청구법인이 목사에게 지급한 퇴직급여에 대하여 원천징수세액을 과소신고 한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2020년 3월 담임목사에서 퇴직한 AAA에게 퇴직금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급한 후, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 소득세법 시행령제42조의2 제4항 제4호(이하 “쟁점규정”이라 한다)는 ‘종교관련종사자가 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득’을 퇴직소득으로 규정하고 있는데, 동 규정은 2018.1.1. 시행되었으므로, 재직기간(1999.3.16.～2020.3.27.)으로 안분하여 쟁점금액 중 2018.1.1.부터 퇴직 일까지의 기간에 해당하는 OOO원만 과세대상 퇴직소득으로 보아 2020.3.31. 퇴직소득세(원천징수분) OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점금액 전부를 퇴직소득으로 보아 2021.1.15. 청구법인에게 2020년 귀속 퇴직소득세(원천징수분) OOO원(원천징수납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 종교인에 대한 퇴직금 과세규정인 쟁점규정은 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 소득세법 시행령에 신설되었고, 동 시행령 부칙 제1호에서 “쟁점규정은 2018.1.1.부터 시행”하고, 부칙 제2조에서 “이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용”한다고 규정하고 있는바, 쟁점금액 중 쟁점규정 시행 이전에 발생한 퇴직소득은 비과세대상인 것으로 해석하여야 한다.

(2) (예비적 청구) 소득세법제155조의6은 “종교인 소득을 지급하는 자는 제127조, 제134조부터 제143조, 제145조 및 제145조의3에 따른 소득세의 원천징수를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 종교인소득을 지급받은 자는 제70조에 따라 종합소득과세표준을 신고하여야 한다”고 규정하고 있는바, 이에 따라 종교인 소득을 지급하는 자는 원천징수를 하지 아니할 수 있고 이 경우 종교인소득을 지급받은 자가 종합소득과세표준을 신고하도록 되어 있으므로 청구법인에게 부과한 원천징수납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점규정이 2018.1.1.부터 시행되었으므로 쟁점금액을 재직기간으로 안분하여 2018.1.1. 이후분에 대하여만 과세소득으로 보아야 한다고 주장하나, 헌법상 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무가 있고, 소득세법에서 종교인에 대한 비과세를 규정한 내용이 없으며, 쟁점규정 시행 이전에도 소득세법제22조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제42조의2 제1항 제4호에 따라 ‘불특정다수의 퇴직자에게 적용되는 퇴직급여 지급규정․취업규칙 또는 노사합의에 의하여 지급받는 퇴직수당․퇴직위로금 기타 이와 유사한 성질의 급여’에 해당한다고 보아 납세의무를 부여하고 있었다. 또한, 기획재정부 예규(소득세제과-624, 2018.9.6.)는 “2018.1.1. 이후 종교 관련 종사자가 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 소득을 지급받는 경우 동 지급받는 소득 전액이 소득세법제22조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제42조의2 제4항 제4호에 따른 퇴직소득에 해당한다”고 해석한 점 등을 고려할 때, 쟁점금액을 퇴직소득으로 보아 퇴직소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 퇴직소득을 지급하는 자는 소득세법제127조 제1항 제7호에 따라 원천징수 의무가 있는바, 청구법인은 쟁점금액을 임의로 안분하여 일부소득에 대하여만 원천징수의무를 이행하였으므로 소득세법제155조의5에 따라 종합소득과세표준 신고를 할 수 있다고 주장하는 것은 신의칙에 위반되는 것으로 보이고, 퇴직금이 이미 확정된 상태에서 임의로 과소신고한데 대하여 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 원천징수납부불성실가산세를 가산한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 전 목사에게 지급한 퇴직급여에 대하여 원천징수세액을 과소신고한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 헌법 제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.

(2) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제22조(퇴직소득) ① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득 제70조(종합소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제71조(퇴직소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 퇴직소득금액이 있는 거주자는 그 퇴직소득과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 퇴직소득 과세표준이 없을 때에도 적용한다. 다만, 제146조부터 제148조까지의 규정에 따라 소득세를 납부한 자에 대해서는 그러하지 아니하다.

③ 제1항에 따른 신고를 “퇴직소득 과세표준확정신고”라 한다. 제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

7. 퇴직소득. 다만, 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 근로소득이 있는 사람이 퇴직함으로써 받는 소득은 제외한다. 제155조의6(종교인소득에 대한 원천징수 예외) 종교인소득(제21조 제3항에 해당하는 경우를 포함한다)을 지급하는 자는 제127조, 제134조부터 제143조, 제145조 및 제145조의3에 따른 소득세의 원천징수를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 종교인소득을 지급받은 자는 제70조에 따라 종합소득과세표준을 신고하여야 한다. (3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제42조의2(퇴직소득의 범위) ④ 법 제22조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

4. 종교관련종사자가 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득 부칙 <대통령령 제26982호, 2016 2.17.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조의2제1항, 제78조의3 제5항[법 제70조의2제1항에 따른 성실신고확인대상사업자(직전 과세기간의 총수입금액을 기준으로 한다)에 한정한다] 및 제157조 제4항(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우는 제외한다)ㆍ제5항의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제40조의4의 개정규정은 2016년 6월 1일부터 시행하며, 제207조의10 및 별표 3의3의 개정규정(현금영수증 의무발행업종으로서 법 제162조의3 제4항에 해당하는 경우로 한정한다)은 2016년 7월 1일부터 시행하고, 제55조 제1항 제7호의2[복식부기의무자 중 성실신고확인대상사업자(매각일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총수입금액을 기준으로 한다)가 아닌 사업자에 한정한다], 제78조의3 제1항ㆍ2항 및 같은 조 제4항부터 제11항까지[복식부기의무자 중 성실신고확인대상사업자(직전 과세기간의 총수입금액을 기준으로 한다)가 아닌 사업자에 한정한다], 제78조의3 제3항[복식부기의무자 중 성실신고확인대상사업자(취득일이 속하는 과세기간의 전 과세기간의 총수입금액을 기준으로 한다)가 아닌 사업자에 한정한다] 및 제157조 제4항(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우에 한정한다), 제211조 제7항부터 제12항까지 및 제211조의2의 개정 규정은 2017년 1월 1일부터 시행하며, 제19조, 제41조 제14항ㆍ제15항, 제42조의2 제4항 제4호, 제87조 제3호, 제186조 제1항ㆍ제2항, 제202조 제4항 및 제202조의4의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

(4) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 것) 제47조의5(원천징수납부 등 불성실가산세) ① 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항 제2호의 경우에는 징수한 세액)을 법정납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 50(제1호의 금액과 제2호 중 법정납부기한의 다음 날부터 납세고지일까지의 기간에 해당하는 금액을 합한 금액은 100분의 10)에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

② 제1항에서 “국세를 징수하여 납부할 의무”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 의무를 말한다.

1. 소득세법 또는 법인세법에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여 납부할 의무

2. 소득세법 제149조 에 따른 납세조합이 같은 법 제150조부터 제152조까지의 규정에 따라 소득세를 징수하여 납부할 의무

3. 부가가치세법 제52조 에 따라 용역등을 공급받는 자가 부가가치세를 징수하여 납부할 의무 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 전 대표자 AAA의 재직증명서(2020.3.27.), 퇴직금 확인서(2020.3.27.), 금융거래내역 등에 의하면, 청구법인 전 대표자 AAA은 1999.3.16.부터 2020.3.27.까지 청구법인에서 목사로 근무하였고, 퇴직금 명목으로 2020.3.4.부터 2020.3.16.까지 3회에 걸쳐 총 10억원을 지급받은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 원천징수이행상황신고서 및 처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구법인은 쟁점규정의 시행일이 2018.1.1.이므로 쟁점금액을 재직기간으로 안분하여 쟁점금액 중 2018.1.1.부터 퇴직일까지의 OOO원만 과세대상 소득으로 보아 아래 <표1>과 같이 이에 대한 퇴직소득세 OOO원을 원천징수․납부하였고, 처분청은 쟁점금액을 모두 퇴직소득으로 보아 아래 <표2>와 같이 이 건 처분을 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점규정 시행(2018.1.1.) 이전에 발생한 퇴직소득은 비과세대상이라고 주장하나, 헌법 제38조는 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 지도록 규정하고 있어, 법률에서 특별히 납세의무를 면제하지 않는 이상 모든 국민은 납세의 의무를 지는 것으로 보아야 하는바, 소득세법상 2018.1.1. 이전 적립된 종교인의 퇴직금에 대하여 비과세를 규정한 내용이 없고, 과세관청이 종교인 소득에 대하여 과세하지 아니하겠다는 공적인 의사표명을 한 사실도 없었던 점 등에 비추어 처분청이 2018.1.1. 이후 종교인이 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 퇴직금을 지급받은 경우, 동 지급받은 소득 전액이 퇴직소득에 해당한다고 보아 퇴직소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 소득세법제155조의6에서 “종교인소득을 지급하는 자는 제127조 등에 따른 소득세의 원천징수를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 종교인소득을 지급받은 자는 제70조에 따라 종합소득과세표준을 신고하여야 한다”고 규정하고 있으므로 퇴직소득세를 과소하게 원천징수하였더라도 원천징수납부불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점금액의 일부를 비과세소득으로 오인하여 퇴직소득세를 과소하게 원천징수․납부한 것으로 보이는 반면, 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 인정할 만한 정황이 보이지 아니하는 점, 쟁점금액을 지급받은 자가 소득세법제155조의6을 근거로 퇴직소득과세표준을 별도로 신고한 사실도 없는 점, 조세법에 대한 부지 또는 착오는 가산세 감면의 정당한 사유가 된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.