.11.3. 쟁점주식의 1주당 가액을 양도일인 2015.12.28. 기준으로 OOO원으로 평가하고 이에 따라 계 산한 법인세법제15조 제2항 제1호에 따른 저가양수금액 OOO을 익금산입하여 법인세를 수정신고ㆍ납부하였고, CCC등도 2016.11.5. 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 및 증권거래세를 추가납부하였다. (마) OOO서장은 이 사건 AAA조사를 실시한 결과, AAA가 2013년부터 2017년까지 이 사건 매출누락금액을 신고누락하였다고 보아 이를 익금산입하는 등 하여 2018.11.7. AAA에 2015년 귀속 법인세 OOO원 등을 경정ㆍ고지하였으나, 2013ㆍ2014사업연도 AAA의 순손익이 증가함에 따라 쟁점주식의 1주당 평가액이 증가한 것과 관련하여서 쟁점주식의 저가취득에 따른 차액을 별도로 익금산입하지 않았고, CCC등의 쟁점주식 양도가액을 경정하지 않았다. (바) OOO국세청장(감사관)은 2020.8.18.부터 2020.9.2.까지 OOO서장에 대한 종합감사를 실시한 결과, OOO서장이 이 사건 AAA조사로 이 사건 매출누락금액을 적출하고도 AAA에 대한 법인세와 CCC등에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 경정ㆍ고지하지 않아 법인세 등을 부족징수하였다고 보아 2020.12.23. 부족징수한 법인세 등을 징수할 것을 지시OOO하였고, 이에 따라 OOO서장은 위 감사지적을 받고 이 사건 매출누락금액을 반영하여 쟁점주식의 1주당 평가액을 OOO원으로 재산정한 후 AAA에 대해서 쟁점주식의 저가취득에 따른 차액을 익금산입하고 CCC등에 대해서 쟁점주식의 양도가액을 경정하여 2021.1.6. 및 2021.1.8. 청구인들에게 이 사건 처분에 관한 과세예고통지를 하였다. (사) 청구인들은 이에 대하여 2021.2.1. 과세전적부심사를 청구하였으나, OOO서장은 2021.3.11. AAA에 대한 2015사업연도 법인세 및 CCC등에 대한 2015년 4분기 증권거래세 관련 과세전적부심사청구의 경우 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우(국세기본법제81조의15 제3항 제3호)에 해당한다는 이유로 각하하고, CCC등에 대한 2015년 귀속 양도소득세 관련 과세전적부심사청구의 경우 기각하였고, 이에 따라 처분청들은 청구인들에게 아래 <표4>와 같이 이 사건 처분을 하였다. <표4> 이 사건 처분 내역 OOO (아) 한편, AAA는 이 사건 AAA조사에 따른 법인세 부과처분에 대하여 2019.7.17. 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 이 사건 매출누락금액을 재산정할 것OOO을 결정하였고, OOO서장은 2021.6.14.부터 2021.7.23.까지 위 재조사결정에 따라 이 사건 매출누락금액에 대한 재조사를 실시하여 아래 <표5>와 같이 AAA의 이 사건 매출누락금액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 재경정(이 중 2013년 매출누락액은 당초 OOO원에서 OOO원으로, 2014년 매출누락액은 당초 OOO원에서 OOO원으로 경정함)하고, 쟁점주식 1주당 가액을 OOO원으로 재평가하여 2021년 9월경 청구인들에게 법인세와 양도소득세 및 증권거래세 일부를 환급하였다. <표5> 이 사건 매출누락금액 경정에 따른 이 사건 처분 경정내역 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①에 관하여 청구인들은 OOO서장이 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과처분에 대한 과세예고통지를 지연하여 과세전적부심사를 받지 못하였으므로 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다고 주장하나, 국세기본법제81조의15 제2항 제3호는 “과세예고 통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간 만료일까지 3개월 이하”인 경우 과세전적부심사 청구 관련 규정을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있는데, OOO서장이 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과처분에 관한 과세예고통지를 한 날(2012.1.6. 및 2021.1.8.)로부터 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과 제척기간 만료일(2021.3.31. 및 2021.2.28.)까지 3개월 이하의 기간이 남아있었고, OOO서장이 2020.12.23. OOO청장으로부터 부족징수한 법인세 등에 대한 처분지시를 받고 1개월 내에 위 과세예고통지를 한 사실을 보면 부당하게 과세예고통지를 지연하였다거나 하는 사정도 나타나지 않으므로 과세전적부심사를 받지 못하여 이 사건 법인세 및 증권거래세 부과처분에 중대한 절차상 하자가 존재한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 청구인들은 이 사건 처분이 국세기본법상 재조사금지원칙을 위반한 위법한 처분이라고 주장하나, 소득세법제114조 제3항 등은 처분청의 당초 경정에 오류가 있는 경우 이를 재경정할 수 있다고 규정하고 있고, 처분청들은 OOO국세청 감사관실의 OOO세무서에 대한 업무감사결과에 따라 이 사건 처분을 하였을 뿐 이 사건 AAA조사 후 청구인들에 대하여 국세기본법제81조의4 제1항에 따른 세무조사를 실시한 사실이 없는 점 등에 비추어 이 사건 처분이 재조사금지원칙을 위반한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 청구인들은 이 사건 양도소득세 및 증권거래세 부과처분에 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 과할 수 없다OOO고 할 것인데, 이 사건 매출누락금액에 관한 불복절차가 진행 중이라고 하여 이를 세법해석상 견해의 대립이 있는 것으로 볼 수 없고, 청구인들은 AAA의 주주(DDD는 AAA의 사내이사이다)이고 대표이사 BBB의 특수관계인이므로 당초 쟁점주식매매거래에 관한 양도소득세 및 증권거래세를 과소신고ㆍ납부한데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 사건 양도소득세 및 증권거래세의 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 청구인들 주소 및 처분청 OOO

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)