청구법인은 내부검토를 거쳐 공단에 쟁점용역비 정산결과를 확정통보 하였으므로 이때에 비로소 청구법인과 공단 사이에 쟁점용역의 공급가액이 확정된 것으로 보는 것이 합리적으로 보임
청구법인은 내부검토를 거쳐 공단에 쟁점용역비 정산결과를 확정통보 하였으므로 이때에 비로소 청구법인과 공단 사이에 쟁점용역의 공급가액이 확정된 것으로 보는 것이 합리적으로 보임
[주 문] OOO서장이 2021.5.4. 청구법인에게 한 2020년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점용역의 공급시기는 부가가치세법 제16조 제2항 및 같은 법 시행령 제29조 제2항 제1호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때인 2020.7.13.이다. 부가가치세법 제16조 제2항 은 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등에 대한 용역의 공급시기는 대통령령으로 정하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제29조 제2항 제1호는 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때’를 공급시기로 보도록 규정하고 있는바, 쟁점용역은 2019년도의 방사성폐기물 운반용역으로서 비록 2019사업연도에 쟁점용역의 제공이 완료되었으나, “방사성폐기물 인수방법 등에 관한 규정”에 따라 청구법인과 공단이 협의하여 검수 및 소요금액 정산 절차 등이 2020사업연도에 이루어져야 하는 ‘조건부 용역’이라 할 것이므로, 쟁점용역은 부가가치세법 시행령 제29조 제2항 제1호 에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보아야 한다. 따라서, 청구법인의 입장에서 쟁점용역의 공급가액이 확정되는 때는 청구법인과 공단의 쟁점용역의 정산금액에 대한 의견이 합치하여 쟁점용역에 대한 세금계산서를 새로 발급(작성일자: 2020.7.13.)하였던 2020.7.13.로 보아야 한다. (가) 청구법인은 2020년 제1기 부가가치세 확정신고 기한이 도래하기 전 공단이 세금계산서 작성일자를 2020.7.13.로 하여 새로 발급한 세금계산서를 신뢰하여 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제2기로 보아 관련 매입세액 공제를 받은 것이다. 청구법인이 2020.6.9. 쟁점용역의 공급가액을 OOO원이라고 통지한 것에 대하여 공단은 처음에는 2020.6.26. 쟁점용역의 공급가액을 OOO원으로 세금계산서를 발급하였으나, 2020.7.13. 세금계산서를 새로 발급하면서 2020.6.26.에 발급한 세금계산서를 취소하였다. 위 2020.7.13.에 잘못된 금액으로 발행된 세금계산서을 취소하고 청구법인과 공단 간에 쟁점용역의 공급가액이 합치된 세금계산서 새로 수수하게 된 이유는 (ⅰ) 2020.6.29. 청구법인이 공단에게 쟁점용역의 공급가액이 OOO원이라고 재검토를 요청한 것에 대한 의견합치가 2020.7.13.에 비로소 이루어졌기 때문이고, (ⅱ) 또한 공단이 2020.6.26. 최초로 발급한 세금계산서에 기재된 쟁점용역의 공급가액이 잘못된 점을 인정한 것이다. 즉, 처분청 의견처럼 쟁점용역의 공급시기를 2020.6.26.로 보기 위해서는 청구법인과 공단의 의견이 합치된 OOO원을 쟁점용역의 공급가액으로 보아 발급한 세금계산서의 작성일자가 2020.6.26.이어야 할 뿐만 아니라, 공단이 2020.7.13. 쟁점용역에 대하여 2020.6.26.자 세금계산서도 취소하지 않았어야 한다. 그런데, 쟁점용역 관련 세금계산서가 2020.7.13. 발급됨과 동시에 기 발급된 2020.6.26.자 세금계산서 발급이 취소되었으므로 쟁점용역의 공급시기를 2020.6.26.로 보는 것은 타당하지 않다. (나) 청구법인이 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제2기로 보아 관련 매입세액공제를 받은 것은 정당하다. 2020년 제1기 부가가치세 확정신고 기한 도래 전인 2020.7.13. 공단이 2020.6.26.자 세금계산서를 취소하고 청구법인과 공단 간에 쟁점용역의 공급가액이 합치된 2020.7.13. 새로운 세금계산서를 발급하였으므로, 청구법인 입장에서는 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제1기가 아닌 2020년 제2기로 보고 관련 매입세액 공제를 받는 것은 당연하다.
(2) 이 건 가산세 부과처분은 거래상대방인 공단이 청구법인의 동의 없이 수정세금계산서를 발급함에 따라 발생한 것이므로 국세기본법 제48조 제1항 제2호 에 따른 가산세 감면의 정당한 사유가 있다 할 것이다. (가) 가산세 감면의 ‘정당한 사유’란 일반적으로 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 책임을 물을 만한 기대가능성이 없을 때를 의미하나, 구체적으로는 가산세 제도의 취지를 중심으로 제반사정을 고려하여 이익형량적 각도에서 개별적인 판단을 필요로 하며, 대법원 판례에 따르면 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정 당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 세법상 가산세를 과할 수 없다고 일관되게 판시(대법원 1993.11.23. 선고 93누15939 판결 등)하고 있다. (나) 청구법인은 공단과 의견합치에 따른 세금계산서 발급일인 2020.7.13.이 쟁점용역의 공급시기임을 전제로 2020년 제2기 부가가치세 예정신고 기간에 관련 매입세액 공제를 받았으나, 공단이 청구법인에게 아무런 동의도 구하지 않은 채 2020.10.23.에 ① 공단이 2020.7.13.자 공급가액을 OOO원으로 하여 새로 발급한 세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 발급(수정사유: 기재사항 착오정정, 작성일자 2020.7.13.)함과 동시에 ② 같은 날 발급을 취소하였던 2020.6.26.자 세금계산서를 복구하는 수정세금계산서를 발급(수정사유: 착오에 의한 이중발급, 작성일자 2020.7.13.)하면서, ③ 쟁점용역의 공급가액 OOO원과 OOO원의 차액인 OOO원에 대한 수정세금계산서를 추가로 발급(부가가치세액: OOO원, 수정사유: 기재사항 착오정정, 작성일자 2020.7.13.)함에 따라 관련 가산세가 발생하게 되었다. (다) 청구법인은 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제2기임을 신뢰하여 매입세액 공제를 받은 것[청구법인 입장에서는 2020년 제1기 중에 쟁점용역의 공급가액이 확정이 되지 않았고, 발급이 취소된 세금계산서(작성일자 2020.6.26.)에 따라 관련 매입세액 공제를 받는 것도 불가능하였음]임에도, 공단의 일방적인 위 ①․②․③ 행위에 따라 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제1기로 보아 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 확정신고 기간 중에 부가가치세액 OOO원에 대하여 매입세액 공제를 신청하는 것은 ‘그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있어 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우’라고 보아야 한다.
(1) 청구법인은 공단이 2020.7.13. 발행한 세금계산서가 최종 정산금액과 일치되는 것이므로 이때를 공급시기로 보아야 한다고 주장하나,
① 부가가치세법 시행령 제29조 제2항 제1호 에는 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 규정하고 있는 점, ② 청구법인은 공단의 운반비 정산 결과(2020년 5월 작성)에 대하여 공급가액은 적정한 것으로 검토하였고 부가가치세 10%를 반영한 금액을 최종 정산금액으로 하여 2020.6.9. 공단에 운반비용 정산결과를 통보한 점, ③ 공단은 청구법인으로부터 통보받은 정산결과에 대하여 이의제기 등을 한 사실이 없고, 2020년 제1기를 쟁점운반용역의 공급시기로 판단하여 2020.6.26. 세금계산서를 발행하였다고 소명한 점, ④ 공단이 2020.6.26. 발행한 세금계산서를 취소하지 않고, 2020.7.13. ‘계약해제’를 사유로 OOO원의 수정세금계산서를 발행한 후 OOO원의 세금계산서를 발행한 것은 2020.6.26. 발행한 세금계산서 OOO원과 청구법인에서 통보받은 최종 정산금액 OOO원의 차액을 맞추기 위함이었다고 소명한 점 등에 비추어 보면 공단이 2020.6.26. 발행한 세금계산서는 단순히 공급가액을 착오로 잘못 기재하여 발행한 세금계산서로 보이는 점, ④ 청구법인은 공단이 2020.6.26. 발행한 세금계산서에 대하여 2020.7.13. 계약해제를 사유로 수정세금계산서를 발행하면서 2020.6.26.자 세금계산서는 취소된 것이라고 주장하나, 계약의 해제를 사유로 수정세금계산서를 작성하였다고 하여 당초 발행한 2020.6.26.자 세금계산서가 취소되는 것은 아닌 점(2020.6.26.자 세금계산서는 2020년 제1기 확정 부가가치세 신고시 관련 매입세액 공제를 하고, 계약의 해제로 발행된 세금계산서에 대해서는 2020년 제2기 예정 부가가치세 신고시 관련 매입세액에서 차감하여야 함), ⑤ 청구법인은 쟁점용역의 공급가액이 2020년 제2기에 확정되었다고 볼 만한 구체적이고 객관적인 입증을 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 쟁점용역비 정산금액과 일치되는 세금계산서를 발행한 때를 공급시기로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 근거 법령을 자의적으로 해석한 것으로서 보이는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점용역의 공급가액은 2020년 6월에 확정된 것으로 보는 것이 타당하므로 청구법인이 2020년 제2기 예정 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제한 매입세액을 부인하고 이 건 과세한 처분은 적법하다.
(2) 청구법인은 이 건 가산세 부과처분이 국세기본법 제48조 제1항 제2호 에 따른 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 가산세 감면의 ‘정당한 사유’란 일반적으로 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 책임을 물을 만한 기대가능성이 없을 때를 의미하고(대법원 1996.2.9. 선고 95누3596 등 참조), 청구법인은 2020.7.24. 2020년 제1기 확정 부가가치세 신고를 하였으며, 공단은 2020.6.26.자 세금계산서 OOO원을 발행한 후 2020.7.13. 계약의 해제를 사유로 수정세금계산서 OOO원을 발행하고 다시 작성일자를 2020.7.13.로 하여 세금계산서 OOO원을 발행한 점 등으로 볼 때, 청구법인은 2020년 제1기 부가가치세 확정신고 전에 2020.6.26.자 세금계산서에 대하여 정상금액으로 수정된 세금계산서를 수취하고 관련 매입세액 공제를 할 수 있었음에도, 계약의 해제로 발행된 (-)세금계산서를 당초 2020.6.26.자 세금계산서가 취소된 것으로 오인(誤認)하여 부가가치세 신고한 것은 가산세 감면의 정당한 사유로 인정하기 어렵다.
① (주위적 청구) 쟁점용역의 공급시기의 당부
② (예비적 청구) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 일부개정된 것) 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있
3. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우에는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액의 0.5퍼센트 (2) 부가가치세법 시행령(2020.12.8. 대통령령 제31222호로 개정된 것) 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
(3) 국세기본법(2020.6.9. 법률 제17354호로 개정된 것) 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법 제8조 제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
(2) 처분청 이 제시한 과세근거 자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 공단은 쟁점용역 관련 매출세액을 2020년 제1기 과세기간 중에 신고하고, 청구법인은 관련 매입세액을 2020년 제2기 과세기간에 공제받아 양자 간 부가가치세 신고내역상의 불부합이 발생되었다. <표> 신고 불부합내역 ◯◯◯ (나) 처분청이 작성한 ‘세금계산서합계표 불부합자료 검토서’(2021.4.)의 주요내용은 다음과 같은바, 검토결과 ‘쟁점용역의 공급가액은 2020년 6월 확정된 것으로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 2020년 제2기에 공단에 매출세금계산서 OOO원을 과다발행한 것에 대하여 경정하는 것은 별론으로 하고, 청구법인이 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제2기로 판단하여 매입세액 공제한 것은 잘못이 있으므로 경정고지함이 타당하다’고 기재되어 있다. <표> 불부합 내역 ◯◯◯ < 검토내용 > ◯◯◯ (다) 처분청은 쟁점용역 관련 세금계산서 발행 경위에 대하여 공단으로부터 다음과 같은 의견서를 제출받은 것으로 나타난다. ◯◯◯
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 부가가치세법 시행령 제29조 제2항 제1호 에는 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 규정하고 있는바, 쟁점용역은 방사성폐기물 인수방법 등에 관한 규정과 중저준위방사성폐기물 인도ㆍ인수에 따른 운반비 부담기준 및 절차 합의서 등에 따라 2020.5.11. 공단이 청구법인에게 쟁점용역비 정산결과(공급가액 OOO원)를 제출한 후 그에 대응하여 2020.6.9. 청구법인은 내부검토를 거쳐 공단에 쟁점용역비 정산결과(공급가액 OOO원)를 확정통보 하였으므로 이때에 비로소 청구법인과 공단 사이에 쟁점용역비 정산에 관한 의사합치, 즉 쟁점용역의 공급가액이 확정된 것으로 보는 것이 합리적인 점, 공단이 청구법인에 2020.6.26. 발행한 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서는 공단이 단순히 필수기재사항인 공급가액을 착오 기재하여 발행한 것일 뿐, 이후 발행한 수정세금계산서를 근거로 공급시기를 변경할 수는 없는 점 등에 비추어 쟁점용역의 공급시기를 2020년 제1기로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 가산세는 세법에서 규정하는 각종 의무 불이행에 대한 행정상 제재의 성격을 지님과 동시에 조세의 형식으로 부과되는 부가세적 성격도 지니고 있으므로 납세자의 고의 또는 과실, 책임능력, 책임조건 등을 고려하지 아니하고 과세요건의 충족 여부만을 확인하여 조세의 부과절차에 따라 부과․징수하게 된다. 동시에 국세기본법 제48조 는 가산세를 부과하는 경우 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이러한 ‘정당한 사유’는 일종의 불확정 개념으로서 매우 추상적임에도 세법상 그 의미가 명확하게 제시되어 있지 아니하므로 그것이 존재하는지 여부는 결국 납세자가 의무를 불이행하게 된 경위 등 각 사안의 구체적 사실관계에 따라 개별적으로 판단할 수밖에 없다 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인은 2020.6.9. 공단에 쟁점용역의 공급가액을 OOO원, 부가가치세액을 OOO원으로 확정하여 통지한 사실과 공단에 공급가액 착오기재 등을 안내하고 재검토를 요청한 사실 등의 사정을 고려하면 청구법인으로서는 공단이 2020.7.13. 발행한 OOO원 상당의 (-)수정세금계산서를 2020.6.26. 발행한 세금계산서를 취소한 것으로 볼 소지가 다분하고, 같은 날(2020.7.13.) 발행한 OOO원 상당의 수정세금계산서를 정상세금계산서로 보아 2020년 제2기 부가가치세 예정신고시 관련 매입세액 공제를 받은 것은 청구법인의 잘못이라기보다는 공단의 귀책사유로 볼 수 있는 점, 공단은 2020년 제1기에 매출신고하면서 부가가치세를 정상 납부하여 조세의 일실이 없는 점, 2020.6.26.～2020.10.23. 기간 중에 공급자인 공단이 공급받는 자인 청구법인의 동의 없이 일방적으로 다수의 수정전자세금계산서를 발급하였는데 청구법인 입장에서는 이들을 정당하게 발행한 수정세금계산서로 보기도 어려웠을 것으로 보이는 점, 청구법인은 최대한 보수적으로 판단하여 2020년 제2기에 관련 매입세액을 공제받음으로써 시기적으로 오히려 세액공제가 늦게 이루어진 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점용역과 관련한 부가가치세 신고․납부의무를 제대로 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.