법인세법제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제2호에서 분할법인의 ‘적격분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용을 배제하도록 규정하고 있을 뿐, 적격분할로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 과세이연․이월과세 여부나 분할법인과 분할신설법인의 과세표준 계산방법 등을 별도로 규정하고 있지 않으므로, 구체적인 법령의 근거 없이 분할신설법인이 적격분할로 승계한 쟁점토지에 대하여 분할법인의 적격분할에 따른 양도차익까지 분할신설법인에게 추가 과세하는 것은 불합리하다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.2.9. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 조세심판원 역시 분할신설법인이 적격분할을 통해 분할법인으로부터 승계한 토지의 취득시기를 분할등기일로 판단하였다. 조세심판원은 분할로 인한 자산의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당하고, 쟁점부칙에서 “취득한 자산”을 분할에 의한 취 득을 제외하지 있지 아니한 점을 이유로 분할신설법인이 특례기간 내에 분할로 인해 취득한 부동산에 대해서는 법인세법제55조의2 제1항 제3호를 적용하여 법인세를 추가 과세할 수 없다(OOO)고 판단하였다.
(3) 처분청은 적격분할에 따라 과세이연을 적용받은 경우에는 분할신설법인의 부동산 취득시기를 달리 보아야 한다는 의견이나, 적격분할 충족 여부에 따라 이미 발생한 양도행위에 효력을 미치지 아니하므로 분할시점을 쟁점토지의 양도일(분할신설법인 입장에서 취득일)로 보아야 한다. 만일, 처분청의 의견대로라면 비적격분할로 과세이연 등을 적용받지 아니하였음에도 토지등 양도소득세 과세대상에서 제외되어 오히려 세제상 혜택을 받게 되는 모순이 발생하게 된다.
(1) 청구법인은 적격분할을 통하여 분할법인의 지위를 승계하였는바 과세특례를 적용함에 있어 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날은 분할등기일이 아니라 분할법인의 토지 취득일로 보아야 한다. (가) 법인세법상 기업구조조정을 지원하기 위하여 적격분할 등의 경우 분할로 인하여 발생한 소득에 대해 각 사업연도에 대한 법인세를 과세이연하도록 하면서, 과세특례를 적용하여 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가 과세하지 않도록 하고 있다. 이는 분할 시점에는 비사업용 토지 중과세를 배제하고 분할신설법인 등이 해당 자산을 처분하는 시점에 사업소득에 포함시켜 법인세를 과세하면서 과세특례에 따른 추가 과세 여부를 별도로 판단하기 위한 것이다. (나) 한편, 쟁점부칙에서 2009.9.3.16.〜2012.12.31. 기간 동안 취득한 토지의 양도로 인해 발생하는 소득에 대해서는 비사업용 토지 중과세를 적용 배제하였는데, 이는 내국법인의 부동산 투기억제 목적으로 도입된 비사업용 토지 중과세 제도가 당시의 부동산 시장에 왜곡을 초래하는 문제가 있어 한시적으로 특례기간 내에 취득한 토지 등에 대해서만 중과세를 배제하고자 하는 입법취지에 따른 것이다. 따라서, 쟁점부칙에 따른 ‘취득’이란 해당 토지 등의 양도로 인한 소득에 대해 이월과세 또는 과세이연이 적용되지 않는 ‘일반 취득’을 의미하는 것으로 해석(기획재정부 재산세제과-414, 2019.6.3.)해야 한다. (다) 청구법인은 법인세법제46조의2 제1항에 따라 분할신설법인이 분할로 인하여 자산을 승계하는 경우 그 자산을 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 보아야 한다고 주장하나, 해당 규정은 이월과세 또는 과세이연이 적용되지 않는 비적격 분할에 관한 것이므로 이 건과 같은 적격분할의 경우에는 적용할 수 없다.
(2) 청구법인이 제시한 심판례(OOO)에서 법인세법제55조의2는 적격분할･합병 등으로 인하여 발생하는 소득에 대해 비사업용 토지 중과세를 배제하는 규정만 있을 뿐 적격 물적 분할로 인한 양도차익의 이월과세･과세이연 및 분할법인･분할신설법인의 과세표준 계산방법 등을 별도로 규정하고 있지 않아 구체적인 법령의 근거 없이 분할법인의 양도차익을 분할신설법인에게 추가 과세(비사업용 토지 중과세)하는 것은 불합리하다고 하였지만, 과세특례의 적용대상은 이월과세 또는 과세이연이 적용되지 않는 일반적인 유상 취득분의 토지이기 때문에 이월과세 등이 적용되는 경우까지 규정할 이유가 없었다.
(1) 분할법인은 아래 <표1>과 같이 취득한 토지를 청구법인(분할신설법인)에게 회사분할을 등기원인으로 하여 2011.1.26. 소유권이전등기하였다. <표1> 분할법인의 쟁점토지 취득 및 소유권이전 내역
(2) 분할법인은 회사분할이 적격분할 요건을 갖춰 2011사업연도 법인세 신고 시 쟁점토지를 포함한 분할법인의 자산을 장부가액으로 양도하여 양도손익이 없는 것으로 ‘분할과세특례신청서’ 및 ‘자산조정계정에 관한 명세서’를 제출하였다.
(3) 청구법인(“매도인”)은 분할을 원인으로 취득한 쟁점토지를 분할법인(“매수인”)에게 OOO원에 양도하기로 2016.8.19. 매매계약을 체결하였는데, 매매계약서의 주요 내용은 다음과 같다. (4) 청구법인은 2016사업연도에 대한 법인세 신고시 법인세법제55조의2 제1항 제3호를 적용하여 아래 <표2>와 같이 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하였다. <표2> 토지등 양도소득에 대한 법인세 계산내역
(5) 청구법인은 2020.12.8. <표3>과 같은 사유로 2016사업연도에 대한 법인세를 경정청구 하였다. <표3> 경정청구 내역(토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO원 환급청구) (6) 처분청은 2021.2.8. 아래 <표4>와 같은 사유로 경정청구를 거부하였다. <표4> 처분청의 경정청구 처리결과 통지내역
(7) 2014년 이전까지 법인의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세 연혁은 다음과 같다. (8) 주택 및 비사업용 토지 양도에 대한 법인세 과세를 한시적으로 유예하기 위해 2009.5.21. 신설된 쟁점부칙은 다음과 같다. <쟁점부칙 내용>
(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,법인세법제46조의5 제1항에서는 내국법인이 분할(물적분할은 제외한다) 후 해산하지 않고 존속하는 경우 분할법인의 분할되는 사업부의 자산․부채를 분할신설법인에 양도한 것으로 보아 자산양도차익에 대해 과세하도록 규정하고 있는 점, 법인세법제55조의2 제4항 제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제4항 제2호에서 분할법인의 ‘적격분할로 인하여 발생한 소득’에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용을 배제하도록 규정하고 있을 뿐, 적격분할로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 과세이연․이월과세 여부나 분할법인과 분할신설법인의 과세표준 계산방법 등을 별도로 규정하고 있지 않으므로, 구체적인 법령의 근거 없이 분할신설법인이 적격분할로 승계한 쟁점토지에 대하여 분할법인의 적격분할에 따른 양도차익까지 분할신설법인에게 추가 과세하는 것은 불합리한 점, 쟁점부칙 제4조는 경제활성화를 위한 입법으로 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 ‘취득한 자산’의 양도소득에 대해서는 법인세법제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례를 한시적으로 배제하도록 규정하고 있는데, 여기서 ‘취득한 자산’을 매매로 인한 취득만으로 구체적으로 한정하지 아니하여, 이 건과 같이 분할에 의한 취득이 배제된 것으로 해석하기 어려운 점, 법인세법제55조의2 제8항에서 2012.12.31.까지 양도하는 경우 과세특례를 배제하도록 규정하고 있고, 쟁점부칙 제4조에서 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 법인세법제55조의2 제1항 제3호를 적용하지 않도록 규정하고 있어 비적격분할인 경우 분할법인 및 분할신설법인 모두 과세특례 적용 배제가 가능하나, 처분청의 과세논리에 따르는 경우에는 적격분할임에도 중과가 적용되어 오히려 과세형평성에 문제가 발생하는 점 등에 비추어 분할신설법인인 청구법인이 분할로 인하여 승계받은 쟁점토지의 취득시기는 분할등기일로 봄이 타당(OOO 같은 뜻임)하므로, 청구법인이 2011.1.4. 분할 시 승계·취득한 쟁점토지의 양도는 쟁점부칙 제4조에 따라 법인세법제55조의2 제1항 제3호의 적용대상에서 배제된다고 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 2016사업연도 법인세 OOO원에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 법인세법 제41조(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) [자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 제46조(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) [분할 시 분할법인등에 대한 과세] ① 내국법인이 분할 또는 분할합병으로 해산하는 경우(물적분할은 제외한다) 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 “분할신설법인등”이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 “분할법인등”이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액
2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)
2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제2항 제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것
3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 제46조의2(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) [분할 시 분할신설법인등에 대한 과세] ① 분할신설법인등이 분할로 분할법인등의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 분할법인등으로부터 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 분할법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 분할신설법인등이 승계할 수 있다. 제46조의3(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) [적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례] ① 제46조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 분할신설법인 등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다. 제46조의5(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) [분할 후 분할법인이 존속하는 경우의 과세특례] ① 내국법인이 분할(물적분할은 제외한다)한 후 존속하는 경우 분할한 사업부문의 자산을 분할신설법인 등에 양도함으로써 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 분할법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 분할법인이 분할신설법인 등으로부터 받은 양도가액
2. 분할법인의 분할한 사업부문의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액 제55조의2(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 취득 당시 시행법률) [토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득
⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. 부칙(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 제4조 [토지등 양도소득에 대한 과세특례] 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령(2011.3.31. 대통령령 제22812호로 개정되기 전의 것) 제68조(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) [자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 제72조 [자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산: 법 제44조 제2항ㆍ제3항, 제46조 제2항, 제47조 제1항 또는 제47조의 2 제1항에 따라 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우에는 피합병법인등 또는 출자법인의 장부가액으로 하고, 그 밖의 경우에는 해당 자산의 시가로 한다. 제92조의2(2013.11.5. 대통령령 제24824호로 개정되기 전의 것) [토지등 양도소득에 대한 과세특례] ④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.
2. 적격분할·적격물적분할·적격현물출자·조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득
3. 한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득
⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의 2 제1항의 규정에 의한 토지 등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지 등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.