조세심판원 심판청구 종합소득세

쟁점법인이 대표이사인 청구인으로부터 쟁점특허를 매입하는 거래를 통해 법인자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 매입거래를 부인하고 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-광-5258 선고일 2022.04.05

특허출원비용 지출 외에는 발명과정에서 지출된 비용은 확인할 수 없는 등 제시된 연구노트만으로는 청구인이 발명에 이르기까지 개발과정에 참여한 내용이 확인되지 아니하는 점, 쟁점특허의 감정평가도 쟁점법인의 비용으로 ㅁㅁㅁ를 통해 받는 등의 사정을 종합하면 쟁점특허는 출원시부터 쟁점법인이 취득하는 것이 예정된 하나의 거래로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허매입거래를 부인하고 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. OOO 유한회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2014.6.3.부터 OOO에서 육가공·부산품 제조업 및 도소매업을 영위하다가 2019.9.30. 사업부진을 사유로 폐업한 법인이고, 청구인은 쟁점법인의 대표이사이자 최대주주이다(청구인과 특수관계자가 OOO% 지분 보유).
  • 나. 청구인은 2017.1.17. 개인 명의로 ‘OOO’ 및 ‘OOO’에 대한 2건의 특허(이하 “쟁점특허”라 한다)를 등록하였고, 쟁점법인은 2017.8.25. 청구인으로부터 쟁점특허를 OOO원에 취득한 후, 2017사업연도 법인세 신고시 결산서상 쟁점특허를 무형자산으로 계상하는 한편, 청구인에게 지급한 위 금액을 기타소득(필요경비 80% 적용)으로 보아 원천세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 다. OOO청장은 OOO세무서에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점특허는 쟁점법인의 연구개발 성과로 사실상 쟁점법인의 소유이므로 쟁점법인이 쟁점특허 매입거래를 통해 법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 청구인에 대한 상여로 소득처분하라는 처분지시를 하였고, OOO서장은 쟁점법인의 폐업으로 청구인의 주소지 관할 세무서장인 처분청에게 관련 자료를 파생하였으며, 처분청은 이에 따라 2020.12.10. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.4. 이의신청을 거쳐 2021.8.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 쟁점특허는 청구인의 경험을 바탕으로 개발한 것이고, 쟁점법인은 사업확장성을 감안하여 감정평가를 받아 쟁점특허를 취득하였으므로 쟁점특허 매입거래를 법인자금을 부당하게 유출시킨 거래로 보아 이루어진 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(1) 처분청이 세무조사나 사실관계의 확인절차 없이 감사로 인한 처분지시에 따라 이 건 처분을 한 것은 근거과세를 위반한 부당한 처분이다. (가) 일반적으로 납세의무자의 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서 장부나 증빙서류에 의하는 것이 원칙이고, 그 과세요건 사실에 대한 입증책임은 과세관청에 있다. (나) 처분청이 이 건 처분의 근거로 삼은 감사지적처분지시서를 보면, 쟁점법인을 사실상 지배하고 있는 지배주주이자 대표이사로부터 특허권 등을 취득한 점, 특허권의 성격상 개인 독자개발이 어려운 점, 고액의 개발비용이 필요함에도 특허권 발명, 개발, 연구활동 등에 소요된 개인 지출비용에 대한 증빙을 제시하지 못하는 점 등을 열거하면서 쟁점법인의 연구개발 성과인 쟁점특허를 대표이사 명의로 출원한 후, 법인이 취득하는 방법으로 법인자금을 부당유출하였다고 보았다. 그러나 이는 ‘지배주주이자 대표이사로부터 관련 회사가 특허권을 취득하는 행위는 사실관계 확인도 필요 없이 전부 법인자금을 부당하게 유출한 것이다’라는 예단과 추측에서 비롯된 것이다. (다) 처분청은 쟁점특허 취득에 소요된 개인 지출비용에 대한 증빙을 제시하지 못하였다는 의견이나, 쟁점특허는 고액의 기계장치 및 연구설비가 필요치 않아 소액의 비용으로 연구가 가능한 것으로, 2017.1.17. 특허청에 특허를 출원하였고, 2017.5.29. 특허청으로부터 특허 결정되었으며, 이 과정에서 발생한 비용 OOO원을 청구인 개인이 부담한 사실을 입증하였다.

(2) 쟁점특허는 청구인 개인의 재산권이다. (가) 청구인은 축산학과를 졸업한 이후, 축산사료 제조업체의 영업부장, 축산사료 판매회사의 대표이사, 축산물 가공유통업(프랜차이즈 가맹점 관리)의 대표이사, 축산물 가공 유통업 등 관련 업계에서 25년 이상 종사한 전문가이고, 축산물의 사육, 제조가공, 유통 및 프랜차이즈 가맹점 관리 등 관련 분야를 대학교 때부터 쟁점특허를 출원할 때까지 체계적으로 연구해 온 전문가이다. (나) 청구인은 2006년 2월 ‘OOO(배우자 명의)’을 개업한 이래 2015년 6월 ㈜AAA를 폐업할 때까지 9년 동안 프랜차이즈 가맹점 운영과 프랜차이즈 ‘OOO’ 및 ‘OOO’ OOO를 운영하면서 OOO여개 가맹점들을 창업하게 하고, 이들 가맹점들에 음식점에서 필요한 그릴 등을 주문 제작하여 공급하였으며, 육가공 제품을 본사로부터 공급 받아 이들 가맹점에게 공급하는 등 육가공 유통업을 영위하였다. 위 과정에서 음식점 주방 및 불판에서 조리 음식물로부터 발생하는 연기와 연기에 포함된 유해가스, 악취, 유해물질 및 이들로 인한 외부 공기오염, 불쾌감, 기름의 응고, 건물 옥상의 훼손 등 가맹점 및 직영점의 문제점들을 직접 파악하고 해결책을 마련하고자 틈틈이 연구하고 개선방안 및 해결방법을 모색하고 이를 연구노트 형식으로 기록하여 받게 된 특허가 ‘OOO’이다. (다) 청구인은 프랜차이즈 가맹점을 운영하는 과정에서 본사에서 보내온 치킨 반제품들이 염지방법의 불안정으로 형태가 일그러지고 때로는 맛이 일정하지 않은 문제점이 있어 직접 본사를 방문하여 염지방법에 대한 개선방안을 토론하는 등 다각적인 연구와 꾸준한 노력으로 염지방법을 찾았다. 그러던 중 그릴이나 전자렌지 등에서 영감을 얻어 ‘OOO’을 창안하게 되었고, 특허등록을 하였다.

(3) 쟁점법인은 별도의 연구부서 및 연구인력이 없는 중소기업이다. (가) 쟁점법인은 도계가 완료된 가금류 식육을 구매하여 절단, 발골, 성형 등의 단순 공정을 거쳐 포장한 후, 프랜차이즈 본사 또는 완제품 가공공장 등에 납품하거나 도계가 완료된 생닭을 구입하여 되파는 노동집약적인 사업을 영위하는 중소기업이다. (나) 쟁점법인은 청구인이 쟁점특허를 출원한 2016년 12월에는 설립된 지 2년 정도 되었고, 별도 연구부서 또는 연구인력이 없었으며, 연구개발비를 지출한 사실도 없다. 따라서 쟁점특허의 최초 주제 발상, 연구, 비용부담, 출원의뢰 등 핵심적인 과 정은 전적으로 청구인 개인이 진행한 것으로 쟁점특허와 쟁점법인은 전혀 관련이 없다.

(4) 쟁점특허는 직무발명 요건에 해당하지 않는다. (가) 발명진흥법 제2조 제2항 에 따르면 직무발명은 종업원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 사용자 등의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 그러나 쟁점특허는 청구인이 2006년부터 2015년까지 프랜차이즈 가맹점 및 직영점을 관리·운영하면서 연구개발한 것으로 쟁점법인과는 아무런 직무관련성이 없고, 발명과정 또한 쟁점법인의 대표이사가 되기 전인 2015년에 완성된 것을 2017년 1월에 출원한 것이다. 따라서 쟁점특허는 청구인의 그 동안의 경험에 근거하여 법인의 업무와 무관하게 발명한 자유발 명에 해당되는 것이어서, “직무에 관하여” 혹은 “직무에 속하는 발명”으로 볼 수 없다. (나) 쟁점법인은 도계가 완료된 가금류 식육을 구매하여 절단, 발골, 성형 등의 단순 공정을 거쳐 포장한 후, 프랜차이즈 본사 또는 완제품 가공공장 등에 납품하거나 도계가 완료된 생닭을 구입하여 되파는 기업으로, 쟁점특허 중 ‘OOO’는 가금류 및 육류를 조리할 때 나오는 연기의 악취 및 유해물질을 효과적으로 제거하는 방법으로 쟁점법인과는 전혀 관련이 없고, 쟁점특허 중 ‘OOO’은 양념처리업에서 필요한 것으로 쟁점법인은 부도로 폐업할 때까지 양념처리업의 허가를 받지 못해 쟁점법인의 사업과 전혀 관련이 없다. (다) 청구인은 쟁점법인을 설립하면서 종합 축산물 제조·가공회사 및 프랜차이즈 본사를 목표로 하였고, 이 과정에서 쟁점특허는 쟁점법인의 프랜차이즈 분야 및 사업확장에 필수불가결한 기술이었다. 쟁점법인이 쟁점특허를 인수한 이후 2017사업연도 매출액이 OOO원으로 전기 대비 OOO% 급증하였는데, 2017.1.23. OOO 인증서, OOO 인증서, 친환경 유기식품 등의 제조·가공 인증서 획득 등 공격적인 사업을 전개한 결과이고, 이 과정에서 쟁점특허 또한 매출액 급증에 상당한 영향을 미쳤다.

(5) 부당행위계산 부인 규정을 적용할 근거가 없다. (가) 법인세법 제52조 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적으로 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는 것이다. (나) 즉, 단순히 법인의 지배주주이자 대표이사가 보유한 특허권을 관계회사가 대가를 지불하고 인수하였다고 하여 구체적 사실관계, 즉 연구소 유무, 기술개발인력의 유무, 청구인의 기술개발 능력 등의 확인도 없이 쟁점특허 매입거래를 부당행위계산 부인 규정에 의거 이를 부인한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점특허가 쟁점법인에서 계속하여 사용하였던 기술이라면 청구인이 아닌 쟁점법인의 소유이고, 쟁점법인의 직무와 관련이 없다면 감정평가부터 잘못된 무수익자산을 청구인으로부터 취득한 것인바, 쟁점특허 매입거래를 통해 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 종합소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

(1) 쟁점특허가 감정평가서의 내용과 같이 쟁점법인에서 계속하여 사용하였던 기술이라면, 감정평가서 내용 및 관련 비용의 지출, 청구인의 쟁점법인에서의 지위 등을 종합하면 법인의 연구개발 또는 직무과정에서의 성과인 쟁점특허를 대표이사 명의로 특허출원한 후 법인이 취득하는 방법으로 법인의 자금을 부당하게 유출한 것이다. (가) 청구인과 쟁점법인은 쟁점특허 감정평가시에는 쟁점특허가 특허 출원·등록 이전부터 계속 사용하여 쟁점법인의 매출액 창출에 기여하던 것으로 표현하였고, 이 건 불복청구시에는 쟁점법인과 직무 관련성이 전혀 없는 것으로 주장하는 등 모순된 의견을 보이고 있다.

1. 청구인이 제출한 감정평가서에서는 쟁점특허를 “신규사업이 아닌 기존사업의 효율성 증진 및 부가가치 창출을 위한 공정상 특허로서 동 특허 출원 등록일 이전부터 사용된 기술공법으로, 기존 및 신규 매출액 가치 창출에 기여된 것”으로 표현하고 있다. 즉, 특허권 평가는 매출계획을 쟁점법인에서 제출한 자료를 기초로 한 것으로 쟁점법인에서는 쟁점특허를 이미 사용중인 기술로 표현하였고, 즉시 매출액 증가에 기여하는 것으로 판단하고 매출계획에 특허권의 장래 기여도를 감안하여 평가한 것이다.

2. 반면 심판청구 과정에서는 쟁점특허가 쟁점법인과 직무 관련성이 전혀 없는 것으로 주장하고 있다. 특허권의 발명 계기는 과거 치킨프랜차이즈 운영 경험에 따른 아이디어로 출원 당시 쟁점법인의 직무와 직접 관련성이 없고, 추후 쟁점법인을 프랜차이즈 본사로 운영하려는 계획하에 취득한 것으로 주장하고 있다. (나) ㈜BBB는 사업 및 무형재산권 중개를 주업으로 하는 법인인데, 쟁점법인은 청구인의 특허등록 이전부터 쟁점특허에 대한 감정평가 이후까지 ㈜BBB로부터 컨설팅을 받았고, 쟁점특허를 평가한 ㈜CCC로부터 매입세금계산서를 수취하는 등 특허출원이전부터 청구인보다 많은 관련 비용을 지출하였다. (다) 청구인은 쟁점법인의 주식을 OOO% 보유하면서 쟁점법인을 사실상 지배하고 있는 지배주주이자 대표이사로 쟁점법인의 의사결정에 가장 큰 영향을 미치고 있다.

(2) 청구인의 이의신청 과정에서의 주장내용과 같이 쟁점특허가 쟁점법인의 직무와 전혀 관련이 없다면, 감정평가부터 잘못된 무수익 자산을 취득하여 법인자금을 부당하게 유출한 것에 해당한다. (가) 청구인은 이의신청 과정에서 쟁점특허가 쟁점법인이 부도로 폐업한 2018년 11월까지 업무 과정에 사용한 사실이 없다고 주장하였으나, 쟁점특허 감정평가 과정에서는 특허의 출원·등록 이전부터 계속 사용하여 즉시 매출액 증가에 기여하는 것으로 평가하였다. (나) 쟁점특허가 쟁점법인의 직무와 전혀 관련이 없다면 쟁점특허의 감정평가는 청구인 및 쟁점법인의 허위정보를 기반으로 한 부실감정에 해당하고, 정당한 가치평가 없으며 활용시기가 불명확한 무수익 자산을 청구인의 우월적 지위를 이용하여 쟁점법인에게 취득하게 하여 법인의 자금을 부당하게 유출한 것에 해당한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점법인이 대표이사인 청구인으로부터 쟁점특허를 매입하는 거래를 통해 법인자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 매입거래를 부인하고 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금

(4) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(5) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. (6) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 특허법실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이의신청결정서 등의 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 2014.6.3. 육가공, 부산물 제조업 등을 영위할 목적으로 개업하였다가 2019.9.30. 사업부진을 사유로 폐업하였다. <표1> 쟁점법인 기본사항 OOO (나) 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면 축산물 가공(제조) 및 판매업, 축산물 유통 및 위탁사업, 축산물 내장, 부산물 가공 및 판매업, 직판장 운영사업, 프랜차이즈 사업 등이 사업목적으로 기재되어 있다. (다) 청구인은 쟁점법인의 대표이사이자 2017년 당시 쟁점법인의 지분 OOO%(배우자 지분 포함)를 소유한 최대주주이다. <표2> 쟁점법인의 연도별 주주현황 OOO (라) 쟁점법인의 2016∼2017사업연도 손익계산서의 주요 내용은 <표3>과 같고, 연도별 법인세 신고내역은 <표4>와 같다. <표3> 쟁점법인의 2016∼2017사업연도 손익계산서 OOO <표4> 쟁점법인의 연도별 법인세 신고내역 OOO (마) 청구인의 사업이력은 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 사업이력 OOO (바) 쟁점법인은 2017사업연도 대차대조표상 산업재산권(특허권)을 계상한 것으로 확인된다. (사) 이의신청결정문에 따르면 쟁점법인은 OOO에 등록된 기업부설연구소가 없었다고 기재되어 있고, 현재 OOO의 기업부설연구소 신고관리시스템상에도 연구소 인정여부가 검색되지 아니하나(폐업으로 인해 검색되지 아니하는 것으로 추정), 청구인은 기업부설연구소 인정서를 제출하였고, 해당 인정서에는 기업부설연구소가 2017.5.22. 인정된 것으로 나타난다. 한편, 쟁점법인은 경상개발비 계상내역 혹은 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제를 신청한 이력이 없으며, 청구인은 연구소 인력은 실제 2018년 2명이 입사한 것으로 기억한다고 구두 소명하였다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점특허의 출원 및 등록내용은 다음과 같다. (가) OOO (나) OOO

(3) 쟁점법인은 쟁점특허를 각 OOO원에 매입하였는데, 쟁점특허의 거래가액은 2017.8.23. ㈜CCC의 감정평가액을 기준으로 하였다며 감정평가서를 제출하였고, 감정평가서는 각각의 특허가 아닌 2건 특허전체를 OOO원으로 평가한 것으로 나타난다. <표5> 무형자산 감정평가표 OOO <감정평가서 일부 내용 발췌> OOO

(4) 처분청이 제시한 자료 및 이 건 처분내역은 다음과 같다. (가) OOO청장의 OOO세무서에 대한 감사지적처분지시서에 기재된 내용은 아래와 같다. OOO (나) 처분청은 쟁점법인이 쟁점특허 출원 이전부터 감정평가 이후까지 ㈜BBB(사업 및 무형자산 중개업 영위)로부터 특허관련 컨설팅을 받는 등 쟁점특허와 관련된 비용을 지출하였다며 <표6>과 같이 세금계산서 수취내역을 제시하였고, ㈜BBB는 쟁점특허 감정가액을 평가한 ㈜CCC로부터 매입세금계산서를 수취하였다며 세금계산서를 제시하였다. <표6> 쟁점법인의 특허관련 세금계산서 수취내역 OOO

(5) 그 외 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점법인이 설립한지 3년이 되는 2017년을 기점으로 축산업 가공업뿐만 아니라 종합 축산물 제조, 가공회사 및 프랜차이즈 본사를 운영하는 등 사업을 확장하는 계획 중이었다며, 쟁점법인이 획득한 인증서 등을 제출하였다. <표7> 쟁점법인 획득한 인증서 OOO (나) 청구인은 쟁점특허 출원과 관련한 비용을 전액 청구인이 지급하였다며 계좌거래내역서 및 납부확인서를 제출하였다. <표8> 청구인이 지출한 특허관련 비용 OOO (다) 청구인은 쟁점특허와 관련하여 수기로 작성된 88페이지(‘OOO’ 39페이지, ‘OOO’ 49페이지) 분량의 연구노트 복사본을 제출하였고, 그 일부 내역은 다음과 같다. <OOO 관련 연구노트> OOO <OOO> OOO (라) 청구인은 이 건 심판청구시 쟁점특허와 관련하여 쟁점법인의 매출은 ‘OOO’은 1년 매출이 OOO원 정도였고, ‘OOO’ 관련 매출은 없는 것으로 소명하였다. (마) “쟁점특허 감정평가서에 쟁점특허를 특허 출원 이전부터 계속 사용하여 쟁점법인의 매출액 창출에 기여하던 것으로 표현하고 있다”는 처분청의 지적에 대해 청구인은 처분청의 의견과 “동 특허 출원 등록일 이전부터 사용된 기술공법”이란 언급에 사실과 다름이 있다 하더라도 쟁점특허권 평가의 근본적 오류라고 볼 수 없다며 ㈜CCC의 의견서를 제출하였다. <(주)CCC의 의견서> OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점특허는 청구인의 경험을 바탕으로 개발한 것이고, 쟁점법인은 사업확장성을 감안하여 감정평가를 받아 쟁점특허를 취득하였으므로 쟁점특허 매입거래를 법인자금을 부당하게 유출시킨 거래로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 제출한 연구노트는 쟁점특허의 결과물에 대한 요약내용으로 쟁점특허의 내용을 구체적으로 실현하는 과정에서 실험이나 시제품 제작, 단계별 기록 등을 확인할 수 없고, 특허출원비용 지출 외에는 발명과정에서 지출된 비용은 확인할 수 없는 등 제시된 연구노트만으로는 청구인이 발명에 이르기까지 개발과정에 참여한 내용이 확인되지 아니하는 점, 청구인은 2014년 쟁점법인 설립 이전 쟁점특허를 개인적으로 발명하였다고 주장하고 있으나, 청구인은 2017년 1월에서야 쟁점특허를 출원하고, 2017년 6∼7월에 특허등록을 하였다가 2017년 8월 쟁점법인에 이를 양도하였는데, 쟁점법인은 2016년 10월부터 (주)BBB로부터 특허 관련 컨설팅을 받아왔던 것으로 보이고, 쟁점특허의 감정평가도 쟁점법인의 비용으로 (주)BBB를 통해 받는 등의 사정을 종합하면 쟁점특허는 출원시부터 쟁점법인이 취득하는 것이 예정된 하나의 거래로 보이는 점, 쟁점특허의 감정평가 내용을 보면, 쟁점법인은 쟁점특허의 출원등록일 이전부터 해당 기술을 사용하고 있고, 쟁점특허를 사업에 계속적으로 사용할 것을 전제로 평가한 것으로 나타나는바, 청구인이 쟁점법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점특허 개발에 참여하였다고 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고, 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점, 한편 청구인은 쟁점특허가 청구인의 직무와 관련된 발명으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점특허의 감정평가는 쟁점특허와 관련된 매출을 매년 OOO 정도로 예상하여 이에 따른 현금흐름을 기초로 사업가치를 평가한 것인바, 청구인의 주장과 같다면 관련 매출액이 전혀 발생하지 아니하였음(실제 쟁점법인은 2019년 사업부진으로 폐업함)에도 불구하고 해당 매출계획을 기초로 사업가치를 평가한 것이므로 쟁점특허의 감정이 적정하게 이루어진 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허 매입거래를 부인하고 상여처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)