한-중 FTA 협정관세 사전적용을 받은 물품에 대하여 수정신고 후, 수입신고수리일부터 1년 이내에 다시 사후적용 신청할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO부터 OOO까지 OOO 소재 OOO(이하 “쟁점수출자”라 한다)로부터 수입신고번호 OOO건으로 OOO(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입하면서, OOO가 발행한 원산지증명서(이하 “쟁점원산지증명서”라 한다)에 근거하여 대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 자유무역협정(이하 “한-중 FTA”라 한다)에 따른 협정관세율(0%)의 적용을 신청하였고, 처분청은 이를 수리하였다.
• 나. 처분청은 2020.10.8. 청구법인에게 쟁점원산지증명서의 오류 사항에 대하여 자율점검 하도록 통보하였고, 이에 청구법인은 쟁점물품에 적용된 협정관세율의 적용을 배제한 후 기본관세율(8%)을 적용하여 2020.10.20.부터 2020.10.28.까지 처분청에 관세 등 OOO원을 보정 및 수정신고․납부하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점수출자로부터 쟁점물품에 대한 원산지증명서를 다시 송부 받은 후, 2020.10.22.부터 2020.10.30.까지 처분청에 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률(이하 “FTA 관세특례법”이라 한다) 제9조 제1항에 따라 쟁점물품에 대한 협정관세 사후적용 신청을 하면서 관세 OOO원 및 부가가치세 OOO원 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.12.22. FTA 관세특례법 제9조 제1항에 따른 협정관세 사후적용 신청은 같은 법 제8조 제1항에 따른 협정관세 사전적용 신청을 하지 아니한 수입자에 한해 적용된다는 이유로 이를 각각 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 FTA 관세특례법 제9조 제1항에 따라 협정관세 사후적용 신청을 하였는데, 처분청이 법적 근거가 없는 내부지침에 불과한 2014.11.5.자 관세청장의 ‘자유무역협정관세 재적용 처리 방법’(이하 “FTA재적용지침”이라 한다)에 따라 이를 거부한 처분은 위법하다. 더구나 관세청장은 2021.3.18. FTA재적용지침을 폐지하고 협정관세 사전적용 신청을 한 수입자도 사후적용 신청이 가능하도록 하는 ‘협정관세 사후적용 등에 관한 업무처리 지침’(이하 “개정FTA재적용지침”이라 한다)을 공고하였는바, 관련 법령에 협정관세 재적용을 제한하는 규정이 없고, 개정FTA재적용지침의 내용을 살펴보면 이 건 처분이 부당한 처분임을 알 수 있다.
• 나. 처분청 의견 FTA 관세특례법 제8조 제1항에서 수입자가 협정관세를 적용받기 위해서는 수입신고수리 전까지 협정관세 사전적용 신청을 하는 것을 원칙으로 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제1항에서 “수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고수리일부터 1년 이내에 대통령으로 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청”할 수 있도록 규정하고 있다. 이러한 협정관세 사후적용 신청은 수입자가 부득이한 사정으로 수입신고수리 전까지 원산지증명서 등을 갖추지 못하여 협정관세의 적용을 신청할 수 없는 경우 수입신고수리 후 일정기한 내에 원산지증명서 등을 갖추어 협정관세 적용신청을 할 수 있도록 한 것인바, 이 건과 같이 수입신고수리 전에 협정관세 적용신청을 하여 협정관세 사전적용을 받은 청구법인은 FTA 관세특례법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 “수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자”로 볼 수 없으므로 협정관세 사후적용 신청을 할 수 없다. 더구나 기획재정부장관은 2014.9.1. 관세청장의 질의에 대하여 ‘구 FTA 관세특례법 제10조 제1항(현행 FTA 관세특례법 제8조 제1항)에 따라 협정관세 사전적용 신청을 하여 협정관세를 적용받은 물품에 대하여 같은 법 제10조 제3항(현행 FTA 관세특례법 제9조 제1항)에 따른 수입신고수리 후 협정관세의 적용을 재신청할 수 없다’고 회신하였고, 관세청장은 이를 바탕으로 FTA재적용지침을 시행하였다. 처분청은 위와 같이 관련 법령과 상급기관인 기획재정부의 법령 해석 및 관세청장의 업무처리지침에 따라 정당하게 업무를 수행하였으므로 이 건 처분은 적법․타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 한-중 FTA 협정관세 사전적용을 받은 물품에 대하여 협정관세율의 적용을 배제하여 수정신고를 한 후, 수입신고수리일부터 1년 이내에 다시 협정관세 사후적용 신청을 할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제8조[협정관세의 적용신청 등] ① 협정관세를 적용받으려는 자(이하 “수입자”라 한다)는 수입신고의 수리 전까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 협정관세의 적용을 신청하여야 한다.

③ 세관장은 수입자가 제2항 본문에 따라 요구받은 원산지증빙서류를 제출하지 아니하거나 수입자가 제출한 원산지증빙서류만으로 해당 물품의 원산지를 인정하기가 곤란한 경우에는 제35조에 따라 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다. 제9조[협정관세 사후적용의 신청] ① 수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있다.

② 수입자는 제1항에 따른 신청을 할 때에 원산지증빙서류를 제출하여야 한다.

③ 제1항에 따라 협정관세의 적용을 신청한 수입자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 물품에 대하여 이미 납부한 세액의 보정을 신청하거나 경정을 청구할 수 있다. 이 경우 보정신청이나 경정청구를 받은 세관장은 그 신청이나 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 협정관세의 적용 및 세액의 보정이나 경정 여부를 신청인 또는 청구인에게 통지하여야 한다.

(2) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령 제4조[협정관세의 적용신청] ① 법 제8조에 따라 협정관세를 적용받으려는 자(이하 “수입자”라 한다)는 기획재정부령으로 정하는 협정관세 적용신청서(이하 이 조 및 제5조에서 “협정관세 적용신청서”라 한다)를 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 수입자가 제3항 제1호의 물품에 대하여 협정관세를 적용받으려는 경우에는 관세청장이 정하여 고시하는 방법에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있다. 제5조[협정관세 사후적용의 신청 등] ① 법 제9조 제1항에 따라 수입신고를 수리한 이후에 협정관세의 적용을 신청하려는 자는 협정관세 적용신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 원산지증빙서류

2. 관세법 시행령 제32조의4 제2항에 따른 보정의 신청에 필요한 서류 또는 같은 영 제34조 제1항에 따른 경정청구서

③ 법 제9조 제3항에 따라 세액의 보정신청 또는 경정청구를 받은 세관장은 협정관세 적용신청서 및 원산지증빙서류의 기재사항을 확인하여 세액을 보정하거나 경정하는 것이 타당하다고 인정할 때에는 세액을 보정하거나 경정하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점물품 수입신고시 쟁점원산지증명서를 첨부하여 FTA 관세특례법 제8조 제1항에 따른 협정관세 사전적용 신청을 하여 협정관세율의 적용을 받았다가, 쟁점원산지증명서의 발급 오류를 인정하고 협정관세율의 적용을 배제한 후 기본관세율을 적용하여 관세 등 OOO원을 보정 및 수정신고․납부하였다. (나) 청구법인은 쟁점수출자로부터 정당한 원산지증명서를 송부 받아 2020.10.22.부터 2020.10.30.까지 처분청에 FTA 관세특례법 제9조 제1항에 따른 협정관세 사후적용 신청을 하였으나, 처분청은 2020.12.22. 청구법인에게 FTA재적용지침에 따라 협정관세 사후적용을 할 수 없다는 취지의 ‘협정관세 적용신청(경정청구)에 대한 결과통지’OOO를 하였다. (다) 관세청장은 2014.12.1. 전국세관장에게 구 FTA 관세특례법 제10조 제1항에 따라 협정관세 사전적용 신청을 하여 협정관세를 적용받은 물품 중 협정관세 적용오류로 인해 세액이 정정된 경우에는 구 FTA 관세특례법 제10조 제3항에 따른 협정관세 사후적용 신청을 할 수 없다는 취지의 FTA재적용지침을 시달하였다. (라) 기획재정부장관은 2021.3.5. 관세청장에게 협정관세 사전적용 신청을 한 수입자가 원산지증빙서류를 갖추지 못하여 보정신청 및 세액을 납부한 경우에는 FTA 관세특례법 제9조 제1항에서 규정한 “수입신고의 수리 전까지 협정관세 적용신청을 하지 못한 수입자”로 보아 협정관세 사후적용 신청을 할 수 있다는 취지와 이와 같은 해석은 이 건 회신일 이후 협정관세 사후적용 신청(결정ㆍ경정 포함)하는 분부터 적용한다는 취지의 질의회신을 통보OOO하였다. (마) 관세청장은 2021.3.18. 전국세관장에게 FTA재적용지침을 폐지하고, 협정관세 사전적용 신청한 물품에 대해서도 사후적용 신청이 가능하다는 취지와 개정FTA재적용지침은 위 기획재정부장관의 질의회신이 시달된 날(2021.3.5.) 이후 협정관세 사후적용 신청을 하는 물품부터 적용한다는 취지의 개정FTA재적용지침을 시달하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 FTA재적용지침은 관련 법령상 근거가 없음에도 처분청이 FTA재적용지침에 따라 이 건 협정관세 사후적용 신청을 거부한 처분은 위법하다고 주장하나, FTA 관세특례법 제9조 제1항에서 협정관세 사후적용 신청이 가능한 수입자를 “수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자”로 규정하고 있는 점, FTA재적용지침을 폐지하고 협정관세 사전적용을 받은 수입자도 협정관세 사후적용 신청을 할 수 있도록 한 개정FTA재적용지침은 기획재정부장관의 질의회신일(2021.3.5.) 이후 협정관세 사후적용 신청분부터 적용하도록 규정하고 있는데, 쟁점물품은 그 이전인 2020.10.22.부터 2020.10.30.까지 협정관세 사후적용 신청이 이루어진 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 협정관세 사후적용 신청을 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 관세법 제131조와 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.