미분양주택 감면대상 양도소득금액 계산식에 기준시가가 아닌 매매사례가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인 은 2012.11.14. 매매계약을 체결하여 2016.4.26. 취득한 OOO(OOO, 이하 “이 건 아파트”라 한다)를 2019.12.4. OOO에 양도하고, 조세특례제한법 제98조의7 에 따른 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 이 건 아파트 과세표준을 OOO으로 산정한 후 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 이 건 아파트에 대한 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 확인한 결과, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 (이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 계산식에 기준시가가 아닌 ‘매매사례가액’을 적용하였으므로 이를 부인하고 기준시가를 적용하여 2020.9.11. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.12.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 과세관청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 근거규정인 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식은 소득세법 제100조 제1항 에 위배되고, 이는 실질과세의 원칙, 신의성실의 원칙, 근거과세의 원칙에 모두 부합하지 않는다. 2007.1.1.부터 양도하는 토지, 건물의 취득 또는 양도가액의 계산시 기준시가 원칙에서 실지거래가액으로 전환되었으나, 처분청이 청구인에게 과세처분한 근거 법령인 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 은 기준시가 원칙이 적용되던 1998.12.31. 신설되어 현재까지 같은 내용으로 유지되어 실지거래가액 원칙과 부합되지 않으며, 소득세법 제97조 제1항 제1호 및 같은 법 제100조 제1항에서 규정하는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 내용에 위반되는 등 상위법에 저촉되는 하위 규정이므로 그 효력을 인정할 수 없다. 조세특례제한법 제98조의7 에서 “미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 공제한다.”고 규정한 것은 해당 부동산의 과세대상 기간의 취득가액은 당초 취득가액이 아니라 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 시점의 매매금액을 취득가액으로 의제하여야 하므로 소득세법 제97조 제1항 제1호 및 같은 법 제100조 제1항에서 규정하는 내용에 따라 매매사례가액을 우선적으로 적용하여 양도소득금액을 산출하여야 한다. 이 건 아파트의 취득일부터 5년이 되는 날의 쟁점규정의 계산식에 의한 환산거래가액은 같은 날 매매사례가액 보다 소액이므로, 쟁점규정에 의하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 조세특례제한법 제98조의7 에서 규정하고 있는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 실제로 공제받지 못하게 되는 결과를 초래하게 되어 실질과세원칙에 부합하지 못한다. 또한, 청구인이 이 건 아파트를 취득한 것은 매매계약 당시에 일간지 등에서 이 건 아파트는 조세특례제한법에 의하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않는다는 내용의 기사를 보았고, 분양대행사들도 이를 홍보하였는바 쟁점규정은 신의성실의 원칙에 심각하게 위배된다. 그리고, 쟁점규정에 의하여 산출되는 이 건 아파트의 취득한 날부터 5년이 되는 날의 환산가액은 매매사례가액 보다 낮은 가액이므로 쟁점규정은 합리성, 타당성이 없는 추계과세로서 근거과세의 원칙에도 반한다. 더불어, 기준시가의 공시기준일은 매년 1월 1일이고, 4월 30일 공시하므로 기준시가 결정이 시세를 정확하게 반영하여 결정되었다고 가정하더라도 결국 1년 전 시세와 같게 된다. 즉, 2019년 기준시가는 2018년 연말까지 산정되어 2018년 시세와 유사하고, 2019년 기준시가 상승분은 2018년 시세가 2017년 시세보다 상승한 것이므로, 쟁점규정에 근거하에 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 현실성과 타당성이 결여되어 있으므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점규정이 상위법 우선의 원칙에 위배된다고 주장하나, 청구인이 제시한 상위법인 소득세법 제100조 제1항 은 “양도차익을 계산할 때”에 적용하는 규정이다. 이것은 ‘양도가액’과 ‘취득가액’의 결정과 관련된 규정이고 쟁점규정은 양도차익을 계산한 후 양도소득금액 중 감면대상 소득금액을 계산하는 규정이기에 이를 연관지어 모순된다고 주장하는 것은 자의적인 법해석이다. 쟁점규정에 따른 감면대상 소득금액 산정시 기준시가로 계산하게 규정하고 있음에도 청구인은 법을 유추해석하여 매매사례가액을 수식의 환산가액과 의미없는 비교를 하며 실질과세의 원칙에 위배된다는 주장하나, 기준시가의 등락도 충분히 시세를 반영하고 있고 해당 산식을 보면 기준시가 비율로 되어 있으므로 5년이 지난 후에 시세가 많이 오른 이 건 아파트는 감면세액이 작아지는 것이 당연하다. 쟁점규정은 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다. 청구인은 ‘5년간 발생한 양도소득에 대한 100% 세금 감면’ 규정이 유명무실하다 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따른 감면대상 양도소득금액의 산정방 식이 명시되어 있음에도 이를 무시하고 임의로 계산한 감면대상 양도소득금액을 인정해달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 쟁점규정에 따라 계산한 5년간의 양도소득에 대하여 100% 감면을 하고 있으므로 규정이 아닌 청구인의 자의적 기준의 계산이 받아들여지지 않는다고 하여 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하는 것은 납득하기 어렵다. 청구인은 당초 미분양인 이 건 아파트를 취득하여 보유하였고, 양도할 당시에는 부동산 투기열풍으로 시세가 급등하여 많은 양도차익을 남겼는바, 이는 신의성실 등의 원칙에 맞고 시세급등에 따른 기준시가의 상승은 신의성실의 원칙이나 실질과세의 원칙에 위배된다는 모순적인 주장이다. 쟁점규정에서 5년간 발생한 양도소득금액을 기준시가로 계산하도록 되어 있으므로 처분청은 기준시가를 적용하였고, 이는 추계과세에 해당하지 않는다. 법규정에 없는 매매사례가액와 비교하여 금액이 낮기 때문에 쟁점규정이 합리성이나 타당성이 없으므로 근거과세원칙에 위배된다는 주장은 타당하지 않다. 청구인은 기준시가의 공시기준일을 언급하면서 공동주택 기준시가가 비현실적이라 주장하나, 지방자치단체의 일정기간 간격에 따른 정기적인 고시는 합당하며 만일 이러한 기준시가 고시나 고시금액에 이의가 있다면 지방자치단체에 대한 이의신청이 선행됨이 타당하다. 만일 청구주장이 인용된다면 기준시가를 반영하여 양도소득금액을 산정하는 방식은 모두 부정되어야 한다. 따라서, 쟁점규정에 따른 감면대상 양도소득금액의 산정방법 이 명시되어 있음에도 이를 무시하고 임의로 계산한 감면대상 양도소득금액을 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제98조의7 제1항 및 같은 법 시행령 제98조의6 제4항 미분양주택의 감면대상 양도소득금액의 계산식에 기준시가가 아닌 매매사례가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제98조의7[미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 내국인이 2012년 9월 24일 현재 대통령령으로 정하는 미분양주택으로서 취득가액이 9억원 이하인 주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 2012년 9월 24일부터 2012년 12월 31일까지 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업자와 최초로 매매계약(계약금을 납부한 경우에 한정한다)을 체결하거나 그 계약에 따라 취득한 경우에는 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용할 때 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조[구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액 또는 법인세법 제55조의2 제1항 에 따른 양도소득(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 양도소득금액 X (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시 기준시가) 양도 당시 기준시가 - 취득 당시 기준시가 제98조의6[미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 법 제98조의7 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 미분양주택”이란 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2012년 9월 23일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다.(중략)

④ 법 제98조의7 제1항 전단에 따른 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액(중략) 제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 증빙 등 및 처분청의 심리자료는 다음과 같다. (가) 세액결의서에 따르면 이 건 아파트의 양도가액 OOO, 취득가액 OOO, 필요경비 OOO이고, “경정 전” 과세표준은 OOO, “경정 후” 과세표준은 OOO으로 나타나며, 그 결의내용은 다음과 같다. (나) 등기사항전부증명서(2020.12.7. 발급) 등을 살펴보면 청구인은 2016.4.26. 이 건 아파트를 취득(원인: 2012.11.14. 매매)하여 2019.12.4. OOO에 제3자에게 매각하였고, OOO 주택재개발정비사업조합은 2016.4.26. 이 건 아파트에 대하여 소유권보존등기를 하였다. (다) 처분청이 쟁점규정을 적용하여 산정한 과세특례(비과세) 대상 양도소득금액은 아래 <표>와 같다. <표> 비과세대상 양도소득금액 (라) 이 건 아파트의 공시기준일별 기준시가(공시가격)를 살펴보면 OOO이다. (마) OOO의 2019.3.14.자 OOO아파트 공시가격 관련 기사의 주요내용은 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 이 건 아파트의 양도소득세 산정과 관련하여 쟁점규정을 적용할 경우에는 실질과세의 원칙 등에 근거하여 기준시가가 아닌 매매사례가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제98조의7 제1항 및 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제98조의6 제4항에 따라 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용할 경우에는 양도소득금액에 ‘해당주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘해당주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘해당주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있는 점(대법원 2014.12.11. 선고 2013두2273 판결, 같은 뜻임), 쟁점규정은 양도소득세 감면규정으로서 기준시가 비율로 계산하도록 명시적으로 규정하고 있고 이를 엄격하게 해석하여야 하는 점, 쟁점규정의 상위법인 조세특례제한법은 특별법적 성격을 가지므로 오히려 소득세법에 우선한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점규정에 따른 양도소득금액을 산정하면서 매매사례가액을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점규정에 따른 계산식에 기준시가를 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.