[참조결정] 조심2014서0937
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 1996.12.1. 설립되어 OOO에서 선박건조 및 수리업을 영위한 법인으로서 2004.11.30. 사업부진을 이유로 폐업하였고, 2015.5.29. OOO 및 지상의 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 양도하였다.
- 나. 청구법인은 그 동안 법인의 비용으로 누락한 금액 OOO원을 전기오류수정손실(잉여금 감소)과 단기차입금(이하 “쟁점차입금”이라 한다)으로 재무상태표에 반영하여 2014사업연도분으로 하여 2015.5.20. 기한후신고를, 2004년 폐업 당시 재무상태표에 누락된 토지의 자본적 지출액 OOO원과 동 금액을 가수금(이하 “쟁점가수금”이라 한다)으로 하여 자산 및 부채를 계상하여 2004사업연도분으로 2015.5.28. 수정신고를 하였다.
- 다. 처분청은 쟁점부동산이 양도된 시기에 청구법인이 청산된 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액(OOO원) 및 2004년 폐업 당시의 재무상태표 상 현금 등 잔액 OOO원(이하 “쟁점현금”이라 한다)의 합계 OOO원에서 폐업일 이후 쟁점부동산의 양도일까지 납부한 쟁점부동산 재산세 OOO원을 차감한 OOO원을 잔여재산가액으로 확정하여 위의 잔여재산가액에서 폐업일 현재 자본금 및 이익잉여금 합계 OOO원을 차감한 OOO원을 청산소득으로 산정하여 2021.1.11. 청구법인에게 2015사업연도 청산소득에 대한 법인세 OOO원을 결정․고지하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.31. 이의신청을 거쳐 2021.9.10.심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 1996.12.1.～2004.11.30. OOO에서 조선소를 운영한 법인이고, 대표자 aaa는 30년 이상을 목공소 등 사업을 운영하였던 자로서 청구법인을 설립하자마자 각종 민원과 IMF 금융위기를 맞게 되었는데 당시 시중의 대출이자율은 25% 이상으로서 은행 대출로는 정상적인 사업을 운영할 수 없는 상황으로서 부득이하게 대표자 aaa가 개인자금을 청구법인에 투자하여 운영하여 왔다. 청구법인이 위치한 OOO의 부동산 시장은 OOO, OOO를 기점으로 서서히 살아나고 투자 붐이 일어났으며, 그 이전에는 경도지역 개발부진과 IMF 발생의 영향으로 완전히 침체되어, 청구법인이 소유한 쟁점부동산도 매수자가 없어 2015년에서야 겨우 매매되었다. 청구법인은 그간 법인비용으로 누락한 금액 OOO원을 전기오류수정손실(잉여금 감소)과 단기차입금(쟁점차입금)으로 재무상태표에 반영하여 2014사업연도분으로 하여 2015.5.20. 기한후신고를 하였고, 2004년 폐업 당시 재무상태표에 누락된 토지의 자본적 지출액 OOO원과 동 금액을 가수금(쟁점가수금)으로 하여 자산 및 부채를 계상하여 2004사업연도분으로 2015.5.28. 수정신고를 하였다. 처분청은 2020.7.8. 2004사업연도 귀속 수정신고 사항 가운데 가수금 OOO원의 계상근거 및 관련 증빙을 제출하여 줄 것을 요청하자 청구법인은 이에 대해 신고한 지 5년이 지난 시점에서 문서보존기간이 도과된 상태로 관련 증빙을 요구하여 부득이하게 OOO에 청구법인의 대표자 aaa의 통장거래명세표를 출력받아 가수금 내역을 확인하고 청구법인의 통장거래내역을 출력받아 대표자 aaa가 입금한 내용과 대사 후 증명자료를 제출하였으며, 거래내용은 1998년부터 2004년까지 대표자 aaa가 청구법인에게 43회에 걸쳐 OOO원을 입금하였고, 반제된 금액은 OOO원으로서 확인된 가수금 현황이다. 처분청은 이에 대해 aaa 개인통장에서 법인으로 입금된 것을 확인되나 aaa 통장에 입금된 자금출처가 배우자 bbb, 아들 ccc, ddd 등으로부터 일부 입금된 점과 당시 법인통장과 개인통장을 혼용하여 사용하였던 것이 관행이라 주장하면서 개인통장으로 볼 수 없다는 주장하고 일체 가수금을 부인하였다. 또한, 처분청은 청구법인이 소명요구서에 관련 증빙을 갖추어 제출하였음에도 당초 신고는 부과제척기간 이후에 신고한 것이라 주장하면서 당초 신고서 전부를 무효라고 주장하고 전혀 검토사항이 아니라고 무시하고 2004년 폐업 시 제출한 재무제표만을 기초로 이 건 법인세를 부과하였다. 1998년 당시 법인의 자금이 부족하면 대표이사가 본인의 자금을 법인에 입금하여 지출하였고, 회계처리는 누락하였는바, 이는 대표자 가수금을 계상하는 경우 부채비율이 높아지고 IMF 시기라 대출이자율이 높아 은행에서 차입하여 운영자금으로 사용할 수 없었으므로 매년 가수금이 발생하였음에도 결산서에는 미반영하였다. 청구법인은 이처럼 1998년 당시에는 회사의 존폐여부에만 관심이 있었고 추후 법인의 이익금을 어떻게 가져올지에 대해서는 생각할 여유가 없었다. 조선소의 경우 여러 가지 부대시설이 많이 건설되고 토지 및 건물에 대한 천정호이스트 설치비용, 선대 옹벽공사, 프로팅도크 축조공사, 방파제 축대공사, 변압기 등 기타자산 설치비용에 청구법인의 자금이 지출되었음에도 당시 법적 증빙을 구비하지 못하여 20년 이전 결산서에 제대로 반영하지 못하고 있으나, 실질은 이러한 항목 등으로 지출된 것이 사실이다. 2015년 쟁점부동산을 취득한 jjj이 작성한 확인서에서도 취득시점에 토지 및 건물과 기계장치 및 일체 자산을 매입하고 철거비용으로 상당한 금원이 소요된 것으로 나타난다. 청구법인 대표자 aaa의 개인 예금계좌에서 법인 예금계좌로 입금된 금액은 1998.9.14.부터 2004.12.10.까지 43회 합계 OOO원이고, 청구법인은 2003.5.10. OOO원을 반제하였다. 이처럼 청구법인 대표 aaa는 청구법인에게 쟁점가수금을 지급하였으나 재무상태표에 누락된 사실이 확인되어 기한후신고 및 수정신고를 하였음에도 처분청은 부과제척기간 만료이므로 무효라고 하면서 1998년부터 입금된 쟁점가수금이 법인의 자금이고 법인의 매출누락이라고 일방적으로 추정하여 부인하고 있으나, 본질은 대표자 개인 가수금이 장부에 누락되어 수정되었고, 부과제척기간 이내의 2014사업연도 기한후신고분이 3개월 내 결정된 것으로 간주되었으므로 이 신고서를 기초로 하여 청산소득을 산정하여야 하고, 쟁점가수금이 아니라고 한다면 이에 대한 입증책임은 처분청에게 있다 할 것이다. 또한, 가족이 법인의 종업원으로 되어 있고 그 가족이 법인의 매출대금을 수금하여 대표자 aaa에게 입금하였다고 하나, 그동안 획득한 소득을 가족명의로 가지고 있다가 대금을 회수한 것인지 사채 등을 하고 받은 대금을 대표자 명의로 재입금한 것인지 25년 전의 거래행위를 단정하여 개인통장을 법인통장이라 단정하는 것은 근거과세에 반하는 위법한 처분이다. 국세기본법 제81조의3에서 규정하는 바와 같이 부정한 경우를 제외하고는 납세자는 기본적으로 진실된 것으로 추정하여야 하고, 국세청상담센터의 상담내용에서 보는 바와 같이 가수금이 법인에게 명확하게 입금된 사실이 확인되는 경우 가수금으로 인정된다고 되어 있다. 또한, 신고 후 아무런 자료요구 등을 하지 않아 당연히 신고한 내용대로 결정된 것으로 믿고 신뢰하였는바, 신고결정 이후 5년이 지난 시점에서 20여년 전 증빙을 제시하라고 하는 것은 신의성실의 원칙에도 반한다. 국세기본법 제16조에 따라 조세부과는 과세근거를 가지고 과세를 함이 타당하나 심증이나 관행으로 보아 과세하는 것은 당연무효로 실지조사를 통하여 과세결정을 하든지 아니면 가수금은 마땅히 인정되어야 한다. 청구법인이 2015년 6월 제출한 법인세 수정신고서 및 기한후신고서를 처분청이 이미 시인처리한 것을 2020.10.13. 제출한 진정서에 대한 답변서를 보면 처분청은 2015.6.30. 신고한 두 신고서는 “처리 당시 신고대상이 아니라는 사유로 구체적인 검토 없이 불문처리 되었다.”라고 답변하였으나 이는 당초에 신고 시인한 사실을 감추고 추후에 담당자가 거짓으로 답변한 것으로 추정된다(처분청 답변서의 내용이 사실이라면 2015.6.30. 기한후 신고서를 처리할 당시 각하결정 처분하고 당연히 청구법인에게 결과통지서를 통지하여야 함에도 일체의 결과통지가 없었다). 2014사업연도분 법인세 기한후신고는 법률상 유효한 것으로 그 이유는 폐업 시 재무제표에 현금 OOO원이 가지급금 형태로 2015년까지 존재한다고 가정하여 잔여재산가액에 포함하였으므로 청구법인은 2005년부터 2015년까지 매년 인정이자를 계상하여 법인세 신고를 하여야 할 의무가 있는바, 계속사업자에 해당한다. 즉, 2004년 폐업 시기로 본다면 폐업 시 재무제표에 계상된 현금은 대표자 상여로 처분하여야 할 사항이며, 2015년에 청산소득으로 과세 시 잔여재산가액에 포함한다면 법인은 계속사업자로 보아야 할 것이므로 당초 기한후신고 및 수정신고는 유효하다. 2004년에 폐업하고 2015년에 토지 및 건물을 OOO원에 양도한 것을 청산 시 잔여재산가액으로 산정하면서 2004년에 청구법인의 재무제표에 계상된 현금 OOO원을 잔여재산가액에 포함하여 과세하는 것은 실질과세에 반한다. 2015년으로부터 11년 전에 법인이 폐업한 상태로 폐업 당시의 현금은 이미 법인의 예금계좌에 없는 금원이고 설령 현금시재가 있어 2004년 폐업 당시 대표이사가 부당하게 인출하였다면 실질귀속에 따라 처리하고, 불분명한 경우에는 2004년 귀속으로 대표자 상여로 처분하면 될 것이고, 현금자산이 없었던 것을 2015년 매도한 양도대금에 포함하여 잔여재산가액을 계산하는 것은 부당하다. 따라서, 2014사업연도분 기한후신고는 부과제척기간 내의 신고서로 국세기본법 제45조의3 제3항에 따라 신고일부터 3개월 내에 해당 국세의 과세표준과 세액이 결정된 것이므로 이와 다른 경정을 위해서는 2014사업연도 법인세에 대한 기한후신고서를 기초로 부동산 양도분에 대한 세무조정을 하여야 한다. 즉, 쟁점가수금은 잔여재산가액 산정 시 공제하여야 하고, 부외부채가 이처럼 실제 존재하므로 그 실질을 살펴서 인정하여야 한다. 또한, 2004년 폐업 시 장부상 계상된 쟁점현금은 장부상 자산으로 계상되어 있고 2015년 당시 현금 시재가 없으므로 2015사업연도 쟁점부동산의 양도가액에 더하여 잔여재산가액으로 확정하는 것은 받아들이기 어렵다. 즉, 청산소득 산정 시 2004년 폐업 시 재무제표를 바탕으로 할 것이 아니라 2015사업연도 신고한 재무제표 상 자산 및 부채를 기초로 하여 과세함이 정당하며 신고결정 후 5년이 지난 시점에서 가산세까지 포함하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
- 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점차입금 및 쟁점가수금이 부외의 가수금 및 단기차입금임을 입증할 회계장부, 전표 등 법정증빙서류를 제시하지 못하고 있다. 법인세법제112조 및 제60조 규정에 따라 세무사법에 따른 세무사, 공인회계사, 변호사가 확인한 세무조정계산서와 기업회계기준을 준용한 재무상태표 등을 법인세 신고와 함께 제출하도록 하고 있다. 이에 청구법인은 1997사업연도부터 2001사업연도까지는 eee 세무사가, 2002사업연도부터 2004사업연도까지는 fff세무사가 기장대행과 세무조정 등을 통해 법인세 신고를 대행하였다. 세무대리인들은 청구법인이 제공한 법인계좌의 입·출금 내역을 근거로 기장대행하고 세무대리인이 기장(계상)한 내용을 청구법인이 확인하여 잘못된 내용은 수정하고 법인세 신고를 하였기 때문에 신고내용의 오류와 누락이 없으면 신고한 내용대로 확정된다. 부외부채는 법인계좌가 아닌 타인계좌에서 별도로 운용할 때 발생되는 것으로 법인계좌로 입금된 금액은 어떠한 형태로든지 장부에 반영되는 것이고 결국, 쟁점차입금은 청구법인이 주장하는 것처럼 부외부채가 아니고 이미 타계정으로 어떠한 형태로 반영된 항목이기 때문에 관련 증빙서류를 제시하지 못하는 것이다. 또한, 청구법인은 부외부채 상대계정으로 자산계정(구축물) 및 자산형성에 소요된 경비(현장노무비, 기타잡비) 등이 누락되었다고 하나 구축물과 자산형성에 소요된 경비를 입증할 거래처 인적사항, 거래일자, 거래금액, 지급증빙 등 필수적인 법정증빙을 제출하지 않았고 2015년 매매계약서 및 관련 공부상에서도 확인되지 않았으며, 청구법인의 계좌에서 대부분 현금으로 출금하여 사용처가 미확인되었다. 이것은 청구법인이 입증하여야 하는 것으로서 사용처가 불분명하여 확인될 때까지 가지급금으로 보아야 한다. 그리고, 유동성 악화로 대표자 aaa의 개인자금을 입금 받아 운용하였다는 주장은 청구법인은 기별 수입금액이 지속적으로 상승하고 있고 청구법인의 법인세 과세표준도 매년 증가하여 유동성 악화라는 주장은 납득하기 어렵다. 그리고, 청구법인은 계상 누락한 가수금(대변)의 상대(차변)계정으로서 자산계정(구축물) 및 자산형성에 소요된 경비(현장노무비, 기타잡비)등이 같이 누락되었다고 주장하나, 자산계정인 구축물을 구입한 내용을 입증할 수 있는 거래처 인적사항, 거래일자, 거래금액, 지급증빙 등 필수적인 법정 증빙자료를 제시하지 않고 단지 자산명과 금액만을 기재한 단순한 명세서만을 제출하였을 뿐이다. 대표자 aaa의 예금계좌에서 이체한 금액이 가수금이라고 주장하는 기간(1998.1.13.∼2004.12.31.) 동안 청구법인이 대표자 aaa에게 지급한 급여 OOO원과 부동산 양도가액 OOO원 외에 aaa에게 특별한 소득이 없는 점으로 볼 때 입금액 약 OOO원을 모두 대표자 aaa의 가수금이라고 인정하기에는 그 근거가 불분명하다. 대표자 aaa 계좌의 1998.1.13.∼2010.1.11. 기간 동안 거래한 내역은 거래건수 5,740건, 총 입‧출금액 OOO원이며 주요 입·출금자는 ggg, hhh, iii, aaa, bbb, ccc, ddd 등으로, 이 중 ggg, hhh, iii 등은 청구법인의 임직원, aaa, bbb, ccc, ddd 등은 가족으로 사원 겸 임직원에 해당한다. 상기인들과 거래는 대부분 현금으로 입·출금 한 점에서 자금 출처가 불분명하여 청구법인의 사업과 관련 거래인지, 아니면 사적 거래인지의 여부가 불분명하다. 위 내용과 같이 ① 급여와 부동산 양도가액 이외 특별한 소득원이 없던 대표자 aaa가 출처가 불분명한 OOO원에 달하는 막대한 자금을 마련하는 것은 사실상 어렵고 ② 사업과 관련된 가수금임을 입증할 자산구입 계약서(자산내역, 시기, 금액 등), 법정 증빙서류 등을 제시하지 못하고 있으므로 aaa 계좌에서 청구법인의 계좌로 이체된 OOO원의 입금내역만으로는 해당 입금액을 aaa의 가수금이라고 인정할 수 없다. 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다 할 것이다(OOO, 같은 뜻임). 법인세법 기본통칙 4-0…2(법인의 입증책임)에 따르면 법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 청구법인은 2004.11.30. 폐업 후 정상적으로 법인세 신고의무를 이행한 후, 10년이 넘는 기간 동안 목적사업을 영위하거나 관련 부가가치세, 법인세 등 관련 제세를 신고하지 않다가, 2015.5.28. 청구법인 소유의 부동산을 양도한 후 2004사업연도 법인세 수정신고서 및 2014사업연도 법인세 기한후신고서를 제출하였다. 이러한 수정신고와 기한후신고에 반영된 이 건 세무조정은 자산 및 부채의 장부가액이 변동하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 청산소득금액에 대한 법인세가 감소하는 유인으로 작용하였으므로, 2004사업연도 법인세 정기신고 시 제출한 재무제표를 폐업 후 10년이 지난 2015년에 이를 뒤집는 행위의 정당함에 대한 입증책임은 당연히 청구법인에게 있다. 기한후신고에 대한 결정 통지는 동 신고에 대한 경정청구가 허용되지 않는 구 국세기본법 체제 아래서 납세의무자에게 쟁송을 통한 권리구제의 기회를 주는 데 그 의미가 있는 것인바, 과세관청이 납세의무자의 기한후신고에 대하여 내부적인 결정을 하였다 하더라도 이를 납세의무자에게 공식적인 방법으로 통지하지 않은 경우에는 기한후 신고에 대한 결정이 외부적으로 성립하였다고 볼 수 없으므로 항고 소송의 대상이 되는 처분이 존재한다고 할 수 없다 할 것이다(OOO, 같은 뜻임). 조세심판원도 ‘신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서 수정신고의 시인은 납세자의 신고행위를 수리하는 형식적 절차일 뿐, 납세자가 신고한 부분이 정확하다고 과세관청이 시인하는 것이 아니며 이에 대해 신의성실의 원칙에 위반하여 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 결정하였다(OOO, 같은 뜻임). 이는 곧 수정신고의 시인이 신고내용을 경정·재경정을 할 수 없는 것은 아니므로 기한후신고에도 그대로 적용할 수 있을 것인데 각 신고 내용에 대하여 신고 시인을 하거나 결정한 바 없으므로, 결정통지의 누락이 곧 신고 내용 자체를 경정·재경정할 수 없는 것은 아닌 바, 해당 신고 내용을 다시 경정하는 처분관서의 행위에 대해 불합리성 또는 절차적 하자를 이유로 해당 과세처분을 위법하다 할 수 없다. 청구법인의 2004사업연도의 법인세 부과제척기간은 2010.3.31. 만료하였고 국세기본법 제45조 제1항 규정에 따라 2010.3.31. 이후로는 2004사업연도의 법인세 수정신고를 할 수 없다. 법원은 부과제척기간을 도과하여 수정신고한 사항을 ‘위법’이라고 판시(OOO, 같은 뜻임)하였는바, 청구법인이 제척기간이 만료된 후 제출한 이 건 수정신고는 국세기본법 제22조의2에 따라 세액을 확정하는 효력이 없다. 또한, 2015사업연도 청산소득 법인세 과세표준 결정과 관련하여 신고대상도 아닌 신고서에 대한 증빙을 공문으로 소명 요구한 이유는, 잔여재산가액을 확정해 청산소득금액 산정할 때 부채가 누락된 것이 명백하다면 당연히 보관하고 있을 가수금 계상 관련 증빙 근거를 제출받아 공제할 사항인지 여부를 검토하고자 하는 취지였던 바, ‘처분관서가 청구법인에게 신고와 관련된 소명을 요구한 것은 신의성실의 원칙에 위반된다’ 는 청구인의 주장은 사실관계 측면이나 법리 측면에서 모두 이유 없으므로. 이러한 소명 요구가 위법하다고 볼 근거는 없다. 청산소득금액은 해산등기일 현재의 자산총액(법인세법 시행령 제121조 제1항 및 제2항)에서 부채총액을 공제한 잔여재산가액과 자기자본총액의 차액(법인세법 제79조 제1항)으로 계산되고, 법인이 해산등기일 현재의 자산을 청산기간 중에 처분한 금액은 이를 청산소득에 포함하도록 규정하고 있다(법인세법 시행규칙 제61조). 청구법인은 2014사업연도 법인세 기한후신고 이전까지 2004사업연도 재무제표를 마지막으로 별도의 법인세 등 관련 제세가 신고된 바가 없고, 폐업 후 사업과 관련된 어떠한 목적사업도 진행된 내역이 확인되지 않으므로 자산이나 부채 등의 변동이 없다고 보아야 할 것이며, 이에 대한 반증이 없다면 쟁점현금도 마땅히 청산소득금액에 포함되어야 하는 바, 청구주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 청구주장대로 쟁점현금을 사실상 대표자 aaa의 가지급금이라면 명목상 폐업일(2004.11.30.)이 아닌 청구법인이 쟁점부동산을 처분하여 목적사업을 위한 자산이 존재하지 않게 된 때(2015.5.29.)에 사실상 청구법인과 대표자 aaa의 특수관계가 소멸된 것으로 보아야 함이 마땅하고, 이는 특수관계가 소멸할 때까지 회수하지 않은 가지급금으로 특수관계가 소멸한 2015사업연도에 상여(대표자)로 소득처분 할 사안이다.
3. 심리 및 판단
① 청산소득 산정 시 쟁점가수금(OOO원) 및 쟁점차입금(OOO원)을 반영하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점현금은 장부상 자산으로서 실재성이 없으므로 청산소득금액 산정 시 제외하여야 하는지 여부
(1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제22조의2(수정신고의 효력) ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.
② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.(중략)
③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다. 제85조의3(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.
② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.
(2) 국세기본법 시행령 제25조(과세표준수정신고) ② 법 제45조 제1항 제3호에서 “원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.(중략)
2. 세무조정 과정에서법인세법제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 것
3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것
(3) 국세기본법 시행규칙 제12조(과세표준수정신고서 등) ① 영 제25조 제2항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 것“이란 법인세법 제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[법인세법(법률 제9898호 법인세법 일부 개정 법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연(移延)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다.
(4) 법인세법 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류
③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.(중략)
⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다.
⑨ 기업회계와 세무회계의 정확한 조정 또는 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 내국법인의 경우 세무조정계산서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 대통령령으로 정하는 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다.
1. 세무사법에 따른 세무사등록부에 등록한 세무사
2. 세무사법에 따른 세무사등록부 또는 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사
3. 세무사법에 따른 세무사등록부에 등록한 변호사 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제79조(해산에 의한 청산소득 금액의 계산) ① 내국법인이 해산(합병이나 분할에 의한 해산은 제외한다)한 경우 그 청산소득(이하 “해산에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재의 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액(이하 “자기자본의 총액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 제84조(확정신고) ① 청산소득에 대한 법인세의 납부의무가 있는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 기한까지 청산소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제79조 제1항에 해당하는 경우: 대통령령으로 정하는 잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내
2. 제79조 제2항에 해당하는 경우: 계속등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내 제112조(장부의 비치ㆍ기장) 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리법인은 제4조제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정한다.
(5) 법인세법 시행령 제121조(해산에 의한 청산소득금액의 계산) ① 법 제79조 제1항의 규정에 의한 잔여재산의 가액은 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “자산총액”이라 함은 해산등기일 현재의 자산의 합계액으로 하되, 추심할 채권과 환가처분할 자산에 대하여는 다음 각호에 의한다.
1. 추심할 채권과 환가처분할 자산은 추심 또는 환가처분한 날 현재의 금액
2. 추심 또는 환가처분전에 분배한 경우에는 그 분배한 날 현재의 시가에 의하여 평가한 금액
(6) 법인세법 시행규칙 제61조(해산에 의한 청산소득금액의 계산) 법인이 해산등기일 현재의 자산을 청산기간 중에 처분한 금액(환가를 위한 재고자산의 처분액을 포함한다)은 이를 청산소득에 포함한다.
(7) 법인세법 기본통칙 4-0…2【법인의 거증책임】법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 다만, 사회통념상 부득이하다고 인정되는 범위 내의 비용과 당해 법인의 내부통제기능을 감안하여 인정할 수 있는 범위 내의 지출은 그러하지 아니한다.
(1) 청구법인이 2015년에 쟁점가수금 및 쟁점차입금을 반영하여 2004사업연도 법인세 수정신고 및 2014사업연도 법인세 기한후신고를 하였다.
(2) 청구법인이 제출한 증빙 및 처분청의 심리자료는 다음과 같다. (가) 부동산 등기사항전부증명서(2020.3.23. 발급)를 살펴보면 청구법인은 2015.5.29.(등기원인 2015.4.20. 매매) OOO 토지를 jjj, kkk에게 소유권이전(각 지분 1/2)한 것으로 나타난다. (나) 처분청이 제출한 청산소득 법인세 등 무신고 검토조서의 주요 내용은 아래와 같다. (다) 쟁점부동산의 양도 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점부동산 양도거래 내역 (라) 국세청 대내포털시스템에 따르면 청구법인은 2004.11.30. 사업부진을 사유로 ‘폐업신고’를 하였고 법인 등기사항일부증명서에서 청구법인의 해산이나 청산내역을 확인되지 않는 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 사원 현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인 사원 현황 (바) 이의신청결정서(2021.6.14.)에 따르면, 2004사업연도 재무상태표 주요 내용은 아래와 같다. (사) 청구법인은 2015.4.20. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하고 2015.5.29. 소유권이전등기를 하였으나, 청산소득에 대한 법인세를 무신고하였다. (아) 청구법인은 1998년부터 2004년 기간동안 대표이사 aaa의 개인계좌의 거래내역을 제출하였고, 이 가운데 청구법인의 예금계좌로 43회에 걸쳐 OOO원을 입금하였다고 주장하면서 아래 ＜표3＞과 같은 예금계좌 거래내역을 제출하였다. ＜표3＞ 청구법인의 예금계좌 거래내역(OOO, 727-30-*) (자) 청구법인이 제출한 쟁점부동산 양수인 jjj 및 kkk이 작성한 확인서(2020.7.15.)의 주요 내용은 아래와 같다. (차) 청구법인이 이 건과 관련한 제출한 국세청 상담내용(2020.8.26.)은 아래와 같다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 청산소득 산정 시 쟁점가수금 및 쟁점차입금을 잔여재산가액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 예금계좌 입출금내역 등을 살펴보면 주요 입출금자는 청구법인의 임직원이나 대표자의 가족 등으로 나타나는바, 청구법인의 사업활동 과정에서 발생한 매출액이 입금된 것인지 실제 대표이사가 청구법인에게 자금을 대여한 것인지 명확하지 않은 점, 청구법인이 쟁점가수금 및 쟁점차입금을 사용하여 청구법인의 사업활동 과정에서의 운영자금 등으로 사용한 것에 대해 자산의 매입계약서, 지출내역 등 기본적인 증빙을 제출하지 아니하여 확인하기 어려운 점, 2004사업연도 법인세 정기신고 시 제출한 재무제표에 존재하지 않는 쟁점가수금 및 쟁점차입금에 대하여 청구법인이 폐업(2004.11.30.)한 후 10년이 경과한 2015년에 이르러서야 2004년 당시 부외부채(OOO원)가 존재하였다고 주장하나 이에 대한 입증책임은 청구법인에게 있는 점, 청구법인이 2015년에 2004사업연도 법인세 수정신고 및 2014사업연도 법인세 기한후신고를 한 것과 관련하여 처분청은 납세의무자인 청구법인이 세무서식 등을 신고한 것에 대하여 이를 수리한 것에 불과하고 어떠한 공적인 견해를 표시하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점가수금 및 쟁점차입금을 부채항목으로서 청산소득금액 산정 시 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점현금이 단지 장부상 자산으로서 실재성이 없으므로 청산소득금액 산정 시 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점현금은 2004사업연도 재무상태표 상 존재하는 것으로 나타나므로 청구법인의 폐업(2004.11.30.) 당시 가지급금이었거나 대표이사 귀속된 것으로 볼 수 없는 점, 청구법인이 2004년 폐업할 당시 쟁점현금은 존재하였고, 청구법인은 2004년 폐업 이후에 별도의 영업활동을 하지는 않은 것으로 나타나며, 이후 10년 이상 경과하여 청구법인은 사실상 청산이 이루어진 것이므로, 쟁점현금은 유한회사인 청구법인의 사원 3인(청구법인 대표이사 aaa 포함)에게 귀속된 것으로 보아 잔여재산가액에 포함하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점현금을 잔여재산가액에 포함하여 청산소득에 대한 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.