[요지] 지방자치단체가 공공 시험·연구목적으로 설립한 비영리법인인 연구원이 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구, 보건ㆍ환경관련 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구 등을 수행하는 과정에서 자가품질검사 의무자 등으로부터 일부 검사 등 민원업무를 의뢰받아 법정수수료를 수취하고 감면물품을 민원요청받은 시험ㆍ분석ㆍ품질검사 등에 사용하는 것은 기관의 설립목적, 사업내용, 시험검사수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때 용도 외 사용이 아닌 것으로 판단됨.
[요지] 지방자치단체가 공공 시험·연구목적으로 설립한 비영리법인인 연구원이 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구, 보건ㆍ환경관련 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구 등을 수행하는 과정에서 자가품질검사 의무자 등으로부터 일부 검사 등 민원업무를 의뢰받아 법정수수료를 수취하고 감면물품을 민원요청받은 시험ㆍ분석ㆍ품질검사 등에 사용하는 것은 기관의 설립목적, 사업내용, 시험검사수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때 용도 외 사용이 아닌 것으로 판단됨.
[주 문] OOO세관장이 2021.7.21. 수입신고번호 OOO의 수입물품에 대하여 청구법인에게 한 관세 OOO원 및 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 보건환경에 관한 검사 및 연구를 목적으로 지방자치법 제113조, AAA법 제2조 및 DDD 행정기구 설치 조례 제25조에 근거하여 설립된 DDD 직속기관으로 비영리법인에 해당하는 것으로 보인다.
(2) 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점물품을 관세법 제90조 제1항 제2호에 따라 관세 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 감면받아 수입한 후, 청구법인의 청사에 설치하여 사용 중이다. ＜표1＞ 쟁점물품 내역 및 감면세액 OOO
(3) 처분청은 2021.3.17. 청구법인에게 쟁점물품의 사후관리 적정여부를 확인하기 위하여 설치(사용)장소 등을 방문하겠다는 통지를 한 후, 2021.3.25. 청구법인의 소재지를 방문하여 쟁점물품을 확인한 후 쟁점물품의 소관부서에서 수행한 총 시험ㆍ검사 건수와 쟁점물품을 민원사무에 사용한 건수를 집계하여 제출할 것을 요청하였다. 이에 청구법인은 2021.3.26.부터 2021.5.14.까지 3차례에 걸쳐 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점물품 민원 사용현황을 제출하였다. ＜표2＞ 쟁점물품 민원 사용현황 OOO
(4) 청구법인은 AAA법 제5조 및 DDD 행정기구 설치 조례 제27조에 규정된 바에 따라 보건관련 연구와 환경관련 연구를 소관사무로 수행하고 있는데 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ AAA의 주요 소관사무 OOO
(5) 위 청구법인의 소관사무를 업무의 성격에 따라 시험ㆍ검사업무와 연구ㆍ조사업무로 나누어 쟁점물품을 사용하였던 식품분석과와 약품화학과의 업무에 적용하면 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ AAA 소관사무의 성격별 분류 OOO 위 시험ㆍ검사업무는 식품위생법 등 관계 법령에 근거하여 식품의약품안전처 등 중앙행정기관의 당해 연도 업무추진계획에 따라 DDD와 도내 23개 시ㆍ군의 의뢰로 수행되는 관원사무와 도내 보건ㆍ환경관련 사업자의 의뢰로 수행되는 민원사무로 나누어지는데, 청구법인은 관원 또는 민원에 따른 시험ㆍ검사 결과를 시험성적서로 즉시 발행하는 업무 이외에도, 민원인에게는 사후컨설팅을 제공하여 해당 물품이 관계 법령에서 정한 기준과 규격을 충족할 수 있도록 지원하는 업무도 수행하는 것으로 나타난다. 연구ㆍ조사업무는 매년 수립하는 연구ㆍ조사계획에 따라 보건ㆍ환경 분야의 새로운 분석기법을 개발하거나 응용 가능한 연구의 수행 및 실태조사를 수행하는 것을 말하고, 해당 사업의 결과는 최종 결과 발표 후 AAA보 편찬위원회의 수정ㆍ보완을 거쳐 국내ㆍ외 학회에 투고하는 한편, 자체적으로 연구논문집을 발간(1998년부터 33회의 연구논문집 발간)하고 있으며, 이때 상시 수행하는 시험ㆍ검사업무에서 도출되는 문제점 및 현황 등이 기초자료로 활용되는 것으로 보인다. 한편, 청구법인은 식품의약품안전처에서 주관하는 사업으로 식품위생법 등 관계 법령에서 식품 등의 기준 및 규격을 주기적으로 평가하고, 재설정하기 위하여 전국 17개 AAA이 협력사업으로 수행하는 식품별 유해오염물질 조사사업 등에도 참여하고 있다.
(6) 자가품질검사 의무자는 식품위생법 제31조 또는 위생용품 관리법 제13조에서 규정한 바에 따라 주기적으로 제조ㆍ가공하는 식품 등이나 위생용품이 해당 법령에서 정한 기준과 규격에 맞는지 검사하여야 하고, 검사를 직접 하기 어려운 경우에는 자가품질위탁 시험ㆍ검사기관에 위탁하여 검사하게 할 수 있다. AAA은 식품ㆍ의약품분야 시험ㆍ검사 등에 관한 법률 제6조 제4항 단서 및 같은 법 시행규칙 제3조에 따라 총리령으로 정하는 시험ㆍ검사기관으로 지정되어 있고, 같은 법 제11조에 의하여 자가품질검사 의무자로부터 시험ㆍ검사를 의뢰받은 경우에는 총리령으로 정하는 기준ㆍ방법ㆍ절차에 따라 시험ㆍ검사 후 이를 의뢰한 자에게 총리령으로 정하는 사항이 기재된 시험ㆍ검사성적서를 지체 없이 발급하여야 한다. 청구법인은 위 시험ㆍ검사를 하는 경우 민원인으로부터 법정 수수료를 징수할 수 있는데, 검사항목별 세부금액은 식품의약품안전처고시 식품ㆍ의약품분야 시험ㆍ검사 수수료에 관한 규정 별표 1에서 정하는 바에 따르고, 징수는 DDD수입증지를 발급하는 방법으로 하며, 징수된 수수료는 지방회계법 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따라 그 납부기한이 속하는 회계연도의 DDD의 세입금으로 처리한다. 이때, 식품의약품안전처가 고시하는 검사수수료는 검사원의 인건비, 일반관리비, 이윤 등이 제외된 실비 수준으로 책정되는데, 예를 들어 위생용품에 대한 중금속 시험의 경우 수수료는 OOO원인 것으로 확인된다.
(7) 관세청장은 2008.3.21. OOO로 학술연구용 등으로 감면받은 물품을 정부사무 위임업무인 시험ㆍ분석ㆍ검사, 인증업무를 위해 수수료를 받고 사용한 경우 이러한 사용이 용도외 사용에 해당하는지에 대한 질의에 대하여 “관세법 시행규칙 제37조 제2항 제23호의 산업기술연구를 위해 설립된 비영리법인인 BBB 등이 법 제90조 제1항 제3호 규정에 의거 학술연구ㆍ실험실습ㆍ과학기술연구용 등으로 관세감면 받은 물품을 의뢰받은 시험ㆍ분석ㆍ품질검사 등에 사용하는 것은, 기관의 설립목적, 사업내용, 시험검사수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때, 법 제102조 제2항 제1호의 용도외의 다른 용도로 사용하는 것으로 볼 수 없다”는 취지로 회신하였다.
(8) 처분청은 2021.5.17. 관세청장에게 쟁점물품의 용도외 사용여부에 대하여 질의하였고, 관세청장은 2021.5.27. OOO로 처분청에 “관세법 제90조 적용을 받은 물품에 대하여, 연구목적 외에 기술분석 서비스를 제공하면서 수수료를 받는 등 영리활동에 감면물품을 사용한 경우 용도외 사용에 해당함을 회신하니 업무에 참고하시기 바람”이라는 내용으로 회신하였다. 또한 처분청은 2021.6.28. 관세청장에게 위 질의내용과 같은 취지로 재질의하였고, 관세청장은 2021.7.9. OOO로 위 회신내용과 같은 취지로 회신하였다.
(9) ‘서울고등법원 2017.10.10. 선고 2017누46587 판결’은 ‘대법원 2018.1.31. 선고 2017두66442 판결’(심리불속행 기각)로 확정되었는데, 그 취지는 “원고는 타 업체로부터 위탁받은 산업부품 시험검사 등 용역을 수행하는 데에 이 사건 물품을 사용하는 것은 ‘산업기술의 연구개발’에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다. 원고가 이 사건 물품을 기업부설연구소가 아니라 시험팀으로 하여금 타 업체로부터 의뢰 내지 위탁받은 산업부품 시험검사 등 용역을 수행하고 영리를 취하는 활동을 하는 데에 이 사건 물품을 사용한 것은 위와 같은 연구개발에 해당한다고 보기는 어렵다”는 것으로 나타난다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점물품을 민원인에게 기술분석서비스를 제공하면서 수수료를 받는 등 영리활동에 사용하였으므로 용도 외 사용에 해당한다는 의견이므로, 쟁점물품의 용도 외 사용여부는 수수료를 받는 등 영리활동에 사용하였는지 여부에 있다 할 것이다. 그러나 청구법인은 국민 보건의 증진과 환경보전에 이바지할 목적으로 설립된 지방자치단체의 직속기관으로 비영리법인에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 위 ＜표3＞과 같이 의약품, 화장품, 식품 및 농ㆍ수산물 등에 대한 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구, 보건ㆍ환경관련 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구 이외에도 보건복지부장관, 환경부장관, 식약의약품안전처장, 질병관리청장이 필요하다고 인정하는 검사ㆍ시험ㆍ조사ㆍ연구에 관한 업무를 수행하고 있는 것으로 보이는 점, 시험ㆍ검사업무의 경우에도 관원업무가 대부분이고 자가품질검사 의무자 등으로부터 의뢰를 받는 민원업무의 경우 위 ＜표2＞에서 보듯 그 비율이 0.1%∼1.5%에 불과한 것으로 보이는 점, 청구법인이 민원인으로부터 징수하는 시험ㆍ검사수수료는 식품의약품안전처장의 정한 고시에 따라 정해지고, 징수는 DDD 수입증지를 발급하는 방식으로 이루어지며, 징수된 수수료는 DDD의 세입금으로 처리되는 것으로 보이는 점, 관세청장의 2021.5.27.자 및 2021.7.9.자 회신내용을 보면 연구 목적 외에 수수료를 받는 등 영리활동에 사용한 경우에 용도 외 사용에 해당한다고 하였고, 관세청장의 2008.3.21.자 회신내용에서도 비영리법인이 의뢰받은 시험ㆍ분석ㆍ품질검사 등에 사용하는 것은 기관의 설립목적, 사업내용, 시험검사수수료의 성격, 공익성 등을 종합하여 볼 때 용도 외 사용이 아니라고 회신한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점물품을 영리활동에 사용하였다는 위 처분청 의견을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 쟁점물품을 용도 외 사용한 것으로 보아 관세법 제90조 제1항 제2호에 따른 감면을 배제하고 관세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 관세법제131조, 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 관세법 제90조[학술연구용품의 감면세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.
1. 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용품ㆍ교육용품 및 실험실습용품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품
2. 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용ㆍ교육용ㆍ훈련용ㆍ실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품
3. 제2호의 기관에서 사용할 학술연구용품ㆍ교육용품ㆍ훈련용품ㆍ실험실습용품 및 과학기술연구용품으로서 외국으로부터 기증되는 물품. 다만, 기획재정부령으로 정하는 물품은 제외한다.
4. 기획재정부령으로 정하는 자가 산업기술의 연구개발에 사용하기 위하여 수입하는 물품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품
② 제1항에 따라 관세를 감면하는 경우 그 감면율은 기획재정부령으로 정한다. 제102조[관세감면물품의 사후관리] ① 제89조부터 제91조까지와 제93조 및 제95조에 따라 관세를 감면받은 물품은 수입신고 수리일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기준에 따라 관세청장이 정하는 기간에는 그 감면받은 용도 외의 다른 용도로 사용하거나 양도(임대를 포함한다. 이하 같다)할 수 없다. 다만, 기획재정부령으로 정하는 물품과 대통령령으로 정하는 바에 따라 미리 세관장의 승인을 받은 물품의 경우에는 그러하지 아니하다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 용도 외의 다른 용도로 사용한 자나 그 양도인(임대인을 포함한다. 이하 같다)으로부터 감면된 관세를 즉시 징수하며, 양도인으로부터 해당 관세를 징수할 수 없을 때에는 양수인(임차인을 포함한다. 이하 같다)으로부터 감면된 관세를 징수한다. 다만, 재해나 그 밖의 부득이한 사유로 멸실되었거나 미리 세관장의 승인을 받아 폐기하였을 때에는 그러하지 아니하다.
1. 제1항에 따라 관세를 감면받은 물품을 제1항에 따른 기간에 감면받은 용도 외의 다른 용도로 사용한 경우
2. 제1항에 따라 관세를 감면받은 물품을 제1항에 따른 기간에 감면받은 용도 외의 다른 용도로 사용하려는 자에게 양도한 경우
(2) 관세법 시행규칙 제37조[관세가 감면되는 학술연구용품] ① 법 제90조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 관세가 감면되는 물품은 다음 각 호와 같다.
1. 표본, 참고품, 도서, 음반, 녹음된 테이프, 녹화된 슬라이드, 촬영된 필름, 시험지, 시약류, 그 밖에 이와 유사한 물품 및 자료
2. 다음 각 목의 1에 해당하는 것으로서 국내에서 제작하기 곤란한 것중 당해 물품의 생산에 관한 업무를 담당하는 중앙행정기관의 장 또는 그가 지정하는 자가 추천하는 물품
3. 부분품(제2호에 따른 기기의 부분품을 제외하며, 법 제90조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 학술연구용 등에 직접 사용되는 것으로 한정한다)ㆍ원재료 및 견본품
② 법 제90조 제1항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호와 같다.
1. 정부조직법 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소ㆍ공공도서관ㆍ동물원ㆍ식물원 및 전시관(이들 기관에서 사용하기 위하여 중앙행정기관의 장이 수입하는 경우를 포함한다)
⑤ 법 제90조 제2항의 규정에 의한 관세의 감면율은 100분의 80으로 한다. 다만, 공공의료기관(제2항 제25호의 규정에 의한 국립암센터 및 국립중앙의료원은 제외한다) 및 학교부설의료기관에서 사용할 물품에 대한 관세의 감면율은 100분의 50으로 한다.
(3) 사후관리에 관한 고시 제22조[현지확인] ① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 물품의 설치(사용)장소 등을 방문하여 사후관리가 적정한지를 점검ㆍ확인한다.
1. 사후관리시스템에서 현지확인 대상으로 선별된 경우
2. 서면확인 요청에 따르지 않거나 제출받은 사후관리 확인결과 보고서를 검토한 결과 해당 물품 또는 현지 비치장부 등을 확인할 필요가 있는 경우
3. 같은 업체의 사후관리물품이 서면 및 현지확인 대상으로 동시에 전산 선별된 경우에 세관장이 일괄하여 현지확인할 필요가 있는 경우
4. 그 밖에 세관장이 용도 외 사용이나 무단 양도ㆍ양수인지를 확인하기 위하여 현지확인이 필요한 경우
② 세관장은 제1항에 따라 사후관리물품에 대한 현지확인을 하려는 때에는 현지확인 7일전까지 해당 사후관리업체에 별지 제11호의2서식의 사후관리 현장확인 계획통지서를 송부하여야 한다. 다만, 업체의 성실도, 물품의 위험도 등을 고려하여 불시점검이 필요한 경우에는 사전 통보를 하지 아니하고 현지확인을 실시할 수 있다.
③ 세관장은 사후관리물품에 대한 현지확인을 하려는 때에는 다음 각 호의 사항을 점검ㆍ확인하여야 한다.
1. 용도세율의 적용ㆍ감면(분납) 승인은 적정하였는지(사후관리업체의 업종과 용도가 신고를 수리한 때와 동일한지)
2. 수입신고서(수입신고필증)상의 품명ㆍ규격(또는 제조번호)ㆍ모델ㆍ수량과 물품이 일치하고 있는지
3. 해당 용도대로 사용하고 있는지(세관장의 승인 없이 용도 외로 사용하지 않았는지)
4. 양도ㆍ임대ㆍ판매, 수출(일시수출) 또는 폐기를 할 때 세관장의 승인을 받았는지
5. 수입신고수리일(설치장소 변경신고일)부터 1개월 이내에 설치장소에 반입하였는지, 일시반출 기간 내에 반입하였는지
6. 설치장소 변경 또는 일시반출시 세관장에게 신고를 하였는지
7. 재해나 그 밖의 부득이한 사유로 멸실된 경우 그 사실을 세관장으로부터 확인받았는지
8. 법인의 합병ㆍ해산 등의 사실이 발생하였을 때 그 사실을 세관장에게 신고하였는지
9. 통관표지 부착 대상물품에 대해 통관표지가 부착되었는지
10. 사후관리물품 관리대장을 비치하고 적정하게 기록을 유지하였는지
11. 원재료, 부분품 등 소모성 물품이 해당 용도로 적정하게 사용되고 있는지 및 소요량은 적정하게 관리되고 있는지(필요시 원료수불장 등 장부를 확인하거나 원재료 및 제품의 실지재고량과 장부상 재고량과 일치하는지 등 확인)
12. 사후관리기간이 적정한지(제32조 제1항의 사후관리 종결대상에 해당하는지) 등
④ 세관장이 제3항에 따른 현지확인을 한 때에는 설치(사용)장소에 비치되어 있는 사후관리물품 관리대장에 사후관리 확인일시와 확인자 성명을 기재하고 날인하여야 한다. 다만, 전산프로그램으로 관리하는 경우에는 그러하지 아니할 수 있다.