특정주식 해당여부를 판단하기 위하여 쟁점공장건물을 국세청이 고시한 건물 기준시가 계산방법에 따라 평가하면서 개별건물의 특성에 따른 조정률을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO서장이 2021.7.8. 청구인들에게 한 2017년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인 AAA 및 BBB에게 각각 OOO원)의 부과처분은 유한회사 AAA이 보유한 OOO 소재 공장 및 창고 건물 OOO를 ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’ 제11조에 따른 ‘개별건물의 특성에 따른 조정률’을 적용하여 평가한 후, 청구인들이 2017.11.13. 양도한 유한회사 AAA의 주식 OOO주가소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 따른 주식에 해당하는지 여부에 따라 그 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 부부사이인 청구인들은 2017.11.13. 비료 제조업을 영위하는 비상장법인인 (유)AAA(이하 “유-AAA”이라 한다)의 주식 OOO주(지분율 100%로, 청구인 AAA OOO주․청구인 BBB OOO주이고, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(주당 OOO원)에 양도하고 20%의 세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 OOO청장의 ‘특정주식 등 양도세율 적용 적정 여부 신고내용 확인 계획’에 따라 청구인들의 양도소득세 신고내역을 검토하여 유-AAA의 자산총액 중 부동산 보유비율이 50% 이상이고, 청구인들의 유-AAA 주식보유 비율이 50% 이상이며, 양도한 쟁점주식의 비율이 전체 주식의 50% 이상이므로 쟁점주식이소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 따른 기타자산(이하 “특정주식”이라 한다)에 해당하고 이에 따라 일반세율을 적용하여야 한다고 보아, 2021.7.8. 청구인들에게 2017년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인 AAA 및 BBB 각각 OOO원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) (쟁점① 관련) ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’(제2016-21호, 2016.12.30.) 제11조의 개별건물의 특성에 따른 조정률 규정의 적용 여부에 따라 쟁점주식이소득세법제94조 제1항 제3호 나목(비상장주식)에서 같은 법 제94조 제1항 다목(특정주식)으로 변경되어 높은 세율이 적용되므로 동 고시 제11조는 모법의 위임취지를 벗어나 위임입법의 내재적 한계를 일탈한 무효의 규정이다. ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’(제2016-21호, 2016.12.30.)에서상속세 및 증여세법제61조 제1항 제2호에 따라 기준시가를 계산하는 경우 개별건물의 특성에 따른 조정률을 반영하나, 소득세법제99조 제1항 나목에 따라 기준시가를 계산하는 경우에는 특별한 이유 없이 이를 반영하지 않도록 되어 있다. 일반 건축물 기준시가를 정함에 있어소득세법제99조 제1항 나목에 ‘건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려 매년 1회 이상 국세청장이 산정․고시하는 가액’으로 한다고 규정하고 있을 뿐소득세법의 과점주주 양도소득세 일반세율 적용대상 여부에 대한 판단을 함에 있어서만 일반건축물의 기준시가 산정에 있어서만 개별건물의 특성에 따른 조정률을 제외하는 것까지 국세청 고시로 위임되었다고 볼 수 없다. 입법의 연혁이나 개정취지 등을 살펴보면, 동일한 건물에 대하여소득세법의 과점주주 양도소득세 일반세율 적용대상 여부에 대한 판단을 함에 있어서만 차별해서 개별건물의 특성에 따른 조정률을 제외하여야 하는 특별한 이유도 없고 그렇게 위임범위를 명시적으로 특정하지도 않았다. 부동산 비율에 따라서 양도소득세 세율이 단일세율에서 누진세율 구조의 기본세율로 달라지게 되어 개별조세의 주요 구성요소가 변경되므로 그 요건을 법률에서 새롭게 규정하거나 그렇지 않다면 기존의 법에 개별적․구체적으로 위임하여야 하는 것이지, 국민에 공표하는 절차를 갖추지 않은 행정부 기관 간 내부명령인 국세청 훈령에 포괄적으로 위임하였다고 볼 수 없다. 따라서 유-AAA이 보유한 OOO 소재 공장 및 창고 건물 OOO(이하 “쟁점공장건물”이라 한다)를 국세청장이 고시한 건물 기준시가 계산방법에 따라 평가하면서 ‘개별건물의 특성에 따른 조정률’ 80%를 반영하면, 유-AAA의 부동산 보유비율이 50% 이하이고, 이에 따라 쟁점주식은 특정주식에 해당하지 않으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.

(2) (쟁점② 관련) 특정주식에 해당하는 여부를 판단하기 위한 부동산 비율을 계산함에 있어서 쟁점공장건물은 그 실질을 반영하여 장부가액 등으로 평가하는 것이 타당하다. 부동산 비율을 계산함에 있어서 2010.12.31. 이전까지는 자산총액과 부동산 등의 토지에 대해서만 기준시가에 의하여 계산하였으나, 2011.1.1. 이후 양도분부터는 부동산의 경우 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가에 의하여 계산하도록 소득세법 시행령제158조를 개정하였다. 이는 기준시가와 장부가액이 모두 가치성이 있을 때를 전제하는 것이다. 재산의 가치란 그 재산이 장차 낳을 수익 내지 현금흐름의 현재가치이기 때문이다. 따라서 자산의 감가상각이 종료되고 잔존가치는 없으며 실질적으로 이용가치가 거의 없는 쟁점공장건물의 경우에까지도 그 실질과 달리 기준시가가 장부가액보다 크다는 이유만으로 기준시가로 평가하는 것은 타당하지 않다.

• 나. 처분청 의견

(1) (쟁점① 관련) 국세청장이 고시한 건물 기준시가 계산방법에 따라 건물을 평가하여 특정주식에 해당하는지 여부를 판단할 때에는 개별건물의 특성에 따른 조정률을 반영하지 아니하므로 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다. (가) 법인의 부동산 보유비율 계산을 위한 건물의 기준시가 계산 근거는소득세법제99조 제1항 제1호 나목에 국세청장이 산정·고시하는 가액으로 하도록 규정하고 있고, 국세청장이 고시한 건물 기준시가 계산방법에는 개별건물의 특성에 따른 조정률은상속세 및 증여세법에 따라 기준시가를 계산하는 경우에만 적용하고,소득세법제99조의 제1항 제1호 나목의 경우에는 적용하지 않는다고 규정하고 있다. (나) 모법의 위임을 받은 하위법령이 위임입법의 한계를 준수하고 조세법률주의에 반하지 않는 한 그 법률조항 자체가 위헌이 되는 것은 아니며(헌법재판소 2001.9.27. 선고 2001헌바11 결정), ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’에는 기준시가 산정방법과 개별건물의 특성에 따른 조정률 적용 대상을 구체화한 개별위임에 해당하여 과세의 법적안정성과 예측가능성을 충분히 보장하였다고 할 수 있으므로 세금이 과중하다 하여 기준시가 산정 기준을 국세청 고시에 위임한 것이 무효한 규정이라는 납세자의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) (쟁점② 관련) 소득세법 시행령제158조 제3항에는 건물의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에 기준시가에 의하여 특정주식의 과점주주 범위 등을 판단하도록 규정하고 있으므로 쟁점공장건물은 장부가액이 아닌 기준시가로 평가하여야 한다. (가) 2010.12.30. 대통령령 제22580호로 일부 개정된 구 소득세법 시행령제158조 제3항에 따르면 특정주식 여부를 판단을 위한 자산총액 및 토지와 건물의 자산가액을 계산할 때 기준시가가 장부가액보다 큰 경우 기준시가를 따르도록 규정하였는데, 그 개정 취지는 부동산 보유비율 판정시 시가를 적절히 반영하여 부동산 소유비율 왜곡방지에 있다. (나) 청구인은 자산의 실질적 이용가치가 소멸하였다고 주장하나, 쟁점공장건물에서 현재까지도 동일 업종의 법인사업이 영위중인 상황에서 단순 노후화를 사유로 실질적 이용가치가 소멸하였다고 보기 어렵고, 실질적 이용가치가 소멸한 건물을 기준시가로 평가하는 것은 공평과세에 위배된다는 예비적 청구주장은 입법취지에 반할 뿐만 아니라 진실이 결여된 장부가액을 반영할 경우 심각한 평가의 오류가 있을 수 있는 상황을 간과한 것이다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 특정주식 해당여부를 판단하기 위하여 쟁점공장건물을 국세청이 고시한 건물 기준시가 계산방법에 따라 평가하면서 개별건물의 특성에 따른 조정률을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 쟁점공장건물을 기준시가가 아닌 장부가액으로 평가하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
• 나. 이용권ㆍ회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)
• 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 “과점주주”라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우에 해당 주식등

1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 가액

2. 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.

• 라. 대통령령으로 정하는 사업을 하는 법인으로서 자산총액 중 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부 개정된 것) 제158조(과점주주의 범위 등) ① 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 “소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주”란 법인의 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상인 경우 그 주주 1인 및 기타주주(이하 “과점주주”라 한다)를 말한다.

③ 법 제94조 제1항 제4호 다목 및 라목과 제1항 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목부터 사목까지의 규정에 따른 무형고정자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산(상속세 및 증여세법 제22조 의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

(3) 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령 으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령 으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령 으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

(4) 국세청 건물 기준시가 계산방법 고시(제2016-21호, 2016.12.30.) 제5조(기준시가 계산) ① 건물 기준시가를 산정하기 위한 기본 계산식은 다음과 같다. 건물 기준시가 산정 기본 계산식

(1) 기준시가 = 평가대상 건물의 면적(㎡) 1) × ㎡당 금액 2)

(2) ㎡당 금액 = 건물신축가격기준액 × 구조지수 × 용도지수 × 위치지수 × 경과연수별잔가율 × 개별건물의 특성에 따른 조정률 3)

1. 연면적을 말하며, 집합건물의 경우 전용면적과 공용면적을 포함한 면적을 말한다.

2. ㎡당 금액은 1,000원 단위 미만은 버린다.

3. 개별건물의 특성에 따른 조정률은상속세 및 증여세법제61조 제1항 제2호에 따라 기준시가를 계산하는 경우에만 적용한다.

② 제1항의 건물 기준시가 산정 기본 계산식에서 개별건물의 특성에 따른 조정률은 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목에 따라 기준시가를 계산하는 경우에는 적용하지 않고, 상속세 및 증여세법 제61조제1항제2호 에 따라 기준시가를 계산하는 경우에만 적용한다. 제11조(개별건물의 특성에 따른 조정률) 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제2호 에 따라 기준시가를 계산하는 경우 적용하는 개별건물의 특성에 따른 조정률은 다음과 같다. 다만, 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목에 따라 기준시가를 계산하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. ※ 개별건물의 특성에 따른 조정률표: <별지> 기재

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 유-AAA의 총자산 대비 부동산 보유비율 산정내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점공장건물 기준시가 산정내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 유-AAA의 총자산 대비 부동산비율 산정내역 (단위: 원) OOO <표2> 쟁점공장건물 기준시가 산정내역 (단위: 원) OOO

• 주) ㎡당 금액은 천원단위 이하 절사

(2) 청구인들은 쟁점공장건물을 개별건물 조정률 80%를 적용하여 평가한 가액 또는 장부가액으로 하여 유-AAA의 총자산 대비 부동산비율이 50% 미만인 내역을 아래 <표3>․<표4>와 같이 제시하였다. <표3> (개별건물 조정률 80% 적용) 총자산 대비 부동산 비율내역 (단위: 원) OOO <표4> (장부가액 적용) 총자산 대비 부동산 비율내역 (단위: 원) OOO

(3) 우리 원은 이 건과 관련하여 ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’ 제11조에서 ‘개별건물의 특성에 따른 조정률’을상속세 및 증여세법제61조 제2호에 따라 기준시가를 계산하는 경우는 적용하되,소득세법제99조 제1항 제1호 나목에 따라 기준시가를 계산하는 경우에는 적용하지 아니하는 이유에 대하여 국세청에 질의[OOO, 2021.10.6.]하였으나, 심리일 현재까지 이에 대한 답변은 제시되지 아니하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’에서 ‘개별건물의 특성에 따른 조정률’을 적용하는 취지는 특정시점에 평가대상자산의 가액을 평가함에 있어서 개별자산의 특성을 반영함으로써 최대한 시가에 가깝게 평가하기 위한 것인바, 공평의 관점에서 쟁점주식의 양도시점에 쟁점공장건물의 시가를 평가할 때에도 그 특성을 반영하여 최대한 시가에 가깝게 하여야 할 것이므로 달리 조정률을 적용하지 아니할 이유를 찾기 어렵다. 즉 상속세 및 증여세법제61조 제1항 제2호와소득세법제99조 제1항 제1호 나목에서 건물의 기준시가 산정을 동일한 문구로 “건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정․고시하는 가액”으로 규정하고 있음에도 ‘국세청 건물 기준시가 계산방법 고시’에서는소득세법에 따라 건물 기준시가를 계산할 때에만 ‘개별건물의 특성에 따른 조정률’을 적용하지 아니하는 것으로 되어 있는바, 이 건과 같은 특정주식의 양도여부를 판정함에 있어서 총자산 대비 부동산 비율을 계산할 때, 조정률을 적용하지 아니할만한 특별한 사정 내지 합리적 이유를 찾기 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점공장건물에 대하여 ‘개별건물의 특성에 따른 조정률’을 적용하여 다시 평가한 후 쟁점주식이 특정주식에 해당하는지 여부에 따라 양도소득세의 세율을 정하여 청구인들의 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점①에서 쟁점주식이 특정주식에 해당하는지 여부를 다시 평가하는 것으로 판단함에 따라 쟁점②에 대한 청구주장은 심리의 실익이 없게 되므로 이를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 개별건물의 특성에 따른 조정률