3. 심리 및 판단
① 쟁점가공매입액 중 쟁점무자료매입액을 청구법인의 손금으로 인정하여 법인세 과세표준 및 소득금액변동통지를 경정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점가공매입액에 대한 부가가치세 매입세액은 그 귀속이 불분명하다고 볼 수 없으므로 이를 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분이 위법하다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제67조【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령 령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
- 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
- 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
- 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
- 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청의 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다.
(2) 처분청이 제출한 결의서에 의하면, 쟁점가공매입액 및 쟁점매입세액의 세부 내역은 아래 <표1>과 같고 이에 관한 소득금액조정내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 쟁점가공매입액 및 쟁점매입세액 <표2> 쟁점가공매입액 및 쟁점매입세액에 관한 소득금액조정내역
(3) 청구법인은 청구법인이 bbb로부터 무자료 상품을 매입하였다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다. (가) bbb가 작성한 “2014년 KKK 주식회사” 수첩에는 “OOO”이라고 기재된 내역이 일부 확인된다. (나) CCC가 OOO에게 발급한 거래명세서의 납품장소란에는 “bbb님”으로 기재된 것으로 나타난다. (다) 주식회사 III가 발급받은 출고전표(공급자 미상)의 비고란에는 “OOO bbb”라고 기재된 것으로 나타난다. (라) OOO 사법경찰관이 징구한 2020.6.4.자 bbb에 대한 피의자 신문조서의 주요 내용은 아래와 같다. (마) 청구법인은 bbb가 실제로 청구법인을 포함한 사업자들에게 전기자재를 판매하였다는 증명서류로 mmm 등 12인이 작성한 사실확인서를 제출하였다.
(4) 청구법인은 쟁점무자료매입액(OOO원)을 실제 매입액으로 인정하여 법인세 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지를 경정하여야 한다고 주장하는바, 청구법인이 제출한 쟁점무자료매입액의 근거자료 및 그 산출과정은 아래와 같다. (가) 청구법인은 각 사업연도에 실제 매입하였으나, 장부에 기장되지 않은 전선케이블의 수량은 <표3>의 부족수량과 같다고 주장하고 있는바, 그 산출과정은 다음과 같다. <표3> 청구법인의 상품(전선케이블) 수불부(2015년∼2018년)
1. 매출수량은 청구법인의 전산 시스템 상 거래명세서를 바탕으로 산출하였다.
2. 기초ㆍ기말재고는 청구법인이 법인세 신고 당시 제출한 재고자산 부속명세서를 기초로 작성하되, 구체적인 품목의 구분이 되지 않는 사업연도의 경우 재고가 없는 것으로 가정하였다.
3. 매입수량은 청구법인이 발급받아 보관하고 있던 거래명세서를 바탕으로 산출하였다. (나) 청구법인은 동 부족수량을 무자료로 현금매입하는 조건으로 청구법인이 CCC 등으로부터 매입하는 가격의 80% 상당의 가격에 매입하였으므로 거래명세서 상 확인되는 평균매입단가의 80%를 무자료 매입 상품의 평균매입단가로 가정한 후 아래 <표4>와 같이 쟁점무자료매입액을 산출하였다. <표4> 쟁점무자료매입액 산출근거
(5) 청구법인은 공급대가인 쟁점가공매입액과 쟁점매입세액의 합계액을 AAA 주식회사에 송금한 후 AAA 주식회사로부터 쟁점매입세액을 제외한 쟁점가공매입액만을 현금으로 반환받았으므로 사외유출된 쟁점매입세액은 AAA 주식회사에 귀속된 것으로 보아야 한다고 주장하면서 AAA 주식회사의 운영자 nnn이 2021.4.8. 작성한 확인서를 제출하였다.
(6) 이의신청 결정문(OOO)에 기재된 AAA 주식회사와 관련된 내용은 아래와 같다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해서 살펴본다. (가) 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2011.4.28. 선고 2010두28076 판결, 같은 뜻임). (나) 처분청은 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점무자료매입액을 실제 매입액으로 인정할 수 없다는 의견으로 청구법인은 수기로 보관한 거래명세서 및 일부 확인되는 기초․기말재고수량을 기준으로 매입수량을 개략적으로 산정한 후 통상 거래가격의 80%로 동 매입수량을 구입하였다는 전제 하에 쟁점무자료매입액을 산정하였는바, 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점무자료매입액을 청구법인의 실제 매입액으로 인정하기에는 어렵다고 판단된다. (다) 다만, 전선 케이블 등을 매입하여 판매하는 업을 영위하는 청구법인의 경우 매출이 발생하기 위해서는 필연적으로 그에 상응하는 매입이 존재할 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 bbb의 수첩과 거래명세서 및 출고전표, 2020.6.4.자 bbb의 피의자 신문조서 등에 의하면, 청구법인이 세금계산서를 발급받지 아니하고 전선 케이블 등을 실제 매입하였을 것으로 보이는 점 등을 종합하면 처분청은 실제 청구법인이 사업목적으로 지출하였음에도 손금에 산입하지 않은 비용이 있는지 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 법인세 과세표준․세액 및 소득금액변동통지금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(8) 다음으로 쟁점②에 대해서 살피건대, 처분청은 쟁점매입세액은 사실과 다른 세금계산서를 수취함에 따라 청구법인으로부터 부당하게 인출된 금원으로서 동 금원이 청구법인으로부터 유출된 때에 청구법인의 대표이사에게 처분권이 귀속된 것으로 보아야 한다는 의견이나, AAA 주식회사가 청구법인으로부터 쟁점가공매입액과 쟁점매입세액 상당액을 수취한 후 쟁점매입세액 상당액을 제외한 쟁점가공매입액만을 반환하였다는 데에 대하여 청구법인의 주장과 AAA 주식회사의 실제 대표자 nnn의 진술이 일치하는 점, 부가가치세법상 사업자가 거래징수한 매출세액은 그 사업자의 부채로 계상되었다가 부가가치세 신고․납부 시 국가에 귀속되는 것으로 AAA 주식회사는 쟁점가공매입액을 부가가치세 과세표준에 가산하여 부가가치세를 신고․납부한 점 등을 종합하면 쟁점매입세액이 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.