청구법인은 사업연도 종료일 현재 공정거래법상 지주회사는 아닌 것으로 나타나므로 비록 공정거래법상 지주회사로 신고가 되어 있다고 하더라도 쟁점법률조항을 적용할 수 없는 것으로 보이고, 명확히 규정되어 있는 법령상 문구를 청구법인이 달리 해석한 이상 가산세를 면제할 정당한 사유도 없으므로 상기와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
청구법인은 사업연도 종료일 현재 공정거래법상 지주회사는 아닌 것으로 나타나므로 비록 공정거래법상 지주회사로 신고가 되어 있다고 하더라도 쟁점법률조항을 적용할 수 없는 것으로 보이고, 명확히 규정되어 있는 법령상 문구를 청구법인이 달리 해석한 이상 가산세를 면제할 정당한 사유도 없으므로 상기와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 청구법인은 법령의 문언상 2016사업연도에 쟁점법률조항에 따라 수입배당금이 익금불산입되는 지주회사에 해당함이 분명하므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (가) (2016사업연도 회계기준 변경 경위) 청구법인은 2015사업연도까지 일반기업회계기준을 적용하여 재무제표를 작성하고 있었던 반면, 쟁점자회사는 주권상장법인으로서 구 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령(2018.10.30. 대통령령 제29269호로 전부개정되기 전의 것으로 이하 “구 외부감사법 시행령”이라 한다) 제7조의2 제1항에 따라 2011.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 재무제표 및 연결재무제표를 작성할 때 한국채택국제회계기준(이하 “K-IFRS”라 한다)을 의무적으로 적용하고 있었는바, 이처럼 청구법인과 쟁점자회사가 적용하는 회계기준이 다름에 따라 청구법인은 쟁점자회사를 포함한 연결재무제표를 작성하는 데 어려움이 있어 청구법인은 2016사업연도부터 K-IFRS를 적용하는 것으로 회계기준을 변경하고, 쟁점자회사를 지분법적용대상으로 하는 연결재무제표를 최초로 작성하여 공시하기 시작하였다. (나) (청구법인의 지주회사 제외 신고) 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2020.12.29. 법률 제17799호로 개정되기 전의 것으로 이하 “공정거래법”이라 한다) 제2조 제1호의2는 “지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있었고, 같은 법 시행령(2020.6.16. 대통령령 제30790호로 개정되기 전) 제2조 제2항은 주된 사업 기준을 “회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액(자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액)이 해당 회사 자산총액의 50% 이상인 것”으로 정하고 있었다(지주비율 요건). 청구법인은 일반기업회계기준을 적용하여 작성된 2015사업연도 재무상태표상 자산총액이 OOO원이고, 그 중 쟁점자회사 주식의 장부가액(공정가치 평가)이 OOO원으로 자산총액의 67%이어서 지주비율 요건을 충족하였으나, K-IFRS를 적용하여 작성된 청구법인의 2016사업연도 재무상태표상 청구법인은 자산총액이 OOO원이고, 그 중 쟁점자회사 주식의 장부가액(원가법 선택)이 OOO 원으로 자산총액의 44%(아래 OOO 참조)이어서 지주비율 요건을 충족하지 못하게 되었다(공정거래법 시행령이 2016.9.29. 대통령령 제27529호로 개정되면서 자산총액 기준이 “직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상의 자산총액이 OOO 원 이상”으로 상향(제2조 제1항 제2호)됨에 따라 자산총액이 OOO 원이었던 청구법인은 자산총액 기준으로도 지주회사 기준을 충족하지 못하게 되었으나, 동 개정 조항은 2017.7.1.부터 시행되었고, 그 시행일 전에 지주회사로 전환한 회사의 경우 2027.6.30.까지 유예기간이 인정되었다). 청구법인은 2017.10.25. 공정거래위원회(이하 “공정위”라 한다)에 지주회사 제외신고서를 제출하였고, 공정위는 2017.11.20. 청구법인에게 “2016.12.31. 기준으로 공정거래법상 지주회사에서 제외됨을 알려드립니다”라는 내용으로 회신을 하였다. 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고 시부터 쟁점자회사의 배당금에 대하여 구 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제18조의3에 따라 “일반회사”에 대한 수입배당금 익금불산입률 50%를 적용하였다. (다) 구 법인세법 시행령 제17조의2 제1항 (이하 “쟁점시행령조항”이라 한다)은 문언상 명백하게 쟁점법률조항에 따라 수입배당금이 익금불산입되는 지주회사인지는 사업연도 종료일 현재 공정거래법 등에 따라 지주회사로 “신고”되어 있었는지 여부에 따라 결정하도록 정하고 있다. 쟁점시행령조항은 쟁점법률조항에 따른 지주회사는 사업연도 종료일 현재 공정거래법 등에 따라 지주회사로 “신고”된 내국법인으로 한다고 규정하고 있고, 다만 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다고 규정하고 있다. 따라서 사업연도 종료일 현재 공정거래법에서 정한 지주회사의 요건을 충족하였더라도, 쟁점시행령조항 단서에 따라 늦어도 해당 사업연도 법인세 과세표준 신고기한까지 공정거래법상 지주회사로 신고하지 않았다면, 쟁점법률조항에서 정한 익금불산입률을 적용받을 수 없고, 또한 반대로 사업연도 종료일 현재 공정거래법에서 정한 지주회사의 요건을 더 이상 충족하지 못하게 되었더라도, 여전히 공정거래법상 지주회사로 신고되어 있고, 공정위로부터 지주회사 적용제외 통보를 받지 않았다면, 여전히 쟁점법률조항에서 정한 익금불산입률을 적용받을 수 있다. (라) 청구법인은 2016사업연도 종료일 현재 공정거래법상 지주회사로 “신고”되어 있었으므로, 쟁점법률조항에서 정한 익금불산입률이 정해진다. 청구법인은 공정거래법 제8조 에 따라 지주회사 전환 신고를 하여 2011.1.1.을 기준으로 지주회사로 전환되었고, 이후 청구법인은 공정거래법상 지주회사의 지위를 계속 유지하다가 2017.10.25. 공정위에 지주회사 제외신고서를 제출하였으며, 공정위는 2017.11.20. 청구법인에게 공정거래법상 지주회사에서 제외된다는 통보를 하였는바, 비록 위 통보에 “청구법인이 2016.12.31. 기준으로 공정거래법에 따른 지주회사에서 제외되었다”는 문구가 기재되어 있지만, 2016.12.31. 당시 청구법인이 공정위에 지주회사로 “신고”되어 있었다는 사실 자체는 변함이 없다. 따라서 청구법인은 2016사업연도에 쟁점자회사로부터 수령한 쟁점배당금에 대하여 쟁점법률조항에 따른 80%의 익금불산입률을 적용받을 수 있다. (마) 외부감사 대상인 청구법인의 2016사업연도 재무제표는 2017.6.14. 외부감사 절차를 마치고 비로소 확정되어 공시되었기 때문에 청구법인이 지주비율 요건을 충족하지 못하게 될지 여부는 2016년 말은 물론이고 2016사업연도 법인세 신고기한까지도 확정될 수 없었다. 청구법인은 2016년에 쟁점자회사 주식을 처분한 적이 없고, 이 건에서 청구법인이 지주비율 요건을 충족하지 못하게 된 것은 청구법인이 2016사업연도부터 회계기준을 변경하였기 때문이다. 구 외부감사법 시행령 제2조 제1항 은 직전 사업연도 말의 자산총액이 OOO 원 이상인 주식회사를 외부감사를 의무적으로 받아야 하는 외부감사 대상 회사로 규정하고 있었고, 청구법인은 자산총액이 2015사업연도 말 자산총액이 OOO원이었으므로 2016사업연도에 외부감사 대상 회사였다. 그리고 구 공정거래법 시행령 제2조 제2항 은 지주비율 요건에서 자회사 주식가액의 합계액을 대차대조표상에 표시된 가액을 기준으로 하도록 정하고 있으므로 지주회사에서 제외되는지 여부는 지주회사의 대차대조표가 확정되어야 비로소 판단이 가능하다. 외부감사 대상 회사인 청구법인의 2016사업연도 재무제표는 2017년 6월경 외부감사 절차를 마무리하고 2017.6.14. 그 내용이 확정되어 공시되었고, 이에 따라 청구법인이 지주비율 요건을 충족하지 못하게 되었다는 점도 2017.6.14.에 이르러서야 비로소 확정되었다. 즉, 청구법인이 지주비율 요건을 충족하지 못하게 될지 여부는 2016년 말은 물론이고 청구법인의 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고기한인 2016.3.31.까지도 확정될 수 없었다. 청구법인은 2017.6.14. 청구법인이 지주비율 요건을 충족하지 못하게 되어 지주회사 제외 신고가 필요하다는 사실을 비로소 확인하고, 그 후인 2017.10.25. 공정위에 지주회사 제외신고서를 제출한 것이다. 결국 청구법인이 2016.12.31. 공정위에 지주회사로 “신고”되어 있었고, 더 나아가 2016사업연도 법인세를 신고할 당시에도 지주회사 신고 상태를 유지하고 있었던 것은, 청구법인이 지주회사 제외 신고를 일부러 게을리하거나 늦추었기 때문이 아니라, 애초부터 그 당시에는 지주회사 제외 여부를 알 수 없었기 때문인바, 적어도 2016사업연도 말을 기준으로 청구법인은 공정거래법 규정에 따라 “적법하게” 지주회사로 신고되어 있는 상태였다. (바) 처분청이 제시한 대법원 2014.12.24. 선고 2014두37092 판결은 쟁점시행령조항이 존재하지 않던 과세기간에 대한 판결이므로 이 건에 원용할 수 없다.
1. 지주회사의 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사의 범위를 정하고 있었던 법인세법 시행령 제17조의2 제1항 은 아래 OOO와 같이 개정되었는바, 법인세법 시행령 제17조의2 제1항 은 2008사업연도 이전 및 2012사업연도 이후에는 지주회사의 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사를 “공정거래법에 따라 지주회사로 신고된 내국법인”으로 정하고 있었지만, 2009∼2011사업연도에는 그에 관한 아무런 규정을 두고 있지 않았다.
2. 처분청이 제시한 대법원 2014.12.24. 선고 2014두37092 판결은 지주회사의 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사인지를 “신고” 여부에 따라 결정하도록 한 조항이 없었던 2010사업연도 수입배당금에 관한 판결로서 이 건에 원용할 수 없다. 처분청은 “수입배당금이 익금불산입되는 지주회사인지 여부를 판단하는 시점은 그 법인세 납세의무의 성립일인 지주회사의 사업연도 종료일로 봄이 상당하다”고 본 상기 판결을 제시하였으나, 동 판결은 2010사업연도 수입배당금에 관한 판결로서 수입배당금이 익금불산입되는 지주회사인지를 “신고” 여부를 기준으로 판단하도록 정한 쟁점시행령조항이 없었던 과세기간에 대한 판결이기 때문에 그 결론을 쟁점시행령조항의 적용을 받는 이 건에 그대로 원용할 수 없다. 특히 상기 판결은 “수입배당금이 익금불산입되는 지주회사인지를 판단하는 시점은 그 입법 취지를 참작하여 정책적으로 정할 문제로서 논리필연적인 결론이 도출될 수 있는 성질의 것이 아니다”라고 판시하였는데, 이는 수입배당금이 익금불산입되는 지주회사인지를 판단하는 시점을 언제로 정할 것인지는 입법정책의 문제이기 때문에 법인세법령에서 따로 정한 시점이 있다면 그대로 따라야 한다는 의미인바, 쟁점시행령조항이 시행 중이었던 이 건에는 당연히 쟁점시행령조항의 문언대로 쟁점법률조항의 적용 여부를 판단하여야 한다. (사) 처분청이 제시한 조세심판원 결정례(조심 2019서4542, 2020.12.30.)는 쟁점시행령조항이 신설된 후인 2015사업연도 법인세에 관한 것으로 쟁점시행령조항에 따라 “신고” 시점을 기준으로 쟁점법률조항의 적용 여부를 정한 결정례이어서 오히려 청구주장을 뒷받침한다. 쟁점시행령조항 단서는 “다만, 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립ㆍ전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다”고 규정하고 있고, 공정거래법 시행령 제15조 제1항 제4호 는 다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에는 지주회사 전환 신고일을 “제2조 제1항 제2호의 자산총액 산정 기준일부터 4개월 이내”로 정하고 있었으며, 같은 법 시행령 제2조 제1항 제2호는 자산총액 산정 기준일을 “직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일)”로 정하고 있었는바, 공정거래법상 다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우 지주회사 전환 신고일은 (i) 직전 사업연도 종료일부터 4개월 이내 또는 (ii) 사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유 발생일부터 4개월 이내이다. 이와 관련하여 조세심판원은 갑법인이 2015년 5월 중 지주회사 전환신고 사유가 발생하였고, 2016.3.30.에 지주회사 전환신고를 한 사안에서 쟁점시행령조항에 따라 지주회사 전환“신고”를 한 시점을 기준으로 하여 갑법인을 2015사업연도에 수입배당금 익금불산입 규정이 적용되는 지주회사로 볼 수 있다고 판단하였다(조심 2019서4542, 2020.12.30.). 즉 조세심판원은 쟁점시행령조항이 신설된 이후 과세기간의 경우 쟁점법률조항에 따라 수익배당금이 익금불산입되는 지주회사인지는 쟁점시행령조항에 의하여 판단하여야 한다는 점을 분명히 한 것이다. 처분청은 답변서에서 상기 심판원 결정(조심 2019서4542)이 마치 “2015년 중에 지주회사 전환신고 사유가 발생하였으므로 2015사업연도 종료일에 법인세법상 지주회사로 볼 수 있다”고 판단한 결정례처럼 소개하였으나 이는 위 결정의 취지를 잘못 정리한 것이다.
(2) (예비적 청구) 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다. (가) 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(국세기본법 제48조 제1항, 대법원 2017.7.11. 선고 2017두36885 판결 등). (나) 다음과 같은 사정들을 고려하면, 청구법인에게 일반법인의 수입배당금액 익금불산입률 적용하여 법인세 과세표준을 신고할 것을 기대하기는 어려웠다.
1. 쟁점시행령조항은 문언상 명백하게 쟁점법률조항에 따라 수입배당금이 익금불산입되는 지주회사인지는 사업연도 종료일 현재 공정거래법 등에 따라 지주회사로 “신고”되었는지 여부에 따라 결정하도록 정하고 있다. 그리고 청구법인은 2016사업연도 종료일인 2016.12.31.까지 공정거래법상 지주회사로 신고되어 있었다. 이처럼 법령의 문언이 분명하고, 청구법인이 해당 법령에서 정한 요건을 충족하고 있었던 이상 청구법인에게 법령상 명문의 규정을 무시하고 쟁점법률조항이 아닌 구 법인세법 제18조의3 제1항 에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 것을 기대할 수는 없다.
2. 청구법인은 2017.11.20. 비로소 공정위로부터 공정거래법상 지주회사에서 제외된다는 통보를 받았고, 그 전까지는 공정거래법상 지주회사로서 보고의무를 성실히 이행하였다.
3. 대법원 2014.12.24. 선고 2014두37092 판결은 쟁점시행령조항이 신설되어 시행되기 전 과세기간에 대한 판결이므로 청구법인이 이를 참고하여 쟁점배당금에 대한 익금불산입률을 정하여야 했다고 볼 수도 없다.
4. 청구법인은 자산을 취득하거나 처분하지 않았지만 회계기준을 변경하는 과정에서 회계상 장부가액이 달라져 지주회사 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 해당하는데, 이러한 경우에 대하여는 과세관청의 유권해석을 포함하여 아무런 선례가 없었다. (다) 결국 쟁점배당금에 대하여 일반내국법인의 수입배당금액의 익금불산입률을 적용하면서 청구법인에게 추가로 가산세까지 부담시키는 것은 청구법인에게 기대하기 어려운 사정을 이유로 한 것이어서 지나치게 가혹하고 위법ㆍ부당하므로 이 건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.
(1) (주위적 청구) 청구법인은 2016년말 기준 지주회사가 아니므로 법인세법 제18조의3 의 수입배당금액의 익금불산입 규정을 적용하여 한 이 건 처분은 정당하다. (가) 수입배당금 익금불산입 규정 적용의 기준일은 납세의무 성립일인 사업연도 종료일이다. 1) 법인세법 시행령 제17조의2 는 “사업연도 종료일” 현재 지주회사인 경우 법인세법 제18조의2 에 정한 지주회사 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 있다고 규정하고 있고, 대법원 2014.12.24. 선고 2014두37092 판결의 전심인 서울고등법원 2014.4.30. 선고 2013누51710 판결에서도 “과세나 비과세요건은 모두 해당 조세의 납세의무 성립시기를 기준으로 판단하는 것이 원칙”으로 “법인세의 경우에는 그 납세의무 성립시기인 사업연도 종료일을 기준으로 해당 요건의 충족여부를 판단하여야 한다”고 하고 “이 사건 법률조항은 법인세 과세표준을 확정하기 위하여 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 지주회사의 수입배당액 일부를 그 각 호에서 정한 방법으로 계산하여 익금에 산입하지 않도록 하는 규정이므로, 지주회사 여부 역시 사업연도 소득계산의 기준시기인 사업연도 종료시를 기준으로 판단하는 것”이라고 판결하고 있다. 2) 법인세법 제18조의2 및 같은 법 시행령 제17조의2는 지주회사에 대한 특혜 규정으로 법에 정한 바에 따라 엄격하게 해석하여야 할 것인바, 상기와 같이 법에 지주회사 적용의 기준일을 사업연도 종료일로 명시하고, 관련 심판례 및 대법원 등 판례에 의해 “사업연도 종료일”로 판결되었으므로 2016사업연도 종료일인 2016.12.31. 현재 지주회사에서 제외된 청구법인에 법인세법 제18조의2 에 정한 지주회사 수입배당금 익금불산입을 배제하고 관련 법인세를 과세한 당초 처분 정당하다. (나) 법인세법 시행령 제17조의2 에 정한 “지주회사로 신고된” 내국법인은 공정거래법상 지주회사에 해당하면서 지주회사로 신고한 법인인바, 지주회사가 아님은 인정하나 지주회사로 “신고”되었으므로 지주회사임을 인정하여 달라는 청구주장은 근거가 없다.
1. 청구법인은 법인세법 시행령 제17조의2 에 사업연도 종료일 현재 공정거래법 등에 따라 지주회사로 “신고”된 내국법인으로 정하고 있고, 청구법인은 2011.1.1. 이전에 공정위에 지주회사 전환신고하였으므로 2016.12.31.까지 지주회사로 “신고된” 법인이라 주장하나, 법인세법 시행령 제17조의2 는 법인세법 제18조의2 의 위임규정으로 법인세법 제18조의2 와 법인세법 시행령 제17조의2 의 규정에 모두 부합하는 법인만이 법인세법 제18조의2 에 정한 지주회사 수입배당금 익금불산입을 적용할 수 있는 것인바, 청구법인이 법인세법 제18조의2 의 지주회사 수입배당금 익금불산입을 적용하기 위해서는 먼저 공정거래법 등에 따른 지주회사에 해당하여야 하나, 청구법인은 사업연도 종료일 현재 이미 공정거래법 등에 따른 지주회사가 아니므로 이 법 적용을 위한 조건에 해당하지 않는다. 2) 법인세법 시행령 제17조의2 에 정한 “지주회사로 신고된” 내국법인은 공정거래법상 지주회사에 해당하면서 지주회사로 신고한 법인이므로 지주회사가 아님에도 지주회사로 기존 신고되었다는 사실로 이를 법인세법상 수입배당금 익금불산입 대상인 지주회사로 인정하여 달라는 청구주장은 당초 “수입배당금 익금불산입” 규정의 취지와 그 적용 대상 등 “신고”가 되기 위한 전제조건을 완전히 무시하고 법 규정상 일부의 문구에만 치중하여 확대해석한 것이다.
3. 청구법인의 주장을 그대로 인정한다면, 실제로는 공정거래법 등에 따른 지주회사에 해당하지 않으나 지주회사로 기존 신고된 모든 법인에 당해 법규정이 적용되어야 하고, 그런 경우 지주회사 요건 미충족 등으로 실효되는 법인에 대한 익금불산입 배제를 할 수 없게 되는바, 법인세법 시행령 제17조의2 의 “신고된” 내국법인은 관련 법상의 모든 조건을 충족하여 해당 절차에 따라 신고됨을 뜻하는 것이지 법인세법 제18조의2 를 적용하기 위해 “신고된” 내국법인은 모두 이 법을 적용한다는 뜻이 아니다. (다) 청구법인은 2016사업연도 귀속분에 대해 대차대조표 등의 확정이 늦어져 판단할 수 없었다고 주장하고 있으나, 법인세는 국세기본법 제22조 에 따라 납세자의 신고로 확정되는 세목으로 청구법인의 계산으로 신고된 과세표준을 신의성실의 원칙에 따라 인정하고 확정하는 것인바, 이러한 납세자의 신고납부로 확정되는 법인세에서 내부 사정으로 대차대조표 등의 확정이 늦어져 알 수 없었다는 청구주장은 인정될 수 없다. (라) 대법원 2014.12.24. 선고 2017두37092 판결은 이 건에 적용할 수 있는 정당한 판례이다.
1. 청구법인은 상기 대법원 판례가 쟁점시행령조항이 신설되기 전 과세기간에 대한 판결로 이 건에 적용할 수 없다고 주장하나, 쟁점시행령조항은 신설이 아니라 신설 전인 2008년에도 존재한 규정으로 2009.2.4. 법률 21302호로 법인세법 제18조의2 개정 시 시행령에 위임하는 내용이 없어지면서 본 법에 맞추기 위해 쟁점시행령조항이 삭제된 것으로 2012.2.2. 개정 시 동일한 내용이 다시 추가되었는바, 이는 판례의 본문에서도 “비록 개정 법인세법과 개정 시행령이 지주회사의 판단시점에 관한 종전의 규정을 삭제하기는 하였지만, 이를 대체하는 별도의 규정을 두지 아니하였고, 익금불산입액에서 차감하는 차입금 지급이자의 계산에 관한 종전의 규정도 그대로 유지한 점 등에 비추어 보면, 개정 법인세법과 개정 시행령이 지주회사의 판단시점을 달리 정하려는 의도였다고 보기는 어렵다”고 판시함으로써 2008년과 2009년의 법 개정 사항이 다른 내용이 있지 않으며 지주회사의 판단시점에 영향을 주지 않는다고 판단하였다. 또한, 2009.2.4. 법 개정 전의 쟁점시행령조항과 2012.2.2. 법 개정 후의 시행령조항은 같은 내용을 규정함으로써 2016사업연도 귀속인 청구법인의 지주회사 판단시점에 적용가능한 정당한 판례이다.
2. 본 대법원 판례는 주문이유 3에서 “같은 취지에서 원심이, 비록 원고가 2009.1.1. 지주회사 설립을 공정위에 신고하고 2010년 4월경 자회사로부터 배당금을 지급받았다고 하더라도, 그 후 2010.11.1. 지주회사에서 제외되어 2010사업연도 종료일인 2010.12.31. 당시에는 지주회사가 아니었던 이상, 2010 사업연도의 소득금액 계산상 그 배당금을 개정 법인세법 제18조의2 제1항 을 적용하여 익금불산입할 수는 없다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 개정 법인세법 제18조의2 제1항 이 적용되는 지주회사인지를 판단하는 기준시점에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다”라고 판시한바, 청구법인과 같이 기존 지주회사로 신고하였으나 신고한 사업연도 이후 사업연도 종료일에 지주회사가 아니게 된 경우 그 사업연도의 수입배당금은 익금불산입할 수 없다고 판단한 내용은 정당하다고 판결하였으므로 2016사업연도 전에 지주회사로 신고하였으나 2016사업연도 종료일인 2016.12.31.에 지주회사에서 제외된 청구법인에 대하여 법인세법 제18조의2 등에 따른 지주회사 수입배당금 익금불산입을 적용할 수 없는 법인으로 보아 이 건 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
(2) (예비적 청구) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반할 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하는바(서울고등법원 2008.4.24. 선고 2007누32268 판결), 청구법인은 2016사업연도말 지주회사 미해당 여부를 2017년 6월경 확정할 수 있었다고 주장하나, 청구법인이 2017년 6월 중에 뒤늦게라도 지주회사 해당여부 및 사업연도 말 지주회사에 해당하지 않음을 확인하였다면 그 때에 지주회사 익금불산입률 적용 가능여부 등에 대해 검토‧확인 후 수정신고 등 후속조치를 취했어야 하나, 청구법인은 이 건 감사지적 전까지 아무런 조치가 없는 등 청구법인에게 신고하기 어려운 사정이 있었다고 보기 어려워 관련 가산세 등의 감면 사유에 해당하지 않는다.
① (주위적 청구) 청구법인은 2016사업연도 종료일 현재 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따라 지주회사로 신고되어 있으므로 구 법인세법제18조의2 제1항 제2호에 따른 지주회사 수입배당금액의 익금불산입률이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 법인세법 제18조의2(지주회사 수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인 중 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사, 금융지주회사법에 따른 금융지주회사, 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사 및 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학연협력기술지주회사(이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 자회사(해당 지주회사가 출자한 법인으로서 지주회사의 자회사에 대한 출자 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)로부터 받은 이익의 배당금이나 잉여금의 분배액과 제16조에 따른 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조, 제18조의3 및 제76조의14에서 "수입배당금액"이라 한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
1. 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80[자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 경우에는 100분의 40을 말한다]을 초과하여 출자한 경우에는 그 자회사로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액
2. 자회사에 출자한 비율이 제1호에서 정한 비율 이하인 경우에는 그 자회사로부터 받은 수입배당금액에 100분의 80을 곱하여 산출한 금액. (단서생략)
③ 제1항과 제2항을 적용할 때 지주회사의 자회사에 대한 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제18조의3(수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2를 적용받는 수입배당금액은 제외한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. (단서생략)
③ 제1항과 제2항을 적용할 때 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제17조의2(지주회사의 수입배당금액의 익금불산입) ① 법 제18조의2 제1항에 따른 지주회사는 사업연도 종료일 현재 독점규제 및 공정거래에 관한 법률, 금융지주회사법, 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률 및 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 지주회사로 신고된 내국법인으로 한다. 다만, 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다.
(3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1의2."지주회사"라 함은 주식(持分을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다. 1의3. "자회사"라 함은 지주회사에 의하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 그 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다. (5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조(지주회사의 기준) ① 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.
1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사
2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사
② 법 제2조 제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상인 것으로 한다. 제15조(지주회사의 설립ㆍ전환의 신고 등) ① 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 법 제8조에 따라 공정거래위원회가 정하여 고시하는 바에 따라 다음 각 호의 기한 내에 신고인의 성명, 지주회사, 자회사, 손자회사와 법 제8조의2(지주회사 등의 행위제한 등) 제5항에 따른 증손회사(이하 “지주회사등”이라 한다)의 명칭, 자산총액, 부채총액, 주주현황, 주식소유현황, 사업내용등을 기재한 신고서에 신고내용을 입증하는 서류를 첨부하여 공정거래위원회에 제출하여야 한다.
4. 다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에는 제2조(지주회사의 기준) 제1항 제2호의 자산총액 산정 기준일부터 4개월 이내
④ 지주회사로서 사업연도 중 소유 주식의 감소, 자산의 증감 등의 사유로 인하여 제2조(지주회사의 기준) 제1항 또는 제2항의 규정에 해당하지 아니하게 되는 회사가 이를 공정거래위원회에 신고한 경우에는 당해 사유가 발생한 날부터 이를 지주회사로 보지 아니한다. (6) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령 제7조의2(회계처리기준의 적용) ① 법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 후단에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사는 한국채택국제회계기준을 적용하여 재무제표 및 연결재무제표를 작성하여야 한다.
1. 주권상장법인. 다만, 코넥스시장상장법인은 제외한다.
(1) 청구법인의 심판청구서 및 항변서, 처분청 답변서 등 이 건 심리자료상 나타난 주요 내용은 아래와 같다. (가) 이 건 관련 사실관계를 일자별로 정리하면 아래 OOO과 같다. (나) 청구법인의 2016사업연도 감사보고서를 보면, 청구법인은 2016.1.1. 이후 개시하는 연차보고기간부터 국제회계기준을 채택하여 제정한 한국채택국제회계기준을 적용하고 있는 것으로 나타나고, 청구법인의 재무제표는 2017년 5월 22일자로 이사회에서 승인되었으며, 2017년 5월 31일자 정기주주총회에서 최종 승인된 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 2017.10.25. 공정위에 제출한 지주회사의 적용제외 신고서를 보면, 적용제외 사유 발생일이 2016.12.31.로 되어 있고, 적용제외 사유는 자회사 주식가액이 자산의 50%미만, 자산총액 5천억 미만이라고 기재되어 있다. (라) 청구법인이 상기와 같이 공정위에 지주회사 제외신고서를 제출한 것에 대해 공정위가 2017.11.20. 청구법인에게 회신한 내용은 아래 OOO와 같다. (마) 법인세법제18조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제17조의2 제1항의 개정 내역은 아래 OOO와 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①․②에 대해 살피건대, 청구법인은 2016사업연도 종료일 현재 공정거래법에 따라 지주회사로 신고되어 있으므로 쟁점법률조항에 따른 지주회사 수입배당금액의 익금불산입률이 적용되어야 하고 적어도 청구법인에게 일반내국법인의 수입배당금액의 익금불산입률을 적용하여 법인세를 신고할 것을 기대하기 어려우므로 가산세는 면제되어야 한다고 주장하나, 쟁점시행령조항은 쟁점법률조항에 따른 지주회사는 사업연도 종료일 현재 공정거래법 등에 따라 지주회사로 신고된 내국법인으로 한다고 규정하고 있고, 쟁점법률조항은 그 주체를 “내국법인 중 공정거래법 등에 따른 지주회사”로 명시하고 있는바, 쟁점법률조항에 따른 지주회사 수입배당금액의 익금불산입 규정을 적용하기 위해서는 사업연도 종료일 현재 공정거래법에 따라 지주회사로 신고된 내국법인이어야 할 뿐만 아니라 공정거래법에 따른 지주회사이어야 할 것임에도 청구법인은 사업연도 종료일 현재 공정거래법상 지주회사는 아닌 것으로 나타나므로 비록 공정거래법상 지주회사로 신고가 되어 있다고 하더라도 쟁점법률조항을 적용할 수 없는 것으로 보이고, 명확히 규정되어 있는 법령상 문구를 청구법인이 달리 해석한 이상 가산세를 면제할 정당한 사유도 없으므로 상기와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.