종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제될 재산세액을 계산하고, 그에 따라 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 처분청은 종합부동산세 과세기준일 현재 청구법인이 보유하고 있는 과세물건(종합합산토지 29건, 별도합산토지 85건)에 관하여 공제할 재산세액을 종합부동산세법 시행령(2015.11.3. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3 제2항(이하 “쟁점시행령규정”이라 한다)에 따라 산정하는 등 하여 2020.11.25. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법제14조에서 종합부동산세액에서 공제하는 재산세 상당액은 해당 과세 대상 주택, 토지의 주택, 토지분 재산세로 부과된 세액으로 규정하고 있으며, 이는 납세자가 재산세로 납부하게 된 최종 세액 전액을 공제한다는 뜻을 법문에 분명하게 표시한 것이다. 동일한 과세 물건에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이중과세에 해당하므로 종합부동산세 부과 대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액공제 되어야 한다. 그런데, 청구법인에게 고지된 이 건 종합부동산세(농어촌특별세 포함)는 쟁점시행령규정에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 방법으로 계산되었고, 납부한 재산세 전액을 공제하는 방법을 취하지 않았다. 즉, 처분청은 ‘공제할 재산세액’을 기납부세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만을 공제하도록 함으로써, 기납부한 재산세액이 전액 공제되지 아니하여 이중과세 문제가 발생하므로 청구법인에 대한 이 건 종합부동산세 부과처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 헌법재판소는 “이중과세 그 자체로 위헌이 아니고 헌법의 명문이나 해석상 완벽하게 이중과세를 조정해야 한다는 헌법적 의무도 도출할 수 없다” 고 결정하였는바 OOO, 재산세와 종합부동산세의 이중과세 부분을 명확하게 특정하여 산술적으로 완벽하게 계산하는 것이 불가능하므로 이를 완전히 해소할 수도 없으므로, 이중과세 발생영역에서는 그 조정규정을 둘 것인지 여부 및 이를 어떻게 조정할 것인지에 관하여 입법형성적 재량이 인정된다. 과세물건마다 개별적으로 부과되는 재산세와 달리 과세물건을 모두 합산하여 부과되는 종합부동산세는 그 과세대상 및 누진세율, 공정시장가액비율 등이 서로 달라 이중과세 부분을 정확하게 특정할 수 없기 때문에, 이 건 산식과 같이 안분비율에 의해 공제금액을 산출할 수밖에 없다. 종합부동산세 과세표준에 대하여만 안분비율에 따라 이중부과된 제산세 부분을 조정하는 이 건 쟁점시행령규정은 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적인 조정모형이므로, 종합부동산세법령에서 정한 이중과세의 조정수준은 헌법상 인정되는 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제될 재산세액을 계산하고, 그에 따라 종합부동산세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정된 것) 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ④ 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것) 제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토 지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. (3) 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) [별지 제3호 서식부표(2)]

7. ⑨ 과세표준 표준세율 재산세액: 주택은 [(③ 감면후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)) × 종부세공정시장가액비율 × 재산세공정시장가액비율 × 0.4%], 종합합산토지는 [(③ 감면후 공시가격 - 5억) × 종부세공정시장가액비율 × 재산세공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면후 공시가격 - 80억) × 종부세공정시장가액비율 × 재산세공정시장가액비율 × 0.4%]의 금액을 적습니다. (4) 종합부동산세법 시행령(2015.11.3. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 쟁점시행령규정의 개정 경위는 다음과 같다. (가) 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에, 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. (나) 이에 따라 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 제2항(이하 “당초시행령조항”이라 한다)은 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×별도합산과세대상 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “당초시행령산식”이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다. (다) 2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된지방세법및 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되, 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. (라) 이에 따라 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령(이하 “종전시행령”이라 한다)은 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “종전시행령산식”이라 한다)에 의하도록 변경·규정하였고, 종전시행령산식 중 ‘별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 구체적 계산방법과 관련하여 종전시행규칙 ‘별지 제3호 서식’의 작성방법 부분에서 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식(이하 “종전시행규칙산식”이라 한다)에 따르도록 규정하였다. (마) 대법원은지방세법,종합부동산세법, 종합부동산세법 시행령관련 규정의 개정경위와 취지 등에 비추어 볼 때, 당초시행령산식의 분자에 기재된 ‘별도합산과세대상 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 종전시행령산식의 분자에 기재된 ‘별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다고 전제한 뒤, 종전시행령산식에 따라 공제되는 재산세액은 종전시행규칙산식에 따를 것이 아니라 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 판시OOO하였다. (바) 위 (마) 대법원판결 이후 기획재정부는 2015.11.30. 종전시행령을 개정하여 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×[(별도합산과세대상 토지의 공시가격 합계액-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율]÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “쟁점시행령산식”이라 한다)으로 개정하였다. <표> 종전시행령산식 및 쟁점시행령산식의 비교 종 전 개 정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점시행령규정의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있으므로, 이에 따라 처분청에서 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.