3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 쟁점법인이 대표이사인 청구인으로부터 쟁점특허를 매입하는 거래를 통해 법인자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 매입거래를 부인하고 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부
- 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것
- 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
(3) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금
(4) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(5) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.
② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. (6) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 특허법ㆍ 실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정
2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.
(1) 처분청의 이의신청결정서 등의 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 2014.6.3. 육가공, 부산물 제조업 등을 영위할 목적으로 개업하였다가 2019.9.30. 사업부진을 사유로 폐업하였다. <표1> 쟁점법인 기본사항 OOO (나) 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면 축산물 가공(제조) 및 판매업, 축산물 유통 및 위탁사업, 축산물 내장, 부산물 가공 및 판매업, 직판장 운영사업, 프랜차이즈 사업 등이 사업목적으로 기재되어 있다. (다) 청구인은 쟁점법인의 대표이사이자 2017년 당시 쟁점법인의 지분 OOO%(배우자 지분 포함)를 소유한 최대주주이다. <표2> 쟁점법인의 연도별 주주현황 OOO (라) 쟁점법인의 2016∼2017사업연도 손익계산서의 주요 내용은 <표3>과 같고, 연도별 법인세 신고내역은 <표4>와 같다. <표3> 쟁점법인의 2016∼2017사업연도 손익계산서 OOO <표4> 쟁점법인의 연도별 법인세 신고내역 OOO (마) 청구인의 사업이력은 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 사업이력 OOO (바) 쟁점법인은 2017사업연도 대차대조표상 산업재산권(특허권)을 계상한 것으로 확인된다. (사) 이의신청결정문에 따르면 쟁점법인은 OOO에 등록된 기업부설연구소가 없었다고 기재되어 있고, 현재 OOO의 기업부설연구소 신고관리시스템상에도 연구소 인정여부가 검색되지 아니하나(폐업으로 인해 검색되지 아니하는 것으로 추정), 청구인은 기업부설연구소 인정서를 제출하였고, 해당 인정서에는 기업부설연구소가 2017.5.22. 인정된 것으로 나타난다. 한편, 쟁점법인은 경상개발비 계상내역 혹은 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제를 신청한 이력이 없으며, 청구인은 연구소 인력은 실제 2018년 2명이 입사한 것으로 기억한다고 구두 소명하였다.
(2) 청구인이 제출한 쟁점특허의 출원 및 등록내용은 다음과 같다. (가) OOO (나) OOO
(3) 쟁점법인은 쟁점특허를 각 OOO원에 매입하였는데, 쟁점특허의 거래가액은 2017.8.23. ㈜CCC의 감정평가액을 기준으로 하였다며 감정평가서를 제출하였고, 감정평가서는 각각의 특허가 아닌 2건 특허전체를 OOO원으로 평가한 것으로 나타난다. <표5> 무형자산 감정평가표 OOO <감정평가서 일부 내용 발췌> OOO
(4) 처분청이 제시한 자료 및 이 건 처분내역은 다음과 같다. (가) OOO청장의 OOO세무서에 대한 감사지적처분지시서에 기재된 내용은 아래와 같다. OOO (나) 처분청은 쟁점법인이 쟁점특허 출원 이전부터 감정평가 이후까지 ㈜BBB(사업 및 무형자산 중개업 영위)로부터 특허관련 컨설팅을 받는 등 쟁점특허와 관련된 비용을 지출하였다며 <표6>과 같이 세금계산서 수취내역을 제시하였고, ㈜BBB는 쟁점특허 감정가액을 평가한 ㈜CCC로부터 매입세금계산서를 수취하였다며 세금계산서를 제시하였다. <표6> 쟁점법인의 특허관련 세금계산서 수취내역 OOO
(5) 그 외 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점법인이 설립한지 3년이 되는 2017년을 기점으로 축산업 가공업뿐만 아니라 종합 축산물 제조, 가공회사 및 프랜차이즈 본사를 운영하는 등 사업을 확장하는 계획 중이었다며, 쟁점법인이 획득한 인증서 등을 제출하였다. <표7> 쟁점법인 획득한 인증서 OOO (나) 청구인은 쟁점특허 출원과 관련한 비용을 전액 청구인이 지급하였다며 계좌거래내역서 및 납부확인서를 제출하였다. <표8> 청구인이 지출한 특허관련 비용 OOO (다) 청구인은 쟁점특허와 관련하여 수기로 작성된 88페이지(‘OOO’ 39페이지, ‘OOO’ 49페이지) 분량의 연구노트 복사본을 제출하였고, 그 일부 내역은 다음과 같다. <OOO 관련 연구노트> OOO <OOO> OOO (라) 청구인은 이 건 심판청구시 쟁점특허와 관련하여 쟁점법인의 매출은 ‘OOO’은 1년 매출이 OOO원 정도였고, ‘OOO’ 관련 매출은 없는 것으로 소명하였다. (마) “쟁점특허 감정평가서에 쟁점특허를 특허 출원 이전부터 계속 사용하여 쟁점법인의 매출액 창출에 기여하던 것으로 표현하고 있다”는 처분청의 지적에 대해 청구인은 처분청의 의견과 “동 특허 출원 등록일 이전부터 사용된 기술공법”이란 언급에 사실과 다름이 있다 하더라도 쟁점특허권 평가의 근본적 오류라고 볼 수 없다며 ㈜CCC의 의견서를 제출하였다. <(주)CCC의 의견서> OOO
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점특허는 청구인의 경험을 바탕으로 개발한 것이고, 쟁점법인은 사업확장성을 감안하여 감정평가를 받아 쟁점특허를 취득하였으므로 쟁점특허 매입거래를 법인자금을 부당하게 유출시킨 거래로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 제출한 연구노트는 쟁점특허의 결과물에 대한 요약내용으로 쟁점특허의 내용을 구체적으로 실현하는 과정에서 실험이나 시제품 제작, 단계별 기록 등을 확인할 수 없고, 특허출원비용 지출 외에는 발명과정에서 지출된 비용은 확인할 수 없는 등 제시된 연구노트만으로는 청구인이 발명에 이르기까지 개발과정에 참여한 내용이 확인되지 아니하는 점, 청구인은 2014년 쟁점법인 설립 이전 쟁점특허를 개인적으로 발명하였다고 주장하고 있으나, 청구인은 2017년 1월에서야 쟁점특허를 출원하고, 2017년 6∼7월에 특허등록을 하였다가 2017년 8월 쟁점법인에 이를 양도하였는데, 쟁점법인은 2016년 10월부터 (주)BBB로부터 특허 관련 컨설팅을 받아왔던 것으로 보이고, 쟁점특허의 감정평가도 쟁점법인의 비용으로 (주)BBB를 통해 받는 등의 사정을 종합하면 쟁점특허는 출원시부터 쟁점법인이 취득하는 것이 예정된 하나의 거래로 보이는 점, 쟁점특허의 감정평가 내용을 보면, 쟁점법인은 쟁점특허의 출원등록일 이전부터 해당 기술을 사용하고 있고, 쟁점특허를 사업에 계속적으로 사용할 것을 전제로 평가한 것으로 나타나는바, 청구인이 쟁점법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점특허 개발에 참여하였다고 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고, 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점, 한편 청구인은 쟁점특허가 청구인의 직무와 관련된 발명으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점특허의 감정평가는 쟁점특허와 관련된 매출을 매년 OOO 정도로 예상하여 이에 따른 현금흐름을 기초로 사업가치를 평가한 것인바, 청구인의 주장과 같다면 관련 매출액이 전혀 발생하지 아니하였음(실제 쟁점법인은 2019년 사업부진으로 폐업함)에도 불구하고 해당 매출계획을 기초로 사업가치를 평가한 것이므로 쟁점특허의 감정이 적정하게 이루어진 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허 매입거래를 부인하고 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.