쟁점토지를 「법인세법」제55조의2에 따른 비사업용 토지로 보아 과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2011서0418

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.3.18. 설립되어 부동산매매업 등을 영위하고 있는 바, 2014.3.26. 아래 ＜표1＞에서 순번 1번부터 7번까지의 토지를 주식회사 OOO과 공동으로 매입하여 해당 토지의 지분 2분의 1(이하, “쟁점토지”라 한다)을 취득하고, 이를 2015년 7월(2필지), 11월(1필지)과 12월(4필지)에 걸쳐 총 OOO에 양도 후 쟁점토지의 양도차익을 매출총이익으로 인식하여 법인세를 신고하였다. ＜표1＞ 이 건 처분 관련 청구법인의 토지(전) 보유 현황
• 나. 처분청은 쟁점토지의 양도차익을 비사업용 토지의 양도소득에 해당하는 것으로 보아 2021.2.22. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO을 경정 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 주식회사 OOO과 함께 쟁점토지를 2014년 6월에 취득하여 농지법상 농지전용협의절차(허가의제)를 거쳐 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 개발행위허가를 받아 개발행위(토석채취, 옹벽설치공사)를 시공하였으므로 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서조항에 의해 비사업용 토지에서 제외된다.

(2) 청구법인의 쟁점토지 보유기간 20개월 중 비사업용 토지에 해당하는 기간은 개발행위허가기간(2014.11.10.～2015.11.30.)을 제외한 8개월(2014.3.26.～2014.11.9.)에 불과하여 법인세법제55조의2 제2항에서 위임한 같은 법 시행령 제92조의3 제3항의 기간기준(토지 소유기간의 100분의 40 초과)에 부합하므로 법인세법제55조의2 제2항 제1호의 어느 목에도 해당하지 않아 비사업용 토지에서 제외된다.

(3) 예비적 주장으로, 청구법인은 부동산매매업을 목적사업으로 영위하고 쟁점토지는 법인의 목적사업을 위하여 보유하는 토지에 해당하므로, 법인세법 시행령제49조 및 같은 법 시행규칙 제26조에 따른 업무와 관련이 없는 부동산 등에 해당하지 않는다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 지반공사 및 옹벽공사만 시행한 나대지 상태에서 양도하여 전용용도인 ‘제1종일반주거’ 목적의 건축물 및 그 부속토지로 사용하지 아니하였고 보유기간 중 공부상 지목이 ‘전’으로 변동이 없으며, 개발행위허가목적인 ‘토석채취’에 관한 수입금액신고 등 관련 증빙자료가 없어 전용목적으로 사용되었다고 판단하기 어려우므로 쟁점토지는 법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목에 따른 비사업용 토지에 해당한다.

(2) 쟁점토지는 1967.4.19.부터 도시지역에 편입된 농지(지목: 전)이며, 쟁점토지의 취득일(2014.3.26.)은 도시지역 편입일로부터 3년이 경과되었으므로 법인세법제55조의2 제2항 제1호 나목에 따른 비사업용 토지에 해당한다. 또한 법인세법제55조의2 제2항 제1호의 규정에서 위임한 같은 법 시행령 제92조의3 제3항에서는 기간 계산시 농지전용허가 및 신고 또는 전용협의를 통해 개발행위허가를 받은 기간을 가감하도록 규정하고 있지 않으므로 토지 소유기간 전부를 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

(3) 예비적 주장으로, 청구법인이 주장한 법인세법 시행령제49조는 법인세법제27조의 위임을 받은 규정으로, 이 사건 처분의 근거가 되는 법인세법제55조의2와는 관련이 없는 사항이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지를 법인세법 제55조의2에 따른 비사업용 토지로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원 (이하 이 조에서 “농지”라 한다) 으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.
• 나. 특별시, 광역시 (광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시 (특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다.이하 이 항에서 같다), 특별자치도 (제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[지방자치법 제3조 제4항에 따른 도농 (都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호에 따른 도시지역 (대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

(2) 법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

• 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의5(농지의 범위 등) ③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 농지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. 2.농지법 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

⑤ 법 제55조의2 제2항 제1호 나목 단서에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 3년을 말한다.

(3) 농지법 제6조(농지 소유 제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다.

7. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

8. 제34조 제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO에서 발송한 공문에서 쟁점토지가 1967.4.19. 도시지역(제1종일반주거지역)으로 편입된 사실이 기재(건설도시과-394, 2021.1.7. 및 건설도시과-1337, 2021.1.20.)되어 있다.

(2) 등기부등본상 청구법인은 2014.3.26. 쟁점토지를 취득(소유권이전등기)한 것으로 등재되어 있으며, 부동산거래 계약신고필증상 쟁점토지의 취득일로부터 양도일까지의 보유기간은 3년 미만으로 보인다. ＜표2＞ 쟁점토지의 보유기간, 취득가액 및 양도가액

(3) 청구법인이 취득한 OOO의 토지(지목: 전)는 지적도 및 토지 등기부등본, 재산세 과세내용 등에 2015.6.19.〜2015.12.30.까지 총 12필지로 순차적으로 분할된 내역이 기재되어 있으며, 이 중 쟁점토지에 해당하는 7필지가 포함되어 있다. ＜표3＞ 쟁점토지의 분필 현황

(4) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 2015.11.2. 경상북도 김천시청 도시주택과로부터 ‘토석채취’를 허가목적으로 하고 5가지(절토, 법면보호공, 토사촉구, 보강토옹벽, 차폐식재) 항목을 허가내용으로 명시한 개발행위(변경)허가통지 공문을 수령하였다. ＜표4＞ 쟁점토지의 개별행위(변경)허가서 제2014-41호 내용

(5) 청구법인은 쟁점토지에 관한 2015년 계정별 원장 및 매입세금계산서상 2015년 6월 이후 토목설계, 분할측량, 옹벽공사를 시행한 것으로 보이나, 건축물을 착공하거나 토석채취에 관한 수입금액 입증내용은 공부상 확인할 수 없다. ＜표5＞ 쟁점토지의 개별행위(변경)허가 수행내역

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목에서 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 같은 법 시행령 제92조의3에 따른 기간기준을 충족하여 농지를 소유한 경우 이를 비사업용 토지로 본다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따라 농지법 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지는 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점토지에 대한 개발행위허가를 받아 개발행위(토석채취, 옹벽설치공사)를 시공하였으므로 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외된다고 주장하나, 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지 토석의 형질변경을 위한 지반공사, 분할측량, 토목설계 등을 수행 이후 전용용도에 해당하는 건축물의 착공 또는 허가목적에 해당하는 토석채취 등에 관한 청구법인의 거래내역이 확인되지 않는 이상 법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따른 전용목적으로 사용한 것으로 보기 어렵고, 같은 법 시행령 제92조의3에 따른 비사업용 토지의 기간기준을 판단함에 있어 청구법인의 개발행위허가기간을 제외하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한 청구법인은 쟁점토지가 법인세법제55조의2 제2항에 따른 비사업용 토지에 해당한다 하더라도 청구법인의 목적사업(부동산매매업)을 영위하기 위하여 쟁점토지를 보유하던 것이므로 업무와 관련된 자산으로 보아 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라 하더라도 비사업용 토지의 요건을 달리 적용하는 것은 아니라고 할 것(조심 2011서418, 2011.4.26. 같은 뜻임)이므로 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.