청구인은 2004년부터 복식부기의무자로서 스스로 쟁점금액을 토지의 장부가액으로 계상하였고, 취득세 신고 시 검인계약서의 실물이 없긴 하나, 관할지방자치단체의 전산자료 상 검인내용(쟁점금액)이 존재하는 것으로 확인되어 장부가액과 과세관청에 신고한 금액이 일치하는 점, 쟁점건물의 신(증)축 시 실제취득가액과 관련한 자료는 보관하고 있으면서도 그 1년 전에 취득한 쟁점토지의 실제취득가액과 관련한 자료는 보관 또는 확인할 수 없어 환산취득가액을 적용하였다는 청구주장에 신빙성이 부족한 점, 대기업인 쟁점토지의 전소유자가 실지거래가액과 달리 쟁점금액으로 낮춰서 이중계약을 체결하였다고 볼 만한 근거 또는 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점토지의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류 등이 없고, 시가를 확인할 수 없으므로 관련 법령에 따라 환산취득가액을 적용하여야 한다. 소득세법제97조 제1항 제1호 및 제114조, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항은 필요경비의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등을 적용하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 있는지, 없는지 여부의 판정은 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류 등에 의한다고 규정하고 있다. 청구인은 취득 당시 쟁점토지가 OOO에 위치하고 있었는데, 얼마 후 지하철이 건설되면서 쟁점토지 앞으로 지하철역 입구가 설치될 예정이고, 향후 OOO가 교통의 중심지가 될 것이라는 전망과 함께 주택재개발의 분위기가 고조되는 등 투자가치가 상당하다고 생각되어 특수관계가 없는 전소유자로부터 당시 개별공시지가(1평당 약 OOO원)보다 2배 정도 높은 가액인 1평당 OOO원(대략 OOO원) 정도에 취득하였으나, 관련 매매계약서 등 증빙자료를 분실 등으로 보관하고 있지 아니하여 실제취득가액이 아닌 환산가액(1평당 OOO원)을 적용할 수밖에 없었다. 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 인근의 개발예정 상황, 쟁점토지를 약 OOO원 정도에 매입하고자 했던 인근의 교회관계자 AAA 목사 등의 확인서 및 공인중개사의 현황의견서 등을 감안할 때, 쟁점금액(OOO원)은 당시 시세(1평당 OOO원, 대략 OOO원)에 훨씬 미달하는 등 쟁점토지의 실제취득가액이 아니다.
(2) 2000년경 쟁점토지의 취득세 과세표준액으로 신고되었다는 이유로 쟁점금액을 그 당시 거래당사자 간 실제 거래한 가액이라고 볼 수 없을 뿐 아니라, 처분청에서 청구인이 쟁점토지의 취득세 과세표준액을 실지거래가액인 쟁점금액으로 신고하였다는 객관적이고 명백한 근거를 제시하지 않는 한, 쟁점금액을 그 당시의 실지거래가액이라 단정할 수 없으며, 설령 검인계약서가 있다 하더라도 그 기재가액이 당사자간에 실제 약정한 진정한 실지계약의 내용에 부합하는지 등을 다시 살펴봐야 하는 단계를 거쳐야 하는데, 이러한 확인과정을 생략한 채 쟁점금액을 실제취득가액으로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은국세기본법제14조(실질과세원칙) 및 제16조(근거과세원칙) 등 조세법률주의에 위배된다. 소득세법제88조는 양도차익을 계산할 때 실지거래가액이란 자산을 거래할 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 거래 대가관계에 있는 금전 등 재산가액이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제176조의2는 정상적으로 작성된 장부·매매계약서·영수증 등 객관적 증빙서류에 의하여 증명되는 가액을 실지거래가액이라고 규정하고 있다. 조세심판원은 실지거래가액이란 양도자와 양수자 간 거래당사자가 실제로 거래한 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하고, 검인계약서 등을 징취하지 못한 상태에서 2006.1.1. 부동산 실거래가 신고제도가 도입되기 전에 이미 작성된 취·등록세 등 과세표준액은 실지거래가액으로 보기 어렵다는 취지로 결정(조심 2012서4088, 2012.12.26., 조심 2016부2071, 2016.10. 11.)하였으며, 법원도 실지거래가액이란 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액이라고 판시(대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결 등)한바 있다. 2005년도말까지 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도차익 등을 산정ㆍ과세하는 것이 원칙이었다가 2006년부터 그 원칙이 실지거래가액으로 변경되었고, 2006.6.1.부동산등기법개정으로 등기부 상에 실지거래가액을 기재하게 되었는바, 그 이전인 쟁점토지 취득 당시에는 관련 법령 및 제도 상 실지거래가액이나 그 증빙서류가 크게 중요하지 않았으며, 자산을 취득한 자가 그 취ㆍ등록세를 적게 납부하려는 목적으로 실지거래가액이 얼마이든지 상관 없이 시가표준액보다 약간 높게 취ㆍ등록세 과세표준액을 신고하는 것이 관행이었다.
(3) 쟁 점토지의 양도 당시 개별공시지가는 OOO원(1평당 OOO원)으로서 실제양도가액인 OOO원(1평당 OOO원)의 약 53% 정도이고, 이러한 거래시세를 반영하여 그 취득 당시의 개별공시지가 OOO원(1평당 OOO원)을 환산할 경우 실제취득가액은 대략 OOO원을 상회하여야 하는데, 처분청은 쟁점사업장의 대차대조표 상 장부가액이라는 이유만으로 개별공시지가보다 낮은 쟁점금액(OOO원)을 실제취득가액으로 계산하였는바, 이는 납득할 수 없는 위법ㆍ부당한 처분으로서 취소되어야 한다. 법원은 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없으며, 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지 취득가액은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 있는 것은 아니라는 취지로 판시(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결 참조)하였다. 소득세법제97조 제1항 제1호 가목, 같은 법 시행령 제89조 제1항 및 제163조 제1항은 장부가액에 기재될 자산 취득가액이나 양도가액에서 공제할 취득 당시의 실지거래가액이란 매입가액에 취ㆍ등록세, 중개수수료 등 기타 부대비용을 가산한 금액이라고 규정하고 있는바, 취ㆍ등록세, 법무사비용, 중개수수료 등 매입부대비용 일체가 누락된 쟁점금액은 실제취득가액에 해당하지 않는다. 또한 쟁점금액은 쟁점토지의 취득연도(2000년)가 아닌 2004년 귀속 종합소득세 신고 시 대차대조표 상 최초 계상된 장부가액으로서 이는 취득 당시의 상당히 신뢰할 만한 증거서류를 근거로 한 가액이 아니다.
(1) 청구인은 쟁점토지 인근의 개발 호재가 있어 개별공시지가보다 높은 가액에 취득하였다고 주장하나, 주변 지인들의 기억에 의존한 확인서 외에는 다른 증빙의 제시가 없는바, 대차대조표 상 장부가액 이면서 취득세 과세표준액인 쟁점금액을 실제취득가액으로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 이 건 양도소득세 조사 당시(쟁점토지 취득일부터 20년이 지난 시점) 쟁점토지의 취득 관련한 매매계약서 등의 실물을 확보할 수 없었으나, 당시 관할지방자치단체장에게 취득세 신고 당시 제출한 거래금액은 매매를 원인으로 하는 거래의 경우 계약서를 제출ㆍ검인한 검인계약서 상 취득가액으로서 특별한 사정이 없는 경우 이는 실제취득가액에 해당하는 것이고, 달리 실지거래가액을 입증하는 객관적인 자료의 제시가 없는 한 이를 부인할 수 없다. 청구주장대로라면, 전소유자(AAA 주식회사)가 특수관계가 없는 개인과의 거래에서 검인계약서 상 취득가액(쟁점금액)과 달리 다른 금액으로 청구인과 이중계약을 체결하였다는 것인데, 이는 상거래 관행 상 납득하기 어렵다. 지방세법제111조는 취득세 신고 시 매매를 원인으로 하는 부동산의 경우 그 과세표준액은 취득 당시의 가액으로 한다고, 그 가액이 시가표준액에 미달할 경우에는 시가표준액에 의한다고 규정하고 있으며, 쟁점토지의 취득세 신고 및 자진납부계산서 상 과세표준액은 쟁점가액OOO, 그 시가표준액은 OOO원으로 나타나는바, 청구인이 취득세를 적게 부담하고자 하였다면, 시가표준액으로 신고할 수 있었음에도 쟁점가액에 신고한 점 등을 감안할 때, 쟁점가액은 쟁점토지의 실제취득가액에 해당한다. 쟁점토지와 직선거리로 85m 정도 떨어져 있고 취득일이 1998.6.19.인 OOO의 양도소득세 신고서 상 실제취득가액은 1평당 OOO원으로 계산되어 있는바, 쟁점금액(1평당 OOO원)이 실제취득가액으로서 터무니없는 가액은 아니고, 거래당사자 간 합의하에 형성되는 거래가액이 기준시가보다 낮다고 하여 실제취득가액 적용에서 배제할 수는 없다.
(3) 쟁점금액에 취득 당시의 취ㆍ등록세 및 매입부대비용 등이 누락되었다고 이유로 동 금액이 실제취득가액이 아니므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 쟁점부동산의 장부가액이 모두 계상되었으나, 쟁점토지의 장부가액만 실제취득가액이 아니라는 청구주장은 논리적으로 배치된다. 청구인은 2015년 7월경 쟁점부동산과 직선거리로 100m 정도 떨어져 있고, 쟁점토지의 취득일보다 약 1년전인 1999년경에 취득한 OOO을 양도한 후, 양도소득세 신고를 하면서 그 취득가액을 장부상 토지가액인 1평당 OOO원으로 계산한 점을 감안할 때, 쟁점금액(1평당 OOO원)을 실제취득가액의 적용에서 배제할 수 없다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으 로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액,감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액.
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
(4) 지방세법 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.(이하 생략)
② 제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
1. 토지에 대한 시가표준액은지가공시 및 토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액
(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구인은 2000.6.29. 쟁점토지를 취득한 후, 아래와 같이 그 지상에 2001.2.2. 쟁점①건물을 신축하고, 2004.3.26. 쟁점②건물을 증축하여 양도하기 전까지 CCC라는 상호로 부동산임대업인 쟁점사업장을 영위하였으며, 2004년 귀속 종합소득세 신고 시 대차대조표 상 쟁점부동산의 장부가액을 최초로 계상하면서 쟁점토지의 가액은 쟁점금액OOO으로 계상하였다. (나) 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고 시 취득가액을 산정함에 있어서 쟁점건물은 실제취득가액으로, 쟁점토지는 그 취득과 관련한 매매계약서 등이 없고 실제취득가액을 확인할 수 없으므로 환산가액으로 각각 적용하였다. (다) 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인의 2004년 귀속 종합소득세 신고 시 대차대조표 상 토지의 장부가액과 취득세 과세표준액이 쟁점금액으로 서로 일치하는 점을 감안하여, 쟁점금액을 쟁점토지의 실제취득가액으로 계산하여 2020.8.6. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. (라) 쟁점건물의 실제취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 간 이견이 없다. (마) 처분청은 쟁점토지의 실제취득가액을 확인하기 위하여 2020. 5.15. OOO구청장에게 그 취득세 부과자료를 요청하였고, 동 구청장은 2020.5.26. 취득세신고 관련자료가 보존기한(10년) 경과로 폐기 되어 전산자료(시가표준액 OOO원, 과세표준액 OOO 원)만을 회신하였다. (바) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 이 건 양도소득세 조사 시 전소유자에게 쟁점토지의 양도가액을 확인요청하였으나, 20년의 오랜 시간이 경과ㆍ폐기되어 관련자료 및 그 가액 등을 확인할 수 없다는 것으로 작성되어 있다.
(2) 청구인은 아래와 같이 증빙 등을 제시하면서 쟁점토지의 실제취득가액을 확인할 수 없으므로 쟁점금액이 아닌 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장한다. (가) 청구인은 쟁점토지 취득 당시의 매매계약서, 거래대금과 관련한 금융자료를 확인하기 위하여 금융기관 등에 문의하였으나, 오랜 시간이 경과하여 조회가 불가능하다는 취지의 답변을 받아 실제취득가액과 관련한 자료를 확인할 수 없었다고 주장한다. (나) 청구인은 OOO에서 확장부지용으로 쟁점토지를 매입하기 위하여 전소유자와 매매가격 등을 협의ㆍ조정하다가 결국 무산되어 매입을 포기한 사실이 있고, 당시 시세는 1평당 약 OOO원 정도였으며, 쟁점토지의 인근인 OOO을 1평당 OOO원에 매매협의한 바도 있었다는 취지의 AAA 목사의 확인서 및 전소유자와 매매가격을 1평당 OOO원에 협의한 것으로 기억한다는 취지의 OOO 신도인 BBB의 확인서 등을 제시하였다. (다) 청구인은 2000년 당시 호가가 쟁점토지는 1평당 OOO원, 쟁점토지 인근의 OOO는 1평당 OOO원, OOO는 1평당 OOO원 정도까지 형성된 것으로 기억한다는 취지의 공인중개사 AAA(2012.6.7.부터 2017.3.23.까지 OOO 소재에서 OOO를 영위)의 의견서를 제시하였다.
(3) 처분청은 청구인의 2015년 귀속 양도소득세 신고자료를 제시하면서 청구인이 2015.7.31. 쟁점부동산 인근의 OOO(OOO 대지 215㎡ 및 지상건물 1,624.24㎡)을 양도한 후, 취득가액을 대차대조표 상 토지(1999.1.1. 취득 당시 1평당 OOO원 기준) 및 건물(감가상각비 차감)의 장부가액으로 계산하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였는바, 청구인이 2000.6.29. 취득한 쟁점토지의 취득가액을 계산함에 있어서 쟁점사업장의 대차대조표 상 장부가액인 쟁점금액(1평당 OOO원)을 실제취득가액으로 적용한 이 건 처분에 무리가 없다는 의견을 제시한다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하다고 할 것이며, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실지취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 한다 할 것이다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41917 판결 참조). (나) 청구인은 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액임을 객관적으로 증명할 수 있는 매매계약서, 금융증빙, 영수증 및 검인계약서조차 확인되지 아니하고, 대차대조표 상 장부가액이면서 취득세 과세표준액인 쟁점금액이 그 취득 당시의 개별공시지가보다 낮은 금액임에도 이를 실제취득가액으로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 조세법률주의에 위배된다고 주장하나, 청구인은 쟁점건물의 신(증)축 후인 2004년부터 복식부기의무자로서 스스로 쟁점금액을 토지의 장부가액으로 계상하였고, 취득세 신고 시 검인계약서의 실물이 없긴 하나, 관할지방자치단체의 전산자료 상 검인내용(쟁점금액)이 존재하는 것으로 확인되어 장부가액과 과세관청에 신고한 금액이 일치하는 점, 쟁점건물의 2001년 및 2004년 신(증)축 시 실제취득가액과 관련한 자료는 보관하고 있으면서도 그 1년 전에 취득한 쟁점토지의 실제취득가액과 관련한 자료는 보관 또는 확인할 수 없어 환산취득가액을 적용하였다는 청구주장에 신빙성이 부족한 점, 대기업인 쟁점토지의 전소유자가 실지거래가액과 달리 쟁점금액으로 낮춰서 이중계약을 체결하였다고 볼 만한 근거 또는 이유가 없어 보이는 점, 청구인이 2015년경 양도한 쟁점부동산 인근의 OOO의 신고시에는 쟁점토지보다 1년 전인 1999.1.1. 취득한 토지의 취득가액을 그 대차대조표 상 장부가액으로 계산하여 양도소득세를 신고한 점, 쟁점사업장의 대차대조표 상 쟁점토지의 장부가액이 실제취득가액과 다르다는 것을 달리 뒷받침하는 객관적인 자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.