과세이연제도가 현물출자 이후 발생한 상황변화에도 불구하고 현물출자 당시를 기준으로 양도소득세를 과세하겠다는 의미까지 내포하고 있다고 보기 어려운 점 등을 종합할 때 쟁점주식양도차익 중 쟁점현물출자차익에 대해서는 현물출자당시세율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
과세이연제도가 현물출자 이후 발생한 상황변화에도 불구하고 현물출자 당시를 기준으로 양도소득세를 과세하겠다는 의미까지 내포하고 있다고 보기 어려운 점 등을 종합할 때 쟁점주식양도차익 중 쟁점현물출자차익에 대해서는 현물출자당시세율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 현물출자당시조특법 제38조의2 제1항 및 제2항은 내국인이 현물출자로 지주회사나 전환지주회사의 주식을 취득할 경우 이로 인해 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대하여는 그 내국인이 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 규정하고 있는바, 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 대한 ‘양도소득세 자체’를 과세이연의 대상으로 삼고 있음이 명확하므로 쟁점현물출자차익에 대해서는 현물출자당시세율(10%)을 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다.
(2) 특히 현물출자당시조특법 제38조의2 제1항 및 제2항 중 ‘현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소 득세 또는 법인세에 대해서는 처분시까지 과세를 이연받을 수 있다’는 부분은 2010.1.1. 법률 제9921호로 ‘그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 처분시까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다’고 개정되었는데, 이를 보면 최소한 2010.1.1. 이전까지는 과세이연 대상이 ‘현물출자 당시의 양도소득세’이었다는 사실이 더욱 명백해진다.
(3) 현물출자당시조특법 제38조의2 제3항 및 현물출자당시조특법시행령 제35조의3 제2항은 사후관리규정으로 내국인 주주가 지주회사의 주식을 증여하는 등의 일정한 사유가 발생할 경우 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 규정하고 있었고, 이때 납부할 양도소득세액은 현물출자 당시의 소득세법제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한다고 규정하고 있었던바, 이 사건의 경우와 같이 현물출자로 취득한 주식을 양도하여 이연된 양도소득세를 납부하는 경우 역시 당연히 현물출자 당시의 세율의 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다고 해석하는 것이 합리적이다
(4) 국세기본법제18조 제1항은 세법을 해석적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있는바, 만일 처분청의 주장대로 쟁점주식양도차익 전부에 대하여 양도당시세율(20%)을 적용하여야 하는 것으로 해석한다면, 사후관리 위반 사유가 없는 청구인이 사유관리 위반으로 양도소득세를 납부하는 사람보다 오히려 세부담이 더 커지는 불합리한 결과가 발생하게 되고, 당초 과세이연을 받지 않은 경우보다도 세부담이 늘어나는 이상한 결과가 발생하게 되는데, 이는 현물출자에 대한 과세특례제도가 지주회사 설립촉진을 통한 기업지배구조의 투명성 확보 및 기업구조조정의 활성화를 유도하기 위한 목적에서 도입된 것임을 고려할 때 그 취지에도 부합하지 않는다.
(5) 현물출자에 대한 세제상혜택이 과도하다는 지적에 따라 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) 제38조의2는 현물출자 등에 따른 양도소득세를 4년 거치ㆍ3년 분할납부하도록 개정되었는데, 과세이연 혜택을 축소시킬 목적으로 개정된 법에서조차 현물출자 시점에 발생한 양도소득세 자체를 과세이연 대상으로 삼으면서 양도소득세 계산시 현물출자당시의 세율을 적용하도록 하고 있는 점에 비추어 볼 때 쟁점현물출자차익에 대하여 양도당시세율(20%)을 적용한다는 것은 불합리하다.
(6) 처분청이 제시한 예규는 현물출자로 취득한 지주회사 주식의 보유기간 기산일에 관한 것으로 이 사건과 직접 관련이 있다고 보기 어렵다.
(1) 청구인은 현물출자당시조특법 제38조의2 제1항 및 제2항이 양도소득세 자체를 과세이연대상으로 삼고 있다고 주장하나, 위 조항들은 ‘주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세’의 과세를 이연받을 수 있다고 규정하고 있을 뿐 현물출자 당시의 양도소득세 금액 자체를 과세이연한다고 규정하고 있지 않다.
(2) 청구인은 쟁점주식양도차익을 쟁점현물출자차익과 나머지 양도차익으로 구분하여 전자에 대해서는 현물출자당시세율(10%)을, 후자에 대해서는 양도당시세율(20%)을 적용하여야 한다고 주장하나, 현물출자당시조특법 제38조의2 제5항의 위임에 따라 양도소득세 계산방식을 규정한 현물출자당시조특법시행령 제35조의3 제1항에 따르면 현물출자로 취득한 지주회사 주식의 양도시 지주회사 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액(거주자가 보유주식을 지주회사에 현물출하고 지주회사주식을 수령함으로써 발생하는 소득)을 차감한 금액을 취득가액으로 한다고 명확하게 규정하고 있는바, 주식의 양도차익을 기간별로 구분하여 취득가액 및 적용 세율을 달리 적용해야 한다는 청구인의 주장은 법령에 근거가 없는 부당한 주장이다.
(3) 청구인은 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 조세특례제한법제38조의2 제1항 및 제2항을 볼 때 2010.1.1. 이전까지는 과세이연 대상이 ‘양도소득세 그 자체’라고 주장하나, 위 법률의 개정이유를 보면 ‘법 문장을 원칙적으로 한글로 적고, 어려운 용어를 쉬운 용어로 바꾸며, 길고 복잡한 문장을 간결하게 하는 등 국민이 법 문장을 이해하기 쉽게 정비하려는 것’이라고 되어 있는바, 과세이연 대상을 양도소득세에서 양도소득금액으로 바꾸려는 목적에서 위 조항들의 문구를 수정한 것이 아니다.
(4) 기획재정부 및 국세청은 이 사건과 유사한 사안에 대하여 일관되게 지주회사 주식의 양도 당시 세율을 적용하여 양도소득세를 과세하여야 한다는 해석을 내리고 있다.
(5) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바OOO, 기업이나 개인의 자금활용에 여유를 주기위한 규정인 이 사건 관련 규정들 또한 법문대로 엄격하게 해석하여야 할 것인데, 현물출자당시조특법 제38조의2 제1항 및 제2항은 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 과세를 이연받을 수 있다고 규정하고 있고, 현물출자당시조특법시행령 제35조의3 제1항은 그 과세방법을 명확히 규정하고 있으며 청구인은 자신이 직접 신청하여 2015년 4월경까지 쟁점주식에 대한 양도소득세 과세를 이연받았으므로 재산권이 부당하게 침해되었다고 볼 수 없다.
(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.
7. “과세이연(課稅移延)”이라 함은 공장의 이전 등을 위하여 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 산식에 의하여 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 “과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도하는 때에 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액) 제38조의2(주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국인이 주식을 2009년 12월 31일까지 현물출자하여 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 포함하며, 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로이 설립(상법 제360조의15 의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전에 의하여 지주회사를 새로이 설립하는 경우를 포함한다)하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(상법 제360조의2 의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우를 포함한다) 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.
② 내국인이 현물출자 또는 분할(법인세법 제46조 제1항 각호 또는 동법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할에 한하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항의 규정에 의하여 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2009년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.
1. 내국법인이 지주회사로 전환할 당시 출자하고 있는 다른 내국법인중 전환지주회사의 주식소유비율이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 본문에서 정한 비율 미만인 법인과 당해 내국법인의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식 교환하는 것일 것
3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령이 정하는 바에 따라 공시하였을 것
③ 내국인이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 납부하는 양도소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 제1항의 규정에 의하여 신설되거나 전환된 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제및공정거래에관한법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
2. 양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우
3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
4. 전환지주회사의 발행주식총수 중 거주자 및 그 친족이 소유한 주식수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 수회에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 거주자 및 그 친족(이하 이 항에서 “최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우
⑤ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용하는 경우 주식양도차익의 계산, 현물출자 또는 자기주식교환에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제35조의3(지주회사 설립에 대한 거주자의 과세특례) ① 거주자가 법 제38조의2 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 전환지주회사의 자기주식과 교환하는 경우 당해 보유주식을 현물출자 또는 교환함으로써 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 당해 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.
② 거주자는 법 제38조의2 제3항 각호의 1에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 당해 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 당해 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 소득세법 제104조 제1항 의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 당해 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2 제3항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서는 이 영 제35조의2 제6항의 규정을 준용한다.
③ 거주자가 법 제38조의2 제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 법 제38조의2 제3항 제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액
2. 과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의2 제3항 제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율
④ 법 제38조의2 제1항 또는 제2항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 현물출자일 또는 자기주식교환일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 현물출자ㆍ자기주식교환명세서를 제출하여야 한다.
(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제38조의2(주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국법인의 주주(현물출자의 경우에는 내국인 주주에 한정한다)가 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자, 상법 제360조의2 의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(주식의 포괄적 교환에 의하여 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호 에 따른 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 기존의 금융지주회사의 자회사로 편입시키는 경우를 포함한다) 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법 제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것
(4) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제38조의2(주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우
3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
4. 전환지주회사의 발행주식총수 중 해당 주주 및 그 친족이 소유한 주식 수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 주주 및 그 친족(이하 이 항에서 “최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우 부 칙 <법률 제10406호, 2010. 12. 27.> 제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2 제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다. (5) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제35조의3(지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례) ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 법인세법 제91조 제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 “현물출자등”이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(법인세법 제52조 제2항 의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 “주식양도차익”이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다. {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}
⑦ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 법 제38조의2 제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제5항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제5항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.
(6) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) 제38조의2(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국법인의 내국인 주주가 2024년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액은 제3항에서 정하는 방법에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받거나 분할납부할 수 있다.
1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법 제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2024년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액은 제3항에서 정하는 방법에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받거나 분할납부할 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 “지주회사”는 “전환지주회사”로, “자회사”는 “지분비율미달자회사”로, “현물출자”는 “현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다.
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제18조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것
③ 제1항 및 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받거나 분할납부하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따른다.
1. 내국법인: 양도차익에 상당하는 금액에 대해 양도일이 속하는 해당 사업연도와 해당 사업연도의 종료일 이후 3개 사업연도의 기간 중 익금에 산입하지 아니하고 그 다음 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입한다.
2. 거주자: 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부한다.
④ 내국법인의 내국인 주주가 제3항에 따라 양도소득세 또는 법인세 전액을 납부하기 전에 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식을 처분하는 경우에는 처분한 주식의 비율에 상당하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 금액을 주식을 처분한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하거나 해당 과세연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일까지 납부하여야 한다.
⑤ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따른 현물출자등을 한 날부터 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 익금에 산입하지 아니한 양도차익 또는 납부하지 아니한 양도소득세 전액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하거나 해당 과세연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일까지 납부하여야 한다.
1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제18조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우
4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우
⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (7) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것) 제35조의2(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례) ③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.
1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액
④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.
(8) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “讓渡所得算出稅額”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산
(9) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정된 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
(1) 이 사건 관련 조세특례제한법규정들의 개정연혁, 쟁점주식의 양도 관련 신고내역, 청구인의 심판청구이유서 및 처분청의 답변서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) OOO홀딩스는 1979.8.15. OOO라는 사명으로 설립되어 2008.2.1. 인적분할을 거쳐 생산관련 설비 등 기존 사업부문을 신설법인이자 자회사인 OOO로 전부 이관하고 순수지주회사로 전환되었다. (나) 청구인이 이 사건 OOO주식을 현물출자할 당시 OOO와 OOO홀딩스 모두 중소기업에 해당하였다가, 2014년경 OOO홀딩스가 중소기업이 아니게 되었다. (다) 청구인은 2008.2.1. OOO 주식 OOO주를 OOO원(주당 취득가액: OOO원)에 취득하였다가, OOO홀딩스가 지주회사로 전환되는 과정에서 2008.10.10. OOO홀딩스에게 이 사건 OOO주식(OOO주)를 현물출자하고 그 대가로 이 사건 OOO홀딩스주식(OOO주)을 취득하였고, 이에 따라 발생한 양도차익 OOO원에 관한 양도소득세에 대하여 현물출자당시조특법 제38조의2 및 같은 법 시행령 제35조의3에 따라 과세표준신고서 및 현물출자 등에 관한 명세서를 제출하고 과세이연을 적용받은 후, 2015.4.10. 쟁점주식OOO을 OOO원에 양도하면서 양도차익을 OOO으로 계산하고 여기에 양도당시세율(20%)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다(아래 <표1> 참조). OOO (라) 청구인은 쟁점주식양도차익(OOO원) 중 쟁점현물출자차익(OOO원)과 쟁점주식의 취득 후 발생한 양도차익(OOO원)을 구분하고 전자에 대해서는 현물출자당시세율(10%)을, 후자에 대해서는 양도당시세율(20%)을 각각 적용하여 쟁점주식에 관한 양도소득세를 재계산(아래 <표2> 참조)하여야 한다고 보아 기납부세액 중 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. OOO (마) 한편, 조세특례제한법상 과세이연제도의 도입 및 주요 개정연혁을 살펴보면 다음과 같다.
1. 조세특례제한법제38조의 제1항 및 제2항은 지주회사의 설립을 촉진하여 기업구조조정의 활성화를 유도하고 복잡한 계열사 간 순환출자구조를 지주회사 중심의 단순 지배구조로 전환하여 지배구조의 투명성을 제고하기 위한 목적으로 2000.12.29. 법률 제6297호로 신설되었다.
2. 조세특례제한법제38조의 제1항 및 제2항은 2010.1.1. 법률 제9921호로 그 문구 일부가 개정(아래 <표3> 참조)되었는데, 기획재정부가 발간한 ‘간추린 개정세법’에는 그 수정사유에 대한 언급은 별도로 없고(과세이연방법은 동일하다고 되어 있음), 다만 위 법률의 개정이유는 아래 <표4>와 같다.
3. 현물출자에 따른 과세이연제도가 지배주주 등에 대한 과도한 혜택이라는 지적에 따라 2019.12.31 법률 제16835호로 현물출자 등으로 발생한 양도차익에 대한 법인세 및 양도소득세를 4년 거치 3년 분할납부하는 방식으로 개정(아래 <표3> 참조)되었다. OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 이 사건의 경우와 같이 자기주식을 현물출자할 당시 전환지주회사가 중소기업이었다가 현물출자로 취득한 주식을 양도할 당시 위 회사가 중소기업이 아니게 된 경우에도 해당 주식의 양도차익 전부에 대하여 중소기업이 아닌 회사의 주식 양도에 적용되는 고율의 세율을 적용하는 것은 부당하다고 주장하고 있는데, 청구인이 조세특례제한법상 과세이연을 선택함으로써 오히려 상대적인 손해를 보게 된 측면이 있는 점, 현물출자당시조특법시행령 제35조의3 제2항이 사후관리규정 위반의 사유가 발생할 경우 현물출자 당시의 소득세법제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 추징 양도소득세액을 계산한다고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때 일견 타당한 측면이 없지는 않아 보인다. (나) 그러나, 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바OOO, 다음과 같은 사정들 즉, 조세특례제한법제2조는 이월과세와 과세이연의 개념을 구분하여 ‘이월과세’의 경우 개인이 사업용고정자산 등을 법인에 현물출자하였다면 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않고 해당 법인이 위 사업용고정자산을 양도할 때에 법인세로 납부하여야 하는데, 이때 납부할 세액은 개인이 사업용고정자산의 현물출자할 당시의 소득세법제104조에 따른 세율을 적용하는 것이고, ‘과세이연’의 경우 공장의 이전 등을 위하여 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등을 대체취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도하는 때에 취득가액을 별도로 계산하여 양도소득세를 과세하는 것이라고 각각 별도로 규정하고 있는 점, 위 정의규정과 마찬가지로 현물출자당시조특법시행령 제35조의3 제1항은 거주자가 전환지주회사의 주식을 양도할 경우 해당 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액(당초 보유주식을 전환지주회사의 자기주식과 교환함으로써 발생하는 소득)을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다고 규정하고 있을 뿐 취득가액 및 양도차익을 현물출자당시와 그 이후로 구분하여 계산한다고 규정하고 있지 않는 점, 과세이연제도가 기업구조개편을 지원하고 현물출자의 대가로 지주회사 주식을 취득한 경우 당장의 양도소득세를 납부할 수 없는 점 등을 고려하여 ‘납세자 스스로의 선택’에 따라 위 지주회사 주식 처분시에 비로소 양도소득세를 납부할 수 있도록 해주겠다는 취지이지 현물출자 이후 발생한 상황변화에도 불구하고 현물출자 당시를 기준으로 양도소득세를 과세하겠다는 의미까지 내포하고 있다고 보기 어려운 점, 이 사건의 경우와 반대로 거주자가 중소기업이 아닌 지주회사에 보유주식을 현물출자하고 위 지주회사의 주식을 취득하였으나 해당 지주회사가 중소기업이 됨에 따라 오히려 위 지주회사의 주식을 양도할 때에 소득세법상 낮은 양도소득세율을 적용받는 경우도 있을 수 있으므로 지주회사의 주식을 양도할 경우 양도당시 소득세법의 양도소득세율을 적용한다고 하여 특별히 형평에 반한다고 볼 수도 없는 점 등을 종합할 때 쟁점주식양도차익 중 쟁점현물출자차익에 대해서는 현물출자당시세율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.