조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 대도시내 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 「지방세법」제13조 제2항의 중과세율 적용대상에 해당하는지 여부

사건번호 조심 2020지3730 선고일 2021-06-16 조세심판원

[요지] 대도시 내에서 법인 설립 등기를 하고, 대도시 내에서 실제 임대업을 영위하기 위하여 본점 및 임대용 건축물을 신축하는 동안 일시적으로 대도시 외의 지역에 사무실을 두고 있다가 이 건 건축물 신축 이후에 본점을 설치하였다면 당해 법인설립 등기를 한 시점에서 실질적으로 대도시 내에서 설립된 법인으로 보아야 할 것이고, 이러한 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 이 건 건축물의 임대부분은 지방세법제13조 제2항의 중과세 대상에 해당된다고 보아야 할 것이므로, 처분청이 이 건 건축물 중 임대부분에 대하여 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2015.2.17. OOO을 본점소재지로 하고, 부동산 임대 및 매매업을 주된 목적사업으로 하여 설립되었으며, 2015.7.17. 본점 소재지에 건물(“이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 일부를 본점 사무실로 사용하고 나머지는 임대하고 있으므로, 취득가액 OOO원 중 본점 사용분 OOO원에 대해서는 지방세법제13조 제1항의 중과세율을, 임대부분 OOO원에 대해서는 일반세율을 적용하여 산정한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물이 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산이므로 임대면적에 대하여 지방세법제13조 제2항에 따라 중과세율을 적용하여야 함에도 일반세율로 신고·납부한 사실을 확인하고 중과세율을 적용한 산출세액에서 기납부세액을 차감한 취득세 등 OOO원을 2020.6.8. 청구법인에게 부과고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 건축물이 없는 토지 소재지를 형식상 본점 주소지로 기재하여 설립등기를 하였을 뿐, 실제로 법인 설립 등기 시에 OOO에 본점은 존재하지 않았으며, 인적·물적설비 조차 구비할 수 없는 건설 중인 현장을 법인의 중추적인 의사결정을 하는 장소인 본점 사무소로 보는 것은 잘못이다. 청구법인은 법인 설립 후 이 건 부동산 중 건축물 준공 전까지 대도시 외 지역인 OOO에서 본점 업무를 수행하였으며, 이후 이 건 건축물이 준공이 되어서야 비로소 전입하였는 바, 실제 전입일을 기준으로 임대목적으로 신축한 면적 이외에 본점으로 직접 사용하는 면적에 대해서만 취득세를 중과하는 것이 타당하다. 설령, 형식 상 본점등기를 전입일로 보더라도 대도시 내 전입·전출 여부를 따져 재전입 시기를 기준으로 중과세를 판단하여야 할 것인데, 부과처분의 입증책임이 있는 처분청에서는 재전입시기 및 본점 사무소 설치 여부를 확인하지 않고 단지 법인등기 상 소재지가 이 건 건축물 소재지로 기재가 되어 있다는 이유만으로 이 건 건축물 중 임대부분에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견

(1) OOO시 의견 지방세법 시행령제27조 제3항에서는 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다. 대법원 판례에서는 대도시 내에서의 법인 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 취득세를 중과하는 구 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 위 규정상의 법인 설립 등에 해당하는지 여부는 법인등기부의 기재와 관계없이 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 하여 판단하여야 하며, 세금부과처분에 대한 과세요건 사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 법인의 인적·물적설비를 갖춘 본점을 대도시 내로 전입하였다는 사실도 과세관청에서 입증해야한다고 판결하고 있다. 조세심판원 선결정례에서는 대도시 내 건축공사가 진행 중인 토지 소재지를 법인 본점 사무소로 등기를 하고 이후 건축물을 신축한 사건에 대해서, 해당 건축물을 신축하기 전 법인의 실제 본점 소재지 및 신축 이후 건물 사용 여부 등을 명확하게 입증하지 못하면 신축 건축물을 본점 사업용 부동산으로 중과세를 할 수 없고, 처분청에서 본점등기를 하였다는 사실만 주장하고 등기부상 본점소재지에서 법인이 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사업을 영위하였는지 입증하지 못하면 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 중과세 여부를 판단하여야 한다고 결정하였다. 청구법인은 건축물이 없는 이 건 토지에 형식 상 본점 주소를 기재하여 설립등기를 하였을 뿐, 실제로 법인 설립 등기 시에 OOO에 본점은 존재하지 않았으며, 인적·물적설비 조차 구비할 수 없는 건설 중인 현장을 법인의 중추적인 의사결정을 하는 장소인 본점 사무소로 보는 것은 부당하며, 법인 설립 후 이 건 건축물 준공하기 전까지 대도시 외 지역인 OOO에서 본점 업무를 수행하다가 이 건 건축물이 준공된 이후 법인을 전입하였는 바, 실제 전입일을 기준으로 본점으로 직접 사용하는 면적에 대해서만 취득세를 중과하는 것이 타당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 먼저, 청구법인은 대도시 내 건축공사가 진행 중이었던 OOO을 법인 본점 사무소로 등기를 한 것이 확인 되는 점, 설립 등기 전인 2014년 11월 공사가 진행되고 있는 것이 확인되는 점, 이 건 건축물 사용승인일이 2015년 6월임이 확인되는 등, 청구법인 설립 당시에 이 건 건축물의 신축공사가 진행되고 있었던 점은 청구법인과 처분청 간의 다툼이 없다. 또한, 법인이 대도시 내 법인의 설립이나 본점 등의 전입 ‘이전’에 대도시 내에 부동산을 취득한다 하더라도 그 모두가 법인의 설립 또는 본점 등의 전입에 수반하여 대도시 내로의 인구 및 경제력의 집중을 유발하는 것으로 볼 수는 없으나 취득한 부동산을 법인이 직접 사용하는 경우 해당 사용 부동산에 대해서 취득세를 중과세 하는 것도 역시 청구법인과 처분청 간의 이견은 없다. 결국, 이 건의 쟁점은 청구법인이 취득한 임대용 부동산을 대도시에 설립 및 전입하기 전에 취득한 부동산인지, 설립 및 전입을 한 이후 취득한 부동산인지 여부에 있다 할 것이며, 청구법인의 대도시 내 전입 시기에 따라 전입 이후 5년 이내에 취득하는 모든 부동산에 해당하여 전체 면적이 중과세되거나 혹은 직접 사용하는 면적에 한해서만 중과세가 될 수 있는 것이다. 위 쟁점에 대해서 대법원에서는 법인 설립 등에 해당하는지 여부는 법인등기부 기재와 관계없이 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 판단하여야 한다고 판시하였고, 조세심판원에서도 등기부상 본점소재지에서 법인이 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사업을 영위하였는지 입증하지 못하면 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 중과세 여부를 판단하여야 한다고 결정한 점, 대도시 내에서 설립된 법인의 본점을 대도시 외로 전출하였다가 다시 대도시 내로 전입한 경우에도 대도시 내로의 인구 및 경제력의 집중을 유발하는 효과가 있으므로 이러한 경우에도 취득세(구 등록세)를 중과하도록 정한 법률 조항이 합리적인 입법형성의 범위 내에 있는 점 등에 비추어, ① 청구법인은 대도시 내에 위치한 이 건 토지를 주소지로 하여 본점 설립등기를 하였지만 설립 등기 당시 신축건물 공사 중인 관계로 해당 소재지는 청구법인이 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사업을 영위하였던 장소로는 보기 어려우며, ② 대도시 내 법인을 설립하였다 하더라도 세금부과처분에 대한 과세요건 사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 법인의 인적·물적 설비를 갖춘 본점이 대도시 내에 설립된 사실을 처분청에서 입증하여야 함에도, 처분청은 법인 설립 등기 이외에는 대도시 내 본점 전입 및 재전입 여부나 청구법인이 대도시 내에서 설립등기 이후 법인이 사업을 수행하였다는 내역 등의 입증자료를 제시하지 못하고 있으며, ③ 청구법인의 이사 OOO는 2010.4.8.〜2019.5.30.까지 OOO시에 거주한 것으로 확인되고, 이사 OOO은 OOO에 현재까지 거주하며, 청구법인이 대도시 외 지역인 OOO소재 부동산을 일시적으로 임차하였다는 임대차계약서를 청구법인이 제출한 점, 청구법인은 대도시 내에서 설립되어 이후 본점이 대도시 외로 전출하였다가 다시 대도시 내로 전입하였다고 보아 종국적으로 이 건 건축물을 취득한 뒤, 건물 내 임대 면적은 일반세율로 신고하고, 본점 용도로 직접 사용하는 면적에 대해서는 중과세율로 신고한 점 등을 종합적으로 고려하면, 신축건물 부지를 본점 소재지로 하여 설립 등기한 청구법인이 설립 이후 해당 부지 지상에 신축한 건축물에 대해서 대도시 내 본점 전입여부나 청구법인이 대도시 내에서 쟁점 기간 동안 인적·물적 설비를 갖추고 사업을 수행하였다는 명확한 자료 없이 법인등기부 상 본점 등기일을 기준으로 중과세 여부를 판단할 수는 없으며, 이 건 건축물을 신축한 이후 청구법인이 해당 건축물 일부를 본점 사업용 부동산으로 사용하기 시작한 날을 실제 전입일로 보아 청구법인이 본점으로 직접 사용하는 면적에 한해서만 중과세율을 적용하고, 임대용 부동산에 대해서는 일반세율을 적용하는 것이 타당하다고 하겠다.

(2) 처분청 의견 청구법인은 법인등기부등본 상 2015.2.17. OOO을 본점으로 법인을 설립하였음을 확인할 수 있으며, 이 건 부동산의 취득일은 사용승인신청서 상 2015.6.30.로 확인할 수 있으므로 청구법인은 지방세법제13조 제2항에 따른 대도시에서 설립일부터 5년 이내에 이 건 부동산을 취득함으로써 대도시 취득세 중과세요건을 모두 충족하고 있다 하겠다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용하지 아니한다 할 것으로서, 청구법인이 법인등기부 상 본점이 존재하지만 건물 취득시점에 사실상 사업소로 볼 수 있는 곳이 대도시내에 존재하지 않았으므로 중과세요건에 해당하지 않는다는 주장은 지방세법제13조 제2항 규정을 확장·유추 해석한 것으로 청구주장은 이유없다 하겠다. 따라서, 처분청이 이 건 부동산의 취득은 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 지방세법제13조 제2항에 의거 중과세대상 부동산에 해당된다 할 것이므로 처분청이 이 건 건축물 중 임대부분에 대하여 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 청구법인이 대도시내 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 지방세법제13조 제2항의 중과세율 적용대상에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세법(2015.7.24. 법률 제13427호로 일부개정된 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역 (산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2015.7.24. 대통령령 제26438호로 일부 개정된 것) 제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입은 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2015.2.17. 청구법인은 이 건 토지를 본점소재지로 하고, 부동산 개발 및 임대업 등을 주된 목적사업으로 하여 설립등기를 한 사실이 법인등기사항일부증명서에서 확인된다. (나) 청구법인은 2015.3.12. OOO과 건축 중인 건축물이던 이 건 건축물에 대하여 자산 및 부채 양수도계약을 체결하였고, 이러한 양수도계약에 따라 2015.3.19. 이 건 건축물의 건축주를 청구법인으로 변경한 사실이 양수도계약서 등에서 확인된다. (다) 청구법인은 2015.2.17. OOO과 아래와 같은 내용으로 임대차 계약을 체결한 것으로 계약서에서 나타난다. <임대차 계약내용>

○○○ (라) 청구법인은 2015.6.30. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받았으며, 이 건 건축물의 신축 전/후 해당 부지 현황은 다음과 같다. <이 사건 건축물 신축 전/후 부지 현황>

○○○ (마) 처분청은 2017.2.28. 처분청은 청구법인에게 ‘취득부동산 사용 현황표 및 취득관련 서류제출 요청’ 공문을 발송하였고, 청구법인은 2017.3.10. 취득 신고서와 동일한 사용현황을 제출하였으며, 해당 내역은 다음과 같다. <건물 사용현황>

○○○ (바) 청구법인의 이사 OOO는 2010.4.8.~2019.5.30.까지 OOO시에 거주한 것으로 확인되며, 이사 OOO은 OOO에 현재까지 거주하는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제13조 제2항 본문 및 제1호에서 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역 (산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다)에서 법인을 설립하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서는 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다. (나) 이에 대하여 청구법인은 OOO시 내에서 설립등기를 하였으나 실제로는 OOO시에 사무실을 두고 사업을 개시하다가 이 건 건축물 신축 이후에 전입하였으므로 실제 전입일을 기준으로 하면 이 건 건축물 중 임대부분에 대하여 취득세를 중과세한 처분이 부당하다는 의견이나, 청구법인의 경우 2015.2.17. OOO시내에 주소지를 두고 법인 설립등기를 하였고, 법인 설립 등기 이후인 2015.3.19. 본점 및 임대용으로 사용하고자 신축 중이던 이 건 건축물에 대한 건축주를 승계하여 신축공사를 진행하여 2015.6.30. 이 건 건축물을 신축하여 임대사업을 영위하고 있으며, 비록 청구법인이 이 건 건축물을 신축하던 도중 일시적으로 대도시외의 지역인 OOO에 사무실을 두고 있었다 하더라도, 이러한 사무실에서 실질적으로 본점 업무가 영위되었다고 볼 수 있는 입증자료가 부족하고, 이러한 일시적이고 임시적인 사무실을 청구법인의 실질적인 본점을 설치한 것으로 인정하기도 어렵다 할 것이므로, 청구법인이 사실상 대도시외의 지역에서 설립된 법인으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 대도시 내에서 법인 설립 등기를 하고, 대도시 내에서 실제 임대업을 영위하기 위하여 본점 및 임대용 건축물을 신축하는 동안 일시적으로 대도시 외의 지역에 사무실을 두고 있다가 이 건 건축물 신축 이후에 본점을 설치하였다면 당해 법인설립 등기를 한 시점에서 실질적으로 대도시 내에서 설립된 법인으로 보아야 할 것이고, 이러한 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 이 건 건축물의 임대부분은 지방세법제13조 제2항의 중과세 대상에 해당된다고 보아야 할 것이므로, 처분청이 이 건 건축물 중 임대부분에 대하여 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)