[요지] 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[요지] 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견
(1) 법인지방소득세가 법인세의 부가세에서 독립세로 전환되면서 생긴 2014.1.1. 개정된 지방세법은 일반적 경과조치를 규정하였고, 이는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하기 위한 특별규정(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 참조)이므로 그 취지에 맞게 청구법인에게 이월세액공제가 적용되어야 한다.
(2) 일반적 경과조치를 적용함에 있어 종전 규정에는 구 조특법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조 및 제144조 등이 포함되고, 청구법인의 연구비 지출은 종전 규정을 신뢰하여 이루어진 것이므로 그와 같은 신뢰는 보호되어야 한다.
(3) 법률 체계를 감안하면 일반적 경과조치에서 규정한 종전 규정에는 지방세 관련 법령만이 아닌 법인세법 및 조특법의 제반규정이 포함된다고 해석하여야 한다.
(1) 조특법 제144조 제1항에서는 이월세액공제의 대상을 법인세로 규정하고 있는바, 위 규정을 종전 규정으로 보더라도 그 내용만으로는 법인지방소득세의 세액공제를 적용함에 있어 이월세액공제를 적용할 수 없다.
(2) 2014.1.1. 개정된 지방세법 제2조(일반적 적용례)에서 개정 법률 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 해당 법률을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 2014〜2016사업연도분 법인지방소득세는 조특법이 아닌 위 개정된 지방세법에 따라 산정되어야 한다.
(3) 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 참조).
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조[세율] ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10
(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22[세액공제 및 세액감면] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.(후문 생략) 부칙 제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제102조[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 100분의 10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 이하 생략) 제174조[세액공제액의 이월공제] ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(괄호 생략) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[괄호 생략]에서 공제한다. 부칙 제1조[시행일] 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조[일반적 적용례] 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제26조[고용창출투자세액공제] ① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다. 제144조[세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(괄호 생략) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제한다.
(1) 법인세 신고서 및 법인지방소득세 경정청구서 등에 따르면, 청구법인은 2009〜2013사업연도에 발생한 조특법상 임시투자세액공제 및 고용창출투자세액공제의 합계액 OOO원을 최저한세의 적용 등에 따라 법인세 산출세액에서 공제하지 아니하고 이월하였다가 2014사업연도에 OOO원, 2015사업연도에 OOO원, 2016사업연도에 OOO원을 법인세 산출세액에서 각각 공제하였고, 위 이월공제세액의 10% 상당액을 해당 과세연도의 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여 아래 ＜표2＞와 같이 이 건 경정청구를 제기한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 경정청구세액 및 심판청구 내역 (단위: 원)
(2) 법령의 개정연혁 등을 보면, 법인지방소득세는 과거에는 조특법상 이월세액공제 등이 적용된 후에 계산된 법인세 납부세액의 10%로 산출되다가 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 2014년도부터 과세표준을 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(제103조의19)으로 하되, 세액공제나 감면은 지방세특례제한법으로 정하도록 하였고(제103조의22), 2014.1.1. 개정된 지방세특례제한법은 개인지방소득세에 대한 이월세액공제나 감면을 적용하는 규정을 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 것으로 나타난다.
(3) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.
(4) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 지방세법개정 이전에 발생한 조특법상 이월세액에 대하여 지방세법부칙(이하 “이 건 부칙”이라 한다) 제15조(일반적 경과조치) 등의 규정 및 신뢰보호의 원칙을 감안하여 2014년도 이후분 법인지방소득세 계산시에도 이월세액공제가 인정되어야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 2014.1.1. 개정 전지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 심판청구 내역