쟁점조합의 조합장의 확인서, 부동산 거래현황표 등을 감안할 때, 쟁점계약서상 쟁점①·②가액의 구분이 임의적이라고 보기는 어려우므로 소득세법제100조 제2항 및 제3항의 토지 및 건물 등 가액 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 이 건 쟁점부동산의 양도차익 등을 산정함에 있어서 소득세법제100조 제1항에 따라 실지거래가액인 쟁점①·②가액을 각각의 양도가액으로 적용하는 것이 타당해 보인다.
쟁점조합의 조합장의 확인서, 부동산 거래현황표 등을 감안할 때, 쟁점계약서상 쟁점①·②가액의 구분이 임의적이라고 보기는 어려우므로 소득세법제100조 제2항 및 제3항의 토지 및 건물 등 가액 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 이 건 쟁점부동산의 양도차익 등을 산정함에 있어서 소득세법제100조 제1항에 따라 실지거래가액인 쟁점①·②가액을 각각의 양도가액으로 적용하는 것이 타당해 보인다.
[주 문] OOO세무서장이 2020.7.15. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 제64조 (토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과,소득세법제100조 제2항 및 제3항의 쟁점부동산(토지 및 건물 등)의 양도가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보아 쟁점가액을 그 기준시가로 안분계산하여 2020.7.15. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래와 같이 경정․고지한 것으로 나타난다. (나) 쟁점②부동산이 1세대 1주택에 해당되는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는 것으로 나타난다. (다) 청구인은 2020.1.22. 쟁점조합과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고, 그 쟁점계약서 상에 매매대금은 쟁점가액으로, 특약사항에 쟁점①․③부동산(도로 및 상가)의 양도가액은 OOO원으로, 쟁점②부동산(주택)의 양도가액은 OOO원으로 각각 기재되어 있는 것으로 나타난다. (라) 쟁점조합이 추진하는 아파트 신축부지(쟁점부동산 포함)에 대한 지적도 및 항공사진을 제시하였다.
(2) 청구인은 아래와 같이 증빙 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 주장하고 있다. (가) 청구인은 통상 부동산 매매대금을 산정함에 있어서 낙후되고 가치가 없는 오래된 건물일 경우 토지로만 거래가액을 결정하는 것이 일반적이고, 이 건 공동주택을 신축할 목적으로 결성된 쟁점조합이 부동산중개전문가가 개입되지 아니한 채 청구인 등과 직접 계약을 체결하면서 경제인으로서 합리적인 의사결정에 따라 쟁점부동산의 건물분은 아파트신축에 따라 곧바로 철거할 예정이므로 전체 토지면적(223.5평)에 1평당 OOO원을 일괄적용하여 총매매대금을 쟁점가액으로 결정한 것이고, 그 결과를 반영하여 쟁점계약서 상에 쟁점①․③부동산(도로, 상가)과 쟁점②부동산(주택)을 쟁점①․②가액으로 각각 구분․기재한 것일 뿐이라고 주장하면서 쟁점부동산의 내용연수와 관련한 자료를 제시하였다. (나) 청구인은 OOO에 연접한 주택부속토지가 신축아파트 주출입구 예정지이어서 상가부속토지보다 더 유리한 조건이었고, 주택 및 그 부속토지를 구분하여 더 높은 가액에 매매될 경우 1세대 1주택 비과세적용에 따른 양도소득세를 더 절세할 수 있었을 것이나,쟁점조합과 청구인 간에 합의에 따라 건물을 제외한 전체 토지면적에 1평당 OOO원을 일괄적용한 쟁점가액에 매매거래하기로 협의․결정한 것으로, 쟁점부동산(주택과 상가) 각각의 양도가액을 자의적으로 구분․신고한 것이 아니라고 주장하면서 쟁점조합의 조합장 AAA이 2020.11.3. 작성한 사실확인서(쟁점조합 인감 날인)를 제시하였는바, 그 주요내용은 아래와 같다. (다) 청구인은 쟁점조합이 쟁점부동산과 동일한 방법으로 인근의 OOO에 대하여 1평당 OOO원을, 같은 리 OOO에 대하여 1평당 OOO원을, 같은 리 OOO, 같은 리 OOO, 같은 리 OOO 및 같은 리 OOO에 대하여 1평당OOO원을, 같은 리 OOO에 대하여 1평당 OOO원을 각각 일괄적용하여 그 소유주와 매매계약을 체결하였다고 주장하면서 아래와 같이 부동산 거래현황표, 거래가액별 분포도 및 건물 등기사항전부증명서(쟁점조합이 취득한 후 멸실됨) 등을 제시하였다.
(3) 처분청은 이 건과 관련한 국세청 해석사례(사전-2020-법령해석부가-544, 2020.8.24.)를 제시하였는바, 주요내용은 “사업자가 2019.1.1. 이후 토지와 그 토지에 정착된 사업용 건물을 일괄양도하는 경우 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 하는 것이나, 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는부가가치세법제29조 제9항에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다”고 기재되어 있다.
(4) 청구인은 처분청이 제시한 위 국세청 해석사례는 토지와 그 정착된 사업용건물을 일괄양도하고 구분한 토지와 사업용건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우이나, 이 건 별도의 상가(부수토지 포함)와 주택(부수토지 포함)를 각각 양도하면서 그 토지면적을 기준으로 실지거래가액인 쟁점①․②가액으로 매매가액을 합의결정하고 하나의 매매계약서에 작성된 것일뿐으로 비교대상이 될 수 없다고 항변한다.
(5) 처분청의 이의신청결정서(17쪽)에 의하면, 그 심리담당자가 심리기간 중에 현지확인을 하였고, 그 인근 주민은 OOO 아파트를 건축한다고 1평당 OOO원에 수용한 후로 근처가 다 1평당 OOO원이 되었으며, 땅을 빨리 매매한 사람은 OOO원을 못받았지만, 버티다가 늦게 매매한 사람은 1평당 OOO원을 받았다”는 취지로 진술한 것으로 기재되어 있고, 현장사진 4매가 첨부되어 있는 것으로 나타난다.
(6) 기획재정부가 발간한 2015 간추린 개정세법에 의하면, 일괄양도된 토지 및 건물 등 가액의 안분기준을 보완하기 위하여소득세법제100조 제2항을 신설하였고, 그 개정이유에 “자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피방지”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)소득세법제100조 제1항은 “양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다”고, 제2항은 “제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다”고 각각 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구인이 당초 신고한 쟁점①․②가액과 쟁점가액을 기준시가로 안분계산한 가액의 차이가 100분의 30 이상으로 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당되므로소득세법제100조 제2항 및 제3항을 적용하여야 한다는 의견이나, 쟁점①부동산(1981년경 신축, 목욕탕 등으로 운영하다가 1997년․2014년경 폐업)은 양도 당시 장기간 공실상태로서 그 잔존가치가 없었고 고가(古家)인 쟁점②부동산(1960년경 신축)은 내용연수가 경과하여 별도의 감정평가 등이 필요 없는 것으로 보아 청구인과 쟁점조합은 실제 가치가 있는 쟁점부동산의 토지 전체면적에 1평당 OOO원을 적용한 쟁점①․②가액에 매매계약을 체결하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점조합이 동 부동산을 취득한 후 곧바로 멸실된 것으로 나타나는 점, 처분청의 이의신청 심리담당공무원이 쟁점부동산 인근의 소재지를 현지확인하는 과정에 인근의 부동산도 토지면적을 기준으로 1평당 OOO원 정도에 쟁점조합과 매매거래를 하였다는 지역 주민들의 진술을 확보한 것으로 나타나는 점, 쟁점①부동산(목욕탕)의 공시지가와 유사하고 입지 등이 더 좋아 보이는 인근 상가도 쟁점조합과 그 토지면적을 기준으로 1평당 약 OOO원에 실제 매매거래된 것으로 나타나 쟁점①․②가액 각각은 이 건 쟁점부동산의 거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 형성된 시장가격에 해당한다고 보이는 점, 쟁점조합의 조합장의 확인서, 부동산 거래현황표 등을 감안할 때, 쟁점계약서 상 쟁점①․②가액의 구분이 임의적이라고 보기는 어려우므로 쟁점 각 부동산의 양도를소득세법제100조 제2항 및 제3항의 토지 및 건물 등 가액 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 이 건 쟁점부동산의 양도차익 등을 산정함에 있어서소득세법제100조 제1항에 따라 실지거래가액인 쟁점①․②가액을 각각의 양도가액으로 적용하는 것이 타당해 보인다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 가액 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.