특수관계인이 이사 현원의 5분의1을 초과하고, 공익법인의 전용계좌 개설 및 사용의무를 위반해 증여세,가산세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2013.8.23. 지역인재 발굴을 위한 장학금 지급을 목적으로 설립된 재단법인(장학재단)으로 2015.8.24. 기획재정부장관으로부터 성실공익법인으로 확인받았고, 상속세 및 증여세법 시행령제13조 제5항 규정에 따라 2020.5.29. 성실공익법인 요건 충족 여부 재확인(확인기간: 2015～2019사업연도)을 신청하였다.
• 나. 광주지방국세청장은 청구법인이 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제16조 제2항 및 같은 법 시행령 제13조 제3항의 규정에 따른 성실공익법인의 요건을 충족하고 있는지를 검토한바, 청구법인이 ① 2013.8.23. 설립 당시부터 출연자 또는 그의 특수관계인이 청구법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하였고, ② 공익법인의 전용계좌 개설 및 사용 의무를 위반하여 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2020.12.2. 청구법인에게 증여세 OOO원을 각각 결정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) (이사선임 제한 요건) 청구법인은 성실공익법인 요건 중 이사 현원 요건(출연자 또는 그의 특수관계인이 청구법인 이사 현원의 5분의 1 이하)을 1명 초과하였으나, 요건 미비가 매우 경미하고 참작할 점도 많고 그로 인하여 별다른 부작용이나 폐해도 없으며, 출연자 장△△와 특수관계에 있는 전○○ 이사는 장△△가 지배하고 있는 회사에 법인등기부상 이름만 등재된 형식적인 이사에 불과하다. 또한, 주무관청도 2015년 청구법인을 성실공익법인으로 승인하였던 것을 5년 후에 사소한 요건미비 사실을 지적하며 7년분을 소급하여 OOO원 상당의 증여세 및 가산세를 부과하였는바, 기본권 제한은 필요 최소한에 그쳐야 한다는 헌법상의 과잉 금지 원칙 및 비례의 원칙에 크게 위반되어 위법하므로 이 건 증여세와 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 2013.8.23. 장학재단으로 설립시 이사 및 감사를 회계사, 변호사, 대학교수, 사업가, 변리사 등 여러 분야의 전문가로 다양하게 구성하였고, 이 과정에서 청구법인에 주식을 출연한 AAA㈜(이하 “AAA”라 한다)의 공동 대표이사인 AAA, BBB은 자연스럽게 청구법인 이사로 등재되었으며, AAA 이사인 CCC은 변리사로서 10명의 이사 중 특허분야의 전문가로서 구색을 맞추기 위해 청구법인의 이사로 등재되었다. (나) 장학재단인 청구법인은 전담 직원이 없이 청구법인에 주식을 출연한 ㈜BBB 직원 1, 2명이 필요할 때 행정업무를 도와주는 수준으로 직원들은 전문가가 아니어서 성실공익법인의 이사선임 제한 요건을 잘 몰랐고, 이를 알았다면 CCC이 저명인사라거나 청구법인에 필요한 사람도 아닌데 CCC을 청구법인 이사로 선임할 이유가 없었으며, 설사 요건을 알았다 할지라도 CCC 이사는 비상근 무보수로 AAA 이사에 취임(2002년)한 지가 오래되었고 사임과 취임이 반복된 형식상 이사로서 AAA 이사회에서도 역할을 하지 아니하여 AAA의 이사로 등재된 사실을 망각하고, CCC을 청구법인 이사로 신고하게 된 것이므로 충분히 참작할 만한 사정이 있다고 할 것이다. 이와 같이 청구법인 설립시부터 이사 10명 중 출연자인 AAA와 그와 특수관계에 있는 BBB, CCC이 함께 이사로 신고되어 이사 현원 요건(10 × 1/5 = 2명)을 1명 초과하게 되었으나, CCC 이사는 이러한 사실을 인지한 후 2020.7.3. 즉시 청구법인의 이사를 사임하였다. (다) 구체적으로, OOO에 소재한 AAA는 이사가 3, 4명에 불과한 비상장회사로 회사의 중요 안건은 공동 대표이사인 AAA, BBB이 결정하였고, OOO에 소재한 특허법인 EEE(2012.2월∼현재)의 구성원 변리사인 CCC은 AAA에서 직접 근무한 적이 없고 보수를 받은 적도 없으며, 2014년부터 2020년 사이에 개최된 17회의 이사회 중 단 1회도 참석하지 않을 정도로 회사 주요사항을 결정하는데 전혀 관여한바 없는 법인등기부상 이름만 등재된 너무나 형식적인 이사에 불과하다. (라) 공익법인 이사 중 출연자 및 그의 특수관계인을 1/5 이하로 규정한 취지는 공익법인에 대한 출연자 등의 사적 지배, 특히 타 법인의 예속을 방지하기 위하여 출연자 및 그 특수관계인으로 하여금 공익법인의 의사결정 권한이 있는 이사 취임 및 고용을 제한하고자 하는 규정인바, 청구법인 이사는 10명이나 되고 다양한 분야의 저명한 전문가들로 구성되어 있어 OOO에서 근무하는 변리사인 CCC 이사는 청구법인에 아무런 영향력을 행사할 수 없는 위치에 있었고 청구법인 이사회에도 절반가량 불참하였으며, 그 외 AAA, BBB 이사도 청구법인의 의사결정시 영향력을 행사할 수 없어 AAA, BBB, CCC 3인이 이사로 등재된 것은 청구법인에 대한 사적 지배 등과는 전혀 관계가 없으므로, 청구법인의 사소한 잘못으로 인한 사소한 절차 위반을 이유로 성실하게 장학 사업을 잘 해온 청구법인에게 거액의 세금을 부과한 것은 위법하다. (마) 청구법인이 성실공익법인의 이사선임 제한 요건을 간과한 잘못은 있으나, 2015년 주무관청에서 청구법인의 성실공익법인 승인 시에 아무런 지적 없이 승인을 해주었기 때문에 청구법인은 요건이 충족된 것으로 알고 특수관계인 초과 여부에 대하여 주의를 기울이지 못하였던바, 감독관청의 확인과 안내가 미비하고 소홀했던 점도 있다. (바) 청구법인은 성실공익법인의 8가지 요건 중 6개 요건을 철저하게 준수하고 있고 이사선임 제한 요건 및 전용계좌 요건을 위반하였으나 위반한 정도가 미미하고 경위나 내용에 참작할 점도 많은데, 청구법인에 OOO원에 달하는 과도한 세금을 부과하게 된다면 청구법인의 존립이 어려워져 7년간 OOO원에 가까운 장학금을 지급한 건전한 재단의 장학사업이 중단될 위기에 처하게 되는바, 어려운 지역 여건과 상황에서 한 개의 재단이라도 장학 사업을 운영해 나갈 수 있도록 도와주고 권장하는 것이 바람직하다 할 것이며, 이 건 과세는 헌법상의 과잉금지 원칙과 비례 원칙에 위배되고, 세법을 해석ㆍ적용할 때 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 세법해석의 기준 및 신의성실의 원칙에도 위배된다. (사) 최근 CCC의 공익법인인 수당재단에 대하여 재단 이사 6명 중 2명이 출연자와 특수관계인이라는 이유로 성실공익법인에 해당하지 않는다 하여 증여세 OOO원이 부과된 심판청구사건에서, △△재단이 이사 선임 요건을 위반한 것은 직원의 단순 실수였던 것으로 밝혀져 조세심판원이 증여세 부과처분 취소결정을 한 사실도 있다.

(2) (전용계좌 요건) 성실공익법인 요건 중 전용계좌 개설 및 사용 요건에 전용계좌 신고까지 포함되는지 여부에 대한 해석에는 다툼의 소지가 있고 전용계좌 개설 및 사용의무에 대하여 일반인은 알기가 매우 어려우며, 청구법인의 업무를 처리한 직원도 다른 회사에 근무하면서 청구법인 업무를 도와준 상황이라 공익법인에 대한 지식이나 경험이 없어 전용계좌의 개설, 사용 및 신고의무 등에 대하여 알지 못하였는바, 청구법인이 일부 계좌를 전용계좌로 신고하지 않고 사용한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이와 관련된 과세처분은 부당하다. (가) 청구법인은 2013.8.23. 설립 이후 2013.9.17. 청구법인의 수익금 및 지출금 입출금용으로 사용하는 OOO은행 보통예금 계좌 OOO(이하 “제1계좌”라고 한다)를 개설하여 사용하던 중 2020.7.15. 제1계좌를 전용계좌로 등록하였고, 2014.1.22. 기부금 입출금용으로 사용하는 OOO은행 보통예금 계좌 OOO(이하 “제2계좌”라고 한다)를 개설하여 사용하면서 2015.4.9. 전용계좌로 등록하였으며, 2015.11월경 청구법인의 기본재산인 설립시 출연받은 주식 중 DDD㈜ 주식을 매도하여 매도대금을 청구법인의 기본재산으로 출연하면서, 이를 정기예금으로 보유하기 위해 2015.11월 OOO은행 정기예금 계좌 OOO(이하 “제3계좌”라고 한다)를 개설하여 사용하고 2020.7.15. 이를 전용계좌로 등록하였다. (나) 청구법인은 전담 직원이 없어 ㈜BBB에 근무하는 직원이 행정업무를 도와주는 상황이어서 성실공익법인에 대한 지식이나 경험이 전혀 없었고, 2015년 성실공익법인 신청 시 청구법인이 사용하던 전용계좌는 기부금 입출금용 통장(제2계좌) 및 수익금 및 지출금 입출금용 통장(제1계좌)인데, 당시 기부금 관리통장을 전용계좌로 관할 세무서에 등록해야 한다는 은행 직원의 잘못된 조언과 설명으로 기부금 입출금용 통장 외에 공익법인의 모든 수입ㆍ지출과 관련된 금융계좌에 대하여 전용계좌를 개설하여 사용하고, 특히 관할세무서에 신고까지 해야 하는 의무를 알지 못하여 제1계좌 및 추후 개설한 제3계좌를 전용계좌로 신고하지 못하였다. (다) 그러나 제1계좌는 사용액이 매우 미미하고 투명하게 사용하였고, 제2계좌도 기부금 관리통장으로 장학금 지급사업에만 사용하다 2016.6월 이후 사용하지 않았으며, 제3계좌는 청구법인의 기본재산에 대한 정기예금 계좌로서 입출금이 전혀 없고 만기시 1년마다 재예치하는 등 조세회피 목적이 전혀 없이 투명하게 사용하였으므로, 청구법인이 상기 3개 계좌를 전용계좌로 신고하지 아니하고 사용할 이유가 전혀 없었고, 처분청으로부터 전용계좌 개설 및 사용의무 불이행에 대한 지적을 받은 후 즉시 제1계좌, 제3계좌도 전용계좌로 등록하여 사용하고 있다. 또한, 주무관청도 2015년 성실공익법인 승인 시에 모든 계좌를 전용계좌로 등록하여 사용하라고 안내하였다면 청구법인은 모든 계좌를 전용계좌로 등록하고 사용하였을 것인 점 등을 종합하면, 청구법인이 3개 계좌를 늦게 신고(제2계좌)하거나 전용계좌로 등록하지 않고 사용(제1계좌 및 제3계좌)한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이와 관련된 과세처분은 부당하다.

(3) 청구법인에는 전담 직원이 없고 도와주는 직원도 전문가가 아니며 지식과 경험이 부족하여 성실공익법인의 이사선임 제한 요건을 숙지하지 못하고 AAA, BBB, CCC 3인을 청구법인의 이사로 신고한 점, CCC 이사의 AAA에서의 사임과 취임의 반복 및 미미한 역할 등에 따라 CCC이 AAA 이사인 사실을 망각하고 청구법인 이사로 등재한 점, CCC 이사는 서울에서 활동하는 변리사로 청구법인의 이사가 10인이나 되어 청구법인 이사회에 전혀 영향력을 행사할 수 없는 점, 특수관계인 1명이 초과되었다고 하여 청구법인이나 다른 사람에게 아무런 피해가 발생하지 않은 점, 성실공익법인 요건 중 전용계좌 개설 및 사용 요건에 전용계좌 신고의무까지 포함되는지 여부에 대한 해석에는 다툼의 소지가 있고, 다른 회사에 근무하면서 청구법인의 행정업무를 도와주는 직원으로서는 전용계좌의 개설, 사용 및 신고와 관련한 의무에 대하여 알기 어려웠던 점, 2015년 주무관청도 청구법인의 성실공익법인 요건을 검토하여 성실공익법인으로 승인하였던 점, 청구법인은 설립 후 7년간 장학사업을 잘 수행해 오고 있는데 2015년 성실공익법인 승인 후 5년 뒤인 2020년 갑자기 성실공익법인 요건 미비라고 하여 이전 7년분을 소급하여 과세한 점 등을 종합하면 청구법인이 성실공익법인의 이사선임 제한 요건 및 전용계좌 개설 및 사용요건을 갖추지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 2013년 귀속분 증여세에 대한 신고․납부불성실가산세 및 2013년부터 2019년까지 주식초과보유가산세, 전용계좌미신고 가산세를 부과한 것은 적법하지 않다.

• 나. 처분청 의견

(1) (이사선임 제한 요건) 청구법인은 상증법령상 성실공익법인 요건 중 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하는 것을 금지하는 요건을 위배하여 성실공익법인에 해당하지 않으므로 이에 따른 증여세 등 과세처분은 적법하다. (가) 상증법 제16조 제2항, 제48조 제1항 및 같은 법 시행령 제13조 제3항 등에 따르면 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5%를 초과하여 주식을 출연받은 경우 그 초과하는 가액에 대하여는 증여세를 부과하되, 상증법령상 8가지 요건을 모두 갖춘 성실공익법인에 대해서는 발행주식의 10%까지 출연받거나 취득하여도 증여세를 부과하지 않고 있다. 또한, 상증법 제48조 제9항에 따르면 공익법인이 보유한 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 공익법인 총재산가액의 30%를 초과하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 초과하여 보유하는 주식 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하지만, 성실공익법인은 주식초과보유가산세 대상에서 제외하고 있다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조)으로, 성실공익법인은 일반공익법인에 비해 혜택이 크므로 법령상 8가지 요건을 모두 갖추어야 하지만 청구법인은 AAA 발행주식총수의 10%를 출연 받고 총 재산가액 약 OOO원 중 특수관계에 있는 내국법인 주식이 OOO원에 달함(2013ㆍ2014사업연도)에도, 공익법인의 출연자와 그 특수관계인의 공익법인 이사 현원 5분의 1 초과 금지 요건 및 전용계좌 개설 및 사용 요건 2가지 요건을 위배하였는바 이에 대한 증여세 등 과세처분은 적법하다. (나) 기획재정부는 2012년 상증법 개정과정에서 성실공익법인 자격요건을 강화하고(계열기업 홍보금지, 출연자에 대한 출연재산 사용수익 금지 등), 요건을 충족하면 주무관청의 추천을 받아 기획재정부가 지정하여 관보에 게재하고 매 5년마다 재지정하며 지정요건 위반 등 성실공익법인에 부적합한 경우에는 지정을 취소하고 증여세를 부과하는 ‘성실공익법인 지정제도’를 도입하려 하였으나, 법령 개정과정에서 여러 사정을 고려하여 성실공익법인 ‘지정제도’ 대신 ‘확인제도’를 도입하고 취소제도 및 증여세 부과규정은 포함시키지 않았다. 이와 같이 성실공익법인 확인규정은 성실공익법인의 공익성과 투명성을 확보하기 위하여 성실공익법인 요건 8가지 충족여부에 대한 관리감독을 강화하려는데 그 취지가 있을 뿐, 성실공익법인 요건을 추가로 창설하는 규정이 아닌 행정절차 규정에 해당하고 사실상 성실공익법인 확인 미이행에 따른 별도의 제재규정이 없으므로 성실공익법인 확인절차 없이도 법령상 8가지 요건만 충족하면 해당 사업연도는 성실공익법인에 해당하는 것이고, 반대로 주무관청에서 성실공익법인으로 승인하였다 할지라도 법령상 요건미비가 확인되면 성실공익법인에 해당하지 않는 것이다. (다) 청구법인은 CCC 이사가 AAA의 형식적 이사에 불과하다고 주장하나, 2020년말 기준으로 CCC 이사는 AAA 20여년의 법인 존속기간 중 18년 8개월여 동안 AAA의상법상 적법한 등기이사로서 등재되어 있었고, 이에 따라 CCC 이사는 언제든지 이사회에 참석할 수 있고 설령 이사회에 참석하지 않았다 할지라도 의사결정에 참여할 수 있어 AAA의 형식적 이사라는 청구인 주장은 이유 없다. 또한, 청구법인은 2014년 이후 AAA의 이사회 의사록을 제출하며 CCC 이사가 한번도 참석한 사실이 없다고 주장하나, 2013년 이전의 이사회 의사록 내용은 확인되지 않고, 제출된 이사회 의사록 내용을 살펴보면 이사가 해외체류 중 이사회에 참석하고 기명ㆍ날인한 사실도 있고 이사회 안건이 의결되기도 전에 배당금을 지급한 사실도 있는 등 제출된 이사회 의사록을 객관적 증빙으로 인정하기 어렵다. (라) 조세심판원에서 △△재단의 심판청구 사건에 대하여 인용결정하기는 하였으나, △△재단의 경우 쟁점대상이 된 이사가 재단에 근무한 기간은 4개월에 불과하고, 이는 재단직원이 동 이사의 계열회사 퇴직일을 착각하여 이사선임 요건에 위배되지 않는 것으로 잘못 알고 재단이사로 선임하였다가 이후 잘못을 발견하고 4개월만에 이사직에서 해임한 건으로, CCC의 경우 약 9년 11개월 동안 청구법인의 사내이사로 재직하면서 재단의 운영계획, 장학생 선발, 이사 선임, 출연재산의 처분 등 주요의사결정에 참여한 것으로 나타나는바, △△재단의 경우와 비교하기 어렵다.

(2) (전용계좌 요건) 청구법인은 상증법령상 성실공익법인 요건 중 전용계좌의 개설, 사용 및 신고요건을 위배하여 성실공익법인에 해당하지 않으므로 이에 따른 증여세 등 과세처분은 적법하다. (가) 2020.10월 감사원이 국세청을 대상으로 실시한 ‘공익법인 관리 및 과세실태’ 감사에서 감사원은 청구법인이 공익법인에 해당하게 된 2013.8.23.부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 관할세무서에 신고하여야 하나, 2015.4월, 2020.7월에 지연 신고하여 성실공익법인에 해당하지 아니하므로 주식 5% 초과 출연에 대한 증여세, 주식초과보유가산세, 전용계좌 미신고 가산세를 부과하도록 국세청에 통보하였다. (나) 상증법 제16조 제2항에서 성실공익법인의 요건으로 규정한 상증법 ‘제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용’에 전용계좌 신고여부까지 포함되는지 여부와 관련하여 기획재정부 질의회신(재산세제과-234, 2020.3.6.) 내용 및 법제처의 유권해석(안건번호 20-359, 2020.9.28.) 내용에 따르면, 성실공익법인의 요건으로서 상증법 ‘제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용’을 규정한 것은 상증법 제50조의2 규정 전체를 인용하기 위해 조문 제목을 그대로 표시한 것으로 ‘전용계좌의 신고’는 성실공익법인의 요건에 해당한다.

(3) 증여는 부과과세방식의 조세임에도 상증법은 납세자에게 신고 및 납부의무를 부여하고 있고 이를 해태할 경우 가산세를 부과하며, 이와 마찬가지로 성실공익법인에 해당하지 않는 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식 5%를 초과 보유하는 경우 해당 공익법인은 증여세 납부의무자로서 그 초과분에 대한 증여세 신고․납부의무가 있고, 이를 해태한 경우 이에 대한 신고․납부불성실가산세를 부과하는 것이므로 청구법인이 AAA 주식 5%를 초과 보유하는 부분에 대한 증여세 부과에 대하여 신고․납부불성실가산세를 부과한 처분은 적법하다. 성실공익법인 확인규정은 성실공익법인의 공익성과 투명성을 확보하기 위한 8가지 요건의 충족여부에 대해 관리감독을 강화하려는 데 그 취지가 있을 뿐, 성실공익법인 요건을 추가로 창설하는 규정이 아닌 행정절차 규정에 해당하고 사실상 성실공익법인 확인 미이행에 따른 별도의 제재규정도 없으므로, 청구법인이 2015년 기획재정부로부터 2013ㆍ2014년 성실공익법인 요건을 충족한 것으로 회신받았으나, 이를 근거로 신고ㆍ납부불성실가산세, 주식초과보유가산세 및 전용계좌 미신고 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점

① 청구법인의 출연자 또는 그의 특수관계인이 청구법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하였고, 공익법인의 전용계좌 개설 및 사용의무를 위반하여 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 증여세 및 가산세를 과세한 처분의 당부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조제1항제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

(3) 상속세 및 증여세법 제16조(공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입) ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 또는 그 밖의 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다) 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항을 적용할 때 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조제4항ㆍ제7항에서 “주식등”이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제63조제3항에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 5[제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등(공익법인등이 설립된 날부터 3개월 이내에 주식등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인등이 되는 경우를 포함한다)이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 매각[주식등의 출연자 또는 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 “특수관계인”이라 한다)에게 매각하는 경우는 제외한다]하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 “특수관계인”이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30(제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑪ 공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우 제50조의2(공익법인등의 전용계좌 개설·사용 의무) ① 공익법인등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 “전용계좌”라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융회사등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우

2. 기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

3. 인건비, 임차료를 지급하는 경우

4. 기부금, 장학금, 연구비 등 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.

5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우

③ 공익법인등은 최초로 공익법인등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 공익법인등은 전용계좌를 변경하거나 추가로 개설하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다.

⑤ 공익법인등의 전용계좌 개설ㆍ신고ㆍ변경ㆍ추가 및 그 신고방법, 전용계좌를 사용하여야 하는 범위 및 명세서 작성 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제78조(가산세 등) ⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

⑩ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호의 구분에 따른 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

1. 제50조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우: 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5

2. 제50조의2제3항에 따른 전용계좌의 개설ㆍ신고를 하지 아니한 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 가. 개설ㆍ신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의 5
• 나. 제50조의2제1항 각 호에 따른 거래금액을 합친 금액의 1천분의 5 (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1. 국세기본법 시행령 제1조의2제1항제1호 부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자(이하 “친족”이라 한다) 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족과 그 배우자

2. 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 본인의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

• 가. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 본인과 제1호에 해당하는 관계에 있는 자가 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업[해당 기업의 임원(법인세법 시행령 제20조제1항제4호 에 따른 임원과 퇴직 후 5년이 지나지 아니한 그 임원이었던 사람을 말한다. 이하 같다)을 포함한다]

② 제1항제2호에서 “사용인”이란 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 자를 말한다. 제13조(공익법인등 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것

3. 법 제48조제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것

4. 법 제48조제10항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 아니할 것

⑤ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 “성실공익법인등”이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인 받아야 한다. 이 경우 기획재정부장관은 관련 사실을 확인하여 성실공익법인등에 해당하는지 여부를 해당 공익법인등과 주무관청에 통보하여야 한다. 제38조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리) ⑫법 제48조 제9항 본문 및 제10항 본문에서 “특수관계에 있는 내국법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 해당 기업(해당 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(해당 기업의 임원을 포함한다)과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 또는 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자

• 가. 기업집단 소속의 다른 기업
• 나. 기업집단을 사실상 지배하는 자
• 다. 나목의 자와 제12조의2제1항제1호의 관계에 있는 자

2. 제1호 각 목 외의 부분에 따른 소속 기업 또는 같은 호 가목에 따른 기업의 임원이 이사장인 비영리법인

3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인 제43조의2(공익법인등의 전용계좌의 개설·사용의무) ⑩ 공익법인등은 법 제50조의2 제3항에 따라 해당 기간에 기획재정부령으로 정하는 전용계좌개설(변경ㆍ추가)신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 전용계좌를 변경ㆍ추가하는 때에는 사유 발생일부터 1개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013.8.23. 장학사업을 목적으로 설립된 재단법인으로, AAA 외 8인이 AAA 주식 OOO주, ㈜BBB 주식 OOO주, ㈜DDD 주식 OOO주를 출연하여 설립하였다.

(2) 2013년∼2019년 기간 동안 청구법인의 법인등기부상 이사 현황은 아래와 같다.

(3) AAA의 주주 및 이사 현황은 아래와 같다.

(4) 청구인이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) “2015년 상반기 성실공익법인 확인 결과 통보”(기획재정부 재산세제과-549, 2015.8.24.) 공문서에 의하면, 기획재정부는 OOO교육감에게 2015년 상반기 성실공익법인 확인 결과 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하고 있다고 통보한 것으로 나타난다. (나) 특허법인 FF와 특허법인 EEE의 법인등기부상 CCC은 특허법인의 구성원으로 특허법인 FF에서는 2010.9.29. 취임하여 2012.3.31. 사임한 것으로 나타나고, 특허법인 EEE에서는 2012.2.28. 입사하여 계속 근무중인 것으로 나타난다.

(5) 처분청이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인 이사회의사록상 CCC, BBB, AAA의 출석 현황은 아래과 같다. (나) 청구법인의 전용계좌 개설 및 신고내용은 아래와 같다.

(6) 항변ㆍ추가답변 과정에서 청구법인은 CCC 이사가 2014.2월∼2020.2월 개최된 AAA의 17회의 이사회에 단 1차례도 참석하지 아니하는 등 AAA 법인등기부상 이름만 등재된 형식적인 이사에 불과하다고 주장하며 이사회의사록 등을 제출하였고, 처분청에서는 제출된 이사회 의사록을 객관적 증빙으로 보기 어렵다는 의견이다. (가) 처분청은 청구법인이 제출한 이사회 의사록 내용을 살펴보면 등기이사가 해외체류 중 이사회에 참석하고 기명ㆍ날인한 사실, 이사회 안건이 의결되기 전 배당금이 지급된 사실이 있는 등 객관적인 증빙으로 보기 어렵다는 의견이다. (나) 청구법인은 처분청이 주장한 내용에 대하여 아래와 같이 소명하였다.

(7) 성실공익법인의 요건 중 “전용계좌 개설 및 사용”과 관련한 감사원의 공익법인 관리 및 과세실태 감사보고서상 기재내용, 법제처 유권해석(안건번호 20-359, 2020.9.28.) 및 기획재정부 질의회신(재산세제과-234, 2020.3.6.)의 주요내용은 다음과 같다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 상증법 제16조 제2항에서 “성실공익법인등”이란 법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성·비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말하는 것으로서, 같은 법 시행령 제13조 제3항에서 그 요건을 규정하면서 그 제2호에서 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것을 규정하고 있는데, AAA는 청구법인 설립시 출연자이고 BBB과 CCC은 출연자 AAA가 출자에 의하여 지배하고 있는 AAA의 임원으로서 AAA와 특수관계에 있다 할 것이며, AAA, BBB, CCC 3인이 청구법인의 이사로 등재되어 있으므로 청구법인은 위 상증법 시행령 제13조 제3항 제2호의 요건을 충족하지 못하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 CCC이 AAA 법인등기부상 이름만 등재된 형식적인 이사에 불과하다고 주장하나, CCC은 AAA 법인 설립일인 1999.12.14. 사내이사로 취임하고 이후 취임 및 퇴임을 반복하였으나 2010.3.31. AAA의 사내이사로 다시 취임한 후 2020.7.3.까지 이사직을 유지하였는바, 단순히 이사회에 출석한 사실이 없다거나 보수를 지급받지 아니하였다고 하여 CCC을 AAA의 이사가 아니라고 보기는 어려운 점, 상증법 제50조의2 제1항은 공익법인 등의 전용계좌 사용의무를, 같은 조 제3항은 전용계좌의 개설 및 신고의무를 규정하고 있고, 상증법 제16조 제2항에서 성실공익법인의 요건 중 하나로 “제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용”을 규정하고 있는바, 상증세법 제16조 제2항의 “제50조의2에 따른”의 조문은 제50조의2 규정 전체를 준용하는 것으로 봄이 타당하고, 제50조의2 제3항은 “전용계좌의 개설 및 신고의무”를 규정하고 있으므로 성실공익법인의 요건에 “전용계좌의 신고”도 포함되는 것으로 보이는 점, 법제처에서도 “최초로 공익법인에 해당하게 된 날로부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 관할 세무서장에게 신고해야 하고, 전용계좌를 변경, 추가개설하는 경우에도 신고하도록 하고 있는바, 전용계좌 사용의무는 전용계좌를 신고하는 것까지 포함되는 것”으로 해석[법제처 유권해석(안건번호 20-359, 2020.9.28.)]한 점, 공익법인이 사업연도 전체에 걸쳐 상증세법 제50조의2에 따른 전용계좌를 사용하고, 해당 사업연도 종료일 이전에 해당 계좌를 과세관청에 신고한 경우 성실공익법인의 요건을 충족하는 것[기획재정부 질의회신(재산세제과-234, 2020.3.6.)]이나, 청구법인은 2013.9.17. 및 2015.11월 개설하여 사용한 제1계좌 및 제3계좌를 2020.7.15. 관할세무서에 신고하였고, 2014.1.22. 개설한 제2계좌 또한 2015.4.9. 지연신고한 것으로 나타나 성실공익법인 요건 중 전용계좌의 개설 및 사용 요건을 충족하지 못하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 성실공익법인에 해당하지 아니한다고 보아 주식 5% 초과 출연에 대한 증여세, 주식초과보유가산세 및 전용계좌미신고가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하고, 여기에 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것인바(대법원 2003.5.16. 선고 2001두1772 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 설립당시부터 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하였고, 전용계좌를 미신고하거나 지연신고하였으며, 이러한 이사선임 제한 요건을 위배하거나 전용계좌를 기한 내에 신고하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.