3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구법인이 분양매출 및 분양원가 산정 시 적용한 ‘시공사의 작업진행률’을 부인하고 ‘감리단의 공정률’을 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 주-AAA는 BBB 주식회사의 계열사이며 각각 OOO 아파트 시행과 시공을 주업으로 하고 있는바, 사업자 기본사항내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인과 주-AAA의 기본사항내역 OOO 주」조사당시 OOO에 소재지를 두었고 2020년 10월경 현소재지로 이전함
(2) 청구법인에 대한 2016〜2017사업연도 법인세 경정내역은 아래 <표2>와 같은바, 2016사업연도에는 쟁점금액을 포함하여 증액경정하고 2017사업연도에는 쟁점금액을 감액경정하였다. <표2> 2016〜2017사업연도 법인세 경정내역 (단위: 백만원) OOO
(3) 처분청이 쟁점아파트와 관련하여 청구법인의 2016사업연도 매출액을 재계산한 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점아파트 관련 매출액 계산내역 (단위: 백만원, %) OOO
(4) 청구법인이 시공사와 체결한 쟁점아파트 관련 도급계약서의 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점아파트 도급계약 주요 내용 (단위: 백만원) OOO 주1」 OOO원 → OOO원으로 계약금액 변경 주2」 OOO원 → OOO원 →OOO원 →OOO원으로 계약금액 변경
(5) 2016년 사업연도에 대한 분양매출 및 분양원가를 산정함에 있어 분양예정가액 및 청구법인의 투입원가 등에는 청구법인과 처분청 간의 이견이 없으나, 투입원가를 계산하는 시공사의 작업진행률에 대해 이견이 있는바, 청구법인은 작업진행률에 대하여 법인세법 시행령제69조 제1항 및 법인세법 시행규칙제34조에 따른 시공사의 작업진행률을 적용하였다고 주장하고 처분청은 법인세법 시행령제69조 제1항에 의한 작업진행률은 감리단의 공정확인서상 공정률을 적용하여 산정해야 한다는 의견이다. (시공사 투입원가(a)+시행사 투입원가) 시행사의 예정공급가액 × ------------------------------------ 총 예정원가 a 시공사 투입원가 = 공사도급금액 × 시공사 진행률(b) b 시공사 진행률 = 총공사비투입액 / 총 공사비 예정액 (가) 구체적으로 청구법인과 처분청의 OOO 분양매출손익 계산 내역은 아래 <표5>와 같은바, 분양 매출액의 산정을 위한 시공사 투입원가와 관련하여 청구법인은 시공사의 누적 투입원가를 기준으로 산정한 작업진행률(19.09% = 2016사업연도 말 총공사비누적액 OOO원 / 총 공사예정액 OOO원)에 공사도급금액(OOO원)을 곱하여 산정한 반면, 처분청은 감리자[(주)CCC]의 공정확인서상 2016.12.31. 현재 누계 공정률(22.33%)에 공사도급금액을 곱하여 산정하였다. <표5> OOO 분양매출손익 산정내역 (단위: 백만원, %) OOO (나) 청구법인과 처분청의 OOO 분양매출손익 계산 내역은 아래 <표6>과 같은바, 분양 매출액의 산정을 위한 시공사 투입원가와 관련하여 청구법인은 시공사의 누적 투입원가를 기준으로 산정한 작업진행률(53.91% = 2016사업연도 말 총공사비누적액 OOO원 / 총 공사예정액 OOO원)에 공사도급금액(OOO원)을 곱하여 산정한 반면, 처분청은 감리자[(주)DDD]의 공정확인서상 20016.12.31. 현재 누계 공정률(54.24%)에 공사도급금액을 곱하여 산정하였다. <표6> OOO 분양매출손익 산정내역 (단위: 백만원, %) OOO
(6) 처분청은 관내 건설업계의 기성청구내용과 세금계산서 발행 내역 등을 검토한 결과, 99%의 업체는 공사내용에 대한 감리업체의 확인을 거쳐 확정된 내용에 따라 세금계산서를 발행하고 공사대금을 청구하고 있다는 증빙으로 ㈜EEE, ㈜FFF, ㈜GGG 등의 기성청구내역 등을 제출하였으며, 조사청은 이 건 법인통합조사 당시 쟁점아파트 분양수익이 위 <표5>, <표6> 기재 금액과 같이 과소신고되었다는 취지의 확인서를 청구법인으로부터 제출받았다.
(7) 시공사 작업진행률의 신뢰성 등과 관련한 처분청의 의견에 대하여 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 주-AAA이 청구법인에게 OOO은 2016년 7월부터 2017년 1월까지 총 7회에, OOO은 2015년 6월부터 2017년 1월까지 총 20회에 걸쳐 기성금을 청구하였고 매달의 실제 발생 공사원가에 5%의 이윤을 가산하여 기성청구를 하였다고 주장하며 기성청구내역과 쟁점공사의 실제 발생원가가 반영된 현장별공사원가 자료를 아래 <표7>과 같이 제출하였는바, 현장별공사원가는 2016년 주-AAA의 공시된 손익계산서 분양원가 금액과 일치하고 주-AAA로부터 수취한 세금계산서 및 계산서 내역과 일치하는 것으로 확인된다. <표7> 주-AAA의 기성청구내역 (단위: 백만원) OOO 주1」 실제 발생원가와 청구원가의 차이는 청구 시점(매달 10일 부근)과 매달 말의 시점 차이, 매 분기 말 매입세액 불공제 건을 정산하는 등의 사유로 일부 차이가 발생함 주2」해당 기성청구금액은 시공사 세금계산서 발행내역의 발행금액 (나) 처분청이 하도급업체가 시공사에 실제 투입원가를 기준으로 대금청구를 하지 않았을 것이라는 의견을 제시한 것에 대하여 청구법인은 시공사의 하도급업체인 ㈜HHH 및 ㈜III가 누적발생원가 기준으로 기성청구하였다는 취지의 증빙(하도급업체의 청구내역)을 제시하였으며, 시공사의 기성청구가 분양대금 입금시기에 맞춰 이루어졌고, 하도급업체가 시공사에 세금계산서를 발급한 시점도 이에 맞춰졌으므로 시공사가 작업진행률을 고려하지 않고 자의적으로 세금계산서를 발급했을 가능성이 높다는 의견에 대하여 청구법인은 아래 <표8>과 같이 2016년 쟁점공사에 대한 청구시점 비교자료를 제시하였다. <표8> 2016년 쟁점공사 기성청구와 관련 분양대금의 입금시점 비교 OOO
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 시공사의 작업진행률보다는 감리단의 공정률에 의하여 작업진행률을 재계산하여 과세한 것은 정당하다는 의견이나, 법인세 부과처분 취소를 구하는 쟁송에서 그 부과처분의 적법성과 과세표준금액 등 과세요건사실의 존재에 관하여는 과세관청이 입증책임을 부담하는 것인바, 처분청은 청구법인과 주-AAA와의 특수관계, 그에 따른 주-AAA 작업진행률의 실제 원가 반영여부의 불분명, 다른 업체의 세금계산서 발행 혹은 기성청구 현실 등 정황적 사실을 제시할 뿐 동 법인에 대한 세무조사 등을 통하여 작업진행률의 오류 시정 등 주장을 뒷받침할 객관적 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 오히려 청구법인이 제출한 자료에 의하면 주-AAA의 현장별공사원가는 동 법인의 공시자료나 관련 세금계산서 등 내역과 일치하는 등 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점, 감리자의 공정확인서는 감리자의 업무(곧, 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 등주택법제44조 소정의 감리자의 업무)를 수행하기 위하여 작성된 것으로 그에 따른 공정률이 법인세법 시행령제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호 소정 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수도 없으며, 이 건의 경우 실제 양자의 차이도 크지 아니하므로 이를 이유로 청구법인이 제출한 작업진행률을 부인하기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 감리단의 공정률 등에 근거하여 쟁점아파트 관련 작업진행률 등을 재계산하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.