[요지] 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려우므로 결국 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제 이월공제를 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨(조심 2020지3225, 2020.12.11. 같은 뜻임).
[참조결정] 조심2020지3225
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2013사업연도 이전에 발생한 구 조특법에 따른 세액공제(이하 “쟁점세액공제액”이라 한다)이 최저한세 등의 제한으로 이월되어 2014사업연도 이후에 법인세 신고 시 쟁점세액공제액 이월세액공제액을 법인세에서 공제하였으나, 법인지방소득세의 경우 2014.1.1. 지방세법개정 시 독립세로 전환되며 별도의 세액공제 및 감면 규정을 두지 않았기에 공제를 적용하지 아니하고 신고·납부하였다.
(2) 그러나, 청구법인은 개정 지방세법부칙 제15조(일반적 경과조치)에 따라 법인세뿐만 아니라 부가되는 지방소득세 법인세분에 대해서도 2013사업연도 이전 발생한 세액공제의 이월공제에 대한 신뢰는 보호받아야 하는 바, 2014사업연도 법인지방소득세 계산 시 산출세액에서 2013사업연도 이전에 발생하여 이월된 쟁점세액공제액을 공제하여야 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인이 주장하는 법인지방소득세의 과세기간은 2014사업연도로, 2014.1.1. 개정 지방세법부칙 제2조 단서 조항에서 “제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 특정하여 적용시기를 규정하고 있는 바, 법인지방소득세 납세의무는 과세기간이 끝나는 때이므로, 이 건의 경우 개정 지방세법을 적용하여야 할 것인데, 개정지방세법제103조22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 규정은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행 지방세특례제한법에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없다. 또한, 청구법인이 주장하는 ‘종전의 규정’을 살펴보더라도 구 조특법 제144조 및 구 법인세법제57조 등에서는 세액공제액의 이월공제 대상으로 ‘소득세’ 또는 ‘법인세’만을 규정하고 있어 지방소득세는 같은 법 규정에 의한 이월공제 대상이 아니며, 구지방세법에서의 법인지방소득세는 구 지방세법제94조 제1항, 제89조 제1항 규정에 따라 산정하였고 이는 지방세 감면 조항이 아닐뿐더러, 당시 구 지방세법에는 지방세 감면규정이 별도로 규정되지 아니하였고, 지방세법개정 전의 법인지방소득세는 조특법과 법인세법에 따라 산출된 법인세액을 과세표준으로 규정하였으므로 법인세를 대상으로 하는 조특법 및 법인세법의 공제 혜택을 간접적으로 받았던 체계였을 뿐, 조특법 및 법인세법을 직접적으로 적용받음으로써 공제를 받았다고 보기는 어렵다 하겠다.
(2) 종전 규정에 대한 신뢰보호의 요건을 보면, 대법원 판례에서 설시한 ‘장래의 한정된 기간 동안의 과세면제’라는 ‘일반적 경과조치’ 적용기준에는 ‘종전의 규정에 관한 신뢰보호’의 요건도 포함되어 있는 것인데, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 원심이 들고 있는 것과 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이라고 판시한 바, 위에서 살펴본 것처럼 지방세 관계법령은 법인지방소득세에 대한 공제 및 감면규정을 두고 있지 아니하며, OOO법원 판결은 해당 사안과 유사한 쟁점에 대하여 법인지방소득세에 관한 납세의무자의 기대는 법인지방소득세의 과세표준이 향후 5년 동안 그대로 유지되어 법인세에 대한 이월공제의 혜택을 법인지방소득세에 대하여도 계속해서 누릴 수 있다고 기대한 것에 불과하다고 해석하고 있는바, 청구법인의 2014사업연도 귀속 법인지방소득세에 대하여 개정 지방세법부칙 제15조 경과규정에 따른 법인지방소득세의 이월공제를 적용하기는 어렵다 하겠으므로 처분청이 청구법인의 법인지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10
② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.
(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ＜부 칙＞ 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.
③ 제1항에도 불구하고 제26조 제1항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 따라 해당 투자가 이루어진 과세연도에 공제받지 못한 금액과 제26조 제6항에 따라 소득세 또는 법인세로 납부한 금액은 다음 각 호의 순서대로 계산한 금액을 더한 금액을 한도로 하여 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수는 제3호 각 목에 따른 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.
1. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수 × 2천만원
2. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 제1호 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원
3. (이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 제1호에 따른 졸업생 수 - 제2호에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 - 다음 각 목의 수 중 큰 수) × 1천만원
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2013사업연도에 법인세 세액공제 대상인 연구인력개발비 중 해당 사업연도 공제한도 적용으로 OOO원을 세액공제받지 못하였고, 이러한 연구인력개발비의 10%에 상당하는 금액 중 처분청별로 안분하여 산정한 금액 OOO원을 2014년 귀속분 법인지방소득세에서 공제하여야 한다고 주장하며 경정청구를 하였다. (나) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액공제의 이월공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려우므로 결국 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제 이월공제를 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.