2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항에 따른 외국납부세액 중 그 공제한도를 초과하여 차기로 이월된 OOO원에 대하여 같은 법 제57조 제2항에 따라 OOO원(이하 “쟁점법인세공제액”이라 한다)을 차감하여 산출한 금액을 2014~2017사업연도 법인세로 신고․납부한 후, 2015.4.23. OOO구청장]․OOO시장․OOO군수(이하 “처분청들”이라 한다)에게, 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하고 지방세법 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 산출한 2014~2017년 귀속 법인지방소득세에 같은 법 제89조 제2항에 따른 안분율을 적용한 각각의 금액(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하면서 2014.1.1. 이전에 발생한 쟁점법인세공제액을 차감하지 않고 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하였으므로, 2020.4.29. 처분청들에게 쟁점법인세공제액에 해당하는 법인지방소득세웅 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청들은 2020.6.26. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙에서는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 하였는데 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 발생하여 2014사업연도 이후로 이월된 쟁점법인세공제액에 대해서는 이 건 법인지방소득세에서도 공제가 허용되어야 한다.
• 나. 처분청들 의견 2014.1.1.이전에는 지방세법상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 각종 세액공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출된 결과 법인지방소득세에서도 법인세 이월공제의 반사적 효과를 얻어왔으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 법인지방소득세 세액공제가 개정된 지방세법 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 도․소매업 및 수출업 등을 영위하는 법인으로, 2014~2017사업연도분 법인세 산출액에서 2013년에 발생한 쟁점법인세공제액을 위 각 사업연도별 법인세 산출액에서 차감한 금액을 법인세로 신고․납부하였다. (나) 청구법인은 2014~2017사업연도분 법인세로 쟁점법인세공제액을 공제를 받았으나, 동 세액공제을 적용하지 아니하고 다음의 ＜표1＞과 같이 이 건 법인지방소득세를 처분청별로 안분하여 신고ㆍ납부하였다. ＜표1＞ 이 건 법인지방소득세 안분내역 (단위: 원) OOO (다) 청구법인은 2020.4.29. 2014~2017사업연도에 공제가능한 쟁점법인세공제액의 10%에 대하여 이 건 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 환급하여 달라는 이유로 다음의 ＜표2＞와 같이 경정청구를 하였다. ＜표2＞ 이 건 법인지방소득세 경정청구액 현황 (단위: 원) OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인에 부과되는 법인지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 지방세법이 2014.1.1. 개정되면서 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환된 과세체계를 적용하게 된 점, 2014.1.1. 개정된 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점, 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없는바, 법인세에 따른 법인세 감면효과를 법인지방소득세에 계속 적용하는 것은 지방세법상의 일반적 경과조치의 적용범위를 벗어난다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 2014.1.1. 지방세법 개정 전에 법인세법 규정에 따른 법인세 감면으로 인하여 법인지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 그 개정 후의 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어렵다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원 + (200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22) 제103조의21(세액계산) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고, 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 그 사업연도의 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 제103조의20제1항 및 제2항에 따라 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령으로 정하는 방법으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다. ＜개정 2014. 12. 23., 2018. 12. 24.＞

1. 외국납부세액의 세액공제방법: 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 “공제한도금액”이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법

2. 외국납부세액의 손금산입방법: 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법

② 제1항 제1호를 적용할 때 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 해당 사업연도의 공제한도금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도금액 내에서 공제받을 수 있다.