조세심판원 심판청구 종합부동산세

쟁점토지가 실질적으로 국가 소유의 토지로서 종합부동산세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2021-광-2104 선고일 2021.07.07

타인으로부터 업무를 위탁받은 수탁자가 그 업무수행을 위해 수탁자 명의로 자산을 취득하는 경우에 소유권은 대내외적으로 수탁자에게 있는 것이고, 특별한 사정이 없는 한 위탁자에게 수탁자산에 대한 납세의무를 지우기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지가 실질적으로 국가 소유의 토지로서 종합부동산세를 비과세하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」(이하 “농어촌공사법”이라 한다)에 따라 설립된 공법인으로, 농어촌공사법 제35조 규정에 의한 기금수탁관리자의 지위에서 농지관리기금을 투자하여 조성한 매립지(간척농지) 등을 「농어촌정비법」 제14조 에 따라 관리하고 있다.
  • 나. 처분청은 2020.11.26. 청구법인이 보유한 종합합산과세 대상 토지 등에 대하여 2020년 귀속 종합부동산세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 결정․고지OOO하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.19. 심판청구를 제기[청구법인이 농지관리기금으로 조성한 매립지 등 토지 중 청구법인 명의로 등기된 임야 및 잡종지 등 207필지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 종합부동산세 OOO에 대한 감액경정 청구]하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지의 사실상 소유자라 할 수 없으므로, 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세처분은 실질과세의 원칙에 어긋나 위법하고(「국세기본법」 제14조 제1항), 쟁점토지는 실질적으로 국가 소유로 「종합부동산세법」 제12조 제1항 및 「지방세법」 제109조 에 따라 종합부동산세 비과세 대상에 해당한다. (가) 종합부동산세 과세에 있어 실질과세의 원칙이 적용되어야 한다. 「종합부동산세법」 제7조 제1항 에 따른 주택에 대한 종합부동산세의 납부의무자는 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납부의무자이고, 같은 법 제12조 제1항에 따른 토지에 대한 종합부동산세의 납부의무자는 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납부의무자이며, 「지방세법」 제107조 제1항 에서 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자를 재산세의 납부의무자로 규정하고 있다. 위 규정의 사실상 소유자라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다OOO. 이와 같이 「지방세법」 제107조 제1항 본문에서 재산세의 납세의무자를 공부상 소유자 혹은 법률상 소유자가 아닌 사실상 소유자로 규정한 것은 재산에 대한 실질적 담세력이 있는 자를 납세의무자로 규정함으로써 보다 실질과세의 원칙에 충실하기 위하여 사법상의 소유자가 갖는 형식적인 법률상의 외관에 불구하고 당해 재산을 경제적·실질적인 관점에서 관찰하여 이를 사실상 지배하는 자, 즉 경제적 소유자인지의 여부에 따라 재산세의 납세의무자에 해당하는지 여부를 판단하도록 하기 위한 것이다. 「국세기본법」 제14조 제1항 은 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 하여 실질과세의 원칙을 명문으로 규정하고 있고, 여기에서 실질과세의 원칙이 적용되기 위해서는 국세 과세대상이 되는 물건을 취득하는 행위 또는 거래의 명의자 외에 실질적이고 경제적인 지배와 관리능력, 처분능력 등이 사실상 귀속되는 자가 국세 납세의무를 부담하는 것임을 알 수 있다. 한편, 대법원 판결OOO은 “취득세 과세대상이 되는 물건을 취득하는 행위 또는 거래의 명의자외에 그 행위 또는 거래가 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 그 사실상 귀속되는 자가 취득세 납세의무를 부담한다”고 판시한 바 있다. (나) 청구법인은 실질적인 소유권자인 국가OOO로부터 농지관리기금의 관리·처분업무를 위임받은 농지관리기금 수탁관리자라는 제한적 지위에 기하여 청구법인 명의로 쟁점토지에 대한 소유권 이전등기를 형식적으로 하였을 뿐으로, 실질적인 쟁점토지의 소유권자는 국가이며 토지의 공급대가가 모두 국가에 귀속된다. 농지관리기금은 농어촌공사법에 따라 운용·관리되며, 국가OOO가 계획한 기금운용계획 및 자금집행계획에 따라 사용되며, 청구법인은 기금관리주체인 OOO으로부터 농지관리기금의 운용·관리업무 일부를 위탁받은 기금수탁관리자에 지나지 않는다. 농지관리기금이란 농어촌공사법을 근거로 정부가 영농규모의 적정화 등에 필요한 자금을 조달·공급하기 위하여 설립한 기금으로 그 기금의 운용·관리주체는 OOO이고, OOO은 업무 일부를 청구법인에게 위탁하였다. 즉, 농지관리기금의 실질적인 관리·운용 주체는 국가OOO이고, 청구법인은 OOO으로부터 그 관리·운용에 관한 업무의 일부만을 위탁받아 수행하는 기금수탁관리자의 지위에 있을 뿐이다. 따라서, 청구법인은 매립지 등(간척농지) 관리를 위해 매년 시행계획을 수립하여 국가OOO의 승인을 득하고, 보조사업의 성격으로 조성토지 매각관리사업비를 받아 임대·매각 관리 등을 수행하고 있다.

(2) 쟁점토지는 실질적으로 국가OOO 소유의 토지이다. (가) 쟁점토지의 관리·처분권한은 국가OOO가 직접 보유하고 있으며, 매립지 등을 관리·처분하여 발생된 수입금은 모두 국가(농지관리기금)로 귀속되었다. 「농어촌정비법」 제14조 제1항 및 제2항은 농지관리기금을 재원으로 조성된 토지는 농업생산기반시설에 제공되지 아니할 경우 사업시행자가 OOO의 승인을 받아 임대·매각·직접사용·일시사용 중의 하나에 해당하는 방법으로 관리·처분하도록 규정하고 있고, 같은 법 제14조 제4항은 국가가 시행한 농업생산기반 정비사업(농지관리기금이 투입된 사업을 포함한다)으로 조성된 매립지 등을 처분한 경우에는 그 매각 대금을 농지관리기금에 납입하도록 규정하고 있다. (나) 농어촌공사법 시행령 제30조 제4항 에서도 농지관리기금의 지원을 받아 사업을 완료한 사업시행자는 그 사업으로 조성된 토지를 매각 또는 임대하거나 일시 사용하는 경우에는 그 매각대금, 임대료 및 일시사용료를 농지관리기금에 납입하도록 규정하고 있다. 실제로 공사는 매년 「농어촌정비법」 제14조 에 따라 매립지, 간척지 등의 토지에 대해 관리처분계획을 수립하여 OOO의 승인을 득하고, 토지를 관리하며 발생되는 매각대금과 임대료는 농지관리기금에 납입하고 있다.

(3) 만약 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세처분이 유지된다면 그 재원은 결국 농지관리기금으로 부담하여야 하므로 농지관리기금의 손실이 발생하게 된다. 청구법인은 농지관리기금의 운용·관리업무를 위탁받은 수탁관리자로서 쟁점토지의 소유권 명의를 둔 것에 불과하다. 현재 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세처분에 따른 종합부동산세 등도 농지관리기금을 재원으로 납부하게 된다. 실제로 쟁점토지에 부과되는 재산세와 종합부동산세를 납부할 재원을 마련하기 OOO은 2020년 사업시행계획상 운영비 OOO을 반영하였다. 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세처분이 유지된다면 실질적으로는 국가 소유인 토지의 종합부동산세 등을 납부하기 위해 매년 농지관리기금 기금운용계획에 예산을 편성하여 국회의 의결을 받아 집행하는 비효율적인 행정처리가 소요될 뿐이다.

(4) 쟁점토지는 이미 최근 대법원 판결을 통해 실질적으로 국가 소유의 토지라고 인정된 바 있다. (가) 군산시는 2018.8.10. 청구법인OOO이 국가OOO로부터 위탁받아 관리하는 OOO에 대해 등기명의자인 청구법인을 실질적인 소유자로 보고 2015∼2017년도 재산세 OOO을 부과하였으나, 대법원은 2020.11.5. OOO의 실질적인 소유자를 국가로 보고 청구법인 승소로 판결OOO한 바 있다. (나) 위 소송 1심 판결에서는 청구법인이 OOO의 실질적 처리권한을 갖고 있다고 판단하여 패소하였으나, 2심 판결에서는 ① OOO를 사용·수익·처분하기 위해서는 반드시 대한민국의 승인을 받아야 한다는 점, ② 청구법인이 OOO를 임의로 처분한 사례가 없는 점, ③ OOO 관광레저용지 개발사업의 경우에도 청구법인은 대한민국으로부터 관리·처분계획을 승인받고 대한민국과 함께 계약당사자가 되어 계약을 체결하였으며, 납부자로부터 계약금 전액을 받아 국고에 입금하였다는 점, ④ 대한민국이 OOO를 청구법인 명의로 한 것은 자신의 감독·승인 하에서 제한적으로 OOO를 효율적으로 관리·이용하기 위함이었다고 봄이 상당하다는 등의 사유로 청구법인 승소 판결하였으며, 대법원에서 최종 확정되었다. 위 판결 이후 OOO에서 부과한 2015∼2017년도 재산세와 이에 근거한 종합부동산세가 환급되었으며, 2020년도 재산세 또한 환급되고 종합부동산세는 부과되지 않았다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지의 종합부동산세 납세의무자에 해당한다. (가) 「종합부동산세법」 제12조 제1항 에서 종합부동산세 납세의무자를 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 종합합산과세대상인 토지의 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액이 OOO을 초과하는 자로, 별도합산과세대상인 토지의 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액이 OOO을 초과하는 자로 규정하고 있고, 관할 지방자치단체에서 쟁점토지를 종합합산과세 및 별도합산과세 대상 토지로 보아 청구법인에게 재산세를 과세하였다. (나) 처분청은 이에 근거하여 청구법인에게 종합부동산세를 과세한 것으로 지방자치단체에서 쟁점토지에 대한 재산세 부과를 취소하지 않는 이상 처분청이 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무자 여부를 판단하지 아니하고 종합부동산세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점토지는 종합합산과세 및 별도합산과세 대상 토지로서 청구법인이 주장하는 비과세 내지 분리과세 대상 토지가 아니다. (가) 「종합부동산세법」 제11조 에 따라 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제182조 제1항 제1호 의 규정에 의한 종합합산과세 대상과 같은 법 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세 대상으로 구분하고, 종합부동산세 과세대상 토지의 분류는 「지방세법」에 따른다. (나) 쟁점토지가 비과세 내지 분리과세 대상 토지인지 여부는 재산세를 부과하는 과세관청을 상대로 다투어야 할 사항이므로 OOO의 통보내용에 따라 처분청이 청구법인에게 이 건 종합부동산세와 농어촌특별세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지가 실질적으로 국가 소유의 토지로서 종합부동산세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 국가OOO로부터 농지관리기금의 관리·처분업무를 위임받은 농지관리기금 수탁관리자로서, 청구법인 명의로 쟁점토지에 대한 소유권 이전등기를 형식적으로 하였을 뿐인바, 실질적인 쟁점토지의 소유권자는 국가라고 주장하며, 농림축산식품부와 주고받은 “2020년도 조성토지관리처분사업 시행계획 승인 신청OOO”, “2020년도 조성토지관리처분사업 시행계획 승인 통보OOO”, “2020년도 매립지등 관리․처분계획 제출OOO”, “2020년도 매립지등의 관리․처분계획 승인OOO”, “2020년 12월분 조성토지 매각대금 등 수납금 농지관리기금 납입OOO” 공문 등을 제출하였다.

(2) OOO 관련 사업경과는 다음과 같다. (가) 대한민국은 1991.8.13. OOO를 축조하고 방조제 내부를 매립하여 간척 토지 OOO와 OOO를 조성하기로 하는 내용의 OOO 시행계획을 확정하고, 사업시행자로 OOO을, 위탁사업시행자로 청구법인을 지정하였는데, OOO의 1991.8.13.자 공문에 따르면 위탁업무의 범위는 OOO의 조사설계, 공사발주에 관한 사항, 공사감리 등 농식품부가 정하는 공사시행에 관련되는 업무에 한정한다고 되어 있다. (나) OOO이 진행되던 중, 2007.12.27. OOO이 제정되어 당초 100% 농업용지로 개발될 예정이었던 OOO를 농업용지, 산업용지 및 관광용지 등 용도별로 종합개발하는 것으로 계획이 변경되었고, 2011.3.16. 확정된 OOO에 따라 OOO 구간 중 일부 구간의 용도가 ‘관광․레저용지’ 또는 ‘기타용지’로 전환되었다. (다) 2010년경 OOO 중 일부 공사가 완료되었고, 대한민국은 방조제 등의 등록 및 유지관리, 선착장과 해경초소의 이관 등을 위하여 분할준공인가가 필요하다고 판단하여 행정구역이 결정된 OOO 및 그 주변 외곽시설을 분할하여 준공처리하고 그에 관하여 지목 등록 및 등기를 하는 것을 추진하게 되었는데, 해당 토지와 시설을 모두 대한민국 소유로 등기․소유하여 국유화할 경우 장기임대를 통한 민간자본유치가 어려워질 수 있고 지방자치단체가 국유재산을 관리하게 되면 토지 및 시설의 임의처분이 이루어질 가능성이 있다는 문제가 제기되었다. (라) 이에 따라 대한민국OOO은 2011.5.6. OOO 방조제 구간에 대하여 아래의 조건을 부여하여 분할준공인가를 하였고, 2011.6.10. OOO가 포함된 OOO에 관하여 원시취득자인 대한민국 명의로 소유권보존등기가 경료된 후 같은 날 OOO에 관하여 2011.5.6.자 양여를 원인으로 한 청구법인 명의의 소유권이전등기가 이루어졌다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 타인으로부터 업무를 위탁받은 수탁자가 그 업무수행을 위해 수 탁자 명의로 자산을 취득하는 경우에 수탁자산의 소유권은 대내외적으로 수탁자에게 있는 것이고, 특별한 사정이 없는 한 이러한 경우에까지 실질과세원칙을 적용하여 대내외적으로 수탁자를 소유자로 하여 형성된 법률관계를 부인하고 위탁자에게 수탁자산에 대한 납세의무를 지우기는 어려운 점, 청구법인 명의로 등기된 OOO를 사실상 국가 소유로 보아 그에 대한 재산세 및 종합부동산세가 면제된 사례가 있으나, OOO의 경우 사업시행자인 국가(청구법인이 위탁사업시행자)가 전액 국고로 조성하여 대한민국 명의로 보존등기한 후 청구법인에게 양여되었고, OOO 등 사업시행을 위한 특별법이 제정되었으며, 당초 해당토지를 국유지로 등기할 것을 검토하다 민간자본유치의 어려움과 지방자치단체에 의한 국유재산 관리의 문제를 이유로 청구법인 명의로 등기되었는바, 위 사례를 일반화하여 수탁자 명의로 등기된 모든 재산에 대해 위탁자를 납세의무자로 보기는 어려운 점, 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로서 관할 지방자치단체가 쟁점토지에 대해 청구법인에게 재산세를 부과하였고, 청구법인은 이에 대하여 불복청구를 제기한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점토지가 실질적으로 국가 소유의 토지로서 종합부동산세를 비과세하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)