쟁점수정신고는 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것이 아니므로 가산세가 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 광역지방자치단체로, 2018년 5월부터 개시된 소유건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 리모델링공사와 관련한 공통매입세액에 대하여, 그간 쟁점건물의 예정사용면적 기준으로 안분하여 매입세액을 공제하여 신고하던 중, OOO청장의 현장조사(이하 “쟁점현장조사”라 한다)를 거쳐, 2020.8.26. 쟁점건물의 확정사용면적으로 매입세액공제액을 정산(추가납부세액 발생)하되, 과소신고가산세는 90%를 감면하여 2020년 제1기 부가가치세를 수정신고(이하 “쟁점수정신고”라 한다)하였다.
• 나. 처분청은 쟁점현장조사가 착수된 후에 쟁점수정신고가 있었기에, 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것이어서 가산세는 감면될 수 없다며, 2020.11.2. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세)을 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점현장조사가 착수되기 전부터 청구법인이 쟁점수정신고를 준비하고 있었음이 청구법인의 내부결재문서 등으로 확인되는바, 쟁점수정신고는 처분청이 경정할 것을 미리 알고서 한 것이 아니다.
• 나. 처분청 의견 설령, 쟁점현장조사 착수 전에 청구법인이 쟁점수정신고를 준비했었다 하더라도, 내부절차에 불과할 뿐, 수정신고서는 쟁점현장조사 착수 후에 제출된 이상, 경정할 것을 미리 알고 한 수정신고에 해당한다.

• 가. 쟁점 쟁점수정신고는 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것이 아니므로, 가산세가 감면되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법률 (1) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등)

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 90에 상당하는 금액 (2) 국세기본법 시행령 제29조(가산세 감면 제외 사유) 법 제48조 제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 (3) 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 처분근거 등은 아래와 같다.

(2) 이에 대한 청구법인의 항변과 제시사항을 정리하면 아래와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점현장조사가 착수되기 전부터 이미 수정신고를 준비했었던 정황과 사실이 내부결재문서 등으로 확인되므로, 쟁점수정신고는 경정할 것을 미리 알고 한 것이 아니라고 주장하나, 일정요건을 갖춰 제출된 수정신고서에 대하여 가산세를 감면하는 취지는 납세자에게 스스로 시정할 수 있는 기회를 부여하고자 함이나, 납세자입장에서 수정신고를 준비하는 과정은 개별적인 고유사정이 반영될 수밖에 없어, 수정신고서를 외부적으로 공식 제출하기 전에 있었던 개별납세자의 내부결재, 내면적 결정․다짐 등의 내부절차만으로는 자기시정이 구체적으로 형성․완료되었다고 보기 어렵고, ｢국세기본법｣ 제48조 제2항 제1호 가 규정한 “경정할 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우”의 해석에 어려움이 있어, ｢국세기본법 시행령｣ 제29조 제1호 는 이에 대하여 “세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 제출한 경우”라고 보다 구체적으로 규정하고 있는바, 이 규정은 간주 또는 의제 성격으로 봄이 상당한바, 청구법인이 쟁점현장조사가 착수된 것을 알게 된 후 수정신고서를 제출한 이상, 처분청이 청구법인의 쟁점수정신고에 대한 가산세의 감면을 배제한 이 건 처분에는 달리 잘못은 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.