쟁점특허권은 청구법인의 업무와 연관이 있는 것으로 청구법인의 사료 제조과정에서 획득하였을 가능성이 높고, 쟁점특허권을 출원하기 전 대표이사 〇〇〇이 출원한 특허권 등은 쟁점특허권과는 연관 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
쟁점특허권은 청구법인의 업무와 연관이 있는 것으로 청구법인의 사료 제조과정에서 획득하였을 가능성이 높고, 쟁점특허권을 출원하기 전 대표이사 〇〇〇이 출원한 특허권 등은 쟁점특허권과는 연관 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인 대표이사 AAA은 청구법인이 설립되기 전 훨씬 이전부터 오징어 내장에 대한 사료화를 연구하여 왔으며 그 동안의 연구결과를 바탕으로 특허를 취득하였고 이를 청구법인의 회사에 매각한 것이므로 이를 부당행위계산부인 규정 적용 대상으로 보아 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다. (가) AAA은 청구법인의 대표가 되기 이전인 1988년부터 대만 등 외국의 사례와 기술을 접목하여 고부가가치가 있는 사료제품에 대한 방법적인 연구를 하여 왔고, 근무시간 이외에 주로 자택에서 장기간의 연구를 통하여 오징어 내장 사료의 제조방법에 관한 연구를 통하여 쟁점특허권을 취득하게 되었다. (나) 청구법인은 2017년 10월 감정평가법인의 평가를 통하여 산정한 가액에 따라 AAA으로부터 쟁점특허권을 이전받았고, 관련 특허는 AAA이 해외 및 관련 연구자료를 바탕으로 개인 연구활동을 통하여 학교 및 연구소의 자문을 받아 원료와 가공공정을 개선하고 이로부터 파생되는 여러 제품의 개발이 가능해짐에 따라 출원하게 된 것이다. (다) AAA은 오징어 내장가공의 정확한 특허와 특허가치를 평가 받기 위해 많은 비용을 지불하고, 공신력과 신뢰할 수 있는 기관에 의뢰하여 평가와 자문을 받았으며, 청구법인은 AAA이 발명한 특허의 사용으로 인한 기업가치 상승으로 생산제품의 인지도가 동반상승하여 회사매출이 수년간 계속하여 상승하고 있으며 쟁점특허권 보유로 인하여 동종 경쟁업체에 비해 영업 및 판매에서 우위를 확보하고 있다. (라) 오징어 내장을 이용한 사료 제조방법은 고액의 기계장치나 연구설비가 필요하지 않은 것으로서 적은 비용으로 연구가 가능하고, 비록 비용지출에 대한 증빙은 보관되어 있지 않지만 연구노트에 메모를 하고 방대한 관련 자료와 서류를 보관하여 왔으며 특허 출원비용은 청구법인으로부터 빌려 AAA 개인비용으로 지출하였다. (마) 쟁점특허권 중 ‘OOO 가용화 유/무기 복합액상비료제조방법, 등록번호 OOO’을 통하여 청구법인은 유기농자재라는 새로운 비료사업을 추진하게 되었는데 청구법인이 기존에 해왔던 사료사업과 엄연히 다른 분야의 특허임에도 불구하고 처분청이 사료와 동일시하여 부당행위계산 대상으로 본 것은 부당하다. (바) 청구법인의 연구전담부서는 2015년 청구법인에서 주로 생산하고 있는 양어용 단미사료가 아닌 연구과제로 배합사료 개발 및 사육효과에 대한 증진방법 연구를 목적으로 설립되었으나, 연구업적이 없고 연구원의 인적/경력사항이 쟁점 특허를 개발할 수 있는 능력에 미치지 못하였으며, 처분청은 청구법인이 경영컨설팅회사로부터 특허컨설팅을 받아 쟁점특허권을 AAA으로부터 매입한 것이라는 의견이나, 해당 컨설팅사는 경영자문을 한 것이지 쟁점특허와는 아무런 관련이 없다.
(2) 처분청은 AAA을 쟁점특허권 발명을 구체화하고 완성하는데 실질적으로 기여한 발명자로 볼 수 있는 구체적인 자료가 없는 반면, 기본적인 아이디어만 제공하고 대표이사의 지위를 이용하여 법인의 자금 및 인적․물적 설비를 제공하여 발명을 완성하는데 지원한 것에 불과하여 쟁점특허권은 청구법인의 소유라는 의견이나, 특허를 받을 수 있는 자는 해당 발명을 한 자 또는 승계인이므로 2인 이상의 공동발명인 경우는 특허를 공유할 수 있고 공유자는 특허권을 이전할 수 있는 것이며, 특허를 받을 수 없는 자가 특허를 출원하는 경우는 모인출원으로서 특허출원 이후 이해관계자 등의 무효심판청구에 의해 정당한 권리자로 등록될 수 있는 것인바, 처분청의 의견대로 AAA의 발명을 개인특허로 볼 수 없다면 정당한 권리자가 무효심판을 제기하여 그 결과에 따라 권리자를 정하여야 하는 것인데 이와 같은 절차를 거치지도 않고 등록된 권리자를 쟁점특허권의 권리자가 아닌 것으로 볼 수는 없고, 연구시기가 일치하지 않는다거나 발명자들이 동등한 기여를 하지 않았다는 이유로 공동발명이 아니라고 할 수도 없는 것이다.
(3) 처분청은 청구법인이 제출한 쟁점특허권 가치평가서는 산정방식의 오류로 그 결과를 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 특허제품의 미래시장규모(예상매출액 등)는 특허발명과 가장 관련성이 있는 기존 제품을 대상으로 한 것이고, 신용기관에서 분석한 과거 매출실적을 토대로 쟁점특허권의 예상매출액을 계산하였다. 또한 처분청은 청구법인이 OOO원 상당의 자금을 들여 대표이사로부터 특허를 취득하면서 이사회의 승인을 받지 않은 것은 부당하게 법인자금을 유출한 배임죄에 해당할 수 있다는 의견이나, 상법 제383조 제1항 단서규정에 의하면 자본금 OOO 미만의 회사 중 이사를 1인 또는 2인을 둔 경우 이사회가 존재하지 아니하고 법인설립 등에도 특혜를 두고 있는바, 청구법인은 의사결정 시상법상 이사회 규정을 적용받지 않는 법인에 해당한다. 한편 처분청은 AAA의 빈번한 해외출장 사실로 보아 특허와 관련된 연구를 하기 보다는 청구법인의 대표이사 직무만 수행한 것으로 보인다는 의견이나, AAA의 해외 출장은 회사운영을 위한 원료 확보 및 시장조사와 관련한 것으로서 출장기간은 1∼2일 내지 길어야 1주일 이내로서 상당한 시간과 노력을 필요로 하는 특허발명에 아무런 영향을 미치지 않았다.
(4) 처분청이 제시한 과세근거에 대한 청구법인의 항변 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점특허권이 특허권 취득 이전부터 연구개발한 기술로서 이미 제조과정에서 유사기술이 사용되고 있었다면 이는 공지된 기술로서 특허등록 요건인 신규성, 진보성, 창작성, 독창성 등이 인정되지 않아 특허등록이 거절되는바, 청구법인의 동종경쟁사인 동우산업이 2008.7.4. ‘오징어내장을 이용한 오징어 단미사료 및 이의 제조방법’ 특허를 출원하였다가 이미 공지된 기술이라는 이유로 등록이 무효화된 사실이 있다. 또한 AAA이 등록한 6건의 특허 가운데 비료관련 특허 1건은 AAA이 출원할 당시 비료생산을 하고 있지 않았던 청구법인과는 아무런 관계가 없는 특허이고, 청구법인에서 생산하고 있는 사료에 대한 기술은 선행등록특허가 없는 것으로서 AAA이 개발한 신기술을 바탕으로 기술에 대한 독점권을 행사하여 해외시장에서 경쟁 우위의 제품으로 수출증대를 도모하기 위해 특허출원한 것이다. (나) 쟁점특허권 발명자 중 2인이 청구법인이 2014년부터 기술연구 개발서비스를 제공받기 위하여 거래한 OOO의 대표자 및 직원인 것은 사실이나, 특허 출원시 시험이나 시장조사, 공지기술의 존재유무, 유사특허의 존재 유무 등은 해당분야의 전문가 및 기관의 자문과 도움을 받는 것이 일반적이고, 이와 같은 특허출원에 조력한 자를 배려하기 위하여 공동발명자로 출원하는 것은 관례에 해당하며, 미국의 경우 발명주의 원칙에 따라 공동발명인이 특허에 대한 권리를 주장할 수 있는 반면, 출원주의 원칙을 따르는 대한민국에서는 공동발명인이라고 하더라도 특허권은 권리자인 AAA에게 귀속되는 것이다. (다) 쟁점특허권 발명자 중 BBB은 2011.4.1. 청구법인에 입사하여 무역부장을 거쳐 2014.12.23.부터 해외영업 담당 상무로 근무하고 있는 자로서 학력, 경력, 전공을 보면 쟁점특허권 발명을 할 수 있는 전문지식이나 경험 및 업무 연관성이 없었지만, 청구법인의 임원이자 AAA의 자녀라는 점을 고려하여 발명자로 등재한 것일 뿐이므로 공동발명자로 등재되어있다 하더라도 특허권을 주장할 수는 없고, 특허권과 관련된 연구과정이 본연의 업무도 아니었다. (라) 쟁점특허권 관련 비용은 청구법인이 대표이사 가지급금으로 처리되었고, 이는 청구법인 사업과 무관한 대표이사 개인의 거래였으므로 관련 매입세액을 공제받지도 않았다. 또한 청구법인의 연구전담부서는 2015년 설립 당시 청구법인의 생산제품과는 관계가 없는 ‘배합사료개발 및 사육효과에 대한 증진방법의 연구’를 하였으나, 당해 연도에 연구결과에 대한 실적이 없었고 연구원의 전공, 경력사항 등을 보더라도 쟁점특허권을 개발할 수 있는 역량을 갖추지 못한 것을 알 수 있다. 한편 처분청은 청구법인이 외부업체로부터 특허컨설팅을 받아 AAA으로부터 쟁점특허권을 매수하여 부당하게 법인자금을 유출하였다는 의견이나, 해당 컨설팅은 청구법인이 OOO 및 벤처기업 인증 외 기술보증기금의 자금지원정보에 대한 경영컨설팅이었고, 처분청에 컨설팅계약서와 청구법인 기업부설연구소의 2016∼2018년 연구실적 보고서를 제출하여 위 컨설팅은 쟁점특허권 매수와 아무런 관련이 없음을 소명한바 있다. (마) 처분청은 쟁점특허권 개발과 관련하여 청구법인이 제출한 자료는 참고문헌 및 논문 등이고, 연구노트나 사진 등 AAA이 직접적으로 연구에 참여한 사실을 증명할 수 있는 자료가 없다는 의견이나, 참고 문헌 및 타인의 논문 등은 발명연구 활동 및 특허출원을 위한 매우 중요한 증빙자료이고, 위 자료를 통하여 AAA이 실제 발명자인 것이 증명된다고 하겠다.
(1) 쟁점특허권의 실제 발명자는 AAA이 아닌 청구법인이고, 청구법인이 대표이사에게 법인의 자금을 유출할 목적으로 AAA으로부터 쟁점특허권을 매수한 것을 부당행위계산 부인 대상으로 보아 쟁점특허권의 상각비를 손금부인하고, 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 것은 정당하다. (가) 쟁점특허권 중 ‘산·염기 교차 가수분해 혼합물을 이용한 오징어 및 생선부산물의 액상자료 제조방법(등록번호 OOO)’의 청구항 기재내용을 보면, 원료의 배합시 최종 배합물의 수분 함량을 60∼70% 유지하는 것, 유기산 촉매 하에서 1기압, 80∼100℃에서 1∼3시간 가수분해 수행, 가수분해단계에서 유기산의 첨가량이 원료량 대비 3.6∼6.6% 범위 내인 것, 무기 염기 가수분해 단계에서 무기 염기 촉매 하에서 1기압, 80∼100℃에서 1∼3시간 가수분해를 수행, 무기 염기 가수분해 단계에서 금속 이온으로서 나트륨을 포함하는 무기 염기를 제외하고 사용하는 것, 이러한 제조방법에 의하여 제조된 오징어 및 생선 부산물의 액상사료’ 등인바, 청구법인은 이와 같은 특허기술을 완성하기 위해 오징어 및 생선 부산물 원재료 구입, 수산화칼륨 및 나트륨 등 화학재료 혼합 설비, 수분함량이나 기압 측정 및 가수분해 장비, 원료함유량 측정 등 전문적인 분석ㆍ측정ㆍ실험, 발명효과 최종 테스트를 아래와 같이 외부업체에 의뢰하여 진행한 것으로 나타난다.
1. 고압반응장치 제조업체 OOO의 ‘OOO’ 자료에 따르면 오징어 정제유 과정을 위탁받아 진행하였다고 기재되어 있고 가열, 여과, 수산화나트륨 수용액 투입, 불용분 제거 등의 구체적인 과정이 설명되어 있으며, OOO이 청구법인에게 발행한 세금계산서에 의하면, 2014.9.19. 연구개발서비스(공급가액 OOO원), 2015.11.2. 액상사료 가용화실험을 한 것이 나타나고, OOO지부가 발행한 세금계산서에 의하면, 2016.4.12. OOO 오징어 정제유 A외 9건 검사용역을 청구법인에게 제공한 사실이 확인된다.
2. OOO이 2016.5.10. 발급한 시험성적서에는 청구법인이 2016.4.19. 접수한 오징어 정제유 시료 a∼f(6개)에 대한 Absorbance, Ansidine value, Stearin 항목 시험결과가 나타나고, ‘이 성적서는 청구법인이 제시한 시료 및 시료명으로 시험한 결과임’으로 기재되어 있으며, 위 OOO은 청구법인에게 2016.4.15.자 세금계산서를 발행하였다. 따라서 쟁점특허권은 청구법인이 회사의 인적ㆍ물적 자원을 활용하고 외부 전문업체에게 분석ㆍ측정ㆍ실험, 발명효과 테스트 등을 위탁하여 발명한 것으로서 AAA이 아닌 청구법인의 특허권으로 보아야 하고, 설령 AAA이 대표이사로서 연구개발ㆍ분석ㆍ측정ㆍ실험 과정을 전반적으로 관리하면서 발명이 완성되도록 지원․위탁하거나 단순히 아이디어를 제공하였다고 하더라도 쟁점특허권 발명을 실험 등을 통하여 구체화하고 완성하는데 실질적으로 기여하였다고 볼 증빙자료는 없으므로 쟁점특허권 권리자로 볼 수는 없다. (나) 청구법인이 제출한 쟁점특허권 감정평가서는 청구법인이 사내자금을 유출하기 위한 수단으로 작성되었을 뿐이고, 쟁점특허권의 가치를 적정하게 평가한 것으로 볼 수 없다. AAA은 청구법인과 단절된 상태에서 독자적으로 쟁점특허를 출원하였다고 주장하나, 특허OOO 가치평가서 132쪽에 의하면, 특허가 발명되기 전인 2014∼2016년 평균매출증가율을 이용해 2018∼2036년까지 매출액을 추정한 후 이에 매출이익율을 곱하여 특허로부터 발생할 현금유입액을 산정하였는바, 청구법인에게 특허의 가치는 해당 특허를 통하여 미래에 추가적으로 얻게 되는 각 연도의 수입금액(현금유입액=공헌이익)의 현재가치임에도 불구하고, 특허를 보유하지도 않은 기간의 매출증가율을 기준으로 향후 19년간의 매출증액을 산정하고 이에 매출이익율을 곱하여 현금유입액을 산정한 것은 단순히 자금 유출 수단으로 감정평가를 받은 것으로 보인다. (다) 상법 제199조 는 “사원은 다른 사원 과반수의 결의가 있는 때에 한하여 자기 또는 제삼자의 계산으로 회사와 거래를 할 수 있고”, 같은 법 제398조는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 자기 또는 제3자의 계산으로 회사와 거래를 하기 위하여는 미리 이사회에서 해당 거래에 관한 중요사실을 밝히고 이사회의 승인을 받아야 한다”라고 하면서 제1호로서 이사 또는 같은 법 제542조의8 제2항 제6호에 따른 주요주주를 열거하고 있는바, 청구법인은 대표이사로부터 OOO원 상당의 고액의 자금을 지급하고 특허권을 취득하면서도, 상법에 따른 이사회 승인 없이 법인의 자금을 부당하게 유출한 것으로 보인다. (2) 처분청은 청구법인의 항변자료에 대하여 다음과 같이 답변하였다. (가) 청구법인은 특허권 출원 및 등록 관련 비용 일체를 사업관련 비용으로 처리하지 않았고, 부가가치세 매입세액 공제도 받지 않았으며, 쟁점특허권과 관련하여 OOO 등이 발행한 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 주장하나, 용역 공급업체들의 연구자료 및 시험성적서를 보면 청구법인의 의뢰에 따라 개발이 이루어지고 청구법인이 제공한 시료를 분석, 실험한 사실이 나타난다. (나) 청구법인은 외부용역업체 대표자 CCC 및 직원 DDD을 공동발명자로 등재한 것은 해당분야 전문가로서 자문과 도움을 준것에 대한 배려와 예우의 표시이고, 발명자 BBB은 대표이사의 아들인 특수관계를 고려하여 등재한 것이라고 주장하나, 위와 같은 주장은 대표이사 AAA이 청구법인의 모든 의사결정을 통제ㆍ지배하면서 발명자 및 출원자 명의를 임의로 결정할 수 있었다는 사실을 반증하는 것으로 보이고, 쟁점특허권의 실제 발명자는 CCC 및 DDD으로 추정된다. (다) 청구법인은 AAA의 빈번한 해외 출장이 회사 대표이사로서 원료확보 및 시장조사 등을 목적으로 한 것이라고 주장하나, 쟁점특허권 개발은 단순한 아이디어만으로는 불가능하고, 상당한 노력과 시간이 투여되어야 하는 것으로 보이고, AAA이 쟁점특허권을 개인적으로 연구하였다는 근거로 제시한 자료는 인터넷을 통해 획득할 수 있는 자료이거나 쟁점특허권과는 별개로 진행된 특허분쟁과 관련된 자료일 뿐, AAA이 실행한 실험 데이터 및 피드백의 경과 등이 담긴 자료는 없는 점에서 AAA은 쟁점특허권을 발명한 자가 아니고 청구법인의 대표이사 직무만을 수행한 것으로 보인다.
(1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과 세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표에게 귀속된 것으로 본다.
(3) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.
2. "특허발명"이란 특허를 받은 발명을 말한다.
3. "실시"란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.
② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 제37조(특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등) ① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다.
② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다.
③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다.
(4) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자 등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인의 특허권 등 출원․등록 내역은 아래 <표2>와 같고, <표2> 특허권 등 출원(등록) 내역 쟁점특허권의 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 특허권 명칭 및 내용 (나) AAA은 1988.7.11. 제조․도매업(사료)을 목적사업으로 하는 OOO로 개업하였다가, 2002.2.28. 청구법인을 설립하여 양식장용 특수사료 및 첨가제 등의 제조와 판매업을 영위하고 있다. (다) 청구법인은 2017.6.23. OOO에 기업부설연구소(연구개발전담부서) 설립신고를 하여, 기업부설연구소 승인(최초 인정일: 2015.7.30.)을 받았고, OOO에 보고한 연구개발활동조사표에 의하면 아래 <표4>와 같이 과세수행현황 및 연구개발비 지출내역이 확인된다. <표4> 연구개발활동 조사표 내역 (라) 청구법인이 처분청에 제출한 2015사업연도 일반연구 및 인력개발비 명세서에 의하면, 청구법인은 자체연구개발비로 3명의 인건비 OOO원을 지급하였고, 2014.7.14. 중소기업청으로부터 중소기업기술협약촉진법에 따른 연구개발출연금 OOO원을 수령하였으며, “건강기능식품용 OOO 오징어 정제유 개발” 연구과제 재료비로 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. (마) OOO은 2014∼2016년 기간 동안 청구법인에게 “연구개발서비스”, “오징어연구개발”, “액상사료가용화실험” 등 용역을 공급한 대가로 5회 합계 OOO원(공급가액, 세부내역 <표5>)을 지급받은 것으로 나타나고, OOO 대표이사 CCC와 같은 회사 직원 DDD이 쟁점특허 6건의 공동발명자로 등재된 것으로 확인된다. <표5> OOO 세금계산서 발급 내역 (바) 청구법인의 “OOO” 자료에 나타나는 OOO가 작성한 확인서(2015.6.11.)에 의하면 “OOO은 (가칭) 무독성 펜톤산화용액 제조방법 및 이를 이용한 유기물 가수분해 방법에 대하여 당소를 통하여 특허출원을 준비중에 있고, 구체적으로 본 기술은 과산화수소수를 사용하지 않고 펜톤산화용액을 제조함으로써 독성물질인 과산화수소수의 사용량 증가, 반응종료후의 잔존으로 인한 미생물 생장에 미치는 악영향 등의 문제점을 해결하고자 하는 기술이며, 본 기술에 대하여 특허출원을 완료하고, 심사청구를 할 예정임을 확인”한 사실이 나타난다. (사) 청구법인은 2014.7.25. 중소기업청 중소기업기술개발사업과제에 응모하여 2015.6.12. “건강기능식품용 OOO 오징어 정제유 개발사업” 과제보고서를 제출하였고, 2016.4.20. 중소기업청은 과세심의결과 “실패”로 판단한 후 청구법인이 제기한 이의신청을 불채택하여 2018.7.4. “정부출연금 중 자동회수금을 제외한 OOO원 환수 및 중소기업기술개발 지원사업 참여제한 3년”으로 결정․통지하였다. (아) 청구법인은 위 중소기업청 기술개발사업과제와 관련하여 위탁연구기관인 OOO에 공동책임이 있고, “호주 식약청 검증기준에 부합하는 평가기준을 설정하고, 최종결과물 성능 및 시험평가서상 Oligomer의 객관적 자료가 제시되지 않았다.”라는 사유로 “실패” 판정을 받았으나, 국내․외 올리고머 분석기관 부재 또는 폐업으로 인하여 분석결과를 제출하지 못하였다고 주장하는 것으로 나타난다. (자) 청구법인이 특허법인 원전에 감정평가 의뢰하여 받은 쟁점특허권 가치평가액은 아래 <표6>과 같다. <표6> 가치평가(기준일: 2017.10.31.) 내역
(2) OOO은 청구법인이 쟁점특허를 출원(4회: 2016.6.30., 7.20., 8.18., 11.11.)하기 전 아래 <표7>과 같이 유기물 가수분해방법, 식물성 유지의 정제방법, 무촉매 고온 가수분해 등 관련 3건의 특허권을 출원하였고, 심리일 현재 위 3건을 포함한 5건의 특허권을 등록한 것으로 나타난다. <표7> 특허권 등록 내역
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 대표이사가 쟁점특허권과 관련한 연구개발을 하여 쟁점특허권의 소유권은 출원자인 대표이사 AAA에게 있으므로 처분청이 쟁점특허권의 실질적인 소유권자를 청구법인으로 보아 청구법인의 쟁점특허권 취득행위를 부당행위계산 부인 대상으로 보아 과세한 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점특허권은 청구법인의 업무와 연관이 있는 것으로 청구법인의 사료 제조과정에서 획득하였을 가능성이 높고, 사료 및 비료 제품의 특성상 단순한 구상만으로 제품생산이 가능한 것이 아니며, 제품의 실현가능성 및 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 이루었다는 것은 신빙성이 없어 보이는 점, 청구법인이 2015.7.30. 기업부설연구소를 설립․운영하면서 연구전담요원을 배치하고 상당한 경상개발비를 지출하면서 ‘배합사료 개발, 사육효과 증진방법 연구, 지질산화에 의한 영양적 손실 최소화 방법 연구’를 수행하여 온 것으로 확인되는 점, 청구법인이 중소기업청 기술개발사업 주관기업으로 지정되고, 쟁점특허권과 관련한 ‘건강기능식품용 OOO 오징어 정제유 개발사업’을 수행하면서 외부위탁연구기관인 OOO에 5회에 걸쳐 OOO원을 용역대가로 지급하였고, OOO의 대표자 및 직원이 쟁점특허 6건 모두의 특허원부에 발명자로 기재되어 있는 점, 쟁점특허권을 출원하기 전 AAA이 출원한 특허권 및 실용신안권의 내용을 보면 ‘선박측면 자동도색 장치, 골프 퍼팅연습기, 삼차원 공간위치파악장치, 낚시용 집어제 제조방법, 오아시스를 이용한 분재 속성재배방법’ 등 쟁점특허권과는 연관이 없는 것으로 보이는 점 등으로 미루어 볼 때, 단지 특허출원서나 특허원부에 출원자나 발명자로 청구법인 대표이사가 기재되어 있다 하여 쟁점특허권의 진정한 발명자를 대표이사로 볼 수는 없고 실제로는 청구법인이 개발하였거나 청구법인과 OOO이 공동으로 개발한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표이사 AAA으로부터 쟁점특허권을 취득한 거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세하고, 쟁점특허권 매입금액을 대표이사 상여로 소득처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.