쟁점건물의 가치를 0원으로 보기는 어려워 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 부동산 임대업자인 청구인은 2019.1.8. OOO 외 4필지 대지 647.6667㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상의 건축물 827㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO(이하 “주택조합”이라 한다)에게 OOO에 일괄 양도하는 매매계약을 체결하고, 2019.3.5. 주택조합에게 소유권이전등기를 하였다.
• 나. 청구인은 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 그 공급가액을 쟁점부동산 양도가액에서 토지 및 건물의 기준시가 비율로 안분하여 계산한 OOO으로 하여 2019년 제2기 부가가치세 OOO을 신고․납부하였다가, 철거예정인 쟁점건물의 가치는 “0원”에 해당하므로 기 신고한 양도가액을 매출 과세표준에서 제외하여 부가가치세를 환급하여야 한다며 2020.2.5. 처분청에 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 쟁점건물이 쟁점부동산의 매매계약서에 포함되었고 매매 이후에도 임대 및 담보 목적으로 제공되어 매매 당시 그 가치가 없는 것으로 볼 수 없다며 2020.4.1. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.6.24. 이의신청을 거쳐 2020.12.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2008년 쟁점건물(3층)을 신축하여 그 중 2층은 본인이 직접, 1층 및 3층은 임대하여 10년 이상 공장으로 사용하던 중 주택조합에게 쟁점부동산을 매각하였는바, 아래의 내용과 같이 쟁점건물의 양도 당시 가치는 사실상 OOO에 해당한다. (가) 청구인은 주택조합과 2018.4.23. 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 그 특약사항에 ‘노후된 건물로 매수인측은 매수 후 철거하여 아파트 신축을 목적으로 매수하였다’고 기재하였고, 토지 중 1필지가 도시계획시설사업에 편입됨에 따라 2019.1.8. 그 부분을 제외하여 매매계약을 다시 체결하면서 최초 작성한 계약서의 내용과 거의 동일하게 매매계약서를 작성하였는바, 이와 같이 매매계약서상에 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 구분․표시되어 있지는 않으나, 주택조합은 쟁점건물을 철거하여 쟁점토지에 공동주택을 신축할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것이므로 해당 매매계약은 쟁점건물의 가치가 없는 것으로 쌍방 합의하여 작성한 것으로 볼 수 있다. (나) 처분청은 주택조합이 쟁점부동산에 대한 취득대금을 건설용지대금으로만 기장처리하였음을 확인하였다. (다) 주택조합이 아직 사업승인에 필요한 조합원들의 동의를 받지 못하여 철거가 미루어지고 있으나 조만간 사업진행이 예정되어 있고 주택조합은 쟁점건물 취득 후 출입구마다 무단출입을 금한다는 안내문 부착 및 사업구역 내 철거를 알리는 안내간판 설치를 하였으며, 청구인의 폐업신고(2019.12.31.) 이후 현재까지 쟁점건물을 임대하거나 사용수익한 사실도 없다. (2) 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 에 의거 쟁점토지와 쟁점건물(사실상 공급가액 OOO)의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 난다고 보아 그에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여야 한다는 의견이 있을 수 있으나, 해당 규정은 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하고자 2018.12.31. 신설된 규정이므로 개정 규정 시행 전인 2018.4.23. 매매계약을 한 청구인에게까지 이를 적용할 수는 없다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 (1) 매매계약 체결 시 쟁점건물이 철거될 운명에 있었다고 하여 그 가액이 OOO이라거나 그 경제적 가치가 고려될 필요가 없었다고 단정하기 어렵다(조심2013중1563, 2013.7.12. 참조). (가) 쟁점부동산 매매계약서 상의 매매할 부동산의 표시를 보면 쟁점토지와 함께 쟁점건물을 포함하고 있고, 매수자인 주택조합 관계자가 관할 구청에 신고한 부동산거래계약신고필증 상에도 쟁점건물의 거래가액이 기재되어 있으며, 청구인 역시 양도소득세 및 부가가치세 신고 시 쟁점건물의 가액을 신고하였고, 매매계약부속합의서상 주택조합이 쟁점건물 매수 후 부동산의 물리적 하자에 대해서는 일체 하자담보책임을 묻지 않기로 하는 조항이 있는 것으로 보아 쟁점건물을 매매목적물로 삼겠다는 계약당사자 간의 의사는 분명하게 합치되었던 것으로 보인다. (나) 쟁점건물은 2008년 신축된 건물로 건물상태가 매우 양호하며, 소유권 이전 이후에도 청구인이 매월 임대료를 받고, 쟁점건물을 공동담보 목적으로 제공된 것으로 보아 쟁점건물은 가치가 있었던 것으로 보인다. (다) 매수인인 주택조합이 쟁점부동산을 매수한 후 쟁점건물을 철거한 다음 그 부지 위에 공동주택 신축 사업계획을 가지고 있다 하더라도 이는 어디까지나 매매계약에 의하여 쟁점건물 등이 주택조합에게 공급되고 난 이후의 주택조합의 사업계획 진행여하에 따라 달라질 수도 있는 추후 사정에 불과하다.

(2) 부가가치세법제29조 제9항 제2호는 2018.12.31. 개정되었고 부칙 제2조에서 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 쟁점건물이 2019년 3월에 공급된 사실이 확인되는 이상 개정 전 법률을 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 철거예정인 쟁점건물은 공급 당시 가치가 “0원”이므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인된 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구인은 2008.3.20. 연면적 827.35㎡(1층∼3층), 용도 근린생활시설의 쟁점건물을 신축하였는바, 2008년말 대차대조표에 의하면 건물계정에 OOO이 계상된 것으로 확인된다. (나) 청구인은 쟁점부동산에서 부동산임대업 등을 영위하다가 2019.1.8. 주택조합과 토지 및 건물을 일괄하여 OOO에 양도하는 매매계약을 체결(당초 2018.4.23. 매매계약을 체결하였다가, 매매목록 중 토지 1필지가 도시계획시설사업에 편입됨에 따라 해당 필지를 제외하여 동일 취지의 내용으로 재작성)하였는바, 매매계약서 제6조 및 첨부된 부속합의서에 의하면, ‘매수인이 위 토지에 공동주택 건축사업을 추진하기 위하여 매수한 부동산’이라는 내용 등이 기재되어 있다. (다) 청구인은 2019.3.8. 주택조합에 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 하고 부동산거래계약신고를 하였는바, 등기사항전부증명서에 의하면, 2019.3.8. 주택조합으로의 소유권이전등기 후 2019.5.20. 쟁점토지 및 쟁점건물에 채무자를 주택조합으로 하여 금융기관으로부터 근저당권이 설정된 것으로 나타나고, 부동산거래계약신고필증에 의하면, 쟁점토지 및 쟁점건물을 구분하여 쟁점건물의 가액을 OOO으로 신고한 것으로 확인된다. (라) 청구인은 2019.5.24. 쟁점부동산에 대하여 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고하였는바, 신고서에 의하면, 토지와 건물가액이 불분명한 것으로 보아 총 매매대금을 토지 및 건물의 기준시가 비율로 안분․계산하여 쟁점건물 OOO 및 쟁점토지 OOO으로 하여 신고한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 쟁점부동산의 소유권이전 후에도 2019.12.31.까지 기존 임차인들에게 임대를 하다가 2019.12.31. 부동산임대업 폐업신고를 한 후 임대소득 등에 대하여 아래와 같이 부가가치세를 신고하였는바, 2019년 제2기 부가가치세 신고서 첨부서류인 ‘부동산임대 공급가액명세서’에 의하면 임차인의 퇴거일이 2019.12.31.로 기재되어 있다. OOO (바) 한편, OOO 일원의 재개발사업 시행을 위하여 설립(2017.2.20.)된 주택조합은 2018년 7월 조합설립인가를 받고 2020.7.23. 사업시행계획인가승인 신청서를 제출하였으나, 심리일 현재 해당 사업시행계획인가는 미승인 상태이고 청구인에게 쟁점부동산에 대한 잔금OOO을 지급하지 아니한 것으로 확인되며, 법인세 결산서상 쟁점부동산을 재고자산의 ‘건설용지’ 계정과목으로 회계처리한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법령상 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부가가치세를 납부할 과세대상이 되고, 재화 또는 용역의 공급에 해당하는 이상 그 공급의 목적이 사업의 유지․확장을 위한 것이든 아니면 사업의 청산․정리 또는 폐지를 위한 것이든 관계없이 과세대상이 된다고 할 것이나(대법원 2008.7.24. 선고 2006두2459 판결 참조), 재화(건물)의 공급(매매) 당시 건물이 철거예정에 있고 실제 매매계약과 함께 철거를 위한 신고 및 건축허가가 진행된 경우라면 그 건물의 경제적 가치는 사실상 OOO이 되어 해당 건물의 공급에 대하여 부가가치세를 과세하기는 어렵다 할 것이다. (나) 청구인은 쟁점건물이 철거예정에 있어 그 경제적 가치가 사실상 OOO에 해당된다고 주장하나, 임대사업자인 청구인은 주택조합에게 쟁점건물 및 쟁점토지의 가액을 구분하지 않고 이를 일괄하여 OOO에 양도하는 매매계약을 체결한 후, 쟁점건물 및 쟁점토지의 가액을 구분(기준시가 안분)하여 부동산거래계약 및 양도소득세를 신고한 점, 등기사항전부증명서에 쟁점건물에 대한 주택조합으로의 소유권이전등기 후 근저당권설정등기가 경료된 것으로 나타나는바, 이는 쟁점건물의 담보가치가 인정된 것으로 보이는 점, 매매계약서에 매수인인 주택조합이 주택신축을 목적으로 쟁점부동산을 취득한다는 내용이 기재되어 있다 하더라도 이는 예정에 불과하고 주택조합의 사업진행에 따라 쟁점건물의 철거 여부 등은 달라질 수 있는 것이며, 사실상 심리일 현재까지 사업시행인가가 승인되지 아니하였고 쟁점토지상에 건축허가가 되었다거나 쟁점건물에 대한 철거신고가 이루어지지 아니한 점, 주택조합의 쟁점건물 취득 이후에도 청구인은 쟁점건물에서 임대업을 영위하고 임대수익에 따른 부가가치세 등을 신고한 점, 주택조합의 쟁점부동산 취득에 대한 건설용지 계정 회계처리와 관련하여, 건물신축을 목적으로 하는 매수인 입장에서는 쟁점건물의 가치가 없다고 볼 수 있는 반면, 공급자인 청구인은 임대업에 공여되고 있던 쟁점건물의 가치를 포함하여 매매가액을 정하고 공급하였을 것인 점 등에 비추어 쟁점건물의 가치를 OOO으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.