조세심판원 심판청구 양도소득세

8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

사건번호 조심-2021-광-2146 선고일 2021.07.01

자경사실을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료가 제시되지 아니하여 입증책임을 다한 것으로 인정되지 아니하는 점, 청구인은 쟁점토지의 보유기간 동안 사업소득자로 확인되어 전적으로 농업에 종사하였다고 보기 어려운점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1997.12.24. OOO 답 3,608㎡와 지상건물 98.6㎡, OOO 답 3,993㎡(이하 ‘쟁점농지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2019.4.11. 매매가액 OOO원에 이를 양도하고 조세특레제한법제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세감면 대상에 해당하는 것으로 보아 2019년 귀속 양도소득세 OOO원에 대해 감면을 적용하여 신고하였다.
  • 나. 처분청은 감면세액 적정여부를 확인하기 위해 2020.5.27.∼2020.6.15. 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 사업소득자로서 2007년부터 양도시까지 연간 사업소득금액이 OOO원을 초과하여 이를 경작기간에서 제외하고, 2006년 이전에도 타인에 의하여 대리경작한 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면요건에 해당하지 않는다고 판단하여 감면을 배제하고, 2020.8.1. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.10.28. 이의신청을 거쳐 2021.2.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지 취득 이후 2005년 일시적으로 이를 임대한 기간을 제외하고는 청구인의 책임하에 쟁점농지를 자경하여 왔으므로, 임대기간 및 사업소득금액이 OOO원을 초과하는 기간을 모두 제외하여도 8년 5개월의 자경기간을 인정함이 타당한바, 명확한 입증근거도 없이 청구인이 자경사실을 충분히 입증하지 못하였다는 사유로 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 한 이 건 과세처분은 부당하다.

(1) 처분청은 청구인이 자경증빙을 명확히 제시하지 못하여 자경을 인정할 수 없다는 의견이나, 청구인이 2006년 이전 기간에 쟁점농지를 대리경작한 사실이 있다면 처분청이 쟁점농지에서 농사를 지은 당사자를 조사를 통해 명확히 확정하여야 함에도 처분청에게 주어진 입증책임을 객관적으로 명확하게 하지 아니한채 청구인이 객관적인 증빙을 제시하지 못하여 인정할 수 없다는 의견은 부당하다.

(2) 처분청은 청구인이 1997.12.24.∼2006.12.31. 마트와 주유소를 동시에 운영하였으므로 자경한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 해당 마트는 일반마트가 아니라 주유소 사무실 내에 화물차 기사들을 위한 담배와 컵라면 등을 비치하고 판매하기 위하여 사업자등록을 한 것에 불과하여 주유소 직원이 함께 관리를 한 것임에도 사실관계 확인 조사를 간과한 채, 오롯이 국세청 전산상의 등록사항만을 가지고 공적인 견해를 표명하는 것은 실질과세와 근거과세원칙에 어긋나고 세무조사권 남용에 해당한다.

(3) 처분청은 1998∼2007년의 기간 중 농기계로 논일을 해주고 노임을 받았다는 취지의 마을 이장 OOO의 확인서를 근거로 동 기간 OOO이 쟁점농지를 대리경작하였다는 의견이나, OOO은 장비일을 해주고 노임을 받았을 뿐 쟁점농지를 대리경작하였다고 확인하여 준 것이 아니고, 청구인이 OOO으로부터 수수료를 받았다는 등의 사실을 처분청이 입증한 사실이 없으며, 오히려 OOO의 확인서에 의하여 청구인이 농약과 농자재 등을 구매한 사실과, 청구인이 쟁점농지 이외에 다른 농지를 소유한 바 없다는 사실 등에 비추어 청구인이 쟁점농지를 자경한 사실은 명백하다.

(4) 청구인은 쟁점농지에서 경작한 쌀을 OOO에서 도정한 후 본인 및 일가 친척이 모두 자가 소비하거나, 다니는 절에 기부하는 용도로 사용하였고, 이러한 사실은 처분청이 청구인의 누나, 조카, 동생 등 일가 친척과 OOO 등에 사실관계확인절차를 통해 확인할 수 있는 사안이다.

(5) 처분청은 또한 2005∼2006년의 기간 동안 OOO이 쌀 직불금을 수령한 사실에 의하여 OOO이 해당 기간 쟁점농지를 대리경작하였다는 의견이나, OOO의 확인서 및 녹취록 등에 의하여 OOO이 2005년 쟁점농지를 경작한 것은 사실이나 2006년에는 청구인의 의뢰로 일부 농작업을 도와주고 그 대가로 직불금을 수령한 사실이 확인되므로 처분청의 의견은 사실과 다르고, 2006년은 청구인이 쟁점농지를 자경한 것으로 봄이 타당하다.

(6) 벼농사의 특성상 농기계를 임차하여 모내기철과 농약, 그리고 추수철에 이용하면 충분하고 추수해서 품삵으로 현금이나 나락, 쌀로 대체하는 등 일년 내내 논에서 시간을 할애하는 업종이 아니다 보니 청구인처럼 주유소를 운영하면서도 사실상 자경이 가능하였다.

(7) 쟁점농지는 일부가 2004년에 OOO에 수용되었고, 당시 OOO시장은 사정조사 후 청구인에게 실농보상을 해 준 사실이 있다.

(8) 청구인과 청구인의 남편은 OOO의 조합원으로서 혜택을 받아왔는바, 이는 청구인이 농업에 종사하였음을 객관적으로 보여주는 사실이고, 청구인은 아직도 당시 사용하다가 남은 농약과 비료 등을 보관하고 있으며, 처분청은 청구인의 농자재 등 구매내역에 나타나는 농약 등이 쟁점농지에 사용되었는지 여부가 불분명하다는 의견이나, 청구인과 배우자는 쟁점농지외에 다른 논을 보유한 사실이 없다.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 매출액이 상당한 사업장(복식부기 의무자)을 운영하면서 2,300평이나 되는 쟁점농지를 직접 자경하였다고 주장할 뿐 객관적인 증빙자료를 전혀 제시하지 못하고 있고, 제출한 자료들은 모두 배우자인 OOO가 모든 의사결정을 하는 등 자경을 주장하는 청구인이 적극적으로 농사를 짓기 위하여 일체의 행위를 한 내용이 없으며, 취득일부터 2006년까지 타인이 대리경작한 것으로 보이고, 사업소득금액이 OOO원을 초과하는 2007년부터 2018년은 자경기간에서 제외되므로, 8년 이상 재촌 자경요건을 충족하지 아니하는바, 청구주장은 이유 없다.

(1) 청구인은 자경 감면여부에 대한 입증책임을 청구인에게만 전가한다고 주장하나, 조세특례제한법 제69조 제1항 에 의하면, 농지 소재지에 거주하는 자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 되어 있고, ‘직접 경작’의 의미는 ‘자기의 노동력’의 의미를 자기의 책임·계산 하에 다른 사람을 고용하는 경우까지 포함하는 것으로는 볼 수 없으며, 그 의미를 문리대로 해석하여 농작업의 2분의 1 이상을 자신이 직접 또는 손수 담당하여야만 자경 요건을 충족한다고 할 것이고(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8423 판결 참조), 나아가 이에 대한 입증책임은 농지감면에 대한 양도소득세 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1993.7.13. 선고 92누11893 판결 등 참조).

(2) 청구인은 마트와 주유소를 동시에 운영하였으나 동마트는 주유소에 딸린 담배나 컵라면 판매점에 불과하여 주유소 직원이 관리하여 농사활동에 지장이 없다고 주장하나, 해당 기간에는 주유소 등에서도 여전히 현금결제가 빈번히 이루어지는 시기여서 주유소 경영자가 농사일에 전념하기 위하여 주유소를 수시로 비우고 직원들에게 맡겨놓았다고 생각되지 않고, 전산기록에 해당 마트의 면적이 45㎡여서 단순히 담배나 컵라면만을 팔았다고 보기에도 어렵다.

(3) 청구인은 OOO의 확인서를 제출하면서 자경을 주장하나, OOO은 처분청의 현지출장 시 확인서와 다른 취지로 진술한 사실이 있어 OOO의 진술을 뒷받침 할 수 있는 어떠한 증빙도 제시 없이 그 진술이 오락가락 하고 있는 OOO의 진술은 신빙성이 없다.

(4) 청구인은 농약 및 농자재 구입 확인서를 제출하였으나, OOO과 OOO는 논농사용 농약과 농자재 등을 청구인에게 판매하였다고 하나 이에 대한 구입 증빙자료가 없고, 또한 언제 어떤 농약을 판매 했는지에 대한 구체적인 내용이 없다. (5) 청구인은 쟁점농지에서 수확한 쌀을 매년 친인척들에게 택배로 보내주었다고 주장하면서 친인척들의 주소가 적힌 메모지를 제시하였으나, 제시한 메모지로는 쟁점농지에서 수확한 쌀인지, 언제 보냈는지, 누구에게 어떻게 보냈는지 등 사실여부를 확인할 수 없는 자료이다.

(6) 세무대리인과 OOO(2005년, 2006년 쟁점농지 쌀 직불금수령자)이 대화한 녹취록을 제시하면서 2005년은 OOO이 직접 벼농사를 지었으나 2006년은 직접 짓지 않았다고 주장하나, 2005년과 2006년에 OOO이 쟁점농지에 대한 쌀 직불보조금을 수령한 사실에 대해서는 청구인과 이견이 없고, 쟁점농지에 대한 양도소득세 조사시 쌀 직불보조금을 수령한 OOO에 대한 사실관계를 확인하기 위해 전화통화(2020.6.2.)하여 만남을 요구하였으나, 시간이 없다는 이유로 만남을 회피하여 전화상으로 확인한바 2005년과 2006년에 본인이 직접 벼농사를 지었다고 진술하였음에도, 양도조사시 전화 통화로 확인했던 내용을 녹취록과 확인서에 의해 진술을 번복하고 있으며, 쌀 직불보조금을 수령한 객관적인 사실과 조사시 진술했던 내용을 번복하기 위해서는 2006년 청구인이 직접 자경하였다는 주장을 뒷받침할 수 있는 명백하고 분명한 객관적인 증빙자료를 제시하여야 함에도 불구하고 지극히 주관적인 세무대리인과의 대화 녹취록 및 확인서 외에는 제시하지 못하고 있다.

(7) 조합원 무상비료 지급 확인서 및 창고에 보관중인 농약·농기계·농자재 관련 사진을 제출하였으나, 조합원 무상비료 지급 확인서는 청구인의 소득금액이 OOO원을 초과하는 기간에 매입한 비료구입 증빙이고, 창고에 보관중인 농약·농기계·농자재 관련 사진의 경우 청구인이 양도신고시 제출한 농지원부에 의하면 청구인과 배우자 OOO는 쟁점농지 외에도 아래와 같이 다수의 농지를 보유하고 있으므로, 어느 농지에 사용한 것인지 알 수 없다. <표1> 농지원부 상 소유농지 내역

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 증비서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구인의 사업이력은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인 사업 이력 (나) 청구인과 배우자 OOO의 수입금액 및 소득금액 내역에 의하면, 청구인은 1999년 이후 쟁점농지 양도 당시까지 연간 수입금액이 OOO원(연평균 OOO원)으로 나타나고, 2007년부터 2018년까지 연간 소득금액이 OOO원 이상에 해당하며, OOO는 연간 수입금액이 OOO원(연평균 OOO원)으로 나타난다. (다) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 OOO의 확인서(2020.5.25.)는 쟁점농지 벼농사에 대하여 트랙타 콤바인 1998∼2007년까지 사용하였음에 이를 인정한다는 내용이고, 처분청이 양도소득세 조사시 확인한 OOO의 확인서(2020.6.3.)는 위 확인서의 내용이 사실과 다르며, 자신은 2008년경 OOO를 처음 만나 알게되었고, 2008∼2010년은 자신이 직접 농사를 지은 사실이 있다는 내용이며, 청구인이 이의신청시 제출한 OOO의 확인서(2020.10.21.)는 자신이 쟁점농지를 직접 자경한 사실은 없고, 본인 소유의 농기계로 작업을 해주고 장비사용대가로 현금 또는 쌀을 수취한 사실이 있으며, 처분청 직원에게도 같은 내용으로 진술하였다는 내용이다. (라) 쟁점농지의 쌀농업직불금 조회자료에 의하면 2005∼2006년 쟁점농지의 쌀직불금은 OOO에게 지급된 것으로 확인되고, 처분청이 쟁점농지에 대한 양도소득세 조사시 OOO에게 전화상으로 확인한바 2005년과 2006년에 본인이 직접 벼농사를 지었다고 진술하였다는 의견이나, 청구인이 이의신청시 제출한 OOO의 녹취록에 의하면 OOO은 청구인측 세무대리인 OOO과의 통화에서 2005년은 자신이 경작하였으나 2006년에는 청구인이 직접 농사를 하겠다고 하여 청구인의 의뢰하에 자신이 모심기, 로타리, 논갈기, 탈곡, 도정 등을 해 주었다는 취지로 진술한 것으로 나타나며, OOO은 2021.6.15. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 같은 취지로 의견을 진술하였다. (마) 청구인이 제출한 OOO의 확인서는 주유소 개업을 준비하고 있던 OOO가 쟁점농지에서 당분간 농사를 지을 수 없다는 이야기를 듣고 OOO을 소개해 주었고, 1년 농사를 짓던 OOO이 OOO가 직접 농사를 짓는다고 하여 많이 서운해 하였다는 내용이다. (바) 그 밖에 청구인은 최초등록일이 2009.4.8.인 농업경영체 등록확인서, 가입일자가 2008.8.22.인 조합원증명서, 농지원부, 발행처가 OOO이고 2010년 및 2013년∼2019년 구입내역이 나타나는 농약구입내역서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 자경하였으므로 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나,조세특례제한법제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따라 양도소득세를 감면받기 위해서는 청구인이 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여야 하고 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있고, 위 조항은 자경농민에게 예외적으로 양도소득세를 부과하지 아니하도록 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 엄격하게 적용하여야 하는 것인바, 청구인이 제시한 OOO의 자경사실확인서는 처분청 출장시 이와 다른 취지의 확인서를 작성한 것으로 나타나 신빙성이 부족하고, 농업경영체 등록확인서, 조합원등록증, 농약구입내역서 등은 자경기간에서 제외되는 2007년 이후 기간에 대한 자경 증빙이어서 2005년 이전 기간에 대한 자경사실을 확인할 수 있는 증빙서류에 해당하지 아니하며, 터미널 농약사 임락생과 남산철물 이금태의 확인서는 구매물품의 종류, 수량, 구입시기 등을 구체적으로 확인할 수 없어 자경사실에 대한 증빙서류로 부족해 보이는 등 자경사실을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료가 제시되지 아니하여 입증책임을 다한 것으로 인정되지 아니하는 점, 농지 소유자가 타 직업이 있는 등 영농에만 전념하는 전업농민이 아닌 경우에는 그 직업이 객관적으로 보아 일시적․부수적 활동에 그쳐야 할 것인바, 청구인은 쟁점토지의 보유기간 동안 주유소와 마트 등을 운영한 사업소득자로 확인되어 전적으로 농업에 종사하였다거나, 그 직업이 객관적으로 보아 일시적․부수적 활동에 그쳤다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)