판결에 의해 청구법인의 지급의무가 확정된 것과 관련, 세금계산서를 수취하지 아니하고 합계표만 제출한 경우 부가세 매입세액 공제가 가능한지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2011년 7월 AAA 주식회사(이하 “AAA(주)”이라 한다)와 약 OOO원 규모의 OOO 지방이전사업 공사와 관련하여 OOO%의 지분으로 공동 수급하는 방식의 공사도급계약을 체결한 후 주관사인 AAA(주)과 공사원가분담금 소송에서 패소한 후 합의하여 공사원가분담금 명목으로 OOO원을 지급하였다. 이에 청구법인은 AAA(주)에 지급한 총액과 이미 교부받은 세금계산서와의 차액(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 추가로 세금계산서를 교부받았어야 하나, AAA(주)이 세금계산서를 발행해 주지 않았음에도 2017년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점금액을 매입세액 공제대상으로 하였다.
• 나. 처분청은 2020.9.16.〜2020.11.9. 기간 동안 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 거래처인 AAA(주)로부터 세금계산서를 수취하지 아니하고 매입세금계산서 합계표를 제출하여 쟁점금액 상당의 매입세액을 임의로 공제받은 것으로 보아, 2020.12.7. 청구법인에게 2017년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 AAA(주)은 청구법인의 추가 지급액을 공사원가 분담금으로 보고 있다. 그러므로 이는 부가가치세법상 부가가치세 과세거래로 인한 금전지급에 해당하는 것이므로 AAA(주)은 마땅히 세금계산서를 발행하여야 하나, AAA(주)은 정당한 사유 없이 세금계산서를 발행하지 않았다. 만약, AAA(주)이 세금계산서를 발행하였다면 정상적으로 부가가치세 매입세액공제 대상이 되었을 것이다. 청구법인이 AAA(주)에게 지급한 금액에 대해 세금계산서 없이 부가가치세를 매입세액으로 공제받은 것은 사실이나, 청구법인이 공제받은 부가가치세만큼을 AAA(주)이 매출세액으로 납부하였을 것이다. 따라서 과세당국의 입장에서는 청구법인이 매입세액을 공제받았다고 하여 어떠한 국세 손실도 발생하지 않고, 오히려 매입세액을 공제하지 않으므로 인하여 부가가치세를 이중으로 징수하는 문제가 발생한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장하는 판결문 자료에 의하여 세금계산서를 발급받지 아니하고 임의로 부가가치세 매입세액 공제를 받은 것은 부가가치세법제39조에 의한 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다. 세금계산서를 발급받지 아니하고 매입세액 공제를 받는 것은 부가가치세법상 매입세액 공제를 받을 수 없다. 또한 청구법인이 거래처인 AAA(주)에서 세금계산서를 발급해 주지 않아 임의로 부가가치세 매입세액 공제를 받았다는 것은 부가가치세법제34조의2에 의하여 청구법인이 직접 매입자발행 세금계산서를 발급할 수 있었다는 점에서 청구법인의 주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점 법원 판결에 의하여 청구법인의 지급의무가 확정된 것과 관련, 세금계산서를 수취하지 아니하고 세금계산서합계표만 제출한 경우 부가가치세 매입세액 공제가 가능한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 개별소비세법제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제34조의2【매입자발행 세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례】① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제71조의2 [매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등] ② 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부 받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2020.9.16.부터 2020.10.20.까지 청구법인의 2017사업연도 및 2018사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였는바, 처분청이 시한 조사종결보고서 등 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 종합건설업체로 하천정비, 도로공사, 산업단지 조성 등 주로 토목공사와 관공서 및 학교 등 건축공사, 대학교 기숙사 BTL사업 등을 영위하고 있고, 최근 건설경기 불황으로 인한 연이은 공사수주의 실패로 인하여 3년 연속으로 신고 수입금액이 감소하는 등 업황은 부진하다. (나) 청구법인은 토목건축공사업, 소방공사업, 전기공사업, 조경공사업, 시설물유지관리업 등 장기 관급도급공사를 주업으로 하는 업체로 사업장에 보관된 매출관련 제장부에 의거 매출누락 및 가공매출 여부를 조사한 바, 혐의점은 없다. (다) 청구법인은 2011년 7월 AAA(주)과 OOO 지방이전사업 약 OOO원 규모의 공사와 관련하여 OOO%의 지분으로 공동수급 방식의 공사도급계약을 체결하였고, 이후 주관사인 AAA(주)과 공동원가분담금과 관련하여 소송을 하여 이에 패소한 후 합의하여 공동원가분담금 명목으로 OOO원을 지급하였다. 이에 청구법인은 AAA(주)에 지급한 총액과 매입세금계산서의 차액에 대하여 추가로 세금계산서를 받았어야 하나, AAA(주)이 세금계산서를 발행해 주지 않았음에도 2017년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액 공제로 신고하였다. (라) 청구법인이 AAA(주)과 실물거래는 있으나 OOO원을 매입처별세금계산서합계표에 거짓기재(과다기재)로 제출하여, 혐의금액 합계액이 1과세기간 OOO원 이상이므로 조세범처벌법제10조 제2항을 위반하여 조세범처벌법에 의거 통고처분 대상이다.

(2) 처분청의 청구법인 및 대표이사 AAA에 대한 조세범처벌법 위반으로 고소한 건에 대하여 OOO청은 2021.7.26. 혐의없음(증거불충분)으로 불기소하였는바, 이 건과 관련한 피의사실 및 불기소이유는 아래와 같다. (가) AAA이 2017.7.25. AAA(주)로부터 매입세금계산서를 받지 아니하고 합계 OOO원의 세금계산서합계표를 작성하여 제출한 사실, 2017.10.24. BBB 주식회사로부터 매입세금계산서를 받지 아니하고 합계 OOO원의 세금계산서합계표를 작성하여 제출한 사실, 2017.10.24. OOO로부터 매입세금계산서를 받지 아니하고 합계 OOO원의 세금계산서합계표를 작성하여 제출한 사실은 인정된다. 처분청은 AAA이 세금계산서를 수취한 사실이 없음에도 해당 금액을 합계표에 거짓으로 기재하여 제출하였다고 주장한다. (나) 「조세범처벌법제10조 제2항 제3호는 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 세금계산서를 받지 아니하거나, 통정하여 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우를 처벌하는 것이고, 이 경우 통정의 상대방은 공급자 또는 세금계산서를 발급한 자(미수취의 경우에는 통정의 상대방은 공급자이고, 거짓기재의 경우에는 세금계산서를 발급한 자가 통정의 상대방)가 된다. (다) AAA(주)과 관련하여 청구법인과 AAA(주) 사이에 진행된 민사소송의 판결문, 청구법인과 AAA(주) 사이 합의문, 위 공사대금과 관련된 이체내역 등에 비추어 실제 거래관계가 있었다고 보이는 점 등에 비추어 공개적으로 소송까지 진행한 상황에서 서로 세금계산서를 주고받지 아니하기로 통정하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. (라) 청구법인에 대한 피의사실이 인정되기 위해서는 그 대표이사 등의 혐의가 인정되어야 하는데, 위 기재 이유와 같이 대표이사 AAA의 혐의가 인정되지 아니하므로 청구법인에 대한 피의사실도 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 AAA(주)이 정당한 사유 없이 세금계산서를 발급해 주지 않은 것으로 매입세액을 불공제한 처분이 부당하다고 주장하나, 부가가치세법제39조 제1항 제2호에서 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 법원의 판결 이후 AAA(주)이 세금계산서를 발급해 주지 않는 경우 청구법인이 부가가치세법제34조의2에 따른 매입자발행 세금계산서를 발급할 수 있었으나 발급하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 AAA(주)로부터 세금계산서를 교부받지 아니하였음에도 2017년 제1기 부가가치세 과세기간에 매입세액 공제대상으로 신고한 것에 대하여 처분청이 매입세액 불공제하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.